Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397273.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_239.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3496717
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Warning! 46782 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 9 of 9
Found at i:3373691 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 3373676--3373712 Score: 56
Period size: 6 Copynumber: 6.2 Consensus size: 6
3373666 ATCATGTTCG
* *
3373676 CATTCA CATTCT CATTCC CATTCT CATTCT CATTCT C
1 CATTCT CATTCT CATTCT CATTCT CATTCT CATTCT C
3373713 CTTTCCACTC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 28 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.38, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (6 bp):
CATTCT
Found at i:3378592 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3378510--3378692 Score: 225
Period size: 36 Copynumber: 5.2 Consensus size: 36
3378500 GATTGTTTAA
*
3378510 TTTAATCAATTAGGCCCAATAACATAATTAAACAA-
1 TTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAAT
* * * *
3378545 TTTAATTAATTAAGCCCAACAATTTAATTAAACAAT
1 TTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAAT
* *
3378581 TTTAATCAATTAGGCCCAATGACTTAATTAACCAAT
1 TTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAAT
* *
3378617 TTTAATCAACTAGGCCCAATGACTTAATTAAACAA-
1 TTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAAT
* *
3378652 TTTAATTAATTAGG--C-ACAACTTAA-TAAACAAT
1 TTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAAT
3378684 TTTAATCAA
1 TTTAATCAA
3378693 GTGCTTGAGA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 18, Indels: 7
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 7 0.05
32 15 0.12
33 1 0.01
35 42 0.33
36 63 0.49
ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
TTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAAT
Found at i:3378592 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 3378508--3378692 Score: 218
Period size: 71 Copynumber: 2.7 Consensus size: 71
3378498 TTGATTGTTT
* * *
3378508 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACATAATTAAACAA-TTTAATTAATTAAGCCCAACAATTTAA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACATAATTAAACAATTTTAATCAACTAAGCCCAACAACTTAA
3378572 TTAAAC
66 TTAAAC
* * * * **
3378578 AATTTTAATCAATTAGGCCCAATGACTTAATTAACCAATTTTAATCAACTAGGCCCAATGACTTA
1 AA-TTTAATCAATTAGGCCCAATAACATAATTAAACAATTTTAATCAACTAAGCCCAACAACTTA
3378643 ATTAAAC
65 ATTAAAC
* * *
3378650 AATTTAATTAATTAGG--C-ACAACTTAA-TAAACAATTTTAATCAA
1 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACATAATTAAACAATTTTAATCAA
3378693 GTGCTTGAGA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 13, Indels: 7
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
67 16 0.16
68 7 0.07
69 1 0.01
70 2 0.02
71 45 0.45
72 29 0.29
ACGTcount: A:0.45, C:0.16, G:0.06, T:0.32
Consensus pattern (71 bp):
AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACATAATTAAACAATTTTAATCAACTAAGCCCAACAACTTAA
TTAAAC
Found at i:3395787 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3395722--3395920 Score: 183
Period size: 35 Copynumber: 5.7 Consensus size: 35
3395712 TCCTTAAGAA
*** *
3395722 GCCTAATTAACTTAATTATTTAATTCAATCAATTAG
1 GCCTAA-TAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAG
*
3395758 GCCTAATAATTTAATTAAACAATTTAATCAATTAG
1 GCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAG
* *
3395793 G-CTCAATAATTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAA
1 GCCT-AATAACTTAATTAAAC-AATTTAATCAATTAG
****
3395829 GCCTAATAACTTAATTGTTTAATTTAA-CTAATTAG
1 GCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAATC-AATTAG
* * *
3395864 GCCCAATGACTTAATTAAACAATTTAATGAATTAG
1 GCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAG
* *
3395899 G-C--ACAACTGAATTAAACAATTT
1 GCCTAATAACTTAATTAAACAATTT
3395921 TAAGCAAGTG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 22, Indels: 14
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.12
34 4 0.03
35 81 0.60
36 32 0.24
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
GCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAG
Found at i:3395843 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 3395729--3395897 Score: 187
Period size: 71 Copynumber: 2.4 Consensus size: 70
3395719 GAAGCCTAAT
*** * * *
3395729 TAACTTAATTATTTAATTCAATCAATTAGGCCTAATAATTTAATTAAACAATTTAA-TCAATTAG
1 TAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAAGCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAACT-AATTAG
*
3395793 GCTCAA
65 GCCCAA
* ****
3395799 TAATTTAATTAAACAAATTTAATCAATTAAGCCTAATAACTTAATTGTTTAATTTAACTAATTAG
1 TAACTTAATTAAAC-AATTTAATCAATTAAGCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAACTAATTAG
3395864 GCCCAA
65 GCCCAA
* *
3395870 TGACTTAATTAAACAATTTAATGAATTA
1 TAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTA
3395898 GGCACAACTG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 15, Indels: 4
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
70 23 0.28
71 58 0.71
72 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (70 bp):
TAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAAGCCTAATAACTTAATTAAACAATTTAACTAATTAGG
CCCAA
Found at i:3397551 original size:501 final size:501
Alignment explanation
Indices: 3396596--3398101 Score: 2418
Period size: 501 Copynumber: 3.0 Consensus size: 501
3396586 TTGGTGTCTC
* * * *
3396596 AAGTGTAGGAAGTATTTACACAACTGACACATGAGAAGTATTGCATAGACACTTGAGTGAAATAA
1 AAGTCTAGGGAGTATTTACACAGCTGACACATGAGAAGTATTGCATAGACACTTGAGTGAAATAC
* * *
3396661 CAAATGCATTTCTCACGACGAGGCATGTTCAGTGAACTTGCTCTCCCAGGCAAGCACCTACATTC
66 CAAATGCACTTCTCACGGCGAGGCATGTTCAGTGAACTTGCTCTCCTAGGCAAGCACCTACATTC
3396726 TATTTCCAAGTATCTCTATACTTAAACCTATGAGATCGGTTGCTTGCTTCTCAAGTAAGGAACAT
131 TATTTCCAAGTATCTCTATACTTAAACCTATGAGATCGGTTGCTTGCTTCTCAAGTAAGGAACAT
*
3396791 AGAATGTACCAGTCTCTAAGCATCATTGATGTCTAGTCTCAATGATACATTGACCAGGAACATTT
196 AGAATGTACCAGTCTCTAGGCATCATTGATGTCTAGTCTCAATGATACATTGACCAGGAACATTT
*
3396856 TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAGGATCTCATAACTGCAACCCATTATGGTTTCCTTGCAAGGC
261 TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAGGATCTCATAACTGCAACCCATTATAGTTTCCTTGCAAGGC
3396921 ATATTAATCTCATGGACTTCATCCAATTAGATTTTATAACTTGTTATAATTGATGCCTTATTGAT
326 ATATTAATCTCATGGACTTCATCCAATTAGATTTTATAACTTGTTATAATTGATGCCTTATTGAT
*
3396986 GAAGGAAAACCTTTAATCATTCAACATGAATAATGTTGTTGCATGATTGGAATCAAGTCTTAACC
391 GAAGGAAAACCTTTAATCATTCAACATGAATAATGTTGTTGCATGATTGGAATCAAGCCTTAACC
* * *
3397051 AATTGCAATTGGCTACAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAAT
456 AATTACAATTGGCTGCAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAGT
* * *
3397097 AAGTCTAGGGAGTATTTACATAGCTGACACATGAGAAGTACTACATAGACACTTGAGTGAAATAC
1 AAGTCTAGGGAGTATTTACACAGCTGACACATGAGAAGTATTGCATAGACACTTGAGTGAAATAC
* * * * *
3397162 CAAATGCACTTCTCATGGTGGGGCATGTTCAGTGAACTTGCTCTCTTAGGCAAGCACCTACATTT
66 CAAATGCACTTCTCACGGCGAGGCATGTTCAGTGAACTTGCTCTCCTAGGCAAGCACCTACATTC
* * *
3397227 TATTTCTAAGTGTCTCTATACTTAAACCTATGAGATCGGTTGCTTACTTCTCAAGTAAGGAACAT
131 TATTTCCAAGTATCTCTATACTTAAACCTATGAGATCGGTTGCTTGCTTCTCAAGTAAGGAACAT
* * *
3397292 AGAATGTGCCAGTCTCTAGGCATCATTGATGTCTAGTCTTAATTATACATTGACCAGGAACATTT
196 AGAATGTACCAGTCTCTAGGCATCATTGATGTCTAGTCTCAATGATACATTGACCAGGAACATTT
* *
3397357 TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAGGATCTCATAATTGCAACCCATTATAGTTTCCTTGCAATGC
261 TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAGGATCTCATAACTGCAACCCATTATAGTTTCCTTGCAAGGC
*
3397422 ATATTAATCTCATGGACTTCATCCAATTAGATTTTATAACTTGTTATAATTGATGCTTTATTGAT
326 ATATTAATCTCATGGACTTCATCCAATTAGATTTTATAACTTGTTATAATTGATGCCTTATTGAT
*
3397487 GAAGGAAAACCTTTAATCATTCAACATGAATAATGTTGTTGTATGATTGGAATCAAGCCTTAACC
391 GAAGGAAAACCTTTAATCATTCAACATGAATAATGTTGTTGCATGATTGGAATCAAGCCTTAACC
3397552 AATTACAATTGGCTGCAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAGT
456 AATTACAATTGGCTGCAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAGT
*
3397598 AAGTCTAGGGAGTATTTACACAGTTGACACATGAGAAGTATTGCATAGACACTTGAGTGAAATAC
1 AAGTCTAGGGAGTATTTACACAGCTGACACATGAGAAGTATTGCATAGACACTTGAGTGAAATAC
* * * * * * *
3397663 CAAATGCACTTCTGACGGCGCGTCATGTTCAGTGAACTTGTTTTCCTCGACAAGCACCTACATTC
66 CAAATGCACTTCTCACGGCGAGGCATGTTCAGTGAACTTGCTCTCCTAGGCAAGCACCTACATTC
* *
3397728 TATTTCCAAGTATCTCTATACTTAAATCTATGAGATCGGTTGCTTGCTTCTCAAGTAAGGACCAT
131 TATTTCCAAGTATCTCTATACTTAAACCTATGAGATCGGTTGCTTGCTTCTCAAGTAAGGAACAT
* * * **
3397793 AGAATGTACTAGTCTCTAGGCATCATTGATGTCTTGTCTCAATGATAAATTGACCCTGAACATTT
196 AGAATGTACCAGTCTCTAGGCATCATTGATGTCTAGTCTCAATGATACATTGACCAGGAACATTT
* * *
3397858 TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAAGATCTCATAACTGCAACCCATTATAATTTTCTTGCAAGGC
261 TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAGGATCTCATAACTGCAACCCATTATAGTTTCCTTGCAAGGC
* * * *
3397923 ATATTAATTTCATGGACTTCATCCAATTCGATTTTAAAACTTATTATAATTGATGCCTTATTGAT
326 ATATTAATCTCATGGACTTCATCCAATTAGATTTTATAACTTGTTATAATTGATGCCTTATTGAT
* * * *****
3397988 GAAGGAAAAGCTTTAATCATTCAACATGAACAATGTTATTGCATGATTGGAATCAAGCCTNNNNN
391 GAAGGAAAACCTTTAATCATTCAACATGAATAATGTTGTTGCATGATTGGAATCAAGCCTTAACC
*****
3398053 NNNNNCAATTGGCTGCAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAGT
456 AATTACAATTGGCTGCAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAGT
3398099 AAG
1 AAG
3398102 ACTATATCGA
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 83, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
501 922 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (501 bp):
AAGTCTAGGGAGTATTTACACAGCTGACACATGAGAAGTATTGCATAGACACTTGAGTGAAATAC
CAAATGCACTTCTCACGGCGAGGCATGTTCAGTGAACTTGCTCTCCTAGGCAAGCACCTACATTC
TATTTCCAAGTATCTCTATACTTAAACCTATGAGATCGGTTGCTTGCTTCTCAAGTAAGGAACAT
AGAATGTACCAGTCTCTAGGCATCATTGATGTCTAGTCTCAATGATACATTGACCAGGAACATTT
TTGAGATTACGCTTTGATGCATAAGGATCTCATAACTGCAACCCATTATAGTTTCCTTGCAAGGC
ATATTAATCTCATGGACTTCATCCAATTAGATTTTATAACTTGTTATAATTGATGCCTTATTGAT
GAAGGAAAACCTTTAATCATTCAACATGAATAATGTTGTTGCATGATTGGAATCAAGCCTTAACC
AATTACAATTGGCTGCAAGGCTCATCCCAACAGTATAGAAGTCAGT
Found at i:3401025 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3400991--3401048 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
3400981 CAGTCTGTGA
* *
3400991 TTATAGGTGGCATGGCCAC-AGGTTG
1 TTATATGTGGCAAGGCCACGA-GTTG
3401016 TTATATGTGGCAAGGCCACGAGTTG
1 TTATATGTGGCAAGGCCACGAGTTG
*
3401041 ATATATGT
1 TTATATGT
3401049 AGTTGTGACC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 28 0.97
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.31, T:0.31
Consensus pattern (25 bp):
TTATATGTGGCAAGGCCACGAGTTG
Found at i:3412806 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3412762--3412810 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
3412752 ATTCCTAATC
*
3412762 TTATTAGAATTAGAATCAAATT
