Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397447.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3560.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1975 characters in sequence are not A, C, G, or T
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* * * * *
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66 -TTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
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* * *
515 GCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAATTTTTTTATA
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* * *
580 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTAT
66 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
* * * *
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686 GCCTTATTACTTGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TGATTTTTTTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
** * * * *
750 TTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCAT
66 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
** * ** * *
815 TGATAAAAAAAAATCTATTTATAGTTACCCATTGTTTCAAAA
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* * * * *
857 GTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCCCCA-AATTGATTTGAAGTTCATATTTTTTTA
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* * * * * ** *
921 CATTTTTTATT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTT
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* *
985 ACTAGCAAGAAAAG-TCTATTTATTA-TCACCCATTCTTTCAAAA
129 ATTGGCAAGAAAAGTTCTATTTA-TAGTCACCCATTCTTTCAAAA
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1028 GCCTTATCACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTCTTCA-G
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * * * ** * *
1090 CTTTTTGCATTAAAATAAACAATAATTGAATGTTTA-CTTCTAAAAATGTGAAGAAAGAGACATT
66 TTTTTTG--TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
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* * * * * ******
1198 GCCTTATCACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNN
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
**** * * * ** *** * *
1263 NNNNTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATATACCTCAAGAAACGCAAAGAAAAAGACATTCAC
66 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
* * *
1328 TAGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGACACCCATTCTTTCAAAA
131 TGGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
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1369 GCTTTATTACTTGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTATTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAT
* *
1433 ATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACGGC-T-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
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* * * *** *
1496 CATTAGTAAGAAAA-ATCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAA
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1540 GTCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACA
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1605 TTTATCATTAAAATAGACTACAATTGAATGTTTGTTTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-AAATTCAT
66 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
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1669 TGGTAAGAAAA-ATCCGTTTACAGTCTCTTATTGC-TTCAAAA
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1710 GTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTGTTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
1775 TGTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCC-AGAGAAACATGAAGAGAAAA-GTATTT
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* * * *
1838 ATTTGCAAAAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
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1881 GCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
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1946 TTTTATGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGNNNNNNNNNNAGAAAAA-GCATTCAT
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
** * * **
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
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2286 GTTTTCATTAAAACCA-ACTATAATTGAATACCTTCC-TCAGGAAACGT-ATAGAAAAACAAATT
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* * * *
2348 TATTCGGC-AGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
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2392 GTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA-AGTCTTATTATTCGCTTTAAATGTTTTTACAATCT
1 GCCT-TAT-TA--CTCGC--T--TT-AAATGGTTTTA-TAATCTC-ATAATTGATTTTA-AGT-T
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2456 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTNNNNNNNNNNATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
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2521 CCTCAAGAAACCTAAAGAAAAAGACATTTATTAGG-AAGCAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATA
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* *
2584 CCTTAAAAA
164 CTTTCAAAA
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* * * * * *
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* * *
2763 GCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATCTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAT
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2827 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG-GAAAATATGTAGAAAAA-GCTATT
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* * * * * *
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128 CATTG-GCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* ********* * *
2934 GCCTTATTACTCACTTTAAA-GGNNNNNNNNNNCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
3105 GCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * ** * *
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** * *******
3234 TTCACAAAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATT-TNNNNNNNN
130 TTGGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAA
** * * *
3276 NNCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAT-ATTTATTTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * * * *
3340 ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CATGCCTTG-GAAAACGTG-TGAAAAAAGCCAT
65 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAG-AAACATGAAG-AAAAAGGCAT
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3402 TCATTGACAA-AAAAACTCTATTTATAGTCTTTTATTCTTTTAAAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
* ** *
3447 GCCTTATTACT--TTTATGAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTTAA-TTTTTT
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3508 ACATTTTTAATGAACACTGACTATAATTAAATG-CATACCTCAAGAAATGTGTAA-AAAAACACC
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3571 TTTATTCAG-AAAAAAAG-TCTATTTATCGTCTCCCATTCCTTCAAAA
126 TTCATT-GGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
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3617 GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCANNNNNNNNNNTAAATTAAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
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3682 TTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATTTACCTTGAGAGACCTGAAGAAAAAGGTATTTAT
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* * * * * *
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* * * *
3788 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA
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* * * * * * * * ** *
3853 CATTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTAGCTTGAGAAATGTGAA-AAAAAAGCATTC
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3917 ATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTTGCCCATTCTTTCAAAA
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** **
3960 GCCTCGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTATA
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* * *
4024 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAG-AACATGAAGAAAAAAGCCTTCAT
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4088 T-GCAA-AAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
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4256 CATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATTTTCACCAATTCTTTCAAAA
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4300 GCTTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCCA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
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4365 TTTTTTAG-TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA
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4471 GCCTTATTACTTACTTTNNNNNNNNNNGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * * * * *
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4601 CGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
131 TGGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA
** * **********
4642 GTGTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTT-TA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* *
4706 CATTTTTGCTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATGC
66 -TTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * *
4770 ATTGGCAA-AACAAG-TCCATTTCTAGTCACCTATTCCTTT-AAAA
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* *
4813 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAC
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130 TTGGCAAGAAAAGTTCTATTTA-TAGTCACCCATT-CTTTCAAAA
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4982 GCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAGGCTCAATTTGTTTTGC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAT
* * * * * **
5047 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAGGAAGGCATTCA
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* **
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5154 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATA
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* * * * *
5389 TTTTTGGATAAAACAGAATACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAT
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* * *** *
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* *
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*** * * ** * *
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6177 GCCTTATTATTAGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTT-TC
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6413 CATTTTTGGTT-AAACATATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTC
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6477 ATTGATAAGAAAAGTT-TATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAT
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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** ********** * *
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAT
** * * * * *
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* * *
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********** * * * *
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* * * * * * * *
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66 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* ***************
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* *
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* * * * * * * *
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* * **** * *
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* ********** * *
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1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAT
** * ** * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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**** * * * *
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* * *
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* * * * * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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317 TAAGTT-AA-TCGTTTTTATATTTTTC
* * * * * * * * * *
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1 A-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-G
*** * * * ** * *
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64 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ********** *
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**
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* * * * *
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* * *** * * * * * * ****
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63 -GAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
****** * * ** * ** * *
4326 NNNNNNCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCCATTTTTTAGT-AAAATAGACTATAATT
127 TATCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTAACATTTTTGA-TAAAAATAGACAATAATT
* * * * * * * * * ** * *
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* * * * * * ** ***********
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319 AGTT-AATCGTTTT-TATATTT-TTC
* * * * ** * * ** * *
4542 GTTAAAACAGACTATAACTGAGTGTCTACTTTA-AGAAACGTAAACAAAAAGGTATTCA-TCGAT
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTAGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-G
* * * * * ** ** *
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64 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* ********** * * * * * * *
4670 TAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGCT-TAAACAGACTATAATTGA
129 TCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAA-TTTTTTAACATTTTTGATAAAAATAGACAATAATTAA
* * * * * * * *
4734 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATGCATTGGCAA-AACAAGTCCATTTCTAGTCA
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* * * * * * *
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** *
4863 TTAATTTTTTTTACATTTTTC
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* ** * * ** * *
4884 ATTAAAATAGAAAATAATTAAATGTCTACGTCA-A-AAACGTGAAG-AAAAGGCATTTATT-GGT
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAGG-
* * * * *
4945 AAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTT
64 AAGAAAAGTCCATTTA-TAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTT
* * * * *** * ** * * * ** *
5008 TATAATCTCAAAATTGATTCTAGGCTCAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTT
127 TATCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTT-TTTAACATTTTTGATAAAAATAGACAATAATT
* * * * ** * * * *
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** * * * * * **********
5138 ACATATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAA
255 ACCCATTCTTTTAGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
5203 GTTGAGT-TTTTTTATATTTTTTC
320 GTT-AATCGTTTTTATA-TTTTTC
* * * ** * **
5226 -CTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTAG-GAAACGTG-AGATAAACCCATTCATT-GA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACC-TAGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-
* * * * * ********** **
5286 GAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTANNNNNNNNNNTAAACGGTTTT
63 GAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * ** * * * *
5351 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTATATATTTTTGGAT-AAAACAGA-ATACAAT
128 ATCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTA-ACATTTTT-GATAAAAATAGACA-ATAAT
* * * * *
5413 TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
190 TAAATGTCTA-CATGAGAAACACGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGT
* * * * * *
5478 CACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGACTTT
254 CACCCATTCTTTTAGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTAATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
5542 AAGTTGAA-CTTGTTTTGTATTTTTG
318 AAGTT-AATCGT-TTTTATATTTTTC
* * * *** ***
5567 TTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-ATGAGAAACATGAAAAAAAATTTATTTGCT-GGC
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTA-GAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAGG-
* * * * *
5630 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTT
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * *
5694 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACA-A-ACTATAATT
128 ATCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTA-ACATTTTTGATAAAA-ATAGACAATAATT
* * * * * * * * * *
5756 AAATGCCTGCCTTG-GAAAATATG-TGAAAAA-ATTATTTATT--CAAAAAAAAAGTCCATTTAT
191 AAATGTCT-ACATGAG-AAACACGAAGAAAAAGA-CATTCATTAGC-AAGAAAAA-TCTATTTAT
** * * * * * * * * *
5816 AGTCTTCCATCCCTTCAAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATT
251 AGTCACCCATTCTTTTAGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATT
* * *
5881 TCAAGTTGAAT--TTTTTGACATTTTTT
316 TTAAGTT-AATCGTTTTT-ATATTTTTC
* * * ** * *
5907 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG-TATTCATT-GGCA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAGG-A
* **** * * * ********
5970 AGAAATA-TGCATTTATAATTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAANNNNNNNN
65 AGAAA-AGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTT
*** * * * * * * ** * *
6033 NNAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-ACTTTTTTTTTACTAAAACAGACTATAATT
128 ATCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTAACATTTTTGATA--AAAATAGACAATAATT
* * * * * * * * *
6097 AAATGTTTGTCTAGGA-AAACATC-TAGAAAAA-AAATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAG
191 AAATGTCT-AC-ATGAGAAACA-CGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAG
* * * * * * * *
6159 TCTCCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAAT-GATTTTATAATTTCATAATTGATT
253 TCACCCATTCT-TTTAGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTAATAATCTCATAATTGATT
* ** *
6222 TGAAGTTCAATTTTTTTTCA-ATTTTTG
316 TTAAGTT-AATCGTTTTT-ATATTTTTC
* * * *** * * *
6249 ATTAAAATACA-TAATAATTGGATGTCTTTGTTGAGAAATATGAAGAAAATAG-CATTCATTTGT
1 ATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAA-AGACATTCATTAGG
* * * ** * * ***
6312 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT-GNNNNN
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG--TTT
***** * * * ** * * * * **
6376 NNNNNT-TTAAAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAT--ATTATAAT
127 TATCATCTCATAATTAATTTTAAATTGAA-TTTTTTAACATTTTT-GATAAAAATAGACAATAAT
* * * * * * * * *
6438 TGAATGTTTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GATAAGAAAAGTTTATTTATAG
190 TAAATGTCTACAT-GAGAAACACGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAATCTATTTATAG
* ** * * *
6502 TCACCCATTC-TTTCGAATGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
253 TCACCCATTCTTTTAGAA-GCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTT
* *
6566 TAAGTTTAT--TTTTT-TATTTTTT
317 TAAGTTAATCGTTTTTATATTTTTC
* * * * * *
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1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAGG-A
6650 AGAAAAGTCCATTTA
65 AGAAAAGTCCATTTA
6665 CTGTCGCCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTAACATTTTTGATAAAAATAGACAATAATTAAATG
TCTACATGAGAAACACGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCAT
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CGTTTTTATATTTTTC
Found at i:4465 original size:854 final size:845
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2483 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2493 ATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACCTAAAGAAAAAGACATTTATT-AGG
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* * ** * * * *
2556 AAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
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* * * * * *
2621 TCATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTAACATTTTTGGTA--AAAATAGACAATAATTA
124 ---TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT--TACTAAAATAGACTATAATTG
* * * * ** * ** * * *
2684 AATG-TCTACATGA-GAAACACGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAATCTATTTATGGT
184 AATGCT-TGCCTTAGGAAACATG-AGAAAAACCCATTCACTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGC
* * * * * * *
2746 CTCTCATTCTTTTAGAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTT
246 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
2810 AAGTT-GATCTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG-GAAAAT
310 AAGTTAAAT-TTTTATATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAAC
* * * * * * * *
2873 ATGTAGAAAAAGCTATTCATTGAG-AA-AAAAGGTCCATTTCTAGCCACCCATTCCTTAAAAAGC
372 ATGAAGAAAAAGGTATTCATTG-GTAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGC
* ********* * * * *
2936 CTTATTACTCACTTTAAA-GGNNNNNNNNNNCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTATA-
435 CTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAC
* * * * * * *
2999 TTTTTTG-ATAAAACTGACTATAATTGAATTTTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAG-ATTC
499 ATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAA-AGCATTC
* * * * *
3062 ATTAGCAA-AAATAGTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAGAAGCCCTATTACTCGCTTTAAAT
562 ATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
3126 GGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTA
626 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * * ** * ** * *
3190 GAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAATG-ATTCGTTCACAAAAAAAGTCTATT
690 TAATTAAATGTATACCTCA-A-AAACATGAAG-AAAAA-GCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATT
* *********** * * * *
3253 TA-TAGTCACCCATTTNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-GATATT
751 TATTA-TCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * *
3316 TATTTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTC-
815 GA-TTCTAAGCTCAATTTGTTTTACA-CTTTCG
* * ** * * *
3347 ATTAAAATAGA-CTATAATTGAATG-C-ATGC-CTTGGAAAACGTG-TGAAAAAAGCCATTCATT
1 ATTAAAACAGATC-ATAATTCAATGTCTAT-CTC-AAG-AAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATT
* * *** * **
3407 GACAAAAAAACTCTATTTATAGTCTTTTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACT-TTTATGAAATGAA
61 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-T----T-AA
* * * * *
3471 TTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTTAA-TTTTTTACA-TTTTTAATGAACACT-GACTAT
120 ---ATAGTCTCAAAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTTACT-AA-AATAGACTAT
* * * * * ** * * * * * * *
3532 AATTAAATGCATACCTCAAGAAATGTGTAAAAAAACACC-TTTATTCAGAAAAAAAGTCTATTTA
179 AATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATG-AGAAAAAC-CCATTCACTGAGAAGAAAAGCCCATTTA
* * * * * * ********
3596 TCGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCANNNNNNNN
242 TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * * *
3661 NNTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATATTTACCTTGAGAGA
307 TTTAAGTTAAATTTTTATATATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * * * *
3726 CCTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCGAAAGCC
371 CATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCC
* * * * *
3791 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACAT
436 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACAT
* * * * * * **
3856 TTTTAG-TTAAAACAAATTATAACTAAATGTTTAGCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAGCATTCATT
501 TTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATT
* ** **
3920 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATTCTTTCAAAAGCCTCGTTACTCGCTTTAAATGGTT
565 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
3985 TTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
630 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * * *
4049 GAATGTATACCTTGAGAACATGAAGAAAAAAGCCTTCATT-GCAAAAAAAATCTATTTA-TAGTC
695 AAATGTATACCTCAAAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATTA-TC
* ********** *
4112 TCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCAAAATTGATTTTAA
758 ACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAA
* *
4177 GTTCAATTTGTTTTACCCTTTCG
823 GCTCAATTTGTTTTACACTTTCG
* * *
4200 ATTAAAACATATCATAATTCAATGTCTA-CATCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
1 ATTAAAACAGATCATAATTCAATGTCTATC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
** *
4264 AGAAAAGTCTATTTATTTTCACCA-ATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNN
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA------
** * * *
4328 NNNNCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCCATTTTTTAGTAAAATAGACTATAATTGAA
123 --GTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGACTATAATTGAA
* *
4393 TG-TCTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCACTGA-ACAGAAAAGCCCATTTATAGCCA
186 TGCT-TGCCTTAGGAAACATG-AGAAAAACCCATTCACTGAGA-AGAAAAGCCCATTTATAGCCA
* * ***********
4456 TCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTNNNNNNNNNNGTAATCTCATAATTGATTTTAAG
248 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
4521 TTAAATTTTTGTATATTTCTTGTTAAAACAGACTATAACTGAGTGTCTACTTTAAGAAACGTAAA
313 TTAAATTTTTATATATTT-TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * * **
4586 CAAAAAGGTATTCATCGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTGTTATTA
377 GAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* **********
4651 CTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAA-TTTTTTTTACATTTTTGC
442 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGC
* *
4715 TT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATGCATTGGCAA-
507 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* *
4778 AACAAGTCCATTTCTAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
571 AA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * **
4842 AATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGAAAATAATTAAA
634 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAA
* * * * * * * *
4906 TGTCTACGTCAAAAACGTGAAGAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTCA
698 TGTATACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATTATCACTCA
* * * *
4971 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAGGCTCA
763 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGCTCA
* * *
5036 ATTTGTTTTGCATTTTTG
