Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397455.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_510.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16594
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.12, T:0.29
Warning! 3178 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1651 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1000--1991 Score: 669
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
990 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1000 AACAAATTATAATTAAATGTTTACCTCGAG-AACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTAGAAAGAAAA
1 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
1064 GTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAATTAGTTTTATAATCTC
66 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
** * ***
1129 ATAATTGA-TTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATNNN
131 ATAATTGATTTTA-ACTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAA
******* * * ** * *
1169 NNNNNNNTA-AATATGAATGTCTGCCTCGA-AAAAATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAA
1 AACAAATTATAAT-TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
1232 AGTCCATCTATAGTCACAC-ATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTG
65 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
** *
1296 TCATAATTGATTTTAAGCT-AATTTGTTTCGTATTTTTAGTTAA
129 TCATAATTGATTTTAA-CTGAATTT-TTTTATATTTTTAATTAA
* * * * * * * *
1339 AATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGAGAAATCTC-TTCATTGGCAAGAAA
1 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAA
* ** * * ***
1403 AATATATTTATAGTCACCTATGT-GTTCGAAAGCATTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATANNN
65 AGTCCATTTATAGTCACCTAT-TCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
******* * **
1467 NNNNNNNTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATGTTTTTCCTTAA
129 TCATAATTGATTTTAAC-TGAATTTTTTTATATTTTTAATTAA
* * * * * * *
1510 AACAAATTATAATTAAATATCCACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCACTCATTGACAACAAAA
1 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
1575 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGTATTATTACTTGCTTTAATTAGTTTTATAATCTC
66 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* *
1640 ATAATTGATTTTAACTCAAGTTTTTTTACATTTTTAATTAA
131 ATAATTGATTTTAACTGAA-TTTTTTTATATTTTTAATTAA
* * * * * * *
1681 AACACATCATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAAA
1 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* ******************** *
1746 GTCCATTTATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
66 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * *
1811 ATAATTGATTTTAAGTTATATTTATTTTAT-TTTATT-ATTAT
131 ATAATTGATTTTAACTGA-ATTT-TTTTATATTT-TTAATTAA
* * * * * * *
1852 AACATATTATAATTAAATGTCTACCTCGAAAAACATGAA-ACAAAAGCCA-TCTGTTGGCACGAA
1 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAA
* ** * * * *
1915 AAGTCTATTTATAGTCA-CTGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAAT
64 AAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
*
1979 TTCATAATTGATT
128 CTCATAATTGATT
1992 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 180, Indels: 42
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 114 0.18
170 40 0.06
171 450 0.72
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAACTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAA
Found at i:3960 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3148--5152 Score: 1838
Period size: 170 Copynumber: 11.7 Consensus size: 171
3138 AGGTGTTATA
** * * ** * * * *
3148 AATGAATAACTTTTTCTTTAAGTTTCTCAAGACAAACATTCATTTTTAATTTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
* * * * * *
3213 ACGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAATG
66 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* *
3278 CTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * *
3319 AAT-AGATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATATTCTATTTTAACAAAA
1 AATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
* * * * * *
3383 AACCGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGACTATAAAA-TCAGTTAAAGCGAGTATTA
65 AA-CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
3447 AAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT
128 ATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
3491 AATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTTTCAAAGCAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAATCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
* * * * *
3556 ACGTAAAACAA-TCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* * ** *
3620 CTTTTGAAGGCTTCAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCC
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * **
3661 AACGGATGGCTTTTGT-TTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTTAATTGTAATATGTTATAATGAAA
1 AATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
* *
3725 AAAATAAAATAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
65 AACAT-AAA-AAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
3789 AATACTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACC
127 AATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
3834 AATGGATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAACGTAGACATTCAATGATAATATGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
** * * * *
3899 ATGTAAAAAAACTCGAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATG
66 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* * * *
3964 CTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * **
4005 AATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG-CGAACATTTAATTATAAT-TTTTTTAAGGAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
* * * * *
4068 AACATAAACAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACTAGTAATAAT
65 AACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAT
** ** * *
4133 GCTTTCGAACACATAAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTC
130 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * * *
4175 AATGAAGGGATTTCTCTTCATGTTTTTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
** * * * * * * *
4240 ATGTGAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATG
66 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* * * *
4305 CTTTCGAAGGTATGTGTGACTATAGATAGACTTTTCTTCCC
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
4346 AATTAATGGCTTTTTCTCCA-TTTTTTCGAGGCAGACATTCATATT-TAATTTGTTTTAATCAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAATATGTTTTAACCAAA
* * *
4409 AATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAT
65 AACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAT
* * *
4474 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC
130 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
4516 AATAAATGGCTTTTTCTTCACG-TTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
* * * *
4580 ACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
66 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* * * * *
4644 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTGTAAATAGA-TTTTTTATGCC
131 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCC
* * * * * * **
4685 AACGAATGGCTTTTGCTTC-CTGTTTTTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATATTTCAATAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAA
* * * *
4749 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAT
65 AACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAT
* * * *
4814 ACTTTC-AAGGGTATGGGTGACTATAAAT-GAACCTTTCTCT-CT
130 GCTTTCGAA-GGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGCC
* * * * * * *
4856 AATGGATGTCTTTTGCCTTGCAC-TTCCT-AAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC-A
1 AATGAATGGCTTTT-TCTT-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
* * * * *
4918 AAA-ATATAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTATTAA
64 AAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * * * *
4982 GGCTTTTGAAGGTTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGTCC
129 TGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CC
* * ** * * * * * * * * **
5026 -ACGGATAACTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTCATAAAAA
1 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
* *** * * *
5090 ATATAAAAAAATTTTGCTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAA
66 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
5153 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1495, Mismatches: 303, Indels: 72
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 13 0.01
169 217 0.15
170 498 0.33
171 471 0.32
172 159 0.11
173 133 0.09
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA
ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
Found at i:4234 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3148--5152 Score: 1839
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 340
3138 AGGTGTTATA
* * * * * * * *
3148 AATGAATAACTTTTTCTTTAAGTTTCTC-AAGACAAACATTCATTTTTAATTTGTTTTAACCAAA
1 AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * *
3212 AACGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAAC-CATCTAAAGTGAGTAATAA
65 AACGTAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAAT-TAAAGTGAGTAATAA
* * *
3276 TGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGACTTTTTCTTCAC
128 TGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAC
* * * * *
3340 GTTTCTCGAGG-TAAACATTCAATTAT-ATTCTATTTTAACAAAAAACCGTAAAAAAATTCAAAT
192 GTTTTTCGAGGCTAGACATTCAATTATAATT-T-TTTTAATAAAAAA-CATAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
3403 TAAAATCAATTATAAGACTATAAAA-TCAGTTAAAGCGAGTATTAAAGCTTTCGAAGGCATGGGT
254 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGT
*
3467 GACTATAAATAGACTTTTCTTAC
318 GACTATAAATAGACTTTTCTTTC
* * * * *
3490 TAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTTTCAAAGCAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAATCAAA
1 -AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
3555 AACGTAAAACAATCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-AATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AACGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAA-TTAAAGTGAGTAATAAT
* * * *
3619 GCTTTTGAAGGCT-TCA-GTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGT-TTCA
129 GCTTTCGAAGG-TAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCA
* * * * *
3681 TGTTTTTCGAGG-TAGACATTTAATTGTAATATGTTATAATGAAAAAA-ATAAAATAAAATAT-A
191 CGTTTTTCGAGGCTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAAT-AAAAAACAT-AAA-AAAAT-TCA
* * *
3743 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGG
251 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAG
* * *
3808 GTGATTATAAATGGACTTTTCTTACC
316 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-TC
* * * * *
3834 AATGGATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAACGTAGACATTCAATGATAATATGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
3899 ATGTAAAAAAACTCGAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATG
66 ACGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAATG
* * * *
3964 CTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTT
130 CTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
* * * * ** * *
4029 TCTCAAGGCGA-ACATTTAATTATAATTTTTTTAAGGAAAAACATAAACAAATTCAAGTTAAAAT
195 TTTCGAGGCTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * ** *
4093 CAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACTAGTAATAATGCTTTCGAACACATAAGTGACTATA
260 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATA
*
4158 AATAGATTTTTCTTGTC
325 AATAGACTTTTCTT-TC
