Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397449.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_804.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 4608 characters in sequence are not A, C, G, or T
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Indices: 2519--3099 Score: 414
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2509 NNNNNNNNNN
* * * * *
2519 AAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTAACGTTTCTCAAGGTAAATA-AGTAATTA
1 AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAA-G-AAAGACATTAATTA
*********
2583 TAAT-CTGTTTTAATAATAAATATAAAAAAGTTCAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTAAAAAACT
64 TAATCCT-TTTTAATAA-AAATATAAAAAAGTTCAACTT-AAAATAATTATGAGATTAAAAAA-T
* * **
2647 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGACTAT
125 AGTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
* *
2690 AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTAT
1 AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGAAAGACATT-AATTAT
* * ****
2755 AATCCTTTTTCATAACAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGACATTAAAAANNNNN
65 AATCCTTTTTAATAA-AAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAA-TAATTATGAGATTAAAAA-ATAG
******** * *
2820 NNNNNNNNAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTAT
127 TTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * ** *
2861 AAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGAAAAACATTAATTTAT
1 AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGAAAGACATTAA-TTAT
* * * * *
2926 AATCCATTTTAATATAAAATATAAAAAA-CTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCAG
65 AATCCTTTTTAATA-AAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAAT-AATTATGAGATTAAAAAAT-AG
********** *
2990 TTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTAT
127 TTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * **
3031 AAATAGACTTTTC-TAGCTAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTA
1 AAATAGACTTTTCTTA-CCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGAAAGACATT-AATTA
3095 TAATC
64 TAATC
3100 TGTNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 107 0.34
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AAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGAAAGACATTAATTATA
ATCCTTTTTAATAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATAATTATGAGATTAAAAAATAGTTAA
AGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
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3561 NNNNNNAAGG
* * *
3571 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGAAAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGAAAATGGATATCTTT
* *
3636 TTCTTCACGTTTCTCGAGAAAAATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATT
66 TTCTTCACGTTTCTCGAGAAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* *
3701 CAAATTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAATCGTTTAAAGC
131 CAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * * *
3742 GAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATTGATGACTATATAT-AGACTTTTCTT-ACTAATGGATATCT
1 GAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGA-AAATGGATATCT
* * ** * *
3805 TTTTCTTCATGTTTCTGGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGTAAAAAATATAAAAAAA
64 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGAAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
*
3870 TTTAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
129 TTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
3913 GAGTAATAAGTCTT
1 GAGTAATAAGTCTT
3927 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 163 0.99
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GAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGAAAATGGATATCTTT
TTCTTCACGTTTCTCGAGAAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
CAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
Found at i:4610 original size:16 final size:16
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Indices: 4591--4623 Score: 50
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4581 GTTTTATTAA
4591 AAAATATAAAA-AAATT
1 AAAAT-TAAAACAAATT
4607 AAAATTAAAACAAATT
1 AAAATTAAAACAAATT
4623 A
1 A
4624 TAAGGTTATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.31
16 11 0.69
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AAAATTAAAACAAATT
Found at i:8889 original size:171 final size:171
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8591 NNNNNNNNNN
** * * * *
8601 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTTAAGTTGAAATGTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCCATAAATAGTTTATTAATCTAATAATTACTTTTAAGCTGAAATGTTCTATATTT
** ** * *
8666 ATTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTTTACCTTGAGAAAAGCGGAGAAAAAGATATCTATTTG
66 ATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTCAAGAAAAGCGAAGAAAAAGATATCTATTAG
* *
8731 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCC-ATGCCTTCAAAAGCC
131 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCGATACCTTCAAAAGCC
* *
8772 TTATTACTCGCCATAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGCTGAACT-TTGCTATATT
1 TTATTACTCGCCATAAATAGTTTATTAATCTAATAATTACTTTTAAGCTGAAATGTT-CTATATT
* * *
8836 TATTATTGAAATAGATTATAATTACATGTTTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGATATCTATT
65 TATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTCAAGAAA-AGCGAAGAAAAAGATATCTATT
*
8900 AGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCGATACCTTCAAAAGCC
129 AGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCC
* ** * * ** ** * *
8943 TTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTA-TAA-CTTCATAATTTGTTTTAATTTGAAATTTTTTATAT
1 TTATTACTCGCCATAAAT-AGTTTATTAATC-TAATAATTACTTTTAAGCTGAAATGTTCTATAT
* *
9006 TTTTTAATAAAACAGATTATA
64 TTATTATTAAAACAGATTATA
9027 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 34, Indels: 12
