Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397448.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2482.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17603
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.10, T:0.28
Warning! 4033 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1269 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1093--1465 Score: 412
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
1083 NNNNNNNNNN
* *
1093 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTTAAAATTGATTTTAAGTT-AA-TTAT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTAAAATCTTAAAATTGATTTTAAATTGAATTTA-
** * *
1156 TTTTTAATTTTTTATTAACACAGACTATAATTAAATGCATGCCTTGAGAAACATACACAAAAAGC
65 TTCAT-ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCATACCTTGAGAAACATACACAAAAAGC
** * * *
1221 TACTCATTAAGAA-AAAAGTTTATTTATAGTCAC-CAATTTCTT
129 TACTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC-AGTCCTT
* *********** *
1263 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTAT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTAAAATCTTAAAATTGATTTTAAATTGAATTTAT
* * * **
1328 TCATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTATTTTGAGAAACATACACAAAAAGCTA
66 TCATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCATACCTTGAGAAACATACACAAAAAGCTA
* *
1393 TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAGTCCTT
131 CTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAGTCCTT
1434 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTT
1466 TTAATCTCAT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 40, Indels: 7
0.77 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 106 0.67
171 49 0.31
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTAAAATCTTAAAATTGATTTTAAATTGAATTTAT
TCATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCATACCTTGAGAAACATACACAAAAAGCTA
CTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAGTCCTT
Found at i:2611 original size:149 final size:148
Alignment explanation
Indices: 2400--2671 Score: 338
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 148
2390 ACTGATTTTT
* * * * *
2400 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTATCTGGAGAAACATTAAAAAA-A
1 TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGCTTACCTCGAGAAACATTAAAAAATA
* * *
2464 AGGCACTCATTTTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCTGC
66 A-CCACTCA-TTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCC-TTAAAAGCCTTATTACCTGC
2528 TTTAATTTATTTTAAGTTAAAG
127 TTTAATTTATTTTAAGTTAAAG
*
2550 TTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGA-ATATAATCGAATGCTTGCCTCGAGAAACA-TATAAAAA
1 TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACA-ATAATCGAATGCTTACCTCGAGAAACATTA-AAAAA
* * *
2612 TAACCATTCATTGAGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCGTTCCTTCAAAGCCTTATTAC
64 TAACCACTCATTGA-GAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTAAAAGCCTTATTAC
2672 TCACTTTAAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 12, Indels: 12
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
148 21 0.20
149 39 0.37
150 45 0.43
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (148 bp):
TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACAATAATCGAATGCTTACCTCGAGAAACATTAAAAAATA
ACCACTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTAAAAGCCTTATTACCTGCTTTA
ATTTATTTTAAGTTAAAG
Found at i:2760 original size:169 final size:159
Alignment explanation
Indices: 2565--2872 Score: 327
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
2555 TACATTTATG
* * *
2565 GTTAAAAAGAATATAATCGAATGCTTGCC-TCGAGAAACATATA-AAAATAACCATTCATTGAGG
1 GTTAAAAAGAATATAATCGAATGCTTGCCTTC-AAAAACATACACAAAA-AACCACTCATTGA-G
*
2628 AAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCGTTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
63 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT
2691 AATCTCATAATTAATTTTAAGTNNNNNNNNNNTTTAGTTTTT
128 AATCTCATAATTAATTTTAAGT----------TTTAGTTTTT
* * * * *
2733 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAAAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAGAA
1 GTTAAAA-AGAATATAATCGAATGCTTGCCTTCAAAAACATACACAAAAAACCACTCATTGAGAA
* * * * *
2798 AAACGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATTGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAA
*
2863 TCTTATAATT
130 TCTCATAATT
2873 GATCTTAAAT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 15, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 27 0.22
169 47 0.39
170 46 0.38
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
GTTAAAAAGAATATAATCGAATGCTTGCCTTCAAAAACATACACAAAAAACCACTCATTGAGAAA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT
CTCATAATTAATTTTAAGTTTTAGTTTTT
Found at i:4224 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3109--4328 Score: 741
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
3099 NNNNNNNNAC
* * * * * * * *
3109 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTATAAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
** * ** * * **
3174 GAAT-GCCTTTTTTTTA-ATATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCCAAAA
65 GAATAGCC---TTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA
* * * ****
3237 TGTAAAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATANNNN
127 TGT-AAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
****** * * * * *
3282 NNNNNNAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
* * * * * * * *
3347 GAATAGCTTTTTTGCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAGTTATAGTCTGTTTTAATAAAAAA-AT
65 GAATAGCCTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * *
3411 ATAAAAAAATTCATCTTAATATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 A-AAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
********** * * *
3453 NNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGTGACTATAAATGGACTTTGT-TTCTCAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGTGACTATAAATGAACTTT-TCTTCTCAAT
* *** * * * * * * *
3517 AAATGAATTTTTTTACATGTTTCTGAATGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATA
65 GAAT-AGCCTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG
********** * *
3582 T-AAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATTTTGAGATTATAAAAC
129 TAAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
* * *
3623 AATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AA--A----TGACTATAAATGGACTTTTGTTGC-CAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAAT
* * ** ** * *
3680 GAAT-GCCTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTG-CTTGTTTTAACGAAAAA
65 GAATAGCC--TTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACAAAAAA
* * * **********
3743 T-T-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAAT
127 TGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
* * * * * * *
3785 AATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTATTGAAGGAATGAGTGGCTATAAATAAACTTTTTTTCTCAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
* * * * *
3850 GAATAGCCTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGT
65 GAATAGCCTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* ** * *
3915 -AAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTGTGAGATTATAACAC
130 AAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
* * * *
3955 AATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGACTGGGTGACTAGAAATGAACTTTTCTGCTCAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
* * * *
4020 GAATAACTTTTTTCACACATTTCTCATGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG
65 GAATAGCCTTTTT-ACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG
**********
4085 TAAAAAAAATTCAACTTAAAAACAANNNNNNNNNNATAAAAT
129 TAAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
* * *
4127 AATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGACTAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
* * *
4192 TAATAGCCTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGATTTAACAAAAAATCT
65 GAATAGCCTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
* * * * * *
4257 -AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
130 AAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
* *
4297 AGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
4329 ATGGGTGATT
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 207, Indels: 55
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 44 0.05
163 72 0.09
164 1 0.00
165 1 0.00
167 1 0.00
169 48 0.06
170 245 0.30
171 215 0.26
172 129 0.16
173 56 0.07
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATG
AATAGCCTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA
AAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAT
Found at i:8272 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 8084--8395 Score: 353
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
8074 NNNNNNNNNN
* * *
8084 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCCTTTTTTT-ATGTTTCTT
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATAG--CTTTTTTTAACGTTTCTC
* * * *
8146 AAGGTAAACATTGAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
63 AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
8210 TATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
128 TATGAGATTA----------TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
8253 AAGGAATGGTTGGCTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCAA
1 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTA-ACGTTTCTCAA
** *
8318 GGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATT
65 GGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
8383 ATGAGATTATAAA
129 ATGAGATTATAAA
8396 ACAATTTAAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 12, Indels: 19
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.03
168 9 0.07
169 37 0.30
170 43 0.34
172 32 0.26
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTAACGTTTCTCAAG
GTAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
Found at i:8361 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 7784--8408 Score: 760
Period size: 340 Copynumber: 1.8 Consensus size: 335
7774 AATGAAAGCT
* * *
7784 TTTTTTTAATGTTTCTCAATGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAG
1 TTTTTTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAAAGT--AAAAG
7849 AAAGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGATAAATAAGGCTTCTGA
64 AAAGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGATAAATAAGGCTTCTGA
*
7914 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTGCACGTTTCTCAAA
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTACACGTTTCTCAAA
* * * * * **
7979 ACAGACATTCAGTTACAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCATTTTAAAATCAATTA
194 ACAGACATTCAATTACAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
8043 TGAGTTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
259 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT----------AAGGAATGGGTGACTATAAATAGA