828 ATTTGTTTTACACTTTCG
* * * * * ** **
5054 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAGGAAGGCATTCATTGGTAA
1 ATTAAAACAGATCATAATTCAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAA
* *
5119 GAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNN
66 GAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT------
** * * * * *
5184 NNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTCCTAAAATAGACTATAATTGAATG
125 --CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
5249 CTTGCCTTAGGAAACGTGAGATAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
188 CTTGCCTTAGGAAACATGAGAAAAACCCATTCACTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAT
* ********** * *
5314 TCCTTCAAAAGCTTTANNNNNNNNNNTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAA
253 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * *
5379 TTTTTATATATTTTTGGA-TAAAACAGAATACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
318 TTTTTATATATTTTT--ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* *
5443 AAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
381 AAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
5508 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAACTTGTTTTGT--ATTTTTGTTTA
446 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTTACATTTTTGCTTA
* ** ***
5571 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAATTTATTTGCTGGCAAGAAA
510 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
5636 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGT
574 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** *
5701 CATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTG
639 CATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTATA
** * * ** * *
5765 CCTTGGAAAATATG-TGAAAAAATTATTTATT--CAAAAAAAAAGTCCATTTA-TAGTC-TTCCA
704 CC-TCAAAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGC-AAAAAAAA-TCCATTTATTA-TCACT-CA
* ** * * * * *
5825 TCCCTTCAAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAACTGATT-TCAAGTT
763 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCT-AAGCT
* * * *
5888 GAATTT-TTTGACATTTTTTG
826 CAATTTGTTTTACA-CTTTCG
* * * ** * * * *
5908 -TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAGTATTCATTGGCA
1 ATTAAAACAGATC-ATAATTCAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
* ** * *
5970 AGAAATA-TGC-ATTTATAATTTC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAANNNNNNN
65 AGAAA-AGT-CTATTTATAGTCACAT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-------
** * * * * *
6032 NNNAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACTTTTTTTTTACTAAAACAGACTATAAT
120 -ATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC--ATTTTTTACTAAAATAGACTATAAT
* * * * ** * * * *
6096 TAAATGTTTGTC-TAGGAAAACATCTAGAAAAA-AAATTTATTTGA-AAGAAAAGTCTATTTATA
182 TGAATGCTTGCCTTAGG-AAACAT-GAGAAAAACCCATTCA-CTGAGAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * *
6158 GTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA-TTAGCTTTAAA-TGATTTTATAATTTCATAATTGAT
244 GCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAACAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ***
6221 TTGAAGTTCAATTTTT-TTTCAATTTTTGATTAAAATACA-TAATAATTGGATGTCTTTGTTGAG
307 TTTAAGTTAAATTTTTATAT--ATTTTT-ATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * *
6284 AAATATGAAGAAAATA-GCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATT-TCTTCA
368 AAACATGAAGAAAA-AGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCT-TTCA
* * ********* * * * * *
6346 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNT-TTAAAATTGATTTTAAGCTCAA-TTTTT
430 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
6409 TTTACATTTTTGGTT-AAACATATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGC
494 TTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGC
** ** * * * *
6473 ATTCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAATGCTTTATTACTCGATTTA
558 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
6538 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--TATTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGAC
623 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * ** * * * * *
6600 AATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAACATAAAGAAAGA-CATTCTTTGG-AAAGAAAAGTCCATT
688 TATAATTAAATGTATACCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAA-AAAAATCCATT
6663 TA
751 TA
6665 CTGTCGCCCA
Statistics
Matches: 2577, Mismatches: 605, Indels: 276
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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848 2 0.00
849 1 0.00
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858 1 0.00
859 2 0.00
860 1 0.00
862 3 0.00
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GAAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTCTCAAA
ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT
AGGAAACATGAGAAAAACCCATTCACTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTTACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATA
TATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTAT
AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTATACCTCAAAAACAT
GAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATTATCACTCATTCCTTCAAAAACCTTAT
TACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGCTCAATTTGTTTTACACTTTCG
Found at i:5921 original size:682 final size:671
Alignment explanation
Indices: 3755--5949 Score: 1384
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3745 ATTGGCAAGC
* * * * * *
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* * * * * * *** * * * *
3819 TCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTAAAT
65 TCTCATAACTGATTTCAAGTTGAA--TTTTTTGACATTTTTTCCTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * ** * * **
3884 GTTTAGCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCA
128 GCTTACCTTGAGAAACGTGAGATAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCA
* * *
3949 TTCTTTCAAAAGCCTCGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
193 TTCCTTCAAAAG-CT--TTA-------TAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT--
* * * * *
4013 AAATTTTTATAT-TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAG-AACATGAAGA
246 AAATTTTTATATATTTTTGGATAAAACAGAATACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * * * * *
4075 AAAAAGCCTTCATT-GCAAAAAAAATCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
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* ********** * * * * **
4138 TCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTAC-CCTTTCGAT
375 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTT-AACTTGTTTTACATTTTTC-AT
* ** * * * * * *
4202 TAAAACATATCATAATTCAATGTCTACATCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGA
438 TAAAACAGAAAATAATTAAATGTCTACATC-AAAAACATGAA-AAAAAGGCATTTACTGGCAAGA
* * * * * *********
4267 AAAGTCTATTTATTTTCACCAATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA-NNNNNNNNN
501 AAAGTCCATTTATTATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGATTTTATAA
* * * * * * * *
4331 NCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTT-TTTTCCATTTTTTAG-TAAAATAGACTATAATTGAAT
565 TCTCAAAATTGATTCTAAGCTCAATTTGTTTT-CA-TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAAT
* * ** * * * * *
4394 GTCTGCCTTGGGAAACATGTAG-AAAAAGCCATTCACTGAACAGA
628 GCCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTCAAAAAA
* * *** ***********
4438 AAAGCCCATTTATAG-C-CATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTNNNNNNNNNNGTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACA-C-ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * ** * *
4501 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTGTATATTTCTTGTTAAAACAGACTATAACTGAGT
64 ATCTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTG-ACATTTTTTCCTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *** * * * *
4565 G-TCTACTTTAAGAAACGTAAACAAAAAGGTATTCATCGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
128 GCT-TACCTTGAGAAACGT-GAGATAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACC
* * * *********
4629 CATTCTTTCAAAAGTGTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNA-GT
191 CATTCCTTCAAAA--GCT-TTA-------TAAACGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGGT
* * * * * * * *
4693 TGAATTTTTTTTACATTTTT-GCTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
245 T-AAATTTTTATATATTTTTGGATAAAACAGAATACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* *
4757 GAAAAAGGCATGCATTGGCAAAACAAGTCCATTTCTAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
309 GAAAAAGGCATGCATTAGCAAAACAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * * *
4822 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTCATT
