Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399184.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2454.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 3974 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2713 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2248--2843 Score: 427
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
2238 TTTTCAAAGT
* * * *
2248 AAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAATAT-AACAAA-ATTAAACTTAAAATCGATTTTG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGAAAAAATATTAAGCTTAAAATCAATTTTG
* * * * * ** **
2311 AGGTTGTAAAACAATATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTTGGATGACTATAAATAAG
65 AGATTATAAAACCAT-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAG-TGACTATAAATGGG
* * * **
2375 CTTTTCGT-GCCAATGAATTGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA
128 CTTTTC-TCGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA--TTTCTTAAGCC
* * * *
2419 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATGTAACAAA-ATTAAGCTTAAAATCAACTTTG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAATATTAAGCTTAAAATCAATTTTG
* * ********************* **
2483 AGGTTATAAAACTATTTAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TTTGGTGACTATAAATGGGC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGC
* * *
2547 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATATTTCTTGAGCC
129 TTTTCTCGCCAATGAATGGGTTTTTC-TT-CATTTCTTAAGCC
* * * *
2590 AAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAACAAT-TTAA-CTTAAAATGAATTAT
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GAAAA-AATATTAAGCTTAAAATCAATT-T
* *
2653 T-AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGAGTATAAATGGG
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGG
* * * **
2717 CTTTTCTCGCTAATGAGTTGGTTTTTCTTCATTTCTTAAGGT
128 CTTTTCTCGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTCTTAAGCC
* * *
2759 AAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAAAATATTAAGCTTAAAATCCATTTTGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAATATTAAGCTTAAAATCAATTTTGA
*
2824 GGTTATAAAACCATTTAAAG
66 GATTATAAAACCATTTAAAG
2844 AGGGTNNNNN
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 88, Indels: 30
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 9 0.03
169 70 0.22
170 6 0.02
171 180 0.56
172 54 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAATATTAAGCTTAAAATCAATTTTGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTCGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTCTTAAGCC
Found at i:3392 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 3179--3845 Score: 590
Period size: 169 Copynumber: 3.9 Consensus size: 166
3169 GACACCTAAT
* * * * * *
3179 CCTTCAAAAGCATTATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAATTTAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * *
3244 ATTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAAAAAAATAAAAAAATCC
66 TTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAAATAAAAAAA--C
*********
3309 AATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTNNNNNNNNNNCAAG
129 AATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT-AAAAGCAACCAAG
* * * * * * *
3348 CCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATACTTGATTTTAAGTTCAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
* * * * *
3413 GTTTTTTACA-TATTAGTGAAAACAGATTATTATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAA-AAAAA
66 -TTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCA-AAA-A-AATAAAAA
* * * * *
3476 AATCAATTCATTGTCAAGAAAAGCCTATTTATAGTC-ACCTAAA
126 AA-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTAAAAG-CAACC-AAG
* *
3519 CCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA-ATGATTTTATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-G-TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTA
* * * * * *
3583 ATTTTTTTGCAGTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATATAAAAA
64 ATTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC-AAAAAAATA-AAAAA
* * * * *
3648 CCAATTCATTGGCAA-ATAAAGGCCATTTATAGTCACCCAAG
127 ACAATTCATTGGCAAGA-AAAGCCCATTAAAAG-CAACCAAG
* * * *
3689 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-
* *
3754 TTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA-AAAAAT-AA-AAAA
* *
3818 ACATGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
127 ACA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
3846 TATAGTCATC
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 71, Indels: 42
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 145 0.36
170 98 0.24
171 92 0.23
172 67 0.17
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
TTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAAATAAAAAAACAA
TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTAAAAGCAACCAAG
Found at i:3525 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2951--3878 Score: 754
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
2941 NNNNNNNNGG
* * * * * *
2951 GAAACATGAATAAAAATGC-ATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAATCACTTAAGCCTTCAA
1 GAAACATAAAAAAAAAT-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
** * * **********
3015 AAGCCTTATTACTCTCTTCGAATGGTTTTACAACCTCATACTTGATNNNNNNNNNNATTGTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTT
* * *
3080 ACATTTTGGTGAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGA
129 ACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
******** * * * * *
3122 GAAACATNNNNNNNNNNA-C-ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTCTCGACACCTAATCCTTCA
1 GAAACAT--AAAAAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * * * *
3185 AAAGCATTATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAATTTAATATTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTT
* * *
3250 GTA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACC-TCA
128 -TACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
*********
3292 -AAA-A-AATAAAAAAATCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTNNNNNNNNNNC-AAGCCTTC
1 GAAACATAA-AAAAAAAT-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT-TATAGTCACCTAAGCCTTC
* * * * * *
3353 AAAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATACTTGATTTTAAGTTCAATGTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTT
* * *
3418 TTACATATTAGTGAAAACAGATTATTATTGAATGTTTACCTTGA
127 TTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * *
3462 GAAACATAAAAAAAAATCAATTCATTGTCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAA
1 GAAACATAAAAAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
* * * * * *
3527 AACCTTATTACTCGCTTTAAAATGATTTTATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTG
66 AGCCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
* * * *
3592 CAGTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
130 CA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * *
3634 GAAACAT--ATAAAAACCAATTCATTGGCAA-ATAAAGGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
1 GAAACATAAAAAAAAATCAATTCATTGGCAAGA-AAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* *
3696 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTT
* * **
3761 GCATTTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA
129 ACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * * *
3803 GAAACATGAAGAAAAA-CATGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATC-ATAG-CTTCT
1 GAAACATAAAAAAAAATCA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTC-
*
3865 GAAAGCCTTATTAC
63 AAAAGCCTTATTAC
3879 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 132, Indels: 50
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
168 4 0.01
169 183 0.31
170 96 0.16
171 229 0.38
172 84 0.14
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATAAAAAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAC
ATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
Found at i:3878 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3141--3853 Score: 849
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
3131 NNNNNNNNAC
* * * * * * * * *
3141 ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTCTCGACACCTAATCCTTCAAAAGCATTATTTCTCTCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
3206 AATGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAATTTAATATTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGAT
66 AATGATTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAATTTAATATTTTTGCAGTTTTAGTTAAAACAAAT
**
3271 TATAATTGAAAGTTTACCTCAAAAAAATAAAAAAATCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTNN
131 TATAATTGAAAGTTTACCTCAAAAAAATAAAAAAATCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