8108 TTTTTCTTGCCAATGAATGCCC
314 TTTTTCTTGCCAATGAATGCCC
* *
8130 TTTTTTT-ATGTTTCTTAAGGTAAACATTGAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAAAGT-AAA-AA
1 TTTTTTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAGAA
* ********** *
8192 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAA
66 AGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGA-TAAATAAGGCTTCTGAA
* * * *
8255 GGAATGGTTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCAAG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTACACGTTTCTCAAA
** * * *
8319 GTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTA
194 ACAGACATTCAATTACAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
8384 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGTG
259 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGTG
8409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 35, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 134 0.56
341 51 0.21
342 3 0.01
345 45 0.19
346 7 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
TTTTTTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAGAA
AGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGATAAATAAGGCTTCTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTACACGTTTCTCAAAAC
AGACATTCAATTACAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCA
ATGAATGCCC
Found at i:8445 original size:172 final size:157
Alignment explanation
Indices: 8250--8576 Score: 295
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
8240 AATAAGGCTT
* *
8250 TTGAAGGAATGGTTGGCTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAAT-AGCTTTTTTTACAC-GTT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCCTCAATGAATGA-CTTTTTTTACACAG-T
* *
8312 TCTCA-AGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAACTTAAA
63 TCT-AGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCT-TTTGAACAAAAAAAGT-AAAAAAATTCAACTTAAA
*
8376 ATGAATTATGAG-ATTATAAAACAATTTAAAGTG
125 ATAAATT-TGAGTATTATAAAACAATTTAAAGTG
* *
8409 NNNNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTTCCTCAATGAATGATTTTT
1 -------------TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTCCTCAATGAATGACTTTT
** * * * * *
8474 TTTACACAGTTCTAGAGGCAAGCATTTGATTATAGTCTTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTGA
53 TTTACACAGTTCTAGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTTTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCA
* *
8539 ACTTAAAATAAATTTTAGTGTTATAAAACAATTTAAAG
118 ACTTAAAATAAATTTGAGTATTATAAAACAATTTAAAG
8577 CGAGTAATAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 16, Indels: 12
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 41 0.31
171 15 0.11
172 73 0.54
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (157 bp):
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTCCTCAATGAATGACTTTTTTTACACAGTTCT
AGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTTTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAT
TTGAGTATTATAAAACAATTTAAAGTG
Found at i:8477 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 7701--8408 Score: 751
Period size: 340 Copynumber: 2.1 Consensus size: 334
7691 NNNNNNNTAG
* * *
7701 GATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGATTATAAATGGACTT
1 GATTATAAAACAATTTAAAGTGAG---TAA----TTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTT
* * *
7766 CTTTTACAAATGAAAGCTTTTTTTTAATGTTTCTCAATGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTA
59 -TTTTACCAATGAATGCTTTTTTTT-ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTA
* *
7831 ACTAAAAATGTAAAAAAGAAAGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
122 ACCAAAAAAGT--AAAAGAAAGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
7896 GATAAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTT
185 GATAAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTT
* * * * * *
7961 TTTTGCACGTTTCTCAAAACAGACATTCAGTTACAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
250 TTTTACACGTTTCTCAAAACAGACATTCAATTACAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAATT
**
8026 CATTTTAAAATCAATTATGA
315 CAACTTAAAATCAATTATGA
* *** * *
8046 GTTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTT
1 GATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT-------TTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTT
* * * *
8111 TTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTTTTATGTTTCTTAAGGTAAACATTGAATTATTGTCTATTTTA
59 TT-TTACCAATGAATG-CTTTTTTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTA
* **********
8176 ACCAAAAAAGT-AAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAGCGA
122 ACCAAAAAAGTAAAAGAAAGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGA
* * * *
8238 GT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTT
187 -TAAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTT
*** * *
8301 TTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAAAT
250 TTTTACACGTTTCTCAAAACAGACATTCAATTACAGTCTATTTGAACAAAAAAAGT-AAAAAAAT
*
8366 TCAACTTAAAATGAATTATGA
314 TCAACTTAAAATCAATTATGA
8387 GATTATAAAACAATTTAAAGTG
1 GATTATAAAACAATTTAAAGTG
8409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 47, Indels: 28
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 1 0.00
340 134 0.44
341 51 0.17
342 6 0.02
344 2 0.01
345 101 0.33
346 8 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (334 bp):
GATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTTTACC
AATGAATGCTTTTTTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAAA
GTAAAAGAAAGTTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGATAAATAAGG
CTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTACACGTT
TCTCAAAACAGACATTCAATTACAGTCTATTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGA
Found at i:9542 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9123--11016 Score: 1115
Period size: 172 Copynumber: 11.1 Consensus size: 169
9113 AAATTCAACT
* * * * *
9123 TAAAATAAATTAAAGC-AGGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGAGTGACTATAAATGGA-TTTTTC
1 TAAAACAATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-
* * * * **
9186 TTACGTATGAAT-GCCTTTTTTTTA-ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTAT-TGTCTAATTT
64 TT-C-AATGAATAG-C-TTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAT-TCTGTTTT
* *
9248 AACCAAAAATGTAAAAAAA---AA---AAAAACAGTTATGAGATTA
124 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * **********
9288 TAAAACAATTTAAAGCGAGTCATAAGGTTTTTGAAGGAANNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTTTT
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTT
* * * * *
9353 CTCAATGAAT-GAATTTTTTTACATGTTTCTGAAGACAGATATTTAATTATATTCTGTTTTAACC
65 -TCAATGAATAG-CTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACC
* * * * *
9417 ATAAACGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTA
128 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
9459 TAAAACAATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
* * ********** *
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* * *
9587 TAAAAATATAAAAATAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTA
127 CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * **
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1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
********* * * * * * * * *
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65 -TCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAA-GGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACC
* ** *
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128 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **
9803 TAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATATATATATA-TTTTT
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-A-ATGGACTTTTT
* * * * ** * *
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* * * * * * *
9930 TATAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATAAATT-TTAGAATTA
127 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* *
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1 TAAAACAATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-T
* * * * *
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**********
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** * *
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1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC---TTTT
* * * *
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* * * ** * *
10273 AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAACCTGAATTATGAGTTTA
127 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * **********
10316 AAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
* ** * *** * * *
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65 -TCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAGA-CATTCAATTATATTCTGTTTTAACC
* * *
10445 AAAAATGTAAAAACAATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTA
128 AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **********
10488 TAAAACAATTTAAAACTAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATNNNNNNNNNNC
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTTT
* * * * * *
10553 TCAATGAGTAGC-TTTTGTGCATGTTTCTCAAGGCATG-CATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAA
65 TCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCA-GACATTCAATTATATTCTGTTTTAACCA
* * * * * *
10616 AAAAT-AAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAACATTT
129 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * **
10656 TAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAACGGGTGATTATAAATACACTTTTTTC
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTT-
* * * **
10721 CTCAATGAAT-GGTTTTTTTACATGTTTCTCGAA-GAAAACATTTGATTAT-TATCT-TTTTAAC
65 -TCAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAT-TCTGTTTTAAC
* * *
10782 CATAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT-TTAGGATTA
127 CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTA
********** * *
10826 TAAAACAATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
* * * * * * *
10891 GCAAATGAATACCTTTTTTTTA-ATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTAT-TGTCTATTTGAAC
65 TC-AATGAATAGC-TTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAT-TCTGTTTTAAC
10954 CAAAAATGTAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
127 CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
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AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
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10454 AAAACAATTTAATT-T
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10501 AACTAGTATT
Statistics
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AAAACAATTTAATTAT
Found at i:12301 original size:171 final size:171
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11408 NNNNNNNNNN
*
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* * * * * * * *
