Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399200.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2469.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16590
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.07, T:0.21
Warning! 7507 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:360 original size:171 final size:164
Alignment explanation
Indices: 1--320 Score: 344
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 164
* *
1 TAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTA
1 TAAGGCTTATCAAGGAATGGGTGACTTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTGCTA
* * * *
66 CACATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGTTTAACT
66 CACATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACT
**
131 TAAAATCAATTATAAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAA
131 TAAAATCAATTATAAGA--------TTATTTAAAGCGAGTAA
* *
173 TAAGGCTTATGAAGGAATGGGTGAC-TATAAAT-GTA-TCTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTG
1 TAAGGCTTATCAAGGAATGGGTGACTTATAAATAG-ACT-TTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTG
* * * * * *
234 CTATA-AGTTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATTATTTGTTTTAACGAAGAATGCAAAAAAATTC
63 CTACACA-TTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTC
*
298 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
127 AACTTAAAATCAATTATAAGATT
321 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 17, Indels: 17
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 100 0.79
172 23 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (164 bp):
TAAGGCTTATCAAGGAATGGGTGACTTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTGCTA
CACATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATAAGATTATTTAAAGCGAGTAA
Found at i:13125 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12854--13405 Score: 548
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
12844 CCTACCTCAT
* * * * * * *
12854 GAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTGTAAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATT
1 GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTTA-CCATTCCTTCAAAAGCCTAATT
* * * *
12919 ACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGT
64 ACTC-CATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTAGT
* * *
12984 TAAAACAAATTATAACTGAATGCCTATCTCATGAAATATGAA
128 TAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATATGAA
* * * **
13026 GAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTAACAA
1 GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC-ATTCCTTCAAAAGCCTAATTA
** *
13091 CTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAAGTTTTTACATTTTTAGTT
65 CTC-CATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTAGTT
* * * **********
13155 AAAACAGACTATAATTGAATGGCTACCTCAANNNNNNNNNN
129 AAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATATGAA
* * * *
13196 GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCCTCAAAAGTCTCATTA
1 GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCATTCCTTCAAAAGCCTAATTA
** * * * * * *
13261 CTCGGTTAAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAGGTTCAGTTTTGTTTTAAATTATTAG
65 CTCCATT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA-ATTT-TTTTAAATTTTTAG
* * *
13326 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAA
127 TTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATATGAA
* *
13369 GAAAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
1 GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
13406 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 68, Indels: 11
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 131 0.43
171 64 0.21
172 33 0.11
173 76 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCATTCCTTCAAAAGCCTAATTAC
TCCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAA
AACAAATTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATATGAA
Found at i:13936 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13734--15851 Score: 1675
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 169
13724 AATTATTTGT
* *
13734 AAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
13799 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* *
13864 TGTTTACCTCATGAAACGTCAGAAAAAAGATATTCATTGAC
131 TGTCTACCTCA-GAAACAT-AGAAAAAAGATATTCATTGAC
* *** * * * * *
13905 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTAATAAGTCGATTTACAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * **
13969 ATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** *** * * *
14033 ATG-CTTGCCTTGGAAAACAT-GTAGAAAATCCTATTTATTTAT
130 ATGTC-TACCTCAG-AAACATAG-A-AAAAAGATATTCATTGAC
* * *
14075 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * *
14140 TAATCTCAAAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTTATATTTATGGCTAAAATAGATTATAATTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* **
14205 ATGT-TCACCTCGAGAAACAT-GAAGAGAATGGCATTCATTGAC
130 ATGTCT-ACCTC-AGAAACATAGAA-A-AAAGATATTCATTGAC
* * * * * * *
14247 AAG-AAAGTCTACTTATAGTTACCCATTCTTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTT
* * * * * * *
14310 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGCTT-AAACAAACTATAATTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
