Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399275.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2544.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4513
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 428 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:796 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 590--820 Score: 299
Period size: 117 Copynumber: 2.0 Consensus size: 117
580 AAAAGTTCAT
* * * * *
590 TTATAGTCAGCTAAGACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTTATAATCACATAAT
1 TTATAGTCAGCTAAGACTTTGAAAGACTTATTACTCACGTTAAATTAGTTTTATAATCACATAAC
* *
655 TGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATCAC
66 TAATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATCAC
* *
707 TTATAGTCA-CTTAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACGTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAA
1 TTATAGTCAGC-TAAGACTTTGAAAGACTTATTACTCACGTTAAATTAGTTTTATAATCACATAA
* *
770 CTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATGGATTATAAT
65 CTAATTTTAACTTGAA--TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
821 TGAATGTCTA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 11, Indels: 8
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
115 2 0.02
116 28 0.28
117 68 0.69
118 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (117 bp):
TTATAGTCAGCTAAGACTTTGAAAGACTTATTACTCACGTTAAATTAGTTTTATAATCACATAAC
TAATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCAC
Found at i:1112 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 707--2139 Score: 710
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
697 TTATAATCAC
* * * * * *
707 TTATAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGACTTATTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAC
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * *
771 TAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTCTACCCT
65 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * *
835 -AGAAAGAGTCAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
128 GAGAAA-CGTGAAGAGAAAGCCATTCATT-GCAAGGAAAGCCCAT
* ** *
879 TTATAGTCACT--TTCC--TA-AA-AATTATTACT-ACTTT--ATGGCTTTTGT-AT-T-ATAAT
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAA-
* * * * *
932 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTATACTTTG
64 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
*
997 AGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGACAAGGAAAGCCCAT
129 AGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTCATTG-CAAGGAAAGCCCAT
* *
1040 TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
1105 GATTTTAAGCTGAGTTTTTTTACATTTTT-ATTTAAAGAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * **********
1169 AAACATGAAGA-AAAACTCATTCATTTGCANNNNNNNNNNAT
131 AAACGTGAAGAGAAAGC-CATTCA-TTGCAAGGAAAGCCCAT
* * * * * * * * *
1210 TTAAAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAAT
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
1274 TGATTTTAGGATT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGACTGTCTACTTT
65 TGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * **
1338 GAGAAAGGTGATG-GAAAAGCCATTGATT-TTAGGAAAAGCCCAT
128 GAGAAACGTGAAGAG-AAAGCCATTCATTGCAAGG-AAAGCCCAT
* * * * * *
1381 TTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ********** *
1446 GATTTTAGGTTGAA-TNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* *
1510 AAACGTGAAGA-AAAACACATTCATTTG-TAGGAAAAGCCCAT
131 AAACGTGAAGAGAAAGC-CATTCA-TTGCAAGG-AAAGCCCAT
* * * ** * ** **********
1551 TTATAATCAC-CTAAGCC-TTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTNNNNNNNNNNTAA
1 TTATAGTCACTC-ATGCCTTTAG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** *
1614 TTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
64 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * **
1679 AAAAACGTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCAT
129 AGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTCATTG-CAAGGAAAGCCCAT
* * * * * ***
1722 TTATAGTCACTCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATANNN
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
******* * * * * * * *
1787 NNNNNNNAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
** * * ** ** ***
1852 AAATATGAAAAAAAAATCATTCATTGCCAACAAAAGTTTAT
131 AAACGTGAAGAGAAAGCCATTCATTG-CAAGGAAAGCCCAT
* * * * * * ********** *
1893 TTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAACT
1 TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * *
1958 GATTTTTGGTTGAATTTTTTTGTACAGTTTTGGTAAAAACATA-TAGTAATTGAATGTTTAACTC
66 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * *
2022 AAGAAACTTGAAGAAAAATCCATTTATTAGCAAGAAAAGCCCAT
128 GAGAAACGTGAAGAGAAAGCCATTCATT-GCAAGGAAAGCCCAT
* * * * * * *
2066 TTACAGTCAACTGAT--CTTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATATCATAA
1 TTATAGTC-ACTCATGCCTT-TAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
2129 CTGATTTTAAG
64 TTGATTTTAAG
2140 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 283, Indels: 93
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 83 0.09
162 17 0.02
163 10 0.01
164 5 0.01
165 6 0.01
166 11 0.01
167 10 0.01
168 10 0.01
169 65 0.07
170 183 0.20
171 340 0.37
172 73 0.08
173 112 0.12
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
AAACGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGCAAGGAAAGCCCAT
Found at i:1574 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 927--1783 Score: 801
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 341
917 CTTTTGTATT
*
927 ATAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTATA
1 ATAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTATA
* *
992 CTTTGAGAAATGTGAAGAGAAAGCCATTCATTGACAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCC
66 CTTTGAGAAAGGTGAAGAGAAAGCCATTCATT-ACAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * *
1057 TTTAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAGTTT
130 TTTAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTT
* * * * * *
1122 TTTTACATTTTTATTTAAAGAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATGAAGAAAAACTC
195 TTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACAC
********** * *
1187 ATTCATTTGCANNNNNNNNNNATTTAAAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTA
260 ATTCATTTGCAGGAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTA
1252 AATAGTTTTACAACCTC
325 AATAGTTTTACAACCTC
* * *
1269 ATAA-TTGATTTTAGGATT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGACTGTC
1 ATAATTTGATTTTAAG-TTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTA
* * **
1332 TACTTTGAGAAAGGTGATG-GAAAAGCCATTGATT-TTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
64 TACTTTGAGAAAGGTGAAGAG-AAAGCCATTCATTACAAGG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
1395 GCCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
