Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397454.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1464.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16666
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.11, T:0.33
Warning! 2360 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2548 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1822--3111 Score: 709
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
1812 NNNNNNNCTA
* * * *
1822 AATGAATGGCTTTTTCTAT-ATGTTTCCTGAA-GTAGGCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATGA
1 AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TTTATTTTAATGA
* * * * * * * * *
1884 AAAATGTCAAAGAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTCGTTTAAAGTGAGTAAT
63 AAAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATCAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAAT
* *** * * *
1948 AAGGCTTTTGAATGAATTAATGACTATAAATAGACTTCTCTT-CTT
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGC-C
* * * * * * * *
1993 AGTGAATGGCTTTTTCTAT-AGGTTTTTCAAGGAAGGCATTCAATTA-TAGTCTATTTGAATGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TTTATTTTAATGAA
* * * * * * * ********** *
2056 AAATATAAAAAGATTC-AGCTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATNNNNNNNNNNTCATA
64 AAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATT-AATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
*** * * *
2120 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCGTAAATGGACTTTT-TTTCTA
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGC-C
* * * * * * * * *
2164 AATGAATGACTTTTTATAT-ACGTTT-TCTAAAGTAGGCAGTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATGAA
* * ** * *
2227 AAATGTAAAAAAATTCAA-TTGTAATTCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATT-AATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
********** * * *
2290 NNNNNNNNNNAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCC
* *
2334 AATGAAT-CCATTTTT-TTCATGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AA
1 AATGAATGCC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAA-TGAA
* * * *
2396 AAATGTAAAAAAACAATGAACCTGAAATTAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAC
64 AAATGT-AAAAAA-AATCAACCTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
2461 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTACAAATAGACTTGTTTTTGCC
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTT-TTCTTGCC
* * *
2507 AAT-AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTAATGAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATGAAAA
* * * * * * * *
2571 ATGTAAAAATAATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGA
66 ATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
2636 CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATC-AATGGACTTCTCTT-CTC
131 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-CAAATAGACTTTTCTTGC-C
* * * * *
2677 ATTGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGG-AAAGCATTCAATTA-TAGTTTATTTTAATGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATTA-TTTATTTTAATGAA
* * * *
2740 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TATATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATTA-ATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
2804 AGG-TGTTTTAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CC
128 AGGCT-TTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * *
2847 AAATAAATGCATTTCTCTACTCA--TTTC-AATAGGCA-AGCATTCAATTATGGTCTGT-TTTTA
1 -AATGAATGCCTTTTTCT--TCATGTTTCTCA-AGGTAGA-CATTCAATTAT--TATTTATTTTA
* * * * * *********** * *
2907 A--AAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGNNNNNNNNNNATCATTTAACGCGAGT
59 ATGAAAAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * * *
2969 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTTTTACC
124 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
3017 AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACTATCTGTTTTAATGAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATGAAAA
* * *
3082 ATGTAAAAATAATCAACTTAAAATCAATTA
66 ATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTA
3112 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 197, Indels: 94
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 7 0.01
169 147 0.17
170 100 0.11
171 476 0.54
172 76 0.09
173 62 0.07
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAATGAAAA
ATGTAAAAAAAATCAACCTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCC
Found at i:2778 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1819--3105 Score: 1010
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 341
1809 NNNNNNNNNN
* * * * *
1819 CTAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCCTGAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
1 CTAAATGAATGACTTTTTATATACGTTTTCTAAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
* * *
1884 AAAATGTCAAAGAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAACTCGTTTAAAGTGAGTAATA
66 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * * * *
1949 AGGCTTTTGAATGAATTAATGACTATAAATAGACTTCTCTTCTTAGTGAATGGCTTTTTCTATAG
130 AGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACAT
** * * * * *
2014 GTTTTTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATATAAAAAGATTCAGCTTAA
195 GTTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * ********** *
2079 ATTCA-ATTATGAGATTATAAAACTATNNNNNNNNNNTCATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
260 AAT-ATATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
** *
2143 CGTAAATGGACTTTTTTT
324 TATAAATAGACTTTTTTT
* * *
2161 CTAAATGAATGACTTTTTATATACGTTTTCTAAAGTAGGCAGTCAATTATAATCTATTTTAATAA
1 CTAAATGAATGACTTTTTATATACGTTTTCTAAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
* **
2226 AAAATGTAAAAAAATTCAA-TTGTAATTCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
66 AAAATGTAAAAAAATTCAACTT-TAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
********** * * *
2290 NNNNNNNNNNAGGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-CCATTTTT-TT
130 AGACTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTCTCTT-CTCAATGAATGGC-TTTTTCTA
* *
2351 CATGTTTCTCC-AGG-TAGACATTCAATTATTA-TCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAACAA
192 CATGTTTC-CCAAGGAAAG-CATTCAATTA-TAGTCTATTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAA-AT
* * * * * * * *
2412 TGAACCTGAAAT-TAATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAAGA
251 TCAACTTAAAATAT-ATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
*
2476 ATGGGTGACTACAAATAGACTTGTTTTT
315 ATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTTTT
* * * * * * * *