14374 AATGTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAAATATTCATTGGC
129 AATGTCTACCTC-AGAAACAT-AGAAAAAAGATATTCATTGAC
* * * * **
14417 ATG-AAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * ** * * ** ** *
14481 TAATATCAAAATTGATTCGAAGCTCAATTTGTTTTACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * *
14546 ATGTCTATGTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAGACATTCATTGAA
130 ATGTCTACCTC-AGAAACATAG-A-AAAAAGATATTCATTGAC
* * * *
14588 AATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAGTACTCACTTTAAA-AGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTT
* * * * * * *
14652 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAGTGTTCTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * **
14717 ATGTCTATCTTGAGAAACAT-GAAAAAAAATGAATTTATTGGG
130 ATGTCTA-CCTCAGAAACATAGAAAAAAGAT--ATTCATTGAC
* * * * *
14759 AAGAAAAGTCTATTTATTGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
14824 TAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * **
14888 AATGTCTACCTTGAGAAACAT-GAAGGAAAAGGTATTTATTGGT
129 AATGTCTACC-TCAGAAACATAGAA--AAAAGATATTCATTGAC
* * *
14931 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAG-TTTGAATACTCGCTTTAAA-AGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * *
14994 TATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGACTATAATTA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-
** * * * * ** * *
15059 GAACCT-TGCCTTAGGAAACGTATAAAAAATCTCATTTATTTG-T
128 GAATGTCTACCTCA-GAAACATAGAAAAAAGAT-ATTCA-TTGAC
* ** *
15102 AAGAAAAGTCAATTTATAGTGTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
15167 TAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA-----TT-TGTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * *
15225 TGTCTACTTTC--ATTCATTAGCAAGAA-A-A-T--TT--C
131 TGTCTAC-CTCAGAAACA-TAGAAAAAAGATATTCATTGAC
* * *
15257 ------A-T----TTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * **
15311 TAATCTCATAATTGATTTTAAGGTCAAATTTTTTAGATTTTTGGTTACGACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
15376 TGTTTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCT-TTCATTGGC
131 TGTCTACCTC-AGAAAC--ATAGAAAAAAGATATTCATTGAC
* * * * * * *
15417 AACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCATATTACTCGTTTTAAATATTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * ** * *
15482 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAATTTTCATTAAAACAGATTGTAATTCAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** *
15546 TGTCTACCTTGTGAAACAT-GTAGAAAAAGCCA-ATT-ATTGAG
131 TGTCTACC-TCAGAAACATAG-A-AAAAAG--ATATTCATTGAC
* * **
15587 AAGAAAAGTCCATTTAT-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAACGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
15651 TATTCTCATAATTGATTTTATG-TGCAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAAGTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** *
15715 AAAGTCTACCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAAGGCATTCATTGAT
129 AATGTCTACCTC-AGAAACATAG-A-AAAAAGATATTCATTGAC
* * *
15758 AAGGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAAT-GATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAG-TTT
* *
15821 TATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
15852 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1546, Mismatches: 308, Indels: 185
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
144 72 0.05
148 1 0.00
149 3 0.00
150 7 0.00
151 25 0.02
153 2 0.00
154 5 0.00
155 1 0.00
156 3 0.00
158 2 0.00
159 1 0.00
160 2 0.00
162 2 0.00
163 10 0.01
164 21 0.01
165 6 0.00
166 3 0.00
167 2 0.00
168 5 0.00
169 72 0.05
170 336 0.22
171 617 0.40
172 341 0.22
173 2 0.00
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCAGAAACATAGAAAAAAGATATTCATTGAC
Found at i:14316 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 13644--15851 Score: 1935
Period size: 341 Copynumber: 6.5 Consensus size: 341
13634 NNNNNNNNNN
* * * *
13644 TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTGAAACATACTGTAACTGAATGGC-TGCCTTGAGAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GCTTGCCTTGAGAA
* * *
13708 ACATGTATAAAATCCTAATTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGC
65 ACATGTAAAAAAT-CTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
13773 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATAT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATAT
* * * *
13837 TTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTC-ATGAAACGTCAGAA-A-AAAGATATTC
194 TTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACAT--GAAGAGAAAGACATTC
* *** * * * * * *
13899 ATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTAATAAGTCGATTTACATG
256 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
* *
13964 ATTTTATAATCTCATAATTGA
321 GTTTTATAATCTCATAACTGA
* *
13985 TTGTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGCTTGCCTTG-GAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAG-AA
* * * *
14049 ACATGTAGAAAATCCTATTTATTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC
65 ACATGTAAAAAAT-CTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
