Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399201.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_247.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18174
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.11, T:0.28
Warning! 3676 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2446 original size:685 final size:683
Alignment explanation
Indices: 8--2763 Score: 2580
Period size: 685 Copynumber: 4.0 Consensus size: 683
1 TATAGTT
* ** * * ** *
8 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGACCTTATAAAATCATTTA
1 TGTTTTAAACAAAAAAATAAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * *
72 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTTTG-AGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAAT
66 AAGTGAGTAATAAGGC--TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
136 G-CTCTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACA-TCAACTT-TAGTCTATTTTAAACAAAA-ATG
129 GCCT-TTTTCTAACA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAAGCAAAATAT-
* * ** * * * ** *
196 TAAAAAAATTGACCTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCT
189 AAAAAAAATTTAAATTAAAATAAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-TAATAAGGCT
** * * * ** * **
260 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAA-AGGTTGA-CTTTTGCTTCACAT
252 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATA-AAT-ACCTTTTTCTTCATGT
* ** ** * * * * *
322 TTCCCAATACAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAA
314 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAA
* * * * **
387 ATCAATTTTGAGATTAT-AAAGCTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAAAAAATGGGTGAC
379 ATCAATTATGAGACTATAAAATCTATTTAAAGTGAATAATAAGAC-TTT-AAAGGAATGGGTGAC
* * **** *
451 TATAAATGCACTTTTCTTA-CCAATGAAT-GCTTTTT-TTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCA
442 TATAAATGGACTTTTCTTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTT-ATGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
* * * * *
513 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
506 ATTATAATATGTTCTAACTAAAAACATAAAAA-ATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
578 AACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGCAATAGGTGACTATCAATAGATCTTTCTTGCC
570 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGAT-TTTCTTACC
643 AATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATA
634 AATGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTT-TGTAAGGTAGACATTCAATTATAATA
* *
694 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAT-ATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
1 TGTTTTAAACAAAAAAATAAAAATAATTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
758 AAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATCAATAGA-TCTTTCTTGCCAATGAAT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCAATGAAT
* * *
822 GCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AGCCCAAAATGTAA
129 GCCTTTTTC-TAACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAG--CAAAATATAA
* * *
886 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT
191 AAAAAATTTAAATTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-ATAATAAGGCTTTT
* * * *
951 GAAGGAATGGGTGAGTATAAATGAACATTTCTTGCTAATAAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTCA
255 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
** * ** * *
1016 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAAACATCAAAAAGGA--CAACCTAAAATCAA
320 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATAT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
* * * *
1079 TTATGACACTATAAAA-CTATTTAAACTGAATAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
384 TTATGAGACTATAAAATCTATTTAAAGTGAATAATAA-GACTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA
* ** * * * *
1143 TGAACTTTTCTTA-CTGATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAA
448 TGGACTTTTCTTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAA
* * * *
1207 TATGTTCTAACCAAAAACGTAAAAACTTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
513 TATGTTCTAACTAAAAACATAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
1272 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
578 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTCTTACCAATGAATG
* * * *
1337 TCTTTTGCTACATGTTTGTAGGGTAGACATTCAATTATAATA
642 CCTTTTTCTTCATGTTTGTAAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * * * *
1379 TGTTTTAAA-AAAAAATGTAAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAATAGCATTT
1 TGTTTTAAACAAAAAA-ATAAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * **
1443 AAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTT-TTATCAATGAAT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *
1507 GCCTTTTTCTATACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAA
129 GCCTTTTTCTA-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAATAT-AAA
* * *
1571 AAAATTTTAAAATTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT
192 AAAAATTT-AAATTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-TAATAAGGCTTTT
* * * * *
1636 GAAGGAATGAGTGACTATAAGTGAACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCA
255 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * ** * * * *
1701 AGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAACGT-CAAAAAGTTCAA-TCTAAAATCCA
320 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACT-TAAAATCAA
* * *
1764 TTATGAGACTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGCAATGGGTGACTATAAA
384 TTATGAGACTATAAAATCTATTTAAAGTGAATAATAAGACTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * *
1828 TGGGCCTTTC-TAGTCAATGAATACC-TTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAA
448 TGGACTTTTCTTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAA
* * * * * *
1891 TCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTGAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTT
513 TATGTTCTAACTAAAAACATAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
1956 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGATTTCTCTTACCAGTGAAAG
578 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGATTT-TCTTACCAATGAATG
* *
2021 CCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTA
642 CCTTTTTCTTCATGTTTGT-AAGGTAGACATTCAATTATAATA
* * * *
2064 TATTTTAAACAAAAAAATACAAATAATTCTAA-TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAGACCATTT
1 TGTTTTAAACAAAAAAATAAAAATAATT-TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
2128 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * *
2193 CCTTTTTCTCAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAGTATACAAA
130 CCTTTTTCT-AACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAATATAAAAA
* * * * *
2258 AAATTTAAATTTAAATAAATTTTGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGCACAATAAGGCTTTTAAA
194 AAATTTAAATTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-ATAATAAGGCTTTTGAA
* ********** * *
2323 TGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTNNNNNNNNNNAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
258 GGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
** * * * * *
2387 TTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTT
322 GCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TT
* * * * * * **********
2452 -TGAGATTATAAAATC-ATTTAAATTGAGTAGTAGGACTTTTGAAGGAATGGGTGNNNNNNNNNN
386 ATGAGACTATAAAATCTATTTAAAGTGAATAATAAGAC-TTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * ** *
2515 GACTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGGAAAGGTTCAATTATAATC
450 GACTTTTCTTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATA
* * * * * * *
2579 TCTTCTAACGAAAAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCATTTAN
515 TGTTCTAACTAAAAACATAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
********* * * * * * * * *
2644 NNNNNNNNNTAAGGCCTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACC
580 AGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGA-TTTTCTTACCAATGAATGCC
** *
2709 TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAAACATTCAATTATAATA
644 TTTTTCTTCATGTTT-GTAAGGTAGACATTCAATTATAATA
* *
2750 TGTTTCAACCAAAA
1 TGTTTTAAACAAAA
2764 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1712, Mismatches: 301, Indels: 114
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
683 13 0.01
684 316 0.18
685 640 0.37
686 424 0.25
687 166 0.10
688 143 0.08
689 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (683 bp):
TGTTTTAAACAAAAAAATAAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
CTTTTTCTAACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAATATAAAAAAA
ATTTAAATTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
ACTATAAAATCTATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTAGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTCT
AACTAAAAACATAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGATTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT
TCATGTTTGTAAGGTAGACATTCAATTATAATA
Found at i:2544 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8--2763 Score: 2321
Period size: 172 Copynumber: 16.1 Consensus size: 172
1 TATAGTT
* * * ** *
8 TGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACCTTATAAAATCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * *
72 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTTTG-AGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAAT
66 AAGTGAGTAATAAGGC--TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* *
136 -GCTCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA-TCAACTT-TAGTC
129 ACCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA-TTATAATC
* * * * * * *
179 TATTTTAAACAAAAATGT-AAAAAAATTGACCTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCATTT
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTT
** * ** * * * * **
242 AAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGTCAAAGGTT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAAT
* ** * *** **
306 GA-CTTTTGCTTCACATTTCCCAATACAGACATTCAATTATAGCC
129 -ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * *
350 TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCTATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* ** *
415 AAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAAAAAATGGGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTACCAATGAAT
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * ** *
479 -GCTTTTTTTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATA
129 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
522 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
587 AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGCAATAGGTGACTATCAATAGA-TCTTTCTTGCCAATGAATG
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCAATGAATA
* ** * *
651 CCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATA
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * *
694 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
759 AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATCAATAGA-TCTTTCTTGCCAATGAATG
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCAATGAATA
* **
823 CCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
866 TATTTTAGCCCAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
931 AAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAAT-GAACATTTCTTGCTAATAAATA
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATA
* *
995 CCTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* ** * ** * * * * * *
1038 TGTTCTAATAAAAAACATCAAAAAGGA--CAACCTAAAATCAATTATGACACTATAAAACTATTT
1 TGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * * **
1101 AAACTGAATAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACTGATGAAT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
1165 ACCTTTTTCTTCACGTTTC-CAAAGGCAAACATTCAATTATAATA
129 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATC
* ** ** * * *
1209 TGTTCTAACCAAAAACGT-AAAAACTTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * **
1273 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGT
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* * * * *
1338 CTTTTGCTACATGTTTGT-AGGGTAGACATTCAATTATAATA
131 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
** * * * *
1379 TGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAATAGCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * ** *
1444 AAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTT-TTATCAATGAATG
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATA
*
1508 CCTTTTTCTATACA--TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC
130 CCTTTTTCT-T-CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * ** * * *