374 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAACTTGTTTTACATTTTTCATT
* * * * * *
4887 AAAATAGAAAATAATTAAATGTCTACGTCAAAAACGTGAAGAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAA
439 AAAACAGAAAATAATTAAATGTCTACATCAAAAACATGAAAAAAAGGCATTTACTGGCAAGAAAA
* * *
4952 GTCCATTTATTATCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTC
504 GTCCATTTATTATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTC
* * * * * *
5017 AAAATTGATTCTAGGCTCAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTA
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* ** * *** *
5082 TCTTAAGAAACATGAAGAGGAAGGCATTCATTGGTAAGA
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* * * * * * * ********
5121 AAAGTCTATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNN
1 AAAGTCCATTTATAGTCACACATCCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
** * * * * * *
5186 NNCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTCCTAAAATAGACTATAATTGAATGCT
66 CTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTCCTAAAACAGACTATAATTGAATGCT
*
5251 TGCCTT-AGGAAACGTGAGATAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATT
131 TACCTTGA-GAAACGTGAGATAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATT
5315 CCTTCAAAAGCTTTANNNNNNNNNNTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAT
195 CCTTCAAAAGCTTTA----------TAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAT
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* * *
5445 GGCATTCATTAGTAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
315 GGCATGCATTAGCAA-AACAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCG
* ** **
5508 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAACTTGTTTTGTATTTTTGTTTAAA
378 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTT-AACTTGTTTTACATTTTTCATTAAA
** * * * *** *
5573 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAATTTATTTGCTGGCAAGAAAAG
442 ACAGAAAATAATTAAATGTCTA-CATCAAAAACATG-AAAAAAAGGCATTTACTGGCAAGAAAAG
* * *
5638 TCTATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTC
505 TCCATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTC
* * * * * *
5702 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAT-ATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTG
569 AAAATTGATTCTAAGCTCAATTTGTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTA
* * * ** *
5765 CCTT-GGAAAATATG-TGAAAAAATTATTTATTCAAAAAA
633 CCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTCAAAAAA
* *
5803 AAAGTCCATTTATAGTCTTC-CATCCCTTCAAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTC-ACACATCCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAA
** *
5867 TCTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
65 TCTCATAACTGATTTCAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTCCTAAAACAGACTATAATTGAATGC
5932 TTACCTTGAGAAACGTGA
130 TTACCTTGAGAAACGTGA
5950 AAAAAAAGTA
Statistics
Matches: 1181, Mismatches: 293, Indels: 77
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 3 0.00
680 8 0.01
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TATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAACTTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAAAATAATTA
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CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGCT
CAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTACCTTAAGAAACATGAAGA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ******
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**** * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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129 TTTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAA-GCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
******** * * *
3264 ATT-TNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAT-ATTTATTTTTAAGT
192 ATTCT--TTCAAAAGC-TGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTT-AGT
* * * * * *
3327 TG-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CATGCCTTG-GAAAACGTG
252 TGAAATTTTTATATATTTTTGA-TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAG-AAACATG
* * * *** *
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* * *
3453 TTACT--TTTATGAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTATATTTAA-TT-TTTTACATTT
376 TTACTCGCTT-T-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAATTTGTTTTACATTT
* * * * * * ** * ** *
3514 TTAATGAACACTGACTATAATTAAATG-CATACCTCAAGAAATGTGTAAAAAAACACCTTTATTC
438 TTGATTAAAACAGA-TATAATTAAATGTC-TACAT-GAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTTATT-
* * * * *
3578 AG-AAAAAAAGTCTATTTATCGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGT
499 GGCAAGAAAAGTCTATTTAT-ATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-T
* ********** ** * * *
3641 TTTATAGTCTCANNNNNNNNNNTAAATTAAATTTTTTT-ATATTTTTCATTAAAATAGACTATAA
562 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCAT-TTTTT-GTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * ** * **
3705 TTGAATATTTACCTT-GAGAGACCTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAG
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* * * *
3754 CAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
3819 TCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTAAAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTGACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAAT
* * * **
3884 GTTTAGCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCA
128 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
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* *
4013 AAATTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAG-AACATGAAGAA
254 AAATTTTTATATATTTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
4076 AAAAGCCTTCATTGCAAAAAAAATCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC
319 AAAGGCATTCATTGC-AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ********** * ** *
4140 ACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACCCTTTCGATTAA
382 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * *
4205 AACATATCATAATTCAATGTCTACATCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAA
446 AACAGAT-ATAATTAAATGTCTACAT-GAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAA
* * * * *********
4270 GTCTATTTATTTTCACCAATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-ANNNNNNNNNNCT
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*
4334 CAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCCATTTTTTAG-TAAAATAGACTATAATTGAATGTCT
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* * *
4398 GCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCACTGAACAG
635 GCCTTGGAAAACATGT-GAAAAAGCCATTCATTGAAAAG
* * * ** ***********
4437 AAAAGCCCATTTATAGCCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTNNNNNNNNNNGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
4502 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTGTATATTTCTTGTTAAAACAGACTATAACTGAGTG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTG-ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATG
* * * * * * *
4566 TCTACTTTAAGAAACGT-AAACAAAAAGGTATTCATCGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
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* *********
4630 ATTCTTTCAAAAG-TGTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTT
192 ATTCTTTCAAAAGCTG---TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGTT
* * * * *
4694 GAATTTTTTTTACATTTTTGCTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
253 GAAATTTTTATATATTTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
4759 AAAAGGCATGCATTGGCAAAACAAGTCCATTTCTAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTAC
318 AAAAGGCATTCATT-GCAAAA-AAGTCTATTTATAGTCACCTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
4823 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTCATTA
380 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTGTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
5017 AAAATTGATTCTAGGCTCAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTA
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* * * ** * **
5082 TCTT-AAGAAACATGAAGAGGAAGGCATTCATTGGTAAG
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* * * * *******
5120 AAAAGTCTATTTATAGTCACATATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*** * * * ** * * *
5185 NNNCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTCCTAAAATAGACTATAATTGAATGC
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGT
* * * ** *
5250 TTGCCTT-AGGAAACGTGAGATAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCAT
130 TTACCTTGA-GAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* ******* *