2504 GC-CAAT-AATGCCTTTTTCT-TCACG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTAA
1 -CTAAATGAATGACTTTTTATAT-ACGTTTTCT-AAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA
* * *
2565 TGAAAAATGTAAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGC
63 TGAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGT
* *
2629 AATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATCAATGGACTTCTCTTCTCATTGAATGGCTTTTTCT
126 AATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT
*
2694 ACATGTTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTATAGTTTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
191 ACATGTTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
2759 TTAAAATATATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TGTTTTAAGGAATGGG
256 TTAAAATATATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGAATGGG
* *
2823 AGACTATAAATAGACTTTTCTT
320 TGACTATAAATAGACTTTTTTT
* * * * * * * * *
2845 CCAAATAAATG-CATTTCTCTACT-C-ATTTC-AATAGGCAAGCATTCAATTATGGTCTGTTTTT
1 CTAAATGAATGAC-TTTTTATA-TACGTTTTCTAA-A-GTAGGCATTCAATTATAGTCT-ATTTT
* * * ********* * * *
2906 AA--AAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGNNNNNNNNNNATCATTTAACGCGAG
61 AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATG-AGATTATAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * *
2968 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTTTTAC-CAATGAAT-GCATTTT
125 TAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT-CTCAATGAATGGC-TTTT
* * * * *
3031 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTACTA-TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAA-
188 TCTACATGTTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAA-AAT
3094 TCAACTTAAAAT
251 TCAACTTAAAAT
3106 CAATTANNNN
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 154, Indels: 90
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.01
340 184 0.25
341 88 0.12
342 333 0.45
343 90 0.12
344 43 0.06
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
CTAAATGAATGACTTTTTATATACGTTTTCTAAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATG
TTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATATATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
TAAATAGACTTTTTTT
Found at i:4573 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4070--5302 Score: 1098
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
4060 NNNNNNTCAT
* * *
4070 TTTAAATAGTTTTATAA-CATCAAAATTGATTCTAAGTTGAATATTTTTT-TATTTTTGGTTAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * ** *
4133 ACAGACTATAATTGAATATTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCACAGGAAAA-
64 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * *
4197 CTCTAATTATAGTCATTC-ATTCCTTCAAAGGCCTT-TCTACTCAC
129 C-CCATTTATAGTCA-CCAAAGCATTCAAAAGCCTTAT-TACTCGC
* * * * * *
4241 TTTAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTCACATTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
4306 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAAGCATGAAGAAAAA-CTAGTTCATTGGTAA-AAGA
65 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAA-A
* ** * **
4369 AACCGGTTTATAGTCACCTAAG-ACTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
127 AGCCCATTTATAGTCACCAAAGCA-TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * *
4414 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCGCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
4479 AGATTATGATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGCC
66 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * *
4544 CATTTATAGTCACCAAAGCATTCGAAAGCCTTATTGCTTGC
131 CATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * **
4585 ATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTAAATTTTTTTAGATTTTTAATTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
4650 AGATTATAATT-AACTGTCTAT-CATGA-GAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAA
66 AGATTATAATTGAA-TGT-T-TGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
4712 GTCCATTTACAGTCACTCAAGGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCTG-
128 GCCCATTTATAGTCAC-CAAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTC-GC
* * *
4756 TTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
4821 AGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAA-CT
66 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-
* * * ** * * *
4885 CTAATTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTCTTACTCAC
130 CCATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * ** *
4927 TTTAAATGGTTTTGTAAACTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGA-GTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * ** ** * * * * *
4991 AGATTATAATTGTATGTTTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAAAGACATTCACTAGCAAGAAAGGTC
66 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
** * * **
5056 CATTTATAGTCATCCATGGC-TTTAAAAGCCTTATTATTCATT
131 CATTTATAGTCA-CCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTC-GC
* *
5098 TTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * **
5163 AGATTATAACTGAATGTTTGGCTTGGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAATGTG
66 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
*
5228 CATTTATAGTCACCCAAGTCA-TCAAAAGCCTTATTACTCGC
131 CATTTATAGTCACCAAAG-CATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
5269 TTTAAAT-GATTTTATAACCTCATACTTGATTTTA
1 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
5303 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 178, Indels: 60
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 98 0.11
171 472 0.55
172 198 0.23
173 83 0.10
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
CATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:5110 original size:513 final size:515
Alignment explanation
Indices: 4071--5285 Score: 1276
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 515
4061 NNNNNTCATT
* * * **
4071 TTAAATAGTTTTATAA-CATCAAAATTGATTCTAAGTTGAATATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA
1 TTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTTTAATTAAAA
* * * * * * * * *
4134 CAGACTATAATTGAATATTTA-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCACAGGAAAAC
64 CAGATTATAACTGAATGTCTAGCATGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * ** *** * * * *
4198 TCTAATTATAGTCATTCATTCCTTCAAAGGCCTT-TCTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAAACTA
128 TCCATTTACAGTCACCCAAGGCATCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTA
4262 ATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
192 ATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* * **
4327 CCTCAAAAAAGCATGAAGAAAAACTAGTTCATTGGTAAAAGAAACCGGTTTATAGTCACCTAAGA
