Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397446.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_485.1, whole genome shotgun sequence
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Warning! 578 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:351 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 1--366 Score: 413
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 173
* * *
1 TATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTTACAT
1 TATTACTCGCTTTAAATGAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCGTTTTACAT
* * * *
65 TTTTGATTAAAACAGATTATATATGAATGTCTACCTTAAGAAATATAAAGCAAAAGGCATCCATT
65 TTTTGATTAAAACAGATTATATATCAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATCCATT
** ** *
130 GTCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGGAGCTT
130 GTCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCTA
* * *
174 TATTACTTGCTTTAAATGA-TTTCCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCGTTTTATATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCGTTTTACATT
* * * * * * * *
237 TTT-AGTTAAAATAGATTATTTATCAATGTCTGCCTTAGGAAACCTGAAGAAAAAATCATTCATT
66 TTTGA-TTAAAACAGATTATATATCAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATCCATT
* *
301 AG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTACGAAAGCTA
130 -GTCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTACGAAAGCTA
*
345 TATTACTCGCTTTTAATG-GTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGAGTTT
367 TATNNNNNNN
Statistics
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170 2 0.01
171 112 0.70
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173 45 0.28
174 1 0.01
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Consensus pattern (173 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCGTTTTACATT
TTTGATTAAAACAGATTATATATCAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATCCATTG
TCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCTA
Found at i:1175 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 860--3271 Score: 1120
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 171
850 TCATTGGCAA
* * * *
860 AAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATA
* * * *
924 ATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* * * **********
989 ACTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CNNNNNNNNNNAGAG
130 TCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCA-AG
* * * * *
1031 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
* *
1096 TCTCATAATTGATTTTTAGTTGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* *
1161 TCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCGTTGTCAAG
130 TCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
* * *
1203 AAAAGTCCATTGATAGTCATTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
* * * **
1267 ATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-TTACCAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATT-TGAAT
* * * *
1331 GTCTGCTTTAGAAAACATGAAG-AAGAAACCATTCGTTGGT-AAA
129 GTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAA-AAGCCATCCGTT-GTCAAG
* * * * ** * *
1374 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
********* * * * * *
1439 NNNNNNNNNTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTATTTAAAATAGATTATATCTT-AGTG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAT-TTGAATG
* * * * * * * * *
1503 TCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAG
130 TCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
* * * * * *
1545 AAAGGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTGGTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTATA
********** * * * * * *
1609 ATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* * * *
1674 TCTGCTTT-GGAAAACATGAAGTAAAAGCTATCCACTAG-CAAG
130 TCTGCTTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCC-GTTGTCAAG
** * * * * * *
1716 AAAAGTCTGTTTATAGTCACTTA-AGCTTCTGAAACCCTTATTACCTGCTTTAAA-AAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * *
1779 AATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTGAGTTAAAATAGATTATATTTAAAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
* * * * ** * * * * *
1844 GTTTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGAT-AAG
129 GTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTG-TCAAG
* *
1887 AAAAG-CTCATTGATAGTCA-TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTCA
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCACT-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT-A
* * * * * * * *
1949 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTATTGGTTAAATTAGATTATAATTGAA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAA
* * * **
2014 TGTCTGGC-TCAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCTATTAG--AGAG
128 TGTCT-GCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTT-GTCA-AG
* * * * * * * *
2058 AAAAGTCCATTTATATTCACTTATCCCTTCAAAAGCATTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * ** * * * ** *
2123 TCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTCCATTTTTGGTTAAAACACATTATCGTTGACTGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT
* * * * * * * ** *
2188 CTACCTCAAGAAACATGAGGCAAAAGCCATTCATTGAGAAT
131 CTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
** * * * ** * *
2229 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGTCGTATCACTCACTTTGCAA-GGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAATGATTTTAT
********** * * * * *
2292 AATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
* * * * ** ** * * *
2357 GTTTGCCTCAGAAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTGACAAG
129 GTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
* * * * * **********
2400 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAANNNNNNNNNNA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
* * *
2465 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT
* * * * ** * *
2530 CTGCTTCATGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT-TGAGAG
131 CTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCA-AG
* * * * * *********
2571 AAAAATCCATTTGTAGTCACTCATACCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
** * * * * * ** * *
2636 NNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTCTACATTTTTAGTTAAAATATATTACACCTAAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT
* **
2701 CTATCTTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGT-AAG
131 CT-GCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTT-GTCAAG
********** ** * *
2742 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * * * **
2807 TATTATAATTAATTTTACGTTGACTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGAAAATATTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* * * * ** ** * * * * *
2872 TTTGCCTTAGAAAACGTGAAAAAAAAAATCATTCATTGACGAT
130 TCTGCTTTAGGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
* * * ** *
2915 AAAAATCCATTTATAATC-GTCCATGGCTTCAAAAGCCTTCTTAC-T-C--TAAAT-AGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * ** * * *
2974 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTT-CATTTCCAGTTACAAA-ATATTATAATTAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTAGTTA-AAATAGATTATATTTGA
* * * * * **
3037 ATGTCTATCTCATA--AAACGTAAAGCACAAGCCATCTATTAG-CAAG
127 ATGTCT-GCT-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTT-GTCAAG
* * * * ** **********
3082 AAAAGTCCATTTATAGGCACTTA-AGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
** * * * **
3146 ATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAACATTTTCACATTTTTAGCTAAAATAGAAAATATTTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
* ** * * * *
3210 GTCTGGC-TGAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
129 GTCT-GCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
*
3253 AAAAGTCCATCTATAGTCA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA
3272 TCTAAGCCTT
Statistics
Matches: 1677, Mismatches: 497, Indels: 134
0.73 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 44 0.03
168 29 0.02
169 42 0.03
170 38 0.02
171 1275 0.76
172 204 0.12
173 45 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT
CTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGTCAAG
Found at i:1972 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 860--11350 Score: 2149
Period size: 342 Copynumber: 30.6 Consensus size: 338
850 TCATTGGCAA
* * *
860 AAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
925 TCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAA-A-ATAGCTTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATA--TTATAATTAAAT
* * * ********
988 GACTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCNNNNNNNNNNAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGC--CATCCACTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
1052 CATACCTTCGAAAGCATTTTTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTTAGT
192 CACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
1116 TGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAA
256 TGAA-TTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
** * * *
1181 GCGAAAGCCATCCGTTGTCAAG
318 GAAAAAACCATTCATTGT-AAG
** * *
1203 AAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAAT-GATTTTATA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * *
1267 ATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT--TTACCAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTA--AA
* * * ** * *
1330 TGTCT-GCTTTAGAAAACATGAAG-AAGAAACCATTCGTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
128 TGTCTAGC-TTAGGAAACATGAAGTAA-AAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * ** **********
1393 CCCACACCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAG
190 CTCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1458 TTAAATTTTTTTACATGTTTATTTAAAATAGATTATATCTTAGTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
255 TTGAATTTTTTTATAT-TTTAGTTAAAATAGATTATAT-TTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
*
1523 GAAAAAACCATTCATTGGCAAG
318 GAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * * *
1545 AAAGGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
**********
1610 TCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATGT
* * ** *
1675 CT-GCTTTGGAAAACATGAAGTAAAAGCTATCCACTAGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTTA
131 CTAGCTTAGG-AAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
1739 -AGCTTCTGAAACCCTTATTAC-CTGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTT
194 CACCTTC-GAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1802 GAATATTTTTATATTTTGAGTTAAAATAGATTATATTTAAAAGTTTACCTCAAAAAACGTGAAGA
257 GAATTTTTTTATATTTT-AGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
1867 AAAAACCATTCATTGATAAG
320 AAAAACCATTCATTG-TAAG
*
1887 AAAAG-CTCATTGATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTCAT
1 AAAAGTC-CATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT-AT
* * * * * *
1950 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTATTGGTTAAATTAG--ATTATAATTGA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AA-TAGATATTATAATTAA
* * * * * *
2013 ATGTCTGGCTCAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCTATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATATTCAC
127 ATGTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * ** *
2078 TTATC-CCTTCAAAAGCATTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
191 TCA-CACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
2142 TTAAATTGTTTTCCAT-TTTTGGTTAAAACACATTATCGTTGACTGTCTACCTCAAGAAACATGA
255 TTGAATT-TTTT-TATATTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
2206 GGCAAAAGCCATTCATTGAGAAT
317 AGAAAAAACCATTCATTG-TAAG
* * * ** * * * ** * *
2229 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATCACTCACTTTGCAA-GGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAATAGTTTTATA
********** * * * * * * * *
2293 ATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATG
* * * ** ** * * * *
2358 T-TTGCCTCAGAAAACATGAAAAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
130 TCTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * * ********** *
2422 ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTAAAGTTG
193 ACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
2487 AATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCATGAAACGTGAAGAA
258 AATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAA
* *
2552 AAAGA-TATCCATT-TGAGAG
321 AAA-ACCATTCATTGT-A-AG
* * * * * * * *******
2571 AAAAATCCATTTG-TAGTCACTCATACCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNN
1 AAAAGTCCA-TTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
*** * * * * * * * ** *
2635 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTCTACATTTTTAGTTAAAATATATTACACCTAAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATG
* * * * * * *
2700 TCTATCTTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCN
130 TCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
********* * ** * * * * *
2765 NNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATATTATAATTAATTTTACGTTGA
194 CACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * ** * * *
2830 CTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGAAAATATTTGAATGTTTGCCT-TAGAAAACGTGAAAA
259 -ATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAG-AAACGTG-AAG
* *
2894 AAAAAATCATTCATTG-ACGAT
319 AAAAAACCATTCATTGTA--AG
* * * ** * *
2915 AAAAATCCATTTATAATCGTCCATGGCTTCAAAAGCCTTCTTAC-T-C--TAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *** *
2976 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTT-CATTTCCAGTTACA-AAATATTATAATTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTGGTTA-ATAGATATTATAATTAAAT
* * ** * * * * * * * *
3039 GTCTATCTCATAAAACGTAAAGCACAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACTT
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* ** * **********
3104 A-AGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-T
193 ACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT
** * * * ** * * * *
3167 TGAACATTTTCACATTTTTAGCTAAAATAGAAAATATTTGAATGTCTGGCTGAGGAAATGTGAAG
256 TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG
* *
3232 AAAAAGCCATTCATTGACAAG
319 AAAAAACCATTCATTG-TAAG
* * * ** ** * *** * ****
3253 AAAAGTCCATCT-ATAGTCATCTAAGCCTTCAATTGAATGT-TTGCTT-CAAGAAACATGAAACA
1 AAAAGTCCAT-TGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATA-GTTTTA
* * * ** * * * ** * *
3315 TAAGC-CATCCATTGA---CAAG-AAAAGTCCATTTGTACTCACTCATGCGTTCGAAAATATTAT
63 TAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA-T--TTTTTTA-T-ATTTTTG-GTT--AATAGA-TAT
** * **** **** ** * ***** **** *
3375 TACTCGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTATATTGTTGGTT
118 TA-T--AATTAAAT-GTCT------AGCTTAGGAAACATGAAG-T-AAAAGCCAT-CCACTAG--
* ** * * * * *
3440 AA-AACATATTATATTTGA-ATGTCTACCTAAGGAAACGTGTAGCGAATGCC--A-TACATTGC-
168 AAGAA-A-AGTCCATTT-ATA-GTC-A-CT---CACACCT-T--CGAAAGCCTTATTAC-TCGCT
* * *** ** * ***
3499 -CAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTTGTAAGCCTTATTGCTTGCCGAAAGAGGTTT
220 TTAA-AAA-GT---TTTATAAT--CTCA--TAATTG--A-TTTTA-AG-TT---G-AA-TTTTTT
* * * * * * * * *
3563 TATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTG-ATTAA-AATA-GATAATAT
266 TAT-ATTT--TAGTTAA----AA-TAGATTATATTTA-ATGTCTGCCTCAAGAA-ACG-TGA-A-
*** * *
3625 TTGAATGTTTACC-TTGAGAAAAATG-AAG
318 --GAA--AAAACCATT-----CATTGTAAG
** * * * * *** * * * ****** *
3653 AAAAAACTATTCATTGGTAAGAAATGTCCATT-TATAGTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTA
1 AAAAGTCCATTGA-TAGTCACCCATG-CC-TTCAAAAG-C-CTTA-----TTACTTG-CTT-TAA
* * * * * * * * * * * * * *
3717 CTCGCTTTA-AATGGT-TTTA-TAATCTCATAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
54 ATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATA
* * * * * * * * *
3779 TAATAATTGAATATCT-GTCTCAAGAAACATAAAATAAAATCCATCCA-TCGGCAAGAAAAGTCC
117 TTATAATTAAATGTCTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACT-AG-AAGAAAAGTCC
********** * ** * *
3842 ATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGNNNNNNNNNNCACTTTAAATGGTTTTCTAATTTCATA
179 ATTTATAGTCACTCACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
3906 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTTGTTAACATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
243 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTC
* * * ** * *
3971 AGGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGAAAAG
306 AAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTG-TAAG
* * * * * ** **********
4005 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * * *
4070 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTAAATTTTTAATTAAAACAAATTATATTTAAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATGT
* ** * * * * *
4133 CT-GCCTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCACTCA
131 CTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * **
4197 -AGCCTGCGAAAGACTTACTA-TACGCTTTAAATAA-TTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAAA
194 CA-CCTTCGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAA-AAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * **
4259 TGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATGACTAAATGTCTGACTCGAA-AAATATGAA
256 TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTGAA
* * *
4323 G-TAAAGCCATCCATTGGTAAG
318 GAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * ** * * **
4344 AAAAGTTCATTTATAGTTACTGAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * * *
4409 TATTATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTATATTGTTGGTCAAAATAGATTATAATTAAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATGT
* * * * * **
4473 CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTTTTATTTATAGTCACTCA
131 CTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAGA-AGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCA
*** * ** ** ** * *
4538 TGGCTTCAAAAGTATTATTACTTACTTTAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTCT
194 CACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-G
* * ** * * *
4602 AATTTTTTTACATTGTCAGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTCTATCTTC-AGAAACGTGAAGA
258 AATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCT-GCCTCAAGAAACGTGAAGA
* * *
4666 AAAAGCTATTCATTGCAAG
320 AAAAACCATTCATTGTAAG
* * * * * * * *
4685 AAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGACTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATGA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * *
4750 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTACA-TTTTGCTTTAA-ACAGATTGTAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTG-GTTAATAGATATTATAATTAAAT
** ** * * * * * **
4813 GTCT-GCTTCAAAAAATGTGAAGTAAAAGTCATCTATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACT
129 GTCTAGCTT-AGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * * *
4877 CA-AGCCTTTGAAAGTCTTATTATTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCACTTAATTGATTTTTAGT
192 CACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
4941 TGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-AGT-TA--T-A--TC-G-----AGAAACATGAAGA
256 TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
* * * *
4993 GAAAGCCATCCATTGGCAAG
320 AAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * * * ********
5013 AAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
** * * * * * * * *
5078 NNTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTAAAAGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATGT
* * ** * * * * *
5143 -TTGCCTTAGAAAACATGAAG-AACAAGCCATTGATTGATAAGAAAAG-CTCATTTATAATCTCC
131 CTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAA-AAGCCATCCACT-AGAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACT
** * * * ***
5205 CATGCCTTCGAAAACCTAATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
192 CACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
********** * * * *
5270 GAATATNNNNNNNNNNTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGGCTCAAGAAACATGAAGC
257 GAAT-TTTTTTATATTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
* * *
5335 AAAAGCCATCCATTG-GAG
320 AAAAACCATTCATTGTAAG
* * ** ** * ****
5353 AAAGAAGTCTATTTATAGTCATTCATG-CTTCTAAAA-CCATTATTACTCACTTTAAATGGNNNN
1 -AA-AAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCC-TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
****** * * * * * * * *
5416 NNNNNNTCATAATTGATTTTAAATT-AA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTACATTTGA
62 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAA
* * *
5479 ATGT-TTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCA-TTGCCAAGAAAA-TCCATTTATAGTC
127 ATGTCTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * ****
5541 -CTTCA-AGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTTACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGNNNN
189 AC-TCACA-CCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
****** * * * * * * ** *
5603 NNNNNNG-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATATGTGCAT-TGGAAAAT
251 TAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAG-AAAC
* * *
5666 GTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-
313 GTGAAGAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * ** * ** *
5692 AAGAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGA-GGTTTTAT
1 AA-AAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA-ATAGTTTTAT
* * ** * * * * *
5756 AATCTGATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTCATAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAAT
* * * * * * * * * * * *
5821 GCCTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGGAAAGTACTTTTATAGTCACCC
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
*** * * ********** *
5886 ATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGANNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAGGTT
193 ACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** * *
5950 GAATTGTTTTACATTTTTTGTCAAAATAGATTATATTCCAATGTCTGTATCAAGAAAGGTAAAGA
257 GAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATT-TAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
* *
6015 AAAAATCAATCATTGTCAAG
320 AAAAACCATTCATTGT-AAG
* * * * ** * * * *
6035 AAAAGTCTATTTATAGTTAACTGTGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAC
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
6100 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGTTGTTTCTATATTATTGGCTTAATTAG--ATCATAATTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGG-TTAA-TAGATATTATAATTAAA
* * * * * * *
6162 TGT-TTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCACTAGAGAGAAAAGTCCATTTATATTTAC
128 TGTCTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * **********
6226 TCATACCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTT-AAATGATTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAG
191 TCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
6290 TTGAA-TTTCTTACATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAA
255 TTGAATTTTTTTATATTTTAG-TTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
* * * *
6354 GCAAAAGCCATTCATTGGCAAT
318 GAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* ** * ** **********
6376 AAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * **
6441 TCTCATAATTGCTTGTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATA--ATATTTGGAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT--AATAGATATTATAATTAAAT
** ** * * * * * * * ** * *
6504 G-CTTTCCTTAAAAAACATTAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAATTTTATTTATAGTTACC
129 GTC-TAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * *
6568 CATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTT-AAATGGTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTT
192 CACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
6632 CAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTCTTCCTTAAG-AACGTGAAGC
257 GAATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
*
6696 AAAAACCATCCATTAG-AGAG
320 AAAAACCATTCATT-GTA-AG
* * * * * * * *
6716 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAAT-GATTTTGTA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * * * *
6780 GTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAAT
* * * * * * * * *
6845 GTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCTA-TTGTCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACT
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * *
6909 CA-AGCCTTTGGAAGTCTTATTACTTGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTATG
192 CACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * **
6972 TTTAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACAGATTAT-TTACCAATGTCTACCTCAAGAGATATG
255 TTGAATTTTTTTATA-TTTT-AGTTAAAATAGATTATATT--TAATGTCTGCCTCAAGAAACGTG
* *
7035 AAGAAAAAACTATTCATTGGCAAG
316 AAGAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * * * * * * * *
7059 AAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCGAAAGTCATATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * * * * *
7124 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATGTTTATTTAAAACAGATTATATTTGAGTGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATGT
* * * * * * * * * * * *
7187 TTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAA-AAAAGGTCCATTCATAGTCACCCA
131 CTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * * *
7251 TATCTCCTAAAGTCTTATTACTTTG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTG
194 CACCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * ** * *
7315 AATTTTTTTATATTTTTTGTTGAAATACATTTAAATTGAATGTCTGCAATGGA-AAATGTGAAGC
258 AATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGA-TTATATTTAATGTCTGC-CTCAAGAAACGTGAAGA
* * * *
7379 AAAAGCCATCCACTAGCAAG
320 AAAAACCATTCA-TTGTAAG
* * * * * * * * *
7399 AAAAATCCATTTATAATCACTCAAGAC-TCTAAAACCCATATTACCTGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * * * * *
7463 ATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAAAG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATT-AAAT
* * * ** ** * *
7528 GTC-ACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACC
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACT-AGAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACT
* * * * * * ** *
7591 CATACTTTTGAATGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT
192 CACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
7656 GAATATTTTTATATTGTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAAAAAACGTGAAG
257 GAATTTTTTTATA-T-TTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG
* * *
7720 CAAAAATCA-TCAATTG-GAG
319 AAAAAACCATTC-ATTGTAAG
* * * ** * * * *********
7739 AAAGAAGCCCATTTATAGTCACTCATATCTTCGAAAGCATTATTACTAGCTTTAAANNNNNNNNN
1 -AA-AAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * * * * *
7804 NATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATATTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAAT
* * * ** * ** * *
7867 GT-TGGCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGTTATCCA-TTGCCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACT
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* ** * ********
7930 CA-AGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGNNNNNNNN
192 CACA-CCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * * * *
7993 NNGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATGTGCCGT--GGAATACATG
255 TTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCC-TCAAGAA-ACGTG
* *
8056 AAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAG
316 AAGAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * * * ** * *
8080 AAAAGTCCATTTATAGTCGCCTACGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
8145 TCTCGTAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTAGTTAAATTAG--ATTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AA-TAGATATTATAATTAAAT
* * * * * * * ** *
8208 GTTTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAGGGGAAGTCCATTTGTAGTCAC-C
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * ********** * *
8272 AATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGGTC
193 -ACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * ** * * *
8337 AAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTCCAATGTCTGTGTCAGGAAACATGAGGA
257 GAATTTTTTTATATTTTAG-TTAAAATAGATTATATT-TAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
** * *
8402 AAAAATGAATCATTATCAAG
320 AAAAACCATTCATTGT-AAG
* * *
8422 AAAAGTCCATTTG-TAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAACT-GTTTTAT
1 AAAAGTCCA-TTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TAGTTTTAT
* * * * *
8485 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTATTAGTTAAATTAG--ATTATAATTGA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AA-TAGATATTATAATTAA
* * * * * * * ** *
8548 ATGTCTAGCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCTATCCATTAGAGTGAAAAGTCCATTTATTTTTAC
127 ATGTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * ** * *
8613 TCATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT
191 TCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * ** ** *
8678 TGAATTGTTTTACATTTTTAGTTACAATACATTATAGTTAACTTTTTACCTTGAGAAACACGAGG
256 TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAA-TGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAG
* * * *
8743 TAAAAGCCATTCATTGAGAAT
319 AAAAAACCATTCATTG-TAAG
* * * *** * ** * * ** * *
8764 AAAATTCTATTTATAGTCATTTAAGCCTTCGGAAG-CTGTATCACTTACTTTCCATGGTTTTGTA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * ** * * * * * * *
8828 ATC-CTATAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTAACATTTTTTATTAAAACAAATAATATTTGAAC
65 ATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAAT
* * * * * * * * **
8892 GTCT-GCCTCA-GAAACATGAA-AAAAAACTATTCATTGGTAGAAAAAGTTTATTTATAGTCAC-
129 GTCTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACT
** * * * * * * *
8953 CTGTATCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAA-TTTAATAATTTCATAATTAATTTTGAG
192 C-ACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
9017 TTGAA-TTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC-TGAA
255 TTGAATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
* ** * *
9080 GGAAAAGGCATCCATTAG-AGG
318 GAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * ** * * * ******
9101 AAAAAATCTATTTATAGTCATTCATG-CTTGTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNN
1 -AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
**** * * * * * * * *
9165 NNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTGTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAAT
* * ** * * * *
9230 GTCTATCTTTGGAAAGGTGAAGTAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTC
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* ** ** * *
9295 A-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATCATATCATAATTGATTTTACA-T
193 ACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT
** * * * * * ***
9358 TGAATTTTATGCA-ATTTTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGTGAA
256 TGAATTTT-TTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
* *
9422 GAAAAAATCATTCATTGATGAG
318 GAAAAAACCATTCATTG-TAAG
* * * * * * * **
9444 AGAAA-TCTATTTATAATCACTCATGACTTCAAAAGCCTTCTAACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 A-AAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
********** ** * *
9508 ANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCA-TTTTAATTACA-AAATATTATAATCAAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTA-ATAGATATTATAATTAAA
* * * * * * * * * * *
9571 TGTCTACCTTTA-AAAACGTAAAGCAAAAGCTATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATAAC
128 TGTCTAGC-TTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACT-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * ** *
9635 TTAAACTTTTGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTATA-
191 TCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AG
* * * ********* * * *
9699 TTGAATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACAGATAATANNNNNNNNNNTGCCTTAGGAAACATGAA