5314 TCCTTCAAAAGCT-TTANNNNNNNNNNTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-A
194 TCTTTCAAAAGCTGTTA---CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGA
* * *
5377 AATTTTTATATATTTTTGGATAAAACAGAATACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
255 AATTTTTATATATTTTT-GATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
*
5442 AAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
319 AAAGGCATTCATT-GCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** *
5507 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAACTTGTTTTGTATTTTTGTTTAA
382 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTTGATTAA
* *** **
5572 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAAAAAAATTTATTTGCTGGCAAGAAAA
446 AACAGA-TATAATTAAATGTCTA-CATGAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAA
*
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509 GTCTATTTATA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * * *
5702 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGC
573 AAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTT-TCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC
* *** * * *
5766 CTTGGAAAATATGTGAAAAAATTATTTATTCAAAAA
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* * * * *
5802 AAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATCCCTTCAAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
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65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGT
* * * ** *
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130 TTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGAG-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * ********** * * *
5995 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAANNNNNNNNNNAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTA
193 TTCTTTCAAAAG-C-TGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGA
* * * * * ** * **
6060 ATTTTTTACT-TTTTTTTTACTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTGTCTAG-GAAAACATCTAG
255 AATTTTTA-TATATTTTTGA-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAG
** * * * *
6123 AAAAA-AAATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTA
317 AAAAAGGCATTCA-TTGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCT-TTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
6186 TTAGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTT-TTTTTCAATTTTTGA
379 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTAC-ATTTTTGA
* * ** *** * * * * *
6250 TTAAAATACATAATAATTGGATGTCTTTGTTGAGAAATATGAAGAAAATA-GCATTCATTTGTAA
442 TTAAAACAGAT-ATAATTAAATGTC-TACATGAGAAACATGAA-AAAAAAGGCATTTATTGGCAA
* * * * * * *******
6314 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNN
504 GAAAAGTCTATTTATA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-ATTTTAT
** * * * * * *
6379 NNT-TTAAAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACATATTATAATTGAA
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* * * * * * *
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** * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
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** * * * * *
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* * **********
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* * * * * * * *
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* * *
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********** * * **
6861 TTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTTATTTTAAATTAAATTT-TTTTTTATTTTT
376 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTT
* * * ** * * * *
6925 -AGTTAAAACAGAATATATTTGAATGTATATTTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-GTATTCATTGA
440 GA-TTAAAACAG-ATATAATTAAATGTCTACAT-GAGAAACATGAA-AAAAAAGGCATTTATTGG
*************** * *
6988 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCNNNNNNNNNNNNNNNAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
501 CAAGAAAAGTCTATTTATA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * * *
7053 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
565 ATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** * * * *
7116 TGTCT-ACTTTAAGAAACGTGAAGAAAAATG-TATTCACTAGCAAAA-
630 TGTCTGCCTTGGA-AAACATG-TGAAAAA-GCCATTCA-TTG-AAAAG
** * * * *
7161 AAAA--AAATTTATAGTCACCCATTCTTTTAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********** ** * ** * *
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* * ** *
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* * * * * *
7352 ATTC---C---A--T-TTA-TAG-TCTCAAA-----AT-TAAT-TC-TAA--G--CTCAATT---
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* * * * *
7391 -TTTTTATAT-TATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCATT-AGAAACATGAAGAAA
256 ATTTTTATATATTTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TTGAGAAACATGAAGAAA
* * * * *
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320 AAGGCATTCATT-GCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
********** ** * *
7518 CTTTAAATGATTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTCATATTTTTTTTATCA
383 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTT--TACATTTTTGATTA
* * * * * * * * * *
7582 AAATAGACTATAAGTGAATGTCTGCCTTG-GAAA-AAGTATAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAA
445 AAACAGA-TATAATTAAATGTCT-ACATGAGAAACATG-A-AAAAAAAGGCATTTATTG-GCAAG
** * * *
7644 AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATAATA-T-GCTATAAATGGTTTTAT
505 AAAAGTCTATTTATA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT--TACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * * *
7707 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATTCATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
567 AATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTT-TTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * * *
7772 GTCTATCTT-GAGAAACGTGATGAAAAAGACATTCTTTGACAAG
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* *
7815 AAAAGTCCATGTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
******************** * * *
7880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTCAAACAGACTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAACTGAATG
* ** * * * *
7944 TTTACCTTGA-AACATGTGAAGAAAATGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCATCT
129 TTTACCTTGAGAA-ACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
8008 ATTCTTTCAAAAGCCGTACTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
192 ATTCTTTCAAAAGCTGT--TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTG
8073 A
254 A
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Statistics
Matches: 3813, Mismatches: 972, Indels: 436
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (672 bp):
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CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTT
TACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
TTTCAAAAGCTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAAATTTT
TATATATTTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
TTCATTGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATATA
ATTAAATGTCTACATGAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
GGTTCAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGT
GAAAAAGCCATTCATTGAAAAG
Found at i:7720 original size:173 final size:171
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Period size: 173 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
7395 TATATTATTA
* * * * ** *
7405 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCATT-AGAAACA-TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGC
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* * * * * * * * **
7468 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTNN
64 AAAAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTA
******** * *
7533 NNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTCATATTTTTT
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* * * *
7576 TTATCAAAATAGACTATAAGTGAATGTCTGCCTTG-GAAAAAGT-ATAGAAAAAGTCATTCATTG
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* * * **
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125 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATTCATTCTTG
* * * * *
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1 GTTAAAACAGACTATAAGTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGTGATGAAAAAGACATTCATTGACAA
* *
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66 AAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATA
7879 ANNNNNNNNN
Statistics
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TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATTCATTCTTG
Found at i:10516 original size:171 final size:171
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8503 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
* * * ***********
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
8748 AAAAGTCTATTTATAGTCACATATTGTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * *
8813 TCTCCA-AATTGATTTTAAGTTCATATTGCTTTACATTTTTTGT
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* * * * * * * **
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
** * * *
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* * * **
8986 CTCATAATTAATTTTAAGTT-GATTTGTTT-GCTTTTT-GCAT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG--T
* * * * **
9026 TAAAATA-AATAATAATTGAATGTCTACCTCTGA-AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
1 TAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
* * * * * * * *
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64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ********** *
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* * * * * * *
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAG
* * **** * * **
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65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
9325 ATCTAATAATTGATTTTATGTTTAA-TTTTTAACATTTTTAAT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
* * * * * * * * ** * * * * *
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGATAAG
* * * * * *
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65 A-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *********
9495 GTCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTNNNNNNNNNNA-T
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATATTTTTAGT
* * * * * * * *
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
* * ** * * *
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* * * * *
9668 CTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATATTTAGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTAGT
* * * * * * * ** ** *
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* * ***************
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66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
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* * * *
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-ATAAG
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65 A-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
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* * * * *
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1 TAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAG
** * * *
10117 AAAAGTCCATTTATTTTCACCTATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *******
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*** * * *
10525 NNNCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTACT
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** * * **
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
* * ***************
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* *
10696 TCTCATAATTAATTTTAGGTT-AATTTTTTTATATTTTTCA-T
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* ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-TAAG
* * * * *
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********** *
11038 TCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--T
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* * * * * * * * *
11078 TAAAAAATAACTATAATTGAATG-CTTGCCT-TAGGAAACGTG-AGACAAAGCCATTCATTAAGA
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* * * * *
11140 AGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAACATTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTA
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* ** * *
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* * * * *
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* ****************** * *
11314 AAAGTCTATTTATAGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAAT
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* * **
11379 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTTGCATTTTT-GTT
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* * ** ** *
11421 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCGCTGGCATGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
* * **********
11486 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
11551 CTCATTAA-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGT
131 CTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
* * * * * * ** ** *
11591 TAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTGGGAAATGTGTAA-AAAAA-TTATTTATTCGA-AA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATT-GATAA
* *** * * **********
11653 AAAAAGTCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
11718 ATCTCATAACTAATTTCAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTTTA-T
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT--TATATTTTTAGT
* * * * * * **
11762 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAG-AAAATGTATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
* * ** * * * *
11826 AATA-TGCATTTATAATTTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATAGTTTTATAA
66 AA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
11890 TCTTAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTATT-TTTATTTTA-T
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTATAT-TTTTAGT
* * ** * * ** *** *
11932 AAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGTCTAG-GAAAACGTCTAGAAAAAAATATTTATTTGA-AA
1 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGATAA
* * * * * *
11995 GAAAAGTACATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
12060 ATCTCATAA
129 ATCTCATAA
12069 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2567, Mismatches: 722, Indels: 191
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Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
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CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
Found at i:11798 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 11369--12038 Score: 683
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
11359 GTTTTAAATA
* * * *
11369 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTGTTTTGCATTTTTGTTTAAAATAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAACTAATTTCAAGTTGAACTTGTTTTGCATTTTTGTTTAAAACAGACTAT
* * *
11434 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCGCTGGCATGAAA-A-GTCTATTT
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* ********** * **
11497 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAATGA
128 ATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATGA
* * *
11562 TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT-TTGT-T-AAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTGGG
193 TTTTAAGTTGAA-TTTTTA-ATTTTATTGTATAAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTAGGA
* * * * *
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*
11687 AGTCTTATTACNNNNNNNNNNTG
320 AGCCTTATTAC----------TG
*
11710 GTTTTATAATCTCATAACTAATTTCAAGTTGAA-TT-TTTTGACATTTTTTTATTAAAACAGACT
1 GTTTTATAATCTCATAACTAATTTCAAGTTGAACTTGTTTTG-CATTTTTGT-TTAAAACAGACT
* * * * * *
11773 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAATGTATTCATTGGCAAGAAATATGCATTTA
64 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAGGAATTCACTGGCAAGAAATATGCATTTA
** * * *
11838 TAATTTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAAATGAT
129 TAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATGAT
* * * *
11903 TTTAAGTTGAATTTTTATTTTTATTTTATAAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGTCTAGGAAAA
194 TTTAAGTTGAATTTTTAATTTTATTGTATAAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTAGGAAAA
* *
11968 CGTCTAGAAAAAAATATTTATTTGAAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
259 CGTCTAGAAAAAAATATTTATTCGAAAAAAAAGTACATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCC
12033 TTATTA
324 TTATTA
12039 TTCGCTTTAA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 48, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.39
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GTTTTATAATCTCATAACTAATTTCAAGTTGAACTTGTTTTGCATTTTTGTTTAAAACAGACTAT
AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAGGAATTCACTGGCAAGAAATATGCATTTATA
ATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATGATTT
TAAGTTGAATTTTTAATTTTATTGTATAAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTAGGAAAACG
TCTAGAAAAAAATATTTATTCGAAAAAAAAGTACATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTG
Found at i:14241 original size:170 final size:169