127 GCCTTTAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAA
********** * * * *
1460 TNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
192 TTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
* *
1525 CACATTCATTTGTAGGAAAAGCCCATTTATAA-TCACCTAAGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGC
257 CACATTCATTTGCAGGAAAAGCCCATTTA-AAGTCACCCAAGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGC
* *********
1589 TTTAAAT-GACTTNNNNNNNNN
321 TTTAAATAG-TTTTACAACCTC
* * * * ** * * * *
1610 NTAA-TTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTA
1 ATAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTATA
* * * * ** * *
1674 CCTTGAAAAACGTGAAGCGAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATACC
66 CTTTGAGAAAGGTGAAGAGAAAGCCATTCATT-ACAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * *
1739 TTAAAAAGCCTTATTACTCAATTTCAATGGTTTTATAATCTCATA
130 TTTAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATA
1784 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 92, Indels: 21
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 67 0.16
341 269 0.65
342 77 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ATAATTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTATA
CTTTGAGAAAGGTGAAGAGAAAGCCATTCATTACAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TTAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTTT
TTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACACA
TTCATTTGCAGGAAAAGCCCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTTTAA
ATAGTTTTACAACCTC
Found at i:2780 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2430--4513 Score: 1805
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 170
2420 NNNNNNNNNN
** *
2430 TCGCTTTAAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTATATTTTT-ATT
1 TCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATT
* * * * * * * *
2493 AAAATATATTATGATTGAATGCCTACCTTAGGAAGCATGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGCATA-
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGA-CA-AG
* * * ** * * *
2556 AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGACTTAATAT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
2600 TCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTCATTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * * **
2665 AAACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAGCGTGAAGAAAAAGACACTCATTGGTAAGAAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAA-CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
2730 AGTCTATTTATAATTACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
2771 TCGCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTC
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * * * * *
2836 AAACAAATTATAATTGATTGTCTACTTTGAGAAGCATGAAGAAAATA-CCATTCATTGACAAGGA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAA-AGTCATTCATTGACAAGAA
*
2900 AAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
2942 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTCATTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * ** * *
3007 AAACATATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAA-GATGAAGAAAAACTCATTCATTTG--TAGA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACG-TGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGACAAG-
* * * *
3069 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGTAAA-CCTTATTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
3113 TCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTTATAATTTATTTTAAAATT---TTTTTTTACATTTTT-AGT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-T
* * * * * * * *
3174 TAAAACATATTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTGATTGATAAGA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGA
*
3239 AAAG-CTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTATATTAC
128 AAAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTAC
* * * * *
3282 TCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAA-TTGTTTATAGTTTTGGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGATT
* * * ** *
3345 AAAACCGATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTTACAAGAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAA
* * * *
3410 AAG-CTCATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCGGAAA-CCTTATTAC
129 AAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC
* * * **
3452 TCTCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * * * ** * * * *
3517 AAATAGATTATATTTGAATATTTGCCTTAAAAGACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAACAAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA-ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* *
3582 AG-CCAATTTATAGTCACCCATGTCCTT-GAAAGCCTTATTAC
130 AGTCC-ATTTATAGTCACTCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * ** * *
3623 TCGATTTTAATGTTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGTATGTTTTTACGTTTTTGGTTC
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * * * ** ** * *
3688 AAACAAATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGGTAACATA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* * * *
3753 AGTCTATTTATAGTCAC-CTATGTCTTCAAAAACCTTATTAT
130 AGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * *
3794 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAAAATATTTTTTTACATTTTTGGT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGA-ATTTTTTTATATTTTTGAT
* * * * * *
3859 TAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGA
* * *
3924 AAAGACCATTTATAGTCACTTGA-GCCTCCAAAAGCCTTATTAC
128 AAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
3967 TCGCTTTTAATGGTTTTATAATATTATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTT-AGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TT
* * * * * *
4031 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCAGTGACAAAAA
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAA
* * *
4096 AAGTCCATTTATAGTCAGCT-AAGACTTCGAAAGCCTTATTAC
129 AAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * * *
4138 TCACTTTAAATTATTTTTATAATCACATAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTATATTTTTGATT
1 TCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATT
* * * * * *
4203 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGCAACGAGAAGCAAAAGTCATCCATTAGA-ATA-
65 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACA-AG
*** * * * *
4266 AAAAGTCTGCTTATACTCACTCAAGCCTTTAAAAGACTTATTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
4310 TCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTATTATTTTAG-T
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA-TATTTTTGAT
* * * * * * *
4374 TAAAA-TGAATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAGAGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
64 TAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAA-CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAG
* * * *
4438 AAAAGTCCATTTATAGTTACTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTAC
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
4482 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Statistics
Matches: 1562, Mismatches: 293, Indels: 116
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 12 0.01
169 155 0.10
170 184 0.12
171 791 0.51
172 272 0.17
173 145 0.09
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
Found at i:3788 original size:681 final size:675
Alignment explanation
Indices: 2476--4513 Score: 2012
Period size: 681 Copynumber: 3.0 Consensus size: 675
2466 TTAACTTGAA
* * * ** * * * *
2476 TTTTTTATATTTTTA-TTAAAATATATTATGATTGAATGCCTACCTTAGGAAGCATGAAGCAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * *** * * * *
2540 GTCATCCATT-AGCATA-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGACTTAATATTCA
66 CTCATTCATTGA-CA-AGAAAAGACCATTTATAGTCACTCCAGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
2603 CTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATTCA-TTAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT-TT-AGTTAAA
* * * **
2667 ACGGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAGCGTGAAGAAAAAGACACTCATTGGTAAGAAAAG
191 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAA-CGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAG
* * * ** * * * *
2732 TCTATTTATAATTACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCA
255 TC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
* * * * * *
2797 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAACAAATTATAATTGATTGTCTACT
319 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
2862 TTGAGAAG-CATGAAG-AAAATACCATTCATTGACAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCC
384 TT-AGAAGACATGAAGCAAAA-GCCATTCATTGACAA-AAAAGCCAATTTATAGTCACTCATGCC
* * * * *
2925 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATTT
446 TT-AAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
* * * ** *
2990 TTTTATATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAAGATGAAG-AAAAA
510 TTTTA-ATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAAG-TAAAGAAAAAA
* * * * * **
3053 CTCATTCATTTGTAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGTAAACCTTATTACTCGCT
572 C-CATTCATTGGTA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCT
* * *
3118 TTAAATGGTTTTACAACCTTATAATTTA-TTT-TAAAATTT
635 TTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTGTAAAATAT
* * **
3157 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
3222 GC-CATTGATTGATAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAG-CTATATTACT
66 -CTCATTCATTGACAAGAAAAGAC-CATTTATAGTCACTCCA-GCCTCCAAAAGCCT-TATTACT
* * * *
3283 CGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTATAGTTTTGGTTAA
127 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTATA-TTTTAGTTAA
* * * * *
3347 AACCGATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAACACATTCATTTACAAGAAAA
190 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAA
* *
3412 GCTCATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCGGAAA-CCTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTATAATCT
254 G-TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCT
* ** * * * * *
3476 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATATTTG
317 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTA
* *
3541 CCTTAAAAGACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGCCAATTTATAGTCACCCATGTC
382 CCTTAGAAGACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGCCAATTTATAGTCACTCATG-C
* * * * * *
3606 CTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATGTTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGTATGT
445 CTTAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
* * * * *
3671 TTTTACGTTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTTGAAAAACGTAAAGAAAAAAC
510 TTTTA-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAA-GTAAAGAAAAAAC
* * *
3736 CATTCATTGGTAACATAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAACCTTATTATTCGCTTT
573 CATTCATTGGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTT
* *
3801 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAAAATAT
637 AAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTT--GTAAAATAT
* * *
3842 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
**
3907 CTCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTTGAGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCT
66 CTCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCCAGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
3972 TTTAATGGTTTTATAATATTATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAATA
131 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATA-TTTTAGTTAAAACA
* * * * * *
4037 GATTATAATTGAATGTCTAGCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCAGTGACAAAAAAAGTCC
194 GATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT-C
* * * *** *
4102 ATTTATAGTCAGCTAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTTATAATCACATA
257 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGCTTTATAATCTCATA
* * *
4167 ATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *** * *
4232 AGGCA-ACGA-GAAGCAAAAGTCATCCATTAGA-ATAAAAAGTCTGCTTATACTCACTCAAGCCT
386 A-GAAGAC-ATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GACA-AAAAAGCCAATTTATAGTCACTCATGCC-
* * *
4294 TTAAAAGACTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT
446 TTAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG-
* ** * *
4358 TTTTTATTATTTTAGTTAAAATGAATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAGAGTAAAGAAAAAG
509 TTTTTAAT-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAAAAAGTAAAGAAAAAA
* * * * * *
4423 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTAT-TCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
572 CCATTCATTGGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGT-CTTCAAAAACCTTATTACTCGCT
** *
4487 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
635 TTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTG
Statistics
Matches: 1114, Mismatches: 199, Indels: 81
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 5 0.00
681 400 0.36
682 142 0.13
683 1 0.00
684 1 0.00
685 156 0.14
686 111 0.10
687 162 0.15
688 131 0.12
689 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (675 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
CTCATTCATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCCAGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAG
ACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAGCCAATTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAGCCT
TATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAATTTTT
AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAAGTAAAGAAAAAACCATTCATTGGTAA
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAA
CCTCATAATTGATTTTGTAAAATAT
Done.