Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399264.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2533.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2548
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Warning! 502 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:778 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3--1787 Score: 814
Period size: 170 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
1 GG
** * * * * *
3 ATTTCTACTTGGAGAAATGTGAAGAAAAACACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAC
1 ATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * ***
68 CCAATCCTTCAAAAGTCC-TATTACTCGCTTTCAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNN
66 CCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAA
****** * *
132 NNNNNNTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGA
129 GTTAATTTTTTTACACTTTTT-GGTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
174 ATGTT-TGCATT-GAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCGTTTATAGTC
1 AT-TTCTAC-TTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
236 ACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATTGTTTTATAATCCCA-AATTTTATTTTA
64 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTA
*********** * *
300 AGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAATAGACAATAATTGA
128 AGTT-AATTTTTTTACACTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
** * ** *
344 ATGCCTGCCTT-GAGAAACATGTAA-AAAAA-TTATTCATTGAG-AA-ATAAAGTCTATTTATAG
1 ATTTCT-ACTTGGAGAAACATG-AAGAAAAACGCATTCATT-AGCAAGA-AAAGTCCATTTATAG
* ********** *
404 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
62 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
469 AAGTTGAA------TACACTTTTTGTTAAAAGAGTCTATAATTGA
127 AAGTT-AATTTTTTTACACTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
508 ATGCTTGT-CTT-GAGAAACGTGCAA-AAAGA-GCTACTT-ATTGAGAAAAAAAAGTCTATTTAT
1 AT--TTCTACTTGGAGAAACATG-AAGAAAAACGC-A-TTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ********** *
568 AGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATT
60 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
*
633 TTAAGTTTATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAAACAGA-TAATAATTGA
125 TTAAGTTAATTTTTTTACACTTTTTGGT-AAAACAGACT-ATAATTGA
** * * *
679 ATTTCTACTTGGAGAAATGTGAAGAAAAACGCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCAC
1 ATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
744 CCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAT-ATTGATTTTAAGT
66 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** *
808 TGAATTTTATTACACTTTTTTCTAAAATAGACTATAATTGA
131 T-AATTTTTTTACACTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
* * **
849 ATTTTTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACACATTTGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 ATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
********** ** * *
914 CCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGT
66 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
979 TGAATTTTATTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGA
131 T-AATTTTTTTACACTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
* * *** * * **
1020 CTTTTTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAATATATTCGTTGGCGTGAAAAG----TTTAT--T---
1 ATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
1076 -TATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTGTCAAAATTGATTTTAAGT
66 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
1140 TGAA-TTTTTTATA-TTTTTGGCATAAACAGACTATAATCGA
131 T-AATTTTTTTACACTTTTTGGTA-AAACAGACTATAATTGA
* * ** * * * **********
1180 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCNNNNNNNNNNAC
1 ATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
1245 CTATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATC-CAAAAATTGATTTTAAG
66 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAG
* * * * *
1309 TTAAATTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGA
130 TTAATTTTTTTACACTTTTT-GGTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * ***
1350 A-TGCATGCCTT-GAAAAACGTGTATA-AAAAAC-CATTCATT-GACAAAAAAAGTCCATTTNNN
1 ATTTC-T-ACTTGGAGAAACATG-A-AGAAAAACGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
******* * *
1410 NNNNNNNATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTT
61 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
1475 TAAAATGAATGTTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
126 T-AAGTTAATTTTTTTACA-CTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
* ** ** *
1521 ATGTTTCT-CTT-GAAAAATGTGCAA-AAAAA-GCTATTCATTAAAAAGAAAAGTCTATTTATAG
1 A--TTTCTACTTGGAGAAACATG-AAGAAAAACGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ********** * *
1582 TCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT
62 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
1647 AAGATAAATTTATTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTGTAATTGA
127 AAGTTAATTTTTTTACA-CTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
* * * ** * * *
1692 ATGTCTACCTT-AAAAAATGTGCAA-AAAAATC-TATTCATT-GTAAAGAAAAGTTCATTTATAG
1 ATTTCTA-CTTGGAGAAACATG-AAGAAAAA-CGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
1753 TTACCCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
62 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1257, Mismatches: 287, Indels: 140
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 7 0.01
160 60 0.05
161 51 0.04
164 38 0.03
165 9 0.01
166 81 0.06
167 6 0.00
169 31 0.02
170 579 0.46
171 380 0.30
172 12 0.01
173 1 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAATTTTTTTACACTTTTTGGTAAAACAGACTATAATTGA
Found at i:1201 original size:331 final size:325
Alignment explanation
Indices: 602--1232 Score: 663
Period size: 331 Copynumber: 1.9 Consensus size: 325
592 NNNNNNNNNN
* * * *
602 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACA
1 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAATTTTATTACATTTTTGCTAAAAACA
** *
667 GATAATAATTGAATTTCTACTTGGAGAAATGTGAAGAAAAACGCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCT
66 GATAATAATTGAATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCT
* *
732 ATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCATAT
131 ATATCTA-T----CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAAT
* * * * * * **
797 TGATTTTAAGTTGAATTTTATTACACTTTTTTCTAAAATAGACTATAATTGAATTTTTACTTGGA
191 TGATTTTAAGTTGAATTTTATTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAA
**
862 GAAACATGAAGAAAAACA-CATTTGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTNNNN
256 GAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT----
926 NNNNNNTATTACTTGC
316 ------TATTACTTGC
* *
942 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTATTACACTTTTTGCT-AAAA
1 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTT-AATTTTATTACA-TTTTTGCTAAAAA
* * * * * **
1006 CAGACT-ATAATTGACTTTTTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAATATATTCGTTGGCGTGAAAAG
64 CAGA-TAATAATTGAATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAAG
** * * *
1070 T-T-TAT-T-T-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAGTGTCAAAATT
128 TCTATATCTATCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATC-AAATT
*
1130 GATTTTAAGTTGAATTTT-TTATA-TTTTTGGC-ATAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCA
192 GATTTTAAGTTGAATTTTATTACACTTTTT-GCTA-AAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCA
* *
1192 AGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
255 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
1233 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 36, Indels: 23
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 7 0.03
331 104 0.42
332 22 0.09
336 1 0.00
338 1 0.00
339 2 0.01
340 36 0.15
341 67 0.27
342 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (325 bp):
TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAATTTTATTACATTTTTGCTAAAAACA
GATAATAATTGAATTTCTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCT
ATATCTATCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATATCAAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTATTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAAC
ATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTATTACTTGC
Found at i:1694 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1443--1775 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
1433 TATTACGCAC
* * *
1443 TTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAAATGAATGTTTTTAATTTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATTATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAAATAAATGTTATTAATTTTTTTGTTAAAAC
* *
1508 AGACTATAATTGAATGT-TTCTCTTGAAAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTAAAAAGAAAAG-
66 AGACTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAAAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTAAAAAGAAAAGT
1571 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCT
130 TC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCT
* * *
1604 TNNNNNNNNNNTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAAT-TTATTACATTTT
1 T----------TTAAATTATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAAATAAATGTTATTA-ATTTT
* * **
1668 TTTGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGT
55 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTAA
* *
1733 AAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCTTTAAAAAGCCT
120 AAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCT
1775 T
1 T
1776 ATTACTCGCT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 14, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 5 0.03
171 135 0.93
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TTTAAATTATTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAAATAAATGTTATTAATTTTTTTGTTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGCAAAAAAAGCTATTCATTAAAAAGAAAAGTT
CATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCT
Done.