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 202 0.94
172 8 0.04
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TTATTACTCGCCATAAATAGTTTATTAATCTAATAATTACTTTTAAGCTGAAATGTTCTATATTT
ATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTCAAGAAAAGCGAAGAAAAAGATATCTATTAG
GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCC
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10976 NNNNNNNNNN
* * * *
10986 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGTT--TTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTACTGGTAAGA
1 AAACAGATTATAATTGAATGT-T-TTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * * *
11049 AAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATTAAT
64 AAAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTA-TAAC
* * *
11114 CTCATAATT-GCTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATTATTA
127 CTCATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
*********** *
11157 AAACAGATTATAATT-ACATGTNNNNNNNNNNNAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
1 AAACAGATTATAATTGA-ATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * *
11221 AAGTCTATTTATAGTCACTGATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCTATCC
65 AAGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACC
* * * *
11286 TCGTAATTTGTTTTTATTTG-AATTTTTTGATATTTTTTAATA
128 TCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTT-ATATTTTTTATTA
* * * * *
11328 AAACAGATTATAATTGAATTTTTTCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGGCAACAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
11393 AGTCCATTTATAGTCCCCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGATTTTATAACCT
66 AGTCTATTTATAGT-CACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACCT
**********
11458 CATAATT-GATTTTAA-TTNNNNNNNNNNATATTTTTTATTA
129 CATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * **********
11498 AAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGATNNNNNNNNNNAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * *
11563 AGTGTATTTATAGTCACCGATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCT
66 AGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACCT
* *
11628 CATAATTTGTTTTAATTTGAATTTTTTTTTATATTTTTTATTA
129 CATAATTAGTTTTAATTTGAA--ATTTTTTATATTTTTTATTA
********** ** *
11671 AANNNNNNNNNNATTGAATGTTTTCCTTGAGAAATTTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAGA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
*********** * *
11736 AGT-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATACTTTTTTAATC
66 AGTCT-ATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAACC
* * *
11800 TCATAATTAGTTTTAATTTGAAAATTTTTATATTTGTTAGTA
128 TCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * *
11842 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAGAGAAAGATATCCATTGGTAAAAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * *
11907 AGACTATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATTACTCT
66 AGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAAC-CT
* * * *******
11972 CATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTANNNNNN
129 CATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
**** * * *
12013 NNNNAGATTATAATT-ACATGTTTACCTTGAGAAACGTGAA-AATAAAGATATCCATTAGTAAGA
1 AAACAGATTATAATTGA-ATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAGATATCCATTGGCAAGA
* * *
12076 AAATTCTATTTATAGTCATCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
64 AAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAAC
********** * *
12141 CTCATAANNNNNNNNNNTTTGAATTTTTTTATATTTTTTAATA
127 CTCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
** *
12184 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
12249 AGTCCATTTTTAGTTACCAATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATGACCT
66 AGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACCT
**********
12314 CATAATT-GATTTTAATTNNNNNNNNNNTATATTTTTTATTA
129 CATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * *
12355 AAACAGATTATAATTGATTGTCTGT-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCTAGAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGT-TTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * *
12419 AAGTCTATTTAGAGTCACCGATGCCTTCAAAAACTTTATTACGCGCTTTAAATGATTTTATAACC
65 AAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACC
**********
12484 TCATAATT-GATTTTAA-NNNNNNNNNNTTATATTTTTTATTA
128 TCATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
*
12525 AAATAGATTATAAATT-AATGTTTTCCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGA
1 AAACAGATTAT-AATTGAATGTTTTCCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
12587 AAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCATTAAATGCTTTTTTAAT
64 AAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAAC
*********** * * *
12652 CTCATAANNNNNNNNNNGTTGAACTTTTTTATATTTGTTATTT
127 CTCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * ** * * *
12695 AAACAGATAATAATTGAATGTCTGGCTTGAAAAACGTAAAGAAAAATATATCCATTGGTC-AGAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAAGAA
********** *
12759 AAGT-TCATTTAT-G--ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTATTAAT
65 AAGTCT-ATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTA-TAAC
* * *
12820 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTT-TATCTTTATTATTA
127 CTCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATAT-TTT-TTATTA
* * * * *
12864 AAATAGATTATAATT-ACATGTTTACCTTGAAAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAA
1 AAACAGATTATAATTGA-ATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* **************
12928 AAGTCTATTTATAGTCACTGATGCCTNNNNNNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGATTTTATAACC
65 AAGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACC
* *
12993 TCATAATTTA-TTTTAATTTGAATTTTTTTTATAATTTTT-TTA
128 TCATAA-TTAGTTTTAATTTGAA-ATTTTTTATATTTTTTATTA