1 TTATTAGAATTAGAAACAAATT
*
3412784 TTATTATGAATTA-AAACATATT
1 TTATTA-GAATTAGAAACAAATT
3412806 TTATT
1 TTATT
3412811 TGTTGTCCTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 18 0.75
23 6 0.25
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
TTATTAGAATTAGAAACAAATT
Found at i:3413800 original size:251 final size:249
Alignment explanation
Indices: 3413349--3414319 Score: 1055
Period size: 251 Copynumber: 3.9 Consensus size: 249
3413339 AAGCAATAAA
* * * * * * **
3413349 AATTGACATAAAAACTCATAAAGATAGAATAAACAAATTTAAAAT-TCTAATGCAAATATGTGCT
1 AATTGA-ATAAAAACTTATAAAGGTGGAATAAACAAATTTTAAATCT-TAACGTAAATATGTGAG
* * * *
3413413 ACTTAACATAACAAGTCAATTAAGAAAAAAAATCAAATTTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTT
64 AGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCAAATTTTAGTGAAAAA-AAACATTTAAATTT
** * * * * * *
3413478 ATATTCTCAAACTAAAAGTATTTACCGATATAAAAACTTTAATTTTTAAATAATGAATAACAAGG
128 ATATTCTTGAACTAAAAGTATTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGG
* *
3413543 ATAAAAATAATTGTAGTTCAAAATTGATATAGAAAAGCCTTGATGTAAAACTGTAAG
193 ATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGATGTAAAACTGTAAG
* * * * *
3413600 AATTGATGTAAAAACTTATAAAGGTGGAATAACCAAATTTTACATCTTAATGTAAATGTGTGAGA
1 AATTGA-ATAAAAACTTATAAAGGTGGAATAAACAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGA
* * *
3413665 GTTAACATAATAAGTTAATTAAGTAAAAAAATCAGATTTTAGT-AAAAATCAAACATTTAAATTT
65 GTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCAAATTTTAGTGAAAAA--AAACATTTAAATTT
* * *
3413729 ATATTCTTGAACTAAAAGTGTTTAATAATATACTAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGG
128 ATATTCTTGAACTAAAAGTATTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGG
* * *
3413794 ATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACGTGGAAAAGCTTTGATGTAAAA-TAGTAAG
193 ATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGATGTAAAACT-GTAAG
* * * * *
3413851 AATTGACATACAAACTTATACAA-GTGGAATAAATAAATTTTAAATCTTAGCGTAAATGTCTGAG
1 AATTGA-ATAAAAACTTATA-AAGGTGGAATAAACAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAG
** * * ** * *
3413915 AGTTAACATTCCAAGTCAATTAAATAAAAAAAACTCTAATTTTTTTG--GAAAAA-ATTTGAATT
64 AGTTAACATAACAAGTCAATTAAGT-AAAAAAA-TCAAATTTTAGTGAAAAAAAACATTTAAATT
*** * * ** *
3413977 TATATTCTTGGGTTAAAAGTGTTTAACAATGTACGCATTTTAA-TTTTAAATAAAGCATAATAAG
127 TATATTCTTGAACTAAAAGTATTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAG
* * * * * *
3414041 GATAAAAATAATTATAGTTGAAAATTGACATAAAAAAACCTTAACGTCAAACTGTAAG
192 GATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGATGTAAAACTGTAAG
** *
3414099 AATTGGAATAAAAACTTATAAAGGTGGAAT-AACTAAATTTTAAATCTCCACATAAATATGTGAG
1 AATT-GAATAAAAACTTATAAAGGTGGAATAAAC-AAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAG
* * * *
3414163 AATTAACGTAACAAGTCAATCAAGTAAAAAAAT-ATAATTTTAGTGACAAACAAACATTTAAATT
64 AGTTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCA-AATTTTAGTGA-AAAAAAACATTTAAATT
* *
3414227 TATATTCTT-AGACTAAAAGTATTTAACAGTATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAATAA
127 TATATTCTTGA-ACTAAAAGTATTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAA
* *
3414291 GGATAAAAGTAAATATAGTTCAAAATTGA
191 GGATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGA
3414320 TGTAAGTCTA
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 106, Indels: 36
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
246 9 0.02
247 11 0.02
248 133 0.22
249 51 0.09
250 51 0.09
251 321 0.54
252 12 0.02
253 8 0.01
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (249 bp):
AATTGAATAAAAACTTATAAAGGTGGAATAAACAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTGAGAG
TTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAATCAAATTTTAGTGAAAAAAAACATTTAAATTTATA
TTCTTGAACTAAAAGTATTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGGATA
AAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATAGAAAAGCCTTGATGTAAAACTGTAAG
Found at i:3415080 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3415073--3415104 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
3415063 TAAAAGATTT
3415073 CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA
1 CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA CA
3415105 TACAGAGGAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.50, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
CA
Found at i:3440436 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3440415--3440457 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
3440405 CAACTTTGAA
*
3440415 TAAAATATTAATATTT
1 TAAAATATTAATATAT
3440431 TAAAATATT-AT-TAT
1 TAAAATATTAATATAT
*
3440445 TAAATTATTAATA
1 TAAAATATTAATA
3440458 AAATATTAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.43
15 4 0.17
16 9 0.39
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
TAAAATATTAATATAT
Found at i:3440513 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3440462--3440518 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
3440452 TTAATAAAAT
** *
3440462 ATTAATACATAAATTATCAATT
1 ATTAATATTTAAATTATCAATG
3440484 ATTAATATTTAAATTATCAATG
1 ATTAATATTTAAATTATCAATG
3440506 ATTAATATTTAAA
1 ATTAATATTTAAA
3440519 AATAAAAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 32 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
ATTAATATTTAAATTATCAATG
Found at i:3440613 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3440580--3440628 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
3440570 TAGTATTTTA
* *
3440580 AAATATTAATGTTTAAATTATAAAC
1 AAATATTAATATTTAAATGATAAAC
3440605 AAATATTAATATTTAAATGATAAA
1 AAATATTAATATTTAAATGATAAA
3440629 ATATTTTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.04, T:0.39
Consensus pattern (25 bp):
AAATATTAATATTTAAATGATAAAC
Found at i:3440728 original size:151 final size:146
Alignment explanation
Indices: 3440413--3440789 Score: 481
Period size: 151 Copynumber: 2.5 Consensus size: 146
3440403 TTCAACTTTG
**
3440413 AATAAAATATTAATATTTTAAAATATT-AT-TATTAAATTATTAATAAAATATTAATACATAAAT
1 AATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATGT-TTAAATTA-TAA-AAAATATTAATATTTAAAT
* * * ** *
3440476 TATCAATTATTAATATTTAAATTATCAATGATTAATATTTAAAAATAAAAAAATAAAACATTAAT
63 GATAAAATATTAATAAATAAATTATCAATGATTAATATTTAAAAATAAAAAAATAAAAAATTAAT
*
3440541 CAAAATTATATTTAAATTA
128 CAAAATAATATTTAAATTA
* *
3440560 AAGAAAATATTAGTATTTTAAAATATTAATGTTTAAATTATAAACAAATATTAATATTTAAATGA
1 AATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATGTTTAAATTATAAA-AAATATTAATATTTAAATGA
*
3440625 TAAAATATT-TTAAATAAATTATCAATGATTAATATTTAAAAATAAAATAAAATAGAAAATAATT
65 TAAAATATTAATAAATAAATTATCAATGATTAATATTTAAAAAT-AAA-AAAAT--AAAA-AATT
3440689 AATCAAAATAATATTTAAATTA
125 AATCAAAATAATATTTAAATTA
* * *
3440711 AATAAATTATTATTATTTTAAAATATTAATGATTAAATTATAAATAACATATTAATATTTAAATG
1 AATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATGTTTAAATTATAAA-AA-ATATTAATATTTAAATG
* *
3440776 ATCAATTATTAATA
64 ATAAAATATTAATA
3440790 TTTAAAAATA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 20, Indels: 14
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
146 32 0.16
147 55 0.28
148 15 0.08
149 1 0.00
150 4 0.02
151 66 0.33
152 25 0.12
153 2 0.01
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
AATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATGTTTAAATTATAAAAAATATTAATATTTAAATGAT
AAAATATTAATAAATAAATTATCAATGATTAATATTTAAAAATAAAAAAATAAAAAATTAATCAA
AATAATATTTAAATTA
Found at i:3440798 original size:131 final size:126
Alignment explanation
Indices: 3440639--3440923 Score: 362
Period size: 123 Copynumber: 2.2 Consensus size: 126
3440629 ATATTTTAAA
* *
3440639 TAAATTATCAATGATTAATATTTAAAAATAAAATAAAATAGAAAATAATTAATCAAAATAATATT
1 TAAATTATCAATTATTAATATTT--AAATAAAATAAAAT--AAAA-AATTAAGCAAAATAATATT
* * * *
3440704 TAAATTAAATAAATTATTATTATTTTAAAATATTAATGATTAAATTATAAATAACA-TATTAATA
61 TAAATTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATGAAATTATAAATAA-AGTATTAATA
3440768 TT
125 TT
* * * *
3440770 TAAATGATCAATTATTAATATTT--A-AAAATAAAATAAAAAATTGAGCATAATAATATTTTAAT
1 TAAATTATCAATTATTAATATTTAAATAAAATAAAATAAAAAATTAAGCAAAATAATATTTAAAT
*
3440832 TAAATAAAATATTAATATTTTAAAATGTTAATAATGAAATTATAAATAAAGTATTAATATT
66 TAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATGAAATTATAAATAAAGTATTAATATT
* *
3440893 TAAATTATTAATTATTCATATTTTAAATAAA
1 TAAATTATCAATTATTAATA-TTTAAATAAA
3440924 TGATCAATTA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 14, Indels: 14
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
122 1 0.01
123 91 0.67
124 7 0.05
126 11 0.08
127 4 0.03
131 21 0.16
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (126 bp):
TAAATTATCAATTATTAATATTTAAATAAAATAAAATAAAAAATTAAGCAAAATAATATTTAAAT
TAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATGAAATTATAAATAAAGTATTAATATT
Found at i:3440920 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 3440708--3441062 Score: 117
Period size: 42 Copynumber: 8.5 Consensus size: 42
3440698 AATATTTAAA
* * * *
3440708 TTAAATAAATTATTATTATTTTAAAATATTAATGATTAAATT
1 TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATCAAATT
* * * * *
3440750 ATAAATAACATATTAATA-TTT-AAATGATCAATTATTAATATT
1 TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAAT-ATTAATAATCAA-ATT
* * * * ** * * **
3440792 TAAAAATAAAATA--AAAAATTGAGCATAATAATATTTTAA--
1 T-TAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATCAAATT
* *
3440831 TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATGTTAATAATGAAATT
1 TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATCAAATT
* * * * *
3440873 ATAAATAAAGTATTAATA-TTTAAATTATTAATTATTCATATT
1 TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAA-TAATCAAATT
* * * * **
3440915 TTAAAT-AAATGATCAAT-TATTAATAT-TTAAAAAAGAAA--
1 TTAAATAAAAT-ATTAATATTTTAAAATATTAATAATCAAATT
* * *** *
3440953 ATAAATAAAATA-AAATAAAATAAAATA-TAATGATAGCAATATTT
1 TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAAT-A-ATCAA-A-TT
* *
3440997 AAATTAAATAAAACATTAATATTTTAAAATATTAATAATTAAATT
1 ---TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATCAAATT
* * *
3441042 ATAAATAAATTATGAATATTT
1 TTAAATAAAATATTAATATTT
3441063 AAATTATAAA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 67, Indels: 52
0.65 0.20 0.15
Matches are distributed among these distances:
37 3 0.01
38 25 0.11
39 6 0.03
40 26 0.12
41 36 0.16
42 81 0.37
43 11 0.05
45 2 0.01
46 1 0.00
47 13 0.06
48 12 0.05
49 4 0.02
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.03, T:0.40
Consensus pattern (42 bp):
TTAAATAAAATATTAATATTTTAAAATATTAATAATCAAATT
Found at i:3440963 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 3440945--3440979 Score: 54
Period size: 5 Copynumber: 7.2 Consensus size: 5
3440935 TAATATTTAA
*
3440945 AAAAG AAAAT -AAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT A
1 AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT A