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* * * ******
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*********** * * * * *
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** ** ** *
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*** * * * * * *
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********** * * * *
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* * ** ** * * *
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** * * **********
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* * * * *
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*
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* **
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* *
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1 ATAA-AAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTT
* * ** *
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* **********
12231 -CAAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATAAGATT
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* * *
12274 ATAAAATAATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
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12322 NNNNNNNNNN
Statistics
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CTCAATGAATAGCCTTTTTTACACATTTCCCAGTGTAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATAA
AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATT
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13423 NNNNNNNNNN
* * * * *
13433 AAATGTAAAAA-AATTTAACTTAACATGAATTATGAGA-TTAAAAAATAATTTAAATTGAGTAAT
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* * * * * *
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* * * *
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130 -ACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* *********** *
13605 AAATGT-AAAACAATTCAAATTAAAAT-CNNNNNNNNNNTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
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66 AAGGCTTTTGAAGAACTGTAGTGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTGAA
* * * *
13733 CGTTTTTCAAGGTAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTCAACAAA
131 CGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* * *
13776 AAATGTAAAAAC-ATTTAACTTAACATGAATTATGAGATTTA-AAAATAATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT
* ********** * *
13839 AAGGCTTTTGAAGGACNNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCA
66 AAGGCTTTTGAAGAACTGTAGTGCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTTTGAA
* **
13904 CGTTTCTTAAAATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
131 CGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* *********** *
13947 AAATGT-AAAACAATTCAAATTAAAAT-CNNNNNNNNNNTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT
* * * ** *
14010 AAGGGTTTTGAAGGAA-T-TGGTAACTATAAATAAACTTTT-TACTCAAT-AAGTAG-CTTTTTG
66 AAGGCTTTTGAA-GAACTGTAGT-GCTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAA-TAGCCTTTTT-
* * * * *
14070 TGCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTATCAGA
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* * * *
14117 AAA--TAAAAACAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTT-TAAAATAATTTAAAGTGAGTAA
1 AAATGTAAAAAC-AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
* ********** * *
14179 TAAGGCTTTTGAAGGACNNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGC
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** *
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* * ** * *
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1 AAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAAT
********** * * * * *
14351 AANNNNNNNNNNGAAATG-GGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCTTAATGAGTAG-CTTTTTGTG
66 AAGGCTTTTGAAGAACTGTAGTG-CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCCTTTTT-TG
** * *
14413 AATTTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGACTGTTTTAACAAA
129 AACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
* *
14458 AAAT-AAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACAATTTAAAGT
1 AAATGTAAAAAC-AATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTTATAAAACAATTTAAAGT
14515 NNNNNNNNNN
Statistics
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CGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
Found at i:14239 original size:341 final size:331
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13429 NNNNAAATGT
* * * ** * *
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* *
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* * *
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120 TCAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAATTAAAATCA
********* * *
13633 NNNNNNNNNTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GAAAT-GTATTGCTATA
185 ATCAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTA--ACTATA
* * * * *
13696 AATGGACTTTTCTCCTCAATGAA-TAGCCTTTTT-TGAACGTTTTTCAAGGTAAGCATTTAATTA
248 AATGAACTTTT-TACTCAAT-AAGTAG-CTTTTTGTGAATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTA
*
13759 TAGTCTGTTTCAACAAAAAATGTA
310 TAGTCTGTTTTAACAAAAAA--TA
* * * *
13783 AAAAC--ATTTAACTTAACATGAATTATGAGATTTAAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
13846 TTGAAGGACNNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCT
66 TTGAAGGAC----------TAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCT
* * **
