Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397456.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_974.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16585
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Warning! 1293 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:912 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 606--936 Score: 436
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
596 NNNNNNNNNN
* * * ** *
606 TTTTTTATATTTTTAGTAAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAATG
1 TTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAATG
* * **
671 GCTATCATTAGCAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
66 GCTATCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
736 TAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTCAAGTTAAAT
131 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTAAAT
*
776 TTTTTTACATTTTT-GTGAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCT-AGAGAAACATGAAG-AAA
* * * * *
839 TGGCTATCATT-G-ATAGGGAAAGTCCATTTTATAGTCAGCCATGCCTACGAAAGCCTTATTACT
64 TGGCTATCATTAGCA-A-GAAAAGTCCA-ATTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACT
902 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
126 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
937 TGAGTNNNNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 17, Indels: 9
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 39 0.28
170 36 0.26
171 63 0.45
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAATG
GCTATCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTAAAT
Found at i:1724 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1468--6401 Score: 1578
Period size: 171 Copynumber: 28.9 Consensus size: 170
1458 NNNGTTGAAT
* * * ** **
1468 TTTTTTATATTTTTAT-TTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCT-TAGAACACAAGAAGCAA
1 TTTTTTATATTTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAA-ACGTGAAGCAA
* *** * * *
1531 AAGCCATCCATTACTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAA
64 AAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
1596 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * ** * ** * *
1638 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAGCTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGATGTAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
********** *
1703 GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
66 GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
** * *
1768 TTAAATAATTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
131 TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * ** ** * *
1809 TTTTTTATATTTTTGGTTAACACATATTATATTTGAATGTCTGTCTCGATAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
*** * * * **** * **
1874 ATAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATACT-AC-CTATTATTTCGAAAGCCCTATTACTTGC
66 GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
1937 TTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATCGATTTTAACTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAGTC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** * * * * **
1978 TTTTTTCCA-TTTTTGATTAAAATATATTATAGTTGAATGTTTTCTTTGGGAAACGCAAAGCAAA
1 TTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * * * ****
2042 AGCTATCCATTAGCAAGGACAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTANNNN
65 AGCCATTCATT-GGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
******* * *
2107 NNNNNNGTGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTGTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
2149 -TTTTTACATTTTTAT-TTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
1 TTTTTTATATTTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * ** *
2212 AGCCA-TCAAAT-GACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTGAAGCCTTTAAAAGCGTTATTACTC
65 AGCCATTC-ATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ********** * *
2275 GCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGTTTTTAAGTT-GA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * *
2317 ----TT-T-TTTTTAGATTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACTTCGGGAAACGTGAAGCAAA
1 TTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* ** * *
2376 AGTCACCCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCA
65 AGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * **
2440 TTTTGAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGT
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * * * * *
2483 TTTTTTTTCTTTTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATATATGACCT-AGGAAACATGAATCA
1 TTTTTTAT-ATTTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTACCTCGGGAAACGTGAAGCA
* * * * * * **
2547 AAAGTCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTTTATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACNN
63 AAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
******** * *
2612 NNNNNNNNTAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTAAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * *
2655 TGTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA
1 T-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * *
2719 AGCCTTTCATTAGCAAA-AAAAG-CTCATTTATAGTCAC-CTACGCCATC-AATCGCCTTATTAC
65 AGCCATTCATT-GGAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAA-AGCCTTATTAC
* * * * *
2780 TCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATATTTGATTTTAAGTTGAANNN
126 TCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--A
**************** * * * * * ** * *
2828 NNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTTCATCAAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * * * * ** * * *
2893 GCCTTTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCGACCGTCTTATCACTCGCT
66 GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *******
2958 TTGAACGGTTTTATACTCTCATATTTGATTTTANNNNNNNNN
131 TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTA--AGTTAAA
** * * * *** * *
3000 NGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-TAGTAATTGAATATTTACCTTATGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTA-TAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * ***
3064 AGCCTTTCATTAG-TAGCAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATA-TAATC-AAACGCCTTATTACT
65 AGCCATTCATTGGAAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAA-GCCTTATTACT
* * * * ********** *
3126 TAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAAT
127 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * * * * * *
3171 TTTTTTACATTTCTTATTGAACA-ATATTATAACTGAATCTCTATCTTGGGAAATGTGAAGCAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTT-AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * * ** * *
3235 AGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTAGGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGC
65 AGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
3300 ATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
130 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * * * ** *
3342 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTATCAT-GGGAAATATGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * ** *
3406 AACTATTCATTGTTTTTAGTTAATACAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCGAAAGCCT
65 AGCCATTCATTG------G--AA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCT
** * *
3470 TATTA-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAAT
120 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * ** *
3520 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * *
3585 GCCATCCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
66 GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
3650 TTAAATGGTTTTATAGTTTCATAGTTAATTTTAAGTTAAA
131 TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * *********************
3690 TTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 --TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT--TTACCTCGGGAAACGTGAAGC
*********************************************************** *
3755 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATC
62 AAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-C
* * * *
3820 TCA---TAATTGATTTTA-AAT-T-A-AA-T--TTTT---TTATA
126 TCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
*** * * * ** ** * **
3852 TTTTTTAT-TAAAATAG--ATAATA-ATT-GAA-TGTTTGCTTTGGGA-GACGTGAAAC-AAAAG
1 TTTTTTATAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTT---ACCTCGGGAAACGTGAAG
* * * * * ** * **
3909 C--TA-CCAAT--TGGAAAAGAAATG-C-ATTTATTTTCACTCTAGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
61 CAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* **
3967 TCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGT
126 TCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * * * * * * * *
4013 TTTTTTTTCAATTTTAGTTAAAATATATTATAACTAAATATATACCTTGAGAAACGTGAAGCAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * **
4078 AGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT-GTTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTG
65 AGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
4142 CTTTAAAAGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* ** * ** * **
4184 TTTTTTTTACAGTTTTGATTAAAATATCTTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAAAATGAAGCAA
1 TTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAA
* * *
4249 AAGCCA-TCTATT-GATAAGAAAAGTCTATGTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACT
64 AAGCCATTC-ATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
4312 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA
127 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
*** * * * * *
4356 TTTTTTATATTTTGCATTAAAATAGA-TATTAATTGAATGTTTAACTCGAGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTA-TAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * * **
4420 AGCCTTTCATTAGAAA-AAAAATCCATTTATAGTCACACATGCCATCGACTGCCTTATTACTCAC
65 AGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
4484 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAATT
130 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-A
* * * * * * * * *
4526 TTTTTTATATTTTTGGTTACAGTAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACGT-AAACAAGA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAA-A
* * * * *
4590 AGCC-TATCATTAGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CGATGTCATT-GAATA-CCTTACTTA
65 AGCCAT-TCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAG-CCTTCGAA-AGCCTTA-TTA
* ** * * * *
4651 CTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTTATATTTGATTTTATGTTGAA
125 CTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * * * *
4697 TTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAATGTGAA-AAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* ** * * * * ** **
4761 GCCTTTCATTATTAAA-AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCCATCG-ACCCGCTTATTACTTG
