Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399232.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_250.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26623
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 6042 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1143 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 836--1486 Score: 686
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
826 NNNNNNNNNN
* * * *
836 TTTCTTGCTAATGAAT-GCTTTTTTTTTCATGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT
1 TTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * *
900 TTAACTAAAAATGCAAAAGAAATTCAACTTAAAATTAATTTTTACATTATAAAACCATTTAAAGG
65 TTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA-TTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
965 GAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
128 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GACT
* * * *
1008 TTTCTTGCTAATGAAT-ACATTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTT
1 TTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * *
1072 CTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTTGTTTATAAAACCATTTAAAGCA
65 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
1137 AGTAATAAGGCTTTCAAA-GACTTGAGTGAGTATAAATGAACT
129 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-TTGGGTGACTATAAATG-ACT
* * * * * * * *
1179 TTT-TGTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAATGTAGAGATTCAATTATAGCCTTT
1 TTTCT-TGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAT
* * * * *
1242 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTGTTAGTTTATAAAATCGTTTAGAGC
64 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
1306 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
128 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTATAAAT-GACT
** * * ***
1349 TTTCGGGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TTGGGTTAGACATTCAATTATAGTCTATT
1 TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * *
1413 TTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
65 TTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTT-AGATTATAAAACCATTTAAAGC
*
1478 GAGTAATAA
128 AAGTAATAA
1487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 64, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 148 0.37
171 137 0.34
172 115 0.29
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
TAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGGTGACTATAAATGACT
Found at i:2093 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1710--2099 Score: 419
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
1700 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1710 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
** * * **
1775 TGTAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATGCCTTACTCTTCATGTTTCTTGAGGCACACATTCAAT
65 AATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATACATTACTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTCAAT
* * * *
1840 TCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCACCTTG
130 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCACCTTA
* * *
1880 AAATCAATTATGGGACTATAAAATCATTTAAAACAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC-GGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
* ** ** * *
1945 AATAAATGGACTTTTCTTGCTTA-TGAATACATTTTTCTTTGTGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
65 AATAAATGGACTTTTCTTGC-CACTGAATACATTACTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTCAA
2009 TTATAATCTGTTTTAA-TAAATAATATGAAAAAATTC-CAC-TA
129 TTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATAT-AAAAAATTCAC-CTTA
* * * *
2050 AAATTAATTATGAGATTATAACACCTTTTAAAGCGGTTAATAAGGCTTTT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGG-TAATAAGGCTTTT
2100 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 33, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 163 0.90
171 12 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACA
ATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATACATTACTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCACCTTA
Found at i:3105 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2708--3857 Score: 886
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 172
2698 NNNNNNNNAG
* * *
2708 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTATATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
2773 TCTGAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAAT
66 TCTCAAAATTAATTTTAAGTT-GATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAAT
* * * * *
2838 GTCTACCTCGTGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAG
130 GTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAA
* *
2881 AAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
* *
2946 TCTCAAAATTAATTTTAAATTGATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA-CATGGAATG
66 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATG
* ** * *
3010 TCTATCTAGAGAAGTATAAAGAAAAAAGTATTTATTAGCAAA
131 TCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAA
* * * * * * *
3052 AAAAGCCCATTTGTAGTCACCTATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
3117 TTTTATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAAT
66 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATGGAAT
* * * * ** *
3180 ATCTACCTTGGGAAACGTGCAG-ATAAAGCCATTCATTGAG-AAGA
130 GTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATT-AGCAA-A
* ** * * * *
3224 AAAA-CCCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTCGTTTTAAA-GAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATG-GTTTTATA
* * * * * * * * * * *
3287 ATCTCATAATTGATTTAAAATTGAATT-TTTTTACA-TTGTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
65 ATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAAT
* * ** * * *
3350 GTCAACCTCA-AGATACGA-GCAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAG
130 GTCTACCT-AGAGAAAC-ATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAA
* * * * * *
3392 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTC-TCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
3456 ATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTATACT-TTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAA
65 ATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAA
* * * * *
3518 TATCTACCTCGAGAAACATGAAG-CAAAAGTCGTTCATTGAG-AAA
129 TGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATT-AGCAAA
** ** * * * *** *
3562 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAACCTTCGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * **
3627 AACT-AATATTTTATTTTAAGATAATTTGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAACAGA
65 ATCTCAA-AATTAATTTTAAGTTGATTTG-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGA
* * *
3691 ATATCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAG-AAG
128 ATGTCTACCT-AGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATT-AGCAAA
** * * **
3736 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAAAAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
3801 TCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGACTATAA
66 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
3858 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 159, Indels: 60
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 122 0.15
170 85 0.11
171 322 0.41
172 39 0.05
173 157 0.20
174 52 0.07
175 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCAAAATTAATTTTAAGTTGATTTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATG
TCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAA
Found at i:4815 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 4557--4870 Score: 317
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
4547 NNNNNNNNNN
* * **
4557 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTAG
* **
4622 CAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTC
66 CAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAACTTATGACTCACTTTAAAAAGTTTC
4687 ATAATCTCAAAATTGATNNNNNNNNNNATTGTTTTTACATT
131 ATAATCTCAAAATTGAT----------ATTGTTTTTACATT
* ** * *
4728 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAGTATGAA-AAAAAAACATTTATTT
1 TTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTA
* ** * * * **
4792 GGAA-AAAAGTTTATTTGTAGTCACCTATTTCTTCAAAAGTCTTATGACTCACTTTAAAAAGTTT
65 GCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAACTTATGACTCACTTTAAAAAGTTT
* *
4856 TATAATCTCATAATT
130 CATAATCTCAAAATT
4871 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 22, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 63 0.52
171 19 0.16
172 38 0.32
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTAG
CAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAACTTATGACTCACTTTAAAAAGTTTC
ATAATCTCAAAATTGATATTGTTTTTACATT
Found at i:6425 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 6235--6544 Score: 340
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
6225 ATTGATTGAG
* * * * *
6235 AAGAAAAATTCATTTATAGTCTCACATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACCCACTTTAAAAGGTGT-T
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGACTTATTACCCACTTTAAAAGGT-TCC
* *
6299 ATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAA-GTTTTACATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT-CATA-TTTTTAGTAAAAACAGATTATAATT
6361 GAATATCTACCTTGAGAAACATNNNNNNNNNNGCATTCATTAGC
128 GAATATCTACCTTGAGAAACAT----------GCATTCATTAGC
* * * * *
6405 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGAGTTATTACTCACTTTAAATGGTTCCA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGACTTATTACCCACTTTAAAAGGTTCCA
*
6470 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTCATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGA
*
6535 ATGTCTACCT
130 ATATCTACCT
6545 CAAGAAGTAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 8
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 71 0.59
171 13 0.11
172 31 0.26
173 5 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGACTTATTACCCACTTTAAAAGGTTCCA
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCATATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAA
TATCTACCTTGAGAAACATGCATTCATTAGC
Found at i:10547 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9961--11639 Score: 1499
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 170
9951 NNNNNNNNNN
* * * * * *
9961 TTTATAGTCACTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGATTTTATAGTCCCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
10026 TGATTTCAACG-TGAA-TTTTTCACATTTTTAGTTAAAACT-TACTAGAATTGAATGTATGCCTC
66 TGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
10088 AAGAAACGTGAAG-AGTAAGGCATTCAGTGGCAAGAAAAGTCCA
129 AAGAAACATGAAGAAG-AAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTA
* * * * * * *
10131 TTTATAGCCACCCATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * * *
10196 TGATTTTAAGTTTTATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATATCTATCTCA
66 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * ** * *
10261 AGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTTGCAA-AAAAATACTA
130 AGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCA-TTGGAAGAAAAGT-CTA
* * * *
10303 TTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
10368 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* *
10432 GGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTA
130 AGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCTA
* * * *
10474 TTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TGTAAAATGATTTTATAAACTCA-AC
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATA-
* * * * * *
10537 ATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTTTACCTC
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* ** **
10602 GAGAAACATGAAG-AGAAATG-CATTCATTACAAAGAAAAGTGAA
129 AAGAAACATGAAGAAG-AA-GCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCTA
* * * * *
10645 TTTGTAGTCAC-CTATTTCTTTAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
10709 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * *
10774 GGAAACATGCAA-AA-AAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCA
130 AGAAACATG-AAGAAGAAGCCATTCATTG-G-AAGAAAAGTCTA
* * *
10816 TTTATATTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *** * * *
10881 TGTTTTTAAGTTGAATAAGTTTACATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * *
10944 GAGAAACATAAAGAA-ATAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGT-TCA
130 -AGAAACATGAAGAAGA-AGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCT-A
* * * *
10987 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
11052 TGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGTGTGCCTCAA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* *
11117 GCAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTA
131 GAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCTA
* * *
11158 TTTATAGT-A-TCCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
1 TTTATAGTCACT-C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
11221 ACTGAATTTAAGTTGAACTTTTCTATAGTTTTAGTT-AAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTA
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
*
11285 AAGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGT-TCA
129 AAGAAACATG-AAGAAGAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCT-A
** * * * * **********
11328 TTCCTAGTCTCTCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATNNNNNNNNNNCATAAT
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
11393 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCT--TTAAAATAGACTTTAATTGAATGTTTGTCTCA
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * *
11456 AGAAGCGTCTAA-AAGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA
130 AGAAACAT-GAAGAAGAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCTA
* * * *
11498 TTTATAATCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CACTTTAAAAGGTGTTATAATCTCATA
1 TTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * *
11561 ATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTCATGTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCT
*
11624 TGAGAAACATGAAGAA
128 TAAGAAACATGAAGAA
11640 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 246, Indels: 102
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.02
170 353 0.29
171 667 0.55
172 167 0.14
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
GAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCTA
Found at i:10930 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 9961--11638 Score: 1671
Period size: 513 Copynumber: 3.3 Consensus size: 509
9951 NNNNNNNNNN
* * * * *
9961 TTTATAGTCACTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTTA-TTTTAAATGATTTTATAGTCCCATAA
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * *
10025 TTGATTTCAACG-TGAA-TTTTTCACATTTTTAGTTAAAACT-TACTAGAATTGAATGTATGCCT
66 TTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAA-TAGACTATAATTGAATGTATACCT
* * ** * * *
10087 CAAGAAACGTGAAGAGTAAGGCATTCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTACTTT
129 CAAGAAACATGAAGAG-AAAGCATTCA-TTACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATTACTTT
* * * * **
10152 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTTATTTGTT
192 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* * * * **
10217 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATATCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTA
256 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTAAAGAAACATGAA-AAAAAGCCA
* * * *
10282 TTCATTTGCAAAAAAA-TACTATTTATAGTT-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
320 TTCATTGGAAAAAAAAGT-CCATTTATA-TTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
10345 AAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
383 AAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTTATTAAAATAGA
* *
10410 CTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTA
447 TTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATATAGAAGAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCTA
* * *
10474 TTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TGTAAAATGATTTTATAAACTCA-AC
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATGATTTTATAATCTCATA-
* * * * * *
10537 ATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTTTACCTC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTATACCTC
* * * *
10602 GAGAAACATGAAGAGAAATGCATTCATTACAAAGAAAAGTGAATTTGTAGTCACCTATTTCTTTA
130 AAGAAACATGAAGAGAAA-GCATTCATTAC-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATTACTTTA
*
10667 AAGGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
193 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** *
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258 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTAAAGAAACATGAAAAAAAGCCATTC
*
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323 ATTG-GAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * *
10862 GGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATAAGTTTACATTTTTGATTAAAACATATTAT
387 GGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATTAT
* * * *
10927 AATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACATAAAGAA-ATAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGT-TCA
451 AATTGAATGTCTTCCTTAG-GAAACATATAGAAGA-AGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCT-A
* * * *
10987 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTT-AAATGCTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * *
11051 TTGATTTTAGGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGTGTGCCTC
66 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTATACCTC
* * * * *
11115 AAGCAACATGTAGA-AGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT-ATCCTATTCCTT
130 AAGAAACATGAAGAGA-AAG-CATTCATT-ACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCTATTACTT
* * * * * *
11178 CAAAAGCCTAATTACTCATTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTTGAACTTT
191 TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
11242 TCTATAGTTTTAGTT-AAATAGATTATAATTGAA-AGTCTACCTAAAGAAACATGTAAAAAAAGC
255 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATA-TCTACCTAAAGAAACATG-AAAAAAAGC
