Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399241.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2510.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3987
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 487 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1287 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1244--1287 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
1234 CTAATTATTG
* * *
1244 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
1 ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
*
1266 ATTTTTAGTTAAAATATATTAT
1 ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
1288 TACTGAATGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 18 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.05, T:0.59
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
Found at i:2229 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1234--2253 Score: 1270
Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 508
1224 NNNNNNNNNN
1234 CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATTACTGAATGTC
1 CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATTACTGAATGTC
* * * *
1299 TACCTCAGCAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTGCGAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAG
66 TACCCCAGCAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTGCGAAAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAG
* * * **
1364 TCCTAAAAAACTTTTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCGCGTAATTGACTTTAAATTCAATT
131 CCCTAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGGTTTTACAATCGCAAAATTGACTTTAAATTCAATT
* *
1429 TTTTTATATTTTTTTAAAATAGATTATATTTAACATTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
196 TTTTTATATTTTTTTAAAATAGATTATATTTAACATTTTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * *
1494 ATCCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTA
261 ATCCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTA
* * * * * *
1559 AATAGTTTTGTAATCTCATAGTCCATTTTAAGTAGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAATAAATT
326 AATAGTTTTATAATCTAATAGTCCATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTCTGGTTAAAATAAATT
* ** * *
1624 ATAACTAATGACTGTCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCTGTCCATTGACAAGCAAAGTCGATATA
391 ATAACTAATGACTGCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTAGATATA
* ** ** *
1689 TAGCCTCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAACGGTTTTATAAT
456 TAGCCACTCAAGCCTTAAAAAAACTTATTAC-AAGCTTTAAACGGTTTTATAAT
1742 CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-GATT-AAATATATTATTACTGAATGT
1 CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTATTACTGAATGT
* * * *
1805 TTGCCCCAAG-AAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTGTGAAAAAAGTTGATTTATAGTCACTCA
65 CTACCCC-AGCAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTGCGAAAAAAGTCGATTTATAGTCACTCA
* * * * *
1869 AGCCCTTAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGGTTTTATAATCGTAAAATTGATTTTAAGTTTA
129 AGCCC-TAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGGTTTTACAATCGCAAAATTGACTTTAAATTCA
* *
1934 ACTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAC-TGTTTATCTCGAGAAACATGAAGC
193 A-TTTTTTTATA-TTTTT-TTAAAATAGATTATATTTAACAT-TTTACCTCGAGAAACATGAAGC
** * *
1998 AAAAGCCATCTGTTAGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-CACTCATTAC
254 AAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTCATTAC
* * * ** *
2062 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATTGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCAT-TTCTGGTTA
318 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAGTCCATTTTAAGTAGAATTTTTTT-ATATTCTGGTTA
* * * ** *
2126 AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-C-TGA
382 AAATAAATTATAACT-AATGACTGCC-TAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGA
* * * * *
2188 AAAGTATATTTGTAGTCACTCAAGTCC-TAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAA
444 AAAGTAGATATATAGCCACTCAAG-CCTTAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAACGGTTTTATAA
2252 T
508 T
2253 C
1 C
2254 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 63, Indels: 25
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 79 0.18
508 93 0.21
509 10 0.02
510 8 0.02
511 206 0.47
512 32 0.07
513 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATTACTGAATGTC
TACCCCAGCAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTGCGAAAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAG
CCCTAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGGTTTTACAATCGCAAAATTGACTTTAAATTCAATT
TTTTTATATTTTTTTAAAATAGATTATATTTAACATTTTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
ATCCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAATCTAATAGTCCATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTCTGGTTAAAATAAATT
ATAACTAATGACTGCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTAGATATA
TAGCCACTCAAGCCTTAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAACGGTTTTATAAT
Found at i:2243 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1234--3987 Score: 1280
Period size: 170 Copynumber: 16.3 Consensus size: 171
1224 NNNNNNNNNN
* * *
1234 CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATTACTGAATGTC
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
* * * *
1299 TACCTCAGCAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTGCGAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAG
66 TACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* *
1364 TCC-T-AAAAAACTTTTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAAT
131 -CCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
*** * * * * ** *
1404 CGCGTAATTGACTTTAAATTCAATTTTTTTATA-TTTTT-TTAAAATAGATTATATTTAACAT-T