255 TTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATA-TTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAA
* **
9764 GAAAACACCATTCATTAGCCAG
318 GAAAAAACCATTCATT-GTAAG
* * * * *
9786 AAAAGTCTATCT-ATAGTCACCTATGCCTTTAATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATT
1 AAAAGTCCAT-TGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * ** * * *
9850 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATG
* * * * * * * * *
9915 TCT-GCTTCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAGGAAAAGTTCATTTGTAGTCATTC
130 TCTAGCTT-AGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * ** * * ** * * *
9979 ATGCATTCGAAAGTATTATTACTCACCTTAAATGGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTG
193 ACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * * * **
10044 AA--TTTCTATATTGTTGGTTAAAACATATTGTATTTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGTAGCG
258 AATTTTTTTATATT-TTAGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAA
** * *
10107 AATGCCATCCATTGCCAAG
321 AAAACCATTCATTG-TAAG
* * * * * * * * * *
10126 AAAAGTCAATTTATAGTCACTCAGGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTCATAA
1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
********** * * *
10191 TCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTCAAATAGATA--ATATTTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT--AATAGATATTATAATTAAAT
* * ** * * * * * * * * * *
10254 GTTTATCACAAGAAACATGATGAAAAAACCATTCATTGGCGAGAAAAGTTCATTTTTAGTCAC-C
129 GTCTAGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
*** * * ** *
10318 TGTGCTTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT-A--G---TT--G--
193 -ACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * ** * * *
10373 AAATTTTTTTACATTTTTGATTGAAATATATTATAACTAAATATCTGCCTTGAGAAACATAAAGG
257 GAATTTTTTTATATTTTAG-TTAAAATAGATTAT-ATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGA
* * * *
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* * * * ** * **
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********** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *** ** * **********
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** * * * * * *
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257 GAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAATAGATTATATTT-AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAA
* *
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321 AAAACCATTC-ATT-GTAAG
* * * * ** * * * * *
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1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATA
* * ********** ** * * * * *
10862 ATCTCATAATTGAGTTTAAGATGANNNNNNNNNNATTTTTTATTAAAACAGATTATGACTAAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAATAGATATTATAATTAAATG
* * * * * * * * *
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130 TCTAG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * *
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193 ACA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *** *
11055 GAATTTTTTTATATTGCT-GCTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTATATC-AGAAAAAGTGAA
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* * * *
11118 GTAAAAGCCATCCATTGGAGAG
318 GAAAAAACCATTCATTGTA-AG
* * * ** * * * *
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1 AAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * *
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** * * * * *
11270 CT-GTCTTAGGAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA
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Statistics
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CATTCATTGTAAG
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848 ATTCATTGGC
* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * * ** *
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********** * * *
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* * * * * *
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* * * * * **********
1565 CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGT
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* * *
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* * ** * *
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381 TTACCTGCTTTAAAAGA-TTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTT
* *
1818 TGAGTTAAAATAGATTATATTTA-AAAGTTTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTG
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1882 ATA
506 ATA
* * *
1885 AGAAAAG-CTCATTGATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTCA
1 AAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTT-A
* * * *
1949 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTATTGGTTAAATTAGATTATAATTGAA
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* * *
2014 TGTCTGGCTCAGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCTATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATATTCACT
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* * * * *
2079 TATCCCTTCAAAAGCATTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT
191 CATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * ** * * * * * * *
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256 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGC
* * * ** * * * ** ** * *
2209 AAAAGCCATTCATTGAGAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCGTATCA-C
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* ** * ******** * *
2273 TCACTTTGCAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTNNNNNNNNNNTT-TTTAACATTTTTGGT
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* * * * * * ** *
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448 TAAAATAGAT--TATTTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCATTGATA
* * * * * * ********
2398 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAANNNNNNNNN
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TATTTTAT
* * * *
2463 NATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
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* * * * * *
2528 GTCTGCTTCATGAAACGTGAAGAAAAAG-ATATCCATTTGAGAGAAAAATCCATTTGTAGTCACT
129 GTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCAT-T--ATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* **********
2592 CATACCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTT
191 CATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * ** * *
2657 GAATTATTCTACATTTTTAGTTAAAATATATTACACCTAAATATCTATCTTT-GGAAACATGAAG
256 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-GCTTTAGGAAACATGAAG
** * * * ********** *
2721 CAAAAGCCATCTATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTA
320 CAAAAGCCATC-CCTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTA
* * * * * * * * * * * *
2785 -CTCACTTTAAATGGTTTTATCATATTATAATTAATTTTACGTTGACTTTTTTTTACATTTTTGG
384 CCT-GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGA-ATTCTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * * * * * * *
2849 CTAAAACAGAAAATATTT-GAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAAAAAAAAAATCATTCATTGACG
447 TTAAAATAG--ATTATTTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATG-AAGAAAAAACCATTCATTGA-T
2913 A
508 A
* * ** * *
2914 TAAAAA-TCCATTTATAATCGTCCATGGCTTCAAAAGCCTTCTTAC-T-C--TAAATAGTTTTAT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTAT
* * * *
2974 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTT-CATTTCCAGTTACAAA-ATATTATAATTAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTT-TAGTTA-AAATAGATTATAATTGA
** ** * * * * *
3037 ATGTCTATCTCATAAAACGTAAAGCACAAGCCATCTATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGGCA
127 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-CAT-TATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * **********
3101 CTTA-AGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAT
189 CTCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-
** * * * * * ** * * * **
3165 A-TTGAACATTTTCACATTTTTAGCTAAAATAGAAAATATTTGAATGTCTGGC-TGAGGAAATGT
252 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-GCTTTAGGAAACAT
* * * * *
3228 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCT-ATAGTCA-TCTAAGCCTTC--AA---T
316 GAAGCAAAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCAT-TGATAGTCATTC-AAGCCTTCAAAACCCT
* *** * * *** * * * ** *
3286 TGAATGTTTGCTTCAAGAAACATGAAACATAAGC-CATCCATTGA---CAAG-AAAAGTCCATTT
379 T-ATTACCTGCTT-TA-AAAGAT--TTTATAATCTCAT-AATTGATGTTAAGTTGAA-TTC-TTT
* ** * * * *** **
3346 GTACTCACTCATGCGTTCGAAAATATTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTNNNNNNNNNNT-AATT
436 -TA-T-ATTTTTG-GTT--AAAATA-GATTA-----TTTACAA-AGTCT-------ACCTCAAAA
* ** * * ***** ** *
3409 GATTTCAAGTTGAATTTTTATATTGTTGGTTA
481 AACATGAAG--AAAAAACCAT-TCATT-GATA
* * ** * * * * * **
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1 AAA-AAAGTCCATTT-ATA-GTC-ACC-CATG---CCT-T--CAAAAGCCTTATTAC-TTG-CTT
* * * *** ** * * *
3502 GAAATGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTTGTAAGCCTTATTGCTTGCCGAAAGAGGTTTTATA
53 TAAATAT---TTTATAAT--CTCA--TAATTG--A-TTTTA-AG-TT-----AA-A-TTTTTTTA
* ** * * * * * * * * *
3567 -ATTTCATAATTAATTTTA-AGTTGAATATTTTTATATTTTTG-ATTA-AAATAGAT-AATATTT
99 CATTT--TAGTTAA-AATAGA-TT--ATA-ATTGA-ATGTCTGCCTCAGGAA-ACATGAAGA---
* * * ** * * * * *** * * *
3627 GAATG-TTTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAATGTCCATT-TATAG
152 AAAAGCATTA--TT-AG----A-G-AGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAT-ACC-TTCAAAAG
* ****** * * * * * * * * * *
3690 TCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGT-TTTA-TAATCTCATAGTTGAA
205 -CA-TTA-----TTACTCG-CTT-TAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA
* * * * * * * * * * * **
3752 TATTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATAATAATTGAATATCTG-TCTCAAGAAACATAAAATAA
259 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCT-TTAGGAAACATGAAGCAA
* * * * * * ***********
3816 AATCCATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGNNNNNNNNNNC-
323 AAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTC-AAAACCCTTATTACCT
* * * * * * * *
3880 ACTTTAAATGGTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTT-GTTAA
387 GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATT-TTTGGTTAA
* * * ** * ** *
3944 CATAGATTATAATT-GAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGA-A
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* * * * ** *********
4002 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTA
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* * * * * *
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** * * * * *
4130 TGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCAATTGGCA-AGAAAATTTCATTTATAGTCAC
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4194 TCA-AGCCTGCGAAAG-ACTTACTA-TACGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTA
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** * * * ** * *
4256 AAATGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATGACTAAATGTCTGACTCGA-AAAATAT
252 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTG-CTTTAGGAAACAT
* * * * * * * * * *
4320 GAAG-TAAAGCCATCCATTGGT-AAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTGAAGCCCTCAAAAGCCTT
316 GAAGCAAAAGCCATCC-CTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTT
* * * * * *
4383 ATTA-CTCACTTTAAATAG-TTTTATAATATTATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTATATTG
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*
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* ** * * ** *
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* * **
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* * * * * *
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** * * * * * *
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*
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* * * * *******
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**** * * * * * * * *
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254 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-GCTTTAGGAAACATGA
* ** * * * *
5332 AGCAAAAGCCAT-CC-ATTGGAGAAAGAAGTCTATTTATAGTCATTCATG-CTTCTAAAACCATT
318 AGCAAAAGCCATCCCTAGTCAAG-AA-AAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTC-AAAACCCTT
* * *********** * * *
5394 ATTA-CTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAATT-AAAT-TTTTATATTTT
380 ATTACCT-GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTT
* * * * * * ** * * * * *
5456 TGGTTAAAACAGATTACATTT-GAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGC
444 TGGTTAAAATAGATT--ATTTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA
*
5520 CA
507 TA
* * * * * *
5522 AGAAAA-TCCATTTATAGTC-CTTCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTTACTTCAAATAGTTTTA
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTA
*********** * * *
5585 TAATCTCATAATTG-NNNNNNNNNNGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
5649 TATGTGCAT-TGGAAA-ATGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GCAAAAGAAGTTCATTTATAGT
128 TGTCTGCCTCAGGAAACATG--AAGAAAAAG-CATT-ATTAGAG-AGAA-AAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
5710 CAC-CTTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGA-GGTTTTATAATCTGATAATTGATTT
187 CACTC-ATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * * * * * * *
5773 TAAGTTTAATTTTTTTATATTCATAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGAAAACG
250 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACA
** * * * * ** * * ** *
5838 TGAAGCAAAAGCCATTCATTAG-CAAGGAAAGTACTTTTATAGTCACCCATGGCTTTGAAAGCCT
315 TGAAGCAAAAGCCA-TCCCTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCT
* ********** * * * *
5902 TATTA-CTCGCTTTAAATGANNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTT
379 TATTACCT-GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATTT
* * * * *** * ** * * *
5966 TTTGTCAAAATAGATTATATTCCAATGTCTGTATCAAGAAAGGTAAAGAAAAAATCAATCATTG-
443 TTGGTTAAAATAGATTAT-TTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA
6030 TCA
507 T-A
* * * * ** * * *
6033 AGAAAAGTCTATTTATAGTTAACTGTGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTAT
* * * * * * *
6098 ACTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGTTGTTTCTATATTATTGGCTT-AATTAGATCATAATTGA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATT-TTAG-TTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * * *
6161 ATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCACTAGAGAGAAAAGTCCATTTATATTTAC
127 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGC-AT-TATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * **********
6226 TCATACCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGT
190 TCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
6291 TGAA-TTTCTTACATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAG
255 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAG
* * * * * * * ** *
6355 CAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAN
320 CAAAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTA-
********* * * *
6420 NNNNNNNNNATAG-TTTTATAATCTCATAATTGCT-TGTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTAGT
384 CCTGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGT-TAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGT
** * * * * * * *
6483 TAAAATAGATAATATTT-GGATG-CTTTCCTTAAAAAACATTAAGAAAAAGCTATTCATTGGTA
448 TAAAATAGAT--TATTTACAAAGTC-TACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATA
* * ** * * * * **
6545 AGAAAATTTTATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTATA
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTATA
* * * * *
6610 ATCTTATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
6675 TCTTCCTTAAG-AACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCG
130 TCTGCCTCAGGAAACATGAAG-AAAAAGCAT-TATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
6739 TGCCTTCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 TACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