* * * ** * * * * *
11305 CATTCATTGGGAAGAAAAGTTCATTCCTAGTCTCTCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTT
318 CATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ********** * *
11370 AAATGATNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCT-TTAAAATAGA
383 AAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT-TATTAAAATAGA
* * * * * * * *
11434 CTT-TAATTGAATGT-TTGTCTCAAGAAGCGTCTAAAAGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCC
447 -TTATAATTGAATGTCTT-CCTTAGGAAACATATAGAAGAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCT
11497 A
509 A
* * * *
11498 TTTATAATCTC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CACTTTAAAA-GGTGTTATAATCTCAT
1 TTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAAATGATTTTATAATCTCAT
* ** * * *
11560 AATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTCATGTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-CATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTATACC
**
11623 TTGAGAAACATGAAGA
128 TCAAGAAACATGAAGA
11639 AANNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATGATTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTATACCTCA
AGAAACATGAAGAGAAAGCATTCATTACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATTACTTTAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTAAAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATT
GGAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
AATGTCTTCCTTAGGAAACATATAGAAGAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCTA
Found at i:13077 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
12749 NNNNNNNNNN
* * * **
12759 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAATTGGTTTTAAA
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* * * *
12824 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATG
66 ATCTCATAATGGATTTTAAGTTGTATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAG
* * **
12889 TATGCCTTAGGAAACATGTAGAAGAAGTCATTCATTAGGAA
131 TATACCTCACAAAACATGTAGAAGAAGTCATTCATTAGGAA
* * * *
12930 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAACAGCCTAATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAACGGTTTTAAA
*
12995 ATCTCATAACTGGA-TTTAAGTTG-A-GTTTTT-CTATAATTTTAGTTAAAATAGATTATATTTG
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*
13056 AAAGTCTACCTCACAAAACATGTAGAA
127 AAAGTATACCTCACAAAACATGTAGAA
13083 AANNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAACGGTTTTAAA
ATCTCATAATGGATTTTAAGTTGTATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAG
TATACCTCACAAAACATGTAGAAGAAGTCATTCATTAGGAA
Found at i:14666 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
14371 NNNNNNNNNN
* * * * **
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** * * *
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* * ** * * * * *
14552 TCTCATAACTGAATTTAAGTTGAGCTTTTCTATAGTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAAAGT
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* * * * *
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* * * * *
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130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * *
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1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAATAGA-TTATAATTGAAT
* ** * * * ** *
14786 GTTTGTCTCGAG-AA-GTGTCAAGAAGAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAA-TCTATTTATAGTC-
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* *
14847 TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAAAGGTGTTATAA
126 CCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * * * *
14894 TCTCATAATTAATTTT-AGTTAAATTTTTTCATATTTTTTA-CTAAAATAAATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * ** * *
14957 TCTACCTTGAGAGACATGAAAAAAAATG-CATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT
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* * * *
15020 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTCTAAATGATTTTATAG
129 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAAAGGTTTTATAA
* * * * * *
15064 TCCCATAATTGATTTCAAGGTGAA--TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
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* * *
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129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * *
15233 TTTCAAAATTGATTTTAAGTT-ATATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * ** * *
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*
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* * * * *
15404 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *** * * * * * *
15469 CTGCATTGCGAAATATGCAAAACAAGCCATTCTTTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTA
66 CTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * *
15534 TTTCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
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* * * * *
15576 CCTCATAATTG-TTTGTACA-TTGAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAA
1 TCTCATAATTGATTT-TA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * **
15639 GTTTATCT-AGAGAAACATG-AAGAAATAGGCATTTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
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* * *
15702 CCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
127 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * * * * *
15747 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAACTGTAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
15812 GTGCCTTAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATC-GCTCA
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* * * * *
15876 TTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATGTTAAATGATTTTATAA
130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAAGGTTTTATAA
* * * * *
15918 TCTCA-ACATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATATTTGAATG
1 TCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * *** * ** *
15982 TTTACCTCGAG-AA-ATGTGAAAAAATG-CATTCATTATCAAGAAAAGTGAATTTGTAGTCACCT
65 TCTACCTCAAGAAACATGT-AAAAAAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
** * *
16044 ATTTATTTAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAA
* * * *
16087 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * *
16152 CTA-CTTTAGCAAAC--GTAGAAAAAGGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACC
66 CTACCTCAAG-AAACATGTA-AAAAAAGCCATTCATTG-GGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
16214 CATTCCTTCAAAACCCTTATCACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAA
128 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAA
* * *** * * * *
16258 CCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATAAGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
16323 CTACCT-AGAGAAACATG-AAGAAATAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
66 CTACCTCA-AGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * **
16386 ATTCTTTTAAAAGCCTTATTTCTCGGTTTAACTGGTTTTATAA
129 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * * * * * *
16429 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATAGACTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
16494 GTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAAAAAATTTCATTTATAGCCTCTTAT
66 CTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * *
16559 TCCTTTAAAAGCCTAATTACTTGTTTTAAAAGGTTTTATAA
131 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * * ** * * * * *
16600 TCTCATAACTGAATTTAAGTGGAGCTTTTCTATAGTTTTAGTTAAACTAGATTATAATTGAAAGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *
16665 CTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAAGTCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTC-TCTCA
66 CTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-A
* * *
16729 TTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAAG
130 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
16762 ACTTTAATTA
Statistics
Matches: 1758, Mismatches: 383, Indels: 138
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
Found at i:15651 original size:342 final size:341
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Indices: 14381--16759 Score: 2153
Period size: 342 Copynumber: 7.0 Consensus size: 341
14371 NNNNNNNNNN
* **
14381 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTGCAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
14446 GTGCCTTAACAAACATGTAGAAGGAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTAT
66 CTGCCTTAAGAAACATG-AAAAGAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * * * *
14511 TTTTTCAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTTGAG
130 TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* * * * * * *
14576 CTT-TTCTATAGTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAAAGTGTACCTCA-AGAAACATGTAA-A
194 ATTGTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATG-AAGA
* * ** * * * * *
14638 AAAAGTCATTTATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTC-TCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTAG
256 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