66 GCCATTCATT-GGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCA
* * * * *
4824 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGGTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * * * * ** * *
4866 TTTGTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCATTGAAAAACATGAAGAAA
1 TTT-TTTATA-TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAA
* * * * ** * *
4931 AAGCCTTTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGTCACCGACCA-CCTTAGTAC
64 AAGCCATTCATT-GGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGA-AAGCCTTATTAC
* * * *
4993 TCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAAT
126 TCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * ** * *** * *
5039 TTATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAGAATAATTGAATGTTTACTTCAAAAAATGTGAAGAAAA
1 TT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * ** *
5104 AACCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCAACGAACA-CCTTATTACTT
65 AGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTC
* * ** * *
5167 GCTTTACATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* ** * * *** *
5210 TTTTTTTTACATTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAA
1 TTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAA
* * * * * *
5275 AGCCA-TCTATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
65 AGCCATTC-ATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
** * *
5339 CTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAAAGTTGAAT
129 CTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTT-AAGTT-AAA
* * * * * * * *
5382 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCTTTGGGAAACATGAAGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * * * *
5447 GCCA-TCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCATTCTAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGC
66 GCCATTC-ATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* **
5511 TTTAAATGGTTCTATAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAGTT
130 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAG-TT-A-AA
* * * * ** * * *
5554 TTTTTTTTCATTTTTGGTAAAAATATATTATAACTATG--TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGCA
1 TTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATATATTATAA-T-TGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCA
*** * * * ** *
5617 AAAAATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTTAAAGCTTTATTACTC
63 AAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
5682 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTCAA
128 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** *** * * * ** *
5725 TTTATTTGCATTTTTAT-TTAAAACCGATAATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTAAAGCAA
1 TTT-TTTATATTTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAA
** * * * * *
5789 AAG-CAACCGATT-GACAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCCAGCATTTGAAAGTCTTATTACT
64 AAGCCATTC-ATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * **
5852 CGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAGTTT
127 CACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-A--AA
* * * * * ** *
5899 TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATACTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * ** * * **
5964 GTCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAATCCTTTAAAAGCCTCATTATTGGC
66 GCCATTC-ATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* **
6028 TTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTANNNN
130 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTA--AA
****** * * * * * * * *
6070 NNNNNNACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTTCGGGCAACATGAAGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * *
6135 GCCA-CCGATT-AATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTT
66 GCCATTC-ATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * ****
6197 GCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNN
128 ACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGT----TAAA
*** * * * * * * * * *
6244 NNNTTT-CATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTAAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * * * * * **
6308 GTCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCT
66 GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* *
6373 TTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGAT
131 TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGAT
6402 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3516, Mismatches: 1061, Indels: 371
0.71 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
147 4 0.00
148 3 0.00
150 10 0.00
151 2 0.00
152 1 0.00
153 1 0.00
154 2 0.00
155 5 0.00
156 3 0.00
157 7 0.00
158 5 0.00
159 1 0.00
160 12 0.00
161 8 0.00
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163 7 0.00
164 122 0.03
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166 5 0.00
167 4 0.00
168 11 0.00
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177 3 0.00
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180 35 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAA
GCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
Found at i:3346 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1461--3732 Score: 685
Period size: 170 Copynumber: 13.3 Consensus size: 169
1451 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1461 GTTGAATTTTTTTATATTTTTATTTAA-AATATGTTATAATTGAATATCTACCTT-AGAACACAA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACAATA--TTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAA-ATAT
** ** * ** **
1524 GAAGCAAAAGCCATCCATTACTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTA
63 GAAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TTAGCCTTTAAAAGCCTTA
** *
1589 TTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAA
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *** **
1632 ATT-AAATTTTTTATATTTTTTGTTAA-AATA-GATAATAGCTAAATGTTTACCTCAAGAAACGT
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACAATATTATAAT---TGAATGTCTATCTTGGGAAATAT
* * * * ********** * *
1694 GATGTAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
63 GAAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-TAGCCTTTAAAAGCCTTA
* ** * *
1759 TTACTCACTTTAAATAATTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAA
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
1802 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAACACATATTATATTTGAATGTCTGTCTCGATAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATATGA
* *** * * * * * *** * *
1867 AGAAAAAATAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATACT-ACCTATTATTTCGAAAGCCCTATT
65 AGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGCCTTT-AAAAGCCTTATT
* *
1931 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATCGATTTTAA
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAA
* ** * * * ***
1972 CTTGAA-TTTTTTCCATTTTT-GATTAAAATATATTATAGTTGAATGT-TTTCTTTGGGAAACGC
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAACA-ATATTATAATTGAATGTCTATC-TTGGGAAATAT
* * ** * * * * * * *
2034 AAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGGACAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
63 GAAGCAAAAGCCATTTATTGGTAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACT-TAGCCTTTAAAAGCCTT
*********** * *
2099 ATTANNNNNNNNNNGTGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTGTAA
126 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** ** **
2143 GTTGAA--TTTTTACATTTTTATTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATATGA
** * ** * * *
2206 AGCAAAAGCCATCAAATGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTGAAGCCTTTAAAAGCGTTATT
65 AGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-TAGCCTTTAAAAGCCTTATT
********** *
2271 ACTCGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGTTTTTAA
129 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * **
2312 GTTG-ATTTTTTT-TA-GATTA--AAACAGATA--ATAATTGAATATCTA-CTTCGGGAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTCTATCTT-GGGAAATATG
* *** * * ** *
2369 AAGCAAAAGTCACCCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGGCTTA
64 AAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT-TAGCCTTTAAAAGCCTTA
** * * *
2433 TTACTCATTTTGAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAG
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * * * *
2476 GTTGAGTTTTTTTTTCTTTTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATATATGA-CCTAGGAAACA
1 GTTGA--ATTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTCT-ATCTTGGGAAATA
* * ** * * * * * **
2540 TGAATCAAAAGTCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTTTATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
62 TGAAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-TAGCCTTTAAAAGCCTT
********** * * *
2605 ATTACNNNNNNNNNNTAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAG
126 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * *
2649 GTTAAATGTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAA-ATAATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT--AACAATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATATG
* * * * * * * **
2712 AAGAAAAAGCC-TTTCATTAGCAAAAAAAG-CTCATTTATAGTCACCTACGCCATCAATCGCCTT
64 AAGCAAAAGCCATTT-ATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTTA-GCCTTTAAAAGCCTT
* * * *
2775 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATATTTGATTTTAA
126 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
***************** * * * * *** *
2819 GTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTTCATCAAGAAATG
1 GTTGAA--TTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTCTATC-TTGGGAAATA
* * * * * * * ** ** *
2883 TGAAGAAAAAGCCTTTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCGACCGTCTT
62 TGAAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTA-GCCTTTAAAAGCCTT
* * * * * *
2948 ATCACTCGCTTTGAACGGTTTTATACTCTCATATTTGATTTTANN
126 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-A
********* * * * * ** *
2993 NNNNNNNNGTTTTATATTTTTAGTTAA-AATAGATAGTAATTGAATATTTACCTTATGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACAATA-TTA-TAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATATG
* * * * * *** * *
3057 AAGAAAAAGCC-TTTCATTAGT-AGCAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATA-TAATCAAACGCCT
64 AAGCAAAAGCCATTT-ATTGGTAAG-AAAAGTCTATTTATAG-T-CACTTAGCCTTTAAAAGCCT
*** * **********
3119 TATTACTTAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNA
125 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
3164 GTTGAATTTTTTTACATTTCTTA-TTGAACAATATTATAACTGAATCTCTATCTTGGGAAATGTG
1 GTTGAATTTTTTTATATTT-TTAGTT-AACAATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATATG
* *
3228 AAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTAGGCCTTTAAAAGCTTTAT
64 AAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTA-GCCTTTAAAAGCCTTAT
* *
3293 TACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
128 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
3335 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAA-ATTATATTTAAATGTCTATCATGGGAAATATG
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT--AACAATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATATG
* * * * * * ** *
3399 AAGAAAAAACTATTCATTGTTTTTAGTTAATACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCGA
64 AAGCAAAAGC----CA-T-TTATT-GGT-A-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGCCTTT-AA
*
3464 AAGCCTTATTA-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAA
119 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
3513 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TGCTTTAGGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTCTAT-C-TTGGGAAATAT
** * * *
3576 GAAGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
63 GAAGCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-TAGCCTTTAAAAGCCTTA
* * * *
3641 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTTTCATAGTTAATTTTAA
127 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
3684 GTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTC
1 GTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAACA-ATATTATAATTGAATGTC
3733 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
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GCAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
Found at i:4136 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3814--6401 Score: 1901
Period size: 171 Copynumber: 15.1 Consensus size: 171
3804 NNNNNNNNNN
* * * **
3814 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* * * * * * * * * * * *
3878 AATGTTTGCTTTGGGAGACGTGAAACAAAAGCTA-CCAATTGGAAAAGAAATG-C-ATTTATTTT
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* * * *
3940 CACTCTAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
128 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * * *
3984 ATAGTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTCAATTTTAGTTAAAATATATTATAACTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* * * * * *
4049 AATATATACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATGTTCA
66 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATG-TCA
* *
4114 CTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTTT
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* * * * ** *
4156 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAGTTTTGATTAAAATATCTTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* *
4221 AATGTTTACCTT-AGAAAAAATGAAGCAAAAGCCA-TCTATT-GATAAGAAAAGTCTATGTATAT
66 AATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAG-CAAGAAAAGTCTAT-T-TAT
* * *
4283 -TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
126 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
4328 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTAT-A-TTTTGCATTAAAATAGATATTAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTG-GTTAAAATAGATAATAATT
* * ** * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
* * * *
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65 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAA-AAGCCAT-TCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-G
* * * *
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* * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* ** * * ** * *
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66 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTA-TGTCA
* * * * ** *
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130 CTCAAGCCTTTGAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
4838 ATAATCTCATATTTGATTTTAAGGTGAATTTGTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
* * * * * * *
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* * *** * * * * *
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* * * * *
5010 ATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAGAATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* * * * * *
5075 AATGTTTA-CTTCA-AAAAATGTGAAGAAAAAACCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 AATGTTTACCTTGAGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GT
* *** * * *
5138 CA-TCCATGCCAACGAACA-CCTTATTACTTGCTTTACATAATTTT
128 CACT-CAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
5182 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATATTATAACTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* * * *
5246 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATATTC
66 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GTC
*
5310 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
129 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
5353 ATAATCTCATAATT-ATTTTAAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
* * * * * *
5416 GAATGTTTTCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGT
65 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GT
* * * * * *
5480 CATTCTAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCT
128 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
5524 ATAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAGTTTTTTTTTTCATTTTTGGTAAAAATATATTATAAC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAA-
* ** *** * * *
5588 TATG--TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGCAAAAAATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA
63 T-TGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-
* * *
5651 TTCACTCAAGCCTTTTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
126 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * ** **
5697 ATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTCAA-TTTATTTGCATTTTTATTTAAAACCGATAATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
* * * * ** *
5761 AATGTCTA-CTTTAGGAAACGTAAAGCAAAAG-CAACCGATT-GACAAGAAAAGTCTACTTATAG
66 AATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTAT-G
* * *
5823 TCACTCCAGCATTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
127 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
5868 ATACTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATACT-ATAAC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGA-TAATAAT
* * *
5932 TGAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
64 TGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-
* * * * * * *
5995 TTCACTCAATCCTTTAAAAGCCTCATTATTGGCTTTAAAT-GGTTT
126 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
********** *
6040 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ANNNNNNNNNNACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
* * * * * ** *
6104 GAATGTCT-GCTTCGGGCAACATGAAGCAAAAGCCA-CCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 GAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-G
** * *
6167 TCACTCCAA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
127 TCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * ********** * * * *
6212 ATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNNTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTACAACT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATT
* * * * * * *
6277 AAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
65 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GTC
* * * *
6342 ACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
129 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
6385 AAAATCTCATAATTGAT
1 ATAATCTCATAATTGAT
6402 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1977, Mismatches: 357, Indels: 165
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 3 0.00
169 136 0.07
170 212 0.11
171 680 0.34
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174 18 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTG
AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGTCAC
TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
Found at i:5703 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3814--6401 Score: 2026
Period size: 344 Copynumber: 7.6 Consensus size: 343
3804 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
3814 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAATAGATAATAA-T
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * * * * * * * *
3876 -TGAATGTTTGCTTTGGGAGACGTGAAACAAAAGCTA-CCAATTGGAAAAGAAATG-C-ATTTAT
66 ATG--TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACTATCC-ATTGG-CAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * *
3937 TTTCACTCTAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCACAATTGATT
127 ATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * *
4002 TTAAGTTGAGTTTTTTTTTCAATTTTAGTTAAAATATATTATAACTAAATATATACCTTGAGAAA
192 TTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAA
* * * * ** *
4067 CGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT-GTTCACTGAAGCCTTTGAAAGC
256 CGTGAAGCAAAAGCCA-TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCCAGCCTTCGAAAGC
4131 CTTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTTT
319 CTTATTACTTGCTTTAAATA-GTTTT
* * * * *
4156 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTACAGTTTTGATTAAAATATCTTATAA-T
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * * * * * ** *
4219 -TGAATGTTTACCTT-AGAAAAAATGAAGCAAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCTATGTATA
66 ATG--TGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* *
4282 TTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
128 TTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
4347 TAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTGCA-TTAAAATAGATATTAATTGAATGTTTAAC-TCGAGAAA
193 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTT-ACTTTGAGAAA
* * * * * * * **
4409 TGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTCAC-ACATGCCATCGACTGC
256 CGTGAAGCAAAAGCC-ATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCA-GCCTTCGAAAGC
**
4472 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
319 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
4497 ATAATCTCATATTTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAT-ATTTTTGGTTACAGTAGATAATAA-T
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * * * * * *
4559 -TGAATGTTTTCCTTGAGAAACGT-AAACAAGAAGCCTAT-CATTAGCAATAAAAGTCTATTTAT
66 ATG--TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAA-AA-ACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * *
4621 AGTCAC-CGATGTCATTGAATA-CCTTACTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTTATATTTG
127 ATTCACTC-AAGCCTTTGAA-AGCCTTA-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4684 ATTTTATGTTGAATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGA
189 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGAGA
* * * ** * * * * *
4748 AATGTGAA-AAAAAGCCTTTCATTATTAAAAAAAGTCTATTTACAGTCAC-CCATGCCATCG-AC
254 AACGTGAAGCAAAAGCC-ATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCA-GCCTTCGAAA