257 CCTCAAAAAAGCATGAAGAAAAACCAGTTCATTGGCAAAAGAAACCGAATTATAGTCACCTAAGA
** * * *
4392 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGCAATTGATTTTAAGTTGAATT
322 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCACAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * **
4457 TTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAG
387 TTTTTACCAGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAG
* * * * *
4522 CCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCATTCGAAAGCCTTATTGCTTGCA
452 ACATTCACTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTGATTGCA
* * *
4586 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTT-AAATTTTTTTAGATTTTTAATTAAAAC
1 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACATTTTTAATTAAAAC
* * * * *
4650 AGATTATAA-TTAACTGTCTATCATGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGT
65 AGATTATAACTGAA-TGTCTAGCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
4714 CCATTTACAGTCACTCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCTG-TTTAAATAGTTTTATAATCTAA
129 CCATTTACAGTCACCCAAGGCATCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAAACTAA
* * * *
4778 TAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTGC
193 TAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
*** * * * * *
4842 CTTTGAAAA-CATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTTGCAAGA-AAACTCTAATTATAGTCACC-CAT
258 CTCAAAAAAGCATGAAGAAAAA-CCAGTTCATTGGCAAAAGAAAC-CGAATTATAGTCACCTAAG
* * * **
4903 TCGTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTTATTATTGATTTTAAGTTGAA
321 AC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCACAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * *
4968 TTTTTTT-TGAGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGTATGTTTACCTTAAAAAATGTGAAGAAAA
385 TTTTTTTACCAGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAATATGAAGAAAA
* * * ** *
5032 AGACATTCACTAGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCATCCATGGC-TTTAAAAGCCTTATT-ATT-
450 AGACATTCACTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTGATTG
5094 CA
514 CA
* **
5096 TTTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 ---TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAATTAAA
* * * * * * *
5161 ACAGATTATAACTGAATGTTTGGCTTGGGAAACATGAGGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAATG
63 ACAGATTATAACTGAATGTCTAGCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * *
5226 TGCATTTATAGTCACCCAAGTCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAA
128 TCCATTTACAGTCACCCAAGGCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
5286 CCTCATACTT
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 104, Indels: 38
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 2 0.00
512 96 0.17
513 251 0.43
514 66 0.11
515 156 0.27
516 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (515 bp):
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAATTAAAACA
GATTATAACTGAATGTCTAGCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTACAGTCACCCAAGGCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAA
TTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC
AAAAAAGCATGAAGAAAAACCAGTTCATTGGCAAAAGAAACCGAATTATAGTCACCTAAGACTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACCAGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGACAT
TCACTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTGATTGCA
Found at i:5844 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5547--5860 Score: 468
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
5537 NNNNNNNNNN
* ** *
5547 TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
1 TAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGACATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT
*
5612 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGCAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
5677 ATTATAGTCACCTATTCCTTCAACAGTCTTCCTACTCACTT
131 ATTATAGTCACCTATTCCTTCAACAGTCTTCCTACTCACTT
* ** * *
5718 TAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTGGGTTGAACATTTTTTATATTTTTGGTTAAAGCA
1 TAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG-ACATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* **
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * * * * *
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* * *
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* * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
** ** * ** ** *** **
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* * *
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* * * * *
9473 TCATAATTGATTTTCAGTTGAACGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * ** * *
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* * * ** * *
9601 ACCTT-GAAATCCTTATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTGTACTC
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * **
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*
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* * *
9981 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTAT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
10449 CATTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATC
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* * *
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* ********* * ** * *
10555 ACCTT-GGAANNNNNNNNNNAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATG
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** * * * * *
10619 CCTTTGAAAGCCTTTTTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACC
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* * * *********** * * * *
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** * * * *
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* * * ** * * *
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128 GCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AATC
*** * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GT
** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTT
* * * *
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* * * *
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**************************************************
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************** * *
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* * * * * * *
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127 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGT
* * * * * * *
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* * * *
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*