** ** * **
13035 AAGA-A-ATTATAATTTCATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAA
1 AA-ACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
********** ** *
13098 NNNNNNNNNNATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATC
65 AAGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTTATAA-C
* ** * * *
13163 GT-ATAATTCCTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATTATTA
127 CTCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * * **
13205 AAACATATTATAATT-ACCT-ATTTACTATGAGAAACGTGAAGAAAAAGATGTCCATTAGTTAGA
1 AAACAGATTATAATTGA-ATGTTTTCCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * * *********
13268 AAAGTCAATTTATAGTCACTGATGCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAAC
64 AAAGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATATTTTATAAC
* * * *
13333 CTCATAATT-GATTTTAATCTCAATTTTTTTATATTTTTTATTC
127 CTCATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * ** *
13376 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACGTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * *********
13441 AGTCTATTTATAGTCACTGATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAACCT
66 AGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATATTTTATAACCT
* * * *
13506 CATAATTTGTTTTAGTTT-TAGTTTTTTATATTTTTTATTA
129 CATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * *
13546 AAATAGATTACAATTTAATGTTTTCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
13611 AGT-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAATGCCGTATTACACGCTTTAAATGCTTTTTTAATC
66 AGTCT-ATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACC
********** *
13675 TCATAATTAGTTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTGTTATTA
128 TCATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * * *
13717 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACTTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
* * ********** * **
13782 AGCCCATTTATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTATAAATGT
66 AGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTAT-AACCT
* * ********** *
13847 CATAATTACTTTTAAGTT-AAACNNNNNNNNNNTTATTATTA
129 CATAATTAGTTTTAATTTGAAA-TTTTTTATATTTTTTATTA
* * ** *
13888 AAACAGATTATAATT-ATTTGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAGCAAGATATCCATTAGCAAGAA
1 AAACAGATTATAATTGA-ATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * *********
13952 AAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAACC
65 AAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATATTTTATAACC
*
14017 TCATAACT-GATTTTAATTTG-AATTTTTTATATTTTTTATTA
128 TCATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * * *
14058 AAATAGATTGTAAATAAATGTTTTTCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
********** * * * * * *
14123 NNNNNNNNNNTAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGCTTTTTTAATCT
66 AGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACCT
* * ** * *
14188 AATAATTAGTTTCAAGCTGAACTTTTTTATATTTGTTATTA
129 CATAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
* *
14229 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
** * ********** * *
14294 AGTCTATTTATAGTCAGCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACNNNNNNNNNNTAGTTTATTAATCT
66 AGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTA-TAACCT
* ** **
14359 CATAATTACTTTTAAGCT-AAACTTTTTTATATTGATTATTA
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* * ** *
14400 AAACAGATTATAATT-ACATATTTAT-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTGTTAGCAAGA
1 AAACAGATTATAATTGA-ATGTTT-TCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * **********
14463 AAAGTCTATTTATTA-TTATCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGATTTTATAA
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* * *
14527 CCTCATAATTTGTTCTAATTT-AAATTTTTTTATATTTTTTAATA
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* * * *
14571 AAACAGATTCTAATTGAATATTTTCCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
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* * * ** * *
14636 AGTCCATGTATAGTAACCCATGCCTTCAAAAGGTTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCC
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*********
14701 CATAATT-GATTTTAATTT-AAATTTNNNNNNNNNNTTTATTA
129 CATAATTAG-TTTTAATTTGAAATTT-TTTATATTTTTTATTA
* * * ** ** *
14742 AAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAG-AAAAGATATCCATTAGCAAGAAA
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14806 AGTCTATTTATACTCACCAATGCCTTTATATA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACC
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* * * *****
14870 TCATAGTTTGTTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTNNNNN
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***** ** * *
14912 NNNNNGATTATAATTGAATGTTTTCCTCCAGAAACGTGAAAAAAAAAGATATCCATTGTCTAA-A
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********** * * *
14976 AAAGT-TCATTTATAGTCACCCATGCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAG
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* * ** * * * * *
15040 TCTCATAATTACTTTTAAGCTGAACTTTGTTATATATATATTACTG
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* * ********** * *
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15150 AAGTCTATTTATAGTCACCGATGACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACATGATTTTATAACC
65 AAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAACC
********** *
15215 TCANNNNNNNNNNTAATTT-AAATTTTTTTATATTTTTTAGTA
128 TCATAATTAGTTTTAATTTGAAA-TTTTTTATATTTTTTATTA
* *
15257 AAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCGAGAAA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAA
15291 ACCCATGCCT
Statistics
Matches: 3091, Mismatches: 922, Indels: 242
0.73 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 53 0.02
