Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399253.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2520.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3525
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.32
Warning! 526 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1414 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2--1925 Score: 1045
Period size: 172 Copynumber: 11.2 Consensus size: 173
1 G
* * * * * * *
2 CTTTAAATGGTTGTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAA
** * * * * * ** *
66 A-AGGCTATAATTGAATGTCTTCCT-TAAAGAACGTGAAGCAAAAGACAACCATTAGCACA-AAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAA
* * * * *
128 AG-TCTATTTATAGTCACTC-TAGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCG
129 AGTTCTATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
172 CTTTAAATGCTTTTTTATTATATCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATG--GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTA
* * * * * * ** * *
237 AAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAACGTGACGTGAAAA-GCATTTGTTGACTAGAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
301 AAG-CCCATTTATAATCACCTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTAA
128 AAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
346 CTTTAAATAGATTTATAGTCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAATTCTTTGTAAATTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAA
* * * ** *
411 ACAGATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTAGCAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
476 -TGTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACA
131 TTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * **
518 CNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTCATTT-T-CATATTTTACACT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC-TTTGTAAAT-TTTTA-GTT
* * * * **
580 AAAACAGACTACAATTGAAT-TCTTACCT-GAGGAAAGGAGCAA-AAAAAACCATTCATTAGG-A
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGA-GAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATT-GGCA
* * * * * * * * *
641 AGAAAAG-TCTATTTATAATCTCTCGTTCTTTTAAAAGCTTTAATACTCG
124 AGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
690 TTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTT-GGATTGAATGTTTTTTGT--ATTTTTAGTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA--TTCTTTGTAAATTTTTAGTT
* * * ** * ****
752 AAAACATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAAATTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGC-NNNN
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
****** *
816 NNNNNNTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCA
128 AAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
862 CTTTGAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTTACATTTTGCA-CT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTCTTTGTAAATTTT-TAGTT
* * * * * * * *
925 AAAACAGACTACAATTGACTGCCTACCTCGAGAAACATGTAA-AAAAA-CCATTCATTGGGAAAA
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ** * * ** * * *
988 AAAG-TCTATTTATATTCTTCCATTCCTTGAAAGGGGTTAATGCTCG
127 AAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * ** *
1034 CTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATAATCGATTCTGAA-TTGAATGT-TTT-TTTATTTTTGGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAAT-TCTTTGTAAATTTTTAGTTA
* ********** *
1096 AAATAGATTATAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * *** **
1161 A-CTCTACTTATAGTCACTTGTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
129 AGTTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * * *
1205 CTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATCTTTGGCTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAA
* * * * *
1270 ACAGATTATAATTGAATATTTATCTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
1334 TTC-ATTTATAGTCATCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
131 TTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * * *
1376 CTTTAAATGGTTTCGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAA
* * **
1441 A-AGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGGGAG-AAA-
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *******
1503 TATCTATTTGTAGCCACCCATAT-CTTCAAAAGCCTTANNNNNNN
131 T-TCTATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*** * * * * *
1547 NNNTAAATGGTTTTATAATGC-CATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTCTATTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAA
* * * * * * * *
1610 AATAGACTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCTTTTATTGGCCAA-AAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-CAAGAAA
* **********
1674 ATTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCATT-AAAAGCNNNNNNNNNNA
129 AGTTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
1718 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATATTGAA-TCGAATTCTTTGTGAATCTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAA
* * * * ** * * * *
1782 AATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATAAAGACAAAGGCATTCATTGACAAAAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * **
1847 G-TCTATTTATAGTGATCCATTCCGGCAAAAGCCTTATTACTCA
130 GTTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
1890 CTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1926 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1301, Mismatches: 393, Indels: 119
0.72 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 96 0.07
171 417 0.32
172 609 0.47
173 84 0.06
174 82 0.06
175 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:2691 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2376--3525 Score: 806
Period size: 172 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
2366 NNNNNNATTG
* * * **
2376 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCTACCTCGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
* * * * **
2440 AAACATGAAGAGAAAAGCATTTATTGA-CCAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGTATTCCTTCAAA
65 AAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
2504 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAGTCTCAAAATTA
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * *
2547 ATTTTAAGTGGAATTCTTTGTTCATATTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAA
1 ATTTTAAGTTGAATTCTTT-TT-ATATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * ** *
2611 GAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACACATTATTTTAAA
64 GAAACATGAAAAAAAA-GCATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** *
2676 AGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTG
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
** * ** * * *
2719 ATTTTAAG-TCCATTCTTTTTCAAATTTTACACTAAAACATACTACAATTGAATG-CTTACCTTA
1 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTT-ATATTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTA
* * * * * * * * *
2782 GGGAACGA-GTAAAAAATGTCATTCATT-TAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCGTTCTTTC
63 AGAAAC-ATGAAAAAAAAG-CATTCATTAT-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * **
2845 AAAAGCTTTAATACTCACTTTGAAA-GGTTTTATAATTTCATAATCG
125 AAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * *
2891 ATTTT-GGATTGAATT-TTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 ATTTTAAG-TTGAATTCTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * *
2954 GAAA-ATTCAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTTC-A
64 GAAACA-TGAAAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAA
**********
3017 AAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTA
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
** * * * * * *
3061 ATTTTAAGTTGAATTCTTTGGAAATCTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTATCTTAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATAT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
* * * * * * * * *
3126 AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGT-AAGAAATGCCCATTTGTAGCCACTCATACCTTCAAA
65 AAACATGAAAAAAAAG-CATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
3190 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAACTG
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTA
* * * *
3233 ATTTTAAGTTGAATT-GTTTTATATTTCTACTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATATTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
** * * * *
3297 AAACAT-AAAGAAAAAAAATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATTCCGTCAAA
65 AAACATGAAA-AAAAAGCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
3360 AGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTTA
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATTA
* * * * * * **
3404 TTTTTAA-CTGAATTCTTTGTAAATCTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATAT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
** * ** * *
3468 AAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
65 AAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 193, Indels: 75
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 166 0.22
171 212 0.28
172 352 0.47
173 13 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
AACATGAAAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
Found at i:3522 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2793--3522 Score: 783
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
2783 GGAACGAGTA
* * * * * * * * *
2793 AAAAATGTCATTCATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCGTTCTTTCAAAAGCTTTAATA
1 AAAAATGACATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTAATA
** * * * * **
2858 CTCACTTTGAAAGGTTTTATAATTTCATAATCGATTTTGGATTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTT
65 CTCACTTTGAAAGGTTTTATAATGCCATAATCGATTTTAGATTGAATTGTTTTATATTTCTACTT
* * * * **
2923 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATTCAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAA
130 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAATTAAAGAAAAAAAATTCATTAGCAAGAAA
* **********
2988 AGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCT
195 AGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTGTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
3053 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTGGAAATCTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCT
260 CATAATTAATTTTAAGCTGAATTCTTTGGAAATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCT
*
3118 ATCTTAAAAAACGTGAAG
325 ATCTCAAAAAACGTGAAG
* * * * *
3136 AAAAA-GACATTCATTGGTAAGAAATGCCCATTTGTAGCCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAATGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTAATA
*
3200 CTCACTTT-AAATGGTTTTGTAATGCCATAA-CTGATTTTA-AGTTGAATTGTTTTATATTTCTA
65 CTCACTTTGAAA-GGTTTTATAATGCCATAATC-GATTTTAGA-TTGAATTGTTTTATATTTCTA
* * *
3262 CTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-TAAAGAAAAAAAATTCATTGGTAA
127 CTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-ATTAAAGAAAAAAAATTCATTAGCAA
** * *
3326 GAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATTCC-GTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
191 GAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTGTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
3390 AATCTCATATTTTATTTTTAA-CTGAATTCTTTGTAAATCTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
255 AATCTCATA-ATTAATTTTAAGCTGAATTCTTTGGAAATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
3454 ATGTCTATCTCGAGAAATGTGAAG
319 ATATCTATCTCAAAAAACGTGAAG
*
3478 AAAAATG-CATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
1 AAAAATGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
3523 TCC
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 65, Indels: 17
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.03
342 288 0.92
343 16 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAAAATGACATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTAATAC
TCACTTTGAAAGGTTTTATAATGCCATAATCGATTTTAGATTGAATTGTTTTATATTTCTACTTA
AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAATTAAAGAAAAAAAATTCATTAGCAAGAAAA
GTCCATTTACAGTCACCCATTCCTGTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAAGCTGAATTCTTTGGAAATCTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTA
TCTCAAAAAACGTGAAG
Done.