13911 TAAAATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAATTAAAATCNN
121 CAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAATTAAAATCAA
******** *
13976 NNNNNNNNTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAAT
186 TCAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAAT
* *
14041 AAACTTTTTACTCAATAAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCT
251 GAACTTTTTACTCAATAAGTAGCTTTTTGTGAATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCT
* *
14106 GTTTTATCAGAAAATA
316 GTTTTAACAAAAAATA
* *
14122 AAAACAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
**
14187 TTGAAGGACNNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACAATTCT
66 TTGAAGGAC----------TAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCT
* * * * *
14252 CAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATGAA
121 CAAGATAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAATTAAAATCAA
* ********** * * *
14317 TCAAAAGATTAGAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNGAAATGGGTGACTATAAAT
186 TCAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAAT
* * * * *
14382 GAACTTTTTTCTTAATGAGTAGCTTTTTGTGAATTTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGACT
251 GAACTTTTTACTCAATAAGTAGCTTTTTGTGAATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCT
14447 GTTTTAACAAAAAATAA
316 GTTTTAACAAAAAAT-A
* *
14464 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGT
1 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTAAAGT
14515 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGACTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGATAGGC
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAATTAAAATCAATCAAAAGATT
ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAATGAACTTTTTA
CTCAATAAGTAGCTTTTTGTGAATGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAA
AAAATA
Found at i:15592 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15004--16465 Score: 1124
Period size: 170 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
14994 NNNNNNNNNN
* * * * **
15004 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATCATCAATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
15069 TTAAATTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGCCTATAATTGAATGCCTACTTTAAGAAAC
66 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC
*
15134 GTGCAAAACAAA-CTAGTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
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* * * **********
15175 AATCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **********
15240 TTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGNNNNNNNNNNGAAAC
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* * * *
15305 ATGCACAAAAAGCTACTT-ATTAAGAA-AAAAGTTCATTTAT
131 GTGCAAAAAAAGCTA-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* *************************
15345 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT-AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
15409 TTTAAATTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAA
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAA
*
15474 CGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTAT
130 CGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
15516 AATCACCCAGTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
15581 TTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTTATATTAAAACAGATTATAATT-ACATGCCTGCCTTGAGAAA
66 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA-ATGCCTACCTTGAGAAA
* * * * * *
15645 CATCCACAAAAAGCTACTAATTGAGAA-AAAAGTTCATTTAT
130 CGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
15686 AGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * **
15751 GTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTAAATGCTTATTTTGAGAAAC
66 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC
* * * *
15816 GTACAAAAAATGCTATTTATTGAGAAGAAAAGTTCATTTAT
131 GTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
15857 AATCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTT-TAATCTCATAATTCATG
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
15921 TTAAGTT-AACTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAA
66 TTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAA
* *
15985 TGTGCAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
130 CGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
** * ** * *
16027 ACCCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATTATCTCATATTTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ********** ** **
16092 TTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTANNNNNNNNNNTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
66 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAA
* *
16155 CATG-AAAAAAAGGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTAT
130 CGTGCAAAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
16197 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTC-GCTCTAAATTGTTTTATAGTCCCAAAATTCAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCT-TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
16261 TTTGAGTTGAGTTTTTTTACA-TTTATAGTTAAAACAGACTA-AA-TGAATACCTGCCTTTAGAA
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAA
* * * * * *
16323 ACTTGTAAAAAGA-TTCATTCATTGAGAAAAAAAAAGTCTATTTAT
129 ACGTGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGAG--AAGAAAAGTCCATTTAT
* *
16368 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCA-CTATAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCT-TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