11520 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-
* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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1 TCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
** * * * * * *
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* ** * *
12674 GCCTTCAAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACC
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* * * **
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
** * * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* ** *
13356 TCCTTCAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATC
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* ** ** * * * * * *
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1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * ** * * * *
13464 ACATTGAGAAATGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGC
66 ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * * **
13529 CTTCAAATA-CCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAGCC
130 CTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * * *
13570 TCATAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTTGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTT
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* * * ** ** * * * ** *
13634 ACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAAATCATTTTTTGGCATGGAAAGTCCAATTATAGTCACTTAT
66 ACCTTAAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
* ** *
13699 TCCTTCAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATC
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* * * * * * *
13742 TTATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGCTAAAATATATTATAATTAAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* ** * * * * * *
13807 TCCTTTGGACACGTAAAGAATAAA-CTATTCATTGGTACAA-AAAGGCCATATATAGTCACCCAA
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** *
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ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
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Period size: 343 Copynumber: 17.0 Consensus size: 341
8094 NNNNNNNAAT
* * * *
8104 TCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * ** * * ** * *
8169 TCCTT-AGGAAATGTGATGAAAAACTCATTCATTGGTAAGAAAATCCCATTTATTGTCACCCAAG
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* * * * * * * *
8233 CCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGTAT
130 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
8298 TTTTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTAT-ATTGAATGTTTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAA
194 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAA
* * * * ** *
8361 TGCCATTCATT-GACAAG-AAACTCTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTC
258 AGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
8424 GCTTTAAATGGTTTTATAATN
321 ACTTTAAATGGTTTTATAATC
********* * *
8445 NNNNNNNNNATTTTAAGTTGTATTTTTTTACT-TTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * ** * * * *
8508 CTACCTCATG--AAACATGAAGCAAAAGGCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
64 TTACCT--TGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
*********
8570 CAAGCCTTCGAAAA-CCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGC
126 CAAGCCTTC-AAAAGCC-TTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * *
8634 TT-AATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGTATGTCT-GCTTCAGAAAACATGA
188 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAACATGA
** * * *
8697 AGAAAAAGCCATTCATGGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATT
252 AGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
8762 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATT
317 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * *
8787 TCATAATT-AGTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAAATAAATGTT
1 TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
** * * * * *
8851 TGGCTT-AGGAAACATGAAGTAAAAGCCATTTATT-AGCAAGAAAAGCCCAGTTATAGTCA-CCA
65 TACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* *** * * * ***********
8913 AGTCTTCAAAATTTTTATTACTCATTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNCA
128 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * ** * * *
8978 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTGTCTT-GAGAAACGTAAAGCA
192 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAA
* * * * * *
9042 AAAGCCATCCATTGGCATA-AAAAGCCCATTTATTA-TCACTCAAGCATTCGAAAA-CCTTATTA
256 AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTA
* * *
9104 CTCGCTTTAAATAGTTTTATATTC
318 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
9128 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * * * * *
9193 TTGTC-TCAAGAAACGTGAAAAAAAAACCCATTCTTTGGCAAGAGAAGGCCATTTATAGTCACCC
64 TTACCTTGAA-AAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* * * *
9257 AAG-CTATCAAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT
127 AAGCCT-TCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * ** *
9321 CAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAAATGTAAAGA
190 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
** * *** **
9386 AAAAATCATTCATTGAG-GAGAAAAGTCCAAGCATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTCA-TA
255 AAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT-ATTA
* *
9449 CTCACTTTAAATGATTTTATAAAC
318 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
9473 TCATAATTGATTTTCAGTTGAACGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * ** *
9538 TGCC-TCAAAAAAAT-AACGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAA
65 TACCTTGAAAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * * * *
9601 ACCTT-GAAATCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTGTACTCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
129 GCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
9665 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTCAGAAAACATAAAGAAAA
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAA
* * ** * * * * * *
9730 AGCCATTCATTGGAAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCATTCGAAAGCCTTATTGCTCGC
258 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* **
9795 GTTAAATTATTTTATAATC
323 TTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
9814 TCATAATTGATTTTAGGTTG-ATTTGTTTTAGATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTGACTATC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * **
9878 TGCCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAG
65 TACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