6804 ATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCA
258 ATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCA
* ** * * * * * *** ** *
6869 AAAGTCATCTATTGTCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGTCTTATTACTT
322 AAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACCT
* * * * * * **
6934 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTAAA
387 GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * **
6999 ACAGATTATTTACCAATGTCTACCTCAAGAGATATGAAGAAAAAACTATTCATTGGCA
452 ATAGATTATTTA-CAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATA
* * * * * * * * * *
7057 AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCGAAAGTCATATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTAT
* * * * *
7122 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATGTTTATTTAAAACAGATTATATTTGAGT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
7185 GTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATT-G-GTAAAAAAGGTCCATTCATAGTCAC
129 GTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGC-ATT-ATTAGAG-AGAAAA-GTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
7248 CCATATCTCCTAAAGTC-TTATTACTTTG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTA
190 TCATACCTTCAAAAG-CATTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * **
7311 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTGAAATACA-TTTA-AATTGAATGTCTGCAAT-GGAAA-AT
253 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAA-ACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACA-
* * * * *
7372 GTGAAGCAAAAGCCATCCACTAG-CAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGAC-TCTAAAACC
315 -TGAAGCAAAAGCCATCC-CTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTC-AAAACC
* * * *
7435 CATATTACCTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGT-TTTTACA
377 CTTATTACCTGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAAT-TCTTTTATA
* ** *
7498 TTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTA-AAAGGTC-ACCTCAGGAAACGTGAA-AAAAAAGCCATT
440 TTTTTGGTTAAAATAGA-T-TATTTACAAA-GTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAA-CCATT
* *
7560 GATTGAGA
501 CATTGATA
* * * ** * * *
7568 AGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAATGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTA
* * * *
7632 TAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTGTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-T-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * ** * * * * *
7696 ATATTTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATCATCAATTGGAGA-AAGAAGCCCATTTATAGTCA
127 ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAG-AAAAAGCAT-TATTAGAGAGAA-AAGTCCATTTATAGTCA
* * * ********** *
7760 CTCATATCTTCGAAAGCATTATTACTAGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTTATAATTGATTTTAAG
189 CTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * **
7825 TT-AA-ATATTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT-TGGC-TCAAGAAATGTGA
254 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-GCTTTAGGAAACATGA
** * * * * *
7886 AGCAAAAGTTATCCATTGCCAAGAAAAGTCCACTT-ATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAA-CCTTA
318 AGCAAAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCA-TTGATAGTCATTCAAGCCTTC-AAAACCCTTA
* * * * ********** * * *
7949 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTTTT
381 TTACCTGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTG
* * * * ** * * *
8014 GTTAAAACAGATTATAATTGA-ATA-TGTGCCGT-GGAATACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
446 GTTAAAATAGATTAT--TT-ACAAAGTCTACC-TCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGA
*
8076 GA
507 TA
* * * * * ** * *
8078 AGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTACGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTGT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTAT
* * * * *
8143 AATCTCGTAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTAGTTAAATTAGATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * ** *
8208 GTTTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAG-GGGAAGTCCATTTGTAGTCAC-
129 GTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-CATT-ATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * ********** *
8271 CAATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
191 C-ATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * *
8336 CAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTAT-ATTCCAATGTCTG-TGTCAGGAAACATGA
255 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAATGTCTGCT-TTAGGAAACATGA
* * * ** ** ** * *
8399 GGAAAAAATG-AATCATTA-TCAAGAAAAGTCCATTTG-TAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTT
318 AG-CAAAA-GCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCA-TTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTT
* * * * *
8461 ATTACATGCTTTAAACTG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTCTATATTA
380 ATTACCTGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTT-TATATTT
* * * * * ** * * * * * *
8524 TTAGTTAAATTAGATTATAATT-GAATGTCTAGCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCTATCCATTA
443 TTGGTTAAAATAGATTAT--TTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-
8588 GAGT-
505 GA-TA
* ** * * * * * ** **
8592 -GAAAAGTCCATTTATTTTTACTCATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGGTTTAT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTAT
* * * * * *
8656 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTACAATACATTATAGTT-AAC
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-
* * * * * * * * * *
8720 TTTTTACCT-TGAGAAACACGAGGTAAAAGCCATTCATT-GAGAATAAAATTCTATTTATAGTCA
128 TGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAG-CATT-ATTAGAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * ** ** * *
8783 TTTA-AGCCTTCGGAAGC-TGTATCACTTACTTTCCATGGTTTTGTAATC-CTATAATTCATTTT
189 CTCATA-CCTTCAAAAGCAT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTT
* * * ** * * * * * * *
8845 AAGTTGAATTCTTTAACATTTTTTATTAAAACAAATAATATTTGAACGTCTGCCTCA-GAAACAT
251 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACAT
* * * ** * ** * * ** * *
8909 GAA-AAAAAACTATTCATTGGT--AGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCTGTA-TCTTCAAAAGCC
316 GAAGCAAAAGCCA-TCCCTAGTCAAG-AAAAGTCCATTGATAGTCA-TTCAAGCCTTCAAAACCC
* * * * * *
8970 TTATTA-CTCACTTTAAATA-ATTTAATAATTTCATAATTAATTTTGAGTTGAATT-TTTTATAT
378 TTATTACCT-GCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATAT
* * * * * ** * ** *
9032 TGTTAGTTAAAATAGATTATAATT-GAATGTCTACCTTAGGAAAC-TGAAGGAAAAGGCATCCAT
441 TTTTGGTTAAAATAGATTAT--TTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCAT
**
9095 TAGAGG
504 T-GATA
* ** * * * *****
9101 AAAAAA-TCTATTTATAGTCATTCATG-CTTGTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNN
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTA
***** * * * * * * *
9164 NNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTGTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** ** ** * * *
9229 TGTCTATCTTTGGAAAGGTGAAGTAAAAGCCATCTATT-GACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCAC
128 TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-CAT-TATTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * ** * *
9293 TCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATCATATCATAATTGATTTTACA
190 TCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-A
** * * * * * * * * * *
9357 -TTGAATTTTATGCA-ATTTTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGTG
253 GTTGAATTTT-TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATG
* ** * * * * * * * * * * *
9420 AAGAAAAAATCATTCATTGAT-GAGAGAAA-TCTATTTATAATCACTCATGACTTCAAAAGCCTT
317 AAGCAAAAGCCATCCCTAG-TCAAGA-AAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTT
* * * ********** * *
9483 -CTAACTCACTTTAAATAG-TTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCA-T
380 ATTACCT-GCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTAT-ATT
** * * ** * * * * *
9545 TTTAATTACAAA-ATATTA-TAATCAAATGTCTACCTTTAAAAACGTAAAGCAAAAGCTA-TCTA
442 TTTGGTTA-AAATAGATTATTTA-CAAA-GTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTC-A
9607 TTGATA
503 TTGATA
* * * ** ** * ** * ** * *
9613 AGAAAAGTCCATTTATAATAACTTAAACTTTTGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGAT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTAT
* * * * * ******
9678 AATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACAGATAATANNNNNN
65 AATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
**** * * ** * *
9742 NNNNTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAACACCATTCATTAGCCAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC-
128 TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAA-AGCATT-ATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * *
9806 CTATGCCTTTAATAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGT
191 C-ATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * *
9871 TGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATATCTGCTTCAAGAAACATAAAG
255 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAG
* * * * * * * * ***
9936 CAAAAGCCATCCATTGGCAGGAAAAGTTCATTTG-TAGTCATTCATGCATTCGAAAGTATTATTA
320 CAAAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCA-TTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTA
* * * * * * * *
10000 -CTCACCTTAAATGGTTTTACAGTCTCATAATTGAT-TTCAAGTTGAA-T-TTCTATATTGTTGG
384 CCT-GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATGTT-AAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * ** * ** ** * **
10061 TTAAAACATATTGTATTT-GAATGTTTTCCTTAGGAAACATGTAGCGAATGCCATCCATTGCCA
447 TTAAAATAGA-T-TATTTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATA
* * * * * * * * * *
10124 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAGGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTCAT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTAT
********** * * * *
10189 AATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTCAAATAGATAATATTTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * * * * *
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129 GTCTGCCTCAGGAAACATGAAG-AAAAAGCATT-ATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * *
10318 TGTGCTTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT-A--G---TT--G--
192 -ATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * *
10373 AAATTTTTTTACATTTTTGATTGAAATATATTATAACTAAATATCTGCCTT-GAGAAACATAAAG
256 GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCTTTAG-GAAACATGAAG
* * * * * * * * ** **
10437 GAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCACTT-ATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGTCTTATTA
320 CAAAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCA-TTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTA
* ********** * * *
10501 -CTCACTTTAAATAG-TTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGG
384 CCT-GCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGG
* * * * * * ** * * *** *
10564 TTAACATAGATTATAATT-GAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAATGTCATCCATTGGA-A
447 TTAAAATAGATTAT--TTACAAAGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-GATA
* * * * *** * **
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1 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-TTTTAT
******** * * *
10692 NNNNNNNNAATTGATTTTGAA-TTGAA--TTTTTACATTTTTAGTTAAAATGGATTATATTTGAA
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* * ** * * * *
10754 TGTTTACCTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCGATCAATTGGTA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
128 TGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGC-AT-TATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * * *
10818 ACA-AGCCTTTGAGAGCCTTACTA-TGCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAA
190 TCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ********** ** * * * * *
10881 GATGANNNNNNNNNNATTTTTTATTAAAACAGATTATGACTAAATGTTTG-TCTCAGGAAACGTG
253 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCT-TTAGGAAACATG
* * * * * * * * * * * * *
10945 AAGTAAAAGCGATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTGAAGCGTTCGAAAGCCTTAT
317 AAGCAAAAGCCATCCCTAGTCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCATTCAAGCCTTCAAAACCCTTAT
* * * * * **
11010 TA-CTCCCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTGCT
382 TACCT-GCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT
* ** * * * *
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445 GGTTAAAATAGATTAT--TTACAA-AGTCTACCTCA-AAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-
*
11135 GA-G
505 GATA
* * * ** * *
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* * * *
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Statistics
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * ** ** *
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1 -TTTTTATATTGTTTG-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAA
* * * * * * *
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* * * *
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1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCA-AAA
* * * * * *
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65 GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCAC
************ * * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
** * * * *
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1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATG--AAGCAAA
* * * *
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** * * *
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** * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ********** * *
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* * * * *
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1 TTTTTATATTGTTTG-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
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65 GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
**** * * * * *
6425 NNNNATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTGTAAGTTGAATT
130 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * ** * * ** * *
6467 CTTTTATATT-TTTAGTTAAAATAGATAATATTTGGATG-CTTTCCTTAAAAAACATTAAGAAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTC-TACCTCAGGAAACATGAAGCAAA
* * * * * * * * * * * *
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64 AGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCAC
** * * * *
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129 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * *
6637 TTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTCTTCCTTAAG-AACGTGAAGCAAAAA
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * **
6701 CCATCCATTAGAGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCAAAAGCATCAATACTTGCT
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
* * * * *
6765 TTAAATGATTTTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
130 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * *
6807 TGTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
1 T-TTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAA
* * ** * * * * **
6871 AGTCATCTATTGTCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGTC-TTATTACTTG
64 AGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCA
* * ** *
6935 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTTAATT
128 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * *
6979 TTTTTATATT-TTTCATTAAAACAGATTAT--TTACCAATGTCTACCTCAAGAGATATGAAGAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTA--AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAA
* * * * * *
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63 AAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAG-CATTATTACT
** ** * * *
7104 CGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--
126 CACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * * * *
7148 TTTTTACA-TGTTTATTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * * ** * * **
7212 ACTATTCATTGGTAAA-AAAGGTCCATTCATAGTCACCCATATCTCCTAAAGTC-TTATTACTTT
65 GCCATCCATTGG-AAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCA
* * * * *
7275 GTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATT
128 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * *
7319 TTTTTATATTTTTTGTTGAAATACATT-TAAATTGAATGTCT-GC-AATGGAAA-ATGTGAAGCA
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTAT-AATTAAATGTCTACCTCA-GGAAACA--TGAAGCA
* * * * * * * * * *
7380 AAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGAC-TCTAAAACCCA-TATTAC
62 AAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAA-GCATTATTAC
* * * * * *
7443 -CTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATG
125 TC-ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * **
7490 TTTTTACATT-TTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAAAGGTC-ACCTCAGGAAACGTGAAAAAAA
1 TTTTTATATTGTT-TGTTAAAATAGATTATAATT-AAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAA
** * * * * * * * *
7553 AGCCATTGATT-GAGAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAATGCCTTATTGCTT
64 AGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* ** * * * *
7616 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATA
127 ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * ** * *
7661 TTTTTATATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAA
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * **
7726 TCATCAATTGGAGAA-AGAAGCCCATTTATAGTCACTCATATCTTCGAAAGCATTATTACT-AGC
66 CCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCA-C
********** * *
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129 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * ** * **
7830 TATTTACATT-TTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT-TGGCTCAAGAAATGTGAAGCAAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
** ** * * * * **
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** * ***********
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* * * * * * * *
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1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCAGGAA-ACATGAAGCAAA
* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
8171 TTTTTATATTCTTAGTTAAATTAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * ** * * * *
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********** ** * *
8299 TTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCAAATA
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* * * *** * *
8342 TTTTTACATT-TTTGATTAAAACAGATTAT-ATTCCAATGTCTGTGTCAGGAAACATGAGGAAAA
1 TTTTTATATTGTTTG-TTAAAATAGATTATAATT-AAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAG-CAA
* *** * * * * *
8405 AATG-AAT-CATTATCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT
63 AA-GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTAC-T
* * * * *
8468 -GCTTTAAACT-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
126 CACTTTAAA-TAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * *
8513 TTTCTATATTATTAGTTAAATTAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * ** * ** * *
8578 CTATCCATTAGAGTGAAAAGTCCATTTATTTTTACTCATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
*** * * *
8643 TAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT
131 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * * * * *
8684 GTTTTACATT-TTTAGTTACAATACATTATAGTTAACTTTTTACCT-TGAGAAACACGAGGTAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAA
* * * * * * * * *
8747 AGCCATTCATT-GAGAATAAAATTCTATTTATAGTCATTTAAGCCTTCGGAAGC-TGTATCACTT
64 AGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCAT-TATTACTC
** ** * * * *
8810 ACTTTCCATGGTTTTGTAATC-CTATAATTCATTTTAAGTTGAATT
127 ACTTTAAATAATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * * * * * * *
8855 CTTTAACATTTTTTATTAAAACAAATAATATTTGAACGTCTGCCTCA-GAAACATGAA-AAAAAA
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * *
8918 CTATTCATTGG-TAGAAAAAGTTTATTTATAGTCAC-C-TGTATCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
66 CCATCCATTGGAAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG--CCTTCGAAAGCATTATTACTCA
* * * * * *
8980 CTTTAAATAATTTAATAATTTCATAATTAATTTTGAGTTGAA-T
128 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * *
9023 TTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC-TGAAGGAAAAG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
9087 GCATCCATTAGAGGAA-AAAA-TCTATTTATAGTCATTCATG-CTT-GTAAAAGCATTATTACTC
66 CCATCCATT-G-GAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCG--AAAGCATTATTACTC
* *********** * *
9148 GCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
127 ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * ** ** *
9193 ATTGTACATT-TTTGGTTAAAATATATTACAACTGAATGTCTATCTTTGGAAAGGTGAAGTAAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * *
9257 GCCATCTATT-GACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTAC
65 GCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCAC
** * * * *
9321 TTTAAATGGTTTTATCATATCATAATTGATTTTACATTGAATT
129 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
** * * * * * * ** * *
9364 TTATGCA-ATT-TTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTTCCTTGGGAAACGTGAAGAAAA
1 TT-TTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAA
** * * * * * * * *
9427 AATCATTCATT-GATGAGAGAAA-TCTATTTATAATCACTCATGACTTCAAAAGCCTTCTAACTC
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* ********** * *
9490 ACTTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATT
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** * * * * * *
9535 TTTTTATCATT-TTAATTACAAA-ATATTATAATCAAATGTCTACCTTTA-AAAACGTAAAGCAA
1 TTTTTAT-ATTGTTTGTTA-AAATAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGCAA
* * * * * * ** * * * *
9597 AAGCTATCTATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAATAACTTAAACTTTTGAAGGCCTTATTACTC
63 AAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
** * * *
9661 ACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTATATTGAATT
127 ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * ********** * *
9706 TTTTCATATT-TTTAGTTAAAACAGATAATANNNNNNNNNNTGCCTTAGGAAACATGAAG-AAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * ** * * * *
9769 CACCATTCATTAGCCAGAAAAGTCTATCTATAGTCAC-CTATGCCTT-TAATAGCCTTATTACTT
65 -GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAA-AGCATTATTACTC
* * * * * * *
9832 GCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATA
127 ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * *
9877 TTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATATCTGCTTCAAGAAACATAAAGCAAAAG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * *
9942 CCATCCATTGGCAGGAAAAGT-TCATTTGTAGTCATTCATGCATTCGAAAGTATTATTACTCACC
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
** * * * * *
10006 TTAAATGGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA--
130 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * * * * * *
10046 TTTCTATATTGTTGGTTAAAACATATTGTATTTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGTAGCGAATG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
** * * * * ** *
10111 CCATCCATTGCCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAGGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTG
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
* ** * ********
10176 TAAGTGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNN
131 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
*** * * * * * * * * * * *
10217 NNNTTACATT-TTTGGTTCAAATAGATAATATTTGAATGTTTATCACAAGAAACATGATGAAAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
* * ** * * * * * *
10281 ACCATTCATTGGCGAGAAAAGT-TCATTTTTAGTCAC-CTGTGCTTTCGAAAGCCTTGTTACTCG
65 GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCA
*** *
10344 CTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT-A--G----T---TGAAATT
128 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * * * *
10378 TTTTTACATT-TTTGATTGAAATATATTATAACTAAATATCTGCCT-TGAGAAACATAAAGGAGA
1 TTTTTATATTGTTTG-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAA
* * * *
10441 AGCCATCCATT-GACAAGAAAAGT-TCACTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGTC-TTATTACT
64 AGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACT
* ********** * *
10503 CACTTTAAATAGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATT
126 CACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * * * *
10549 TTTTTATATTGTTGGTTAACATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAATG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * ** *
10614 TCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAATATTATTACTTACTT
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
* ********** * *
10679 TAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTGAATTGAA--
131 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * * * * ** *
10718 TTTTTACATT-TTTAGTTAAAATGGATTATATTTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGAAGTAAAA
1 TTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * * * * *
10782 GCGATCAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTACTA-TGCGC
65 GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACT-CAC
*** * * ****
10846 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGATGANNNNN
129 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTA-AATT
***** * * * * * ** * *
10891 NNNNNAT-TT-TTTATTAAAACAGATTATGACTAAATGTTTGTCTCAGGAAACGTGAAGTAAAAG
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * * *
10954 CGATCCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTTACTGAAGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCCCT
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
* * *
11018 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATT
130 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
* * ** * *
11060 TTTTTATATTG-CTGCTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTATATCA-GAAAAAGTGAAGTAAA
1 TTTTTATATTGTTTG-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACA-TGAAGCAAA
* * * *
11123 AGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTTA
64 AGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCA
* ** *
11187 CTATAAATTGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGA-TAAATT
128 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTAAATT
* * * * * ** * ** * *
11231 TGTTTATATTATTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAT
1 TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
11296 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTCGAAAGC
66 CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGC
11347 CTTANNNNNN
Statistics
Matches: 5528, Mismatches: 1627, Indels: 534
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 7 0.00
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158 3 0.00
159 1 0.00
160 2 0.00
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163 1 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
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173 12 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAG
CCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTT
TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATT
Found at i:5198 original size:328 final size:327
Alignment explanation
Indices: 4653--5273 Score: 710
Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 327
4643 GTCTATCTTC
* * * * * *
4653 AGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGACTTCGAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGACTTCAAA
* *
4718 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTA
66 AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTCTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTGTTTTTA
* * * * ** *
4783 CATTTTGCTTTAAACAGATTGTAATTGAATGTCTGCTTCAAAAAATGTGAAGTAAAAGTCATCTA
131 CATTTTGCTTAAAACAGATTATAATTAAAAGTCTGCTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGCCATCTA
* * * * * * ** * *
4848 TTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTATTTGCTTTAAATAG
196 TTGATAAAAAAAGCTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAACCTAATTACTTGCTTTAAATAG
* * *
4913 TTTTGTAATCACTTAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGTTATAT
261 TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGTTATAT
4978 CG
326 CG
* *
4980 AGAAACATGAAGAGAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGACTTCAA
**********
5045 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTT-TTTTT
65 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTCTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTGTTTTT
* * * * *
5109 ATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTAAAAGTTTGCCTT-AGAAAACATGAAG-AACAAGCCA
130 ACATTTT-GCTTAAAACAGATTATAATTAAAAGTCTG-CTTCAAAAAACATGAAGTAA-AAGCCA
* * *
5172 T-TGATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAATCTCCCATGCCTTCGAAAACCTAATTACTTGCTTTA
192 TCT-ATTGATAAAAAAAGCTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAACCTAATTACTTGCTTTA
* * *
5236 AGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
256 AATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAAT
5274 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 51, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 37 0.16
328 198 0.83
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (327 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGACTTCAAA
AGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTCTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTGTTTTTA
CATTTTGCTTAAAACAGATTATAATTAAAAGTCTGCTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGCCATCTA
TTGATAAAAAAAGCTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAACCTAATTACTTGCTTTAAATAG
TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGTTATAT
CG
Found at i:7518 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 6032--8683 Score: 1392
Period size: 512 Copynumber: 5.2 Consensus size: 508
6022 AATCATTGTC
* * * ** * * * **
6032 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTAACTGTGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
6097 TACTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGTTGTTTCTATAT-TATTGGCTT-AATTAGATCATAATT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT-TTT-TATATGT-TT--ATTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
6159 GAATGTTTGCCTT-AGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCACTAGAGAGAAAAGTCCATTTATATT
125 GAATGTTT-CCTTAAG-AAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTCATAGT
* * *** * * ** **********
6223 TACTCATACCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTA
188 CACCCATACCTCCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
6288 AGTTGAA-TT-TCTTACATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAT
253 AGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAT-AGGAAACGT
* * * * * * * * * * * *
6351 GAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
317 GAAGCAAAAGCCATCCATAGTCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGACTCTAAAACCCATA
********** ** * *
6416 TTANNNNNNNNNNAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGCT-TGTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTT
382 TTACCTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATGT-TAAATTGAATGT-TTTTACATTT
* * * ** * * ** * * * *
6478 T-TAGTTAAAATAGATAATATTTGGATGCTTTCCTTAAAAAACATTAAGAAAAAGCTATTCATTG
444 TGCA-TTAAAACAGATTATATTTAAAAGGTCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTG
6542 G
508 G
* ** * * *
6543 TAAGAAAATTTTATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGG-TTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
6607 ATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATAT-TGTTAGTTAAAATAGCTTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATATGT-TTA-TTAAAATAGATTATAATTG
* * *
6671 AATGTCTTCCTTAAG-AACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
126 AATGT-TTCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTCATAGTCA
* * * * * *
