Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397453.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2678.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16947
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 1777 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2606 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1722--2875 Score: 1166
Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
1712 NNNNNNNNNN
* *
1722 ATTACTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTATTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAACTTGAATATTATTACA-TTTT
* *
1787 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAGGAAAACACCATTCATTGACA
65 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAACACCATTCATTGACA
*
1852 AGAAAAATCCATTCATAGTCATCCATGCCTTACAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTAT
130 AGAAAAATCCATTCACAGTCATCCATGCCTTACAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
1917 AATTTAATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTACATATTTTTAGTTAAAACAGATTATCTTCAATT
195 AATTTAATAACTGAATTTAAGTTAAAGTTTTACACATTTTTAGTTAAAACAAATTATCTTCAATG
* * * **
1982 TTTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCGCTC
260 CTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCGCTC
* ** * *
2047 GTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTCATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTA
325 ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTCATAATCTAATTATCGA-TTTAAG-CA
* * * * * *
2112 AATTTCTTTTTAAATTATTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATATTTGCCT-TAGAAACGTGAAG
388 AAATT-TTTTTAAATTATTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATATTTCCCTAAAGAAAAGTGAAG
* *
2176 CAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGGACGCTTAAGTCTTCGAAAACCTT
452 CAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATGGACGCTTAAGTCTTCGAAAACCTT
* * * * *
2236 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACA-TTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAACTTGAATAT-TATTACATTTT
* * * * *
2300 TGCTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGGCTTTGAAAACGTGAAG-AAACAACCATTTCTTTG
65 TG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAC-ACCA-TTCATTG
* * * * * * * * *
2364 -TAAGAAAAGTTCATTTACGGTCA-CCTATGCCTT-CTGAAG-CTTTATTTCTCGTTTTAAGTAG
127 ACAAGAAAAATCCATTCACAGTCATCC-ATGCCTTAC-AAAGTC-TTATTACTCATTTTAAATAG
* * ** *
2425 TTTTATAATCTT-ATTACTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAAATTATA
189 TTTTATAAT-TTAATAACTGAATTTAAGTTAAAGTTTTACACATTTTTAGTTAAAACAAATTAT-
* * * * * *
2489 TTTGAATGCTTACCTT-ACGAAACGT-AAAAAAAAAACCATTTATTGGTAGGAAAAGTT-GATTT
252 CTTCAATGCTTACCTTGA-GAAACATGAAAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCG-TTT
* * *
2551 ATAGTC-CTCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATCG
315 ATAGTCGCT-CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTCATAATCTAATTATCG
** * * *
2615 ATTTAAGCAAAATTTTTTTATGTTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTCCCTAAAGAA
379 ATTTAAGCAAAATTTTTTTAAATTATTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATATTTCCCTAAAGAA
* * * * ** *
2680 AAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTC-ATCCA-TGCATTTGAAA
444 AAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATGGACGCTTAAGT-C-TTCGAAA
*
2743 GCCTT
507 ACCTT
* * * * * * * * * *
2748 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAAGCTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAACTTGAATATTATTACA--TTT
** ** * * * * * * *
2813 TCATTGGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAATACCATTCATTG
64 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAACACCATTCATTG
2876 GTTGGAAAAG
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 99, Indels: 40
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 46 0.09
512 110 0.21
513 60 0.11
514 274 0.52
515 31 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAACTTGAATATTATTACATTTTT
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAACACCATTCATTGACAA
GAAAAATCCATTCACAGTCATCCATGCCTTACAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATA
ATTTAATAACTGAATTTAAGTTAAAGTTTTACACATTTTTAGTTAAAACAAATTATCTTCAATGC
TTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATAGTCGCTCA
TGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTCATAATCTAATTATCGATTTAAGCAAAA
TTTTTTTAAATTATTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATATTTCCCTAAAGAAAAGTGAAGCAAA
AGCCATCCATTAGCAAGAAAACTCCATTTATGGACGCTTAAGTCTTCGAAAACCTT
Found at i:2734 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1722--2943 Score: 868
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
1712 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1722 ATTACTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTATTACATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
1787 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAGGAAAACACCATTCATTGACA
66 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * * *
1852 AGAAAAATCCATTCATAGTCATCCATGCCTTACAAAGTCTT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTT
** * * * * ** *
1893 ATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTACATATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * *
1958 AGTTAAAACAGATTAT-CTTCAATTTTTACTTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGTCATTCATTGG
66 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAA-CCATTCATTGG
* * * *
2021 CAAGAAAAGTTCGTTTATAGTC-GCTCGTGCCTTCCAAAGCCTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTTCCAAAGCCTT
* * * * *
2064 ATTACTTGCTTTAAATAATTTCATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTTAAATTA
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAA-TT-TTTTTACATTT
* * * * * * * * *
2129 TTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATATTTGCCTT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAG
64 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAACCATTCATTGG
* * * * * * * *
2193 CAAGAAAAGTCCATTTATGGAC-GCTTAAGTCTTCGAAAACCTT
129 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTTCCAAAGCCTT
* *
2236 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACA-TTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTT
* * * * * * * *
2300 TGCTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGGCTT-TGAAAACGTGAAGAAACAACCATTTC-TTT
65 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAA-GTGAAGAAAAAACCA-TTCATTG
* * ** ** *
2363 GTAAGAAAAGTTCATTTACGGTCA-CCTATGCCTTCTGAAGCTTT
128 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCCAAAGCCTT
* * * * * * *
2407 ATTTCTCGTTTTAAGTAGTTTTATAATCTTATTACTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTACGTTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * * *
2472 AGTTAAAACAAATTATATTTGAATGCTTACCTTACGAAACGTAAAAAAAAAACCATTTATTGGTA
66 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* ** *
2537 GGAAAAGTTGATTTATAGTCCTCCATGCCTTCCAAAGCCTT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTT
* * * ** ** *
2578 ATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATCGA-TTTAAGCAAAATTTTTTTATGTTGTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
2642 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTCCCTAAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
66 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
* * **
2707 AGAAAACTCCATTTATAGTCATCCATGCATTTGAAAGCCTT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTT
* * * * * * * * * * *
2748 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAAGCTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTT
** ** * * * * *
2813 TCATTGGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAAACATGAA-AAAAATACCATTCATTG
65 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAA-GTGAAGAAAAA-ACCATTCATTG
*** *** * * *
2876 GTTGGAAAAGTTTTTTTATAGTCA-CCTTTGCCTTCAAAAGCCGT
128 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCCAAAGCCTT
** * *
2920 ATTACTTACTTTAGATGGTTTTAT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
2944 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 217, Indels: 41
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 201 0.25
171 379 0.47
172 186 0.23
173 36 0.04
174 11 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTT
Found at i:3405 original size:693 final size:682
Alignment explanation
Indices: 2474--3821 Score: 1811
Period size: 693 Copynumber: 2.0 Consensus size: 682
2464 ACGTTTTTAG
* * *
2474 TTAAAACAAATTATATTTGAATGCTTACCTTACGAAACGTAAAAAAAAAACCATTTATTGGTAGG
1 TTAAAACAAATTATATTTGAATGCCTACCTTACGAAACGTAAAAAAAAAACCATTTATCGATAGG
*
2539 AAAAGTTGATTTATAGTCCTCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAAGTTGATTTATAGTCCTCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAA
* *
2604 TCTCATTATCGATTTAAGCAAAATTTTTTTATGTTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
131 TCTCATTATCGATTTAAGCAAAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
*
2669 TCCCTAAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCATCCATG
196 TCCCTAAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATG
* *
2734 CATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
261 CATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
*
2799 GTTTTTAAAGCTTTTCATTGGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAA
326 GTTTTTAAAGCTTTTCATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAAC--------AA
* *** *
2864 TACCATTCATTGGTTGGAAAAGTTTTTTTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGCCGTATTACTTAC
382 TACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCAAAAGCCGTATTACTTAC
****** *
2929 TTTAGATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTTATTCAAAT
447 TTTAGATGGTTTTAT----AATCTCTTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTTATTAAAAT
* *
2994 AGATTTTATTTGGATGTCCGTCCCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGATAGCAAGA-CT
508 AGATTTTATTTGGATGTCCGTCCCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAACAAGACCT
* *
3058 GTGTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTTATAA
573 GTGTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
*
3123 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAACTTTTGCTTTAAATATTCT
638 TTGAATTTAAGTTAAATTTTTTAAAACTTTTGCTTTAAATATTCT
** * *
3168 TTAAAACAAATTATATTTGAATGCCTACCTTTGGAAACGTAAAAAAAAAATCTTTTATCGATAGG
1 TTAAAACAAATTATATTTGAATGCCTACCTTACGAAACGTAAAAAAAAAACCATTTATCGATAGG
* * ********
3233 AAAAGTTGATTTATAGTCGTCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA-AANNNNNNNN
66 AAAAGTTGATTTATAGTCCTCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAA
** * *
3297 NNTCATTATTGATTTAAGCTAAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACA-ATCTATAATTGAATGT
131 TCTCATTATCGATTTAAGCAAAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGT
* *
3361 TTCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAT
195 TTCCCTAAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAT
* **********
3426 TCATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAA
260 GCATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * *
3491 TTTTTTTAAAGTTTTTCATTAGAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAAAACAATACCATTC
325 TGTTTTTAAAGCTTTTCATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACAATACCATTC
* * *
3556 ATTTGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCTTTTAAAAGCCGTATTACTTACTTTAGATG
390 ATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCAAAAGCCGTATTACTTACTTTAGATG
****** *
3621 GTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTCAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTTGTTAAAATAGATTTTA
455 GTTTTATAATCTC----TTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTTATTAAAATAGATTTTA
** * * *
3686 TTTGGATGTTTGTCTCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAACAAGACTCTGTTTATA
516 TTTGGATGTCCGTCCCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAACAAGAC-CTGTGTATA
3751 GTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAATT
580 GTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAATT
3816 TAAGTT
645 TAAGTT
3822 GAATNNNNNN
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 77, Indels: 22
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
684 162 0.28
686 76 0.13
692 7 0.01
693 215 0.38
694 110 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (682 bp):
TTAAAACAAATTATATTTGAATGCCTACCTTACGAAACGTAAAAAAAAAACCATTTATCGATAGG
AAAAGTTGATTTATAGTCCTCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAA
TCTCATTATCGATTTAAGCAAAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
TCCCTAAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATG
CATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
GTTTTTAAAGCTTTTCATTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACAATACCATTCA
TTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTCAAAAGCCGTATTACTTACTTTAGATGG
TTTTATAATCTCTTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTTATTAAAATAGATTTTATTTGG
ATGTCCGTCCCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAACAAGACCTGTGTATAGTCACT
CATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAATTTAAGTT
AAATTTTTTAAAACTTTTGCTTTAAATATTCT
Found at i:6879 original size:339 final size:343
Alignment explanation
Indices: 6169--7582 Score: 801
Period size: 339 Copynumber: 4.2 Consensus size: 343
6159 TTTGAAAGCT
* ** *
6169 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGATTTTTTTATACTG
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTGATAGTTTTACACTG
* * *
6234 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAACCCTCCATTTGA
66 TTAGTTAAAACAGATTATAATTCAACGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCATCCATTTGA
* * * * *
6299 GAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTATTCATGCATTCAAAAAGCATTATTACTTTCTTTAATTAGT
131 CAAAAAAGTCCACTTATAGTCAC--TCCATGCATTCAAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGT
* * *
6364 TTTATAATCTCACAATTAATTTTAACTTCAATATTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAAT
194 TTTATAATCTCACAATTAATTCTAACTTCAATATTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * **
6429 TGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAACACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAGT
259 TGAATATCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAACACCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* **
6494 CACCCATGCCTTATAAGGCA
324 CACCCAAGCCTTATAAACCA
* * *
6514 GTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAG-TTGA-AGTTTTACACA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTGATAGTTTTACAC-
* ** * * *
6576 TTTTTAGTTAAAACAGATTAT-ATTCAATTTTTGCCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTC
64 -TGTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAACGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAG--AAAAACCATCC
* * *
6639 A-TTGACAAAAAAGGTCCATTTATAGTCAC-CCGTGCCTTC-AAAAGTC-TTATTACTTGC-TTA
125 ATTTGACAAAAAA-GTCCACTTATAGTCACTCCATGCATTCAAAAAG-CATTATTACTTGCTTTA
* * * * *
6699 AATAGTTTTATAATCTCATC-ATTAATTCTAA-TTTAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATA-A
188 AATAGTTTTATAATCTCA-CAATTAATTCTAACTTCAATATTTTTACATTATTAGTTAAAACAGA
* * * * *
6761 TTATAATTGAATATCTGGCTCATGAAATGTGAAGCAAAA-GCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCA
252 TTATAATTGAATATCTGCCTCAGGAAACGTGAAG-AAAACACCATCCACTGACAAGAAAAGTCCA
* ** * *
6825 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTCA-AAACCC
316 TTTATAGTCACCCAAGCCTT-ATAAACCA
* * * * ** **
6853 TTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTAATTATTGATTTT-AGGTT-ATTTTTTTTACTT
1 TTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTGA-TAGTTTTACAC
* * * * * * * * * **
6915 TTTTACTTAAAATAAATTATAATT-GACTCTCTGGCTTTGAAAACGTGAAGAAACAACCATTTAT
64 TGTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAAC-GTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAA-AACCATCCAT
* * * * * * * ** * * *
6979 TGGTA-AGAAAAGTTCATTTACAGTCAC-CTATGCTTTTTAAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAGT
127 TTG-ACAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCCATGCATTCAAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * * * *
7041 TGTTTTATAATCTTATTAATGAATT-TAAGTTGAAT-TGTTTTACGCTT-TTAG-TAAAACATAT
191 AGTTTTATAATCTCA-CAATTAATTCTAACTTCAATAT-TTTTAC-ATTATTAGTTAAAACAGAT
* * * * ** ** * ** * **
7102 TATATTTGAAT-GCTTACCTTAGGAAACACGAAGAAAA-ATCCATTTATTGGTAGGAAAAGTTGA
253 TATAATTGAATATC-TGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAACA-CCATCCACTGACAAGAAAAGTCCA
* * * *
7165 TTTACAGTCGCCTATA-CCTTCTAAAGCC-
316 TTTATAGTCACCCA-AGCCTTATAAA-CCA
* * * * ** * *
7193 TTATTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGA-TTTAAGA-TGAATTCTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTG-ATAGTTTTACACT
* * ** * * * * *
7255 GTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTCCCTCAAGAAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCA-T
65 GTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAACGTCTGCCT-TAGAAAACATGAAG-AAAAACCATCCATT
* * * ** * *
7318 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGTATT-TGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATA
128 TGACAA-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCCATGCATTCAAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * * * * *
7381 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTCAAGTTTTTCA-TTAGAACATATT
192 GTTTTATAATCTCACAATTAATTCTAACTTCAATATTTTTAC-A-TTATT-AGTTAAAACAGATT
* * * * * * * ** *
7443 ATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAA-AAAATACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTT
254 ATAATTGAATATCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAACACCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTT
** **
7507 ATAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCC-
319 ATAGTCACCCAAGCCTTATAAA-CCA
** *
7532 TTATTACTTACTTTAAAT-ACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTGA
7583 ATTTTTTTGT
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 175, Indels: 121
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
337 9 0.01
338 82 0.10
339 352 0.42
340 197 0.24
341 44 0.05
342 16 0.02
343 17 0.02
344 26 0.03
345 69 0.08
346 24 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGATTGATAGTTTTACACTG
TTAGTTAAAACAGATTATAATTCAACGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAACCATCCATTTGA
CAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCCATGCATTCAAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCACAATTAATTCTAACTTCAATATTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTG
AATATCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAACACCATCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCAAGCCTTATAAACCA
Found at i:7029 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4556--7590 Score: 992
Period size: 170 Copynumber: 17.7 Consensus size: 170
4546 TTCACCTCGA
* * * * * *
4556 AAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTGTGCCTTCCA
1 AAAACATGAAG-AAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGA
* * * *