******** * * *
3336 NNNNNNNNCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATACTTGAT
196 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGAT
* **
3401 TTTAAGTTCAATGTTTTTTACATATTAGTGAAAACAGATTATTATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
261 TTTAAGTTCAATGTTTTTTACATATTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
3466 CATAAAAAAAAATCA
326 CATAAAAAAAAATCA
* * *
3481 ATTCATTGTCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-
* * * * *
3546 AAATGATTTTATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTGCAGTTTTGGTTAAAATAAA
65 AAATGATTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAATTTAATATTTTTGCAGTTTTAGTTAAAACAAA
* * * * *
3611 TTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATATAAAAA-CCAATTCATTGGCAA-ATAAAGGCCAT
130 TTATAATTGAAAGTTTACCTC-AAAAAAATAAAAAAATCCAATTCATTGGCAAGA-AAAGCCCAT
* * * *
3674 TTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
193 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATT
* * * * * *
3739 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA
258 GATTTTAAGTTCAATGTTTTTTACA-TATTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA
* *
3803 GAAACATGAAGAAAAA-CA
322 GAAACATAAAAAAAAATCA
*
3821 TGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
1 -ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
3854 TCATAGCTTC
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 57, Indels: 9
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 56 0.18
341 233 0.75
342 22 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGATTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAATTTAATATTTTTGCAGTTTTAGTTAAAACAAAT
TATAATTGAAAGTTTACCTCAAAAAAATAAAAAAATCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTGAT
TTTAAGTTCAATGTTTTTTACATATTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
CATAAAAAAAAATCA
Found at i:4709 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4124--5194 Score: 1078
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
4114 NNNNNATTTA
* * * * * * *
4124 GGAAACATAAATAAAAACACATTCATTAGCAAAAAAAACCCATTTATAGTGACCTAAGACTTCAA
1 GGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
* * * * * ** * *
4189 AAGCGTTATTGCTCTCCTGAAATGATTTTGCAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA---TTTTT
* * * *
4254 TTACATTTTGGGGAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTACCTT
128 TTACATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * *
4296 GAAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCA
1 G-GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * * * *
4361 AAAACCTTATTTCTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTTAATATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
** * * * *
4426 GTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTGAAAGTTTGCC-T
130 ACATTTTT-GTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
** * *
4466 CAAAAAATGAAGAAAAGC-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
1 GGAAACATGAAGAAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * * * * *
4530 AAGGCCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTACAACCTCATACTTAATTTTAAGTTTAATTGTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTT
*
4595 TACATTTTTGTGAAAACAGATTGTAATT-AGATGTTTACCTT
129 TACATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTACCTT
* * * *
4636 GGAAACATCAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCTATTTATAGTCATCC-AAGCCTTCA
1 GGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCA
* *
4700 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
* * *
4765 ACATTTTTTGTGAAAACAAATTATAATTGATTGTTTTCCTT
130 ACA-TTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * * *
4806 GAGAAACTTCAAGAAAAAC-CAAATCATTGGCAAGAAAAACCTATTGATAGCCACCCAAGCCTTC
1 G-GAAACATGAAGAAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
* * * * * * * *
4870 CAGAGCTTTATTGCT-TGCTTTAATATGATTTTATAACCTCAAAATCGTTTTTAAGTTTAAATTT
64 AAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAA-ATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTT
* * *
4934 TTTACATTTTGGTTAAAACAGATTAT-ATTAAATGTTTACCTT
127 TTTACATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * *
4976 GAGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTCATTAGTAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
1 G-GAAACATGAAGAAAAAC-ACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
** * * * * *
5040 AAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
* * * * *
5105 TACATATTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACATCA
129 TACAT-TTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-T
* * * *
5148 AGAAACGTGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
1 GGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
5195 TTTAACCGTA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 139, Indels: 45
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 173 0.23
170 260 0.35
171 163 0.22
172 41 0.06
173 99 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
CATTTTTGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
Found at i:5024 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4125--5191 Score: 1135
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 339
4115 NNNNATTTAG
* * * * * ** * *
4125 GAAACATAAATAAAAA-CACATTCATTAGCAAAAAAAACCCATTTATAGTGACCTAAGACTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAACCA-ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTGATAGCCACCCAAGCCTTCAA
* * * ** * * * ** * *
4189 AAGCGTTATTGCTCTCCTGAAATGATTTTGCAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
65 AGGCCTTATTACTCTATTTAAATGATTTTACAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTTAA---ATTTT
* * *
4254 TTACATTTTGGGGAAAACAGACTGTA-ATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAATAAAAACACA
127 TTACATTTTGGTGAAAACAGA-T-TATATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAACACA
* * *
4318 TTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTTCTCTCTTTAA
190 TTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * * * * **
4383 ATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTTAATATTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGATT
254 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * *
4448 ATAACTGAAAGTTTGCCTCAA
319 ATAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * * *
4469 -AAA-ATGAAGAAAAGCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTGATAGCCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * *
4532 GGCCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTACAACCTCATACTTAATTTTAAGTTTAATTGTTTTTA
66 GGCCTTATTACTCTATTTAAATGATTTTACAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTTAAAT-TTTTTA
* * * *
4597 CATTTTTGTGAAAACAGATTGTAATTAGATGTTTACCTTG-GAAACATCAATAAAAACACATTCA
130 CATTTTGGTGAAAACAGATTAT-ATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAACACATTCA
*
4661 TTGGCAAGAGAAGCCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
194 TTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * *
4726 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAAATTATAA
258 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
4791 TTGATTGTTTTCCTTGA
323 TTGAATGTTTACCTTAA
* * * * *
4808 GAAACTTCAAGAAAAACCAAATCATTGGCAAGAAAAACCTATTGATAGCCACCCAAGCCTTC-CA
1 GAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTGATAGCCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * **
4872 GAGCTTTATTGCT-TGCTTTAATATGATTTTATAACCTCAAAATCGTTTTTAAGTTTAAATTTTT
66 G-GCCTTATTACTCT-ATTTAA-ATGATTTTACAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTTAAATTTTT
* *
4936 TACATTTTGGTTAAAACAGATTATATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTA-ATT
128 TACATTTTGGTGAAAACAGATTATATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAAC-ACATT
* * **
5000 CATTAGTAAGTA-AAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAA
192 CATTGGCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * * *
5064 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATAA
255 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* *
5129 TAATTGAATGTTTACATCAA
320 TAATTGAATGTTTACCTTAA
* * * *
5149 GAAACGTGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
1 GAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATT
5192 TATTTTAACC
Statistics
Matches: 610, Mismatches: 100, Indels: 29
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 151 0.25
340 61 0.10
341 266 0.44
342 126 0.21
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
GAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTGATAGCCACCCAAGCCTTCAAA
GGCCTTATTACTCTATTTAAATGATTTTACAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTTAAATTTTTTAC
ATTTTGGTGAAAACAGATTATATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATT
GGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTACCTTAA
Found at i:5306 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 5079--5319 Score: 293
Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 125
5069 TTATAATCTC
* * *
5079 ATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTAC
1 ATAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGCTTAC
* * * **
5144 ATCAAGAAACGTGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATTTTAACCGT
66 ATCAAGAAACGTAAAGAAAAACACATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATTTTAACCGT
** * ** *
5204 ATAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTTTGATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGCTTGC
1 ATAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGCTTAC
* *** * * *
5269 CTTGGGAAACTTAAATAAAAACACATTCATCATCAAGAAAAGCCCATTTAT
66 ATCAAGAAACGTAAAGAAAAACACATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTAT
5320 AGTCACTTAA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 21, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
125 95 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (125 bp):
ATAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGCTTAC
ATCAAGAAACGTAAAGAAAAACACATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATTTTAACCGT
Found at i:5519 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5302--6876 Score: 1547
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
5292 CATTCATCAT
* * * * *
5302 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGACTTTAAAAGTCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
5367 ATAACCTCAAAATGGATTTTAAACTT-AATATTTTTGCATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTA
66 ATAACCTCAAAATTGATTTT-AAGTTCAATTTTTTTACATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTG
* *
5431 AAAGTTTGCCTTAAAACAAATAAAGAAAAGCCAATTCATTGG
129 AATGTTTGCCTTAAAACAAATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
* * * *
5473 CCAGAAAAGCCTATTTATACTCACCTAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTT
* * * *
5537 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
5602 AATGTTTGGCTCAAGAA-ATATGAAGAAAAACCCATTCATTGG
129 AATGTTTGCCTTAA-AACAAATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
* * * * * * *
5644 TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCCAAACCCATCAAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
* * * * *
5709 TATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATGGTTAGCTAAAACAGATTATAATTG
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
5774 ATTGTTTGCCTTGAGAGACATAAAGAAAAAG-TAATTCATTGG
129 AATGTTTGCCTTAAAACAAATGAAG-AAAAGCCAATTCATTGG
** * * *
5816 CAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA-ATGGTTT
* *
5881 TATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
5946 ATGTTTACCTTAAAA-AACATGAAGAAAAACCAATTCATTAG
130 ATGTTTGCCTTAAAACAA-ATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
* * *
5987 CAAGTAAAGCCAATTTCTAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTT
** * * * * *
6050 TTATAACCTCAAAATTGCGTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTCGTTAAAATAGATTGTAATT
64 TTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * **********
6115 GAATGTTTGTCTTAGGAAAC--ATGAATAAAANNNNNNNNNNT-G
128 GAATGTTTGCCTTA--AAACAAATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
* * * *
6157 CAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCGTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
6222 ATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTGCATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
66 ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
6287 AAGTTTACCTGAAAA-AAATGAA-AAAAGCCAATTCATTGG
130 ATGTTTGCCTTAAAACAAATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
*
6326 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
6390 GACAACCTCATACTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTAGTGAAAAAAAATTGTAATTG
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** ** * * *
6455 AATGTTTGTTTTGGGAA-ATATGAATCAAAA--TAGATTCATTGG
129 AATGTTTGCCTT-AAAACAAATGAA-GAAAAGCCA-ATTCATTGG
* * * *
6497 CAAGAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * *
6562 ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTGGGTGAAAATAGATTATAATTGA
66 ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
6627 ATGTTTGCTTTGAGAAAC--ATCAAGAAAAACTAAATCATTGG
130 ATGTTTGCCTT-A-AAACAAATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
* * * * * *
6668 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAATGGGTT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTTAAATGGTTT
* ** * *
6733 TATAACCTC-AAATCGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATGATAATTGA
65 TATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
*
6797 ATGTTTACCTTGAGAAAC--ATGAAGAGAAA-CCAATTCATTGG
130 ATGTTTGCCTT-A-AAACAAATGAAGA-AAAGCCAATTCATTGG
* * *
6838 CAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAG
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAG
6877 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1163, Mismatches: 204, Indels: 75
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 113 0.10
170 292 0.25
171 532 0.46
172 209 0.18
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
ATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTGCCTTAAAACAAATGAAGAAAAGCCAATTCATTGG
Found at i:6850 original size:681 final size:682
Alignment explanation
Indices: 5302--6876 Score: 1852
Period size: 681 Copynumber: 2.3 Consensus size: 682
5292 CATTCATCAT
* * * * *
5302 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGACTTT-AAAAGTCTTATTACCCTCTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** * * * * *
5366 TATAACCTCAAAATGGATTTTAAACTTAATATTTTTGCATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTA
65 TATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTT-CGTTAAAACAGATGATAATTG
* * * * *
5431 AAAGTTTGCCTTA-AAACAAATAAAGAAAAGCCAATTCATTGGCCAGAAAAGCCTATTTATACTC
129 AATGTTTGCCTTAGAAAC--ATGAAGAAAAGCCAATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTC
* * * *
5495 ACCTAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
191 ACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTTGCGTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
* * ** *
5560 GTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTCAAGAAATATGA
256 GTTGAATATTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAAAATGA
* * *
5625 AGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCCAAACCCATCAAAAAACCTTAT
321 AGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAACCCATCAAAAAACCTTAT
* * *
5690 TACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATGGTTAG
386 TACTCTCTTTAAATAGTTTGACAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATGGTTAG
* * * *
5755 CTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAGAGACATAAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAG
451 CTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAG
* * * *
5820 AAAAGCTTATTTATAGTCACCTAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATGGTTTTATA
516 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATAGTTTTATA
*
5885 ACCTCAAAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
581 ACCTCAAAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGT
* *
5950 TTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTAG
646 TTACCTTAAAAAACATCAAGAAAAACCAAATCATTAG
* * * *
5987 CAAGTAAAGCCAATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * *
6052 ATAACCTCAAAATTGCGTTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTCGTTAAAATAGATTG-TAATTG
66 ATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTCGTTAAAACAGA-TGATAATTG
* * **********
6116 AATGTTTGTCTTAGGAAACATGAATAAAANNNNNNNNNNT-GCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCA
129 AATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAGCCAATTCATTGGCAAGA-AAGCCCATTTATAGTCA
*
6180 CCCAAGCCTTCAAAAA-CCTTATTACTCT-CGTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTA
192 CCCAAGCCTT-AAAAAGCCTTATTACT-TGCGTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * *
6243 AGTTTAATATTTTTGCATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTACCTGAA-AAAAATG
255 AGTTGAATATTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAAAATG
* * * **
6307 AA-AAAAGCCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTC-AAAGGCCTT
320 AAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAACCCATCAAAAAACCTT
* * * * *
6369 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTGACAACCTCATACTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT-TT