3440980 TAATGATAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.14
5 24 0.86
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.03, T:0.17
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:3441040 original size:292 final size:274
Alignment explanation
Indices: 3440456--3441084 Score: 739
Period size: 292 Copynumber: 2.2 Consensus size: 274
3440446 AAATTATTAA
* *
3440456 TAAAATATTAATACA-TAAATTATCAAT---TATTAATATTTAAATTATCAATGATTAATATTTA
1 TAAAATATTAATA-ATTAAATTATAAATAAATATTAATATTTAAATTATCAATTATTAATATTTA
* * * *
3440517 AAAATAAAAAAATAAAACATTAATCAAAATTATATTTAAATTAAAGAAAATATTAGTATTTTAAA
65 AAAAT--AAAAATAAAAAATTAAGCAAAATAATATTTAAATTAAAGAAAATATTAATATTTTAAA
** * *
3440582 ATATTAATGTTTAAATTATAAACAAATATTAATATTTAAATGATAAAATATTTTAAATAAATTAT
128 ATATTAATAATGAAATTATAAACAAATATTAATATTTAAATGATAAAATATTTTAAATAAATGAT
* * *
3440647 CAATGATTAATATTTAAAAATAAAATAAAATAGAAAATAATTAATCAAAATAATATTTAAATTAA
193 CAATGATTAATATTTAAAAAGAAAATAAAAAAGAAAATAATAAATCAAAATAATATTTAAATTAA
** *
3440712 ATAAATTATTATTATTT
258 ATAAAACATTAATATTT
* *
3440729 TAAAATATTAATGATTAAATTATAAATAACATATTAATATTTAAATGATCAATTATTAATATTTA
1 TAAAATATTAATAATTAAATTATAAATAA-ATATTAATATTTAAATTATCAATTATTAATATTTA
* * * *
3440794 AAAAT-AAAATAAAAAATTGAGCATAATAATATTTTAATTAAATAAAATATTAATATTTTAAAAT
65 AAAATAAAAATAAAAAATTAAGCAAAATAATATTTAAATTAAAGAAAATATTAATATTTTAAAAT
* * *
3440858 GTTAATAATGAAATTATAAATAAAGTATTAATATTTAAATTATTAATTATTCATATTTTAAATAA
130 ATTAATAATGAAATTATAAACAAA-TATTAATATTTAAATGA-TAA--A---ATATTTTAAATAA
* *
3440923 ATGATCAATTATTAATATTTAAAAAAGAAAATAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT-ATAATGAT
188 ATGATCAATGATTAATATTT-AAAAAGAAAAT-AA-AAAAGAAAAT--AAT-AAATCA-AA--AT
3440987 AGCAATATTTAAATTAAATAAAACATTAATATTT
244 ---AATATTTAAATTAAATAAAACATTAATATTT
* *
3441021 TAAAATATTAATAATTAAATTATAAATAAATTATGAATATTTAAATTATAAATTATTAATATTT
1 TAAAATATTAATAATTAAATTATAAATAAA-TATTAATATTTAAATTATCAATTATTAATATTT
3441085 CAATTAAATT
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 31, Indels: 31
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
272 1 0.00
273 23 0.08
274 70 0.23
275 16 0.05
276 3 0.01
277 37 0.12
278 1 0.00
281 31 0.10
282 10 0.03
283 2 0.01
284 8 0.03
286 4 0.01
287 5 0.02
289 2 0.01
291 1 0.00
292 86 0.29
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (274 bp):
TAAAATATTAATAATTAAATTATAAATAAATATTAATATTTAAATTATCAATTATTAATATTTAA
AAATAAAAATAAAAAATTAAGCAAAATAATATTTAAATTAAAGAAAATATTAATATTTTAAAATA
TTAATAATGAAATTATAAACAAATATTAATATTTAAATGATAAAATATTTTAAATAAATGATCAA
TGATTAATATTTAAAAAGAAAATAAAAAAGAAAATAATAAATCAAAATAATATTTAAATTAAATA
AAACATTAATATTT
Found at i:3441050 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3441020--3441099 Score: 85
Period size: 26 Copynumber: 3.0 Consensus size: 27
3441010 CATTAATATT
3441020 TTAAAATATTAATAATTAAATTATAAA
1 TTAAAATATTAATAATTAAATTATAAA
* * *
3441047 -TAAATTATGAATATTTAAATTATAAA
1 TTAAAATATTAATAATTAAATTATAAA
*
3441073 TTATTAATATT--TCAATTAAATTATAAA
1 TTA-AAATATTAAT-AATTAAATTATAAA
3441100 ATATTAATAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 6
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 24 0.56
27 15 0.35
28 4 0.09
ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.01, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
TTAAAATATTAATAATTAAATTATAAA
Found at i:3441072 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3441046--3441090 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
3441036 TAAATTATAA
3441046 ATAAATTATGAATATTTAAATT
1 ATAAATTATGAATATTTAAATT
* *
3441068 ATAAATTATTAATATTTCAATT
1 ATAAATTATGAATATTTAAATT
3441090 A
1 A
3441091 AATTATAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (22 bp):
ATAAATTATGAATATTTAAATT
Found at i:3445956 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 3445902--3445982 Score: 162
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
3445892 AAGACTTTAT
3445902 CTTTCTTTTGTCCCTAAACAAACTCCCACCGCATAATCA
1 CTTTCTTTTGTCCCTAAACAAACTCCCACCGCATAATCA
3445941 CTTTCTTTTGTCCCTAAACAAACTCCCACCGCATAATCA
1 CTTTCTTTTGTCCCTAAACAAACTCCCACCGCATAATCA
3445980 CTT
1 CTT
3445983 AGAACACATA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 42 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.36, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (39 bp):
CTTTCTTTTGTCCCTAAACAAACTCCCACCGCATAATCA
Found at i:3447314 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3447262--3447452 Score: 201
Period size: 29 Copynumber: 6.7 Consensus size: 29
3447252 TTTAGCCTTT
* * *
3447262 AATTAAGATAAAACATGCTATCTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
*
3447291 AATTGAGA-AAAACATGTTTTTCTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACATG-TTTTCTTGTCTA
* * * * *
3447320 GATTAAGATAAAATATATGTTTCTTGACTA
1 AATTAAGACAAAACATGT-TTTCTTGTCTA
* *
3447350 AATTAAGAC--AATATGTTTTCTTGTCTC
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
*
3447377 AATTAGGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
* * *
3447406 AGTTAAGAC-AAACATGTTTTCTTATTTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
3447434 AATTAAGACAAAACATGTT
1 AATTAAGACAAAACATGTT
3447453 AAAGCTACCA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 12
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 17 0.13
28 39 0.29
29 56 0.41
30 23 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (29 bp):
AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
Found at i:3447423 original size:57 final size:56
Alignment explanation
Indices: 3447261--3447452 Score: 206
Period size: 57 Copynumber: 3.4 Consensus size: 56
3447251 CTTTAGCCTT
* * * * *
3447261 TAATTAAGATAAAACATGCTATCTTGTCTAAATTGAGAAAAACATGTTTTTCTTGTC
1 TAATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATG-TTTTCTTGTC
* * * * *
3447318 TAGATTAAGATAAAATATATGTTTCTTGACTAAATTAAGAC-AATATGTTTTCTTGTC
1 TA-ATTAAGACAAAACATGT-TTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATGTTTTCTTGTC
* * * *
3447375 TCAATTAGGACAAAACATGTTTTCTTGTCTAAGTTAAGACAAACATGTTTTCTTATT
1 T-AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATGTTTTCTTGTC
3447432 TAAATTAAGACAAAACATGTT
1 T-AATTAAGACAAAACATGTT
3447453 AAAGCTACCA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 19, Indels: 8
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
56 18 0.16
57 58 0.52
58 20 0.18
59 16 0.14
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (56 bp):
TAATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTAAATTAAGACAAACATGTTTTCTTGTC
Found at i:3449700 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3449679--3449737 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
3449669 TCTTTTTTTT
3449679 TTTTAATAAAAAAGTA
1 TTTTAATAAAAAAGTA
*
3449695 TTTTAATAGAAGAAAATA
1 TTTTAATA-AA-AAAGTA
* *
3449713 TTTTTTATAAAAATAGAA
1 -TTTTAATAAAAA-AGTA
3449731 TTTTAAT
1 TTTTAAT
3449738 GGAAGAAAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 7
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.24
17 10 0.29
18 9 0.26
19 7 0.21
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (16 bp):
TTTTAATAAAAAAGTA
Found at i:3449710 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3449688--3449746 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
3449678 TTTTTAATAA
3449688 AAAAGTATTTTAATAGAAG
1 AAAAGTATTTTAATAGAAG
*
3449707 AAAA-TATTTTTTATA-AA-
1 AAAAGTA-TTTTAATAGAAG
* * *
3449724 AATAGAATTTTAATGGAAG
1 AAAAGTATTTTAATAGAAG
3449743 AAAA
1 AAAA
3449747 ACTCCTTTTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 8
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.30
18 7 0.23
19 14 0.47
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
AAAAGTATTTTAATAGAAG
Found at i:3449734 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3449677--3449746 Score: 106
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
3449667 TTTCTTTTTT
*
3449677 TTTTTTAATAAAAAAGTATTTTAATAGAAGAAAATA
1 TTTTTTAATAAAAAAGAATTTTAATAGAAGAAAATA
*
3449713 TTTTTT-ATAAAAATAGAATTTTAATGGAAGAAAA
1 TTTTTTAATAAAAA-AGAATTTTAATAGAAGAAAA
3449747 ACTCCTTTTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 7 0.23
36 24 0.77
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
TTTTTTAATAAAAAAGAATTTTAATAGAAGAAAATA
Found at i:3451140 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3451104--3451161 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
3451094 ACAAGTATAC
3451104 TTGTCTAGATTAAGACAAAACATATTTTTT
1 TTGTCTAGATTAAGACAAAACATATTTTTT
* *
3451134 TTGTCTATATTAAGACAAAACATGTTTT
1 TTGTCTAGATTAAGACAAAACATATTTT
3451162 GTTCACTAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 26 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (30 bp):
TTGTCTAGATTAAGACAAAACATATTTTTT
Found at i:3451195 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 3451114--3451273 Score: 180
Period size: 57 Copynumber: 2.8 Consensus size: 57
3451104 TTGTCTAGAT
* * *
3451114 TAAGACAAAACATATTTTTTTTGTCTATATTAAGACAAAACATGTTTTGTTCA-CTAAAG
1 TAAGACAAAACATA-TTTTCTTGTCTAAATTAAGA-AAAACATGTTTTCTT-ATCTAAAG
* *** *
3451173 TAAGAC-AAATATATTTTCTTGTCTAAATTAAGATGCACATGTTTTCTTATCTAAAT
1 TAAGACAAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAAGAAAAACATGTTTTCTTATCTAAAG
* *
3451229 TAAGGCAAAACATGTTTTCTTGTCTAAATTAAGATAAAACATGTT
1 TAAGACAAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAAGA-AAAACATGTT
3451274 AAAGCTGCCT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 14, Indels: 7
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
55 1 0.01
56 21 0.25
57 43 0.51
58 13 0.15
59 6 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (57 bp):
TAAGACAAAACATATTTTCTTGTCTAAATTAAGAAAAACATGTTTTCTTATCTAAAG
Found at i:3451199 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3451055--3451273 Score: 194
Period size: 29 Copynumber: 7.7 Consensus size: 29
3451045 CTTTTGCTTT
* * * *
3451055 AATTAAGACAAAACGTGTTGTCTTCTATA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
* * *
3451084 AATTAAGAC--AACAAGTATACTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
* * *
3451111 GATTAAGACAAAACATATTTTTTTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACAT-GTTTTCTTGTCTA
* * **
3451141 TATTAAGACAAAACATGTTTTGTTCACTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
* * *
3451170 AAGTAAGAC-AAATATATTTTCTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
*** *
3451198 AATTAAGA-TGCACATGTTTTCTTATCTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
*
3451226 AATTAAGGCAAAACATGTTTTCTTGTCTA
1 AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
*
3451255 AATTAAGATAAAACATGTT
1 AATTAAGACAAAACATGTT
3451274 AAAGCTGCCT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 38, Indels: 10
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
27 19 0.13
28 42 0.29
29 62 0.42
30 24 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
AATTAAGACAAAACATGTTTTCTTGTCTA