14702 TCACTTTAAATGA-TTTTATAA
320 TCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * * *
14723 TCTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAAATAGACTTTAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTT-AAAATAGACTATAATTGAATG
* * ** *** * * * * *
14787 TTTGTCTCGAGAAGTGTCAAGAAGAAGCCATTCATT-AAGAAGAAAAATCTATTTATAGTC-TCT
65 TCTGCCTTAAGAAACATGAA-AAGAAGCCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * *
14850 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAAAGGTGTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGT
128 -ATTTCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
14913 TAAATTTTTTCATATTTTTTA-CTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAGACATGAA
191 TGAATTGTTT-ACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAA
* * *
14977 AAAAAATGCATTCA-TAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
254 GAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
15040 TACTTG-TTCTAAATGA-TTTTATAG
317 TACTCGCTT-TAAATGAGTTTTATAA
* * * * * *
15064 TCCCATAATTGATTTCAAGGTGAA--TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * *
15127 ATGCCTCAAGAAACATGAAGAGTAAAG-CATTCAGTGGCAAA-AAAAGTTCATTTATAGCCACCC
66 CTGCCTTAAGAAACATGAAAAG--AAGCCATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
15190 ATTGCTTCAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTT-
128 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
15254 ATATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACGTGAAG
193 A-A-TTG-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAG
* * *
15319 AAAAAGGTATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTAC
255 AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
15383 TCGCTTTAAA-GAGTTTTATAA
320 TCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * * * * *
15404 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* ** * * * *
15469 CTGCATTGCGAAATATGCAAAACAAGCCATTCTTTGAGAAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTA
66 CTGCCTTAAGAAACATG-AAAAGAAGCCATTCATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * *
15534 TTTCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG-TTTGTACA-TT
129 TTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TA-AGTT
* * *
15597 GAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTATCTAGAGAAACATGAAGA
192 GAAT-TGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGA
* * * * * *
15662 AATAGGCATTTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT
256 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
15727 CGCTTTAAATG-GTTTTATAA
321 CGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * * *
15747 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAACTGTAATTGAATGT
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* * * * *
15812 GTGCCTTAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATC-GCTCA
66 CTGCCTTAAGAAACATG-AAAAGAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-A
* * * * *
15876 -TTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATGTTAAATGATTTTATAATCTCA-ACATTGATTTTAAAT
129 TTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAAGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * **
15938 TTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATATTTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTG-A-
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* ** * ** * *
16001 AAAAATGCATTCATT-ATCAAGAAAAGTGAATTTGTAGTCACCTATTTATTTAAAGGCCTTATTA
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319 CTCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * *
16087 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * *
16152 CT-ACTTTAGCAAACGTAGAAAA-AGGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCC
66 CTGCCTTAAG-AAACAT-GAAAAGAAGCCATTCATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
16215 ATTCCTTCAAAACCCTTATCACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAACCTCATAATTGTTTTTAAGTT
128 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
16279 GAATAAGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGA
192 GAAT-TGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGA
* * ** * * * *
16344 AATAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTTCT
256 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
16409 CGGTTTAACTG-GTTTTATAA
321 CGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * * * *
16429 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATAGACTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
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66 CTGCCTTAAGAAACATG-AAAAGAAGCCATTCATT-GGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * * * * * *
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* * * *
16623 GCTT-TTCTATAGTTTTAGTT-AAACTAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCA-AGAAACATGTAA
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* ** * * * *
16685 -AAAAAGTCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTC-TCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
254 GAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
16748 AGTCACTTTAAA
318 ACTCGCTTTAAA
16760 AGACTTTAAT
Statistics
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TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAG
GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGAGTTTTATAA
Found at i:16241 original size:511 final size:508
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14371 NNNNNNNNNN
* * * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
14573 GAGCTTTTCTATAGTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAAAGTGTACCTCAAGAAACATGTA-A
191 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTATA-CTCAAGAAACA-GTAGA
* * * * * * *
14637 AAAAAGTCATTTATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTAG
254 AAAAAG-CATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
14702 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTA
318 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * ** * *** * *
14766 AAA-ATAGACTTTAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAGTGTCAAGAAGAAGCCATTCATTAAGAAGA
383 AAACA-A-ACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAGA
* * * * *
14830 AAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAAAGGTGTTATAA
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* * * *
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1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGAA-TATAATTGAAT
** *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
15275 TTAAAACAGAA-TATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAA
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*
15339 G-AAAGTCCATTTATAGTTACCT-ATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GAGTTTTA
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15401 TAA
506 TAA
* * * * * *
15404 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
15660 GAAATAGGCATTTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTA
252 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
15725 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTT
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* * * * * *
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382 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAGA
* * * *
15854 AAAGTCCATTTATAATCGCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATGTTAAATGATTTTATAA
446 AAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGATTTTATAA
* * *
15918 TCTCA-ACATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATATTTGAATG
1 TCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATG
* * * ** *
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65 TCTACCTTGAGAAATGTGAAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
* *
16047 TATTTAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
130 TCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * **
16112 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATA-TCTACTTTAGCAAAC-GTAGAAAAA
195 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-AGTATACTCAAG-AAACAGTAGAAAAA
* * * * *
16175 GGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATCACTCG
258 AG-CATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *** *
16240 CTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATAAGTTTACATTTTTGGTTAAAA
321 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * *
16305 CAAATTATAATTCAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAA-ATAGGCATTTATTG-GTAAGAAAA
386 CAAACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAGA-AGCCATTCATTGAG-AAGAAAA
* * * * * * *
16368 GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTTCTCGGTTTAACTGGTTTTATAA
449 GTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * *
16429 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATAGACTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGT
* * ** * * * * * * * * *
16494 GTGCCTCAAGAAACATGT-AGAAGAA-GCCATTCATTGGGAAAAAAATTTCATTTATAGCCTCTT
66 CTACCTTGAG-AA-ATGTGA-AAAAATG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * * * *
16557 ATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTTGTTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTG
127 ATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * *
16621 GAGCTTTTCTATAGTTTTAGTT-AAACTAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGTA-
191 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGACTATAATTGAAAGTATA-CTCAAGAAACA-GTAG
* * * * *
16684 AAAAAAGTCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
253 AAAAAAG-CATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
16749 GTCACTTTAAA
317 CTCGCTTTAAA
16760 AGACTTTAAT
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGT
CTACCTTGAGAAATGTGAAAAAATGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTT
CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTATACTCAAGAAACAGTAGAAAAAAGC
ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAC
TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
Found at i:16359 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 14381--16759 Score: 2544
Period size: 682 Copynumber: 3.5 Consensus size: 677
14371 NNNNNNNNNN
* *
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1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGT
* * * * *
14446 GTGCCTTAACAAACATGTAGAAGGAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTA
66 GTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCTC-A
* * *
14510 TT-TTTTCAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAAA-AGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTT
130 TTCTTTT-AAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAAAGA-TTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAATT
* ** * * * * * * *
14573 GAGCTTTTCTATAGTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAAAGTGTACCTCAAGAAACATGT-AA
192 TAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AA-ATGTGAA
* ** * * * *
14637 AAAAAGTCATTTATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTC-TCTCATTCATTCAAAAGCCTTATTA
255 AAAAAG-CATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCATTCAAAGGCCTTATTA
* * * *
14701 GTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-T
317 CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
* * * * ** * * *
14764 TAAAAATAGACTTTAATTGAATGTTTGTCTCGAG-AAGTGTCAAGAAGAAGCCATTCATTAAGAA
381 T-AAAATAGACTATAATTGAATATCT-ACTTTAGCAA-AGT--AGAAAAAGCCATTCATTGAGAA
* * * * * *
14828 GAAAAA-TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAA-AGGTGTT
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* ** * * * * *
14890 ATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTAAAT-TTTTTCATATTTTTTA-CTAAAATAAATTATAATT
504 ATAACCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATATGTTT-ACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATT
* * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
15064 TCCCATAATTGATTTCAAGGTGAA--TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAG-AATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACT-GTAATTGAATG
* * * * * * *
15126 TATGCCTCAAGAAACATGAAG-AGTAAAG-CATTCAGTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGCCACC
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* * * * * *
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* * * * *
15252 TTATATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAATGCCTACCTAGAGAAACGTGA
191 TTA-ATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA
* * *
15317 AGAAAAAGGTATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAGGCCTTATT
254 A-AAAAA-GCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCAAAGGCCTTATT
* * *
15381 ACTCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
316 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
* * * * *
15446 TAAAACAGACTATAATTAAATATCTGCATT-GCGAAA-TATGCAAAACAAGCCATTCTTTGAGAA
381 TAAAATAGACTATAATTGAATATCTACTTTAGC-AAAGTA-G--AAA-AAGCCATTCATTGAGAA
* * * * * * *
15509 AGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATTTCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
441 AAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* *
15574 AACCTCATAATTGTTTGTACA-TTGAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
506 AACCTCATAATTGTTTTTA-AGTTGAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * *
15638 AGTTTATCTAGAGAAACATGAAGAAATAGGCATTTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
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*
15703 CATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
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* * *
15747 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAAACTGTAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGT
* * ** *
15812 GTGCCTTAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTCAT
66 GTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCAT
* * * *
15877 TCTTTTAAAAGCCTTATTACTCATGTTAAATGATTTTATAATCTCAACATTGATTTTAAATTTAA
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* * *
15942 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATATTTGAATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAAAAAT
195 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAAAAAA
** * * *
16007 GCATTCATTATCAAGAAAAGTGAATTTGTAGTCACCTATTTATTTAAAGGCCTTATTACTCGCTT
260 GCATTCATTA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCAAAGGCCTTATTACTCGCTT
*
16072 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAG
324 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
16137 ACTATAATTGAATATCTACTTTAGCAAACGTAGAAAAAGGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCA
389 ACTATAATTGAATATCTACTTTAGCAAA-GTAGAAAAA-GCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCA
* *
16202 TTTATATTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
452 TTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
* * *
16267 TGTTTTTAAGTTGAATAAGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTACCTAGA
517 TGTTTTTAAGTTGAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGA
* * *
16332 GAAACATGAAGAAATAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAA
582 GAAACATGAAGAAATAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
16397 AGCCTTATTTCTCGGTTTAACTGGTTTTATAA
647 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
16429 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATAGACTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGT
* * *
16494 GTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAAAAAATTTCATTTATAGCCTCTTAT
66 GTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCAT
* * * * * * ** *
16559 TCCTTTAAAAGCCTAATTACTTGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGTGGAG
131 TCTTTTAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAAAGATTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAATTTAA
* * * * * * *
16624 CTTTTCTATAGTTTTAGTTAAACTAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGT-AAAAA
195 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AA-ATGTGAAAAA
** * * * * * *
16688 AAGTCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTC-TCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTC
258 AAG-CATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCATTCAAAGGCCTTATTACTC
*
16752 ACTTTAAA
320 GCTTTAAA
16760 AGACTTTAAT
Statistics
Matches: 1409, Mismatches: 235, Indels: 103
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (677 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGAATGT
GTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCAT
TCTTTTAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAATTTAAT
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAAAAAAG
CATTCATTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTA
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAC
TATAATTGAATATCTACTTTAGCAAAGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTA
TATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGTT
TTTAAGTTGAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAA
CATGAAGAAATAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:17395 original size:170 final size:169
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Indices: 16993--17957 Score: 944
Period size: 170 Copynumber: 5.7 Consensus size: 169
16983 NNNNNNNNNN
* * *
16993 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTATTACATTTTTTGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
17058 ACTGTAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCTTTGGGAA-AAAAGTCCA
64 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCA
* * *
17122 TTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTA
129 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * ** * * *
17163 TAAAAGGTTTTATAATCTAATAACTGAATTTAAGTTGAGCTTTTCTACAGTTTTAGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* * *
17228 ATTATAATTGAAAGTCTACCTTAAGAAACATGTAGAAAAA-GCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCT
64 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGC-ATTCATTGGAAAGAAAAGTCC
* * * *
17292 GTTTCTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTT
128 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