384 ATTACTCTCTTTAAATAGTTTGACAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTGTTACATGGT
* ** * * * **
6433 TAG-TGAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTTGTTTTGGGAAATATGAATCAAAA-TAGATTCATTG
448 TAGCT-AAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTA-ATTCATTG
* * *
6496 GCAAGAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA-ATAGTT
511 GCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATAGTT
* * *
6560 TTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTGGGTGAAAATAGATTATAATT
576 TTATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-GGTGAAAACAGATTATAATT
* * * * * *
6625 GAATGTTTGCTTTGAGAAACATCAAGAAAAACTAAATCATTGG
640 GAATGTTTACCTTAAAAAACATCAAGAAAAACCAAATCATTAG
* * * *
6668 CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAATGGGTT
1 CAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTT
*
6733 TATAACCTC-AAATCGATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTT-GATTAAAACAGATGATAATTG
65 TATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTCG-TTAAAACAGATGATAATTG
*
6796 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAA-CCAATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTC
129 AATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGA-AAAGCCAATTCATTGGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTC
*
6860 ACCCAAGCCTTTAAAAG
191 ACCCAAGCCTTAAAAAG
6877 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 130, Indels: 46
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.00
680 95 0.13
681 308 0.42
682 73 0.10
683 10 0.01
684 119 0.16
685 122 0.17
686 5 0.01
687 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (682 bp):
CAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAACCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTCGTTAAAACAGATGATAATTGAA
TGTTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAGCCAATTCATTGGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
AGCCTTAAAAAGCCTTATTACTTGCGTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
ATATTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAAAATGAAGAAA
AACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAACCCATCAAAAAACCTTATTACTC
TCTTTAAATAGTTTGACAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACATGGTTAGCTAAA
AAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAG
CCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATATAGTTTTATAACCTC
AAAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
TTAAAAAACATCAAGAAAAACCAAATCATTAG
Found at i:7856 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7509--8039 Score: 586
Period size: 172 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
7499 NNNNNNNNNA
* * * *
7509 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTA-CT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCT
* * *
7573 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTTTAGTCACCCAAGCCTT
66 TAGA-AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC-AGCCTT
* * * *
7638 CAAAAGCCTT-CTTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAACCTTAT
128 CAAAAGCCTTAC-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
7680 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACC
** * * * *
7745 TCGGAAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC-AATTATAGTCACCTATTCCT
65 TTAGAAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-GCCT
* * * *
7809 TCAAAAGCTTTACTACTCCCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCAT
127 TCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
7852 AATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAAA-AGATTTTAATTGAATGTTTTCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTAAATGTTTACC
* * * * *
7916 TTAAAAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGAAAA-CCTATTTATGGTCCCCCGAGCCTT
65 TTAGAAAACATGAAGAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC-AGCCTT
* * *
7980 AAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
128 CAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
8022 AAATAATTTTAAGTTGAA
1 AATTGATTTTAAGTTGAA
8040 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 48, Indels: 21
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 68 0.23
171 83 0.27
172 142 0.47
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCT
TAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAGCCTTCAA
AAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
Found at i:9123 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 8451--10062 Score: 1811
Period size: 341 Copynumber: 4.7 Consensus size: 339
8441 NNNNNNNNNN
* *
8451 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTACAACCTCATAC
1 ATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAA
******** *
8516 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT--TTTACNNNNNNNNNNAAACAGATTGTAATTGAATGTTTAC
65 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTT----TTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
** * * *
8579 CTTG-GAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGAGAAGCCCATTTATCGACACCCAATCC
126 CTTGAG-AAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* ** **
8643 TTCAAAAGCGTTATTTTTCTCTTTAAATAATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATAT
190 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATAT
* * * * *
8708 TTTTGCATTGTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTCAAAAAAATGAAAAAAGCCAA
255 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTCAAAAAAATGAAGAAAGCCAA
8773 TTCATTGGCAAGAAAAACCC
320 TTCATTGGCAAGAAAAACCC
* * * * *
8793 ATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAACCTCAAAA
1 ATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAA
8858 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * *
8923 AGAAACAT-AA-AAAAATATCAATTCATTGTCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
130 AGAAACATGAATAAAAACA-C-ATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
** ** *
8986 AAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAAATGGTTTTATAACCTCAAAATCAATTTTAAGTTTAATTTTT
193 AAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATATTT
* * * * * * * *
9051 TTACAGTTTTGGTTATAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT-ATAGAAA-CCAA
257 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCC-TCAAAAAAATGA-AGAAAGCCAA
**
9114 TTCATTGGCAA-ATAAAGTCC
320 TTCATTGGCAAGA-AAAACCC
*
9134 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
1 ATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTACAACCTCATA
* ** * * *
9198 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTTGTCAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCC-
64 ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * ** * * * *
9261 TCAGGAAACGTGAAGAAAAACAGGTTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCTTT
128 TGA-GAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
** * * * * * *
9326 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTGATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTT
192 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TATT
* * * * * * * * **
9391 TTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGCTTT-CCTTAGGAAACATGAATAAAAACA
256 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAG-TTTGCCTCA-AAAAAATGAAGAAAGCCA
*
9455 CATTCATTAGCAAGAAAAACCC
319 -ATTCATTGGCAAGAAAAACCC
* * * * * * *
9477 ATTTGTAGTCACCTAAGACTTCAAAAGCATTATTGCTCTCCTGAAATAGTTTTACAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAA
* * *
9542 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-ATTTAGG-GAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTT
65 TTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACTTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * *
9605 GAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTGTTGTCACCCAAGCCTTCA
129 GAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* *
9670 AAAGCCTTATTTCTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTT
194 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTT
* *
9735 GCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAAAGTTTGCCTCAAAAAAATGAAGAAAAGCCAATTC
259 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTCAAAAAAATGAAG-AAAGCCAATTC
* *
9800 ATTGACAAGAAAAACTC
323 ATTGGCAAGAAAAACCC
* *
9817 ATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCTTT-AATGGTTTTACAACCTCATAC
1 ATTTATAGTC-ACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAA
* * * * * *
9881 TTGATTTGAAGTTTAATTTTTTTAC-ATTTTGGTGAAAATAGATTGTAATTGGATGTTTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * *
9945 -GAAACATCAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGAT-ACCAAAGCCTTTA