Found at i:3465956 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3465651--3474982 Score: 5810
Period size: 171 Copynumber: 54.8 Consensus size: 170
3465641 NNAGTTAAAT
** * * * * *
3465651 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTGGAAAACATGAGGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAAA
* * * * * *
3465716 GCCATCC-ACTGGTAAGAAAAGTACATTTATCGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC
66 GCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* **
3465780 TTTAAATAGTTTTACCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
3465821 TTCTTTTGTATTTGTGCTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGCAAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* * * *
3465886 AGCCACCTATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAGAGCCTTATTAGTCGC
65 AGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
3465951 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * * *
3465992 TTTTTTCTCCTTTTTGGTTAAAATATATTGTAATAGAATGTCTATTTC-AGGAAACGTGAATCAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * ** * * * *
3466056 AAG-CACCCATTAGTAAGAAAAGTATATTTAGAGTTACTTAAGCCTTC-AATAGCCTTATTATTC
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTC
*
3466119 GCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * * *
3466162 TTTTTTTATATTGTTGGTTAAAACATATTGTATTTGAATGTTTGCCTAGGAAAACGTGTAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* * * * * * * * * *
3466227 AGTCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGCCGCACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
65 AGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3466291 CTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAG
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * *
3466333 TGTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATTATTGAATGTCTGCTTC-ATGAAACGTGAAGCAA
1 T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * * * *
3466397 AAGCCATCC-ACTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACC-TATTACTC
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3466460 GCTTTAAATGGTTTTATAACCTCACAGTTGATTTTAAGTTAAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * * * * ** **
3466503 TTTTTTTACACTTTGGGTTAAAACAGGTAATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAA--AAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
** * * * * * * * * ** * *
3466566 AGCCATATATTAGTAAAAAAATTTCATTTCTAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCAATATTAGTTGC
65 AGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
3466631 TTTGAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** *
3466672 TATTTTTACT-TTTTTGGTAAAAATATATCATAATTAAATGTCTGCATCGGGAAACATGAAGCCA
1 T-TTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAA
* * * *
3466736 AAG----C------C------A-TCCATTGATAGTCTCTCAAGCC-TCTAAAAGCTTTATTACTT
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTAC-T
* *
3466783 AG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAGG
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-A
* * * * * * ** * *
3466828 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATATTTGAAAGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAAA
* * ** * ** *
3466893 GCTA-TTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAC-CTATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
66 GCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3466956 CTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGAGTTTAAGTTAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * *
3466998 TTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTTTAATTGAATGTTTGCTTC-AGGAAACGTAAAACAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * ** * *
3467062 AAGCCATCTACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCAAGCC-TCTTAAAGCCTTATTACTT
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTC
* * *
3467126 GCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * *
3467169 TTATTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATAATATTTGAAAGTTTACCTC-AAGAAGCATGAA-CAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGC-A
* * * * *
3467232 AAAGCTA-TTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAATCAC-CTACA-CCTTCCAAAGCCTTATTA
63 AAAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* *
3467293 CT-GACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA
125 CTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * * *
3467339 TTGTTCTATATTTTGGGTTAAAACATATAATATTTGAATGTTTGCTTC-AGTAAATATGAAGAAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * * ** * * *
3467403 AACCCATAC-ATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGTATTCAAAAGCTTTATTTCTT
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-T
* *
3467467 C-CTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** *
3467510 TTTTTTTACATTTTAGGTAAAAATATATTATAATTAAATGTTTA-CTTTAGAAAACATGAAGCCA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * ** *
3467574 AAGCCATCC-ATTAGAAAGGAAAA-TCCATTAATAGTTTCTCAAGCC-TCTAAAAGCCTTATTAC
64 AAGCCA-CCTATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTAC
* * * *
3467636 TGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAATTTAAGTT-AGG
126 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * * * *
3467681 TTTTTTA-ACTTTTTTGGTTAAAGTAGATAAT-ATTG-ATGAGTCTACTTTGAGAAACACT-AAG
1 TTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT--GTCTACCTCGAAAAACA-TGAAG
* ** * * ** * * * *************
3467742 AAAAAATCA-TTCAATGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATA-TCTTNNNNNNNNNNNNN
61 CAAAAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATT
********* *
3467805 NNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
124 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * ** ** * *
3467852 TGTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTA-TTTTAAGAAATGTGACGTAA
1 T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
* * * * * **
3467916 AAGCCATCC-ACTT-GCAAAAAAAGTCTATTTATAGTTAGTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACT
64 AAGCCA-CCTA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * *
3467979 CTTTTTAAATAGTTTTATCATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * *
3468023 TTATTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTATTTTGAGAAACAT-AGAGCAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGA-AGCAA
* * * * * * * * * *
3468087 AAGTCACCCATTAGTAAAAAAAATTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCT
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* ** * *
3468152 TTTTAAATAATTTTATTATCTCATAATTGACTTTAAGCTT-AA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* **
3468194 TTCTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTC-AAGAAACAT-AGAGCA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGA-AGCA
* * * * *
3468257 AAAGCCACCTATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTC
63 AAAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
**************** *
3468322 GCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAG
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * * * * *
3468365 TTTTTTTTAATTCTTGGTTAAAACAAATAATGTTTGAATATCTGCCT-TAAGGAACATGAAGAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
* * * * * * * * *
3468429 AAACCA-TTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAATCACCCATGCCTTC-AACAGTCTTATTACT
64 AAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACT
* ** *
3468492 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAATTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
3468536 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGGATATTTTCCTTGAGAACCATGAAG-AAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
** * * * * * *
3468600 ATTTCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
65 A-GCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
3468664 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * * *
3468707 TTTTGTT-TCATTTTTGGATAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTTAGAAACATAAAGAGA
1 TTTT-TTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACAT-GA-AGC
* ** * * * * * * *
3468771 AAAAGCCATCTGCTGGGAAGAAATA-TCTATTTATAATTACAT-AAGCCTTTGAAACCCTTATTG
62 AAAAGCCACCTATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * *
3468834 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTGAGTTGAA
125 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
3468880 TTCTTTTATATTTTTGGCTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCT-TAAGAAACATAAAGAAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
** * * * * * *
3468944 AAGCCATATATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTGTTACTCA
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
3469009 CTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * ** * *
3469051 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAAT-TTTGAATGTTTGCCTTGGAAAATGTAAAGAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
** * * * * * ** * ** * *
3469115 AGCCATTTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTACATTTGCTCATA-TCTTTAAAAGCCTTATTGCTTG
65 AGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* **
3469179 CTTTAAATAGCATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * **
3469221 TTCTTTTACATTTTTGGTAAAAATATATT-TCAATTGAATGTTTGCTTC-AGGAAATGTGAAGCA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTAT-AATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCA
** * * * * *
3469284 AAAGTTAGCC-ATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCAAGTC-TCTAAAAGCCTCATTAC
63 AAAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
3469347 TCGCTTCAAATGGATTTAGAATCTCATAATAGATTGTAAGTTGGA
126 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
3469392 TTTTTTACATTCTTAGTTAAAATAGA-TAT--TTGAAAGTCTACGT-TAAGAAACATGAAG-AAA
1 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAAA
* * * * * * * * * * *
3469452 ATGTCA-TTAATTGGAAAGAAAAGTCCATATATAATCACCCATGTCTTTGATAGTCTTATTACTC
65 A-GCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
3469516 ACTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
3469559 TTTTTT-TAATTTTTGATTAAAATAAATAATATTTAAATGTCGACCTCCAGAAACATGAAG-AGA
1 TTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCA-A
* * * * * * *
3469622 AAGCCA-TTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGACAGCCTTATTACTT
64 AAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * **
3469686 GTTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * ** * ** *
3469728 TTTTTT-TCATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-TCTTTAGGAAATGTGAAGAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * * * * * * * *
3469791 AAGCCATCCT-CTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTATTTAAGCCTTTGAAACCCTTAGTACTT
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3469855 GCTTTAAATGGTTTTATAACCCCATAACTAATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * * * * *
3469898 TTCTTTCATATTTTTGACTAAAATATATTATAACTAAATTTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
** * * * * ** *
3469963 AGCCATATATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTTAAAAGCCTTATTCCAT-G
65 AGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCG
* * * *
3470027 CTTTAAATGGTTTTACAGTTTCATAATTGATTTTAACTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
3470069 TTATTTTACATTTTTAG--AAAATTATATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGCAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAA
* * * * * * **
3470132 AAGCTA-TTCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGTCTTTAAAAGCCTTATTAC-C
64 AAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * *
3470195 AGCTTTAAATAGTTTTAGGATCTCATAATTAATTTTAAGTTGGA
128 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
3470239 TTTTTCTACATTTTTGGTTGAAACAGATAATATTTGGAA-GTCTACCT-AAAGAAACATGAAGAA
1 TTTTT-TATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCA
* * * *
3470302 AAAGCCA-TTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
63 AAAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
3470366 TGCTTTTAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
3470410 TTTTTTGATATTTTT-GTAAAAATATATTTTAATTGAATATCTACTTTGGGAAACATGAAGCAAA
1 TTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* * ** * * * *
3470474 AGCCATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCAGGCC-TCTAAAAGCCTTATTGCTCA
65 AGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCG
*
3470538 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
3470580 TTCTTTTATATTTTTTGTT-AAATATATTATAACTGAATGT-TGACCTC-AAGAAACATGAAGCA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAA-AAACATGAAGCA
* * * * *
3470642 AAAGCCACCCATTGGTATGAACAA-TCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTC-AAGAGCGTTATTGC
63 AAAGCCACCTATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTAC
** *
3470704 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTTAA
126 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** * * *
3470749 TTTTTT-TATATTTTGAGTTAAAATATATTATAATAGATTGTTTGTCTCCAGAAACGTG-AGCAA
1 TTTTTTATAT-TTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAA
* * ***
3470812 ATGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAGTAATCGAAAGCCTTATTACTCG
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
3470877 CTTTAAATGGTTTTATCATGTCATGATTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * *
3470919 TTCTTTTACATTTTTGGATAAAATATATTAT-ACTGAATGTTTGTCTCGAGAAATATGAAGCAAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* * * * * * * * * *
3470983 AGCCA-TTCATTAG-ATAGAAAAGTCCATTTTTATTCACTTATGCCTTTGAAAGCCATATTATTT
65 AGCCACCT-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3471046 GCTTTAAATGGTATTATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTAAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * * *
3471089 TTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GTTCCATTAAACATAAAGCAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* *** * * * *
3471153 AAGCCATCTATTAAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCA
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
3471218 CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * *
3471260 TTGTTTTTATATTTTTGGTT-ACATATATTACAATGGAATGTTTGCTTTGGAAAACGTGAAGTAA
1 -T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAA
* * * * *
3471324 AAGTCATCC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTTCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTATT
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
3471387 GGCTTTGAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** **
3471431 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCGACCT-TAGACATGTGAAAAAAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* * * * * * ** *
3471495 AGCCA-TTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTG
65 AGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
3471559 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * *
3471601 TTTTTT-TACTTTCTTGATTGAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAAACATGAAGTA
1 TTTTTTATA-TTT-TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCA
* * * *
3471664 AAAGCCATTCACTA--GG-AAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTA
63 AAAGCCA--C-CTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * *
3471726 CTCGCTTTAAATGGTTTTACCATCTCACAATTGATTTTAAGTTCAA
125 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *** ** * * * *
3471772 TTCTTTTATAGTTTAGGTTAAAACGGAAAACATTTGAATGTCTGCCTTCG-AAAACATGAA-AAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAAAAACATGAAGCAA
* * * * * * *
3471835 CAAGTCATACT-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGTCTTATTACT
64 -AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
3471899 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** * * * *
3471943 TTTTTTTACATTTTTGATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGGAAACGTAAAACAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * * *
3472007 AAGTCATCC-ATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCC-TCTGAAAGTCTTATTTCT
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACT
* *
3472070 CGCTTTAAATGG-TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGT
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * * * * **
3472113 TTTTTTATAGTTTTT-GTTGAAACAGATAATATTTGAAAGTCGGCCTC-AAGAAACAT-AAG-AA
1 TTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
* * ** * * * * * **
3472174 AATCTATTTATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTA
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
3472239 CTTTAAATAGTTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * *
3472281 TTGTTTTATATTTTTAGTAAAAATATATTTTGATTGAATGT-TGA-ATTTAAGAAACATGTAGTA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAA-AAACATGAAGCA
* * * *
3472344 AAAGCCATCC-ATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCAAGCC-TCTAAAAGCCTTATTAC
63 AAAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTAC
* * *
3472407 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGGAT
126 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAA
* * * * * *
3472453 TTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATAGTAT--TTGGAA-GTTTGCCT-TAGAAAACATGAAGC
1 TTTTTTATATTTTTGGTT-AAA-ATATATTATAATT-GAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGC
* * * * * * *
3472514 AAAAGCTA-GTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAATCAC-CATGCCTTC-ATAAGCCTTATTA
62 AAAAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTA
* * *
3472576 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAA
125 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *** * * *
3472622 TTGTTTGTATTTTT-GCTACAAGTATATTTTAATTGAATGT-TTGTTCTGAGAAACATAAAGCCA
1 TTTTTTATATTTTTGGTTA-AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAAAAACATGAAGCAA
* * * * *
3472685 AAGCCATCC-ATTGG-AAAAACAAGTTCATTTATAGTCTCTCAAGCC-TCTAAAACCTTTATTAC
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC-TTATTAC
* * * *
3472747 TCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTAAAGTTGAA
126 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
3472792 TTCTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATAAAGCAAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* * * * * * *
3472857 AGCCACCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCTAGAGCCTTATTACTCAC
65 AGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
3472922 TTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * * * * * * *
3472963 TATTTTGATATTTTTGGTTAAAACATATTATTTTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACAAGCAGAAAA
1 T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAA
* ** * * *
3473028 AGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG
65 AGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
3473092 CTTTAAATTGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * * * *
3473134 TTTTTTTACATTTTTTATTGAAATGTATTATAGTTGAATATCTGCCT-TAAGAAACATG-AGCAA
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
* * * *
3473197 AAGCCATCC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAACCTTATTGCTC
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
3473261 GCTTTAAATGGTTTTA-ACATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
3473304 TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAATA-ATAAAGCAA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAAAAACATGAAGCAA
* * * * * * * * *
3473368 AAGCCA-TTCATTGG-ATAGAAAAGTCCATTTGTAATGATTCATGCCTTTGAAAGTCGTATTACT
64 AAGCCACCT-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
3473431 TGCTTTAAATGG-TATATAATCTCCTAATTGATTTTATGTTAAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
3473474 TTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATATCTGCCTC-AAGAAATATAAAGTAA
1 TTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
* * * * * * *
3473538 AAGCCATCC-ATTGAG-AAGAAAAGTCTAATTGTAGTCACTTAAACCTTTGAAACCCTTATTACT
64 AAGCCA-CCTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
3473601 CACTTTAAATGATTATATCAGCTCTTAATTGATTTT-AGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * *
3473644 TTCTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGTCGACCTC-AAGAA-ATGTAGAGCA
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATG-A-AGCA
* * * ** * * * *
3473707 AAAGCCACCCATTGGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAGAGTCTTATTAATA
63 AAAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
3473772 GGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-TTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA
* * * ** ** ** *
3473815 TTTGTTTACATTTTTGGTTACAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGGTAATGTGAAGCGA
1 TTT-TTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGCAA
* * * * * * * *
3473879 AAGCCATCC-ATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATCACTT
64 AAGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * *
3473943 ACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAACTGATTTTAATTTGAA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** *
3473986 TTGTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATATTTGAATGT-TTCTCTTGGGAAATATGAAG-
1 ---TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAAAAACATGAAGC
* * * * * * *
3474048 AAAGAGTCA-TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTA-TCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
62 AAA-AGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
3474111 ACTTGCTTTAAAGGGTTTTATAAT-TCCATAATTGATTTTAAGTTGAA
124 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * *** * *
3474158 TGTTTTTGTATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTGTTTC-AAGAAACGTGAATCAA