1551 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTTAAAATTAAAATAAATTTTAAGATTATAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
1616 AAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAGT-GAACTTTTGTTGCCAATGAATA
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * *
1680 CCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATC
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* ** * * * * * * *
1723 TGTTCTAACCAAAAACGT-CAAAAAGTTCAA-TCTAAAATCCATTATGAGACTATAAAATCATTT
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * * * * *
1786 AAAGTGAGTAATAAGTCTTTCAAAGCAATGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTAGTCAATGAATA
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * *
1851 CC-TTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAATC
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * ** * * * * * *
1893 TGTTCTAACTAAAAACGT-AAAAAAATTCAACCTGAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
1957 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGA-TTTCTCTTACCAGTGAA-A
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGAATA
* * * *
2020 GCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTA
130 -CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * *
2064 TATTTTAAACAAAAAAATACAAATAATTCTAA-TTTAAATCAATTTTGAGATTATAAGACCATTT
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * *
2128 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATT
65 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA
*
2193 CCTTTTTC-TCAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
130 CCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * *
2236 TGTTTTAAGC-AAAGTATACAAAAAATTTAAA-TTTAAATAAATTTTGAGAATGTAAAACCATTT
1 TGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * * **********
2299 AAAGTGCA-CAATAAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTNNNNNNNNNNAAT
65 AAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
2363 GCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAGTT
129 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
2407 TGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAATCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * **********
2472 AATTGAGTAGT-AGGACTTTTGAAGGAATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTGCCAATGAATA
66 AAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * **
2536 CCTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGGAAAGGTTCAATTATAATC
130 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * * * * * * * *
2579 TCTTCTAACGAAAAACAT-CAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAACCATTTA
1 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
********** * * * * *
2643 NNNNNNNNNNTAAGGCCTTTGAAGGAATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAC
66 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* *
2708 CTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACATTCAATTATAATA
131 CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATC
*
2750 TGTTTCAACCAAAA
1 TGTTTTAACCAAAA
2764 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2112, Mismatches: 420, Indels: 106
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 235 0.11
171 872 0.41
172 950 0.45
173 41 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
Found at i:2635 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 26--2642 Score: 1616
Period size: 343 Copynumber: 7.6 Consensus size: 343
16 CCAAAAATGT
* ** * *
26 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGACCTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC--
** * * * * *
90 TTTTG-AGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAAT-GCTCTTTTCTTCATGTT
63 TTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT-TTTTCTTTACGTT
* * * * * ** * *
153 TCTCAAGGTAGACA-TCAACTT-TAGTCTATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATT-GACCTTAA
127 TCCCAAGGTAAACATTCAA-TTATAATCTGTTCT-AACGAAAAACATCAAAAAATTCAACC-TAA
* * ** * * ** * * * ** * *
214 AATCAATTATTAGTTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACT
189 AATAAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACT
* * * * ** * * ** *
279 ATAAATGGACTTTTTGTGT-CAAAG-G-TTGACTTTTGCTTCACATTTCCCAA--TACAGACATT
254 ATAAATAGA-TTTCTCT-TAC-CAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-A-ACATT
** * * **
339 CAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTA
314 CAATTATAGTATATTTTAAACAAAAAAATA
* * * * * *
369 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
434 TGAAAAAAATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTT-TTTCATGTTTA
66 TG-AAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTT-ACGTTTC
*** * * * * * * *
497 TTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAATATTTGAACTTAAAAT
129 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACATCAAAAA-A-TTCAACCTAAAAT
* * * * * * * * * * *
561 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGCAATAGGTGACTATC
192 AAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATA
* * * * ** * *
626 AATAGATCTT-TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
257 AATAGAT-TTCTCTTACCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * *
690 AATATGTTTTAACCAAAAATATA
321 AGTATATTTTAAACAAAAAAATA
* * * * * * *
713 AAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
778 TAAAGAAATGGGTGACTATCAATAGA-TCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCT
66 TGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCC
* * * * ** ** * * * *
842 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCCAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCA
130 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACAT-CAAAAAATTCAACCTAAAATAA
* * * ** * * *
907 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAA
194 ATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAA
* * * * * * * *
972 T-GAACATT-TCTTGCTAAT-AAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAT
259 TAG-A-TTTCTCTTACCAGTGAAA-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * *
1034 AATCTGTTCTAATA-AAAAACATCA
321 AGTATATTTTAA-ACAAAAAAAT-A
** ** * * * * * *
1058 AAAAGGA--CAACCTAAAATCAA-TTATGACACTATAAAACTATTTAAACTGAATAATAAGGCCT
1 AAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * ** *
1120 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTGATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCC
65 TTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCC
* * * * * * * *
1185 AAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAACGT-AAAAACTTTTAACCTAAAATCA
130 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACATCAAAAA-ATTCAACCTAAAATAA
* * * * * *
1249 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTAAGTATAAA
194 ATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAA
* * * * * * * * * *
1314 TGGACTTT-TCTTACCAATGAATGTCTTTTGCTACATGTTTGT-AGGGTAGACATTCAATTATAA
259 TAGA-TTTCTCTTACCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAG
* *
1377 TATGTTTTAAA-AAAAAATGTA
323 TATATTTTAAACAAAAAA-ATA
* * * * *
1398 AAAACAATT-AAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAATAGCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAAA-TTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * * *
1462 TTGAAGCAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTT-TTATCAATGAATGCCTTTTTCTATACATTTC
65 TTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTC
* * * * * * **
1526 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAA-ATGTAAAAAATTTTAAAATTAAAA
129 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACAT-CAAAAAA--TTCAACCTAAAA
* * * * * * * * *
1589 TAAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
191 TAAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTAT
* * * * * * *
1654 AAGT-GAACTTT-TGTTGCCAATGAATA-CCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCAAT
256 AAATAG-A-TTTCTCTTACCAGTGAA-AGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * * **
1716 TATAATCTGTTCTAACCAAAAACGT-
318 TATAGTATATTTTAAACAAAAAAATA
* * * * * *
1741 CAAAAAGTTC-AATCTAAAATCCA-TTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCT
1 AAAAAAATTCAAAT-TAAAATCAAGTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * * * * *
1804 TTCAAAGCAATGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTAGTCAATGAATACC-TTTTCTTTATGTTTC
64 TTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTC
* * * * *
1868 CCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAACCTGAAATAA
129 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACATCAAAAAATTCAACCTAAAATAA
* * * *
1933 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAA
194 ATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAA
* *
1998 TGGATTTCTCTTACCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTAAACATTCAATTATAGT
259 TAGATTTCTCTTACCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGT
2063 ATATTTTAAACAAAAAAATA
324 ATATTTTAAACAAAAAAATA
* * * * * *
2083 CAAATAATTCTAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* ** *
2148 TGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTCAACGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCCC
* * * ** * ** *
2213 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-GCAAAGTATACAAAAAATTTAAATTTAAATAAA
131 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACAT-CAAAAAATTCAACCTAAAATAAA
* * *
2277 TTTTGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGCA-CAATAAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAA
195 TTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTG-AGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAA
********** * * * *
2341 TAGACTTT-TNNNNNNNNNNAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAG
259 TAGA-TTTCTCTTACCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAG
* * * *
2405 TTTGTTTT-GACTAAAAATATA
323 TATATTTTAAAC-AAAAAAATA
* * *
2426 AAAAAAATT-AAACTTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTAGT-AGGACT
1 AAAAAAATTCAAA-TTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CT
* ********** *
2489 TTTGAAGGAATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTAGGTTTC
64 TTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTC
* ** * * *
2554 CCAAGGGAAAGGTTCAATTATAATCTCTTCTAACGAAAAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAATCA
129 CCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACATCAAAAAATTCAACCTAAAATAA
*
2619 ATTATGAGACTGTAAAACCATTTA
194 ATTATGAGAATGTAAAACCATTTA
2643 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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345 16 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
AAAAAAATTCAAATTAAAATCAAGTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCCC
AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAACATCAAAAAATTCAACCTAAAATAAAT
TATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATA
GATTTCTCTTACCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTAT
ATTTTAAACAAAAAAATA
Found at i:5071 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4680--7208 Score: 2306
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 170
4670 NNNNNNNNNN
*** * * * **
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* * * * *
4745 T-TAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAACTAGAATTGAATGT
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* * *
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* * * *
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* * * *
4914 ATGC-CATAATTGATTTTAAGTGGAATCTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGCAT
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* * * *
4978 GTATACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
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* * * *
5022 AAAGTCTATTTATAGTTACCGATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTGTAGT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
5086 GC-CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTGTAATTGAATGT
65 -CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
** * * *
5150 CTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGA
129 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
5192 AAAGTCCATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAAG
1 AAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
5257 CTCATAATTGATTTTAGGTTGTA-CTTTTTGACGTTTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
** * * *
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* * *
5363 AAACTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
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* * *
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* * * *
5534 AAACTCTATTTATAGTCACTCA-TTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * * *
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64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * **
5663 ATGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
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* *
5705 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTGT-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * **
5769 TCTTCA-AATTCATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATGTTTTTGGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAAT
64 TC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * ** ** * **
5832 TTCTTCCTTGGGGAACGTGAAGCAAAAGTTAACCATTGGTACCA
127 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *** * *** *
5876 AAAGTCTAATTATAATCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
5941 CTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
65 CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
**
6005 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACA-GCATTCATTGGCAAGA
129 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
6047 AAAGTCCATTTAGACTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** *
6112 GC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACAACAATTGAATGT
65 -CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
6176 CTATCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
129 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** *
6218 AAACTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * ** *
6283 CTCA-AACTTGATTTAAATTTAAATTTTTTGTAGAGTATTAATTAAAAAAGATTATAATTGAATG
65 CTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATCTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
6347 TCTACCATGACAAATATGAAGCAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
128 TCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
6390 AAACTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTTTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *** ** *
6455 CTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTGTGTTTTTACTTAGAACAGATTATAATTGAATGT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * **
6520 TTCCCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCAGCAAGA
129 CTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * ** * * *
6562 AAGGTTCATTTATAGTTGCTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAG
1 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * **
6626 CCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-CTTTTTGATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * **
6690 TCTGCCTTTG-GAAACATGCAA-AGAAAGATATTCATTGGCAAGA
128 TCTACC-TTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
6733 AAAGTTCATTTATAGTCTCCCA-TTCTTTCAAAAGCCTCATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * **
6797 TCTCATAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACCG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** *
6862 TCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
128 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* *
6905 AAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCATTT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * **
6970 CTCATAATTGATTTTAGGTAGAA-CTTTTTGACCTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTAAACAT
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
7034 CTACCTTG-GAAAACCTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
129 CTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * ** *
7076 AGAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTAGAAATTGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
7141 CTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATA
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
7205 TCTA
128 TCTA
7209 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1956, Mismatches: 347, Indels: 110
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 213 0.11
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
Found at i:8310 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8015--9942 Score: 1871
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 171
8005 NNNNNNNNAT
* * * * *
8015 TGAATACCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAAC
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
* ** * * * * * * * *
8080 ATCAAAACGTTCGACCTAAAATCAATTATTAGACTATAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCC
66 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
8145 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCGA
131 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
8186 TAAATACCTTTTTCTTCACGTTT-TCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAA
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
* *
8250 TGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
65 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * **
8315 TTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAATTTTTCTTTTCAA
130 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * *
8357 TGAAT-GCTTTGTTCTTCATATTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AGAAAA
1 TGAATACCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAA
* * * *
8420 ATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
64 ATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** *
8485 GCATTTGAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTTTT-TTGGCCAA
128 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAA
* *
8529 TGAAT-TCTTTCTTC-TCAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC--AA
1 TGAATACCTTT-TTCTTC-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA
* * * * * * *
8590 AGTGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
63 AATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
** * * *
8655 GGGC-TTCCAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAA
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* * * * *
8700 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGCTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
* * * * * * * * *
8765 TTAAAAAAATTTGAACTTAGAATTAATTTTGAGATTATAAAAGCATTTCAAGTGAGTAGTAGGGC
66 ATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** *
8830 TTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAACAGACTCTTCTTGCCAA
130 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ** * *
8872 TGAATACCTTTTTCTTTAGGTTT-TCCAAGGTAGATGTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAA
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
** * * * * *
8936 GGTCAAAAAGTTCTACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
65 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
*
9001 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
130 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * *
9043 TGAAT-GCTTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGGT-GACAGTT-AATTATAATCTATTTTAACCAAA
1 TGAATACCTTTTT-CTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
* * * * *
9105 AATATACAAAGAATTCAAATTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA
63 AATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
9170 GGCTTTTGAAAGAATGGGAGAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAA
127 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * *
9215 TGAATATCTTTCTT-TACATGTTTC-CGAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
1 TGAATACCTTT-TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
* ** * * * *
9278 ACACCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
64 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * * *
9343 CTTTTGAAAGAATGAGCGACTATAAATGAACCTTTCTTG-CAGA
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-A
* * * * *
9386 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAC
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAA-
* * *
9451 ACA-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
64 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* *
9515 CTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
*** * * ** * ** *
9558 TGAATGTTTTTTTCTTCATATTTGTCATTGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATTAATAAT
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
* * * * * * *****
9623 CTGCAAAAAATTCAAATTTAAATCAAGTT-TGATATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNN
66 AT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
***** * * * *
9687 NNNNNGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGTCAA
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * **
9730 TAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGATAGACATTCAATTCTTGTCTGTTTTAACAAAAAAT
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
* * *
9795 GAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTATAAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGG
66 -ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
9858 CTTTTAAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
129 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ***
9901 TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGGTAGACATTCAAT
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
9943 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1455, Mismatches: 262, Indels: 80
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 21 0.01
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173 13 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
Found at i:8520 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8022--9942 Score: 1903
Period size: 343 Copynumber: 5.6 Consensus size: 340
8012 NATTGAATAC
* * * * * * *
8022 CTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAACATCAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
** * ** * * * * * *
8087 CGTTCGACCTAAAATCAATTATTAGACTATAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCCTTTGAAG
66 AATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
8152 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCGATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCAAAGGT
131 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTC-AAGGT
* * * *
8217 AAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
195 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* *
8282 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAATTT
260 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
**
8347 TTCTTTTCAATGAATG
325 TTCTTGCCAATGAATG
* * * * **
8363 CTTTGTTCTTCATATTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAGAAAAATATACAA
1 CTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AA
* * * *
8428 AGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGA
64 AAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
** *
8493 AGGAATGAATGACTATAAATAGACTTTT-TTGGCCAATGAAT-TCTTTCTTC-TCAACGTTTCTC
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATATCTTT-TTCTTC-ACGTTT-TC
* * ** *
8555 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC--AAAGTGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCA
190 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGT-CAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * ** *
8618 ATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGC-TTCCAATGAATGGGTGACTATAA
253 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
*
8682 AT-AGACTTTACTTGCCAATGAATG
317 ATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * *
8706 CCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGCTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAA
1 -CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
** * * * * * * *
8771 AAATTTGAACTTAGAATTAATTTTGAGATTATAAAAGCATTTCAAGTGAGTAGTAGGGCTTTTGA
65 AAATTCAAATTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * * *
8836 AGGAATGGGTGACAATAAACAGACTCTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTAGGTTTTCCAAG
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTT-CAAG
** * * * *
8901 GTAGATGTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAGGTCAAAAAGTTCTACCTAAAATCAATTAT
193 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * *
8966 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
258 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC
9031 TTTTCTTGCCAATGAATG
323 TTTTCTTGCCAATGAATG
* * *
9049 CTTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGGT-GACAGTT-AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAC
1 CTTTTT-CTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-
* * * *
9112 AAAGAATTCAAATTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT
62 AAAAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
9177 GAAAGAATGGGAGAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTCTT-TACATGTTTCCG
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT-TTCTTCACGTTTTC-
* * * *** *