*
4810 CCGCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
317 GC-CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * *
4838 ATAATCTCATATTTGATTTTAAGGTGAATTTGTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAA-T
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * * * *
4901 -TGAATGTTTGCATTGAAAAACATGAAG-AAAAAGCCT-TTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTA
66 ATG--TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAA--CTATCCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *** * * * * *
4962 TAGTCAC-CTATGTCACCGACCA-CCTTAGTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATATTTG
126 TATTCACTC-AAGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** *
5025 ATTTTAAGTTGAATTTATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAGAATAATTGAATGTTTACTTCAAA
189 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGAG
* * * * **
5090 AAATGTGAAGAAAAAACCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCAACGAA
253 AAACGTGAAGCAAAAGCC-ATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCA-GCCTTCGAA
* *
5154 CA-CCTTATTACTTGCTTTACATAATTTT
316 -AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * *
5182 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATATTATAACT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * * * * * * *
5245 GA-ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATATT
66 -ATGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATT
* *
5309 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTA
130 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
* * * *
5373 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCTTTGGGAAACAT
194 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACGT
* * * * *
5438 GAAGCAAAAGCCATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCATTCTAGCCTTCGAAAGACTTA
259 GAAGCAAAAGCCATC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
5503 TTACTCGCTTTAAATGGTTCT
323 TTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * *
5524 ATAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAGTTTTTTTTTTCATTTTTGGTAAAAATATATTATAAC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAAC
* * *
5588 TATGTGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGCAAAAAATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATT
65 TATGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATT
* * * *
5653 CACTCAAGCCTTTTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTA
130 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** *
5718 AGTTCAATTTATTTGCATTTTTATTTAAAACCGATAATAATTGAATGTCTACTTT-AGGAAACGT
195 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGA-GAAACGT
* * * * * * * *
5782 AAAGCAAAAGCAACCGATT-GACAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCCAGCATTTGAAAGTCTT
259 GAAGCAAAAGCCATC-ATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAGCCTTCGAAAGCCTT
*
5846 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
322 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
5868 ATACTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATACTATAACT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* *
5933 GAATGT-T-TGCCTT-AGGAAACATGAAGC-AAAAGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
66 --ATGTGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAACT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * ** *
5994 ATTCACTCAATCCTTTAAAAGCCTCATTATTGGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATT
127 ATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
******** * * * * * *
6058 TTAAGTT-ANNNNNNNNNNACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCTTCGGGCA
192 TTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGAGAA
* * ** * *
6122 ACATGAAGCAAAAGCCACCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAACCTTCAAAAGC
255 ACGTGAAGCAAAAGCCATC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAGCCTTCGAAAGC
*
6187 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
319 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * *********** *
6212 ATAGTCTTATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNNTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTACAACT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
** * * * * *
6277 AAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGC-AAAAGTCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATATT
66 ATGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATT
* * ** * *
6341 CACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGAT
130 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
6402 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (343 bp):
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ATGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACGTGA
AGCAAAAGCCATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTTGCTTTAAATAGTTTT
Found at i:6127 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 3814--6235 Score: 1484
Period size: 515 Copynumber: 4.7 Consensus size: 515
3804 NNNNNNNNNN
* * ** *
3814 ATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTG
1 ATAATCTCATAATT-ATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAACTG
* * * * * * * * * **
3878 AATGTTTGCTTTGGGAGACGTGAAACAAAAGCTACCAATTGG-AA-AAGAAATGCATTTATTTTC
65 AATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTGGCAAGAA-AAATCCATTTATAGTC
* * * * * * * *
3941 ACTCTAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCACAATTGATTTTA-
129 ACTCAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAG
* * * * * ** * * ** *
4005 AGTTGAGTTTTTTTTT-CAATTTTAGTTAAAATATATTATAACTAAATATATACCTTGAGAAACG
194 A-TTGAGTTTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATAATAACTATGTGTCTGTCTTGAGAAACA
** * ** * * **
4069 TGAAGCAAAAGTCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT-GTTCACT-GAAGCCTTTGAAAGC
258 TGAAGCAAAAAACA-CCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCCAA-CCTTCAAAAGC
* * *
4131 CTTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA
320 CTTATTACTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATTTACA
* ** * * * * * * * *
4195 GTTTTGATTAAAATATCTTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAAAATGAAGCAAAAGCCATCTA
384 -TTTTGATTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATAAAGCAAAAGCAACCGA
* * * * * *
4259 TT-GATAAGAAAAGTCTA-TGTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAAT
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*
4322 AGTTTT
510 AATTTT
* * * * *
4328 ATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTTAA-TTTTTTATA-TTTTGCATTAAAATAGATATTAATT
1 ATAATCTCATAATT-ATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATAGATAATAACT
** * ** * * * *
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64 GAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCC-ATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAG
* * * * ** * * * * * *
4452 TCACACATGCCATCGACTGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTT
127 TCACTCAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
4517 A-AGTT-A-ATTTTTTTTATATTTTTGGTTACAGTAGATAATAA-T-TGAATGT-TTTCCTTGAG
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* * ** * ** * * * * * *
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253 AAACATGAAGCAA-AAAAC-ACCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCA--ACCTTC
* ** * * * * *
4638 AATA-CCTTACTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTTATATTTGATTTTATGTTGAATTTT-
314 AAAAGCCTTA-TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTA
* * * * * * * **
4701 TTT-TATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAATGTGAAA--AAAAGC
378 TTTACATTTTGA-TTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT-AAAGCAAAAG-
*** ** * * * * * * ** *
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440 CAACCGATTAGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAG-CATTTGAAAGC-CTTATTACTCGC
*
4825 TTTAAATAGTTTT
503 TTTAAATAATTTT
* * * * *
4838 ATAATCTCATATTTGATTTT-AAGGTGAATTTGTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATAATAAT
1 ATAATCTCATAATT-ATTTTAAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAAC
* * * * *
4901 TGAATGTTTGCATT-GAAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTAT
63 TGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCC-ATCGATT-GGCAAGAAAAATCCATTTAT
* * ** ** * * * * * * *
4963 AGTCAC-CTATGTCACCGACCA-CCTTAGTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATATTTGA
125 AGTCACTC-AAGCCTTC-AAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
5026 TTTTA-AGTTGA-ATTTATTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAGAATAA-T-TGAATGT-T-TACT
188 TTTTAGA-TTGAGTTTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATAATAACTATG--TGTCTGT-CT
* * **
5085 TCA-AAAAATGTGAAG-AAAAAAC-CTTTC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCAT
249 TGAGAAACA--TGAAGCAAAAAACAC---CGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCA-
* ** * * * *
5145 GCCAACGAACA-CCTTATTACTTGCTTTACATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAA
308 ACCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * * * *
5209 ATTTTTTTTACATTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGCAA
372 ATTTTATTTACATTTTGATTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGCAA
* * * * * * *
5274 AAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
437 AAGCAACCGATTAGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCG
5339 CTTTAAATAATTTT
502 CTTTAAATAATTTT
*
5353 ATAATCTCATAATTATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAACTGA
* * * *
5418 ATGTTTTCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAT
66 ATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC
* * * *
5483 TCTAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAGTCTCATAATTGATTTTAGAT
131 TCAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGAT
* * *
5548 TGAGTTTTTTTTTTCATTTTTGGTAAAAATATATTATAACTATGTGTCTGTCTTGAGAAACATGA
196 TGAGTTTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATAATAACTATGTGTCTGTCTTGAGAAACATGA
* ** * * ** *
5613 AGCAAAAAATATCC-ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACT-CAAGCCTTTTAAAGCTTTA
261 AGCAAAAAACA-CCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAA-CCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
5676 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTCAA-TTTATTTGCATTTTT
324 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATTTACATTTTG
* * * * *
5740 ATTTAAAACCGATAATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTAAAGCAAAAGCAACCGATT-GAC
389 A-TTAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGCAAAAGCAACCGATTAG-C
* * *
5804 AAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCCAGCATTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
452 AAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
* * * ** *