1 T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACATGAAGCAA
* * * * * * *
3474222 AAGCCTTCC-ACTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGACATTCAAGTC-TCTGAAAGCCTTATTACT
64 AAGCC-ACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACT
** * *
3474285 TACTTTAAATGGTTTTATCATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
3474329 TTCTTTTACATTTTTGGCTAACATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCTG-AAAGCATAAAGCAT
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAAAAACATGAAGCAA
* ** * * * * * *
3474393 AAGCCACCCATTGATAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCA
64 AAGCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
********* *
3474458 CTTTAAATGGTNNNNNNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTTAA
129 CTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * *
3474500 TTATTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATAGAATGTTTGTCTTGAAAAACATAAAGCAA
1 -T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAA
** * *
3474565 AAGCCAACC-ATTCACAAGAAAAGT--ATATTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
64 AAGCC-ACCTATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
*
3474627 CGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
3474671 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCATAG-AAAATGTGAAG-AC
1 -TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CCTCGAAAAACATGAAGCA-
* * * *
3474734 AAAGCCA-TTCATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACT
63 AAAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
3474797 CCCTTTAAATTGTTTTATCATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
3474841 TTCTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAG-AAC
1 TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAA-
* * * * * *** * *
3474905 AAGCTA-TTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTTGTGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
64 AAGCCACCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
3474969 GCTTTAAATGGTTT
128 GCTTTAAATGGTTT
3474983 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7155, Mismatches: 1655, Indels: 703
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
153 2 0.00
154 63 0.01
155 54 0.01
156 1 0.00
165 1 0.00
166 4 0.00
167 182 0.03
168 117 0.02
169 527 0.07
170 2090 0.29
171 3545 0.50
172 396 0.06
173 158 0.02
174 14 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGCAAAA
GCCACCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:3466283 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3465643--3474982 Score: 4185
Period size: 341 Copynumber: 27.4 Consensus size: 340
3465633 NNNNNNNNNN
* * **
3465643 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTA-AATGTCTACTTT--GGAAAAC
1 AGTTAAATATTTTTCT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TAGAATGTCTA-TTTCAGG-AAAC
* * * * *
3465705 ATGAGGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGTACATTTATCGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
62 GTGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
* * **
3465770 TATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTGTAT-TT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TATATT
* * ** * * * * * *
3465834 G-TGCTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCA-CCTATT
190 GTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTC-ATT
* * * * *
3465897 GGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAGAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTT
253 GGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
3465962 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
3465985 AGTTTAAT-TTTTTCTCCTTTTTGGTTAAAATATATTGTAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGT
1 AGTTAAATATTTTTCT--TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGT
* * * * * * *
3466049 GAATCAAAAG-CACCCATTAGTAAGAAAAGTATATTTAGAGTTACTTAAGCCTTCAATAGCCTTA
64 GAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
3466113 TTATTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTG
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTG
* * * *
3466178 GTTAAAACATATTGTATTTGAATGTTTGCCTAGGAAAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
194 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * * * *
3466243 GAAAAGTCTATTTATTGCCGCACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTTTA
258 GAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATA
*
3466308 ATCTCATAATTAATTTTA
323 ATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** * * ** *
3466326 AGTTGAGTGTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATTATTGAATGTCTGCTTCATGAAACGTG
1 AGTTAAATATTTTTCT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGTG
* * * *
3466391 AAGCAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACC-TAT
65 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
3466455 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCACAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTT-TGG
130 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTGTTG
** * * * * *
3466519 GTTAAAACAGGTAATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGA-AAAAAGCCATAT-ATTAGTAA
194 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAAATGTGAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAA
* * * ** * *
3466582 -AAAAATTTCATTTCTAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCAATATTAGTTGCTTTGAATGGTTTTAT
258 GAAAAATCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTAT
*
3466646 AATCTCCTAATTGATTTTA
322 AATCTCATAATTGATTTTA
* * *** * *
3466665 AGTTAAATATTTTTACTTTTTTGGTAAAAATATATCATAATTA-AATGTCTGCATCGGGAAACAT
1 AGTTAAATATTTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TAGAATGTCTATTTCAGGAAACGT
* * *
3466729 GAAGCCAAAGCCATCCA-T--T-------G-------ATAGTCTCTCAAGCC-TCTAAAAGCTTT
64 GAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTT
* ** *
3466776 ATTACTTAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAGGTTTTTTATATTT
128 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTG
* * * * * * *
3466840 TTGGTTAAAATAGATAATATTTGAAAGTTTGCCTTTA-GAAACATG-AAGAAAAAGCTATTCATT
191 TTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACC--TAGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATT
** * * * * * *
3466903 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAAC-CTATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
253 GGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGT
* * *
3466967 TTTATAATATTATAATTGAGTTTA
317 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * ** *
3466991 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTTTAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTA
1 AGTTAAATATTTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGTG
* * * * ** ** *
3467056 AAACAAAAGCCATCTACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCAAGCC-TCTTAAAGCCTTA
65 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTA
* * * * * * * *
3467120 TTACTTGCTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTG
* * * * * * * * * *
3467185 GTTAGAACAGATAATATTTGAAAGTTTACCTCAAGAAGCATG-AACAAAAAGCTATTCATTAGCA
194 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCT-AGGAA-AATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * *
3467249 AGAAAAGTCCA-TTATAATCACCTACA--CCTTCCAAAGCCTTATTA-CTGACTTTAAATAGTTT
257 AGAAAAATCTATTTATAGTCA-CT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTG-CTTTAAATAGTTT
*
3467310 TATAATCTCATTATTGATTTTA
319 TATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * ** * **
3467332 AGTT-GA-ATTGTTCTATATTTTGGGTTAAAACATATAATATTTGAATGTTTGCTTCAGTAAATA
1 AGTTAAATATTTTTCT-T-TTTT-GGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACG
* * * * * * * * ** *
3467395 TGAAGAAAAACCCATACATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATGTATTCAAAAGCTTT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
3467460 ATTTCTTC-CTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-T
128 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGT
* * * * * * * ** * *
3467523 TAGGTAAAAATATATTATAATTAAATGTTTACTTTAGAAAACATG-AAGCCAAAGCCATCCATTA
192 T-GGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTAC-CTAGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * ** * * * * *
3467587 GAAAGGAAAATCCATTAATAGTTTCTCAAGCC-TCTAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTT
254 GCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
* *
3467651 TTATAATCTCACAATTGAATTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * *
3467674 AGTTAGGT-TTTTTAACTTTTTTGGTTAAAGTAGATAAT-ATTG-ATGAGTCTACTTTGA-GAAA
1 AGTTAAATATTTTT--CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAAT--GTCTA-TTTCAGGAAA
* * ** * * ** * * * *****
3467735 CACT-AAGAAAAAATCATTCAAT-GATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATA-TCTTNNNNN
61 C-GTGAAGCAAAAGCCATCCACTAG-TAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAA
***************** * * *
3467797 NNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
123 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* ** * * * * ** * * *
3467862 TTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTATTTTAAG-AAATGTGACGTAAAAGCCATCCA
188 TTGTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTA-CCTAGGAAAATGTGA-GAAAAAGCCATTCA
* * * * ** * *
3467926 CTT-GCAA-AAAAAGTCTATTTATAGTTAGTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCT-TTTTAAA
251 -TTGGCAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGT-TGCTTTAAA
* *
3467988 TAGTTTTATCATCTCATAATTGACTTTA
313 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
3468016 AGTTGAATTATTTTAT-ATTTTTGATTAAAATATATTATAACT-GAATGTCTATTT-TGAGAAAC
1 AGTT-AAATATTTT-TCTTTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TAGAATGTCTATTTCAG-GAAAC
* * * * * * *
3468078 AT-AGAGCAAAAGTCACCCATTAGTAAAAAAAAT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACC
62 GTGA-AGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
** ** * * *
3468141 CTTATTACTCTTTTTAAATAATTTTATTATCTCATAATTGACTTTAAGCTT-AATTCTTTTATAT
125 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATAT
* * * * * ** * * * *
3468205 TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACAT-AGAGCAAAAGCCA-CCTA
189 TGTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCT-AGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTC-A
* * * * * * * * *
3468268 TTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGG
251 TTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAG
****************
3468333 TTTTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTA
316 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * ** * * ** *
3468358 AGTTGAGT-TTTTT-TTAATTCTTGGTTAAAACAAATAATGTTTGAATATCTGCCTTAAGG-AAC
1 AGTTAAATATTTTTCTT--TT-TTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCT-ATTTCAGGAAAC