6735 CTCGTGCCTTCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTGTAGTCTCATAATTGATTTTAAG
190 CCCATACCTCCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
6800 TTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
255 TTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAT-AGGAAACGTGA
* * * * * * * ** ** *
6865 AGCAAAAGTCATCTATTGTCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGTCTTATT
319 AGCAAAAGCCATCCATAGTCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGACTCTAAAACCCATATT
* * ** * * * *
6930 ACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTTAATTTTTTTATATTTTTCAT
384 ACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTGCAT
* * * *
6995 TAAAACAGA-T-TATTTACCAATGTCTACCTCAAGAGATATGAAGAAAAAACTATTCATTGG
449 TAAAACAGATTATATTTA-AAAGGTC-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGG
* * * * * *
7055 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCGAAAGTCATATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
7120 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACATGTTTATTTAAAACAGATTATATTTGAGT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATGTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * *
7185 GTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATT-G-GTAAAAAAGGTCCATTCATAGTCAC
129 GTTT-CCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAG-AAAAAA-GTCCATTCATAGTCAC
* * * * *
7248 CCATATCTCCTAAAGTC-TTATTACTTTG-TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT
191 CCATACCTCCAAAAG-CATCAATAC-TTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
7310 AGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTGAAATACA-TTTA-AATTGAATGTCTGCA-ATGGAAAA
253 AGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTT-AAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACATA-GG-AAA
*
7371 TGTGAAGCAAAAGCCATCCACTAG-CAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGACTCTAAAACC
314 CGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGTCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGACTCTAAAACC
7435 CATATTACCTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTTTACAT
378 CATATTACCTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTTTACAT
** * * * * *
7499 TTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAAAGGTCACCTCAGGAAACGTGAA-AAAAAAGCCATTGAT
442 TTTGCATTAAAACAGATTATATTTAAAAGGTCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CTATTCAT
7563 TGAG
506 TG-G
* * * * *
7567 AAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAATGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
7631 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTGTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTATA-TGTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * * *
7696 ATATTTGCCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAATCATCAATTGGAGAAAGAAGCCCATTTATAGTCAC
127 ATGTTT-CCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTCATAGTCAC
* * * * * * * ********** *
7761 TCATATCTTCGAAAGCATTATTACTAGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTTATAATTGATTTTAAGT
191 CCATACCTCCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
7826 T-AA-AT-ATTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTGGCT-CA-A-GAAATGTG
256 TGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-T--CTACATAGGAAACGTG
** * * * * * * ** *
7885 AAGCAAAAGTTATCCATTGCCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAA-CCTTA
318 AAGCAAAAGCCATCCATAGTCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGAC-TCTAAAACCCATA
* * * *********** * **
7949 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTACATTTTTT
382 TTACCTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTGC
* * * * * * * *
8014 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATGTGC-CGT--GGAATACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
447 ATTAAAACAGATTAT-ATTTAAAAGGT-CACCTCAAGAA-ACATGAAGAAAAAACTATTCATT-G
8076 G
508 G
* * ** ** * * * *
8077 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTACGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
8142 TAATCTCGTAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TCTTAGTTAAATTAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTATATGT-TTA-TTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *** **
8206 ATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAG-GGGAAGTCCATTTGTAGTCA
127 ATGTTT-CCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAG-AGAAAAAAGTCCATTCATAGTCA
* * * * * * ** ********** *
8270 CCAATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGG
190 CCCATACCTCCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * *** *
8335 TCAAATAT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTAT-ATTCCAATGTCTGTGTCAGGAAACATG
255 TTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-GAATGTCTACAT-AGGAAACGTG
* * * * * * * ** * * *
8398 AGGAAAAAATG-AAT-CATTA-TCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCTTGCCT-TCGAAAGCC
318 AAG-CAAAA-GCCATCCA-TAGTCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGACTCT-AAAACCC
* * * * *
8459 TTATTACATGCTTTAAACTG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTCTATAT
379 ATATTACCTGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTT-TACAT
** * * * * * * * * * *
8522 TATT--AGTTAAATTAGATTATAATT-GAATGTCTAGCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCTATCC
442 T-TTGCA-TTAAAACAGATTATATTTAAAAGGTC-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTATTC
*
8584 ATTAG
504 ATTGG
* ** * * * * * *
8589 AGTGAAAAGTCCATTTATTTTTACTCATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGGTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
8654 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
8684 GTTTTACATT
Statistics
Matches: 1688, Mismatches: 369, Indels: 167
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 16 0.01
510 446 0.26
511 402 0.24
512 447 0.26
513 344 0.20
514 29 0.02
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATGTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
TTCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGAAAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATA
CCTCCAAAAGCATCAATACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGGAAACGTGAAGCAAAA
GCCATCCATAGTCAAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGACTCTAAAACCCATATTACCTGCT
TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATGTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTGCATTAAAACA
GATTATATTTAAAAGGTCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGG
Found at i:13504 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11451--16612 Score: 2639
Period size: 171 Copynumber: 30.5 Consensus size: 169
11441 NNNNNNNNNN
* * * * * *
11451 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*** *
11516 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAATAAAGACATTCAATTTTAATATATTTTAA-TA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-
* * * * * * *
11579 AAAAATGTAAGCAAATTCAAGTGAAAAGCAATTATCAGATTAC
128 AAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
11622 AAAACCCTTCAAAGCGAGTAATAAGGC-TT-AA------A-TGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** * * * * * *
11678 CAATAGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAAGCAAACATTGAATTATAATATCTTTTAACAAAA
66 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* *
11743 AATGTAAAAAATT--TCTTACCAAA--AGATTATGAGATTAT
131 AATATAAAAAATTCAACTTA--AAATCA-ATTATGAGATTAT
* * * * * *
11781 AAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** ** **** * *
11846 CCAATGAATAGCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGATTCACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * *
11911 AAATGTAAACAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTAT
130 AAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
********** *
11952 AAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * *
12017 CCAATGTG-TGACTTTTGCTTTACATTTCTCAAAGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAA
65 CCAATG-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
**********
12081 AAAATATAAAAAATTTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTAT
129 AAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
12123 AAAACCATTT-AA---A-TAA-AA--CTTTCAAAGG-TAT-AGATGACTATAAATAGG-CCTTTC
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCT-TGAG-TGACTATAAAT-GGACTTTTC
* ** ** * * * * * * * * *
12177 TTGTCAATACATAACTTCTTTC-TCATGTTTCTTAAAGTAAACTTTTGAA-TATAATCTGTTTTA
62 TTGCCAATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGAC-ATTCAATTATAATATATTTTA
* * **********
12240 AGC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNN
125 A-CTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
12286 AAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TAT-AGATGATTATAAATGCACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCT-TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * * * * *
12349 TACCAATGAATGACTTTTTTTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACC
63 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
12414 AAAAA-AGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 AAAAATA-TAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
****************** * * *
12457 AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * *
12521 ACCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTT-TCCAAGACACACATTCAATTGTAATCTATTTTAACT
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* ********** *
12585 AAAAATGTAAAACAATTCAACTNNNNNNNNNNTATAAGATTAT
128 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
12628 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * ** *
12693 CCAATAGATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-CTATGGCA-AGCATTCAAATATAATCTGCTTTAACC
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * *
12756 AAAAATGT-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT
128 AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ** * ** *
12797 AAAACTATTTAAATTGAGTAATAATACTTTCAAACGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ** * *
12862 TCAATGGATGGCATTTGTTTCACGTTTC-CTGGGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* * **********
12926 ACAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNT
129 AAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
12968 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCGTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * *
13033 CCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGCTGATCAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAC-AA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
*
13097 AAATTGTAGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AAA-TATA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * * *
13140 AAAACCATTGAATGCAAGCAATAAGGTTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATAGACTTTT-TCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* ** ** * * * * * * * * * *
13204 GCTAATAAATAACTTTTTCTTCAAGTTGCTCAAGGTAAACATTCAAATAT-TTTTGTTTGAAC-A
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
*
13267 AAACATGTAAAACAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTAT
129 AAA-ATAT-AAA-AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
********** * *
13311 ANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
13376 TCAAAGGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCGAGCCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAGTAA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* *
13441 AAATATAAACAAATTTAACTTATAATCAATTATGAGATTAT
130 AAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
13482 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTCG-CTATAAATGGAATTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * *
13546 ATCAATGGATGGCTTTTGC-CCTATGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTATCT
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * * *
13610 AAAAATGTAAGGAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTAC
128 AAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * * *
13653 ACAATCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTTGAAGGCAT-AGGTGACAATAGATAGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
13717 GCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-AATGGTAGACATTCAAATATTATATGTTTTAA-T
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAA-GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * **********
13780 AAAAAATATAAAATAATTTAACATAAAATCAATNNNNNNNNNNT
128 -AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
13824 AAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
13888 ACTAATGGATGGCTTTCGCCTT-ATGTTTCTTAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACA
64 GCCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* *
13952 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT-ACAATTAT
128 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTAT
* ** * * *
13995 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCATTGAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTT-TTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *** * *
14059 CTAATAGATGGCTTTTACTTTGCGTTTC-CTAAGGCAGACATTTAGTTATAATATATTTTAACTA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* **********
14123 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTAT
129 AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
14165 AAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** ** * * * ** * * * *
14229 ACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TTTAGGTAAATATTCAAACATTATCTGTTTT-AGTC
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-
* * * *
14292 AAAAATGTAAAACAATTCAACGTAATATCAATTATGACATTAT
128 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
14335 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
14400 CCAGTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCACTAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * * **********
14465 CAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATNNNNNNNNNNT
130 AAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * *
14506 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
14571 ACAAT-GACTGGCTTTCT-CTTCATGTTTC-CATAGACA-AGCAGTCAATTATAATCTGTGTTAA
65 CCAATGGA-TGGCTTT-TGCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAA
* **********
14632 CAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNT
126 CTAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * * * *
14677 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAACAT-AGGTGAGTATGAATGGACTTTTATT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * **
14741 AG-CAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATGAATTATAATATGTTTTTTC-
64 -GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* * * *
14804 AAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTAT
128 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
14847 AAAACCATTTAATGAGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGA-TAATAAATGGAC-TTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * *
14910 GCCAGTGGTTGG-TGTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
64 GCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT
* **
14974 ATAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGACTTTAT
128 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* **
15017 AAAACCATTTCAAGCGAGT-A-AA-G------AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCAC
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * *
15073 TAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CGAA-GCTATATACTCAATTATAATCTA-CTTAAGGC
66 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGC-AGACATTCAATTATAATATATTTTAA--C
* * * *
15135 -AAGAATGTAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGTGATTAT
127 TAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
15178 AAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * ** *
15243 CCAATAGATAGCTGTTACTTCATGTTTTTTAAAACAGACATTCAATAATAA-ATATTTTAA-TAA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A
* * * * *
15306 AAAATGTAAAATATTTATCTTAAAATTAATTATGAGATTAT
129 AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ********* * *