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13946 NNNNNNNNNN
* * * * *
13956 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGATTCAAATAGACTATAA
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* * * * * * ** *
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* * * *
14085 TCACTTATTCTTTCAACAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAA
130 TCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAT
**********
14126 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTATTTTTNNNNNNNNNNTTAAAATAGACAATAAT
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*
14191 TAAATGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGT
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* * *
14256 CACTCATT-TCTTCAAAAG-CTATATTAGTTGTTTTAAATCGT
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********** *
14297 TTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTATTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACAATAAT
* * ** * *
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* * *
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** * *
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14532 TAAATGTCTACCTCAAGA
66 TAAATGTCTACCTCAAGA
14550 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 79, Indels: 14
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
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Consensus pattern (169 bp):
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CACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATAT
Found at i:15439 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15173--16109 Score: 680
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
15163 TATTTTTAAG
* * * * *
15173 AAAAGTCCT-TTTATGGTCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTATAA
1 AAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAA
* *
15237 TCTCATAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAAAAGATTATAATTTAATG
65 TCTCATAATTAATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATT-TTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
15302 TTTACATTAAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAG
128 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAC
********** * * * * *
15344 AAANNNNNNNNNNTAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAA
* * * ** *
15409 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCACTTTTTTTTACAATTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTAATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATG
* * **
15474 TCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGGCGTTCATTGGCAAC
128 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAC
* *
15516 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAG
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAA
* * * * * *
15580 TCTCATAATTAATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAAGTGAATGT
65 TCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT
*
15645 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTAATTGGCAATC
129 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA-C
* * * * * * **
15687 -AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATTG
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG-TTTTATAA
* * * * * *
15751 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTTGTTAAAACAGAGTAAAATTGAATGT
65 TCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTT-TGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGT
* ********* * *
15816 CTACCTTAAGAAANNNNNNNNNNAAA-GTATTCATTGGTAAG
129 CTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAC
* * ** * * ********
15857 AAAAGTAC-ATTTATAGTC-TCAACTTTTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAANNNNNNNNN
1 AAAAGT-CTATTTATAGTCACCCA-TTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTAT
** * * * * * *
15920 NTTTTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAA
63 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAA
* * * * * *
15985 TGTTTACCTCAAGAAACATTAAGAAAAAAGTATTCATTAGTAAA
126 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAC
* * * * * ** * *
16029 AAAAGTCTACTTACAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAA
16094 TCTCATAATTAATTTT
65 TCTCATAATTAATTTT
16110 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 156, Indels: 37
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 94 0.16
171 273 0.46
172 216 0.37
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAAT
CTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAC
Found at i:15763 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 15173--15821 Score: 761
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
15163 TATTTTTAAG
* *
15173 AAAAGTCCTTTTATGGTCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTATAAT
1 AAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTATAAT
* * * * * *
15238 CTCATAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAAAAGATTATAATTTAATGT
66 CTCATAATTAATTTGAAGTTCAATATTTTTTACATTATTGGTTAAAAAAGAGTATAAGTGAATGT
* * * * * **********
15303 TTACATTAAGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACTCAT
131 CTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* *
15368 TCCTTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAC
196 TCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA-
* * * *
15433 TTTTTTTTACAATTT-TCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAA
260 ATTTTTTTAC-ATTTCTCATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAA
15497 AAAGGCGTTCATTGGCAAC
324 AAAGGCGTTCATTGGCAAC
* *
15516 AAAAGT-CTATTTATAGTCACCCA-TCCTTGAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTATA
* * * *
15579 GTCTCATAATTAATTTGAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAAGTGAAT
64 ATCTCATAATTAATTTGAAGTTCAATATTTTTTACATTATTGGTTAAAAAAGAGTATAAGTGAAT
* *
15643 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTAATTGGCAATC-AAAGTCCATTTATAGTCAC-
129 GTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTGGCAA-CAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * ** *
15706 CTATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGT
193 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* **
15771 TGAATTTTTTTACATTTCTTGTTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCT
257 TCAATTTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCT
15822 TAAGAAANNN
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 49, Indels: 12
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.02
341 38 0.15
342 164 0.65
343 46 0.18
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTATAAT
CTCATAATTAATTTGAAGTTCAATATTTTTTACATTATTGGTTAAAAAAGAGTATAAGTGAATGT
CTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
TTTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGAGTAAAATTGAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAA
AGGCGTTCATTGGCAAC
Found at i:17178 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17001--17368 Score: 472
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
16991 ATTATAATTG
* *
17001 AATGTCTACCTTATGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-CAAAAGTCTATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTTA-GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAATC-AAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
17065 ACCCATTTCTTGAAAAGTCTTATTA-TTCTCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTA
64 ACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTCT-TTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTAATATTA
* *
17129 AGTTGAACTTTGTTACATTT-TTGGTTAAAACAGAGTATAAGTA
128 AGTTGAACTTTGTTACATTTCTT-ATTAAAACAGAGTAAAAGTA
* * * *
17172 AATGTCTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTAATTGGCAATCAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAATCAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * *
17237 CCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGTTTTGAATGATTTTATTGTCTCATAATTGATATTAAG
65 CCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTCTTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTAATATTAAG
* * *
17302 TTGAACTTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGAGTAAAATTG
130 TTGAACTTTGTTACATTTCTTATTAAAACAGAGTAAAAGTA
*
17343 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
1 AATGTCTACCTT-AGAAACGTGAAGA
17369 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 24, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 162 0.96
172 7 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATGTCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAATCAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTCTTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAATTAATATTAAGT
TGAACTTTGTTACATTTCTTATTAAAACAGAGTAAAAGTA
Done.