* * * * * * * * * * * * *
3468420 ATGAAGAAAAAACCATTCA-TTGACAAGAAAAATCTATTTATAATCACCCATGCCTTCAACAGTC
62 GTGAAGCAAAAGCCATCCACTAG-TAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCC
* ** * *
3468484 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTT
126 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTG
* * * * * * * * *** *
3468549 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGGATATTTTCCTTGAGAACCATG-AAGAAAATTTCACTCATTG
191 TTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAG-GAA-AATGTGAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * *
3468613 GCAAGAAAAGT-TCATCTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
254 GCAAGAAAAATCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
3468677 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
3468700 AGTTGAATTTTGTTTCATTTTTGGATAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTT-A-GAAACA
1 AGTTAAATATT-TTTCTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCT--ATTTCAGGAAACG
* * ** * * * * * ** *
3468763 TAAAGAGAAAAAGCCATCTGCTGGGAAGAAATA-TCTATTTATAATTACAT-AAGCCTTTGAAAC
63 T-GA-AGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAA-AGTATATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * *
3468826 CCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTGAGTTGAATTCTTTTATAT
124 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * ** * * * **
3468891 TTTTGGCTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATAT-A
189 TGTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACC-TAGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCAT-TCA
* * * * * **
3468954 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAG
251 TTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAG
*
3469019 TTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
316 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * ** * *
3469044 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAAT-TTTGAATGT-T-TGCCTTGGAAAATG
1 AGTTAAATATTTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTC-AGG-AAACG
* * ** * * * * ** * *
3469106 TAAAGAAAAAGCCATTTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTACATTTGCTCATA-TCTTTAAAAGCCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCT
* * * ** * * *
3469170 TATTGCTTGCTTTAAATAGCATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGT
* * * * * * ** **
3469235 TGGTAAAAATATATT-TCAATTGAATGTTTGCTTCAGG-AAATGTGAAGCAAAAGTTAGCCATTG
192 TGGTTAAAACATATTAT-ATTTGAATGTTTACCT-AGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * * * * *
3469298 GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCAAGTC-TCTAAAAGCCTCATTACTCGCTTCAAATGGAT
254 GCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
* * *
3469362 TTAGAATCTCATAATAGATTGTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * * * * * *
3469385 AGTTGGAT-TTTTTACATTCTTAGTTAAAATAGA-TAT--TTGAAAGTCTACGTT-AAGAAACAT
1 AGTTAAATATTTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTA-TTTCAGGAAACGT
* ** * * * ** * * * * * ** * *
3469445 GAAG-AAAATGTCATTAATTGGAAAGAAAAGTCCATATATAATCACCCATGTCTTTGATAGTCTT
64 GAAGCAAAA-GCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
3469509 ATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTT
* * * * * ** * * * *
3469573 GATTAAAATAAATAATATTTAAATGTCGACCTCCA-GAAACATG-AAGAGAAAGCCATTCGTTAG
193 GGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCT--AGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * * *
3469636 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGACAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAG-TTT
255 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTT
**
3469700 ATAATCTCATAATCAATTTTA
320 ATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
3469721 AGTTGAATTTTTTTCATTTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-TCTTTAGGAAATGT
1 AGTTAAATATTTTTC-TTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTAT-TTCAGGAAACGT
* * * * ** * * * ** *
3469784 GAAGAAAAAGCCATCCTCT-GACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTATTTAAGCCTTTGAAACCCTT
64 GAAGCAAAAGCCATCCACTAG-TAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * * *
3469848 AGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCCCATAACTAATTTTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTT
** * ** * * **
3469913 GACTAAAATATATTATAACTAAAT-TTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATAT-ATTG
193 GGTTAAAACATATTATATTTGAATGTT-TACCTAG-GAAA-ATGTGAGAAAAAGCCAT-TCATTG
* * * ** *** *
3469975 ACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTTAAAAGCCTTATTCCATGCTTTAAATGGTT
254 GCAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
* * *
3470039 TTACAGTTTCATAATTGATTTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
3470062 ACTTGAATTATTTTACATTTTTAG--AAAATTATATTATAATTGAATGTCTACTTTGA-GAAACG
1 AGTT-AAATATTTTTCTTTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATAGAATGTCTA-TTTCAGGAAACG
* * * * * ** * * *
3470124 TGAAGCAAAAGCTATTC-GTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGTCTTTAAAAGCCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACTAG-TAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
* ** * * * * *
3470188 TATTAC-CAGCTTTAAATAGTTTTAGGATCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTCTACATTT
127 TATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTG
* * * * * *
3470252 TTGGTTGAAACAGATAATATTTGGAA-GTCTACCTAAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATT
191 TTGGTTAAAACATATTATATTT-GAATGTTTACCT-AGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * *
3470315 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATGGTT
253 GGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
*
3470380 TTAAAATCTCATAATTGATTTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
3470403 AATTGAAT-TTTTTGATATTTTT-GTAAAAATATATTTTAATTGAATATCTACTTT-GGGAAACA
1 AGTTAAATATTTTT-CT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTA-TTTCAGGAAACG
* * * * ** ** *
3470465 TGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCAGGCC-TCTAAAAGCCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCT
* * * * *
3470529 TATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTCTTTTATATTTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGT
* * ** * * * * **
3470594 TTGTT-AAATATATTATAACTGAATGTTGACCTCAAGAAACATG-AAGCAAAAGCCACCCATTGG
192 TGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCT-AGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * * *
3470657 TATGAACAATCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTC-AAGAGCGTTATT-GCTCGCTTTAAATGGTT
255 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTAG-TTGCTTTAAATAGTT
**
3470719 TTATAATCTTGTAATTGATTTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
3470742 AGTTTAATTTTTTTATATTTTGAGTTAAAATATATTATAATAGATTGTTTGTCTCCA-GAAACGT
1 AGTTAAATATTTTTCTTTTTTG-GTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTAT-TTCAGGAAACGT
* * * * ** * *** *
3470806 G-AGCAAATGCCA-CCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAGTAATCGAAAGCCTT
64 GAAGCAAAAGCCATCC-ACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
3470869 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATGTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTT
* * * ** * * * *
3470934 GGATAAAATATATTATA-CTGAATGTTTGTCTCGAGAAATATG-AAGCAAAAGCCATTCATTAG-
193 GGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAG-GAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * * * * *
3470996 ATAGAAAAGTCCATTTTTATTCACTTATGCCTTTGAAAGCCATATTATTTGCTTTAAATGGTATT
256 A-AGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTT
* *
3471061 ATAATCTTATAATAGATTTTA
320 ATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * ** * *
3471082 AGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTTCCATTAAACATA
1 AGTTAAATATTTTTCT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGTG
* * ** * * *
3471147 AAGCAAAAGCCATCTATTAAAAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCTTTA
65 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
3471211 TTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTT
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTGTT
* * * * * * * * * * * * *
3471276 GGTT-ACATATATTACAATGGAATGTTTGCTTTGGAAAACGTGAAGTAAAAGTCATCCATTAGCA
193 GGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * *
3471340 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTTCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTA-TTGGCTTTGAAT-GATTT
257 AGAAAAATCTATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTT-GCTTTAAATAG-TTT
*
3471402 TACAATCTCATAATTGATTTTA
319 TATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
3471424 AGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCGACCTT-A-GACATGT
1 AGTTAAATATTTTTCT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTA-TTTCAGGAAACGT
** * * * * * * *
3471487 GAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATTGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTT
64 GAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
3471551 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTCT
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTGT
* * * * * * * * *
3471615 TGATTGAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATG-AAGTAAAAGCCATTCACTAG
192 TGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTAC-CTAGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCA-TTG
* * * * * * * * * *
3471679 G-AAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
254 GCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTT
** *
3471743 TACCATCTCACAATTGATTTTA
319 TATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *** ** * * * ** * *
3471765 AGTTCAAT-TCTTTTATAGTTTAGGTTAAAACGGAAAACATTTGAATGTCTGCCTTC-GAAAACA
1 AGTTAAATAT-TTTTCT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCT-ATTTCAGGAAACG
* * * * ** * * ** *
3471828 TGAA-AAACAAGTCAT--ACTTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGT
63 TGAAGCAA-AAGCCATCCAC-TAG-TAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
* * * *
3471890 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
125 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * * * * * *
3471955 TTTGATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGG-AAACGTAAAACAAAAGTCATCCATT
190 GTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTAC-CTAGGAAAATGTGAGA-AAAAGCCATTCATT
** * * * * ** * *
3472019 GGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCC-TCTGAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAAT-GG
253 GGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGT
*
3472082 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTA
317 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * * **** * *
3472106 AGTT-AGTTTTTTTATAGTTTTT-GTTGAAACAGATAATATTTGAAAGTCGGCCTCAAGAAACAT