169 167 0.05
170 736 0.24
171 1723 0.56
172 167 0.05
173 198 0.06
174 40 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
AGTCTATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAACCTCA
TAATTAGTTTTAATTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTA
Found at i:13852 original size:512 final size:495
Alignment explanation
Indices: 11774--14667 Score: 1246
Period size: 512 Copynumber: 5.7 Consensus size: 495
11764 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
11774 TACTCGCTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAATTTGAAA-ATTTTTATATTTGTT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTATAAATGTCATAATTACTTTTAAGTT-AAACTTTTTTATATTTATT
* * * * * * *
11838 AGTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAGAGAAAGATATCCATTGGTA
65 ATTAAAACAGATTATAATT-ATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
* * * *
11902 AAAAAAGACTATTTATAGTCACAC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAT
129 AGAAAAGTCTATTTATAATCAC-CGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGC-TT---TA--TTAT
* * * *********** * * *
11966 TACTCTCATAA-TTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTANNNNNNNNNNAGATTATAATTAC
187 AAC-CTCATAACTGA-TTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAAATAA
** * * *
12030 ATGTTTACCTTGAGAAACGTGAA-AATAAAGATATCCATTAGTAAGAAAA-TTCTATTTATAGTC
249 ATGTTTTTCTCGAGAAACGTGAAGAA-AAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAATC
* * * * * * * * * **********
12093 ATCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAANNNNNNNNNN
312 ACCCATGCCTTCGAAAGCCGTATTACACGCTCTAAATGCTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTCAA
** * * * * * * ** * *
12158 TTTGAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCCAGAAACGTGA
377 GCTGAACTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTAA
* * * *
12223 AGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTTTAGTTACCAATGCCTTCAAAAGCTTTAT
442 AGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAG-T--C-A--CC--C--ATGCCTTAT
* * * ** ********* *
12287 TACTCACTTTAAATGATTTTAT-GACCTCATAATTGA-TTTTAA-TTNNNNNNNNNNTATATTTT
1 TACTCGCTTTAAAT-AGTTTATAAATGTCATAATT-ACTTTTAAGTT-AAACTTTTTTATATTTA
** *
12349 TTATTAAAACAGATTATAATTGAT-TGTCTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
63 TTATTAAAACAGATTATAATT-ATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * * * *
12413 CTAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCGATGCCTTCAAAAACTTTATTACGCGCTTTAAATGATTTT
127 CAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGC-TT---T-A--TT
* ********** * *
12478 ATAACCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAATTAA
185 ATAACCTCATAACTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAAATAAA
* * * *
12543 TGTTTTCCTCTAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
250 TGTTTTTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCACC
* * * * ********** *
12607 CATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCAT-TAAATGCTTTTTTAATCTCATAANNNNNNNNNNGT
315 CATGCCTTCGAAAGCCGTATTACACGC-TCTAAATGCTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTCAAGC
* * * *
12671 TGAACTTTTTTATATTTGTTATTTAAACAGATAATAATTGAATGTCTGGCTTGAAAAACGTAAAG
379 TGAACTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTAAAG
* ** ** * *
12736 AAAAATATATCCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATGACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
444 AAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTAT-AGTCA--CC--C--ATGCCTTAT
********** * * * *
12795 TACTCGNNNNNNNNNNTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTTATCTTTATT
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTATAAATGTCATAATTACTTTTAAGTTAAAC-TTTTTTATATTTATT
* * * * *
12860 ATTAAAATAGATTATAATTACATGTTTACCTTGAAAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAA
* * **************
12925 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTGATGCCTNNNNNNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGATTTTATA
130 GAAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGC-TT---T-A--TTATA
* * * * * **
12990 ACCTCATAATTTATTTTAATTTGAATTTTTTTTATAATTTTT-TTAAAGA-A-ATTATAATTTCA
188 ACCTCATAACTGATTTTAATTTGAA--TTTTTTATATTTTTTATTAAA-ATAGATTACAAATAAA
* * * * ********** *
13052 TGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-GATAAGAANNNNNNNNNNATAGTCAC
250 TGTTTTTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTTCATTTATAATCAC
* * * * * ** ** *
13116 ACATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTAATAATCGT-ATAATTCCTTTTAA
314 CCATGCCTTCGAAAGCCGTATTACACGCTCTAAAT-GCTTTTTTAATC-TAATAATTAGTTTCAA
* * * * * ** *
13179 GTTGAACTTTTTTATATTTATTATTAAAACATATTATAATT-ACCTAT-TTACTATGAGAAACGT
377 GCTGAACTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGA-ATGTCTGCCT-TGAAAAACGT
* * * ** * * *
13242 GAAGAAAAAGATGTCCATTAGTTAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTGATGCCTACAAAAGCCTTA
440 AAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGT--C--A--CC--C--ATGCCTTA
13307 T
495 T
********* ** * * *
13308 TACTCGCTTTNNNNNNNNNNAT-AACCTCATAATTGA-TTTTAA-TCTCAATTTTTTTATATTTT
1 TACTCGCTTT-AAATAGTTTATAAATGTCATAATT-ACTTTTAAGT-TAAACTTTTTTATATTTA
* * * *
13370 TTATTCAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACGTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
63 TTATTAAAACAGATTATAATT-ATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAG
* * * * ***
13434 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTGATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTT
127 CAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCT-------TTATT
* * * * * *
13499 ATAACCTCATAATTTG-TTTTAGTTTTAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTTA
185 ATAACCTCATAA-CTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAAATAA
* * *
13563 ATG-TTTTCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