14114 CTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTTATAT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATAT
* * * * *
14179 TTATGGCTAAAATAGATTATAATTAAATGT-TCACCTCGAGAAACATGAAGAGAATGGCATTCAT
194 TTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGACATTCAT
* * * * * *
14243 TGACAAG-AAAGTCTACTTATAGTTACCCATTCTTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGT
258 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGT
*
14307 TTGATAATCTCATAACTGA
323 TTTATAATCTCATAACTGA
* * * * *
14326 TTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGCTT-AAACAAACTATAATTAAATG-TCT-ACTTCAA
1 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTT-GA
* ** * * * * *
14388 GAAACATGAAAAAAAAAATATTCATTGGCATG-AAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAA
62 GAAACATG-TAAAAAATCTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* ** * * ** * *
14452 ACCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATTGATTCGAAGCTCAATTTGTTTTA
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA
** * * ** * *
14517 CGTTTTT-ACTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATT
191 TATTTTTGGC-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGACATT
* * * * *
14581 CATTGAAAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTAGTACTCACTTTAAAA
255 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
14646 GGTTTTATAATCTCATAACTGA
320 GGTTTTATAATCTCATAACTGA
* * *
14668 TTTTAAGTTGAAGTGTTCTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAT--CTTGAG
1 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TGCCTTGAG
* ** * * * *
14731 AAACATGAAAAAAAATGAATTTATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATTGCCACCCATTCCTTCAAAA
63 AAACATG-TAAAAAATCTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
14796 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTTAC
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-
* * * **
14861 T-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-GAAAAGGTATT
191 TATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAG-AAAGACATT
* ** * * *
14924 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAG-TTTGAATACTCGCTTTAAA
255 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAA
*
14988 AGGTTTTATAATCTCATAATTGA
319 AGGTTTTATAATCTCATAACTGA
* * * * *
15011 TTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAGACTATAATTAGAA-CCTTGCCTT-AGG
1 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-GAATGCTTGCCTTGA-G
* * * **
15074 AAACGTATAAAAAATCTCATTTATTTGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTGTCCCATTCCTTCAAAA
63 AAACATGTAAAAAATCT-ATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
15139 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAA------TT-T
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAT
* * * *
15197 GTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CT---------T----------TCATTCA
192 ATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGACATTCA
* * * * *
15241 TT-AGCAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
257 TTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
*
15305 GTTTTATAATCTCATAATTGA
321 GTTTTATAATCTCATAACTGA
** * ** * * * **
15326 TTTTAAGGTCAAATTTTTTAGATTTTTGGTTACGACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
1 TTTTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAA
* ** * * * * * *
15391 ACGTAAAGAAAAAGGCT-TTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
65 ACATGTA-AAAAA-TCTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * ** * * * *
15455 TCATATTACTCGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATA
* *** * * * * * * *
15518 ATTTTCATTAAAACAGATTGTAATTCAATGTCTACCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCAATT-A
193 TTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGAC-ATTCA
* * * *
15582 TTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAACGG
257 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
* *
15646 TTTTATATTCTCATAATTGA
322 TTTTATAATCTCATAACTGA
* * * * * * *
15666 TTTTATG-TGCAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAAGTATAATTGAAAG-TCTACCTCGA
1 TTTTAAGTTG-AA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTTGA
* * * * ** *
15729 GAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCA-TTGATAAGGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTGCTTCA
62 GAAACATGTA-AAAAA-TCTATTTATTTG-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
15792 AAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTTAATT
124 AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATT
15852 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1533, Mismatches: 258, Indels: 150
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
314 3 0.00
315 209 0.14
316 11 0.01
317 2 0.00
319 2 0.00
320 4 0.00
321 24 0.02
322 2 0.00
325 1 0.00
331 1 0.00
334 2 0.00
335 27 0.02
336 5 0.00
337 2 0.00
339 3 0.00
340 75 0.05
341 530 0.35
342 263 0.17
343 362 0.24
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAA
CATGTAAAAAATCTATTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTT
TTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGACATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTT
ATAATCTCATAACTGA
Done.