130 AGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCA
* *
10008 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
194 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTT
10063 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1066, Mismatches: 171, Indels: 70
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 127 0.12
339 64 0.06
340 185 0.17
341 349 0.33
342 237 0.22
343 92 0.09
344 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAAT
TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
GAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTCAAAAAAATGAAGAAAGCCAATTCATT
GGCAAGAAAAACCC
Found at i:9222 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8451--10062 Score: 1605
Period size: 170 Copynumber: 9.5 Consensus size: 170
8441 NNNNNNNNNN
* * * *
8451 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTACAACCTCATAC
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* ********** *
8516 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTAC-NNNNNNNNNNAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACC
66 TTGATTTTAAGTTTAA---TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* *
8580 TTG-GAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGTAAGAGAAGCCC
128 TTGAG-AAACATG-ATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * ** ** *
8624 ATTTATCGACACCCAATCCTTCAAAAGCGTTATTTTTCTCTTTAAATAATTTTATAACCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* * * * * * * *
8689 TTGATTTTAAGTTTAATATTTTTGCATTGTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAAAGTTTGCC-TC
66 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * *
8753 AAAAAAATGA-AAAAAGC-CAATTCATTGGCAAGAAAAACCC
131 AGAAACATGATAAAAA-CAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * *
8793 ATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAGGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAACCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* * *
8858 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
66 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * *
8923 AGAAACAT-AAAAAAATATCAATTCATTGTCAAGAAAAGCCT
131 AGAAACATGATAAAAACA-C-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
** *
8964 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAAATGGTTTTATAACCTCAAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT-AAATGGTTTTACAACCTCAAA
** * * *
9029 ATCAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAGTTTTGGTTATAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* *
9094 GAGAAACAT-ATAGAAAC-CAATTCATTGGCAA-ATAAAGTCC
130 GAGAAACATGATAAAAACAC-ATTCATTGGCAAGA-AAAGCCC
* *
9134 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAA
* ** * * *
9198 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTTGTCAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCC-
65 ATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * ** *
9261 TCAGGAAACGTGAAGAAAAACAGGTTCATTGACAAGAAAAGCCC
129 TGA-GAAACATG-ATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * ** * * * * *
9305 ATTTATAGTCATCCTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTGATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* * * *
9370 TTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGCTTT-CCT
66 TTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTACCT
* *
9434 T-AGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTAGCAAGAAAAACCC
129 TGA-GAAACATG-ATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * * * * * *
9477 ATTTGTAGTCACCTAAGACTTCAAAAGCATTATTGCTCTCCTGAAATAGTTTTACAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* * * *
9542 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTAGG-GAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTT
66 TTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
*
9605 GAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCC
130 GAGAAACATG-ATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * *
9647 ATTTGTTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* * * * * *
9712 TTGATTTTAAGTTTAATATTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAAAGTTTGCC-TC
66 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * *
9776 AAAAAAATGA-AGAAAAGC-CAATTCATTGACAAGAAAAACTC
131 AGAAACATGATA-AAAA-CAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
9817 ATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCTCTTT-AATGGTTTTACAACCTCATAC
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
* * * * *
9881 TTGATTTGAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTGGTGAAAATAGATTGTAATTGGATGTTTACCTTG
66 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * *
9945 -GAAACATCAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCC
131 AGAAACAT-GATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * *
9985 ATTTATAGAT-ACCAAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAA
1 ATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAA
10049 ATTGATTTTAAGTT
65 ATTGATTTTAAGTT
10063 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 215, Indels: 72
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 98 0.08
169 283 0.24
170 301 0.25
171 222 0.19
172 215 0.18
173 71 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAA
TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
AGAAACATGATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
Found at i:11026 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10691--12118 Score: 1328
Period size: 170 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
10681 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10691 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGGCTTTACTTGCTAATGAATTGGTTTTGCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
10756 -TTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAACAA-ATTGAACTTAAAAT
66 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA-AACATTGAACTTAAAAT
* * * *
10818 CGATTTTGAGGTTATAAAATCATATTAAAGCGAGTAATAAGGC
130 CAATTATGAGGTTATAAAACCAT-TTAAAGAGAGTAATAAGGC
** * ** *
10861 TTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATAAGCTTTTCTTGCCAATAAATTGCTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCATGTTT
*
10926 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAACAAA-ATTGAATTTAAAAT
66 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA-AAACATTGAACTTAAAAT
* *
10990 CAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGT
130 CAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * *
11032 TTTTGATGGGTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGC-TTTTCTTCAT-TT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATT-GCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
11095 TTTTAAGGTAAACTTTCAGTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAATATT-AAGCTTAAAA
65 TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTGAA-CTTAAAA
* * * *
11159 TCCATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGA-AGGTAATAAGAC
129 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGA-GTAATAAGGC
* *
11202 TTTTGAAGGCTTGGGTGA-TGATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATATGC-TTTTGTTCATGT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
11265 TT-TCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTTTTTTCAC-CAAAATGTAAAAAGCATTGAACTTAA
64 TTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-CATTGAACTTAA
* *
11328 AATCAAGTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
127 AATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * * *
11373 TTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGTCAATGAATGTG-TTTTTATTCATGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * *
11437 T-TCCAAGGCAAACATTCGATTACAATCTGTTTGAACTAAAAATCTAAAAAAAACTCAAATTAAA
65 TCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAACATTGAACTTAAA
* * * *
11501 ATCAACTATGAGGTTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAAGC
128 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * * * * *
11545 TTTTGAAGGCTTAGGCGA-TGATAAATGGGATTTACTTGCCAATGAATTGGTTCTTCTTCATGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
11609 TCT-AGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAACTAAACTTAA
65 TCTCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TATAAAAACATTGAACTTAA
* * *
11673 AATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATAAGG-
127 AATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * * * * ** *
11716 TTTTCGAAGGCATGGGTGAATATGAATGGGCTATCCTTGTGAAT-AAATGCCTTTTTCTTCATGT
1 TTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-CTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
11780 TTCCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTGT-AC-ATAAAATATAAAAATATTTAACTTCA