9943 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA----TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
10004 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTATACCCTAGAAAACATGAAGAGAAA
194 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * *
10069 GGCATTCAAT-GACAAGAAAAGTCTATTCA-AGTTACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTCCTTAC
259 GCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
** *
10132 TTTAAATGCCTTTATAACC
323 TTTAAATGGTTTTATAATC
* *
10151 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
** * * *
10215 ACCTATG--AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
66 ACCT-TGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGAC-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * ** *** *
10278 GCATTCGAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAGAAATTTTAGGTTGAA
129 GCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
10343 TTTTTTTATATCTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AACTGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAG-A
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAA
* * * * * * * *
10405 AAAGCTATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAAGCATTCGAAAGCATTATTACT
256 AAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
10469 CACTTTAAATAGTTTTGTAATC
320 CACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
10491 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* ********** ** ** * * *
10555 ACCTTGGAANNNNNNNNNNAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATGC
66 ACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
** * * * * * * * * *********
10620 CTTTGAAAGCCTTTTTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTTAAAATTGATTCTANNNNNNNNN
131 CTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * *
10685 NNTTTACATTTTTTGTTTAAACA-ATTCATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
195 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * ** *
10749 GCTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCGTT-AGAAGCTTTCCTACTCGC
259 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* ** *
10813 TTTAACTAATTTTGTAAAT-
323 TTTAAATGGTTTTAT-AATC
*** * *
10832 TCATAATTGATTTTAAGAAAAATATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATAG-
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GT
** * * * *
10896 TTACCTTGAAAAACATGAAGAAGGACCCATTGATTGACAAGAAAAGCCCATTTATGGTTACCTAA
64 TTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * * ** * *
10961 GCCTTCGAAAGTCTTATTGCTAGCTTTAAATTATTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA
129 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
11026 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACATGAAGAAA
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAA
* * * * **
11090 AAGCCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAAGCCTTATTACTTG
257 AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
11155 CTTTAAATGGTTTTATAATC
322 CTTTAAATGGTTTTATAATC
**************************************************
11175 TCATAATTGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TCATAATTGATT---TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
************** * *
11240 NNNNNNNNNNNNNNCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCA
63 TTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * * *
11305 AGCGTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTATAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGA
128 AGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
*
11370 ATTTTTTTAGATTTGTT-GTTAAAACAGATTATAATT-AACTGTCTACCTT-GAGAAACATGAAG
192 ATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGA-AAACATGAAG
* * * * * * *
11432 AAAAAGTCATTCA-TCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGTCTTCGAAAGCCTTATTA
254 AAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *
11496 CTCACTTTAAATGATTTTGTAATC
318 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
*
11520 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-
* * * * * ** * *
11584 TT--TTTTAGAAAACGTGAAGAAAAAACCATTTATTGACAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACTCA
64 TTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
** * * *
11647 TTCCTTTAAAAGCCTT-TCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTG
128 AGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** * * * *
11711 AACTTTTTTAGACTTTCAGTTCAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTT-GAGAAATATGAAGA
191 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGA
* *
11775 AAAAGTCATTCATT-GACATA-AAAAGTCCATTTATAAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CGTATT
255 AAAAGCCATTCATTAG-CA-AGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
11837 AATCAC-TTAAATGATTTTATAACC
317 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
11861 TCA-ATATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTGA-TTGAAATAGA-TATAATTGAATGT
1 TCATA-ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
11923 TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTAT
64 TTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* ** *
11988 TCCTTCAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
129 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * ** * * * * *
12053 TGTTTTTATATTTTTAGCTAAAACATATTATAATTAAATATTTGTCTCAGGACACGTAAAGAAAA
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * *
12118 ACCCATTCATTAGTACA-AAAA-CCCATTTATAGTGACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTCCTCG
258 AGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
12181 CTTTAAATGGTTTTATAATC
322 CTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
12201 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCT-CATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * *
12265 ACCTCT-AAAAACATAAAGAAAAACCCATTTATTGGAAAAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
66 ACCT-TGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-G--ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
** * * * * *
12329 AAGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAACTGGCTTTATAACCTCATAATTCATTTTCAA-TT
127 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTT
* * * * * * * * * *
12393 AAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTTGGAAACATAAAGA
190 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGA
* * * * * * * * * *
12458 AAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTTACCAATTCCTTTAAAGGTCTTACTACT
255 AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * *
12523 CGTTTTAAATGGTTTTGTAAAC
320 CACTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
12545 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