16432 TTTAAGATGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
65 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
16466 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1001, Mismatches: 267, Indels: 46
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 42 0.04
170 533 0.53
171 415 0.41
172 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAAC
GTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
Found at i:15647 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 15004--16465 Score: 1219
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 339
14994 NNNNNNNNNN
* * * * **
15004 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATCATCAATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
* * * * *
15069 TTAAATTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGCCTATAATTGAATGCCTA-CTTTAAGAAA
66 TTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATC-TTGAGAAA
* *
15133 CGTGCAAAACAAA-CTAGTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAATCCTTCAAAAGC
130 CGTGCAAAA-AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGC
* **********
15197 CTTATTACTAACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATT
194 CTTATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATT
* ********** *
15262 TTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGNNNNNNNNNNGAAACATGCACAAAAAGCTACTTATTA
259 TTT-ATTAAAACAGACTATAATT-AATGCCTACCTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTTATTG
15327 AGAAAAAAGTTCATTTAT
322 AGAAAAAAGTTCATTTAT
**************************
15345 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
*
15410 TTAAATTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAAC
66 TTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAAC
* *
15475 GTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCAGTCATTCAAAAGCCT
131 GTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGCCT
15540 TATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTT
196 TATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTT
* * * *
15605 ATATTAAAACAGATTATAATTACATGCCTGCCTTGAGAAACATCCACAAAAAGCTACTAATTGAG
261 -TATTAAAACAGACTATAATTA-ATGCCTACCTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTTATTGAG
15670 AAAAAAGTTCATTTAT
324 AAAAAAGTTCATTTAT
* * *
15686 AGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
* * * * * * *
15751 GTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTAAATGCTTATTTTGAGAAAC
66 TTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAAC
* * * *
15816 GTACAAAAAATGCTATTTATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGCCT
131 GTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGCCT
* * * * **
15881 TATTACTCACTTTAAATTATTTT-TAATCTCATAATTCATGTTAAGTT-AACTTTTTTTACATTT
196 TATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAA-TTTTTTTTTA-TT
* **
15944 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCA-AAAAAGGCTA-TTCATT
259 TTTATTAAAACAGACTATAATT-AATGCCTACCTTGAGAAACATGCACAAAAA-GCTACTT-ATT
*
16007 GAGAAGAAAAGTCCATTTAT
321 GAGAA-AAAAGTTCATTTAT
** * ** * * * *
16027 ACCCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATTATCTCATATTTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
* * ********** ** * **
16092 TTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTANNNNNNNNNNTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAA
66 TTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAA
* * * * *
16155 CATG-AAAAAAAGGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
130 CGTGCAAAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAG
* * * * * * * * * **
16218 CCTAATTACTC-GCTCTAAATTGTTTTATAGTCCCAAAATTCATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACA
193 CCTTATTACTCACCT-TAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTA
* * * * * * * * *
16282 TTTATAGTTAAAACAGACTA-AATGAATACCTGCCTTTAGAAACTTG--TAAAAAGATTCATTCA
257 TTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTAATGCCTACCTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTAC-TT-A
16344 TTGAGAAAAAAAAAG-TCTATTTAT
319 TTGAG---AAAAAAGTTC-ATTTAT
* * * * * *
16368 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTATAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
* * *
16433 TTAAGA-TGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
66 TTAA-ATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
16466 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 896, Mismatches: 198, Indels: 53
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 5 0.01
339 47 0.05
340 184 0.21
341 637 0.71
342 16 0.02
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATT
TTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAAC
GTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTT
TATTAAAACAGACTATAATTAATGCCTACCTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTACTTATTGAGAA
AAAAGTTCATTTAT
Found at i:16196 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 15423--16465 Score: 1145
Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 510
15413 AATTGAATTA
* * * *
15423 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGC
1 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGC
* *
15488 TATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCAGTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
66 TATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAACCACACAGTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