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGA-ATGT
* * * * * *
1466 TTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTCTAGTCACTCAA
65 CTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
* ** * * *
1531 GCCTTCGAAAGCCTTATTATTCA-CTTTAAATAGTTTTGTAAT
130 GCCTTCAAAAAACTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** * * * *
1573 CTCATAGTCCATTTTAAG-TAGAGTTTTTTTATA-TTTTTGTTTAAATAAATTATAACT-AATGA
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGT
** * ** * * * * *
1635 CTGTCT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCTGTCCA-TTGACAAGCAAAGTCGATATATAGCCTCTC
65 CTACCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* ** *
1698 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAACGGTTTTATAAT
128 AAGCCTTCAAAAAACTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
1742 CTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATT-AAATATATTATTACTGAATGT
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGT
* * * * *
1805 TTGCCCCA-AGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTGTGAA-AAAAGT-TGATTTATAGTCACT
65 CTACCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT
*
1867 CAAGCCCTT-AAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGGTTTTATAAT
127 CAAG-CCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** *
1912 CGTAA-AATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGACTG
1 C-TAATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATG
* * * ** * * *
1976 TTTATCTC-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTGTTAGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTC
64 TCTACCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
** * * *
2040 AAGCCTTTGAAACACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
128 AAGCCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * *
2084 CTAATTGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTCTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
* * * * * *
2148 TGCCTTAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-TGAAAAGTATATTTGTAGTCACTCAAG
66 TACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* *
2212 TCC-TAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
131 -CCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
***************************************************************
2253 CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 C-TAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGT
************************************ **
2318 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-AA-AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAA
65 CTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
* * *
2381 GCCCTCAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGATTTTATAAT
130 GCCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * * *
2423 CGCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAT-ATTGACTGTT
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
** * * * * *
2487 TACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAA
66 TACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAA
* * ** *
2551 GCCTTCAAAACACTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAAT
130 GCCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** *
2593 CT-ATTGTTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT-TA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGT
* * * * *
2654 CTATCT-TGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-TGAAAAAGTATATTTATAGTCACTC
65 CTACCTCAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* *
2717 AAGTCC-TAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
128 AAG-CCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** *** ** *
2761 CGT-ATAATT-AGTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACGGATTATATTTGACTG
1 C-TAATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATG
* * * *
2824 TTTACCTCA-AGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCCTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
64 TCTACCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
* * * *
2888 AAGCCTTC-GAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
128 AAGCCTTCAAAAAAC-TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
2932 CTAATTATTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAATATATTTTAACTGAATGT
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAAATATATTATAACTGAATGT
* * * * * ** *
2997 CTTCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATTCACTTGTGA-AAAAGTCGATTTATAGTCACTCAA
65 CTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
*
3061 GCCCT-AAAAAAGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
130 GCCTTCAAAAAA-CTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * ** * * *
3103 CGCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTATT
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
* * * * *** *
3167 TAGCTC-GTGAAACATGAAGCAAAA-AC-TGTTTGTTGCCAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACT
66 TACCTCAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT-TTG-C-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
* * * ** *
3229 TAAGCCTTCGACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
127 CAAGCCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3274 CTAATTATTAATTTTAAGGTGAA-TTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATGTC
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
* * * * *
3337 TGCCT-------C-T--AG-AAAAGCTATCAATTTGCCAA-AAAAGT-TGATTTATAGTCGCTTA
66 TACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCA
* *
3389 ACCCTTACAAAAAA-TTATTACTAG-TTTCAAATAGTTTTATAAT
129 AGCCTT-CAAAAAACTTATTACTAGCTTT-AAATGGTTTTATAAT
** * * * * * ** **
3432 CGCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTCAAATAGATTATATTTGTCTGT
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGT
* * * * * *
3496 TTGCCTCA-AAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAGT-TGATTTATAGTCA-TCC
65 CTACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT-C
* ** * * *
3558 AAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
128 AAGCCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3602 TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAGCTCAATG-C
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
* * * * * ** *
3666 TGGCCTC-GAAAAACATGAAGTAAAAGACATCCATTTACGGGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCA
66 T-ACCTCAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
* * * * *
3730 AGCCCTAAAAAAAATTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATAAT
129 AGCCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * ** *
3773 CGT-ATAATTGATTTTTAAGTTTTATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGATTG
1 C-TAATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATG
* * * * *
3837 TTTGCCTC-GAAAAACATGAAGCAAAATCCATCC-GTTGACAAGAAAAGT-TAATTTATAGTCAC
64 TCTACCTCAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
* * * * *
3899 -CAAGCCTTC-GAAAGCTCTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
126 TCAAGCCTTCAAAAAACT-TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
3944 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAA
1 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAA
Statistics
Matches: 1887, Mismatches: 599, Indels: 196
0.70 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.00
158 65 0.03
159 20 0.01
160 30 0.02
161 2 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
166 5 0.00
167 21 0.01
168 183 0.10
169 327 0.17
170 502 0.27
171 464 0.25
172 260 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
TACCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
CCTTCAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:2887 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2357--3987 Score: 1174
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 168
2347 NNNNNNNGAA
* * *
2357 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAG-CCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** *
2422 TCGCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA-TTGACTGT
65 TCGTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT
*** * * * *
2486 TTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGGTAAG
129 TTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
* * * * ** *
2527 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACACTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAA
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCC-TAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * *
2592 TC-TATTGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
65 TCGTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTT
* * *
2655 TATCTTGAA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-TG
130 TA-CCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAG
*
2694 AAAAAGTAT-ATTTATAGTCACTCAAGTCCTAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTAT
1 -AAAAGT-TGATTTATAGTCACTCAAG-CCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** *
2758 AATCGTATAATT-AGTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACGGATTATATTTGAC
63 AATCGTATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAA
* * *
2822 TGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCCTTAGCAAG
126 TGTTTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
*** * * *
2866 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTA
1 AAAAGT-TGATTTATAGTCACTCAAGCCTAAAAAAAC-TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * **
2930 ATC-TAATTATTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAATATATTTTAACTGAA
64 ATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGTT-AAAATAGATTATATTTGAA
* * * * **
2994 TGTCTT-CCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATTCACTTGTGA-
126 TGT-TTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAG
* *
3037 AAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAG-CCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
3102 TCGCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTATT
65 TCGTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTT
* ** * ** *** *
3167 TAGCTCGTGAAACATGAAGCAAAAACTGTTTGTTGCCAAAA
130 TACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-C-AAG
* ** * ** *
3208 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGT-TGATTTATAGTCACTCAAGCC-TAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * **
3272 ATC-TAATTATTAATTTTAAGGTGAATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATG
64 ATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* * * *
3335 TCTGCCT-------C-T--AG-AAAAGCTATCAATTTGCCAA-
128 TTTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG-CAAG
* * * *
3366 AAAAGTTGATTTATAGTCGCTTAACCCTTACAAAAAA-TTATTACTAG-TTTCAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCC-TA-AAAAAACTTATTACTAGCTTT-AAATGGTTTTAT
* * * * * **
3429 AATCGCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTCAAATAGATTATATTTGTCT
63 AATCGTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
* * *
3494 GTTTGCCTCAA-AAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAG
127 GTTTACCTCAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAG
** ** * * *
3536 AAAAGTTGATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACT-CAAGCC-TAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
3600 AT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAGCTCAAT
64 ATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAAT
* ** * * * **
3664 GCTGGCCTCGAA-AAACATGAAGTAAAAGACATCCATTTACGGG
127 GTTTACCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAG
* * * *