5868 ATACTCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAGTTTTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATACT-ATAA
1 ATAATCTCATAATT-ATTTTAAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA-TAATAA
* * * * *
5931 CTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAT
62 CTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAG
* * * * *
5996 TCACTCAATCCTTTAAAAGCCTCATTATTGGCTTTAAATGGTT-TATAATCTCATAATTGATTTT
127 TCACTCAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTT
********** * * *
6060 A-AGTT-ANNNNNNNNNNACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAA-T-TGAATGTCTG-CTTCGGG
192 AGA-TTGAGTTTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATAATAACTATG--TGTCTGTCTT-GAG
* **
6120 CAACATGAAGCAAAAGCCACCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAACCTTCAAAA
253 AAACATGAAGCAAAAAACACCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAACCTTCAAAA
* * *
6185 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGT
318 GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
6236 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (515 bp):
ATAATCTCATAATTATTTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAACTGA
ATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCGATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGAT
TGAGTTTTTTTTTACATTTTTGGTAAAAATAGATAATAACTATGTGTCTGTCTTGAGAAACATGA
AGCAAAAAACACCGATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAACCTTCAAAAGCCTTATT
ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATTTACATTTTGAT
TAAAACAGATAATAACTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGCAAAAGCAACCGATTAGCAAGA
AAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
Found at i:9693 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9127--14366 Score: 3084
Period size: 171 Copynumber: 30.3 Consensus size: 171
9117 GGAGCCAACA
* * * * * *
9127 ACTCATGCCATCGAATGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
9192 GTTTAACTTTGTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATATCTACCTTAGAAAAC
66 GTTGAA---T-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
9256 GTGAAGCAAAAGCCA-TCGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
127 GTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * *
9301 ACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
9365 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTG
65 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * *
9430 AAG-AAAAACCATTCA-TGGCCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTC
130 AAGCAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * * *
9471 ACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGATTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
9536 GTTGAATTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGA
66 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * *
9601 TGTAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
131 AGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * *
9642 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
9707 GTTGATTTTTTTTACATTCTTGATTAAAATATATTATAACT-ATATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
66 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* *** *
9771 AAGCAAAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCTATTAATATTC
130 AAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * **
9813 ACTTAAGCCCTT-TAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTTTTTTT
1 ACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * * * *
9876 AAGTTTAATTTTTTTGTATTTTT--TTAAAACA-AATACTAATTAAACGTCTGCTTTAGGAAACA
64 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG
* * ** * *
9938 TGAAACAAAA-ACAACCGATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 TGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * * *
9982 ACTCCA-GCATTTGGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATACTTTCATAATTGATTTTA
1 ACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
10046 GGTTGAGATTTGTTTTTTCATTTTTGGTTACAATATACTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAAC
65 AGTTGA-A-TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
*
10111 GTGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
127 GTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * *
10156 ACTCAAT-CCTTTGAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATG-GTTTATAGTCTCATAATTAATTTTA
1 ACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
10219 ACTTGAATTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCT-GCTTTGGACAACA
65 AGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AACG
* * * *
10283 TGAAGCAAAAAACCACTGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 TGAAGC-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * *
10328 ACTTCA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAACTGATTTTG
1 AC-TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
10392 AGTTGAGTTTTTGTTTTCCATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAAT
65 AGTTGA--ATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * * *
10457 GTGAAGCAAAAGTCATCCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTA
127 GTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* ** * *
10502 ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACGT-GCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
10566 AGTAGAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACA
65 AGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG
* ** *
10630 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAAGTCTATTTATATTC
128 TGAAGCAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * *
10675 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * * * * * * *
10740 GTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACA-AATATTAATTGAATGTTTAGCTCAAGAGAGGTG
66 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * *
10804 AAGAAAAAGCCTTTCATTAG-AAAAAAAGTCCATTTATAATG
130 AAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * *
10845 A-TCCAT--CTATC-AACCA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATATCATATTTGATT
1 ACT-CATGCCT-TCGAA--AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * * *
10905 TTAAGTTAAATTTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGAGAATAATTGAATGTTTACCTCAAGACA
62 TTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
* * * * * * * *
10970 TGTCAAGAAAAAACCTTTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTC
126 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
** * * * * * *
11016 AC-CATGCAATC-AAATGCCTTATTTCTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCACAACTGATTTTA
1 ACTCATGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
11079 AGTTTAACTTTTTTTTTTACA-ATTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAA
65 AGTTGAA----TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
* **********
11143 CGTGAAGCAAAAGCCATCCANNNNNNNNNNAAGTCTATTTATATTC
126 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * ** *
11189 ACTCAAGCC-TCTGAAAGCTTTATTACTTACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
1 ACTCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
11252 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACAT
64 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * * *
11317 GAAGAAAAAACCATTCATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 GAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * *
11360 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** *
11425 GTT-AA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCCCAGGAAATGTGA
66 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * *
11487 TGTAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
131 AGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * *
11528 ACCCAATATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAGTTGATTT
1 ACTC---ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * * *
11592 TAAGTTGATTTTTTTTTACATTCTTGATTAAAATATATTATAACTGTATGTTTGCCTTGGGATAT
63 TAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
*
11657 GTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTC
127 GTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * *
11702 ACTCAAGCCCTT-TAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGTTTTTA
1 ACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * ** * * * *
11766 AGTTCAATTTTTTTGTATTTTTGTTTAAAATAGAAAATAATTGAAGGTCTGCTTTAGGAAACATG
65 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * *
11831 AAGCAAAAG-CAACCGATAGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTC
130 AAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * *
11873 GCTGC-TGCATTTGTAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATACTCTCATAATTGATTTT
1 ACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** * * * * * ** * *
11936 AAGTTCAGTTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATACTATAACTGAATGCCGGCCTCAGAAAAC
64 AAGTT--GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
** *
12001 GTGAAGCAAAAGTTA-TCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTC
127 GTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * *
12046 ACTCAAT-CCTTTGAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTATAATCTTATAATTGATTTTA
1 ACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
12109 AGTTCAGTTTGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATACTATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAATG
65 AGTTGA-ATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG
* * *
12174 TGAAGCAAAAGTCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
128 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
********** * *
12218 ACTCAAT-CCTTNNNNNNNNNNATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTATAATCTCATAATTGA-TTTA
1 ACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * **
12280 CGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTAATAATTGAATGTCTGCTTTGGGTAATAT
65 AGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * *
12345 GAAGCAAAAGACA-CCGATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
129 GAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * *
12388 ACTCCA-GCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAACTGATTTT
1 ACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
12451 AAGTT-AAGTTTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATATATTACAACTAAATGTCTACC-TCGAGAA
64 AAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAA
* * * * * * *
12514 ACATGAAACAAAGGTCATCCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTC
125 ACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * ** * *
12561 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
12626 GTTGAAATGTTTTTACAGTTTTGATTAAAATATGA-TATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACAT
66 GTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* ** *
12690 GAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAAGTCTATTTATATTC
129 GAAGCAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * *
12734 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCG--TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * * * * *
12797 GTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTGAAACAGA-TATTAATTGAATGTTTA-TTTTGAGAAAGGT
66 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * * *
12860 GAAGAAAAAAGCCTTTCATTAG-AAAAAAAGGTCCATTTGTAATT-
129 GAAG-CAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTAT-ATTC
* * * * * **** * *
12904 A-TCCATGCCATC-AATCA-TCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTAGGGTTTAGAAAAAAAGTC
1 ACT-CATGCCTTCGAA--AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA----TAATCTCATAA-TT
* * * * * ** * * **
12966 CATTTATAATTATCCATGATATCATATTT-GATTTTAAGTT-AAAT-GTTTTTTACATT-TTTAG
58 GATTT-TAA--GT---TGA-AT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-ATTATA-ATTGAAT-G
* * * ** ***** * ** * * *
13027 T-TAAAAC-AAAGAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGACA-TGTCAAGAAAAAGCCT-TTCAT-TA
112 TCT--ACCTTAGGAA-ACGTGAA-G-CAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAT-
*
13087 GC
170 TC
*** * ** ** * * * * ** * * ** * *
13089 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCATCGAACGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 -ACTCATGCCT-TCGAAAG-C-CTTAT--TA-C--TCG-C-T-TTAAATGATTT-TATAATCTCA
* ** * * * ** *** * *
13154 TAATCTTATAACTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTTTTTACATTTTGGTTAAAATATATTATAAC
53 TAAT-TGAT-TTTAAGTTGAA-TTT-TTTTACA-----T---TTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
* **
13219 TGAATGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAT
106 TGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAT
13283 TC
170 TC
* * * * *
13285 ACTCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATATGT
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAT-T-T
* * * * *
13349 TAAGTTCCTAAAGTATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACATA-TTTTTAATTGAATGTTTACCTT
63 TAAG-T--T---GAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * ** * * *
13413 AGGAAA-GTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
120 AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* ** * * *
13464 ACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
13529 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGA
66 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * *
13594 TGTAAGAGTCATTCATTAGCAAGAGAATTCTATTTATAGTC
131 AGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
********** * ** *
13635 AC-CTATGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGATTTTATTTTCTCATAGTTGATTTTA
1 ACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * *
13699 AG-TGTTTTTTTTTACATTCTTGGCTAAAACT-GACTATATTTGAATGTCTACCTT-GAGAAATG
65 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACG
* ** * *
13761 TGAAGAAAAAATCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * **
13805 ACTCATTCCTTCAAAAGTCC-TATTATTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATCAATTTT
1 ACTCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
********** * * * * ** *
13868 AAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-GCTTCAAAAAACA
64 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACG
* * * * * **
13932 TGAATC-AAAGCCATCCACTGTCAAGAAAATGTCCATTTGCCA-TC
128 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTT-ATATTC
* * * * * *
13976 ACTCAAGCATTCAAAACCCTTATTAC-CTGCTTTAAATTG-TTTTATATTCTCATAATTAATTTT
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * *
14039 AAGCTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTAAATATTTACCTTAGAAAATGT
64 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * * * * *
14104 GAAGAAAAAACTACTCATTGACAAGAAAA-CCCATTTATAGTC
129 GAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * * * * *
14146 AC-CTATACCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTTATTTTA
1 ACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * *
14210 AGTTAAATTTTTTTTGCATGTTTT-GTTAAAATAGATAATAGCTGAATGTCTATCTCA-GAAGAC
65 AGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA-AC
* * * * *
14273 ATGAAACAAAAGCCA-TCTATTAGTAGGAAAAGTCTATTTATATTC
127 GTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
* * *
14318 ACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
1 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
14367 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3905, Mismatches: 940, Indels: 444
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Matches are distributed among these distances:
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169 218 0.06
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Consensus pattern (171 bp):
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GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
AGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTC
Found at i:11779 original size:686 final size:688
Alignment explanation
Indices: 9146--14363 Score: 4080
Period size: 686 Copynumber: 7.5 Consensus size: 688
9136 ATCGAATGCC
* * * * *
9146 TTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAACTTTGTTTTTTAC
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTTATA-
* * * * * * *
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* *
9275 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAG
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* *
9340 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
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* * * * * * * *
9405 TTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCA-TGGCCAAGAAAAGTCCATTTGTA
257 TTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
9468 GTCACTCAT-TCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGATTTTATAATCTTATAGTTGATT
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* * * * *
9532 TTAAGTTGAA-TTTTCTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
385 TTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * * * *
9596 TGTGATGTAAAAGCCAT-TCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
450 TGTGAAGCAAAAGCCATCTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
* * ** *
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* * * * *
9722 ATTCTTGATTAAAATATATTATAACT-ATATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
580 ATTTTTG-TTAAAATATATTATAACTGA-ATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
** * *
9786 ATTAATAAGAAAAGTCTATTAATATTCACTTAAGCCCTTT-AAAGCT
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* ** * *
9832 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTTTTTTAAGTTTAATTTTTTTGTATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * * * **
9897 TT--TTAAAACA-AATACTAATTAAACGTCTGCTTTAGGAAACATGAAACAAAA-ACAACCGATT
66 TTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATT
* * * * * * * **
9958 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCAGCATTTGGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAATT
129 GGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
10023 TTATACTTTCATAATTGATTTTAGGTTGAGATTTGTTTTTTCATTTTTGGTTACAATATACTATA
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATA
* * * * *
10088 ACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
256 ATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * * * *
10152 ATTCACTCA-ATCCTTTGAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATG-GTTTATAGTCTCATAATTAAT
320 AGTCACCCATAT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAGTTGAT
* * * *
10215 TTTAACTTGAATTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTG-CTTTGGAC
384 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA-
** * *
10279 AACATGAAGCAAAAAACCA-CTGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTC-AGCCTTCAA
448 AATGTGAAGC-AAAAGCCATCTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCAA
* * * * * * *
10342 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAACTGATTTTGAGTTGAGTTTTTGTT
511 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAACTTTTTTTT
* * * * * * *
10407 TTCCATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTAAATGTCTGCCTCA-AGAAATGTGAAGCAAAAGTC
576 TTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCC
* * * * *
10471 ATCCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTAACTCAAGCCTTTAAAAGCC
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* * * * * *
10521 TTATTACGTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAATTTTTTTACAGT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATT
*
10586 TTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
65 TTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT
** * * * *
10650 GATAAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGT
129 G-GCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
* * ** * *
10715 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACA-AATATTAA
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA-TAA
* * * * * * * * * *
10779 TTGAATGTTTAGCTCAAGAGAGGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTAG-AAAAAAAGTCCATTTATAA
257 TTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * *
10843 TGATCC--ATCTATC-AACCA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGA-TATCATATTTGA
322 TCACCCATATCT-TCGAA--AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-ATTCTCATAGTTGA
* * * * * * * *
10903 TTTTAAGTTAAATTTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGAGAATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
383 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
* * * * * * * * ** *
10968 CATGTCAAGAAAAAACC-TTTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAC-CATGCAATCAAAT
448 AATGTGAAGCAAAAGCCATCTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* * * *
11031 GCCTTATTTCTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCACAACTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTTT
513 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAG-TTAACTTTTTTTTT
* *
11096 TACAATTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
577 TACATTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
********** *
11161 CANNNNNNNNNNAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTCTGAAAGCT
642 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCT
* *
11208 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * *
11273 TTGGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATGGG
66 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** ** * *
11338 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGACGGTTTT
131 CAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
*
11403 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATAATTGA
196 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* ** * * *
11465 ATGTCTACCCCAGGAAATGTGATGTAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC
261 ATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
11530 CCAATATGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAGTTGATTTTAA
326 CC-ATAT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAGTTGATTTTAA
* * * * * * * * * *
11595 GTTGATTTTTTTTTACATTCTTGATTAAAATATATTATAACTGTATGTTTGCCTTGGGATATGTG
389 GTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTG
* * * *
11660 AAGCAAAAGCCATCT-ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCCTT-TAAAGCTTT
454 AAGCAAAAGCCATCTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCAAAAGCCTT
* * * *
11723 ATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTCAA--TTTTTTTGT--AT
518 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTTTTACAT
* ** * * * * * * *
11784 TTTTGTTTAAAATAGAAAATAATTGAAGGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CAACCGAT
582 TTTTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-AT
* * * * * * * *
11848 AGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCGCTGC-TGCATTTGTAAG-T
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* * * * *
11891 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTTCA
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* * * **** * * * **
11956 TTTTTGGTTAAAATATACTATAACTGAATGCCGGCCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGTTA-TCTA
63 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-A
* * * *
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127 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * *
12085 -TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTGTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATACTAT
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
* * * * * * *
12149 AACTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
255 AATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * ********** * * * *
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320 AGTCACCCATAT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAGTTGAT
* * * * * * * *
12276 TTTACGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTAATAATTGAATGTCTGCTTTGGGTA
384 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* * * *
12341 ATATGAAGCAAAAGACA-C-CGATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCAGCCTTCAAAA
449 ATGTGAAGCAAAAGCCATCTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* * * *
12404 ACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAACTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTTT
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* * * * * * *
12469 -CATTTTTTGTTAAAATATATTACAACTAAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAACAAAGGTCAT
578 ACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* *
12532 CCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
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* * * * * *
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1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATT
* *
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** * ** * *
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* * ** *
12772 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTGAAACAGATA-T-TA
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAA-ATATATTATA
* * * * * * *
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256 ATTGAATGTTTACCTTAG-GAAATGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTATTT
* * * * ** * * *
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318 ATAGTCACCCATATCTTCGAA--AGCCTTATTACTCGCTTT-AA-------A-----T-G-----
* * *
12961 AAGTCCATTTATAATTATCCATGATATCATATTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTT-
362 -A-T---TTTAT-A-T-T-C------TCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
13025 AGTTAAAACAAAGAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGACATGTCAAGAAAAAGCC-TTTCATTAGC
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* * * * * * *
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476 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
13153 ATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTTTTTACATTTTGGTTAAAATATATTATAA
540 ATAATCTCATAACTGATTTTAAG-TTAAC-TTTTTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAA
* *
13218 CTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAT
603 CTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAT
*
13283 TCACTCAAGCTTTTGAAAGCT
668 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCT
*
13304 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATGTTAAGTTCCTAAAGTATTTTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-T-TTAAG-T--T---GAATTTTT
* * * * * * * **
13369 TTACATTTTTAGTTTAAACATA-TTTTTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAA-GTAAAGAAAAAAT
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* * * ** *
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* *
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* * * * * * *
13562 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGATGTAAGAGTCATTCATTAGCAAGAGAATTCTAT
251 TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* ** ********** * *
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* * ** * * *
13692 GATTTTAAG-TG-TTTTTTTTTACATTCTTGGCTAAAACTGACT-ATATTTGAATGTCTACCTT-
381 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTGCCTTA
* ** * **
13753 GAGAAATGTGAAGAAAAAATCAT-TCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
445 G-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * ******
13817 AAAAGTCC-TATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TCAATTTTAAG---NNNNNN
509 AAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GATTTTAAGTTAACTTTT
**** * * * * * *
13877 NNNNTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-GCTTCAAAAAACATGAATC-AA
572 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTT-AGAAAACGTGAAGCAAA
* * ** * ** * *
13940 AGCCATCCACT-GTCAAGAAAATGTCCATTTGCCA-TCACTCAAGCATTCAAAACCC
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* * * * *
13995 TTATTACCTGCTTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * ** * * * * *
14060 TAGGTTAAAACAGATTATATTTAAATATTTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAACTACTCATTGA
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* * * * *
14125 CAAGAAAA-CCCATTTATAGTCAC-CTATA-CCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
131 CAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTC-A-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
14187 TTGTAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTTGCATGTTTT-GTTAAAATAGATAATAG
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATATTATAA
* * * * ** * * *
14251 CTGAATGTCTATCTCA-GAAGACATGAA-ACAAAAGCCA-TCTATTAGTAGGAAAAGTCTATTTA
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* * * *
14313 TATTCACACA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
319 TAGTCACCCATA-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
14364 ATCNNNNNNN
Statistics
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Alignment explanation
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* * *
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* * * *
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* *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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510 A
* * * * *
9658 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACA
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* * * * * * * *
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*** * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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381 TGATTTTAAGTT--GATTT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCT
* * * *
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507 GAAA
* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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192 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT-TTTT-CATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * * * *
10430 TACAACTAAATGTCTGCCTCA-AGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCACTGGCAAGAAAAGTCTAT
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* * * * * * *
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318 TTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
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* *** *
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446 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTT-GA
10689 AA
509 AA
* * * *
10691 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * * ** * * **
10756 TTTTTCATTAAAACAAATATTAATTGAATGTTTAG-CTCAAGAGAGGTGAAGAAAAAGCCTTTC-
65 TTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCT-GCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGAC-ACCG
* * * * * * * *
10819 ATTAG-AAAAAAAGTCCATTTATAATGA-TCCA-TCTATCAACCA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAGCCT-TTAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * * **
10880 TGGTTTTATGATATCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTATTACATTTTTGGTTAAAACAGAGA
190 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATT
* * * * * * ** * * *
10945 ATAATTGAATGTTTACCTCA-AGACATGTCAAG-AAAAAACCTTTCATT-AGCAAGAAAAGTTTA
254 ATAATTAAATGTCTGCCTCAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGA-CAAGAAAAGTCTA
* ** * * * * *
11007 TTTATAGTCAC-C-ATGCAATCAAATGCCTTATTTCTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCACAA
317 TTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAA
* * * * *
11070 CTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTTTTACA-ATTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTAC
380 TTGATTTTAAG-TTGA--TTTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTAC
* **********
11134 CTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCANNNNNNNNNNAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCT
441 CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCT
11199 CTGAAA
506 -TGAAA
* * * * *
11205 GCTTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
11270 TTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAG-AAAAAACCATTC-
65 TTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGA-CA-CCG
* * * * * * * **
11333 ATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGACG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* *
11398 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATA
* * * * * * * * *
11460 ATTGAATGTCTACCCCAG-GAAATGTGATGTAAAAGCCAT-TCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTA
257 ATTAAATGTCTGCCTCAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * * *
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* * * * *
11588 ATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTCTTGATTAAAATATATTATAACTGTATGTTTGCCTTGGG
383 ATTTTAAGTTGATTTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTTAGG
* * * * * *
11653 ATATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCCTTTAAA
447 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAG-CCTTGAAA