249 ATGTTTTTC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCA
* * * * * *
13627 CCCATGCCTTCTAATGCCGTATTACACGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAN
313 CCCATGCCTTCGAAAGCCGTATTACACGCTCTAAATGCTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTCAAG
********* *
13692 NNNNNNNNNTTTATATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACTTAAA
378 CTGAACTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTAAA
*
13757 GAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTAT
443 GAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT----------GCCTTAT
**********
13820 TACTCGCTTTAAATAGTTTATAAATGTCATAATTACTTTTAAGTTAAACNNNNNNNNNNTTATTA
1 TACTCGCTTTAAATAGTTTATAAATGTCATAATTACTTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTATTA
* * * **
13885 TTAAAACAGATTATAATTATTTGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAGCAAGATATCCATTAGCAAG
66 TTAAAACAGATTATAATTATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
***
13950 AAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAA
131 AAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTA-------TTATAA
**
14015 CCTCATAACTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTGTAAATAAATGTT
189 CCTCATAACTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAAATAAATGTT
* * **********
14080 TTTCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAATCACCCATG
254 TTTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATG
* *
14145 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGCTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTCAAGCTGAAC
319 CCTTCGAAAGCCGTATTACACGCTCTAAATGCTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTCAAGCTGAAC
* * * *
14210 TTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGTAAAGAAAAA
384 TTTTTTATATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTAAAGAAAAA
* * *
14275 GATATCCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATGCCTT-T
449 GATATCCATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAT
* * * ** * * *
14321 GAAAGTC-TTATTACNNNNNNNNNNTAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGCTAAACTTTT
1 --TACTCGCT-TTA---------AATAGTTTATAAATGTCATAATTACTTTTAAGTTAAACTTTT
* * * * *
14385 TTATATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATATTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
54 TTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
** * * * *
14450 TCTGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTATTATCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNA
119 TCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATT----------A
* * * * * * *
14515 AT-G-ATT-TTATAACCTCATAATTTG-TTCTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAACA
174 CTCGCTTTATTATAACCTCATAA-CTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * * * * *
14576 GATT-CTAATTGAATATTTTCCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
237 GATTAC-AAATAAATGTTTTTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTT
* * * *
14640 CATGTATAGTAACCCATGCCTTCAAAAG
301 CATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAG
14668 GTTTATTGCT
Statistics
Matches: 1833, Mismatches: 449, Indels: 198
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
501 1 0.00
502 7 0.00
503 6 0.00
504 1 0.00
506 2 0.00
507 6 0.00
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520 2 0.00
521 1 0.00
522 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (495 bp):
TACTCGCTTTAAATAGTTTATAAATGTCATAATTACTTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTATTA
TTAAAACAGATTATAATTATATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAG
AAAAGTCTATTTATAATCACCGATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTATTATAACCTCATA
ACTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAAATAAATGTTTTTCTCG
AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGA
AAGCCGTATTACACGCTCTAAATGCTTTTTTAATCTAATAATTAGTTTCAAGCTGAACTTTTTTA
TATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAGATATCC
ATTGGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAT
Found at i:15597 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15339--17520 Score: 1187
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 170
15329 CTTTTTTAAT
* * * * * *
15339 CTCATAATTAGTTTTAAGCTGAACTTTTTTATATT-TGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGG
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGT-TTATTAAAACAGATTATAATT-AATGT
* ** * * * *
15403 ATGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
64 TTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * *
15468 ATCTTCGAAGGCCTTAGTACTTGATTTAAAT-AGTTTATTAAT
129 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTA-TAAC
* ********** * *
15510 CTCATTATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATAGATTATAATTACATATT
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTA-ATGTT
* * ** * *
15575 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCGATG
65 TGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* *
15640 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
** * * * * *
15681 CTCATAATTGGTTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGTT
* *
15746 TGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
65 TGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * *
15811 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
* * *
15852 CTCATAATTGA-TTTTAATTTGAATTTTTTATATATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATG
1 CTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTTTTTA-AAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATG
* * * * * *
15916 TCTGCCTCGAGAAACATGAAGATAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
63 TTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * *
15981 TATTTTCGAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAAT-AGTTTATTAAT
128 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGAGTTTA-TAAC