64 TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACTA-AAAATATAAAAACATTGAACTTAA
* * *
11843 AATCAATGATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
127 AATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * *
11888 TTTTGAAGG-TTGGGGTGACTATAAATGGG-TTTTCTTGCCATTGAATGGGTTTTTCTTCACAT-
1 TTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTT--CATG
** * * * * * * *
11950 TTTCT-GGGGCAAACATTCCATTGTAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAAACATTCAA-TATAA
63 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTGAACT-TAA
* * * * *
12013 AATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGGGAGCT-GTAAGGC
127 AATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG-TAATAAGGC
* ** * ** ** *
12058 TTTAGAAGGAATGGGTGACTAT-AATTGAATATTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCAT
12119 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1048, Mismatches: 167, Indels: 87
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
170 358 0.34
171 343 0.33
172 281 0.27
173 50 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGCTTTTTCTTCATGTTT
CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTGAACTTAAAATC
AATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
Found at i:11965 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10691--12118 Score: 1282
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
10681 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10691 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGGCTTTACTTGCTAATGAATTGGTTTTGCTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * *
10756 T-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACTAAAATGTAAACAAATTGAACTTAAAATC
66 TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACACTAAAATATAAA-AAATTGAACTTAAAATC
* * * *
10819 GATTTTGAGGTTATAAAATCATATTAAAGCGAGTAATAAGGC
130 AATTATGAGGTTATAAAACCAT-TTAAAGTGAGTAATAAGGC
** * ** * * *
10861 TTTCAAAAGCTTGGGTGACTATAAATAAGCTTTTCTTGCCAATAAATTGCTTTTTCTTCATG-TT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
*
10925 TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATATAACAAAATTGAATTTAAAA
66 TCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACACT-AAAATATAA-AAAATTGAACTTAAAA
* * *
10989 TCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGT
128 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * *
11032 TTTTGATGGGTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGCTTTTCTTCAT-TTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
11096 TTTAAGGTAAACTTTCAGTTATAATCTGTTTTA-ACTAAAA-ATACAAAAATATTAAGCTTAAAA
66 TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACACTAAAATATA-AAAAAT-TGAA-CTTAAAA
* * * * *
11159 TCCATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAG-AAGGTAATAAGAC
128 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGC
* ** * *
11202 TTTTGAAGGCTTGGGTGA-TGATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATATGCTTTTGTTCATGTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
11266 TTCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCT-TTTTTCACCAAAATGTAAAAAGCATTGAACTTAAAA
65 TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACACTAAAATATAAAAA--ATTGAACTTAAAA
* * *
11330 TCAAGTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
128 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * *
11373 TTTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGTCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * *
11438 TCCAAGGCAAACATTCGATTACAATCTGTTTGA-ACTAAAAATCTAAAAAAAACTCAAATTAAAA
66 TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACACT-AAAA--TATAAAAAATTGAACTTAAAA
* * *
11502 TCAACTATGAGGTTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAAGC
128 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * *
11545 TTTTGAAGGCTTAGGCGA-TGATAAATGGGATTTACTTGCCAATGAATTGGTTCTTCTTCATG-T
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
* * * * *
11608 TTCTAGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAAAACTAAACTTA
65 TTCTA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACA-CTAAAA--T-ATAAAAAATTGAACTTA
* *
11672 AAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATAAGG-
125 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * ** * **
11716 TTTTCGAAGGCATGGGTGAATATGAATGGGCTATCCTTGTGAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTT
1 TTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
* * * * * *
11781 TCCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTGTACA-TAAAATATAAAAATATTTAACTTCAAA
65 TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TACACTAAAATATAAAAA-ATTGAACTTAAAA
* *
11845 TCAATGATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
128 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* **
11888 TTTTGAAGG-TTGGGGTGACTATAAATGGG-TTTTCTTGCCATTGAATGGGTTTTTCTTCACATT
1 TTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
** * * * * * * *
11951 TTCTGGGGCAAACATTCCATTGTAATCTATTTGA-ACCAAAAATGTAAAAACATTCAA-TATAAA
65 TTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACA-CTAAAATATAAAAA-ATTGAACT-TAAA
* * * * *
12014 ATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGGGAGCT-GTAAGGC
127 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGGC
* ** * ** ** *
12058 TTTAGAAGGAATGGGTGACTAT-AATTGAATATTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
1 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
12119 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 180, Indels: 81
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 25 0.02
170 334 0.32
171 335 0.32
172 275 0.27
173 52 0.05
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
TCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACACTAAAATATAAAAAATTGAACTTAAAATCA
ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
Found at i:12721 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12428--13525 Score: 923
Period size: 170 Copynumber: 6.4 Consensus size: 170
12418 NNNNNNNNNN
* *** * *
12428 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTCAATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATG
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAAT-
* * * *
12493 GA-TTTTATTCATGTTTCTTAAGCTAAAAATTT-AATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATATAAA
65 GACTTTTATTCATGTTTCCTAAGGT-AAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA
* * * *
12556 AAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
* * * *
12598 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTGGGTGAGTATAAATGGGCTTTTCTTTCCTATGAATT
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAA-T
* * ** * *
12663 GGCTTTTCTTCAT-TTTTTTGAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
65 GACTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * *
12727 ATATT-AAGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTT
130 AAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
********* *
12768 AAAGAG-GNNNNNNNNNNTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-CTTCTATTCCCAATGA
1 AAAGAGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TT-CCAATGA
* * * * * * *
12831 ATATATTTTTATTCATGTTTCTTGA-GAAAAATATTTAATTATAATCTGTTTCAATTATAATCTA
63 AT-GACTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACT-TTCAATTATAATCTG--T---TT-TAA-CTA
* * **
12895 TTTTAACAA-A-AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGTTTGCAAAACCATTT
119 ----AA-AATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
* ** * ** * *
12951 AAAGTGAGTTGTAAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTAT-AATTGGATTTT-TTATGCCAATGAA
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-T-CCAATGAA
* * * *
13014 TGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAA-TATTCAATTATAATCT-TCTTTAACTAAAAATGT
64 TGAC-TTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACT-TTCAATTATAATCTGT-TTTAACTAAAAATAT
* *
13077 AAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT
126 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
* ** * *
13122 AAAGGGAG-AATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAAGGCTTCTCTTGCCAATGAAT
1 AAAGAGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAAT
* * * * * *
13186 G-CTTTTTTATTCATATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAAT-GAA
65 GAC--TTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA
* * *
13249 AAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGGTTGTAAAACCATTT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
13292 CATGAGTGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGATTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAGTG
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATG
* * * * * *