17334 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTTTTAAAATAGA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGTTAAAACAGA
* ** * * * *
17399 CTT-TAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAGCATCTAGAGAAAGCCATTCATT-GAGAAGAAAAGTCC
65 -TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCC
* * *
17462 ATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTT
128 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTT
* * * *
17504 TAGAA-GGTGTTATAATCTCATAATTCA-TTTAAGTTAAATTTTTTCATCTTTTTTATTAAAACA
1 TA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-A-CATTTTTGTTAAAACA
* * ** *
17567 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATAAGCAAGAAAAGTCC
63 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCC
* **
17632 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGTCT
128 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-T
* * * * * *
17674 TAAATGATTTTATAGTCCCATAATTGATTTCAAGGTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * *
17739 CTAGAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATG-A-AAAGTAAGGCATTCAGTGGCAAGAAAAGTTC
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAA--AAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCC
* * * * **
17802 ATTTCTAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
128 ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
17844 TAAATGGTTTT-TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTGTTTGACATTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTT-ACATTTTT-GTTAAAACA
* * * *
17908 GAATATAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCAT
63 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCAT
17958 AAGCAACAAA
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 116, Indels: 49
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 52 0.08
170 433 0.66
171 157 0.24
172 1 0.00
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
Found at i:17627 original size:340 final size:333
Alignment explanation
Indices: 16993--17988 Score: 1047
Period size: 340 Copynumber: 2.9 Consensus size: 333
16983 NNNNNNNNNN
* * *
16993 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTATTACATTTTTTGTTAAAATAG
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTT-TTAAAATAG
* * *
17058 ACTGTAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAACATGTAGA-AGAAGCCATTCTTTGGGAA-AAAAGTCC
64 ACTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGTAGAGA-AAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCC
* * * *
17121 ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTATAAAAGGTTTTATAATCTAATAA
127 ATTTATAGTCTCC-ATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAGG-TTTATAATCTCATAA
* * ** ** * *
17186 CTGAATTTAAGTT-GAGCTTTTC-TACAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCT
188 -TTAATTTAAGTTAAATTTTTTCAT-CTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * ** * * *
17249 TAAGAAACATGTAGAAAAAGCTATTCATTGGAAAGAAAAGTCTGTTTCTAGTCTCTCATTCCTTC
250 TGAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
17314 AAAAGCCTTATTAGTCACT-T
314 AAAAGCCTTATTACT-ACTCT
*
17334 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTTTTAAAATAGA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTTTAAAATAGA
* * * * *
17399 CTTTAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAGCATCTAGAGAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
65 CTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCAT
17464 TTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAGAAGGTGTTATAATCTCATAAT
129 TTATAGTCTC-CATTC-TTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTA-AAGGT-TTATAATCTCATAAT
*
17528 TCATTTAAGTTAAATTTTTTCATCTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
189 TAATTTAAGTTAAATTTTTTCATCTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
17593 AAACATGAAGAAAAATGCATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
254 AAACATGAAGAAAAA-GCATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
**
17658 GCCTTATTACTTGTCT
318 GCCTTATTACTACTCT
* * * * *
17674 TAAATGATTTTATAGTCCCATAATTGATTTCAAGG-TGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGGTTGAATTTTTTACATTTTT-TTTAAAATAG
* * * * * * *
17738 ACTAGAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGAAAAGTAAGGCATTCAGTGGCAAGAAAAGTTCA
64 ACTATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCA
* * * * * *
17803 TTTCTAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTTAATCTCAAAATT
128 TTTATAGTC-TCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GGTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * *
17868 GATTTTAAGTTATATTTGTTTGA-CATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGGATGTCTACCTTG
190 -AATTTAAGTTAAATTT-TTTCATC-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
17932 AGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATAAGCAA-CAAAGTCCATTTAGAGCCACCCATT
252 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
17989 GATAACTCTA
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 75, Indels: 45
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 34 0.06
340 324 0.58
341 196 0.35
342 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTTTTAAAATAGAC
TATAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCTCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGTTTATAATCTCATAATTAATTTA
AGTTAAATTTTTTCATCTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
AAGAAAAAGCATTCATAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTACTCT
Found at i:18156 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 18123--18166 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
18113 AAGTGATTAA
18123 TTTAAGTTATTTTA-CTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATCTTAAAT
* * *
18144 TTTAGGTTGTTTTATTTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATCTTAAAT
18166 T
1 T
18167 ACTTTAAGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.63
22 7 0.37
ACGTcount: A:0.27, C:0.02, G:0.09, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAGTTATTTTATCTTAAAT
Found at i:19936 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19537--21575 Score: 1739
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 171
19527 NNNNNNNAGA
** ** * * * *
19537 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
19602 TAAACTAATATTTTATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
19666 AATATCTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAAAG-CATTAATTGAG
129 AATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * *
19709 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
19774 TAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * ** *
19839 TTTCTACCTTGAGAAA-GTCAAGAAAAAGTAATTCATTGAC
131 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* *
19879 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * ** * * *
19944 TAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATCTTTT-CCTAAAATAGACTATTATTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * *
20008 ATGTGTGGCTT-AGGAAACATGTAGGAGAAGCCATTCATT-AGG
130 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-G
* **** * *
20050 AAGAAAAGTCCATTTATAATTGTTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATGTTAAAT-GATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAG-TTT
* * * *
20113 TATAAACTCA-ACATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTGGTT---------TATAAT
64 TATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
* * ** * ** *
20168 TGAATGTTTA-CTTCGAAAAATGTGAACAAAAATACATTCATT-ACC
127 TGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-G
** * ** * * * *
20213 AAGAAAAGTGAATTTGTAGTCACTTATTTCTTTAAAGGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
20278 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAGACAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** *
20343 TATCTACCTT-AGGAA-ATGTGGAAAAAAGCCATTCATTGAA
131 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGAG
* ** * **
20383 AATAAAAGTCCATTTATTTTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* ** *** ** * *
20448 TAACCTCATAATTTTTTTTAAGTTGAATAAGTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
20513 TGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAATAGGCATTTATTGAT
131 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * * * *
20554 AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * *
20619 TAATATCATGATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTA-TTCAAATAGACTGTATTTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * * * *
20683 ATGTGTGCCTCAACAAACCT-ATAGACAAAGCCATTCATTGGG
130 ATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * *
20725 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTTATTCCTTCAAAAACCTAATTACTCGTTTTAAA-AGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * * * * * *
20788 TATAATCTCATAACTGAATTTAAGATG-ATCTTTTCTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * ** *
20852 GAAAGTCTATCTCAAGAAACATGTAA-AAAAAGCCATTCATTGGG
128 GAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * *
20896 AAGAAAAGTCCATTTCTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * *
20960 ATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAAATAGACTTTAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACAGACTATAATT
* ** ** * **
21023 GAATGTTTGTCTCAAGAAACGTCTAGAAAAAGCCATTCATTGAG
128 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * *
21067 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAA-AGGTGT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * * *
21130 TATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTCATAGTTTTTA-TTAAAACATATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
21193 GAATGTGTACCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGGCATTCA-TAAG
128 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * *
21236 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAT-GATTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * * *
21300 TATAGTCTCATAATTGATTTCAAGGTG-ACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * ** * *
21364 AATGTGTGCCTTGAGAAACATGAAGAGTAAGGCATTCAGTG-G
129 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG
* * * *
21406 CAAGAAAGGTCCATTTATAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * *
21470 TATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGAATATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
21534 TGAATGTCAACCTAGAGAAACGTGAAAAAAAAGGCATTCATT
127 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
21576 TCTAAGAAAA
Statistics
Matches: 1509, Mismatches: 298, Indels: 120
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 18 0.01
163 103 0.07
164 4 0.00
169 23 0.02
170 546 0.36
171 645 0.43
172 167 0.11
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG
Found at i:20612 original size:504 final size:504
Alignment explanation
Indices: 19537--21495 Score: 1440
Period size: 504 Copynumber: 3.8 Consensus size: 504
19527 NNNNNNNAGA
* ** * * * *
19537 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
19602 TAAACT-AATATTTTATTTTAAGTTAATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
66 TAAACTCAACA-TTGATTTTAAGTTAATTTG-TTTTAAATTTTTGGTT-------A-TATAATTG
* * *
19666 AATATCTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAAAGCATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
121 AATATCTACCTCGAAAAATATGAAAAAAAAAGCATTAATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA
* *
19731 CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAG
186 CTCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAG
* * *
19796 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAAGTCAAG
251 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAGTCAAG
* *
19861 AAAAAGTAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC
316 AAAAAGCAATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* ** ***
19926 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATCTTTTCCTA
381 TCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAAGTTTACATCTTTTCCTA
* * * * * * *
19991 AAATAGACTATTATTAAATGTGTGGCTTAGGAAACATGTAGGAGAAGCCATTCATTAGG
446 AAACAGACTATAATTAAATGTCTGACCTAGGAAACATGTAAGAAAAGCCATTCATTAGG
* *** * *
20050 AAGAAAAGTCCATTTATAATTGTTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATGTTAAATGATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTT
* * *
20113 TATAAACTCAACATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTTTTGGTT-TATAATTGAATGTTT
64 TATAAACTCAACATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTAAATTTTTGGTTATATAATTGAATATCT
* * * * * * *
20177 ACTTCGAAAAATGTGAACAAAAATA-CATTCATT-ACCAAGAAAAGTGAATTTGTAGTCACTTAT
128 ACCTCGAAAAATATGAA-AAAAAAAGCATTAATTGA-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCA-
* *
20240 TTCTTT-AAAGGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
190 TTCTTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * **
20304 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAGACAGACTATAATTGAATATCTACCTT-AGGAAATGTGGA-AA
255 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGA-GAAA-GTCAAGAA
* * ** * *
20367 AAAGCCATTCATTGAAAATAAAAGTCCATTTATTTTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
318 AAAGCAATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
** ** **
20432 GCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTTTTTTTAAGTTGAATAAGTTTATGT-TTTTGGTTAA
383 GCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAAGTTTACATCTTTT-CCTAA
* * * * *
20496 AACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAACATG-AAGAAATAGGCATTTATT-GAT
447 AACAGACTATAATTAAATGTCTGACCTAG-GAAACATGTAAGAAA-AGCCATTCATTAG-G
* * *
20554 AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** * * ** *
20619 TAATA-TCATGATTGATTTTAGGTTGAATGT-TTTTAAATTTTTTATTCAAATAGACTGTATTTG
66 TAA-ACTCAACATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTAAATTTTTGGTT---AT--A---TAATTG
* * * ** * * * * ** *
20682 AATGTGTGCCTC-AACAAACCT-ATAGACAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
121 AATATCTACCTCGAA-AAATATGAAAAAAAAAG-CATTAATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGT
* * * * * * * *
20745 CCCTTATTCCTTCAAAAACC-TAATTACTCGTTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAACTGAATT
184 CACTCATTCTTTCAAAAGCCAT-ATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCGCATAATTGATTT
* * * * * * * **
20808 TAAGATG-ATCTTTTCTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-AGTCTATCTCAAGAAA
247 TAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATA-TCTACCTTGAG-AA
* ** * * *
20871 CATGT-AA-AAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
309 -A-GTCAAGAAAAAGCAATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAG
* * * * ***
20934 CCTTATTAGTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAATTTTTTTAC
372 CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATAAGTTTAC
** * * * * * * * *
20997 AT-TTTTTTTAAAAATAGACTTTAATTGAATGTTTG-TCTCAAGAAACGTCT-AGAAAAAGCCAT
435 ATCTTTTCCT-AAAACAGACTATAATTAAATGTCTGACCT-AGGAAACATGTAAG-AAAAGCCAT
21059 TCATT-GAG
497 TCATTAG-G
* * * *
21067 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTAC-TTCAAAAGCCTTATTAAC-CGCTTTAAAAGGTGT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATT-CTTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * **
21130 TATAATCTCATA-ATTGATTTT-AGTTAAATTT-TTTCATAGTTTTTATTAAAACATATTATAAT
64 TATAAACTCA-ACATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTA-AATTTTTGGT------TA-TATAAT
* * * * * * * * * * *
21192 TGAATGTGTACCTTGAGAAACATGCAGAAAAAGGCATTCA-TAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
119 TGAATATCTACCTCGAAAAATATGAAAAAAAAAGCATTAATTGA-CAAGAAAAGTCAATTTATAG
* * * * *
21256 TCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAT-GATTTTATAGTCTCATAATTGATTT
183 TCACTCATTCTTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCGCATAATTGATTT
* * * * * * * *
21320 CAAGGTG-ACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTGTGCCTTGAGAAACA
247 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAA-G
* * * * ** * * * *
21384 TGAAGAGTAAGGC-ATTCAGTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCT
311 TCAAGA-AAAAGCAATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCT
* ** *
21448 TATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTT
375 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT
21496 ATATTTTTTT
Statistics
Matches: 1158, Mismatches: 221, Indels: 136
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
503 30 0.03
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509 3 0.00
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515 1 0.00
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517 1 0.00
519 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (504 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAAACTCAACATTGATTTTAAGTTAATTTGTTTTAAATTTTTGGTTATATAATTGAATATCTACC
TCGAAAAATATGAAAAAAAAAGCATTAATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCTTT
CAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAGTCAAGAAAAAGCAAT
TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAAGTTTACATCTTTTCCTAAAACAGACTA
TAATTAAATGTCTGACCTAGGAAACATGTAAGAAAAGCCATTCATTAGG
Found at i:22878 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22581--23005 Score: 424
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
22571 CATTATAAAA
* * * * ** * *
22581 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAAGGGTGTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAA
* *** * * *
22646 TCTCATAATTGATTTCAATTGAATGTTTTTGTATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTC
66 TCTCATAATTGATTTCAAGTGAATGTTTTCACATTTTTTATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
** *********** *
22711 TACCTTGAGAAACATGAAGANNNNNNNNNNNATTAGCAAG
131 TACCTCAAGAAACATGAAGAGTAAGGCATTCAGTAGCAAG
* * *
22751 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTATTTTAAATGATTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAA
* *
22816 TCTCATAATTGATTTCAAGGTGAAT-TTTTCACA-TTTTTAGTTAAAATAGACTAGATTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTCAA-GTGAATGTTTTCACATTTTTTA-TTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* * *
22879 TGTGCCTCAAGAAACATGAAGAGTAAGGCATTCAGTGGCAAG
129 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAGTAAGGCATTCAGTAGCAAG
* * *
22921 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAA
* *