* * * *
16024 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATT-TATTTTTCAAACAGATTATAATTACATGT
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGT-TTATTAAAACAGATTATAATTA-ATGT
** * * ** * *
16088 TTATCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGATATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAT
64 TTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
16153 GCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
129 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
* * * * * * * **
16195 CTCACAATTAGTTTCAA-TTTAAATTGTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATNN
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTT-TTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATGT
******** * * **
16258 NNNNNNNNAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAGA
64 TTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ********* *
16322 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTNNNNNNNNNNTATAAT
128 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTT-AAATGAGTTTATAAC
* * * * * * * * *
16365 CTCAAAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAA--CTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATG
** ** * * * *
16430 -TTGCCCTTAAGAATTGTGAAGAACAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCC
63 TTTG-CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * *
16494 ATGCTTTCGAAAGCTTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
127 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
* * * * * * * * *
16538 CTCATAATTGA-TTTTTATTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATA
1 CTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAA-CTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATG
* * * * * * *
16602 TCTACCAT-GAGAAATGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTAACCC
63 TTTGCC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * **
16666 ATGCTTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTGAAATGTTTTTATAAC
127 ATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
*********** * * * *
16710 CTCATAATTGA-TTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATAGAATGT
1 CTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAAT-TAATGT
* * * * * *
16774 TTGCCTCGAGGAAA-GTGAAGAAAGAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCACCTA
64 TTGCCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * ** * *
16838 TGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTGTAAAAGCTTTTTTAAT
128 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGAGTTTATAAC
* ********** * * *
16881 CTCATAATTAGTNNNNNNNNNNACTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TAGTAATTAAT-TA
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTA-TAATTAATGT-
* * * *
16944 TCTGCTTC-AGGAAATGTGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACC
64 T-TGCCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACC
* ********** ** * *
17007 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGCTTTTGTAAT
126 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
* ** * * *
17052 CTTATAATTGA-TTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATT-TTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATT
1 CTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTT-ATTAAAACAGATTATAATT-AATG
* * * * * * *
17115 TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATGGTCACACA
63 TTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
17180 TACCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTGTATAAC
128 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
* ** * * * *
17223 CTTATAATT--GGTT---TT--A-TTTTTACAA-TATTTATAAAAACAGATTATAATTGA-GCAT
1 CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTAATG--T
* * ** * * * * **********
17278 CTACCTTAAGAAGCCTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNN
64 TTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * *
17343 GCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAAC
129 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
* * * *
17385 CTCATAATTGA-TTTTAA-TTTAAATTAATTTATAATATG-TTATTAAAATAGATTATAATTGAA
1 CTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTT--TTTAAAAT-TGTTTATTAAAACAGATTATAATT-AA
* * * * *
17447 TGTCTGACTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
61 TGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
17512 CATGCCTTC
126 CATACCTTC
Statistics
Matches: 1593, Mismatches: 355, Indels: 125
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 110 0.07
163 9 0.01
164 2 0.00
166 4 0.00
168 1 0.00
169 9 0.01
170 138 0.09
171 814 0.51
172 374 0.23
173 125 0.08
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTAAAATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTAATGTTT
GCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGAGTTTATAAC
Found at i:16030 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 15334--17520 Score: 1794
Period size: 343 Copynumber: 6.4 Consensus size: 341
15324 AAAGGCTTTT
* * *
15334 TTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGCTGAACTTTTTTATA-TTTGTTATTAAAATAGATTATAATT
1 TTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
** ** * * * *
15397 GAATGGATGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
64 GAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * * * * * * *
15462 ACTCATATCTTCGAAGGCCTTAGTACTTGATTTAAAT-AGTTTATTAATCTCATTATTACTTTTA
129 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA-TAACCTCATAATTAGTTTTA
* * * ********** * * * *
15526 AGTTGAACTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATAGATTATAATTACATATTTACCTCGAGAAATGTG
193 ATTTAAATTTTTTATATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTG
* * *
15591 AAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTAT
258 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
15656 TACTCGCTTTAAATGATTT-