13357 TATTTTTATTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAA
66 -ACTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* *
13422 AAATTCAAGTTAAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTT
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
* * * * * *
13463 CAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAA
1 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAA
13526 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATG
ACTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
Found at i:13098 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12880--13525 Score: 692
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
12870 TATAATCTGT
* * * * *
12880 TTCAATTATAATCTATTTTAAC--AAAA---AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGTTTG
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * * * * * *
12940 CAAAACCATTTAAAGTGAGTTGTAAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTTTA
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATAGGCTTCTCT-
* * * *
13004 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAATA
130 TGCCAATGAATGACTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* *
13046 TTCAATTATAATCT-TCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTT
1 TTCAATTATAATCTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
* * * * *
13110 ATAAAACCATTTAAAGGGAG-AATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAAGGCTTCTC
65 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTTA-TAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATAGGCTTCTC
*
13174 TTGCCAATGAATG-CTTTTTTATTCATATTTCCCAAGGCAAACA
129 TTGCCAATGAATGAC-TTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * *
13217 TTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATG-AAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGGTTG
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * *
13281 TAAAACCATTT-CA-TGAGTGTAATAAGGCTTTTG-AAGACTTGGGTGATTATAAATGGGCTTCT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGT-T-ATAAGGCTTTTGAAAGA-TTGGGTGACTATAAATAGGCTTCT
* * *
13343 CTTGCCAATGAGTGTA-TTTTTATTCATGTTTCCTAAAGCAAACA
128 CTTGCCAATGAATG-ACTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * *
13387 TTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAAATATGAGGTTA
1 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * ** * * * *
13452 TAAAACCATTTCAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTT-TACT
66 TAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATAGGCTTCT-CT
13516 TGCCAATGAA
130 TGCCAATGAA
13526 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 57, Indels: 37
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
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173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATAGGCTTCTCTT
GCCAATGAATGACTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
Found at i:13413 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 12880--13525 Score: 822
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
12870 TATAATCTGT
* * * * *
12880 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGTTTGCAAAA
1 TTCAATTATAATCTATTTAAACAAAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGCAAAA
* * * *
12945 CCATTTAAAGTGAGTTGTAAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTATAATTGGATTTTTTATGCCAA
66 CCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTATAATGGGATTCTCTATGCCAA
* * * * *
13010 TGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTTCTTTAACTAAAAAT
131 TGAATGACTTTTTATTCACGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATCTTCTTTAACTAAAAAT
* * * *
13075 GTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAG-AATTAAGGC
196 CTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAA-TAAGGC
*
13139 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAAGGCTTCT-CTTGCCAATGAATGCTTTTTTATTCATATT
260 TTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAAAAGGCTT-TACTTGCCAATGAATGCTTTTTTATTCATATT
13203 TCCCAAGGCAAACA
324 TCCCAAGGCAAACA
* * *
13217 TTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATGAAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGGTTGT
1 TTCAATTATAATCTATTTAAAC--AAAA--AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGC
* * * *
13282 AAAACCATTT-CA-TGAGTGTAATAAGGCTTTTG-AAGACTTGGGTGATTATAAATGGGCTTCTC
62 AAAACCATTTAAAGTGAGT-T-ATAAGGCTTTTGAAAGA-GTGGGTGACTAT-AATGGGATTCTC
* * *
13344 T-TGCCAATGAGTGTA-TTTTTATTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCAATTACAATCTGT-TTT
123 TATGCCAATGAATG-ACTTTTTATTCACGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATCT-TCTTT
* * *
13406 AACTAAAAATCTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTCAAGCGAG
186 AACTAAAAATCTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAG
**
13471 CAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAA
251 CAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAAAAGGCTTTACTTGCCAATGAA
13526 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 34, Indels: 20
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 20 0.08
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342 13 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTCAATTATAATCTATTTAAACAAAAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGCAAAA
CCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCTTTTGAAAGAGTGGGTGACTATAATGGGATTCTCTATGCCAA
TGAATGACTTTTTATTCACGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTACAATCTTCTTTAACTAAAAAT
CTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCT
TTTGAAGGCTTGGATGACTATAAAAAGGCTTTACTTGCCAATGAATGCTTTTTTATTCATATTTC
CCAAGGCAAACA
Found at i:14046 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 13652--14065 Score: 506
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 167
13642 ATGGGCTATC
* * * * * *
13652 CTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTTTA
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * *
13717 CCTAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
66 CAAAAAATATAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
13782 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGACTATAAATAGGTTTTT
131 ATAAGGCTTTTGAAGGATTGACTATAAATAGATATTT
* * *** * * *
13819 TTTGCCAATGAATAGG-TTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCCATTATAATCTGTTTGA
1 CTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
13883 ACAAAAAATATAAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGGGAG
65 ACAAAAAATAT-AAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
13948 TAGTAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAATTAGATATTT
129 TAATAAGGCTTTTGAAGG-AT---TGACTATAAATAGATATTT
*
13991 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAA
1 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
14056 CTAAAAATAT
66 CAAAAAATAT
14066 TAAGCGAGTA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 37, Indels: 9
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
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169 1 0.00
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172 78 0.38
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (167 bp):
CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CAAAAAATATAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGATTGACTATAAATAGATATTT
Found at i:14165 original size:465 final size:465
Alignment explanation
Indices: 13591--14531 Score: 1142
Period size: 465 Copynumber: 2.0 Consensus size: 465
13581 ATGAGGTTAT
* * * *
13591 AAAACAATTTTAAGAGACTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGAATATGAATGGGCTATCCTTG
1 AAAA-AATATTAAGAGACTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGGCTATCCTTG
* * *
13656 CCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTTTACCTA
65 CCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTCTCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAA
* * *
13721 AAATATAA-AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
130 AAATATAACAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACA
* * *
13785 AGGCTTTTGAAGGC-T-TGACTATAAATAGGTTTTTTTTGCCAATGAATAGGTTTCTCTTCATGT
194 AGGCTTTTGAAGGCTTGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTCTCTTCATAT
* * * *
13848 TTCTTGAGGT-AAACATTCCATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAACATTCAACATAA
259 TTCTGGA-CTCAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACAAAAAATATAAAAAA-ATTCAACATAA
* * * * *
13912 AATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACT
322 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
* * * *
13977 AT-AATTAGATATTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