22986 TCTTGA-AATTGATTTTAAGT
66 TC-TCATAATTGATTTCAAGT
23006 TATATTTGTT
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 45, Indels: 7
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.04
170 192 0.93
171 7 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTCAAGTGAATGTTTTCACATTTTTTATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAGTAAGGCATTCAGTAGCAAG
Found at i:23534 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23223--24058 Score: 708
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
23213 NNNNNNNNNN
* * * *
23223 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTT-TTTAAAAAATT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTT--AAAATA
* * * * **
23287 GACTATAATTGAATATCTGCCTCA-AGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTG-GGAAGAAAAA-
63 GACTATAATTGAATATCTACCT-AGAGAAACATGAAGAACAAGGCATTCATTGATCAA-AAAAAG
*
23349 TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACGTT
126 TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTT
* *
23395 AAATGGTTTTATAATCTGA-ACATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAG
* * * *
23459 AATATAATTAAATGAT-TACCTCGAGAAACATGAAGAA-AATGGCATTCATT-ACCAAAAAAAGT
64 ACTATAATTGAAT-ATCTACCTAGAGAAACATGAAGAACAA-GGCATTCATTGATCAAAAAAAGT
** * *
23521 GAATTTGTAGTCAC-CTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGA-TTT
127 CCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTC-ACTTT
* * * *
23566 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * ** * * *
23631 CTATAATGGAATATCTACCTAGGGAAATGTGCAA-AACAAGTCATTCATTGATAAAAAAAAGTTC
65 CTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATG-AAGAACAAGGCATTCATTGATCAAAAAAAGTCC
* * * *
23695 ATTTATATTC-GTCCATT-TCTTCGAAA-GCTTTATTACTCGCTTT
129 ATTTATAGTCACT-CATTCT-TTC-AAAGGCCTTATTACTCACTTT
* * *
23738 AAATGGTTTTATAACCTTATAATT-ATTTTTAAGTTGAATATGTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
* * * * * * *
23802 ATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAGACGTGAAGAA-ATAGGCATTTATTGATC-AGAAAAGTC
64 ACTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAACA-AGGCATTCATTGATCAAAAAAAGTC
* * * * **
23865 TATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTGATTACTTGCTTT
128 CATTTATAGTCACTCATT-CTTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTT
* *
23909 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTACTT-G-TAAAATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATA
* * ** * * * * * *
23971 GACTATAATTGAATGTGTGTCTCGAGAAACGTGTAGAAGAAGTCATTCATTGA-GAAAAAAAGTC
63 GACTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAACAAGGCATTCATTGATCAAAAAAAGTC
* * *
24035 TATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
128 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
24059 TTTAATCTCA
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 85, Indels: 74
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 90 0.17
171 250 0.46
172 193 0.36
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAC
TATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAACAAGGCATTCATTGATCAAAAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:23877 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 23223--24058 Score: 858
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 342
23213 NNNNNNNNNN
* * * *
23223 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTTTAAAAAATTG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAAAA-TC
* * * * * *
23288 ACTATAATTGAATATCTGCCTCAAGAAACATGTAGAAGAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAATCCA
65 ACTATAATGGAATATCTACCTCAAGAAACATGTAAAACAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCCA
*
23353 TTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAATCTGAACAT
130 TTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAACCTGAACAT
* *
23418 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTAAATGATTACCTCGA
195 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTAAATGATTACCTAGA
* * *
23483 GAAACATGAAGAAAATGGCATTCATTACCAAAAAAAGTGAATTTGTAGTCACCTATTCCTTCAAA
260 GAAACATGAAGAAAATGGCATTCATTACCAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
23548 GGCCTTATTACTCGATTT
325 AGCCTGATTACTCGATTT
* *
23566 AAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-
1 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAAAT
* * * *
23629 CACTATAATGGAATATCTACCT-AGGGAA-ATGTGCAAAACAAGTCATTCATTGATAAAAAAAAG
64 CACTATAATGGAATATCTACCTCAAGAAACATGT--AAAACAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAA-
* * * * * *
23692 TTCATTTATATTC-GTCCATT-TCTTCGAAA-GCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACC
126 TCCATTTATAGTCACT-CATTCT-TTC-AAAGGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAACC
* * * *
23754 TTATA-ATT-ATTTTTAAGTTGAATATGTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
188 TGA-ACATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TGTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTAAATG
* * * * * * *
23816 -TCTGCCTAGAGAGACGTGAAG-AAATAGGCATTTATTGATC-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
250 AT-TACCTAGAGAAACATGAAGAAAAT-GGCATTCATT-ACCAAAAAAAGTCAATTTATAGTCAC
* * *
23878 CCATTCCTTTAAAAGCCTGATTACTTGCTTT
312 CCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGATTT
* *
23909 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTACTTG-TAAAATA-
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT-TTTGTTAAAAAAT
* * * * ** * * * * * * *
23971 GACTATAATTGAATGTGTGTCTCGAGAAACGTGTAGAAGAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCT
64 CACTATAATGGAATATCTACCTCAAGAAACATGTAAAACAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCC
* *
24036 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
129 ATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
24059 TTTAATCTCA
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 66, Indels: 45
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 21 0.05
342 99 0.24
343 258 0.64
344 23 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAAAATCA
CTATAATGGAATATCTACCTCAAGAAACATGTAAAACAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCCAT
TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCACGTTAAATGGTTTTATAACCTGAACATT
GATTTTAAGTTGAATTGTTTAAAATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTAAATGATTACCTAGAG
AAACATGAAGAAAATGGCATTCATTACCAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTGATTACTCGATTT
Found at i:24812 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24061--24820 Score: 694
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
24051 TTCCTTCATT
* * *
24061 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTTA
1 TAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * * * ** * *
24125 AT-GCTTTTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-TATTTATTGCCAAAAAAAGTCAATTTTTAGTT
64 ATATC-TACCTCGAGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATA-TT
* * * ***
24188 -ACCTATTCGTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
126 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
24232 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
24297 AATTTAACTC-AGGAAACGT-ATAAAAAACGCCATTTATTGAGAAAGAAAAGTCCATTTCTATTC
65 TATCTACCTCGA-GAAACATGAGAAAAAA-GCCATTCATTGA-AAAAAAAAGTCCATTTATATTC
* * * * *
24360 ACACATTCCTTCGAAAGTCTTGTTAC-CAGTTTTAAATGGTTTAA
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
24404 TAACCTCAAAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTCTAGTTAAAACA-ATTTATAATTAA
1 TAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGA
* * * * ** * *
24468 ATGT-TCGCCTTGAGAAACATGAGAAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTACGTTTATATTCA
64 ATATCT-ACCTCGAGAAACATGAGAAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATATTCA
* * *
24532 CCAATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTA
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
24575 TAATATCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
24640 TATCTACCTCGAGAAACATGCAG-AAAAAGCCATTCATTGAAAAAGAAAAATCCATTGATGTTCA
65 TATCTACCTCGAGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGAAAAA-AAAAGTCCATTTATATTCA
* *
24704 CCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
* *
24747 TAATCTCATAATTGTTTTCAAGTTGAATATGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGTTTT-AAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
24812 TATCTACCT
65 TATCTACCT
24821 TGTTGGTCTC
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 94, Indels: 35
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 8 0.02
171 211 0.44
172 243 0.51
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTGTTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
ATCTACCTCGAGAAACATGAGAAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
Found at i:26101 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 26084--26110 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
26074 ATCAAAAACT
26084 AATGGAGCCAAC
1 AATGGAGCCAAC
26096 AATGGAGCCAAC
1 AATGGAGCCAAC
26108 AAT
1 AAT
26111 CTCCTCATTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.22, G:0.22, T:0.11
Consensus pattern (12 bp):
AATGGAGCCAAC
Done.