1 AGTTAAATATTTTTCT--TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGT
* * ** * * * * * * * * *
3472169 -AAG-AAAATCTATTTATTGGCAAGAAAAGTACATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTT
64 GAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
** * * * * * *
3472232 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTG
* * * * ** * * * *
3472297 GTAAAAATATATTTTGA-TTGAATGTTGAATTTAAGAAACATGT-AGTAAAAGCCATCCATTGGT
194 GTTAAAACATATTAT-ATTTGAATGTT-TACCTAGGAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* ** * * * * *
3472360 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCAAGCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
256 AAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTT
*
3472424 ATAATCTCATAATTAATTTTA
320 ATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * * * * ** *
3472445 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAACAGATAGTAT-TTGGAA-GTTTGCCTT-AGAAAAC
1 AGTTAAATATTTTT-CTTTTTTGGTT-AAA-ATATATTATAATAGAATGTCT-ATTTCAGGAAAC
* * * * * * * * *
3472507 ATGAAGCAAAAGCTAGT-CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAATCAC-CATGCCTTCATAAGCC
62 GTGAAGCAAAAGCCA-TCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCC
* * * *
3472570 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTGTAT-TT
126 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATT
* ** * * ** ** ** *
3472634 -TT-GCTACAAGTATATTTTAATTGAATGTTTGTTCT-GAGAAACAT-AAAGCCAAAGCCATCCA
190 GTTGGTTA-AAACATATTATATTTGAATGTTT-ACCTAG-GAAA-ATGTGAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
3472695 TTGG-AA-AAACAAGT-TCATTTATAGTCTCTCAAGCC-TCTAAAACCTTTATTACTCGCTTTAA
251 TTGGCAAGAAA-AA-TCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTAGTTGCTTTAA
** * * *
3472756 ACGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTAA
312 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * *** ** *
3472785 AGTTGAAT-TCTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACAT
1 AGTTAAATAT-TTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGT
* * * * * ** * * *
3472849 AAAGCAAAAGCCACCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCTAGAGCCTTA
64 GAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
3472914 TTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATATTTTGATATTTTTG
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTG
* * * ***
3472979 GTTAAAACATATTATTTTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACAAGCAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
194 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * *
3473044 GAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATA
258 GAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATA
*
3473109 AACTCATAATTGATTTTA
323 ATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * ** * *
3473127 GGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTGAAATGTATTATAGTTGAATATCTGCCTT-AAGAAACA
1 AGTTAAATATTTTT-C-TTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCT-ATTTCAGGAAACG
* * ** *
3473190 TG-AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAA-CCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCT
* * * * * *
3473253 TATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTA-ACATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTG
* * ** * * ** *
3473317 TTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAATAAT-AAAGCAAAAGCCATTCATTG
191 TTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACC-TAGGAA-AATGTGAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * * * *
3473381 G-ATAGAAAAGTCCATTTGTAATGATTCATGCCTTTGAAAGTCGTATTACTTGCTTTAAAT-GGT
254 GCA-AGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTT
* *
3473444 ATATAATCTCCTAATTGATTTTA
318 TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *** * **
3473467 TGTTAAAT-TTTTTAATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTA-AATATCTGCCTCAAGAAATA
1 AGTTAAATATTTTT-CT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TAGAATGTCTATTTCAGGAAACG
* * * * * * * * ** *
3473530 TAAAGTAAAAGCCATCCATTGAG-AAGAAAAGTCTAATTGTAGTCACTTAAACCTTTGAAACCCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACT-AGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * * * *
3473594 TATTACTCACTTTAAATGATTATATCAGCTCTTAATTGATTTT-AGTTGAATTCTTTTACATTTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGT
** * ** ** * * **
3473658 TTATTAAAATATATTATAACTGAATGTCGACCTCAAG-AAATGTAGAGCAAAAGCCACCCATTGG
192 TGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCT-AGGAAAATGT-GAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * * * *
3473722 TAAGAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAGAGTCTTATTAATAGGTTTAAATAGTTTT
255 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTT
3473787 ATAATCTCATAATTGATTTTA
320 ATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
3473808 TA-TTGAAT-TTGTTTACATTTTTGGTTACAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT-AGGTAAT
1 -AGTTAAATATT-TTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCT-ATTTCAGGAAAC
* * * * * **
3473870 GTGAAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAAGCTTTTGAAAGCCT
62 GTGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
* ** ** * * *
3473935 TATCACTTACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAACTGATTTTAATTTGAATTGTTTTTTACATT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTATATT
* * * * * * * *
3474000 -TTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTT-CTCTTGGGAAATATGAAGAAAGAGTCATTCATT
190 GTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTAC-CTAGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * **
3474063 GGTAAGAAAAGTCTATTTATTA-TCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAGGGT
253 GGCAAGAAAAATCTATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGT
3474127 TTTATAAT-TCCATAATTGATTTTA
317 TTTATAATCT-CATAATTGATTTTA
* * * ** * * * * *
3474151 AGTTGAATGTTTTTGTATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTGTTTCAAGAAACGTG
1 AGTTAAATATTTTTCT-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGTG
* * * * ** * * * *
3474216 AATCAAAAGCCTTCCACTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGACATTCAAGTC-TCTGAAAGCCTTA
65 AAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTA
** * * * * *
3474280 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATCATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTG
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTG
* * * ** * ** ** * * ** **
3474345 GCTAACATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCTGAAAGCAT-AAAGCATAAGCCACCCATTGATA
194 GTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAA--ATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * ** * ****
3474409 AGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTNNNNN
257 AGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGT-TTTA
*****
3474474 NNNNNT-ATAATTGATTTTA
321 TAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
3474493 AGTTTAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATAGAATGTTTGTCTTGA-AAAACA
1 AG-TTAAATATTTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTAT-TTCAGGAAACG
* * * * * **
3474557 TAAAGCAAAAGCCAACCATTCA-CAAGAAAAGTATA-TTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCT
63 TGAAGCAAAAGCCATCCACT-AGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCT
* * *
3474620 TATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
127 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGT
* * * * * * *
3474685 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCATA-GAAAATGTGAAGACAAAGCCATTCATT-G
192 TGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTA-CCTAGGAAAATGTG-AGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * ** *
3474748 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAATTGTTTT
255 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTT
* *
3474813 ATCATCTCGTAATTGATTTTA
320 ATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
3474834 AGTTGAAT-TCTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACT-GAATGT-T-TTCCTTGAGAAA
1 AGTTAAATAT-TTTT-CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TAGAATGTCTATTTC-AG-GAAA
* * * * * * *** **
3474895 CATGAAG-AACAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGCCACTTGTGCCTTTGAAAG
61 CGTGAAGCAA-AAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
*
3474958 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
124 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
3474983 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7056, Mismatches: 1585, Indels: 715
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
321 2 0.00
322 19 0.00
323 43 0.01
324 39 0.01
325 6 0.00
326 145 0.02
327 6 0.00
336 38 0.01
337 102 0.01
338 332 0.05
339 580 0.08
340 877 0.12
341 2354 0.33
342 1733 0.25
343 484 0.07
344 286 0.04
345 10 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AGTTAAATATTTTTCTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATAGAATGTCTATTTCAGGAAACGTGA
AGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGT
TAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTAGGAAAATGTGAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTA
Found at i:3483562 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3483542--3483572 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
3483532 TAAGTATGAA
3483542 ATGTGATTGAGATTG
1 ATGTGATTGAGATTG
3483557 ATGTGATTGAGATTG
1 ATGTGATTGAGATTG
3483572 A
1 A
3483573 GCTATCTCTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.32, T:0.39
Consensus pattern (15 bp):
ATGTGATTGAGATTG
Found at i:3486332 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3486271--3486365 Score: 156
Period size: 36 Copynumber: 2.7 Consensus size: 36
3486261 ACTAACGGAC
*
3486271 AACAAATCACGCAC-GTGCTGAAGCAACGGGCAAAA
1 AACAAATCACGCACAGTGCTGGAGCAACGGGCAAAA
*
3486306 AACAAATCACGCACAGTGCTGGAGCAACGGGTAAAA
1 AACAAATCACGCACAGTGCTGGAGCAACGGGCAAAA
*
3486342 AACAAATCATGCACAGTGCTGGAG
1 AACAAATCACGCACAGTGCTGGAG
3486366 TAGTTGGCGA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 3, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 14 0.25
36 42 0.75
ACGTcount: A:0.41, C:0.23, G:0.24, T:0.12
Consensus pattern (36 bp):
AACAAATCACGCACAGTGCTGGAGCAACGGGCAAAA
Found at i:3496247 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 3496213--3496270 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
3496203 CAGTCTGTGA
* *
3496213 TTATAGGTGGCATGGCCAC-AGGTTG
1 TTATATGTGGCAAGGCCACGA-GTTG
3496238 TTATATGTGGCAAGGCCACGAGTTG
1 TTATATGTGGCAAGGCCACGAGTTG
*
3496263 ATATATGT
1 TTATATGT
3496271 AGTTGTGACC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 28 0.97
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.14, G:0.31, T:0.31
Consensus pattern (25 bp):
TTATATGTGGCAAGGCCACGAGTTG
Done.