387 ATAAATGAGAT-TTTCTTGCCAATAAATTAGC-TTTTCTTCAT-TTTCCCAAGGAAAACATTCAA
**
14040 TTATAATCTTTTTTAAC
449 TTATAATCCGTTTTAAC
* * * * * * * *
14057 TAAAAATATTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGC
1 AAAAAATATTAAGAGACTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGGCTATCCTTGC
* ** *
14122 CAATGAATTA-CTTTTTCTTCATGTGTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
66 CAAT-AAATAGCTTTTTCTTCATGT-TCTCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCA
* * * * *
14185 AAAATGTAACAAAGTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTCATAAAACTATTTAAAGAGAGTAACA
129 AAAATATAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACA
* *
14250 AGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
194 AGGCTTTTGAAGGCTT--GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTCTCTTCAT
* * * * * *
14315 ATTTCTGGACTCAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTCAGCTTAA
257 ATTTCTGGACTCAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAA
* * * ** *
14380 AATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTATGTGACT
322 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACT
* * *** *
14445 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTAGCTTTTCTTCATTTTTTTAAGGAAAACTTTCAATTA
387 ATAAATGAGATTTTCTTGCCAATAAATTAGCTTTTCTTCATTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTA
14510 TAATCCGTTTTAAC
452 TAATCCGTTTTAAC
14524 AAAAAATA
1 AAAAAATA
14532 CAAAAATATT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 66, Indels: 19
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
465 165 0.41
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469 93 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (465 bp):
AAAAAATATTAAGAGACTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATAGGCTATCCTTGC
CAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTCTCCAAGACAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAA
AATATAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAG
GCTTTTGAAGGCTTGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTCTCTTCATATTT
CTGGACTCAAACATTCAATTATAATATGTTTGAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATC
AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAA
ATGAGATTTTCTTGCCAATAAATTAGCTTTTCTTCATTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAAT
CCGTTTTAAC
Found at i:14310 original size:297 final size:294
Alignment explanation
Indices: 13773--14362 Score: 736
Period size: 297 Copynumber: 2.0 Consensus size: 294
13763 AAACCATTTA
* * * *
13773 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGACTATAAATAGGTTTTTTTTGCCAATGAATAGGTTT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
* ** *
13838 CTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCCATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAACAT
66 CTCTTCATGTGTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAACAT
* * * ** *
13903 TCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTTTTAAGGAA
131 TCAACATAAAATCAATTATGAGATCACAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
13968 TGGGTGACTATAATTAGATATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
196 TCGGTGACTATAAATAGATATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAACGCAAA
* *
14033 CATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATT
261 CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATT
14067 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-T---TGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TA
* * * * *
14132 -CTTTTTCTTCATGTGTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAACA
61 GCTTTCTCTTCATGTGTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAA
* * * * * * *
14196 AA-GTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTCATAAAACTATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTTGA
126 AACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATCACAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTTGA
** * * ***
14260 AGGCTTCGGTGACTATAAATAGGCT-TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCTGGA
191 AGGAATCGGTGACTATAAATA-GATATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAA
* *
14324 CTCAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATAT
255 CGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT
14363 AAAATAATTC
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 41, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
294 25 0.10
295 1 0.00
297 134 0.54
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (294 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
CTCTTCATGTGTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAACAAAAAATATAAAAAACAT
TCAACATAAAATCAATTATGAGATCACAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAA
TCGGTGACTATAAATAGATATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAACGCAAA
CATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATT
Found at i:14381 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14067--15423 Score: 1313
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
14057 TAAAAATATT
* * * *
14067 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * *
14132 CTTTTTCTTCATGTGTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAACAA
66 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
14197 AGTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTCATAAAACTATTTA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * * *
14238 AAGAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * * * * * *
14303 GTTTTTCTTCATATTTCTGGACTCAAACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAT
66 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGT-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
14368 AATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
** * *
14409 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTATGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * ** * * * * **
14474 GCTTTTCTTCAT-TTTTTTAAGGAAAACTTTCAATTATAATCCGTTTTAACAAAAAATACAAAAA
66 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
14538 TATTAAACTTAAAATCATTTTTAAGGTTATAAAACCATTTA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * * * ** * *
14579 AAGAGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATACATGGGCTTCACATGCCAATGAATGT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * * *
14644 GTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGCAAATATTCAATTGTAATCTGTTTCATTTATAATTTATTTTA
66 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAAACATTCAATTATAATCTG----------------TTTTA
* * * **
14709 ACTAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTTA
114 ACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* ** ** * * * * ** *
14767 AAGTGAGTTGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAATTAGATTTTTCTTACCAATGAATGA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * * *
14832 CTTATT-TTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAA
66 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
14895 AAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCGTTTA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* ** * * ** *
14937 AAGGGAGTAATAAGATTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTCTCAAGCCAATGAATGT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * * *
15002 GTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
66 GTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
15067 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
130 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * *
15108 AAGCGAGTAATAAGGCTCTTAAAGGCTAGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-CAATGAATG
* * * * * *
15172 GGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGAAAAACATTCAATTACAATCTATTTTTAACCAAAAATGTAAA
65 AGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG-TAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
15237 AAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAACCGTTTA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * * *
15280 AAGCGAG-AATAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTTCCATTGAATTA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
* *
15344 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAA
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* *
15408 AATTAAACATAAAATC
130 AATTCAACTTAAAATC
15424 GATTTTGNNN
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 192, Indels: 56
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 25 0.03
170 229 0.24
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172 67 0.07
187 49 0.05
188 83 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA
GTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
Done.