4621 AAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-ACTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAGCCTTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT
** ** * * * * * * *
4685 TTAAATTGCTAGTTAAAATATATTACAATTAAATATTTACCTTAG
126 TTACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
*** * * * * * * * ** * * * * * *
4730 AAATTGTGAAGCAAAAGCTTTCCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGGACGCTTAAGTCTTCAAA
1 AAAACATGAAGAAAAACCATT-CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* *
4795 AGCCTTATTACATGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTT
65 AGCCTTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT
* * * * * * *
4859 ACATTTTTACTTAAAATAGATTATTATTAAATGTCTGGCTTTA-
128 ACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCT-GCCTTAG
** * * **
4902 AAAATGTGAAGAAACAACCATTTATTGGTAAAAAAAGTTTATTTACAGTCACCTATGCCTTCTG-
1 AAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTC-GA
********* * * * * *
4966 AAG-CTTNNNNNNNNNNTTTAAGT-AGTTTTATAATCTTATTAATGAATTTAAGTTCAATTTTTT
64 AAGCCTT-ATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
5029 TATGTTTTT-CATTAAAACATATTATATTTGAATGC-CTACCATAA
127 TACGTTTTTAC-TTAAAACATATTATAATTGAAT-CTCTGCCTTAG
* * ** * ** * * * * *
5073 AAAACGTAAAGAAAAAGAAAGTT-ATT-GTAGGAAAAGTTGATTTATAGTCTCCCATGGCTTCCA
1 AAAACATGAAGAAAAA-CCA-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGA
* * * ********** *
5136 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATTATTGA-NNNNNNNNNNATTCTTTTA
64 AAGCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * ** * * * * * * *
5200 TATTGTTGGTTAAAACAGATTGTAATTAAATGTTTCCCTCAAG
129 CGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCT-TAG
* * * ********** * * * *
5243 AAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATGCATTAGAA
1 AAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
** * * * * * *
5307 AGCCTTATTACCCGTTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTT
65 AGCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTT
* * * * * *
5372 A-GTTTTT-CATTAGAGCAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTAG
128 ACGTTTTTAC-TTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
* * * * ** *
5414 AAAACATGAAAAAAATACCATTCATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTGCCTTTGAA
1 AAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * ** * * *
5479 AGCCTTATTACTTACTTTTGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTT--
65 AGCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * * * * * ** *
5542 GTATTGTTAGATAAAATAGATTATATTTGGATGTCTATCTCAAG
130 GT-TT-TTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCT-TAG
* ** * * * ** * *
5586 AAAA-GTGAAGTAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAGACTCTGTTTATAGTCA-CTCATACCTTCG
1 AAAACATGAAG-AAAAACCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCT-ATGCCTTCG
* * * *
5648 AAAGCCTCATTAC-T-CATTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTA-TACTTGATTTCAAATTGAATTT
63 AAAGCCTTATTACATGC--TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAA-TT
* ** * * **
5709 TTTTTACATTTTTTGTT-AAACTATATTATAA-TGTAATGTCTACCACAGG
123 TTTTTACGTTTTTACTTAAAAC-ATATTATAATTG-AATCTCTGCCTTA-G
* * * * * * * * * *
5758 AAAA-ATGAA-ACAGAAGCTATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTTATTCATTAG
1 AAAACATGAAGA-A-AAACCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCG
*** * * * ********** *
5820 AAAAATATTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTAGAATTTTT
63 -AAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * * *
5884 TAATATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-CTCTCATG
126 TTACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGC-CTTA-G
** * * * * * * ********* *
5930 -AAATGTAAAGAAAATACCATTTATTGGCAACAAAAATCTATTNNNNNNNNNNC-ATGCCTTCCA
1 AAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT-TACAGTCACCTATGCCTTCGA
* * * *
5993 AAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATTGA-TGAATTTAAGTTGAGTTTTG
64 AAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-
* * * * * * * *
6055 TTATA-ATTTTT-GTTAAAATAGATTATATTTGAGTGTATG-CTTCA-
125 TT-TACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTT-AG
* * * * *
6099 AGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCAAT-G-ACAGCAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCATGCATT
1 A-AAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTA-AG-AAAAGTCCATTTA-CAGTCACCTATGCCTT
* * * *
6161 TGAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGATTTT
61 CGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG-TTGAATTT
* * *
6225 TTTATAC--TGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-CGTCTGCCTTAG
124 TTT-TACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATC-TCTGCCTTAG
* * * * * * * *
6271 AAAACATGAAGCAAAACCCTCCATTTG-AGAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTATTCATGCATTC
1 AAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTACAGTCAC--CT-ATGCCTTC
* * * * * ** * * * *
6335 AAAAAGCATTATTACTTTCTTT-AATTAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAACTTCAATATT
62 -GAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
6399 TTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
125 TTTACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
* * ** ** * * **
6445 GAAACGTGAAGAAAACACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATGCCTTATAA
1 AAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* ** * * * * * **
6510 GGCAGTATTAC-TCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTAC
65 AGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
6573 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT-ATTCAATTTTTGCCTT-G
128 ACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
* ** * **
6614 AGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGACAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTTC
1 A-AAACATGAAG--AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAA-GTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTC
* * * * * * *
6678 AAAAGTCTTATTACTTGC-TTAAAT-AGTTTTATAATCTCATCATTAATTCTAA-TTTAATTTTT
62 GAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * ** * * * *
6740 TTATATTATTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATATCTGGCTCATG
126 TTACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTA-G
** * * * * * * * * * *
6785 -AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAA
1 AAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * * *
6849 ACCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATTATTGATTTTAGGTT-ATTTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
6913 TTTTTTACTTAAAATAAATTATAATTGACTCTCTGGCTTTG
130 GTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
* * * * **
6954 AAAACGTGAAGAAACAACCATTTATTGGTAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCTATGCTTTTTAA
1 AAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * * * * * *
7019 AACTTTATTAC-TCGCTTTAAGTTG-TTTTATAATCTTATTAATGAATTTAAGTTGAATTGTTTT
65 AGCCTTATTACAT-GCTTTAA-ATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
7082 ACGCTTTTA-GTAAAACATATTATATTTGAATGCT-TACCTTAG
128 ACGTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAAT-CTCTGCCTTAG
* * * * ** * * *
7124 GAAACACGAAGAAAAATCCATTTATTGGTAGGAAAAGTTGATTTACAGTCGCCTATACCTTCTAA
1 AAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * * * * *
7189 AGCCTTATTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TATTGA-TTTAAGATGAATTCTTTTAT
65 AGCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * * * * *
7252 ATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTCCCTCAAG
130 GTTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCT-TAG
* * * * * * ** *
7294 AAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTATTTGAA
1 AAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * * * *
7358 AGCCTTATTACTTGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCA
65 AGCCTTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
7422 AGTTTTT-CATTAGAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
129 CGTTTTTAC-TTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
* *
7464 AAAACATGAA-AAAATACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-TGCCTTCGA
1 AAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA-CCTATGCCTTCGA
* * *
7527 AAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-ACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAGCCTTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
7591 GTATTGTTTG
Statistics
Matches: 2131, Mismatches: 598, Indels: 268
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 77 0.04
169 254 0.12
170 559 0.26
171 552 0.26
172 398 0.19
173 165 0.08
174 96 0.05
175 29 0.01
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACG
TTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATCTCTGCCTTAG
Found at i:7048 original size:509 final size:509
Alignment explanation
Indices: 4396--7796 Score: 1541
Period size: 509 Copynumber: 6.6 Consensus size: 509
4386 NNNNCATGAT
** * * * * *
4396 GAAAACACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATGCTTTACAAAGCCTTATT
1 GAAAACACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTATAAAGCATTATT
* * * **********
4460 ACTCGTTTTAAATAGTTTCATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTNNNNNNNNNNTTTAGT
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACGCATTTTTAGT
* * * * ** * *
4525 TAAAACAGATTATATTCAAT-TTT-CACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAAGTCATTCATTAGTAA
130 TAAAACAGATTATATT-AATGTTTGC-CTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGGCAA
* ** * * * *
4588 GAAAA-GTCCTTTTATAGTCACCTGTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATACTTTTAT
192 -AAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAATAGTTTTAT
* * * * * * *
4652 AATCCCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTA-AATTGCTAGTTAAAATATATTACAATTA
255 AATCTCA-TATT-AATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTG---GTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** ** * * * *
4716 AATATTTACCT-TAGAAATTGTGAAGCAAAAGCTTTCCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGGAC
315 AATATCTCCCTCAAGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * * *
4780 GCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAT
379 ACCCAAGTATTCAAAACCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
4845 GTTGAATGTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATTATTAAATGTCTGGCTTTA-AAAATGT
444 GTTAAAT-TTTTTTACATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGAAAACGT
4909 GAA
507 GAA
* * * * * * **
4912 G-AAACAACCATTTATTGGTAAAAAAAGTTTATTTACAGTCACCTATGCCTTCTGAAGC-TTNNN
1 GAAAAC-ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTATAAAGCATT-AT
******* * * * * *
4975 NNNNNNNTTTAAGTAGTTTTATAATCTT-ATTAATGAA-TTTAAGTTCAATTTTTTTATG--TTT
64 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-TTCA-TAATTAATTTTAAGTTGAA--GTTTTACGCATTT
* ** * * ** *
5036 TTCA-TTAAAACATATTATATTTGAATGCCTACCATAAAAAACGTAAAGAAAAAGAA--AGTT-A
125 TT-AGTTAAAACAGATTATA-TT-AATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-AACCA-TTCA
* * ** * ** * ** *
5097 TT-GTAGGAAAA-GTTGATTTATAGTCTCCCATGGCTTCCAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG
185 TTGGCA-AAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAATA
* * ********** * * * *
5160 GTTTTATAATATCATTATTGANNNNNNNNNNATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTGTAA
248 GTTTTATAATCTCA-TATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAA
* * * * * **********
5225 TTAAATGTTTCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGNNNNNNNNNNTTATAG
312 TTGAATATCTCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * * * * * *
5290 TCACCCATGCATT-AGAAAGCCTTATTACCCGTTTTAAATGGTTTTGTAGTCTCATAATTAATTT
377 TCACCCAAGTATTCA-AAACCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
* ** * * * * *
5354 TAAGTTGAATTTTTTTTTAGTTTTT-CATTAGAGCAGATTATAGTTGAATGTCTACCTTAGAAAA
441 TAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAC-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAA
*
5418 CATGAA
504 CGTGAA
* * * * * ** *
5424 AAAAATACCATTCATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTGCCTT-TGAAAGCCTTATT
1 GAAAACACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTAT-AAAGCATTATT
** ** * * * * * ** * * *
5488 ACTTACTTTTGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTAGA
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACGCATTTTTAGT
* * * ** * * * * **
5553 TAAAATAGATTATATTTGGATGTCTATCTCAAGAAAAGTGAAG-TAAAAGTCA-TCTATTGGC-A
130 TAAAACAGATTATA-TT-AATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTC-ATTGGCAA
* * ** * * * *
5615 AGAAGACTCTGTTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCAT-TTTAAATAGTTTTA
192 AAAAG-GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT--TGCTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * *
5679 TAATCTTATACTTGATTTCAAATTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTATATTATAA-TGT
254 TAATCTCATA-TTAATTT-AAGTT-AAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTG-
* * * * * * * * * * *
5743 AATGTCTACCACAGGAAAAATGAAACAGAAGCTATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGCC
315 AATATCTCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * *** * * * * **********
5807 A-CTTATTCATTAGAAAAATATTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCANNNNNNNNNN
379 ACCCAAGT-ATT-CAAAACCCTTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
* * *
5870 TAAG-TAGAATTTTTTAATATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-CTCTCATG-AA
441 TAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGC-CTTA-GAAA
* *
5932 ATGTAAA
503 ACGTGAA
* * * * * ********* ** *
5939 GAAAATACCATTTATTGGCAACAAAA-ATCTATTNNNNNNNNNNC-ATGCCTTCCAAAGCCTTAT
1 GAAAACACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATT-TATAGTCACCTATGCCTTATAAAGCATTAT
* * * *
6002 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTT-ATTGATGAA-TTTAAGTTG-AGTTTT--GTTATAAT
64 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-TTCA-TAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACG-CAT--T
* * * * * ** * *
6062 TTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAGTGTATG-CTTCAAGAAATATGAAG-AAAAAGCCATTCAA
124 TTTAGTTAAAACAGATTATA-TT-AATGTTTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCAT
* * * * * ** * *
6125 TGACAGCAAAA-GTCTATTTATCA-TCACCCATGCATTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-
186 TGGCA-AAAAAGGTCCATTTAT-AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAATA
* * * * * *
6187 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATT-GATTTTTTTATACTGTTAGTTAAAACAGATTA
248 G-TTTTATAATCTCAT-ATT-AATTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTA
** * * * * * * *
6251 TAATTGAACGTCTGCCT-TAGAAAACATGAAGCAAAA-CCCTCCATTTG-AGAGAAAAGTCCACT
309 TAATTGAATATCTCCCTCAAGAAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* * * * * * * * * *
6313 TATAGTCACTATTCATGCATTCAAAAAGCATTATTACTTTCTTTAATTAGTTTTATAATCTCACA
372 TATAGTCAC---CCAAGTATTC-AAAACCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATA
* * * * * * *
6378 ATTAATTTTAACTTCAATATTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
433 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTT
*
6443 AGGAAACGTGAA
498 AGAAAACGTGAA
** * * * *
6455 GAAAACACCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTTTTTATAGTCACCCATGCCTTATAAGGCAGTATT
1 GAAAACACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTATAAAGCATTATT
* *
6519 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACACATTTTTAGT
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACGCATTTTTAGT
* *
6584 TAAAACAGATTATATTCAATTTTTGCCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGACAAA
130 TAAAACAGATTATATT-AATGTTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGGCAAA
* * *
6648 AAAGGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTAAATAGTTTTATAAT
193 AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAATAGTTTTATAAT
*
6713 CTCATCATTAATTCTAA-TTTAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATATC
258 CTCAT-ATTAATT-TAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATC
** * * * **
6776 TGGCTCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAG
321 TCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
* * * *
6841 TCTTCAAAACCCTTATTACATGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTAATTATTGATTTTAGGTT-AT
386 TATTCAAAACCCTTATTACATGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * *
6904 TTTTTTTACTTTTTTACTTAAAATAAATTATAATTGACTCTCTGGCTTTGAAAACGTGAA
450 TTTTTTTACATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAA
* * * * * *
6964 G-AAACAACCATTTATTGGTAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCTATGCTTTTTAAAACTTTATT
1 GAAAAC-ACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTATAAAGCATTATT
* * *
7028 ACTCGCTTTAAGTTGTTTTATAATCTT-ATTAATGAA-TTTAAGTTGAATTGTTTTACGC--TTT
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-TTCA-TAATTAATTTTAAGTTGAA--GTTTTACGCATTTT
* * * ** * *
7089 TAG-TAAAACATATTATATTTGAATGCTTACCTTAGGAAACACGAAG-AAAAATCCATTTATTGG
126 TAGTTAAAACAGATTATA-TT-AATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGG
* * ** * * * * ** * *
7152 TAGGAAAA-GTTGATTTACAGTCGCCTATACCTTCTAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATGGTTT
189 CA-AAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-CTTAAATAGTTT
* * * * * * *
7216 TATAATCTCATATTGATTTAAGATGAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAT
252 TATAATCTCATATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * *
7281 TGTTTCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
317 TATCTCCCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ** * * * *
7346 CATGTATTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
382 CAAGTATTCAAAACCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
7411 AAATTTTTTCA-AGTTTTT-CATTAGAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAA
447 AAATTTTTTTACA-TTTTTAC-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAA
* * * ** *
7474 -AAAATACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCT-TGCCTTCGAAAGCCTTATT
1 GAAAACACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTATAAAGCATTATT
** * * * * ** *
7537 ACTTACTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTGTTT-G
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACGCATT-TTTAG
* * * * * *
7601 TTAAAATAGA-TATATGTAGATGTTCGTCTCAGGAAAAGTGAAGCAAAAGAA--A-TCTATTGGC
129 TTAAAACAGATTATAT-TA-ATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAAAACCATTC-ATTGGC
* * ** * *
7662 -AAGAAGACTCTGTTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
190 AAAAAAG-GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAATAGTTTT
* * *
7726 ATAATCTCATACTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATAT-
253 ATAATCTCATA-TTAA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAAT-TG
7790 AATATCT
315 AATATCT
7797 ACCATAGGAA
Statistics
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0.71 0.20 0.09
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519 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
GAAAACACCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTATAAAGCATTATTA
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTACGCATTTTTAGTT
AAAACAGATTATATTAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAACCATTCATTGGCAAAAAA
GGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATATTAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTCCCT
CAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTATTC
AAAACCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
TACATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAA
Found at i:10171 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9024--11346 Score: 1045
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 168
9014 TAAGGTAGGT
* * * *
9024 ATTCAAATATAATATGTTTAAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAAT-ACGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATT-ATGA-GAT
* * * * * *
9088 TATAAAACTACTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTGTAAAT-GATATTTT
64 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCAT-GGTGACTATAAATAGA-CTTTT
* * * * ** **
9152 CTTATCAATAAATAGTG-GTTTA-TTCACGTTT-TCAAAGTTAGAC
126 CTTACCAATGAAT-G-GCTTTTATTTCATGTTTCT-TGAGGCAGAC
* * ** * * ** * *
9195 ATTCAATTATAATTTATTTTAAGTAAATATATAAAAACAATTCAACACAAAGTCA--ATTAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAA-AATTCAACTTAAATTCATTATGAGATT
** * * * * * * * *
9258 ATAAAA-TCATTTAAAATGAGTAATAAAGTTTTTGAAGACTTAAGCGTCTATAAATGGACTTTTC
65 ATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * ** * * * *
9322 TTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAGGCAAAT
127 TTACCAATGAATGGCTTTTATTTCATGTTTCT-TGAGGCAGAC
* * * * * ** * * *
9364 ATTCAATTGTAATCTATTTTGACTAACAATTTAAAAAGAACTTTAACTTAAAATCAATAATGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAA-AA-TTCAACTTAAATTC-ATTATGAGA
* ** * * * *
9429 TTATAAAAGTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCACGAATGACTATAAATGGACTTTT
63 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATG-GTGACTATAAATAGACTTTT
* * * ** ** * * *
9494 CTTGCCAATGAAAT-ACTTTTTTCTTCACATTTCTAAAGGTAAAA
126 CTTACCAATG-AATGGCTTTTAT-TTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* * ** ** * * *
9538 ATTGAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGTAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAAATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTATGAGATT
* * * *
9602 ATAAAACTATTT-AAGACGAGTAATAAGGCTGT-GTAAGGCATGGGAGACTGTAAATGGACTTTT
65 ATAAAACTATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCG-AA-GCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTT
* ** ** *** * *
9665 GTTGTCAATGAATGG-TATTT-TCTTCACATTTCCCAAGGTAAAC
126 CTTACCAATGAATGGCT-TTTAT-TTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* *** * ** * *
9708 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAATATTCAGGTTAAAATCAATTGTGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTATGAGATT
* * * *
9773 ATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTC-
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCT
* ** * * * *
9837 TCCCAAATTG-ATGGCTTTTGCTTCACGCTTCCTAAGGCAGAC
128 TACC-AA-TGAATGGCTTTTATTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * * ** *
9879 ATTCATTTGTAATTTGTTTTAACTAACAGTATGAAAAAA-TCAAACTTTAAA-TCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTC-AAC-TTAAATTC-ATTATGAGA
** * *
9942 TTAT-AAACTCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG-GCAATGATAAATAGACTT
63 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGTG-ACT-ATAAATAGACTT
* * * * *
10005 TTGTTGCCATTGAATGGCTTTCT-TTTCATATTTCTTGAGGCATAC
124 TTCTTACCAATGAATGGCTTT-TATTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * * * * *
10050 ACTCAAATATAATCTATTTTAATAAATAAAAATAACAAAACTCAACTTAAATTCATTAATAAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA-AAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATT-ATGAGAT
* * *
10115 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGCCATAGGTGACTATAAATAGATTTTTG
64 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
10180 TTGCCAATAAATGACATTTTCTTTACA--TTTCCTGAGAG-AGAC
127 TTACCAATGAATGGC-TTTTATTT-CATGTTTCTTGAG-GCAGAC
* * ** * * * *
10222 ATTCAATTTTAATTTGTTTTAAGTAAAAATATTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT---A-T
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTATGAGATT
** * *** * * *
10283 GCAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATATTTTCGAATGCATAAGTGGCTATAAATAAACTTTTCT
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *
10348 CT-CCAATGGATGGCTTCTATTTCATGTTTCCTGTGGTAAAC
128 -TACCAATGAATGGCTTTTATTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* * ** * *
10389 ATT-ATATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA-TATGAAA-TCAAGTATGAG
1 ATTCA-ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACT-T-AAATTC-ATTATGAG
* * * * * *
10451 ATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTCGAATGTATGAGTGACTATAAACAGAGTC
62 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATG-GTGACTATAAATAGACTT
* * * * * *
10515 ATCTTGCCAATGGATGTCTTTTACTTCACT-TTTCTTGAGACAGAC
124 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTATTTCA-TGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * * * *
10560 ATCCAAATATAATCTATTTTAACAAACAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTT-AAATTCATTATGAGATT
* *** ** * * * *
10625 ATAAAACCATCCGAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAGGGTGACTATAAATGGATTTTTCC
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GC-ATGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
10690 TACCAATAAAT-GATATTTTTTTTATGTCTT-TTGAGACAGAC
128 TACCAATGAATGGCT-TTTATTTCATGT-TTCTTGAGGCAGAC
* ** * *
10731 ATTCAATTATAATCTGTTCTAATGAAAAACTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACAT-AAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTATGAGAT
* * * * *
10796 TACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTC
* ** * * *
10861 TTACCAATTG-ATAGCTTTTGCTTCTTTTTTCTTGAGAG-AAAC
127 TTACCAA-TGAATGGCTTTTATTTCATGTTTCTTGAG-GCAGAC
* * * * * * *
10903 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAATATACAAGAATTCAGCTTAAA-TCAATAATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTATGAGATT
* * *
10967 ATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTT-GAAAGGTATGGACGACTATAAATCA-ACTTTT
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AA-GCATGG-TGACTATAAAT-AGACTTTT
* * * * * * * * *
11030 CCTACCAATAAATGACTTTT-TCTTTACGTTTCCTAAGGTAGGC
126 CTTACCAATGAATGGCTTTTAT-TTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* * *
11073 ATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATT-ATGAGATT
* * * * * *
11138 ATAACACTACTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTCAAAAGGTATAGGTGACTGTAAAT-GAACTTTT
65 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAA-GCAT-GGTGACTATAAATAG-ACTTTT
* * ** * *
11201 CTTACCAATAAATGG-TTGTT-TCTTCACGTTT-TCAAAGCCAAAC
126 CTTACCAATGAATGGCTT-TTAT-TTCATGTTTCT-TGAGGCAGAC
* * ** ** ** * *
11244 ATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAATTAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACAT-AAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTATGAGAT
*
11309 TATAAAATCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 TATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
11347 ACTTAAGCAT
Statistics
Matches: 1669, Mismatches: 382, Indels: 202
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 9 0.01
167 115 0.07
168 11 0.01
169 113 0.07
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174 27 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTATGAGATTA
TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
CAATGAATGGCTTTTATTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
Found at i:10846 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10396--11172 Score: 796
Period size: 343 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
10386 AACATTATAT
* * ** * * *
10396 TATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAA-TATGAAATCAAGTATGAGATTATAAAA
1 TATAATATGTTCTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
10460 TCATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTCGAATGTATGAGTGACTATAAACAGAGTCATCTTGCCAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAAACAGACTCATCTTACCAA
*
10525 TGGAT-GTCTTTTACTTCACTTTTCTTGAGACAGACATCCAAATATAATCTATTTTAACAAACAA
130 TGGATAG-CTTTTACTTCACTTTTCTTGAGACAAACATCCAAATATAATCTATTTTAACAAACAA
* * * *
10589 TACAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATCCGAAGTAAGTAATAAGGC
194 TACAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATCCAAAGCAAGTAATAAGGC
** ** * * *
10654 TTTCG-AAGGCAAGGGTGACTATAAATGGATTTTTCCTACCAATAAATGA-TATTTTTTTTATGT
258 TTT-GAAAGGCAAGGACGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGACT-TTTTCTTTACGT
* * *
10717 CTT-TTGAGACAGACATTCAAT
321 -TTCCTAAGACAGACATTCAAA
* ** * *
10738 TATAATCTGTTCTAATGAAAAACTTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
1 TATAATATGTTCTAACAAAAAACAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** **
10803 CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATCG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCAT-GAGTGACTATAAACAGACTCATCTTACCA
* * ** * * * * *
10867 ATTGATAGCTTTTGCTTCTTTTTTCTTGAGAGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAA
129 ATGGATAGCTTTTACTTCACTTTTCTTGAGACAAACATCCAAATATAATCTATTTTAACAAACAA
* * * * * ** **
10932 TATACAAGAATTCAGCTTAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCT
194 TACAAAAAAATTCAACTTAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATCCAAAGCAAGTAATAAGGCT
* *
10997 TTGAAAGGTATGGACGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGACTTTTTCTTTACGTTTC
259 TTGAAAGGCAAGGACGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGACTTTTTCTTTACGTTTC
** *
11062 CTAAGGTAGGCATTCAAA
324 CTAAGACAGACATTCAAA
* * * *
11080 TATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTAATAAGATTATAACA
1 TATAATATGTTCTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAA
* * *
11144 CTACTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTCAAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA
11173 AGGTATAGGT
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 74, Indels: 18
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.03
341 53 0.15
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343 151 0.43
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (341 bp):
TATAATATGTTCTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGAGTGACTATAAACAGACTCATCTTACCAAT
GGATAGCTTTTACTTCACTTTTCTTGAGACAAACATCCAAATATAATCTATTTTAACAAACAATA
CAAAAAAATTCAACTTAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATCCAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
GAAAGGCAAGGACGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGACTTTTTCTTTACGTTTCCT
AAGACAGACATTCAAA
Found at i:11438 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 8960--11455 Score: 1930
Period size: 513 Copynumber: 4.9 Consensus size: 513
8950 NNNNNNCATA
* * * * *
8960 GACGACTATAAATCAACTTTT-TCTACCAATAAATGTCTTTTTCATT-ACGTTGCCTAAGGTAGG
1 GACGACTATAAATCAACTTTTCT-TGCCAATAAATGACTTTTTC-TTCACATTTCCTAAGGTAGA
* * * * *
9023 TATTCAAATATAATATGTTTAAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATACGAT
64 CATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGAT
* * *
9088 TATAAAACTACTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAGGTGACTGTAAATGATA-TTTT
129 TATAAAACTA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATAGGTGACTGTAAATGA-ACTTTT
* * * * ** * *
9152 CTTATCAATAAATAGTGGTTTATTCACGTTTTCAAAGTTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAA
192 CTTACCAATAAATGGT-TTTTCTTCACGTTTTCAAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** * * **
9217 GTAAATATATAAAAACAATTCAACACAAAGTC---AATTAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGT
256 GTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
9279 AATAAAGTTTTTGAA-GACTTAAGCGTCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTGC
321 AATAAGGCTTTTGAATG-CATAAGC-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGC
* * * * *
9343 TTCACGTTTTCTAAGGCAAATATTCAATTGTAATCTATTTTGACTAACAATTTAAAAAGAACTTT
384 TTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAGAA-TTC
* **
9408 AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAGT-ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCA
448 AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCA
*
9471 CG
512 TG
* * ** *
9473 AATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAT-ACTTTTTTCTTCACATTT-CTAAAGGTAA
1 GACGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAAT-AAATGAC-TTTTTCTTCACATTTCCT-AAGGTAG
* * * ** ** * *
9536 AAATT-GAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGTAAAACTTCAACTTAAAATCAATT-ATGAA
63 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTC-ATTAAT-AA
* * * *
9599 -ATTATAAAACTATTTAAGACGAGTAATAAGGCTGT--GTAAGGCATGGGAGACTGTAAATGGAC
126 GATTATAAAACTATTAAAG-CGAGTAATAAGGCT-TCAG-AAGGCATAGGTGACTGTAAATGAAC
* ** * * * * ** *
9661 TTTTGTTGTCAATGAATGGTATTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
188 TTTTCTTACCAATAAATGGT-TTTTCTTCACGTTTTCAAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * ** ** * * *
9726 TTAA-TAAAAAGTGT-AAAAATATTCAGGTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTAATTAAAG
252 TTAAGTAAAAA-TATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
9789 CGAGTAATAATGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTC-TCCCAAATTGATGGCT
316 CGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATAAG-CACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATAGCT
* * * * * * * * *
9853 TTTGCTTCACGCTTCCTAAGGCAGACATTCATTTGTAATTTGTTTTAACTAACAGTATGAAAA-A
379 TTTGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAGA
* * ** *
9917 A-TCAAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCAAA
444 ATTC-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
9980 GGCATG
508 GGCATG
* * * * * * * * * * *
9986 GGC-AATGATAAAT-AGACTTTTGTTGCCATTGAATGGCTTTCTT-TTCATATTTCTTGAGGCAT
1 GACGACT-ATAAATCA-ACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTT-TTCTTCACATTTCCTAAGGTAG
* * * * * *
10048 ACACTCAAATATAATCTATTTTAATAAATAAAAATAACAAAACTCAACTTAAATTCATTAATAAG
63 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAA-AAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAG
** * * *
10113 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGCCATAGGTGACTATAAAT-AGATTT
127 ATTATAAAACTA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATAGGTGACTGTAAATGA-ACTT
* * ** * * * ** * * *
10177 TTGTTGCCAATAAATGACATTTTCTTTACATTTCCTGAGAGAGACATTCAATTTTAATTTGTTTT
190 TTCTTACCAATAAATG-GTTTTTCTTCACGTTTTCAAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * **
10242 AAGTAAAAATAT-TAAAAAATTAAACTTAAAATC---AATTATA-TGCAAAACCATTTAAAGCGA
254 AAGTAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
** ** ** * *
10302 GTAATAA-TATTTTCGAATGCATAAGTGGCTATAAATAAACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTC
319 GTAATAAGGCTTTT-GAATGCATAAG-CACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATAGCTTT
** * * ** * * * * * *
10365 TATTTCATGTTTCCTGTGGTAAACATT-ATATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AA
381 TGCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCA-ATTGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAGAA
* * * *
10428 TTTAA-TATGAAATCAAGT-ATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTCG-A
445 TTCAACT-TAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAA
* *
10489 ATGTAT-
507 AGGCATG
* * ** ** * * * * * **
10495 GAGTGACTATAAA-CAGAGTCATCTTGCCAATGGATGTCTTTTACTTCACTTTTCTTGAGACAGA
1 GA-CGACTATAAATCA-ACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * *
10559 CATCCAAATATAATCTATTTTAACAAACAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT-ATGAGA
64 CATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTT-AAATTCATTAATAAGA
* ** ** * * *
10623 TTATAAAACCATCCGAAGTAAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCA-AGGGTGACTATAAATGGATTT
128 TTATAAAACTAT-TAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCAGAAGGCATA-GGTGACTGTAAATGAACTT
* * * * * ** *
10686 TTCCTACCAATAAATGATATTTTTTTTATGTCTTT-TGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTC
190 TTCTTACCAATAAATGGT-TTTTCTTCACGT-TTTCAAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
10750 TAA-TGAAAAACT-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAA
253 TAAGT-AAAAA-TATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** * * *
10813 CGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTGATAGCTT
316 CGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATAAG-CACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTT
** * * * *
10878 TTGCTTC-TTTTTTCTTGAGAG-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAACAATAT-ACAAG
380 TTGCTTCACGTTTTC-TAAG-GCAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAG
* *
10940 AATTCAGCTT-AAATCAATAATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGAAA
443 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
*
11003 GGTATG
508 GGCATG
* * * * *
11009 GACGACTATAAATCAACTTTTCCTACCAATAAATGACTTTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGGCA
1 GACGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACA
*
11074 TTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGATTA
66 TTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGATTA
* * * *
11139 TAACACTACTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCAAAAGGTATAGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTT
131 TAAAACTA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATAGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTT
* * * *
11204 ACCAATAAATGGTTGTTTCTTCACGTTTTCAAAGCCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAGTA
195 ACCAATAAATGGTT-TTTCTTCACGTTTTCAAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGTA
* * * *
11269 AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAATTAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAAT
259 AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
11334 AAGGCTTTTGAA-GACTTAAGCATCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTC
324 AAGGCTTTTGAATG-CATAAGCA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTC
* * *
11398 ACGTTTTCTAAGGCAAATATTTAATTGTAATCTATTTTAACCAACAATTTAAAAAGAA
387 ACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAGAA
11456 ATTTANNNNN
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 3 0.00
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515 133 0.09
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (513 bp):
GACGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACA
TTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTAATAAGATTA
TAAAACTATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATAGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTA
CCAATAAATGGTTTTTCTTCACGTTTTCAAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGTAAA
AATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAATGCATAAGCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGT
TTTCTAAGGCAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAGAATTCAACTTAAA
ATCAATAATGAGATTATAAAACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATG
Found at i:12620 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11994--13124 Score: 794
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
11984 NNNNNNNNAC
* * * * * *
11994 TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTTAAATTGTTAGTTAAAATAGATTAC
1 TTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGTTAAA-TT-GTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
12059 AATTGAATATTTACCT-TAGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
63 AATTGAATGTTT-CCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
12123 TAGACGCTTAAGTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
126 TAGTCACTTATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ** * * ** * *
12167 TTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTCTTAAAATAGATTAAA
1 TTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGTT-AAATTGTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTATA
* ** * * *
12232 ATTGAATGTTTGGCT-TTGAAAACATGAAGAAACAA-CCATTTATTGGTAAGAAAAGTTCATTTA
64 ATTGAATGTTT-CCTCAAGAAAA-GTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
** * * * * * *
12295 CGGTCACCTATACCTTCTGAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAGTAG
126 TAGTCACTTATGCCTT-TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * **
12339 TTTTATAATCTTATTAATGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATGT
1 TTTTATAATCTCATTATTG-ATTTAAGTTAAATTGTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * * * **
12404 TTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTAAAAAAAAAGCTATTTATTGGTAGGAAAAGTTGATTTATAG
65 TTGAATG-TTTCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * *
12469 TCGTTTATGCCTTTCAAAGCCTTATTGCACGCTTTAAATAG
129 TCACTTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
12510 TTTTATAATCTCATTATTGATTTAAGCTAAATTATTTTATATTCTTGGTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTTATAATCTCATTATTGATTTAAGTTAAATTGTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* *
12575 TGAATGTTTCTCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGT
66 TGAATGTTTC-CTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * *
12640 CACCAATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGG
130 CACTTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** *
12680 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTTA-AGTTCTTCATTAGAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATTATTGATTTAAGTTAAATTGTTTTATA-TTCTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * *
12744 TTGAATGTTTGTCTCAA-AAAATATGAA-AAAAATGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTAT
65 TTGAATGTTT-CCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * ** *
12807 AGTCACCTT-TACC-TTCGGAAGCCGTATTACTTACTTTAGATGG
127 AGTCA-CTTATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * * *
12850 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATT-TGTTTGTATTGTTTGTTAAAATAGATTATT
1 TTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGTTAAATTGT-TTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
12914 TTTGGATGTCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAACAAAACTCTATTTATA
64 ATTGAATGT-TTCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
12979 GTCACTCATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
128 GTCACTTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** * * * * * *
13021 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGGATT-TTTTAATATTTTTGCTGAAAAAAAATTAAA
1 TTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGTTAAATTGTTTT-ATATTCTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
13085 ATTGAATGTCTCCCTC-AGAAAATGTAAAGAAAATGCCATT
64 ATTGAATGT-TTCCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATT
13125 TATTTGCAAC
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 176, Indels: 54
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.02
170 280 0.37
171 285 0.38
172 139 0.18
173 37 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTTTATAATCTCATTATTGATTTAAGTTAAATTGTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTTTCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:13008 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11994--13124 Score: 659
Period size: 170 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
11984 NNNNNNNNAC
* * * * * * *
11994 TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTTAAATTGTT-AGTTAAAATAGATTA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA-TT-TTTTTAAGTTCTTCA-TTAAAACAGATTA
* * * * * * * * * * *
12058 CAATTGAATATTTACCT-TAGAAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
63 TAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTT
* * * ** *
12122 ATAGACGCTTAAGT--CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
127 ATAGTCAC-CAA-TACCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * * *
12167 TTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAGTTGATTTTGTTTTACATTTTTTC-TTAAAATAGATTAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTT-TTTTA-AGTTCTTCATTAAAACAGATTAT
* * ** * * * *
12231 AATTGAATGTTTGGCT-TTGAAAACATGAAGAAACAA-CCATTTATTGGTAAGAAAAGTTCATTT
64 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAA-GTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTT
** * ** * *
12294 ACGGTCACCTATACCTTCTGAAA-CTTTATTACTCGCTTTAAGTAG
127 ATAGTCACCAATACCTT-TGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * ** *
12339 TTTTATAATCTTATTAA-TGAATTTAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAAATTAT
1 TTTTGTAATCTCA-TAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTA-AGTTCTTCATTAAAACAGATTAT
** * * * * * * * * * * * **
12402 GTTTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTAAAAAAAAAGCTATTTATTGGTAGGAAAAGTTGATTTAT
64 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
**** * * * * * *
12467 AGTCGTTTATGCCTTTCAAAGCCTTATTGCACGCTTTAAATAG
129 AGTCACCAATACCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * ** *
12510 TTTTATAATCTCATTATTGA-TTTAAGCTAAATTATTTTATA-TTCTTGGTTAAAACAGACTATA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTA-AGTTCTTCATTAAAACAGATTATA
* *
12573 ATTGAATGT-TTCTCTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
65 ATTGAATGTCTGC-CTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
* * * *
12637 AGTCACCAATGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGG
129 AGTCACCAATACCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
12680 TTTTGTAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTAAGTTCTTCATTAGAACAGATTATAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTAAGTTCTTCATTAAAACAGATTATAA
* * * * *
12744 TTGAATGTTTGTCTCAA-AAAATATGAA-AAAAATGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTAT
66 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
** * * * ** *
12807 AGTCACCTTTACCTTCGGAAGCCGTATTACTTACTTTAGATGG
129 AGTCACCAATACCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** *
12850 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATTTGTTTGT-A-TTGTTTGTTAAAATAGATTAT
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTT-TTT-TAAGTTCTTCATTAAAACAGATTAT
** * * * * * *
12913 TTTTGGATGTCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAACAAAACTCTATTTAT
64 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTAT
*
12978 AGTCACTC-ATACCTTTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCAC-CAATACCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
13021 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGGA-TTTTTTAATATTTTTGC-TGAAAAAAAATTAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTAA-GTTCTT-CATTAAAACAGATTAT
* * *
13084 AATTGAATGTCTCCCTC-AGAAAATGTAAAGAAAATGCCATT
64 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAA-GTGAAGAAAAAGCCATT
13125 TATTTGCAAC
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 171, Indels: 60
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 15 0.02
170 286 0.38
171 276 0.36
172 138 0.18
173 42 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTAAGTTCTTCATTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAG
TCACCAATACCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:13706 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13422--13775 Score: 405
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
13412 NNNNNNNNNN
* *
13422 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTCATACTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTTAAACTTTTTCATA-TGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * * * * *
13487 GCCTGCCTTACGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAGAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTT
65 GCCTACCTTACGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTTGAAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTC
* *
13552 ATGCATT-CGAAA-GCATTATTACTTGCTTTAATTAGTTTTAT
130 ATGCATTAC-AAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
13593 TATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTTTTCAT-T-TTAGTTAAAATAGTTTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTT-AA-ACTTTTTCATATGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAA
* * * * *
13656 TGTCTACCTTAGGAAACATGAA-AAAAACACCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
64 TGCCTACCTTACGAAACATGAAGAAAAA-ACCATCCATTTGA-AAGAAAAGTCCACTTATAGTCA
* *
13719 CTCATGCCTTACAAAGGCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