** * * * * * * *
4175 AATGAAGGGATTTCTCTTCATGTTTTTTAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * * * *
4240 ATGTGAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATG
66 ACGT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAATG
* * * * *
4305 CTTTCGAAGGTAT-GTGTGACTATAGATAGACTTTTCTTCCCAATTAATGGCTTTTTCTCCA-TT
130 CTTTCGAAGGTATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
* * *
4368 TTTTCGAGGC-AGACATTCATATT-TAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAA
194 TTTTCGAGGCTAGACATTCA-ATTATAATTT-TTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAA
*
4431 AATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACT
257 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACT
*
4496 ATAAATGGACTTTTCTTTCC
322 ATAAATAGACTTTTCTTT-C
* * * * * * *
4516 AATAAATGGCTTTTTCTTCACG-TTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * *
4580 ACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
66 ACGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAATGC
* * * * *
4645 TTTCAAAGGCT-T-GAGTGACTGTAAATAGA-TTTTTTATGCCAACGAATGGCTTTTGCTTC-CT
131 TTTCGAAGG-TATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-
* * * * *
4706 GTTTTTC-AAGTTAGACATTCAATTATAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
192 GTTTTTCGAGGCTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
4770 AAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAATACTTTC-AAGGGTATGGGTGA
256 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA-GGCATAGGTGA
* *
4834 CTATAAAT-GAACCTTTCTCTC
320 CTATAAATAG-ACTTTTCTTTC
* * * * * *
4855 TAATGGAT-GTCTTTTGCCTTGCAC--TTC-CTAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC
1 -AATGAATAG-CTTTT-TCTT-CACGTTTCTCAAAG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * ** *
4916 CAAAAA--TATAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAT
61 CAAAAACGTA-AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAA
* * * * * * * * ** *
4979 TAAGGCTTTTGAAGGT-TTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCGTGTCC-ACGGATAACTTTTGCT
125 TAATGCTTTCGAAGGTATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * * ***
5042 TCATGTTTTTCGAGG-TAAACATTTAATTATAATATATTTTCATAAAAAATATAAAAAAATTTTG
188 TCACGTTTTTCGAGGCTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAA
* * *
5106 CTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAA
252 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
5153 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 230, Indels: 99
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 109 0.08
340 372 0.27
341 401 0.29
342 145 0.10
343 224 0.16
344 125 0.09
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ACGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAATGC
TTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
TTCGAGGCTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
ATAGACTTTTCTTTC
Found at i:6164 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5751--6233 Score: 429
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
5741 NNNNNNCTCG
* * * * * * *
5751 CTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATTTTTTTGATT-AAAC
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTATATTTTTAATTAAAAA
* * *
5815 AAATTA-AATATGAATGTCTGCCTCGAAAAAATAGGGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAGTC
66 AAATTATAAT-TGAATGTCTACCTCAAAAAAATAGAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAGTC
* *
5879 CATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCATTATGACTCA
130 CATTTACAGTCACACATGCATTCGAAAGCATTATGACTCA
* * * * * * *
5919 CTTTAAATGGTTTTATATTGTCATAATTGATTTTCAGC-TAAATTGTTTCACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AACTTAAATT-TTTTATATTTTTAATTAAA
* * * * * * *
5983 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACAT-GAAGAGAAATCCCTTTATTGGTAAGAAAA
64 AAAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAA-ATAG-AGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAA
* * * *
6047 GTCTATTTACATTCA-ACCATGTATTCGAAAGCATTATTACT-A
127 GTCCATTTACAGTCACA-CATGCATTCGAAAGCATTATGACTCA
* * * **
6089 GCTTTGAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTTAAATCTTTTTATGTTTTTCCTTAAA
1 -CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAAT-TTTTTATATTTTTAATTAAA
* * * * * * * * **
6154 AAAAATTATAATTAAATATCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
64 AAAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAAAATAGAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAG
*
6219 TCCATTTATAGTCAC
128 TCCATTTACAGTCAC
6234 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 56, Indels: 22
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 36 0.15
169 12 0.05
170 31 0.13
171 161 0.65
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTATATTTTTAATTAAAAA
AAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAATAGAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAGTCC
ATTTACAGTCACACATGCATTCGAAAGCATTATGACTCA
Found at i:11298 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11002--12465 Score: 1487
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
10992 AGGTGTTACA
* **
11002 AATAAATGACTTTTT-TTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCATATT-TAATTTGTTTTAACCAA
1 AATAGATGACTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAATTTGTTTTAACCAA
* * * *
11065 AAACGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
64 AAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
11130 TGCTTCCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
129 TGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *
11173 AATAGATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATAGATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
11238 ACATAAAAAAATTCAGAC-TAAAATCAATTATAAGACTATAAAATTAGTTAAAGCGAGTAATAAA
66 ACATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAT
* *