* **
15553 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTTTATTTTATATTAAAACAGA
131 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTATATTAAAACAGA
* ** * *
15618 TTATAATTACATGCCTGCCTTGAGAAACATCCACAAAAAGCTACTAATTGAGAAAAAAGTTCATT
196 TTATAATTACATGCCTACCTCAAGAAACATCCAAAAAAAGCTACTAATTGAGAAAAAAGTCCATT
* * ** * *
15683 TATAGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTG
261 TATAGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTAATTACTCGCTCTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTC
* * * * * * * *
15748 ATTGTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTAAAT-GCTTATTTTGAG
326 ATTGTAAATTAAATTTTTTTACATTTATACTTAAAACAGACTA-AA-TAAATACCTGACTTT-AG
* *
15812 AAAC-GTACAAAAAATGCTATTTATTGAG-AAGAAAAGT-TCATTTATAATCACCCAGTCCTTCA
388 AAACTGTA-AAAAAATGC-ATTCATTGAGAAAAAAAAGTCT-ATTTATAATCACCCAGTCCTTCA
* * * *
15874 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTT-TAATCTCATAATTCATGTTAAG-TTAACTTT
450 AAAGCATTATTACTCACTATAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATGTTAAGATGAA-TGT
* *
15934 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAGGC
1 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGC
* * * * **
15999 TATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATACCCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTT
66 TATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAACCACACAGTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
* * * ******
16064 AAATTGTTTTATTATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT-TAGTTANNNNNN
131 AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTATA-TTAAAACAG
**** ** * * * *
16127 NNNNTAATTGA-ATGTTTACCTCAAGAAACAT-GAAAAAAAGGGTATTCATTG-GCAAGAAAAGT
195 ATTATAATT-ACATGCCTACCTCAAGAAACATCCAAAAAAA-GCTACTAATTGAG-AA-AAAAGT
* * * * *
16189 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTCTAAATTGTTTTATAGTCCCAA
256 CCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTAATTACTCGCTCTAAATTATTTTATAATCCCAA
* * * * * * * *
16254 AATTCATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGACTAAATGAATACCTGCCTTT
321 AATTCATTGTAAATTAAATTTTTTTACATTTATACTTAAAACAGACTAAATAAATACCTGACTTT
* * * * *
16319 AGAAACTTGTAAAAAGATTCATTCATTGAGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
386 AGAAAC-TGTAAAAAAATGCATTCATTGAG-AAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCCAGTCCTTC
* * *
16384 AAAAGCATTATTACTCACTATAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATGT
449 AAAAGCATTATTACTCACTATAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATGTTAAGATGAATGT
16446 TTTTACATTTTTTGTTAAAA
1 TTTTACATTTTTTGTTAAAA
16466 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 82, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 28 0.06
510 58 0.13
511 305 0.70
512 43 0.10
513 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGC
TATTCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAACCACACAGTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
AAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTATATTAAAACAGA
TTATAATTACATGCCTACCTCAAGAAACATCCAAAAAAAGCTACTAATTGAGAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTAATTACTCGCTCTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTC
ATTGTAAATTAAATTTTTTTACATTTATACTTAAAACAGACTAAATAAATACCTGACTTTAGAAA
CTGTAAAAAAATGCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTATAATCACCCAGTCCTTCAAAAGCA
TTATTACTCACTATAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATGTTAAGATGAATGT
Found at i:17256 original size:168 final size:165
Alignment explanation
Indices: 16787--17256 Score: 412
Period size: 168 Copynumber: 2.8 Consensus size: 165
16777 NNNNNNNNNN
* * * * *
16787 AAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTGACTTTTTTTA
1 AAGCCTTATTAC-CGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGACATTTTTTA
* * *
16852 CATTTATGGTTAAAA-AGACAATAATCGAATGCTTGCCTTGAGAAACATGTAAAAAAATCATTCA
65 CATTT-TGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTT-CCTTAAGAAACATG-AAAAAAAGCATTCA
*
16916 TTGAGGAAAAAGGTCTATTTATAGTCCCCATTCCTTCAA
127 TTGAGGAAAAAGGTCTATTTATAATCCCCATTCCTTCAA
*** ** *
16955 AAGCCTTATTACTTATTTGAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGATATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACCGCTTT-AAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGACA-TTTTTT
* * * * * ********** * *
17020 A-ATTTTTGTTAAAACAAACTATAATTAAATGCCTGCNNNNNNNNNNATGCACAAAAAGCTACTC
64 ACATTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATG-CTTCCTTAAGAAACATG-AAAAAAAGC-ATTC
*
17084 ATTGA-GAAAAGAGTTC-A-TTATAATCACCCATTCCTTCAA
126 ATTGAGGAAAA-AGGTCTATTTATAATC-CCCATTCCTTCAA
*
17123 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGA-ATTTTTTA
1 AAGCCTTATTAC-CGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGACATTTTTTA
* * * *
17187 CATCGTTGGCTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
65 CAT-TTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTT-CCTTAAGAAACATGAA-AAAAA-GCATTC
17252 ATTGA
126 ATTGA
17257 CAAGAAAAGT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 60, Indels: 26
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 7 0.03
167 23 0.10
168 173 0.76
169 26 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
AAGCCTTATTACCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGACATTTTTTAC
ATTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTTCCTTAAGAAACATGAAAAAAAGCATTCATTGA
GGAAAAAGGTCTATTTATAATCCCCATTCCTTCAA
Done.