** * ** * * *
12610 TACCTTGGGAAACATAAAGAAAAACCTGTTCATTAATAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAG
65 TACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
* * * *
12675 CCTTCAAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAACTAATTTTAAGTTGAAT
130 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
12740 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
194 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
12805 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTACTACTCACT
259 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
12870 TTAAATAGTTTTGTAAAT-
324 TTAAATGGTTTTAT-AATC
* * * *
12888 TTATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCTATATTTTTAGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * **
12953 TGCCTTAGGAAATATAC-T--A-AAAAACTCATTCATTGGCAAAAAAATCCCATTTATTCTCACC
65 TACCTT--GAAA-A-ACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
* * * * *
13014 CAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAGTGATTTTAACT
126 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT--ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
13078 TGAA-TTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAG
189 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAG
* * * * * * * * **
13142 AAAAAACCATTCATTGGCAAGTAAAGGCCATTTATAGTCTCCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTGT
254 AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
13207 TCACTTCAAATGTTTTTATAATAC
319 TCACTTTAAATGGTTTTATAAT-C
* ** *
13231 -CATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATTTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* ** * * * * * * * **
13294 ACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATT-ATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGCCACCTATTC
66 ACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
** * * ** **
13358 CTTCAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGGGTAAAATT
131 CTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
13423 TTTTAAGACTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGACTGTTTACATT-GAGAA-ATGTAAAGAAAA
195 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATG--AAGAAAA
* * *
13486 AGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAATA-CCTTATTAATC
258 AGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA-AGCCTTATTACTC
**
13549 ACTTTAAATGGTTTTATAGCC
321 ACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
13570 TCATAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTTGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * ** ** * * * * * ** *
13634 ACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAAATCATTTTTTGGCATGGAAAGTCCAATTATAGTCACTTAT
66 ACCTTGAAAAACATG--AAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* ** * * *
13699 TCCTTCAAAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAA
129 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * * * * *
13764 TGTTTTTACATTTTTAGCTAAAATATATTATAATTAAATGTTTTCCTTTGGACACGTAAAGAATA
193 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAA-A
* * * * * * **
13829 AA-CTATTCATTGGTACA-AAAAGGCCATATATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
257 AAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
13892 GCTTTAAATGGTTTT
321 ACTTTAAATGGTTTT
13907 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4269, Mismatches: 1033, Indels: 318
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 23 0.01
336 85 0.02
337 65 0.02
338 139 0.03
339 156 0.04
340 771 0.18
341 752 0.18
342 638 0.15
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344 180 0.04
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347 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
ACCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATC
Found at i:15044 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 14653--15418 Score: 601
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 167
14643 AAACTCGTTC
* * ** * * * *
14653 ATTGGTAAAAAAATCTCATTTATTCTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACCTTAAATG
1 ATTGATAAGAAAATC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * ** *
14718 GTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTAGAATTTTTTTCTATTTTTAATTAAAACAGATTATA
* * * * *
14782 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCTATT
130 ATT-AATGTCTACCTT-CGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * ********** * * * *
14822 CATTGGCAAGAAAAGCCCANNNNNNNNNNCTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT
1 -ATTGATAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
14887 GCTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTAGCATTTTTTTGCTA-TTTTAATTAAAATATATTA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTAGAATTTTTTT-CTATTTTTAATTAAAACAGATTA
* *
14951 TAATTGAATGTCTACCTTATGAAACATGAAGTAAAAGCCATCT
128 TAATT-AATGTCTACCTT-CGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-T
* * *
14994 ATTGATATTGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCATTAAATG
1 ATTGATA-AGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * **
15059 ATTTTATAATTTTATAATTAATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTAGAATTTTTTTCTATTTTTAATTAAAACAGATTATA
*
15124 ATTATATGTCTGCC-TCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
130 ATTA-ATGTCTACCTTCG-AAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
15163 CATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTAAAATCTTTATTACTCACTTTAA
1 -ATTGA-TAAGAAAA-TCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
15226 ATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGAT
62 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAG-TAGAATTTTTTTCTATTTTTAATTAAAACAGAT
* * * *
15290 TATAAATAAATGTTTAGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTT
126 TAT-AATTAATGTCTACCTT-CGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TT
* * * *
15335 ATTGATAAGAAAAACCCAGTTATAGTC-GTCCAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAAT
1 ATTGATAAG-AAAATCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
15399 GGTTTTATAATCTCATAATT
64 GGTTTTATAATCTCATAATT
15419 GATTNNNNNN
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 103, Indels: 41
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 191 0.40
171 257 0.54
172 16 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
ATTGATAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTAGAATTTTTTTCTATTTTTAATTAAAACAGATTATAA
TTAATGTCTACCTTCGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
Found at i:15076 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14653--15422 Score: 836
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
14643 AAACTCGTTC