11302 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCC
130 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *** * * *
11344 AAT-GAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAAACAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAATCAAA
1 AATAG-ATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
11408 AACATAAAAAAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAATA
65 AACATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
11471 AGGCTTTTGAAGGCTTCA-GTGACTATAAATAGACTTTTCGTGCC
128 ATGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
** * * * * * * * * * **
11515 AACGGATGACTTTTAT-TTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTTAATTGTAGTATATTTTAATGAAA
1 AATAGATGACTTTT-TCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
* * * * *
11579 AAAATAAAATCAAATTCAACTTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
65 AACATAAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
11644 ATACTTTCGAAGGCAT-GTGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 ATGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
11688 AATGGATGGCTTTTTTTTTACGTTTCTCAATGTAGACCTTCAATTAT-ATTATGTTTTAACCAAA
1 AATAGATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATT-TGTTTTAACCAAA
* * * * * *
11752 AACGTAAAAGAACTCGACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA-TCAGTTAAAGCGAGTAATAA
65 AACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
11816 TGCTTTCGAGGGAATAGGTGAGTCATAAATGGACTTTTCTTGTC
129 TGCTTTCGAAGGCATAGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCC
* ** * **
11860 AAT-GAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGACAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAAGGAAA
1 AATAG-ATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
* * * * *
11924 AACGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGCTAGTAATAAT
65 AACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAT
* ** * *
11989 GCTTTCAAACACATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCC
130 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * ** *
12031 AAT-GAAGGGA-TTTCTCTTTACATTTTTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTT-TTTTAACCA
1 AATAG-A-TGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACCA
* * * * * * *
12093 AAAATATGAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
63 AAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
** * *
12158 ATGCTTTCGAAGGCATCTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCC
128 ATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * ** * *
12202 AATTA-AT-AGCTTTTTCTCTA--TTTTTTGAGGCAGACATTCATATT-TAATTTGTTTTAATCA
1 AA-TAGATGA-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAATTTGTTTTAACCA
* * * *
12262 AAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAACAAGTAATA
63 AAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
*
12327 ATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
128 ATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * *
12371 AATAAATGA-TTTTTTTTTCACGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAA
1 AATAGATGACTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
*
12435 AACAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
65 AACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
12466 AAGGTTTTCG
Statistics
Matches: 1068, Mismatches: 187, Indels: 77
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 130 0.12
170 39 0.04
171 597 0.56
172 152 0.14
173 137 0.13
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATAGATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
Found at i:12924 original size:480 final size:479
Alignment explanation
Indices: 12063--12952 Score: 1025
Period size: 480 Copynumber: 1.9 Consensus size: 479
12053 TTTTTTGAGG
* * * * * *
12063 TAGATATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATGAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
12128 AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATCTGTGACTATAAATGGACT
66 AGAATATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATCTGTGACTATAAATGAACC
* * ** * * * * *
12193 TTTCTTCCCAATTAATAGCTTTTTCTCTATTTTTTGAGGCAGACATTCATATTTAATTTGTTTTA
131 TTTCTTCCCAATTAATAGCTTTTCCTCTACTTCCTAAGACAAACATTCATATTTAATATATTTTA
*
12258 ATCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAACAAGT
196 ATCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAACAAGT
* * * **
12323 AATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGATTTTTTTT
261 AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTC-ATAAAGGATTTTTGCT
* *
12388 TCACGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAGCTAAAAACATAAAAA-ATTCAAC
325 TCACGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA-CTAAAAACATAAAAATATTCAAC
12452 CTAAAATCAATTATAAGGTTTTCGAATGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTGTCGCCCCAACGAA
389 CTAAAATCAATTATAAGGTTTTCGAATGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTGTCGCCCCAACGAA
12517 TGGCTTTTGCTTCTTGTTTTTCAAGC
454 TGGCTTTTGCTTCTTGTTTTTCAAGC
* *
12543 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
12607 TGATTATAAAACCATTCGAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGTATGTGTGACTATAAATGAACC
66 AGAATATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATCTGTGACTATAAATGAACC
* *
12672 TTTC-TCGCC-ATTGGAT-GTCTTTTGCCTCGTACTTCCTAAGATAAACATTCA-ATTATAATAT
131 TTTCTTC-CCAATT-AATAG-CTTTT-CCTC-TACTTCCTAAGACAAACATTCATATT-TAATAT
* * * *
12733 ATTTTAA-C-AAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
190 ATTTTAATCAAAAAAAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAA
* * * * *
12796 AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-G-ATTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATG-C-TAACGGA
254 AACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCATAAAGGA
* * * *
