Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399247.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2516.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5365
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 1310 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3103 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2589--4165 Score: 1447
Period size: 172 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
2579 NNNNNNNNNN
* * * *
2589 TCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAA-AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTGA-ATTTTTAG
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TTACATTTTTGG
* * * * * *
2652 TTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAA-
63 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
*
2716 AAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
2761 TCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATATTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * ** * * *
2825 AAAAAATG-CTATAATTGAATGTTTTCCATGGAG-AACATG-AGGCAAAAGCCATCCATTGGCAT
65 AAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCAA
* * * * *
2887 GAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGT-CTTCGAAAGCTTTATTAC
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** *
2932 TTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
2997 AAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAA
65 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAA
* * *
3062 AAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC
130 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
3104 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * *
3168 AAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAACATGAGGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAA
* * *
3232 AAGTCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTAC
130 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
3274 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTAGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
3338 AAAACAGAC-AGTAATCGAATGTTTACCTTG-GAAA-ATGTGAAGAAAATAA-TATTCATTGGTA
65 AAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAA-AAGTATTCATTGGCA
* ** ** *
3399 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTA-TCCTTTTAAAGCCTTATTGC
126 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * * *
3444 TCGCTTTAAAAAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* ** * * ** * *
3509 AACCAGGTTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTCAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
66 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAA
* *
3574 AGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAC
131 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * **
3615 TCATTTTAAATGGCTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTTAT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGT
* ** * * * * * * * *
3679 TAAAACATACTGCAATTGAGTTTCTAGCTCAAGAACCATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA-A
64 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGA
* ** * * * *
3743 ACAAGCCCATACATAGTCACCCACTCCTTTAAAAGCCTTGTTGC
129 A-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3787 TCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCAA-AATTGA-TTTAAATATAAATTTTTTGTATATTTTTGG
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTT-TACATTTTTGG
* * * * * *
3850 TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGACAAA-TTTAATGAAAAAAGTATTCATTGGCAA
63 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-GAAAAAAGTATTCATTGGCAA
* *
3914 GAAAAGTCTAGTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3959 TCACTTTAAATGGTTTTATAATC-AGACAAATAATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * ** * ** ** * *
4023 AAAA-AAAGCTATAATTGAATGTCTCCCTTGGGGAATGTGAAGCAAAATTTAACCATTGACACGA
65 AAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGA
* * **** *
4087 AAAGTCCATTTATAGGCACTCAAGATTTCGAAAGCCTTATTAC
129 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*** *
4130 TTGGTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATT-ATTTT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT
4166 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1140, Mismatches: 225, Indels: 82
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 302 0.26
171 390 0.34
172 430 0.38
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
Found at i:3671 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 2589--4046 Score: 1576
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 506
2579 NNNNNNNNNN
* *
2589 TCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTGA-ATTTTTAGT
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-T-ACATTTTTAGT
* * * * *
2653 TAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAAA
63 TAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCT-GA-AAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAAA
*
2718 GAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
126 CAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
2782 TGTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAAAATG-CTATAATTGAAT
190 TCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAAA-GAC-ATAATTGAAT
* * *** * * * *
2845 GTTTTCCATGGAGAACA-TGAGGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAAAGTCCATATATAGTCACT
252 GTTTACC-TGGA-AA-ATTGAAG-AAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
* * * *
2909 CAAGT-CTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGT
313 -AAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGT
* * *
2973 TGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATGAA
377 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATCAA
* *
3038 GAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTA
441 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
3103 C
506 C
* * * *
3104 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAA
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAA
* *
3169 AACTGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAGGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA-A
66 AACTGACTATAATTGAATGTCTACC-T-GAAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAA-AACA
* *
3233 AGTCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
128 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
3298 CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGACAGTAATCGAATGTTTA
193 CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAAAGACA-TAATTGAATGTTTA
* *
3363 CCTTGGAAAATGTGAAGAAAATAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTA-TCC
257 CC-TGGAAAAT-TGAAGAAAA-AATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAGTCC
** * ** * * *
3427 TTTTAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAAAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** *
3492 TTTTACATTTTTGGTTAAACCAGGTTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTCAAGAAAAAGG
384 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAAG
* **
3557 TATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAC
449 CATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
3615 TCATTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACATTTTTTA-T
1 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTT-TTTACA-TTTTTAGT
** * * * * * *
3679 TAAAACAT-ACTGCAATTGAGTTTCTAGCTCAAGAACCATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAA
63 TAAAAC-TGACTATAATTGAATGTCTACCTGAA-AA-CATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAA
* ** * * * * * *
3743 ACAAGCCCATACATAGTCACCCACTCCTTTAAAAGCCTTGTTGCTCACTTTAAAT-GATTTTGTA
125 ACAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * *
3807 ATCTCAAAATTGA-TTTAAATATAAATTTTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
189 ATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTG-ACATTTTTGGTTAAAAAAGA-CATAATTGAA
** * * * *
3871 TGCCTACCTCGACAAATTTAATGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAGTTATAGTCACC
251 TGTTTACCTGGA-AAATTGAA-GAAAAAA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
* * * * * * *
3936 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-AGACAAATAATTTTTAGT
313 AAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAAGT
* * *
4000 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAGCTATAATTGAATGTCT
377 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCT
4047 CCCTTGGGGA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 119, Indels: 56
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 150 0.19
512 80 0.10
513 342 0.43
514 90 0.11
515 133 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAA
AACTGACTATAATTGAATGTCTACCTGAAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAAACAAGT
CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAAAAGACATAATTGAATGTTTACCTG
GAAAATTGAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTAAGTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
Done.