3707 AAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAAATTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAG-CCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
3772 TCGTATAATTGATTTTTAAGTTTTATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGATTG
65 TCGTATAATTGA-TTTTAAG-TTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* * *
3837 TTTGCCTCGAA-AAACATGAAGCAAAATCCATCCGTTGACAAG
128 TTTACCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAG
* *** * * * *
3879 AAAAGTTAATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCTCTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCTAAAAAAACT-TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
3943 TC-TCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAA
65 TCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAA
Statistics
Matches: 1155, Mismatches: 239, Indels: 134
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
157 4 0.00
158 65 0.06
159 17 0.01
160 36 0.03
162 1 0.00
163 1 0.00
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173 7 0.01
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Consensus pattern (168 bp):
AAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CGTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTT
ACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAAG
Found at i:3120 original size:342 final size:338
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 338
2346 NNNNNNNNGA
* * *
2356 AAAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGATTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
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65 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTG
*** * * * *
2485 TTTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAG-CTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
130 TTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCGTTGGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTC
* * * * *
2549 AAGCCTTC-AAAACACTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAATCT-ATTGTTGATTTTAAGTT
194 AAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTT
* * * * *
2612 AAATTTTTT-TATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGC
258 GAATTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTAGCCT-CAAAACATGAAGC
*
2675 AAAAGCCATCCATTTGCTG
321 AAAAACCATCCATTTG-TG
** * *
2694 AAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGTCCTAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2759 ATCGTATAATTAGTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACGGATTATATTTGACTG
65 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTG
* *
2824 TTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCCTTAGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC
130 TTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCGTTGGCAAGAAAAGT-TAATTTATAGTCACTC
* * * *
2888 AAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATTATTGATTTTGAGTTG
194 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTG
* * * *
2953 AATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAATATATTTTAACTGAATGTCT-TCCTCAGGAAACGTGAAG
259 AATTT-TTTATATTTTTAGTT-AAAATATATTATAACTGAATGTCTAGCCTCA--AAACATGAAG
* *
3017 CAAAAACCATTCACTTGTG
320 CAAAAACCATCCATTTGTG
3036 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAA-CTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3101 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTA
65 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTG
* ** * * * ** * *
3165 TTTAGCTCGTGAAACATGAAGCAAAA-ACTGTTTGTTGCCAAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
130 TTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCGTTGGC-AAGAAAAGT-TAATTTATAGTCAC
* * * * *
3228 TTAAGCCTTCGACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATTATTAATTTTAAGG
192 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGT
* *
3293 TGAATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATGTCT-GCCT-----C-T--AG-A
257 TGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTAGCCTCAAAACATGAAGCA
* * * **
3347 AAAGCTATCAATTTGCCA
322 AAAACCATCCATTTG-TG
* * * * *
3365 AAAAAGTTGATTTATAGTCGCTTAA-CCCTTACAAAAAATTATTACTAG-TTTCAAATAGTTTTA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCC-TA-AAAAACTTATTACTAGCTTT-AAATGGTTTTA
* * * * * * *
3428 TAATCGCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTCAAATAGATTATATTTGTC
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* * * * *
3493 TGTTTGCCTCAA-AAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAGTTGATTTATAGTCA-T
128 TGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCGTTGGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACT
* * * * *
3556 CCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGT
193 -CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGT
* * * *
3621 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAGCTCAATG-CTGGCCTCGAAAAACATGAA
257 TGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTAGCCTC--AAAACATGAA
*
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* * * *
3706 GAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAAATTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
3771 ATCGTATAATTGATTTTTAAGTTTTATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGATT
65 ATCGCATAATT-AATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACT
* * *
3836 GTTTGCCTCGAA-AAACATGAAGCAAAA-TCCATCCGTTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCAC
129 GTTTACCTC-AAGAAACGTGAAGCAAAAGT-CATCCGTTGGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCAC
* * * *
3899 -CAAGCCTTCGAAAG-CTCTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
192 TCAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAG
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256 TTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAA
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TCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTGT
TTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCGTTGGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCAA
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTGAA
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CCATCCATTTGTG
Found at i:3647 original size:670 final size:672
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2346 NNNNNNNNGA
* *
2356 AAAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAGCTGTAAATGATTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATA
* * *
2421 ATCGCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA-TTGACTG
65 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTG
* * * * * * * *
2485 TTTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
130 TTTAGCTCGAGAAACATGAAGCAAAAACTATTCGTT-GCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCA
* * * * * * *
2550 AGCCTTC-AAAACACTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAATCTATTGTTGATTTTAAGTTAA
194 AGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTATTATTGATTTTAAGGTGA
* * * * *
2614 ATTTTTTTATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAGCAAAA
258 ATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATGTCTAGCCT-----ACAT-AAGCAAAA
* ** *
2679 GCCATCCATTTGCTGAAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGTCCTAAAAAAACTTATTACAAGCT
317 GCCATCAATTTGCCAAAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACAAGCT
* * *
2744 TTAAATGGTTTTATAATCGTATAATTAGTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACG
382 TTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTAGTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACA
* *
2809 GATTATATTTGACTGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCCTTAGCAAGAAAAGTCT
447 GATTATATTTGACTGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCCTTAGCAAGAAAAGTCT
** * * * *
2874 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATTA
512 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAA
* * * *
2939 TTGATTTTGAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAATATATTTTAACTGAATGTCT-TCCT
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* * *
3003 C-AGGAAACGTGAAGCAAAA-ACCATTCACTT-GTG
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*
3036 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAA-CTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATA
* *
3101 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTA
65 ATCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTG
* * * *
3165 TTTAGCTCGTGAAACATGAAGCAAAAACTGTTTGTTGCCAAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT
130 TTTAGCTCGAGAAACATGAAGCAAAAACTATTCGTTG-C-AAGAAAAGT-TAATTTATAGTCACT
* * * *
3229 TAAGCCTTCGACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATTATTAATTTTAAGGT
192 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-ATTATTGATTTTAAGGT
*
3294 GAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATGTCT-GCCT-C-T-AG-AAAAGCTA
256 GAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATGTCTAGCCTACATAAGCAAAAGCCA
* * *
3354 TCAATTTGCCAAAAAAGT-TGATTTATAGTCGCTTAA-CCCTTACAAAAAA-TTATTACTAG-TT
321 TCAATTTGCCAAAAAAGTAT-ATTTATAGTCACTCAAGCCC-TA-AAAAAACTTATTACAAGCTT
* * * * * * *
3415 TCAAATAGTTTTATAATCGCATAATT-GATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTCAAAT
383 T-AAATAGTTTTATAATCGCATAATTAG-TTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAAC
* * * * *
3479 AGATTATATTTGTCTGTTTGCCTCAA-AAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAGT-
446 AGATTATATTTGACTGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCCTTAGCAAGAAAAGTC
* *
3542 TGATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCA
511 T-ATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAA
* * * *
3606 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAGCTCAATGCTGGCC
574 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTCAATGCTGGCC
* *
3671 TCGAAAAACATGAAGTAAAAGACATCCATTTACGG
639 TCGAAAAACATGAAGCAAAAGACATCCACTTA-GG
* * *
3706 GAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAAATTATTACAAGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * *
3771 ATCGTATAATTGATTTTTAAGTTTTATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGATT
65 ATCGCATAATT-AATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACT
* * * *
3836 GTTT-GCCTCGAAAAACATGAAGCAAAATCCATCCGTTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCAC-
129 GTTTAG-CTCGAGAAACATGAAGCAAAAACTATTCGTTG-CAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACT
* *
3899 CAAGCCTTCGAAAG-CTCTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGG
192 CAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-ATTATTGATTTTAAGG
*
3962 TTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAA
255 -TGAAT-TTTTT-TATTTTTGGTTAA
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 110, Indels: 64
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
668 2 0.00
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Consensus pattern (672 bp):
AAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAA
TCGCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTGT
TTAGCTCGAGAAACATGAAGCAAAAACTATTCGTTGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTCAAG
CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTATTATTGATTTTAAGGTGAATT
TTTTTATTTTTGGTTAAAATATATCATAACTGAATGTCTAGCCTACATAAGCAAAAGCCATCAAT
TTGCCAAAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACAAGCTTTAAATAGT
TTTATAATCGCATAATTAGTTTTAAGTTCAATTGTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATATT
TGACTGTTTACCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCCTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTCAATGCTGGCCTCGAAAAACATG
AAGCAAAAGACATCCACTTAGG
Done.