15347 GAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * * ** * *
15412 CTAGTGGGTGACTTTTTCTTCACGTTAC-CTATGTTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAA
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* *
15476 AAAATATAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTAAGAGATTAT
129 AAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * *
15518 AAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTGGATGGCAAGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** * *
15583 CCAATTGATGGCTTTTGCTTCATATATCTTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-A
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* *
15647 ACATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATT-T
130 AAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * * * * *
15687 CAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAGGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTT
1 -AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * * * *
15752 GCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-T-TGTTTAACA
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT-TTTAACT
* *
15815 AAAAATACAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTAT
128 AAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
15858 GAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * * *
15923 ATAA-GAGATGGCTTTTACTTTACAT-TTCCT-AAGGCAGATATTTAATTATAATATATTTTAA-
65 CCAATG-GATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* ******** * * *
15984 GAAAANNNNNNNNNNAATTTAACTTAAAATTAATTATGAAATTAT
127 TAAAA--ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *** * * * * *
16029 AAAATCC-CTTAAAATAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGCACTTTTCTT
1 AAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * ** * * * * * *
16093 ACCAATAAATAGCTTTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAAATAGT-ATCTATTTGAAC
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA-TAATATATTTTAAC
* * * * * *
16156 CAAAAATATAAAAATTTTAACTTCAAATTAACTATGAGA-TAT
127 TAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
16198 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATATTGCTTTCGAAGG-TATGAG-GTATTATGAATGAACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCT-TGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
16261 CT-CTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACAT-TTTCT-GAGACAGACATTCAATTATAATATATTTT-
63 -TGCCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTA
* *
16322 ACCAAAAATATTAAAAA---AA--T----TCAATTATGAGATTAT
125 ACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
16358 AAAACCATCTAAAGCAAATAATAAGACTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGG-GTTTGTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTT
* ** * * * * *
16422 GCCAATGAATCAC-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATT-TTATCTGTTTTAACC
64 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC-AATTATAATATATTTTAACT
* *
16485 AAAAATATGAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTAT
128 AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
16527 AAAACCATTTATAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
16592 CCAATGGATGGCTTTTGCTTC
65 CCAATGGATGGCTTTTGCTTC
16613 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3748, Mismatches: 1035, Indels: 417
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 3 0.00
158 8 0.00
159 72 0.02
160 112 0.03
161 175 0.05
162 9 0.00
163 93 0.02
164 19 0.01
165 5 0.00
166 3 0.00
167 2 0.00
168 32 0.01
169 543 0.14
170 744 0.20
171 1749 0.47
172 173 0.05
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
AATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:13670 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 11451--16609 Score: 1483
Period size: 340 Copynumber: 15.2 Consensus size: 338
11441 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
11451 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
11516 CCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCCTAA--TAAAGACATTCAATTTTAATATATTTTAAT
65 CTAATGGATGGCTTTTGCCCT-ATGTTT-CTAAGGT-AA-ACATTCAATTATAACATATTTT-AT
* * * * * * * * * *
11578 AAAAAATGT-AAGCAAATTCAAGTGAAAAGCAATTATCAGATTACAAAACCCTTCAAAGCGAGTA
125 CAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTA
* * * *
11642 ATAAGGC-TT---A-----AA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATA-GAT-AGCTTTTGC
188 ATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAA-AGGATGA-CTTTTAC
** * * * * * * * *
11695 TTCACATTTCCCAAAGCAAACATTGAATTATAATATCTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTT--
251 TTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAA
11757 CTTACCAAA--AGATTATGAGATTAT
316 CTTA--AAATCA-ATTATGAGATTAT
**** * * * *
11781 AAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACGATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *** * * ** * *
11846 CCAATGAATAGCTTTT-TTTTCATGTTTCTTGAGATTCACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACT
65 CTAATGGATGGCTTTTGCCCT-ATGTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAA-CATATTTTATC-
* * * **********
11909 AAAAATGT-AAACAAATTCACCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAA
126 AAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
11973 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGTG-TGACTTTTGCTT
189 TAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAG-GATGACTTTTACTT
* ** * * * * ***
12037 TACATTTCTCAAAGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTTNNNN
253 CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTT-AAC
******
12101 NNNNNNTCAATTATGAGATTAT
317 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
12123 AAAACCATTT---A-AA-TAA-AA--CTTTCAAAGG-TAT-AGATGACTATAAATAGG-CCTTTC
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAG-TG-CTATAAAT-GGACTTTTC
* ** ** * * * * * *
12177 TT-GTCAATACATAACTTCTTTCTC-ATGTTTCTTAAAGTAAACTTTTGAA-TATAATC-TGTTT
62 TTACT-AATGGATGGCTT-TTGCCCTATGTTTC-TAAGGTAAAC-ATTCAATTATAA-CATATTT
* * * ********** *
12238 TAAGCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTGAAGCGA
122 T-ATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGA
* * * * * *
12303 GTAATAAGGCTTTTAAAGG--TATAGATGATTATAAAT-GCACTTTTCTTACCAATGAATGACTT
185 GTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTA-AG-TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTT
** * * * * *
12365 TTTTTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAA-AGTAAACAAA
247 TTACTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAA
*
12429 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
311 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
****************** * ** *
12457 AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * ** * * *
12521 ACCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTTTCCAAGACACACATTCAATTGTAATC-TATTTTAACT
64 ACTAATGGATGGCTTTTGCCCTATG-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAA-CATATTTTATC-
**********
12585 AAAAATGTAAAACAATTCAACTNNNNNNNNNNTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
126 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
12649 TAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATA-GATGCCTTTTTCTT
189 TAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAA-AGGATGACTTTTACTT
* * ** * ** * *
12713 CACGTTTC-CTATGGCA-AGCATTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAAATGT--AAAAATTTAA
253 CATGTTTCTC-AAGGCAGA-CATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAA
*
12774 CTTAAAATCAATTATGAAATTAT
316 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *** ** * **
12797 AAAACTATTTAAATTGAGTAATAATACTTTCAAACGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * ** * * * *
12861 TTCAATGGATGGCATTTG-TTTCACGTTTCCT-GGGACAAACATTCAATTATAATC-TATTTTAA
65 CT-AATGGATGGCTTTTGCCCT-ATGTTT-CTAAGG-TAAACATTCAATTATAA-CATATTTTAT
* * * ********** *
12923 CTAACAATATAAAA-AAGTTTAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGTGAGT
125 C-AAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
12987 AATAATGCGTTCG-AAGGCTTGAGTGGCTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTG
187 AATAAGGC-TTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTA
* * ** * * * *
13050 CTTTATGCTGATCAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAC-AAAAATTGTAGAAACAATT
250 CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAA-TATA-AAAAAATT
*
13114 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
313 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * * * * * *
13140 AAAACCATTGAATGCAAGCAATAAGGTTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATAGACTTTT-TCT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCT-T
* ** ** * * * * * *** * * *
13204 GCTAATAAATAACTTTT-TCTTCAAGTTGCTCAAGGTAAACATTCAAATAT-TTTTGTTTGAACA
64 ACTAATGGATGGCTTTTGCCCT-ATGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTATCA
* *********
13267 AAACATGTAAAACAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTA
127 AAA-ATGTAAAAC-AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAAATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTA
* * * *
13331 ATAAGGCTTTCAATGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAAAGGATGACTTTTACT
188 ATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AAAGGATGACTTTTACT
* * * *
13395 TCATGTTTCTCGAGCCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAGTAAAAATATAAACAAATTTAAC
252 TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAAC
*
13460 TTATAATCAATTATGAGATTAT
317 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
13482 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTCGCTATAAATGGAATTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTA
* *
13547 -TCAATGGATGGCTTTTGCCCTATGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTATCTA
65 CT-AATGGATGGCTTTTGCCCTATGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTATC-A
* * * * * *
13611 AAAATGTAAGGA-AATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTACACAATCATTTAAAGCGAGTAAT
127 AAAATGTAA-AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * * *
13675 AATTCTTTTG-AAGGCATAGGTGACAATAGATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTC
190 AAGGC-TTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTACTTC
* ** * * *
13739 ATGTTTCT-AATGGTAGACATTCAAATATTATATGTTTTAA-TAAAAAATATAAAATAATTTAAC
254 ATGTTTCTCAA-GGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTTAAC
* **********
13802 ATAAAATCAATNNNNNNNNNNT
317 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
13824 AAAACCATTT-AAACTGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAAC-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * *
13888 ACTAATGGATGGCTTTCGCCTTATGTTTCTTAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAA
64 ACTAATGGATGGCTTTTGCCCTATGTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTATC-A
13953 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT-ACAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
127 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-AATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
14017 AAGTCATTGAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTT-TTACTAATA-GATGGCTTTTACTTT
190 AAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAA-AGGATGACTTTTACTTC
** * * *
14080 GCGTTTC-CTAAGGCAGACATTTAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
254 ATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACT
**********
14144 TAANNNNNNNNNNGAGATTAT
318 TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
14165 AAAACCATTTAAAGCATGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * ** * *
14230 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-AT-TTT-TTAGGTAAATATTCAAACATTATC-TGTTTTAGT
65 CTAATGGATGGCTTTTGC--C-CTATGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTA-TAACATATTTTA-T
* * *
14291 CAAAAATGTAAAACAATTCAACGTAATATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
125 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * ** * * *
14356 TAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTGCTTT
189 TAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTACTTC
* * * * * * *
14421 ATGTTTCACTAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTTAATTT
254 ATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTT
**********
14486 AAAATCAATNNNNNNNNNNT
319 AAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * *
14506 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTT-
* * ** * * * *
14571 AC-AAT-GACTGGC-TTT-CTCTTCATGTTTCCATAGACAAGCAGTCAATTATAATC-TGTGTTA
64 ACTAATGGA-TGGCTTTTGC-CCT-ATGTTTCTA-AGGTAAACATTCAATTATAA-CATATTTTA
* * ********** *
14631 ACAAAAAATATAAAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAG
124 TC-AAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAG
* * * * * * * * * *
14695 TAATAAGGCTTTTGAAA-ACATAGGTGAGTATGAATGGACTTTTATTAGC-AATGAAT-AGTTTT
186 TAATAAGGC-TTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAAAGGATGA-CTTT
* * * * * * * * ** * * *
14757 TTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATGAATTATAATATGTTTTTTC-AAAAATGTGAAAACATT
248 TACTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
* * *
14821 CAACTTAAAATGAATTATAAGATTAT
313 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** ** * *
14847 AAAACCATTTAATGA-GGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGATAATAAATGGAC-TTTCTT
1 AAAACCATTTAA-AACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGCT-ATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * * * *
14910 GCCAGTGGTTGG-TGTTTG-CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
64 ACTAATGGATGGCT-TTTGCCCT-ATGTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTATC
* * * ** *
14973 TATAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCATTTCAAGCGAGT-A
126 -AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * * * *
15037 -AA------G--AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACTAATGGGTGGCTTTTGCTTC
189 TAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTACTTC
* * * * * * * * * *
15093 ATGTTTC-CGAA-GCTATATACTCAATTATAATCTA-CTTAAGGC-AAGAATGTAAAAACATTCA
254 ATGTTTCTC-AAGGC-AGACATTCAGTTATAATATATTTTAA--CTAAAAATATAAAAAAATTTA
* *
15154 ACTAAAAATCAATTATGTGATTAT
315 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
15178 AAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * * *** * * *
15243 CCAATAGATAGCTGTT-ACTTCATGTTTTTTAAAACAGACATTCAATAATAA-ATATTTTAATAA
65 CTAATGGATGGCTTTTGCCCT-ATG-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTT-ATCA
* * * * * * * ****
15306 AAAATGTAAAA-TATTTATCTTAAAATTAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGNNNNN
127 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAAACATTTAAAGCGAG-TAAT
***** * * * ** * *
15370 NNNNNTTTG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAGTGGGTGACTTTTTCTTCA
190 AAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTACTTCA
* * * ** * * * * *
15434 CGTTAC-CTATGTTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAATAATTCAACTT
255 TGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTT
* *
15498 TAAATCAATTAAGAGATTAT
319 AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * ** * * *
15518 AAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTGGATGGCAAGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * ** * * *
15583 CCAATTGATGGCTTTTG-CTTCATATATCTTGAGACAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAACT
65 CTAATGGATGGCTTTTGCCCT-ATGTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAA-CATATTTTATCA
* * * * ** *
15646 AACATAT-AAACAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGTAAGAAA
127 AAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * * * * * ** *
15709 TAGGGCTTTTGAAA-GCATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTT
189 TAAGGC-TTTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTACTT
** * * * * * * * * *
15773 CACATTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-T-TGTTTAACAAAAAATACAAAAATATTCAAC
253 CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATAT-TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAAC
*
15836 TTAAAATCAATTATGAGTTTAT
317 TTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
15858 GAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTT-CT
* * ** ** * * * * * **
15922 GA-TAA-GAGATGGCTTTTACTTTACATTTCCTAAGGCAGATATTTAATTATAATATATTTTAAG
63 TACTAATG-GATGGCTTTTGCCCTATGTTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTATC
********* * * ** *** *
15985 AAAANNNNNNNNNNAATTTAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAATCCCTTAAAATAAGAAA
126 AAAA-ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * * * *
16050 TAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAGAT-GCACTTTTCTTACCAATA-AAT-AGCTTTTT
189 TAAGGCTTT-GAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCTAA-AGGATGA-CTTTTA
** * * * ** * * * *
16111 C-TCTATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAAATAGT-ATCTATTTGAACCAAAAATAT-AAAAATTT
250 CTTC-ATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTA-TAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
* * *
16173 TAACTTCAAATTAACTATGAGA-TAT
313 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * ** * *
16198 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATATTGCTTTCGAAGG-TATGAGGTATTATGAATGAACTTTTCTC
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGA-GTGCTATAAATGGACTTTTCT-
* * ** * * *
16262 T-CTAGTGGATGGCTTTTGCTTCAC-AT-TTTCTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAC
63 TACTAATGGATGGCTTTTGC--C-CTATGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAT
* * * * * *
16324 CAAAAATATTAAA-AA---AA--T----TCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCAAATAA
125 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** * * * * *
16379 TAAGACTTTCGAAA-GCATGAGTGACTATAAAT-GGGTTTGTCTTGCCAATGAATCAC-TTTGCT
189 TAAGGCTTT-GAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGCTAAAGGATGACTTTTACT
* * * * * * * *
16441 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATT-TTATCTGTTTTAACCAAAAATAT-GAAAAATTCAA
252 TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC-AGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAA
*
16504 CTTAAAATCATTTATGAGATTAT
316 CTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * * *
16527 AAAACCATTTATAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTA
*
16592 CCAATGGATGGCTTTTGC
65 CTAATGGATGGCTTTTGC
16610 TTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 3615, Mismatches: 985, Indels: 459
0.71 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
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TAATGGATGGCTTTTGCCCTATGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTATCAAAAA
TGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTGAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAAGGATGACTTTTACTTCATGTTTC
TCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTAT
Found at i:15802 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 12621--16612 Score: 1636
Period size: 340 Copynumber: 11.8 Consensus size: 334
12611 NNNNNNTATA
** * * ** * *
12621 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTAAGTGATTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * **
12685 TTTTCTTACCAAT-AGATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCTATGGCAAGCATTCAAATATAATCTGC
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* * * * * *
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** * * * ** *
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* * * * * *
12876 TTGTTTCACGTTTCCTGGGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAGT
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****
12941 TTAACTTAAAATCAATNNNN
315 TTAACTTAAAATCAATTATG
****** * * * * * * * * *
12961 NNNNNNTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCGTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * ** * *
13026 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGCTGA-TCAAGACAAACATTCAGTTATAATATATT
66 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * *
13090 TTAACAAAAATTGTAGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAATGC
130 TTAACAAAAAATATA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * ** **
13155 AAGCAATAAGGTTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGAT-AGACTTTT-TCTGCTAATAAATAACT
193 TAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCT
* ** ** * * * * * *
13218 TTTTCTTCA-AGTTGCTCAAGGTAAACATTCAAATAT-TTTTGTTTGAACAAAACATGTAAAACA
256 TTTGCTTCACA-TT-CTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC--AACA---AAAA-A
13281 AATTCAA-TCTAAAATCAATTATG
313 AATT-AACT-TAAAATCAATTATG
********** ** * * * **
13304 AGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGACTTAAGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGGGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * * ** * * *
13368 TTTTCTTGTCAAAGGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCGAGCCAGACATTCAGTTATAATATATT
65 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
** * * * *
13433 TTAAGTAAAAATATAAACAAATTTAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACA
130 TTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
* **
13498 AGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCTTGAGTCG-CTATAAATGGAA-TTTTCTTATCAATGGATGGCT
194 AGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGAGT-GACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* ** ** ** * *
13560 TTTGC-CCTATGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTATCTAA-AAATGTAAGGA
256 TTTGCTTC-A-CATTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AACAAA---AA--A
*
13623 AATTTAACTTAAAATTAATTATG
313 AA-TTAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * ** * * * * * *
13646 AGATTACACAATCATTTAAAGCGAGTAATAATTCTTTTGAAGGCATAGGTGACAATAGATAGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * * *
13711 TTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTT-TCTAATGGTAGACATTCAAATATTATATGTT
66 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAA-GGTAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * **********
13775 TTAATAAAAAATATAAAATAATTTAACATAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAA-CT
130 TTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
* * * * * *
13839 GAGTAATAAGGCTTTCA-AATGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGGCTT
194 -AGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
* ** * * * *
13903 TCGCCTT-ATGTTTCTTAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACAA
257 TTG-CTTCA-CATTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AACAA---AAAA-AA
13967 TTCAACTTAAAATCAATTAT-
315 TT-AACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * * * *
13987 ACAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCATT-GAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGA
1 A-GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * * * * *
14051 CTTTT-TTACTAAT-AGATGGCTTTTACTTTGCGTTTCCTAAGGCAGACATTTAGTTATAATATA
64 CTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTA
* * **********
14114 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAG
128 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * *
14179 C-ATGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCT
192 CTA-GTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * ** * * ** * * * * *
14243 TTTTCTTCACATTTTTTAGGTAAATATTCAAACATTATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAACAAT
256 TTTGCTTCACATTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTA-ACAACAA---AAAA-AAT
* *
14308 TCAACGTAATATCAATTATG
316 T-AACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * * * * *
14328 ACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGCTTGAGTGACTATGAATAGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * ** * * *
14392 TTTTCTTACCAGTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCACTAGACAGACATTCAGTTATAATATATT
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* * * * * ********** *
14457 TTAACCAACAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCG
130 TTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
** * * *
14522 AGTAATAATACTTTCA-AAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAAT-GACTGGCTT
194 AGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTT
** * * * * * *
14585 TCT-CTTCATGTTTCCAT-AGACA-AGCAGTCAATTATAATCTGTGTTAACAAAAAATATAAAAA
257 T-TGCTTCA-CATT-CTTGAGACAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAAC--AACA-A-AAAAA
****
14647 AGTTCAACTTAAAATCAATNNNN
314 A-TT-AACTTAAAATCAATTATG
****** * * * * * * *
14670 NNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAACATAGGTGAGTATGAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * *
14735 TTTATTAGCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACAATGAATTATAATATGTTT
66 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTT
** * * * * * ***
14800 TTTC-AAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTAATGAGG
131 TAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTA
* * * * * *
14864 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGA-TAATAAATGGAC-TTTCTTGCCAGTGGTTGG-TGTT
195 GTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TT
** ** * *
14926 TGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTATAAATATAAAAGAATT
258 TGCTTCA-CATTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-A-ACA-A-AAAA-AATT
14991 CAACTTAAAATCAATTATG
317 -AACTTAAAATCAATTATG
** * ** *
15010 ACTTTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAAA-GAGGC-TT-----G-A---GTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG-AAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * * * * * *
15064 TTTTCTCACTAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCGAAGCTATATACTCAATTATAATCTA-C
65 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
15128 TTAAGGC-AAGAATGTAAAAACATTCAACTAAAAATCAATTATGTGATTATAAAATCATTTATAG
130 TTAA--CAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
15192 CGAGTAATAAGGCTTTTA-AAAGCTTGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATAGATAGC
192 CTAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* * ** * * * * * *
15255 TGTTACTTCATGTTTTTTAAAACAGACATTCAATAATAA-ATATTTTAATAAAAAATGTAAAATA
255 TTTTGCTTCA-CATTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAACAAA---AAAA-A
* *
15319 TTTATCTTAAAATTAATTATG
315 -TTAACTTAAAATCAATTATG
* * ********* * * *
15340 AGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG-AAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * * * *
15404 TTTTCTTACTAGTGGGTGACTTTTTCTTCACGTTACCTATGTTAGACATTTAATTATAATATATT
65 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
* *
15469 TTAACAAAAAATATAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
130 TTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
* * * * * * *
15534 AGTAATAATGCTTTGGATGGCAAGAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATTGATGGCTTTT
194 AGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT
* *
15599 GCTTCATATATCTTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACATATAAACAAATTCA
259 GCTTCACAT-TCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AACA-A-AAA-AAATT-A
*
15664 ACTTAAAATCAGTTATG
318 ACTTAAAATCAATTATG
* * *
15681 AGATT-TCAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAGGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAGTGGAC
1 AGATTAT-AAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
15745 TTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAAT-T-TG
65 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTAT-
* * *
15808 TTTAACAAAAAATACAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATGAAACCATTTAAAGC
129 TTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * **
15873 TAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCTGATAA-GAGATGGCTT
193 TAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-GATGGCTT
* * * * * * * * ***
15937 TTACTTTACATTTCCTAAGGCAGATATTTAATTATAATATATTTTAAGAA-AANNNNNNNNNNAA
257 TTGCTTCACA-TTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAACAA-------AAAAA
* *
16001 TTTAACTTAAAATTAATTATG
314 ATTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
16022 AAATTATAAAATCC-CTTAAAATAAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGCAC
1 AGATTATAAAA-CCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *** * *
16086 TTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAAATAGT-ATCTA
65 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTA-TAATCTA
* * * * * * *
16149 TTTGAACCAAAAATATAAAAATTTTAACTTCAAATTAACTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGC
128 TTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * * * *
16213 AAGTAATATTGCTTTCGAAGGTATGAG-GTATTATGAATGAACTTTTCTCT-CTAGTGGATGGCT
193 TAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCT
* *
16276 TTTGCTTCACATTTTCTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTT-AC--C-AAAAATATTAA-
256 TTTGCTTCACATTCT-TGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAACAAAAAAAATTAAC
*
16336 -AAAAATTCAATTATG
320 TTAAAA-TCAATTATG
* * * * *
16351 AGATTATAAAACCATCTAAAGCAA-ATAATAAGACTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGG-G
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGA-AATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * * *
16414 TTTGTCTTGCCAATGAATCAC-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATT-TTATCTG
65 TTT-TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTC-AATTATAATCTA
* * * *
16477 TTTTAACCAAAAATATGAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTATAGC
128 TTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
16542 CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
193 TAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
16606 TTGCTTC
257 TTGCTTC
16613 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2782, Mismatches: 715, Indels: 321
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 77 0.03
329 150 0.05
330 110 0.04
331 84 0.03
332 50 0.02
333 2 0.00
336 1 0.00
337 2 0.00
338 3 0.00
339 20 0.01
340 763 0.27
341 642 0.23
342 613 0.22
343 254 0.09
344 8 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTACCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTT
TAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAG
TAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC
TTCACATTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAACAAAAAAAATTAACTTAAAA
TCAATTATG
Found at i:17423 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17238--17655 Score: 466
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 168
17228 NNNNNNTTCC
* * *
17238 CAAGACAGACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
1 CAAGACAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
17303 ATAAAATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAACCTTTCGAAGGCATT-TGTGATTATAAATG
66 ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-AACCTTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATAAATA
* * * * *
17367 GACTTTTCTTGCTAATGAATGATTTTTTCTT-CGTGTTTCT
129 GACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTACCT-TTTCT
* * * * * *
17407 CAAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAAAAAAAAGTTCAACTCAAAATCAAT
1 CAAGACAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * **
17471 TATATGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAG
65 TATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAG
* * *
17536 ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACCTTTTTT
130 ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTT-ACCTTTTCT
* * ** * *
17576 GAA-ACAAACATTCAATGGCAATATGTTTTAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 CAAGACAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
17640 TATAAGATTATAAAAC
65 TATAAGATTATAAAAC
17656 CAT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 39, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 80 0.39
169 114 0.56
170 8 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CAAGACAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGA
CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTACCTTTTCT
Done.