9241 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACACCAAAAAGTTCAACCTAAAATCAAT
190 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * * * *
9306 TATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGCGACTATAAATG
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* *
9371 AACCTTTCTTG-CAGATGAATAT
320 AACTTTTCTTGCCA-ATGAAT-G
* * * * * * *
9393 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACACAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-TAAAA
** * *
9458 AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
65 AAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** **
9523 GGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATATTTGTCATTG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT-TCAAGG
* * * * ** *
9588 TAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATTAATAATCTGCAAAAAATTCAAATTTAAATCAAGTT-
194 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-CAAAAAATTCAACCTAAAATCAA-TTA
* * ********** *
9652 TGATATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-AG
257 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-
* * *
9716 AGTTTTCTTGTCAATAAATG
321 ACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * ** *
9736 CTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGATAGACATTCAATTCTTGTCTGTTTTAACAAAAAATGAT-AA
1 C-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAA
* * * * *
9800 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTATAAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
64 AAAATTCAAATTTAAATCAATTATGAG-ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * **
9864 AAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTG
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTT-TCA
*
9928 TGGTAGACATTCAAT
191 AGGTAGACATTCAAT
9943 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1303, Mismatches: 236, Indels: 80
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 93 0.07
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344 172 0.13
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
AATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTCAAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
TCTTGCCAATGAATG
Found at i:9938 original size:686 final size:682
Alignment explanation
Indices: 8015--9942 Score: 2164
Period size: 686 Copynumber: 2.8 Consensus size: 682
8005 NNNNNNNNAT
* *
8015 TGAATACCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAAC
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAAC
* ** * * * * * *
8080 ATCAAAACGTTCGACCTAAAATCAATTATTAGACTATAAAATCATTTAAACTAAGTAATAAGGCC
66 A-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
8145 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCGATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTT
130 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTT
* * *
8210 CAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
195 C-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCA
*
8275 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAA
259 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * **
8340 TGAATTTTTCTTTTCAATGAATGCTTTGTTCTTCATATTTGTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT
324 TG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAAT
*
8405 CTATTTTAA-AGAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
388 CTATTTTAACA-AAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * ** * *
8469 TAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAATGACTATAAATAGACTTTT-TTGGCCAATGAA
452 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAA
* * * * ***
8533 TTCTTTCTTC-TCAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAGTGTAC
516 TTCTTTCTTCTTC-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAGAACAC
* * *
8597 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGCTTC
580 AAAGAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGCTTC
* * *
8662 CAATGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAA
645 CAAAGAATGAGCGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAA
* * * * *
8700 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCATGCTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CAAAAA-
** * * * * * * * * * *
8765 TTAAAAAAATTTGAACTTAGAATTAATTTTGAGATTATAAAAGCATTTCAAGTGAGTAGTAGGGC
64 ACAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* ** * * *
8830 TTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAACAGACTCTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTAGGTTT
129 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT
** * * *
8895 TCCAAGGTAGATGTTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAGGTCAAAAAGTTCTACCTAAAATC
194 T-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATC
* *
8960 AATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
258 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
9025 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGGT-GACAGTT-AATTAT
323 AT-GACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC-TAAAGGTAGACA-TTCAATTAT
* *
9088 AATCTATTTTAACCAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA
385 AATCTATTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
9153 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGAGAATATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG
450 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* *
9217 AATATCTTTCTT-TACATGTTTC-CGAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA-AA
514 AAT-TCTTTCTTCTTCATGTTTCTCG-AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAGAA
* * *
9279 CACCAAA-AAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-G
577 CA-CAAAGAA-TTCAAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
**
9342 GCTTTTGAAAGAATGAGCGACTATAAAT-GAACCTTT-CTTG-CAGA
640 GC-TTCCAAAGAATGAGCGACTATAAATAG-A-CTTTACTTGCCA-A
* * ** *
9386 TGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAC
1 TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC-AAAAA-
9451 ACAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
64 ACAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * *** **
9516 TTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATATTT
129 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTT
** * * * * * ** *
9581 GTCATTGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAATTAATAATCTGCAAAAAATTCAAATTTAAAT
