Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399245.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2514.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3099
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.11, T:0.28
Warning! 699 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:520 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 342--1654 Score: 957
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
332 NNNNNNNNNN
* * * * *
342 ATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACGAGTTGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * *
407 TAAGTTTCTCAAGGAAGACAATCGATTATAATCTATTTTAATAACAAATA-AAAAAAAGTTCAAC
66 CACGTTTCTCAAGGAA-ACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTCAAC
* *
471 TTAAAACTAATGATGAGATTAAAAAAGTATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
513 TTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGT-ACTATACATGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
*** * *
577 CACGTTTCTTGGGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAAA-TCTAA
66 CACGTTTCTCAAGG-AAACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA-TAAAAAAATTC-AA
* * * *
641 ATTAAAACCAATTATGAGGTT-ATAAACTAATTTAAAGCGAGTA
128 CTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAACT-ATTTAAAGCGAGTA
* ** ** * * * **
684 ATAAGCCTTTTAAAGGCATCAGTGACTATTAATTGACTTCTCTTGCTGATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * **
749 CACGTTTCTCGACGTAAAC-ATGTAATTATAATCTGA-TTTAATATTAAATATAAAAAAATTCAA
66 CACGTTTCTC-AAGGAAACAAT-CAATTATAATCT-ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
812 CTTACAAGTAATTATGAGCTTAATAAACTATTTAAAGTGAGTA
128 CTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
855 ATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAAATTCTCTTACCAATGGATATCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
** * * * * * ********
919 TTGCGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAACAAATATAAAAANNNNNNNN
65 TCACGTTTCTCAAGG-AAACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
*********** *
984 NNNNNNNNNNNTATGAGATTAAAAAAGC-ATTTAAAGTGAGTA
129 TTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAA-CTATTTAAAGCGAGTA
* *
1026 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCCTT-CCAATGGATATCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
* * * * *
1090 TCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAA
65 TCACGTTTCTCAAGG-AAACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *
1155 TTAAAACCAATTATGAG-TATATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTA
129 TTAAAACTAATTATGAGAT-TAAAAAACT-ATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
1197 ATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATATTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* ** * * *
1262 TACGTTTCTTGAGGTAAAC-ATGTAATTATAATCTA-TTTAGTAATAAAA-ATAAAAAAGTTCAA
66 CACGTTTCTCAAGG-AAACAAT-CAATTATAATCTATTTTAATAA-AAAATATAAAAAAATTCAA
* * ***********
1324 CTCAAAAGTAATTNNNNNNNNNNTAAACTATTTAAAGCGAGTA
128 CTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * **********
1367 ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACGATAAATAGNNNNNNNNNNCCAATGGATATCTTTTTC-T
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* * * * * * ** *
1431 CTACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAGCTCGAC
66 C-ACGTTTCTCAAGG-AAACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
**********
1496 TTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGC-NNNNNNNNNNAGTA
129 TTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAA-CTATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
1538 ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGGATATCTTTTTTTT
1 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
* *
1603 CACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
66 CACGTTTCTCAAGG-AAACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATA
1655 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 237, Indels: 64
0.74 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 207 0.24
171 569 0.65
172 95 0.11
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
CACGTTTCTCAAGGAAACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAACTAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTA
Found at i:1523 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 342--1654 Score: 1472
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 512
332 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
342 ATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACGAGTTGATATCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACGATAAATGA-AATTCTCTTACCAATGGATATCTTTTTCT
* * * * * * *
406 TTA-AGTTTCTCAAGGAAGACAATCGATTATAATCTATTTTAATAACAAATAAAAAAAAGTTCAA
65 TTACA-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAACAAAT-ATAAAAAGCTCAA
* * * *
470 CTTAAAACTAATGATGAGATTAAAAAAGTATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGTATGGG
128 CTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * * ***
535 T-ACTATACATGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGGGGAAAACATT
193 TCACTATAAATGGACTTTTCCTTCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATT
599 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAAATCTAAATTAAAACCAATTATGAGGTTAT
258 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAAAAAATCTAAATTAAAACCAATTATGAGGTTAT
* * *
664 AAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGCATCAGTGACTATTAATTGACTTCTCTTG
322 AAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTG
* * *
729 CTGATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTAAACATGTAATTATAATCTGATTTAATATT
387 CTAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTAAACATGTAATTATAATCTGATTTAATAAT
* * * *
794 AAATATAAAAAAATTCAACTTACAAGTAATTATGAGCTTAATAAACTATTTAAAGTGAGTA
452 AAAAATAAAAAAATTCAACTCAAAAGTAATTATGAGCTTAATAAACTATTTAAAGCGAGTA
* *** *
855 ATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAAATTCTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACGATAAATGAAATTCTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT
* * ********
920 TGCGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAACAAATATAAAAANNNNNNNNN
66 TACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAACAAATATAAAAA-GCTCAACT
********** *
985 NNNNNNNNNNTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTC
130 TAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTC
*
1050 ACTATAAATGGACTTTTCCTTCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCA
195 ACTATAAATGGACTTTTCCTTCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCA
*
1115 ATGATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT-TCAAATTAAAACCAATTATGA-GTATATA
260 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCT-AAATTAAAACCAATTATGAGGT-TATA
* * * * *
1178 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
323 AAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGC
* * * * *
1243 TAATGGATATATTTTTTTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATGTAATTATAATCT-ATTTAGTAATA
388 TAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTAAACATGTAATTATAATCTGATTTAATAATA
* **********
1307 AAAATAAAAAAGTTCAACTCAAAAGTAATTNNNNNNNNNNTAAACTATTTAAAGCGAGTA
453 AAAATAAAAAAATTCAACTCAAAAGTAATTATGAGCTTAATAAACTATTTAAAGCGAGTA
**********
1367 ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACGATAAAT-AGNNNNNNNNNNCCAATGGATATCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACGATAAATGA-AATTCTCTTACCAATGGATATCTTTTTCT
* * *
1431 CTACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAGCTCGAC
65 TTACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAACAAATA-TAAAAAGCTCAAC
********** *
1496 TTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
129 TTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT
* * *
1561 CACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAAGGGATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATT
194 CACTATAAATGGACTTTTCCTT-CCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATT
1625 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
258 CAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
1655 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 131, Indels: 19
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.01
512 281 0.43
513 287 0.43
514 84 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACGATAAATGAAATTCTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT
TACATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAACAAATATAAAAAGCTCAACTT
AAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCA
CTATAAATGGACTTTTCCTTCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCTAAATTAAAACCAATTATGAGGTTATAAAA
TAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGCATCAGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCTAA
TGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTAAACATGTAATTATAATCTGATTTAATAATAAAA
ATAAAAAAATTCAACTCAAAAGTAATTATGAGCTTAATAAACTATTTAAAGCGAGTA
Done.