Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399279.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2548.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6237
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 2054 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4917 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4618--5947 Score: 1491
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
4608 NNNNNNNNAG
** * * ** * * * * **
4618 TGAATTGTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACCATAATTGAA-GCCTGCCTTATGAAATGCATA
1 TGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTA
* * * * *
4682 GAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAATCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTA
65 GAAAAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
* **
4747 CTCGGTTTAAA-AGATTTTATGGTCTCATAATTGATTTTAAGT
129 CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * *
4789 TGAATTTTTTGACATTTTTCTTTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACATGTAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
* *
4854 AAAAAGCATTTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTAC
66 AAAAAGCA-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* * *
4919 TCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGT
130 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * * *
4960 TCTATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATATTTATCTCAAGAAACGTGCAC
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
* * *
5025 AAAATACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATCAC
66 AAAA-AGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* * *
5090 TCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTAAAGG
130 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * **
5131 TGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATACTATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAACGTCAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
* * * * * * * * *
5196 AAACAAGAATTCTTTGACAATAAAAGTCTATTTAGAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTGC
66 AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
** * *
5261 TCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAAT
130 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
5302 TGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCT-CATTCGAGAAACGTGT
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTTTAC-CTCAAGAAACGTGT
* * * *
5365 AGAAAGAGCCATTGATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTAT
64 AGAAAAAG-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTAT
5430 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
127 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
5474 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
* * * * * * *
5539 AAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTTCTTCAAAAAGCTGATTAA
66 AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
** * *
5604 TCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGA
130 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
5645 TGAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAAA
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
* *
5710 AAATAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
66 AAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
5775 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
130 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
5816 TGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATAGACTACAATTAAATGTTTACCTCAGGAAACGTGTAG
1 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
* * * * * * * *
5880 AAAAAGACATTCATTTAGATGAAAAATTCATTTTTAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTAC
66 AAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
5945 TCG
130 TCG
5948 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 978, Mismatches: 168, Indels: 27
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 128 0.13
171 694 0.71
172 149 0.15
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAG
AAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
Found at i:5592 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 4691--5947 Score: 1603
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 511
4681 AGAAAAAGCT
* * ** * *
4691 ATTCATTGAGAAGAAAAATCTATTTTTAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGTCTTATTACTCGGTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTT
* ** * *
4755 AAAAGATTTTATGGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTCTTTAAAACAAA
65 AAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGA
* * *
4820 CTATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACATGTAGAAAAAGCATTTGATTGAG-AAGAAAAGTCCA
130 CTATAATTGAATGTTTAT-TC-AGAAACGTGTAGAAAAAGCA-TTGATTGAGAAAAAAAAGTCCA
* *
4884 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
192 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
4949 TGCTTTTAAGTTCTATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATATTTATCTCAA
257 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTCAA
* * * * *
5014 GAAACGTGCACAAAATACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAA
322 GAAACATGAACAAAATACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * ** * * *
5079 AGGCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTAAAGGTGAATTTTTTTAT
387 AAGCTGATCAATCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGATGAATTTTTTCAT
* * * *
5144 ATTTTTGATTAAAACATACTATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAACGTCAAGAAACAAGA
452 ATTTTTGATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACATCGAGAAACGTCAAAAAACAAGA
* * * *
5204 ATTCTTTGACAATAAAAGTCTATTTAGAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTGCTCGCTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
5269 AACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-
66 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGAC
* *
5333 TAATAATTGAATGTCTCATTCGAGAAACGTGTAGAAAGAGCCATTGATTGAGAAAAAAAAGTCCA
131 T-ATAATTGAATGT-TTATTC-AGAAACGTGTAGAAAAAG-CATTGATTGAGAAAAAAAAGTCCA
* *
5398 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
192 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
* *
5463 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAA
257 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTCAA
* * * *
5528 GAAACATGAAGAAACA-AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTTCTTCAA
322 GAAACATGAACAAA-ATACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
5592 AAAGCTGATTAATCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTCA
386 AAAGCTGATCAATCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGATGAATTTTTTCA
* * * *
5657 TATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAAAAAATAAGC
451 TATTTTTGATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACATCGAGAAACGTCAAAAAACAAGA
* *
5718 ATTCATTGAGAAGAAAAGT-TCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTT
*
5782 AAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATAG
65 AAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAG
* * * * * ** *
5845 ACTACAATTAAATGTTTACCTCAGGAAACGTGTAGAAAAAGACATTCATTTAGATGAAAAA-TTC
129 ACTATAATTGAATGTTTA-TTCA-GAAACGTGTAGAAAAAG-CATTGATTGAGAAAAAAAAGTCC
* * * *
5909 ATTTTTAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCG
191 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
5948 GTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 95, Indels: 23
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 40 0.06
513 194 0.30
514 403 0.63
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTA
AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTTTATTCAGAAACGTGTAGAAAAAGCATTGATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAA
CATGAACAAAATACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGC
TGATCAATCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGATGAATTTTTTCATATTT
TTGATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTACATCGAGAAACGTCAAAAAACAAGA
Done.