Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018399262.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2531.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 727

Length: 1212
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.10, T:0.21

Warning! 506 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:555 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 512--649  Score: 127
    Period size: 35  Copynumber: 3.9  Consensus size: 36

        502 TCTCAAGCAC

                        *           *    *      
        512 TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGTCATTGAGCCTAA
          1 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA

              *          ***      *             
        548 TTAATT-AAATTAAACAATTAACTTATTGGGCCTAA
          1 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA

                     *      *                   
        583 TTGATTAAATTTATTTTATTAAGTTATTGGGCCTAA
          1 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA

            *            ***                
        619 CTGATT-AAATTAAACAATTAAGTTAATTGGG
          1 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTT-ATTGGG

        650 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 79,  Mismatches: 21, Indels: 4
        0.76            0.20        0.04

Matches are distributed among these distances:
  35   40  0.51
  36   39  0.49

ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.13, T:0.41


Consensus pattern (36 bp):   
TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA

Found at i:567 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 528--649  Score: 145
    Period size: 35  Copynumber: 3.4  Consensus size: 35

        518 AAAATTGTTT

                    *    *        *            
        528 AATTAAGTCATTGAGCCTAATTAATTAAATTAAAC
          1 AATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTAAAC

                  *                          ***
        563 AATTAACTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTATTT
          1 AATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA-TTAAAC

            *                   *              
        599 TATTAAGTTATTGGGCCTAACTGATTAAATTAAAC
          1 AATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTAAAC

                            
        634 AATTAAGTTAATTGGG
          1 AATTAAGTT-ATTGGG

        650 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 71,  Mismatches: 14, Indels: 3
        0.81            0.16        0.03

Matches are distributed among these distances:
  35   36  0.51
  36   35  0.49

ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.13, T:0.39


Consensus pattern (35 bp):   
AATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTAAAC

Found at i:604 original size:71 final size:72

Alignment explanation


    Indices: 512--649  Score: 197
    Period size: 71  Copynumber: 1.9  Consensus size: 72

        502 TCTCAAGCAC

                        *                       *                            
        512 TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGTCATTGAGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAACTT-ATTG
          1 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTCATTGAGCCTAACTAATTAAATTAAACAATTAACTTAATTG

                   
        576 GGCCTAA
         66 GGCCTAA

                     *      *       *    *        *                  *       
        583 TTGATTAAATTTATTTTATTAAGTTATTGGGCCTAACTGATTAAATTAAACAATTAAGTTAATTG
          1 TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTCATTGAGCCTAACTAATTAAATTAAACAATTAACTTAATTG

              
        648 GG
         66 GG

        650 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 58,  Mismatches: 8, Indels: 1
        0.87            0.12        0.01

Matches are distributed among these distances:
  71   52  0.90
  72    6  0.10

ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.13, T:0.41


Consensus pattern (72 bp):   
TTGATTAAAATTATTTAATTAAGTCATTGAGCCTAACTAATTAAATTAAACAATTAACTTAATTG
GGCCTAA
Done.