127 CTCATGCATTACAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
13763 AATCTCATAATTG
1 AATCTCATAATTG
13776 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 23, Indels: 13
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.05
170 111 0.72
171 25 0.16
172 1 0.01
173 9 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAACTTAAACTTTTTCATATGTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
CCTACCTTACGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTTGAAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCA
TGCATTACAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
Found at i:14620 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 14063--14833 Score: 444
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
14053 TCCATTGGAG
* * * ** * * * * * *
14063 AGAAAAGTTCATTTATAGCCACTTATGCATT-CAAAAACATTTTTATTCGCTTTAAATAGTTTTG
1 AGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCATTACGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
* ** * * * * * *
14127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTAATATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAA
66 TAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTCATATGTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** * ** * * * ** *
14192 TGTCTCCCTCATG-AAATGTAAACAAAATACCATTTATTGGCA
131 TGTCGACCTTA-GAAAACATGAAGAAAACACCATCCATTGACA
* * * * * * * * * * *
14234 ACAAAAATCTATTTACAATCACCCATGCCTT-CCAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCATTACGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * * * * *
14298 TAATCTT-ATTGA-TGAATTTATGTTGAGTTTTTTTATGTTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTG
66 TAAT-TTCA-TAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTCATATGTGTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
14361 AGTGTATG-CATCA-AGAAATATGAAGAAAA-AGCCATTCAATGGC-
129 AATGT-CGACCTTAGA-AAACATGAAGAAAACA-CCATCCATTGACA
* * * * * ** *
14404 AGCAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCATGCCTT-TGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 AG-AAAAGTCCACTTAT-AGTCACCCATGCATTACGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATAGTTT
* **
14467 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTGAT-TTTTCATACTGT-TAGTTAAAACAGATTATAATT
64 TATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTCATA-TGTGTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
14530 GAATGTCGGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAC-CCATCCATTTGA-G
128 GAATGTCGACCTTAGAAAACATGAAG-AAAACACCATCCA-TTGACA
* * ** *
14575 AGAAAAGTCCACTTATTGTTACTTATGCATT-CGAAAGCATTATTACAT-GTTTTAATTAGTTTT
1 AGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCATTACGAAAGCATTATTAC-TCGTTTTAAATAGTTTT
* * * *
14638 ATAATTTCACAATTGATTTTAACTTCAATATTTTTATATTTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTCATATGTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
14703 ATGTCTACCTTAGGAAACATGTAGAAAACACCATTCATTGACA
130 ATGTCGACCTTAGAAAACATGAAGAAAACACCATCCATTGACA
* * * * **
14746 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTAC-AAGGCCGTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCATTACGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
*
14810 TAATTTCATAATTAATTTTAAGTT
66 TAATTTCATAATTGATTTTAAGTT
14834 GAAGTNNNNN
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 111, Indels: 50
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 133 0.29
171 325 0.70
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCATTACGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
TAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTCATATGTGTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCGACCTTAGAAAACATGAAGAAAACACCATCCATTGACA
Found at i:16792 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15015--16909 Score: 1030
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 170
15005 TTCATTAGTA
* * * ** *
15015 AGAAAAGTCCT-TTTATAGTCTCTCGTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATACG-TTT
1 AGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTT
* * * * * * * * *
15078 ATAATCCCATTATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTTAAATTGTCAGTTAAAATAGATTACAATT
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * **
15143 GAATATTTACCT-TAGAAAACGA-AAAGCAAAAGCTATCCATTACCA-
126 GAATGTCTGCCTCAAG-AAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATT-TGAG
* * * * * *
15188 AGAAAAGTCTATTTATAGAT-GCTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCTATTTATAG-TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
15252 TAATCTAATTATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAATAGATTATAATT-
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTG
* ** * ** *
15315 AATTGTCTGGCT-TTGAAA-ATGTGAA--AAACAACCATTTATTGGTA-
127 AA-TGTCTGCCTCAAGAAACA--TGAAGCAAA-AGCCATCCATTTG-AG
* * * * * *
15359 AGAAAAGTTTATTTACAGTCAC-CTATGCCTTCTG-AAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTAGTTTT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
15422 ATAATCTTACTAA-TGAATTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTG
64 ATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * ** ** *
15486 AATGCCTACCAT-AAAAAACGTAAAAAAAAAAGAAAGT-TA-TTGTAG
127 AATGTCTGCC-TCAAGAAACAT-GAAGCAAAAGCCA-TCCATTTG-AG
* * * * * *
15531 -GAAAAGT-TGATATATAGTCTCCCATGGCTTCCAAAGCCTTATTA-TATGCTTTAAATGGTTTT
1 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
15593 ATAATATCATTATTGA-TTTAAGCTGAATTCTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
15657 ATGTTTCCCTCAAGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-
128 ATGTCTGCCTCAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-AG
* * * * * * * * *
15700 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCATTAGAAAACCTTATGACCCGTTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
15765 AGTCTCATAATTCATTTTGAGTTGAATTTTTTTTAAGTTTTTCA-TTAGAACAGATTATAATTGA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-A-TTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
15829 ATGTCTACCT-TAGAGAACATGAA-AAAAATACCATTCATTAGTAG
128 ATGTCTGCCTCAAGA-AACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTTG-AG
* * ** **
15873 -GAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTTGATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
15936 TAATTTCATAATT-AGTTTTCAA-TTGAATTGTTTTGTATTGTTT-GTTAAAATAGATTATATTT
65 TAATCTCATAATTGA-TTTT-AAGTTGAATT-TTTTATATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
15998 GGATGTCTGTCTCAAGAAAAATGAAGTAAAAGTCATCCA-TTG-G
126 GAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG
* * * * *
16041 CA-AAAAGACTCTGTTTATAGTCATTCATACCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAGATGGTTT
1 -AGAAAAG--TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
16105 TATAATCTCATACTTGATTTCAAATTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTATAATATAAT
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATAAT
* * * * * *
16169 AT-AATGTCTACCAT-AGGAAATATGAAACAAAAGCCATCTATTGGAG
125 -TGAATGTCTGCC-TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG
* * * * * * * *
16215 AGAAAAGTTTATTTATAG-CACTTATGCATTCGAAAACATTATTATTCGCTTTAAATGATTTTGT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
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16279 AATTTCATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTAAATATTTTTACTTAAAACAAATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
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16344 GTCTCCCTCACGAAATGTAAAG-AAAATATCATTTATTGGCA-
130 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTTG-AG
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16385 ACAAAAATCGATTTACAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
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16450 AAACTTATTGA-TGAATTTAAGTTGAGTTTTGTTATGTTTTT-TTTTAAACAGATTAT-ATTTAA
66 AATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
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16512 GTGTATGCTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCA-ATG-G
129 -TGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG
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16553 CAGCAAAAGTCTATTTATCA-TCGCCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 -AG-AAAAGTCTATTTAT-AGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
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16617 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTTTTTCATACTATTAGTTAAAACAGATTATAATT
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
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16681 GAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCATTTGAG
126 GAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG
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16726 AGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCATACATTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAATTAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
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16791 AATCTCACAATTGATTTTAACTTAAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
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16856 GTCTGCCTCAGGAAACGTGAAG-AAAACACCATTCA-TTGACA
130 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTTGA-G
16897 AGAAAAGTCTATT
1 AGAAAAGTCTATT
16910 CACCCATGTC
Statistics
Matches: 1328, Mismatches: 299, Indels: 192
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 40 0.03
170 342 0.26
171 597 0.45
172 250 0.19
173 90 0.07
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGAG
Done.