194 -TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGT-CAAAAAATTCAACCTAAAAT
* * ********** *
9646 CAAGTT-TGATATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGTATGGGTGACTAT
257 CAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
9710 AAATAGAGTTTTCTTGTCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGATAGACATTCAATTCT
321 AAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTAT
** * * * *
9775 TGTCTGTTTTAACAAAAAATGATA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GTATTATAAAAT
385 AATCTATTTTAACAAAAAAT-ATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAG-ATTATAAAAC
* * * * *
9837 CATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
448 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
9902 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGGTAGACATTCAAT
513 GAATTCTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
9943 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 184, Indels: 57
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
685 71 0.07
686 798 0.77
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688 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
TGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAAC
AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTC
AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
ACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
TTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTT
TCTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAGAACACAAAGAA
TTCAAACTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGCTTCCAAAGA
ATGAGCGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAA
Found at i:10364 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 10112--10437 Score: 298
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
10102 TAATAAGGCT
** **
10112 TTTGAAAGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTGGTACCAATGGTTAGCTTTTGATTCACGTTCC
1 TTTGAAAGAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTGGTACCAATGAATAGCTTTTGATTCACGTTCC
* * * * *
10177 CCAAGGAAGACATTCAATTATAGCT-TTTTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATG
66 CCAAGGAAGACATTCAATTATA-ATATGTTCTAACCAAAAACATCAAAAAATTCAACCTAAAATC
*
10240 AATT-TGGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAC
130 AATTATGAGG-TTATAAAACTATTTAAAGTGAC
* * * * **
10272 TNNNNNNNNNNTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATATCTTTTTC
1 T----------TTGAAAGAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTGGTACCAATGAATAGCTTTTGA
* * * ** * * **
10337 TTCATGTTTCCTAAGGCGGATATTCAATTATAATATGTTCTAGCCAAAAAGGTCAAAAAATTCAA
56 TTCACGTTCCCCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAACATCAAAAAATTCAA
10402 CCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAA
121 CCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAA
10438 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 25, Indels: 15
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 1 0.01
170 83 0.65
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172 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
TTTGAAAGAATGAGCGACTATAAATGGACTTTTGGTACCAATGAATAGCTTTTGATTCACGTTCC
CCAAGGAAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAACATCAAAAAATTCAACCTAAAATCA
ATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAC
Found at i:14332 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 14155--14469 Score: 350
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
14145 CAAGAAATGG
* *
14155 GTGACTATAAATGGTCTATTCTTGCCAACGAAAGGCC-TTTCCTTTACA-TTTCTTAAGGTAGAA
1 GTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAA-GAAAGGCCTTTTCCTTCA-AGTTTCTTAAGGTAGAA
14218 ATTCAATTATAAAT-TGTTTTAACCAAAA-ATACAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGACA
64 ATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAACATA-AAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGACA
14281 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGTATGA
127 TTATAAAACCATTTAAAGCGAG----------TTTGAAGGTATGA
* * * * * * *
14326 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAAGAAAGGCCTTTTCCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGAAAT
* * * *
14391 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAC-ATAAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTA
14456 TAAAACCATTTAAA
130 TAAAACCATTTAAA
14470 TTGAGTAATA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 13, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.08
171 69 0.55
172 44 0.35
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
GTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAAGAAAGGCCTTTTCCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGAAAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACATAAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTTTGAAGGTATGA
Found at i:15171 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14981--15353 Score: 443
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
14971 NNNNNNNNNN
* *
14981 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAAGGGACT-
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATGAGTGACTATAAAGGGACTA
* * * * * *
15044 TTTTTCGTCAATG-AATACCTTTTTTTTCACATTTCCCAAGACAGATATTCAATTAT-AATCTGT
65 TTCTT-GCCAACGAAAGACCTTTTCTTT-ACATTTCCCAAGACAGAAATTCAATTATAAAT-TGT
* * * *
15107 TCTAACTAAAACAT-CAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
127 TCTAACCAAAA-ATACAAAATAAATCAACCTAAAATCAATTACGAC
** * * *
15151 ATTATAAAACCACATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGAGTGACTATAAATGGTCTAT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAAGGGACTAT
*** ** *
15216 TCTTGCCAACGAAAGACCTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAGAAATTCAATTATAAATTGTTTTA
66 TCTTGCCAACGAAAGACCTTTTCTTTACATTTCCCAAGACAGAAATTCAATTATAAATTGTTCTA
*
15281 ACCAAAAATACAAAATAAATCAACTTAAAATCAATTACGAC
131 ACCAAAAATACAAAATAAATCAACCTAAAATCAATTACGAC
15322 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
1 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
15354 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 26, Indels: 11
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 96 0.56
171 70 0.41
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAAGGGACTAT
TCTTGCCAACGAAAGACCTTTTCTTTACATTTCCCAAGACAGAAATTCAATTATAAATTGTTCTA
ACCAAAAATACAAAATAAATCAACCTAAAATCAATTACGAC
Done.