* ** * * *
14653 ATTGGTAA-AAAAATCTCATTTATTCTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACCTTAAAT
1 ATTGATAAGAAAAATC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACATTAAAT
* * * * *
14717 GGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAACTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAT
65 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTAT
* * * * * * ****
14781 AATTGA-ATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCANNNN
130 AATT-ATATGTCTGCC-TCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTA
****** ** * *
14845 NNNNNNCTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAA
193 TAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAA
* * * * * * * *
14909 TTCTAAG-TAGCATTTTTTTGC-TATTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTATG
257 TTCTAAGTTA-AAATTTTTTACAT-TTTTAATTAAAACAGATTATAAATAAATGTCTACCTTAGG
*
14972 AAACATGAAGTAAAAGCCATCT
320 AAACATGAAGAAAAAGCCATCT
* * *
14994 ATTGATATTG-AAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCATTAAAT
1 ATTGATA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACATTAAAT
* * *
15058 GATTTTATAATTTTATAATTAATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTAT
65 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTAT
* *
15123 AATTATATGTCTGCCTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATA
130 AATTATATGTCTGCCTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * *
15188 GTCACCCATACCTTTAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTT
195 GTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTC
* * * *
15253 TAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAATAAATGTTTAGCTTGGGAAACA
260 TAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAAATAAATGTCTACCTTAGGAAACA
*
15318 TGAAGAAAAAGCCATTT
325 TGAAGAAAAAGCCATCT
* * * *
15335 ATTGATAAGAAAAACCCAGTTATAGTC-GTCCAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAAT
1 ATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACATTAAAT
*
15399 GGTTTTATAATCTCATAATTGATT
65 GGTTTTATAATCTTATAATTGATT
15423 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 70, Indels: 18
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.01
341 299 0.85
342 49 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACATTAAATG
GTTTTATAATCTTATAATTGATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTATA
ATTATATGTCTGCCTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTCT
AAGTTAAAATTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAAATAAATGTCTACCTTAGGAAACAT
GAAGAAAAAGCCATCT
Found at i:15908 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15586--16666 Score: 716
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
15576 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
15586 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTTAAACAGATCA
1 TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * *
15651 TAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTTATTGGCAAGAAAAGGC-CATAT
66 TAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAAT-T
* * **
15715 ATATTTAC-CAAAG-CTATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA
130 ATAGTCACTC-AAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA
* * * *
15757 TAGTTTTGTAACCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * **
15822 TAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCTAATTA
66 TAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTA
* ** ** * *
15887 TAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTCCTACCCACATTAAA
131 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA
* * * *
15928 TGGTTTTGTAAAGTCATAATTGATTTTCAA-TTGAAAGTTTTTCATATTTTTGGTT-AAACAGAT
1 TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTT-AAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * *
15991 TATAATTGAACGTTGGCCCTAAGAAACGTGAAGAAAAACCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCT-GT
64 TATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAAT
* * *** ** * ** ** *
16055 TCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCC--A-CCCAAGCCTTCAAA
129 T-ATAGTC-ACTCAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCATT-AAA
* * ** *
16099 AGCCGTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTA
1 TG--GT-TT--T-G---TAAA----CTCATAA--T--TGA----TTTTAAGTT-AAATTTTTTTA
* * * * * *
16164 CTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGATATATGAAGAAAAAGCCATTC
44 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
* * * * * * **
16229 ATTGGCAAGAAAAGGC-CATATATATTTACCCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA
109 ATTGGCAAGAAAAGTCTAAT-TATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA
* * * *
16292 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
1 TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * *
16357 TAATT-AATTGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTAAT
66 TAATTGAA-TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAAT
* ** * *
16420 TATAGTC-GTCCATTCTTTCAAAAGCCTTCA-TACTCACATTAAA
129 TATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCATTAAA
* * * * *
16463 TGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCCA-TTGAATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAT
1 TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTT-AAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
16527 TATAATTGAATGTTTGCCCTAAGAAACATTAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAAAAAAAGCCCAT
64 TATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTAA
* * * *
16592 TTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAA
128 TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA
* *
16636 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 171, Indels: 98
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 356 0.52
172 108 0.16
173 78 0.11
174 2 0.00
176 3 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
180 8 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTA
TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA
Found at i:16070 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16021--16073 Score: 97
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
16011 AAGAAACGTG
*
16021 AAGAAAAACCTGTTCATTGGC
1 AAGAAAAGCCTGTTCATTGGC
16042 AAGAAAAGCCTGTTCATTGGC
1 AAGAAAAGCCTGTTCATTGGC
16063 AAGAAAAGCCT
1 AAGAAAAGCCT
16074 ATTTATAGCC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 31 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.21, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAGCCTGTTCATTGGC
Found at i:16333 original size:535 final size:535
Alignment explanation
Indices: 15586--16584 Score: 1581
Period size: 535 Copynumber: 1.9 Consensus size: 535