12857 TAGCTTTTGCTTCATGTTTTTA-AAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTT-CATAAAAAATAT
317 T---TTTTGCTTCACG-TTTCACAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAC-T-AAAAACAT
* * * * *
12920 AAAAATATTTAGCTTGAAATTAATTATAAGGTT
376 AAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATAAGGTT
12953 ATAAAACTAT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 56, Indels: 31
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
477 6 0.02
478 8 0.02
479 103 0.30
480 169 0.50
481 52 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (479 bp):
TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
AGAATATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATCTGTGACTATAAATGAACC
TTTCTTCCCAATTAATAGCTTTTCCTCTACTTCCTAAGACAAACATTCATATTTAATATATTTTA
ATCAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAACAAGT
AATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCATAAAGGATTTTTGCTT
CACGTTTCACAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTACTAAAAACATAAAAATATTCAACCT
AAAATCAATTATAAGGTTTTCGAATGCTTGAGTGACTATAAATAGATTTGTCGCCCCAACGAATG
GCTTTTGCTTCTTGTTTTTCAAGC
Found at i:13016 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12511--13393 Score: 907
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
12501 TTGTCGCCCC
* * * * *
12511 AACGAATGGCTTTTGCTTCTTGTTTTTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
1 AACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
* * * ** *
12576 ATATAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGTGATTATAAAACCATTCGAAGCGAGTAATAATAC
66 ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* * * * *
12641 TTTTAAAGGTATGTGTGACTATAAATGAACCTTTCTCGCC
131 TTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-GCT
** * * * * ** *
12681 ATTGGATGTCTTTTGCCTCGTACTTCCT-AAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA
1 AACGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTTTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAA
* * * * * *
12745 AATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
65 AATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* *
12810 CTTTTGAAGATTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCT
130 CTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCT
* * * *
12851 AACGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTTAAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTCATAAAAA
1 AACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
* * * * * *
12916 ATATAAAAATATTTAGCTTGAAATTAATTATAAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAATG
66 ATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
* * *
12981 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCT
130 CTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCT
** * * * * * * * *
13022 AGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATGATG-TAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAA
1 AACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA
* * * *
13086 AACAT-TAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTATGATATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAA
64 AA-ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
13150 GGCTTTCGAAGGTTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT-TGTACT
128 TGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTG--CT
* * ** *
13193 AACGGATGGCTTGTACTTCACCTTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
1 AACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
* *
13258 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAAAATG
66 ATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG
*
13323 CTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-T
130 CTTTTGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCT
* *
13363 CAATC-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
1 -AA-CGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTAA
13394 GACTGGACTT
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 116, Indels: 34
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 202 0.35
171 348 0.60
172 18 0.03
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTAAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGC
TTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCT
Found at i:13176 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12519--13395 Score: 1098
Period size: 342 Copynumber: 2.6 Consensus size: 340
12509 CCAACGAATG
* * *
12519 GCTTTTGCTTCTTGTTTTTCAAGCTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * ** * *
12584 AATTTAACTTAAAATGAATTATGTGATTATAAAACCATTCGAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAG
66 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAG
* * * * * * * * * * * ** *
12649 GTATGTGTGACTATAAATGAACCTTTCTCGCCATTGGATGTCTTTTGCCTCGTACTTCCTAAGAT
131 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGAT
12714 AAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCTATTATGAG
196 AAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCTATTATGAG
* * *
12779 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
261 ATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGATTTGAGTAACTATAAATGGACTTT
*
12844 TCATGCTAACGGATA
326 TCATACTAACGGATA
* * * *
12859 GCTTTTGCTTCATGTTTTTAAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTCATAAAAAATATAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * * * *
12924 ATATTTAGCTTGAAATTAATTATAAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAATGCTTTCGAA
66 A-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
* *
12989 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATGATG
130 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAT-AAG
* * *
13054 -TAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAACAT-TAAAAAATTTAACTTAAAATC-ACTT
194 ATAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCTA-TT
* * ** *
