Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399209.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2477.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2182
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.23
Warning! 874 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:860 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 558--1461 Score: 1107
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
548 NNNNNNNNNN
* **
558 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAGTAGCTTATTACTC
1 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTC
* **
623 GCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
66 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * * *
688 ACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTTAAAAAACGTGCAAAA
131 ACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATG-AAAA
* * ** **
729 A-AAGCTATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCGAATTACT
1 ACAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACT
793 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
65 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* *
858 AACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
130 AACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGAA-AA
* * *
900 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCTATTCTTTCAAAAAGCTTATTACTC
1 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTC
* * * * * *
965 GCTTTAAACGGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTGACCTTTTTTGTTAA
66 GCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* *
1029 AACAGACTATAATTGAATTTTTACTTTGAG-AACTATGAAAAA
130 AACAGACTATAATTGAA-TGTTACCTTGAGAAAC-ATG-AAAA
* * * *
1071 ACAAACATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAACTTATAACTC
1 ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTC
* *
1136 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
66 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * *
1201 ACATACTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACGTGAAGAA
131 ACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATGAA-AA
* * * ** *
1242 ATAAGCATTCATT-ATTAAAAAAAGTCTTTTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACT
1 ACAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACT
* * *
1306 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTGTACATTTTTTTATTA
65 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTA
* * *
1371 AAACAGACTTTAATTGAATGTCTGCCTGGAGAAACATGTAAAA
129 AAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAGAAACATG-AAAA
*** * * *
1414 A-AAGCCATTCATTGGGTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTT
1 ACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTT
1462 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 87, Indels: 31
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.02
171 525 0.83
172 88 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAGAAACATGAAAA
Done.