* * * * **
11718 GCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTTTTGTA
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* * * *
11783 TTTTTGTTTAAAATAGAAAATAATTGAAGGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAG-CAACCGA
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* * * * * ** *
11847 TAGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCGCTGCTGCATTTGTAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * *
11912 TTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATACTAT
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-ATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTAT
* * * * *
11977 AACTGAATGCCGGCCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGTTATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
256 AATTAAATGTCTGCCTCAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
* * *
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* * * *
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* * * ****
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449 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTT-GAAA
***** * *
12234 NNNNNATTACTTGCTTTAAATAGTTTATAATCTCATAATTGA-TTTACGTTGAATTGTTTTTACA
1 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* * * * * *
12298 TTTTTGGTTAAAATAGGTAATAATTGAATGTCTGCTTTGGGTAATATGAAGCAAAAGACACCGAT
65 TTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGACACCGAT
* * *
12363 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCCAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * *
12428 TTTATAGTCTCATAACTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATATATTACA
194 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATA
* * * * * * * **
12493 ACTAAATGTCTACCTC-GAGAAACATGAAACAAAGGTCATCCACTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
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* * * * *
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* *** * *
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* * * *
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65 TTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAG-CAAAAGAC-ACC
* * * * * * * * * * *
12877 -ATTAG-AAAAAAAGGTCCATTTGTAATTA-TCCATGCCATCAATCA-TCTTATTGCTCGCTTTA
127 GATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACT-CA-GCCTTTAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
12938 AATGGTTTTAGGGTTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAATT-ATCCATGATATCATATTTGATTTTA
188 AATAGTTTTA-----T-------AA-T-C--TCATAATTGAT---T--T-T-A-A---G---TTA
* * * * ** * * *
13002 AGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAGAATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGACATG
223 A-TT--T--TTTTTT-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAGAAACG
* * * * * * * * *
13066 TCAAGAAAAAG-CCTTTCATT-AGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAC-CTATGCCATCGAACGC
282 TGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAT-CCTTTGAAAGC
* * * * *
13128 CTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTTTTT
344 CTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA---TTTTTTTTT
*
13193 ACA-TTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
404 -CATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* ** *
13256 CCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCTTTTGAAA
467 CCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGC-CTTGAAA
* * *
13301 GCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATGTTAAGTTCCTAAAGTATT
1 GCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGAT-T-TTAAG-T--T---GAATT
* * ** * * * *
13366 TTTTTACATTTTTAGTTTAAACATA-TTTTTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAA-GTAAAG-AAA
57 TTTTTACATTTTT-GATTAAA-ATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAA
* *** * * *
13428 AAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTG
120 AGA-CACCGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
13493 CTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAA
183 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
13557 ATATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAATGTGATGTAAGAGTCAT-TCATT-AGCAAGAG
247 ATATATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCT-ATTGA-CAAGAA
* * *********** ** * **
13619 AATTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGATTTTATTTT
310 AAGTCTATTTATAGTCACTCAAT-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTATAAT
* * * * * **
13683 CTCATAGTTGATTTTAAG-TG-TTTTTTTTTACATTCTTGGCTAAAACT-GACTATATTTGAATG
373 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAA-TATATTATAACTGAATG
* * * ** * * * *
13745 TCTACCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
436 TTTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTC
** *
13809 ATTCCTTCAAAA
500 AAGCCTT-GAAA
* * ** **********
13821 GTCC-TATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGNNNNNNNNNNTTAC
1 G-CCTTATTACTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * ** * *
13885 ATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTG-CTTCAAAAAACATGAATC-AAAGCCATC
64 ATTTTTGA-TTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGACA-C
* * * ** * * *
13947 C-ACTGTCAAGAAAATGTCCATTTGCCA-TCACTCAAGCATTCAAAACCCTTATTAC-CTGCTTT
126 CGATTGGCAAGAAAA-GTCTATTT-ATAGTCACTC-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GCTTT
* * * * * * * *
14009 AAATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTAT-ATTTTAGGTTAAAACAG
187 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAT
* * * * * * ** *
14073 ATTATATTTAAATATTTACCTTAGA-AAATGTGAAG-AAAAAAC-TACTCATTGACAAGAAAA-C
251 ATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT-CT-ATTGACAAGAAAAGT
* * * * * *
14134 CCATTTATAGTCAC-CTATACCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
314 CTATTTATAGTCACTCAAT-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCA
* * * * * * *
14198 TAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTTGCATGTTTT-GTTAAAATAGATAATAGCTGAATGTCTA
377 TAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTTCAT-TTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTA
* * * * * ** * * *
14262 TCTCA-GAAGACATGAAACAAAAGCCATCTATTAGTAGGAAAAGTCTATTTATATTCACACAAGC
440 CCTTAGGAA-ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGC
14326 CTTCGAAA
504 CTT-GAAA
** *
14334 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
1 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG-GTTTATAATC
14367 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGACACCGATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTA
AATGTCTGCCTCAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACTCAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAA
GCAAAAGCCATCCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTGAAA
Found at i:13458 original size:179 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
12977 ATCCATGATA
* * * * **
12987 TCATATTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAAGAATAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * ** *
13051 CTGCCTCAAGACATGTCAAG-AAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAC-CT
64 TTACCTTAGGA-AAGTAAAGAAAAAATCATTT-ATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-
* * ** * * *
13114 ATGCCATCGAACGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
126 AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
13159 TTATAACTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAA
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* * * ** ** * ** *
13223 TGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATATTCAC
61 TGTTTACCTTAGG-AAA-GTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* * *
13287 TCAAGCTTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
124 TCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * *
13334 TCATAATTGATATGTTAAGTTCCTAAAGTATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACATAT-TTTTAA
1 TCATAATTGAT-T-TTAAG-T--T---GAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAA-ATATATTATAA
13398 TTGAATGTTTACCTTAGGAAAGTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
56 TTGAATGTTTACCTTAGGAAAGTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
** * *
13463 CACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAATC
121 CACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
13513 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * ** * * *
13578 ACCTTAGGAAATGTGATGTAAGAGTCATTCATTAGCAAGAGAATTCTATTTATAGTCAC-CTATG
66 ACCTTAGGAAA-GTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAG
*********** ** **
13642 CCTTCNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAAT-GATTTTATTTTC
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* ** * ** * * * *
13684 TCATAGTTGATTTTAAG-TGTTTTTTTTTACATTCTTGGCTAAAACT-GACTATATTTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA-TATATTATAATTGAATGTT
* * * * *
13747 TACCTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
65 TACCTTAG-GAAA-GTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
* * *
13811 TCCTTCAAAAGTCC-TATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
128 GCCTTTAAAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
** ********** * *
13854 TCATAATCAATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTAAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTT
* ** ** * * **
13918 T-GCTTCA--AAA--AACATGAATCAAAGCCATCCACT-GTCAAGAAAATGTCCATTTGCCA-TC
65 TACCTT-AGGAAAGTAA-A-GAA--AAAATCATTTA-TGGGCAAGAAAA-GTCTATTT-ATAGTC
* * * * * *
13976 ACTCAAGCATTCAAAACCCTTATTACCTGCTTTAAATTGTTTTATATTC
122 ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * * * * * *
14025 TCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATATTTAAATATTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * * *
14090 ACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAA-CTACTCATTGACAAGAAAA-CCCATTTATAGTCAC-CTAT
66 ACCTTAGGAAA-GTAAAGAAAAAATC-ATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-A-
** * * *
14152 A-CCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATC
127 AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * *
14195 TCATAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTTGCATGTTTTG-TTAAAATA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAATA
14243 GATAATAGCT
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 201, Indels: 117
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
169 10 0.01
170 246 0.30
171 240 0.29
172 41 0.05
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174 6 0.01
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177 11 0.01
178 12 0.01
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180 28 0.03
181 6 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
ACCTTAGGAAAGTAAAGAAAAAATCATTTATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC
TTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
Done.