15576 NNNNNNNNNN
*
15586 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTTAAACAGATCA
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCA
* * *
15651 TAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTTATTGGCAAGAAAAGGCCATATA
66 TAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATATA
* *
15716 TATTTACCAAAGCTATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTAACCCCATAATTGAT
131 TATTTACCAAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCCCATAATTGAT
15781 TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAA
196 TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAA
* *
15846 CATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGATAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACT-TATTCCTTCAAAAG
261 CATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGATAAAAAAAGTCTAATTATAGTC-CTCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
15909 CCTTCCTACCCACATTAAATGGTTTTGTAAAGTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCATA
324 CCTTCATACCCACATTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCACA
* * *
15974 TTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAACGTTGGCCCTAAGAAACGTGAAGAAAAACCTGTTCAT
389 TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTGGCCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCAT
*
16038 TGGCAAGAAAAGCCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
454 TGGCAAAAAAAGCCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
16103 GTATTACTCGCCTTAAA
519 GTATTACTCGCCTTAAA
* * * * * *
16120 TGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATT
1 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATC
* *
16185 ATAATTGAATGTTTGCCTCAAGATATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATAT
65 ATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATAT
* * *
16250 ATATTTACCCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
130 ATATTTACCAAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCCCATAATTGA
* *
16315 TTTTAAGTTCACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTTTACCTTGAGAA
195 TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAA
* * * *
16380 ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTAATTATAGTCGTCCATTCTTTCAAAAGC
260 ACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAAAAAAGTCTAATTATAGTCCTCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
16445 CTTCATACTCACATTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCCATTGAATGTTTTTTACAT
325 CTTCATACCCACATTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCACAT
* * * *
16510 TTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAGAAACATTAAGAAAAACCTATTCATT
390 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTGGCCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATT
16575 GGCAAAAAAA
455 GGCAAAAAAA
16585 AGCCCATTTA
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 41, Indels: 6
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
534 33 0.08
535 327 0.78
536 60 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (535 bp):
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCA
TAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATATA
TATTTACCAAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAACCCCATAATTGAT
TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAAAAAAGTCTAATTATAGTCCTCCATTCCTTCAAAAGCC
TTCATACCCACATTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCACATT
TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAACGTTGGCCCTAAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTG
GCAAAAAAAGCCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCGT
ATTACTCGCCTTAAA
Found at i:16353 original size:364 final size:363
Alignment explanation
Indices: 15731--16392 Score: 828
Period size: 364 Copynumber: 1.8 Consensus size: 363
15721 ACCAAAGCTA
* ** *
15731 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTAACCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
1 TCAAAAGCCGTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTGTAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
** *
15796 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCT
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * ** ** * *
15861 ATTCATTGATAAGAAAAGTCTAATTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTCCTACCCACATTA
131 ATTCATTGACAAGAAAAGGCCAATTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCCTTACTACCCACATTA
* * *
15926 AATGGTTTTGTAAAGTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCATATTTTTGGTTAAACAGAT
196 AATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCACATTTTTGGTTAAACAGAT
*
15991 TATAATTGAA-CGTTGGCCCTAAGAAACGTGAAGAAAAACCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTGT
261 TATAATT-AATCGTTGACCCTAAGAAACGTGAAGAAAAACCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTGT
16055 TCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCAAGCCT
325 TCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCAAGCCT
* * * *
16094 TCAAAAGCCGTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT
1 TCAAAAGCCGTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTGTAACCCCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTT
* * * * * *
16159 TTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGATATATGAAGAAAAAGC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * ***
16224 CATTCATTGGCAAGAAAAGGCC-ATATATATTTACCCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGTTT
130 CATTCATTGACAAGAAAAGGCCAAT-TATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCCTTACTACCCACAT
* * ** *
16288 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT-AAGTT-CACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
194 TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCAA-TTGAAAGTTTTTCACATTTTTGGTT-AAAC
* * * *
16351 AGATTATAATTAATTGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
257 AGATTATAATTAATCGTTGACCCTAAGAAACGTGAAGAAAAA
16393 GTCATTCATT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 47, Indels: 9
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
363 74 0.30
364 173 0.70
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (363 bp):
TCAAAAGCCGTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTGTAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
ATTCATTGACAAGAAAAGGCCAATTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCCTTACTACCCACATTA
AATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTCAATTGAAAGTTTTTCACATTTTTGGTTAAACAGAT
TATAATTAATCGTTGACCCTAAGAAACGTGAAGAAAAACCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTGTT
CATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCAAGCCT
Done.