13116 ATGATATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTAACTATAAATGG
256 ATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGATTTGAGTAACTATAAATGG
** *
13181 ACTTTTTGTACTAACGGATG
321 ACTTTTCATACTAACGGATA
* * **
13201 GCTTGTACTTCACCTTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAA
* *
13266 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAAAATGCTTTTGAA
65 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
* * *
13331 GGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
130 GGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAA
13394 GA
193 GA
13396 CTGGACTTTT
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 71, Indels: 16
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 60 0.13
341 127 0.28
342 263 0.58
343 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
GCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAG
GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCATAAGAT
AAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCTATTATGAG
ATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGATTTGAGTAACTATAAATGGACTTT
TCATACTAACGGATA
Found at i:13404 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 13349--13446 Score: 196
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
13339 TGACTATAAA
13349 TGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAC
1 TGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAC
13397 TGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAC
1 TGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAC
13445 TG
1 TG
13447 ACAATCAATT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 50 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.18, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (48 bp):
TGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGAC
Found at i:13738 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13446--14000 Score: 607
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 168
13436 TCTTAAGACT
* *
13446 GACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
13511 ATTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAT-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
13576 TTATACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATACGTTTTGAGGCA
130 TTATACCAATGAATGGCTTTTGCTTTAT--GTTTTGAGGCA
* * ** *
13617 -AGCATTCAATTATAATCTGTCTTAATTAAAAATTTAAAACAAATTCAGCTTAAAATCAATTATG
1 GA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
13681 ACATTATAAAAGTATTTAATGCGAGTAATGATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
64 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-ATGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * *
13746 TTTCT-TACGAATGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCA
128 TTT-TATACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATG-TT-TTGAGGCA
* * * * * *
13789 GACATTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAACCAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATCATCAG
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
13853 ATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT-ATGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
13918 TCATTCCAA-CAGATGGCTTTTGTTTTATGTTTTTTGAGGCA
130 TTATACCAATGA-ATGGCTTTTGCTTTATG--TTTTGAGGCA
* * * *
13959 GACATTTAATTATAATATATTTTAA-TGAAAAAGATAAAAAAA
1 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAACATAAAAAAA
14001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 57, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 131 0.42
171 46 0.15
172 132 0.42
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATATGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
TATACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTTGAGGCA
Found at i:13912 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13397--13999 Score: 632
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
13387 TTCTTAAGAC
** * * * * * *
13397 TGGACTTTTCT-TGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACTGACAATCAATTATAA
1 TGGACTTTTCTATACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
*
13461 TCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTT
66 TCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* *
13526 AAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAA
130 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * *
13568 TGGACTTTT-TATACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATACG-TT-TTGAGGCA-AGCATTCAATTA
1 TGGACTTTTCTATACCAATGAATGACTTTTTCTTTAT--GTTTCTTAAGGCAGA-CATTCAATTA
* * ** * * *
13629 TAATCTGTCTTAATTAAAAATTTAAAACAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAGT
63 TAATCTGTTTTAACTAAAAACAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * * *
13694 ATTTAATGCGAGTAATGATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
126 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * *
13740 TGGACTTTTCT-TACGAATGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTACAA
1 TGGACTTTTCTATACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * *
13804 TCTATTTTAACTAAAACCATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATCATCAGATTATAAAACAATTTA
66 TCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
*
13869 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
131 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * *
13910 TGGACTTTTC-ATTCCAA-CAGATGGCTTTTGT-TTTATGTTTTTTGAGGCAGACATTTAATTAT
1 TGGACTTTTCTATACCAATGA-ATGACTTTT-TCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTAT
* * *
13972 AATATATTTTAA-TGAAAAAGATAAAAAA
64 AATCTGTTTTAACT-AAAAACATAAAAAA
14000 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 65, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 142 0.40
171 68 0.19
172 136 0.39
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGGACTTTTCTATACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