323 TACTCGCTTTAAATG-TTTA
* * *
15675 TATAACCTCATAATTGGTTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
1 T-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
15740 AATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
15805 CCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATT-GATTTTAA
130 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAG-TTTTAA
* * * *
15869 TTTGAATTTTTTATATATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATG
194 TTTAAATTTTTTATATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTG
* * *** *
15934 AAGATAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTAT
258 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
**
15999 TACTCATTTTAAATAGTTTA
323 TACTCGCTTTAAAT-GTTTA
* *
16019 TTAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATTT-TTCAAACAGATTATAATT
1 TTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
** * * ** * *
16082 -ACATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGATATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 GA-ATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
16146 CACCGATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCACAATTAGTTTCA
128 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGTTTTA
* * **********
16211 ATTTAAATTGTTT-TATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATNNNNNNNNNNAGAAACGTG
193 ATTTAAATTTTTTATATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTG
** **
16275 AAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACAGATGCCTTCAAAAGCCTTA
258 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
*******
16339 TTACTCG-TTTNNNNNNNNNNTA
322 TTACTCGCTTT---AAATGTTTA
* * * * *
16361 -TAATCTCAAAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
1 TTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
** ** * *
16425 GAATG-TTGCCCTTAAGAATTGTGAAGAACAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 GAATGTTTG-CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
16489 AACCCATGCTTTCGAAAGCTTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-GATTTT
128 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAG-TTTT
* * * *
16553 TATTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCAT-GAGAAAT
192 AATTTAAATTTTTTATATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACC-TCGAGAAAC
* * * * *
16617 GTGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTAACCCATGCTTTCGAAAA-CC
255 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCC
* *
16681 TTATTACTCGCTTGAAATGTTTT
319 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTA
* ********** *
16704 TATAACCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATA
1 T-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * *
16768 GAATGTTTGCCTCGAGGAAA-GTGAAGAAAGAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAGAGT
64 GAATGTTTGCCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * * * ***
16832 CACCTATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAAAGCTTTTTTAATCTCATAATTAGTNNNN
128 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGT-TTT
****** * * * * *
16897 NNNNNNACTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGA-TAGTAATTAATTATCTGCTTC-AGGAAAT
192 AATTTAAATTTTTTATATATTTTTATTAAAACAGATTA-TAATTAAATATCTACCTCGA-GAAAC
*
16959 GTGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
255 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
**********
17023 TTATTNNNNNNNNNNAATGCTTT-
319 TTATTACTCGCTTTAAATG-TTTA
* * *
17046 TGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT-TATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATT
1 T-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * * * *
17110 GAATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATGGTC
64 GAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
17175 ACACATACCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTGTATAACCTTATAATT-G--GT--
129 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAA
* * * * ** ** * *
17235 TTT--A-TTTTTACA-ATATTTATAAAAACAGATTATAATTGAGCATCTACCTTAAGAAGCCTGA
194 TTTAAATTTTTTATATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGA
* * ********** * *
17296 ACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCAAAAACTTTATT
259 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
*
17361 ACTCGCTTTAAATGATTTT
324 ACTCGCTTTAAATG-TTTA
* * * * * * * *
17380 TTAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTAATTTATAATATGTTATTAAAATAGATTATAATTG
1 TTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
17445 AATGTCTGACTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
17510 CCCATGCCTTC
130 CCCATGCCTTC
Statistics
Matches: 1461, Mismatches: 336, Indels: 105
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 119 0.08
334 93 0.06
335 2 0.00
340 4 0.00
341 138 0.09
342 425 0.29
343 530 0.36
344 40 0.03
345 104 0.07
346 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGTTTTAATT
TAAATTTTTTATATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAG
AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGTTTA
Found at i:16409 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 15363--17514 Score: 1770
Period size: 514 Copynumber: 4.2 Consensus size: 508
15353 TAAGCTGAAC
* * *
15363 TTTTTTATATTTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGGATGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * * * *
15428 GATATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATCTTCGAAGGCCTTAGTACTTGAT
64 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTATTAC-TCAT
* **********
15493 TTAAATAGTTTATTAATCTCATTATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATA
128 TTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTT-TATATTTTTTTTAAAATA
*
15558 GATTATAATTACATATTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTGT
192 GATTATAATTACATATTTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCT
15623 ATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAA
256 ATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAA
* * *
15688 TTGGTTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCG
321 TTAGTTTCAATTTAAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCG
** *
15753 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
385 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAA
* * *
15818 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT
450 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAATTTGAATT
* * * * ** *
15877 TTTTATATATTGTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGATAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTAAGAAACGTGAAGA-AAA
*
15942 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTATTACTCATT
64 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTATTACTCA-T
* *
16007 TTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATTTTTCAAACA
128 TTAAATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTT-TTTTTAAAATA
* * ** **
16072 GATTATAATTACATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGATATTTATTAGCAAGAAAAGTCT
192 GATTATAATTACATATTTACCTCGAGAAATGTGAAGA-AAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCT
* *
16137 ATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCACAA
256 ATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAA
**********
16202 TTAGTTTCAATTTAAATTGTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATNNNNNNNNNN
321 TTAGTTTCAATTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCG
* *
16266 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACAGATGCCTTCAA
385 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAA
********* * *
16331 AAGCCTTATTACTCG-TTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAAAATTAATTTTAATTTTAATT
450 AAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAATTTGAATT
**
16390 TTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTGCCCTTAAGAATTGTGAAGAACA
1 TTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTG-CCTTAAGAAACGTGAAGAA-A
* ** * * *
16455 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCTTTCGAAAGCTTTTTTACTCGC
63 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTATTACTC-A
* * * * *
16520 TTTAAATGATTTTA-TAATCTCATAATTGA-TTTTTATTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAA
127 TTTAAAT-AGTTTATTAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAA-CTTTTTTATATTTTTT-TTAA
* * *
16583 AATAGATTATAATTAAATATCTACCAT-GAGAAATGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA
188 AATAGATTATAATTACATATTTACC-TCGAGAAATGTGAAG-AAAAGATATCCATTAGCAAGAAA
* * * * * * *
16647 AATCCATTTATAGTAACCCATGCTTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTGAAATGTTTTTATAACC
251 AGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACC
********** *
16711 TCATAATT-GATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATAGAATGTT
315 TCATAATTAG-TT-TCAATTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * ** * *
16775 TGCCTCGAGGAAA-GTGAAGAAAGAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCAC-CTA
378 TGCCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-A
* * * * * * * * * * **********
16838 TGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAAAGCTTTTTTAATCTCATAATTAGTNNNNNNNNNN
441 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAATTTGA
*
16903 A-C
506 ATT
* * * * *
16905 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TAGTAATT-AATTATCTG-CTTCAGGAAATGTGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTA-TAATTGAA-TGT-TGCCTT-AAGAAACGTG-AAGA
* *** * **
16967 AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNN
61 AAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTATT-AC
******* * ** *
17031 NNNNNNNAAT-GCTTT-TGTAATCTTATAATTGA-TTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAAT
124 TCATTTAAATAG-TTTAT-TAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTT-TT
* * ** *
17093 TAAAACAGATTATAATTGA-ATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
185 TAAAATAGATTATAATT-ACATATTTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAGATATCCATTAGCAAG
* * * * * * *
17157 AAAACT-TCATTTATGGTCACAC-ATACCTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTGTAT
248 AAAAGTCT-ATTTATAGTCAC-CGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * * ***
17220 AACCTTATAATT-G-GT---TTT--A-TTTTTACAATATTTATAAAAACAGATTATAATTGAGCA
311 AACCTCATAATTAGTTTCAATTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * ** * * * ** *********
17277 TCTACCTTAAGAAGCCTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNN
376 TTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACA
* * * * * *
17342 NGCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAACCTCATAATTGATTTTAATTT-A
441 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAATTTGA
*
17406 AAT
506 ATT
** * * * ** *
17409 TAATTTATAATATGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGACTCGAGAAACGTAAAGAAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAA
* * *
17474 AGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
63 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
17515 GCCTTC
Statistics
Matches: 1308, Mismatches: 281, Indels: 107
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
503 4 0.00
504 122 0.09
505 71 0.05
506 7 0.01
512 7 0.01
513 283 0.22
514 532 0.41
515 160 0.12
516 116 0.09
517 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (508 bp):
TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGA
TATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTA
AATAGTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTTTAAAATAGATT
ATAATTACATATTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTA
TAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAGT
TTCAATTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAC
GTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAATTTGAATT
Done.