Found at i:13936 original size:561 final size:560
Alignment explanation
Indices: 12912--13938 Score: 1232
Period size: 561 Copynumber: 1.8 Consensus size: 560
12902 TATTTTCATA
* * * * * * *
12912 AAAAATATAAAAATATTTAGCTTGAAATTAATTATAAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAATAAT
1 AAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAAT
* * * *
12977 AATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGAATGGCTTTTTCTTCA
66 AATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
13042 TGTTTCATGATGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAACATTAAAAAATTTAACTTA
131 TGTTT-ATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAACATTAAAAAATTCAACTTA
* * * * **
13107 AAATCACTTATGATATTATAAAACTAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTAAC
195 AAATCAATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAAC
* * * *
13172 TATAAATGGACTTTTTGTACTAACGGATGGCTTGTACTTCACCTTTTTCAAGATAAACATTCAAT
260 TATAAATGGACTTTTTGTACGAACGAATGACTTGTACTTCACCTTTTTCAAGACAAACATTCAAT
* * * * *
13237 TATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
325 TACAATATATTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATCAGATTATAAAAC
* ** * *
13302 TATTTAAAGTGAGTAAAAATGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
390 AATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
13367 CAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACTGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCA
455 CAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACTGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCA
13432 TGTTTCTTAAGACTGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACT
520 TGTTTCTTAAGACTGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACT
* *
13473 AAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGC-AAGTAA
1 AAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAA
** *
13537 T-ATGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATACCAATGAATGGCTTTTGCT
65 TAAT-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTGCT
* * ** *
13600 TTATACGTTT-TGAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTCTTAATTAAAAA-TTTAAAACAAATTC
128 TCAT--GTTTATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAACATT-AAA-AAATTC
* * * * * *
13663 AGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAGTATTTAATGCGAGTAATGATGCTTTCAAAGGCATG
189 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * ** * *
13728 GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACGAATGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCTT-AAGGCAGA
254 AGTAACTATAAATGGACTTTT-TGTACGAACGAATGACTTGTACTTCACCTTT-TTCAAGACAAA
* * *
13791 CATTCAATTACAATCTATTTTAACT-AAAACCAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATCATCAGA
317 CATTCAATTACAATATATTTTAA-TAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATCAGA
* *
13854 TTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTT
381 TTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTT
13918 TCATT-CCAA-CAGATGGCTTTT
445 TC-TTGCCAATCA-ATGGCTTTT
13939 GTTTTATGTT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 68, Indels: 26
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
560 11 0.03
561 236 0.61
562 130 0.34
563 8 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (560 bp):
AAAAACATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAAT
AATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
TGTTTATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAACATTAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGACATTATAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACT
ATAAATGGACTTTTTGTACGAACGAATGACTTGTACTTCACCTTTTTCAAGACAAACATTCAATT
ACAATATATTTTAATAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATCAGATTATAAAACA
ATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATC
AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACTGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCAT
GTTTCTTAAGACTGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACT
Found at i:14596 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14202--14625 Score: 449
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
14192 NNNNNNNNNN
* * * * *
14202 CCTTGAAAAACATGAAACAAAAGCTATCCGTTGACATGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCC
1 CCTTAAAAAACATAAAACAAAAGCCATCCGTTGACA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * **
14267 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATTATCTCATAATTATTTTTAAGTTGAATTT
65 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTACAATTT
** * * * * *
14332 TTTTATGCTTTTGGTTTAAACAGATTATAATTGATTGTTTG
130 TTTTATGCTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA
* * * * * * * *
14373 CCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAATCCATTTATAGTAACT-AATG
1 CCTTAAAAAACAT-AAAACAAAAGCCATCCGTTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-G
** * * * *
14436 CCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTACAAG
63 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTACAA-
* *
14501 TTTTTTTAT-CTTTTTCATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTA
127 TTTTTTTATGC-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA
* *
14545 CCTTAAAAAATATAAAACAAAAGCCATCCGTTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
1 CCTTAAAAAACATAAAACAAAAGCCATCCGTTGACA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
14610 TTCAAAAGCCTTATTA
65 TTCAAAAGCCTTATTA
14626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 46, Indels: 15
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 100 0.50
172 95 0.48
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCTTAAAAAACATAAAACAAAAGCCATCCGTTGACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTACAATTTT
TTTATGCTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA
Done.