Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399283.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2551.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11810
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 2799 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2519 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1891--3242 Score: 1215
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
1881 TGCCTTCGAG
* * * * * *
1891 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGCTAGAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** * * *
1956 CAAATTGTAATTGATTGTTTGTCTTATG-AAACATGAGGAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAG
66 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
** * * *
2019 TCCATTTATAGTCTTCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTAGTC
130 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTC
* *
2060 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAA
** * *
2125 ACAGATTATAATT-AAGTGTTTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTGATAGGAAA
65 ACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
2188 ATTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTTCTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTC
* * * * * * * *
2231 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCGCATAATT-ATTTTTACGCTGTATTTTTTATATTTTTAGTTAGA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAA
**
2295 ACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* *
2360 TCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTCAAAAACTATATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCT-TATTACTC
* * *
2401 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * **
2466 ACATATTATACTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATAAAGAAAAGGCTATTCATTGGGAAGAAAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
2531 -CTTATTTATAGTCACCCAAGGCTTCTGAAGCCTTATTAGTC
130 TC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTC
* * * * *
2572 ATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTTATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
2637 ACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGG-AAACATGAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAAAAAA
65 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* ** * * *
2701 G-CCTACTTATAACCACCCAAGCCTGCAAAAGTCTTATTACTC
129 GTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTC
* * * * *
2743 ACTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGATAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
2808 AAAGATTATAATTGAGCAT-TTT-CCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTACTAATATA-A
65 ACAGATTATAATTGA--ATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-AGA
* * * * * *
2869 AAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTTATTACTC
** * * * *
2914 GGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** ** *
2979 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCACG-AAACATGAAG-AAAAGACCATTCATTGGTAAGGAA
65 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAAA
* *** * *
3042 AGCCCATTTATAGTCGTTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTC
** * * *
3085 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCGGGTTAAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAA
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAA
** ** * * *
3150 ACAGATTATAATT-AAGTGTTTACCTCAGAAAATGTGAACAAAAAGTCATTCAATGACAAGAAAA
65 ACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* *
3214 GTCTATTTATGGTCACCCACT-CCTTCAAA
129 GTCCATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAA
3243 GCTTTAAATG
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 178, Indels: 76
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 52 0.05
170 220 0.23
171 663 0.69
172 28 0.03
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACTC
Found at i:3077 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1892--3178 Score: 1405
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 511
1882 GCCTTCGAGA
* * * *
1892 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGCTAGAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
1956 CAAATTGTAATTGATTGTTTGTCTTATGAAACATGAGGAAAA-AGTCATTCATTGACAA-GAAAG
66 CAAATTATAATTGAATGTTTG-CCTACGAAACATGAAGAAAAGA-CCATTCATTGGCAAGGAAAG
* * * *
2019 TCCATTTATAGTCTTCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
129 CCCATTTATAGTCTTC-ATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
2084 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACC
193 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACC
* ** * ** ** * ** **
2149 T-TGAGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTGATAGGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
258 TCAGAGAAACATGAAGAAAAACCGATTCATTGACAAAAAAAGCCTACTTATAACCACCCAAGCCT
* * * * * * * *
2213 TCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCGCATAATTATTTTTACGCTGTATTTT
323 GCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCGCATAATTATTTTTAAGCTGAATTTT
* * * * * *
2278 TTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGGCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
388 TTACATTTTTAGATAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
2343 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTCAAAAACTATATTACTCG
453 TTCACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACTATATTACTCG
* * * *
2402 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * ** * * * * *
2467 CATATTATACTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATAAAGAAAAGGCTATTCATTGGGAAGAAAAGC
66 CAAATTATAATTGAATGTTTGCCTACG-AAACATGAAGAAAAGACCATTCATTGGCAAGGAAAGC
** ** * * * * *
2532 TTATTTATAGTCACCCAAGGCTTCT-GAAGCCTTATTAGTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
130 CCATTTATAGTC-TTCATGCCTT-TAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
2596 TAATTTATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAA-TGTTTAC
193 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTAC
*
2660 CTCAG-GAAACATGAAGAAAAACCCG-TTCATTGGCAAAAAAAGCCTACTTATAACCACCCAAGC
257 CTCAGAGAAACATGAAGAAAAA-CCGATTCATTGACAAAAAAAGCCTACTTATAACCACCCAAGC
* * * *
2723 CTGCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT
321 CTGCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCGCATAATT-ATTTTTAAGCTGAAT
* *
2787 GTTTTTACATTTTTGGATAAAAAAGATTATAATTGAGCAT-TTT-CCTTGAAAAACATGAAGCAA
385 -TTTTTACATTTTTAGATAAAAAAGATTATAATTGA--ATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAA
* * * * * **
2850 AAGCCA-TCTACTAATATA-AAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCT-TATTAC
447 AAGCCATTC-ACTAACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAAAAACTATATTAC
2912 TCG
509 TCG
* * *
2915 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * *
2980 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACATGAAGAAAAGACCATTCATTGGTAAGGAAAGC
66 CAAATTATAATTGAATGTTTGCCT-ACGAAACATGAAGAAAAGACCATTCATTGGCAAGGAAAGC
* *
3045 CCATTTATAGTCGTTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
130 CCATTTATAGTC-TTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * * *
3110 AATTGATTTCGGGTTAAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACCT
194 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACCT
3175 CAGA
259 CAGA
3179 AAATGTGAAC
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 127, Indels: 36
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 44 0.07
511 54 0.09
512 208 0.33
513 310 0.49
514 12 0.02
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAAATTATAATTGAATGTTTGCCTACGAAACATGAAGAAAAGACCATTCATTGGCAAGGAAAGCC
CATTTATAGTCTTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACCTCA
GAGAAACATGAAGAAAAACCGATTCATTGACAAAAAAAGCCTACTTATAACCACCCAAGCCTGCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCGCATAATTATTTTTAAGCTGAATTTTTTA
CATTTTTAGATAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACTATATTACTCG
Found at i:7319 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6763--8303 Score: 944
Period size: 170 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
6753 NNNNNNNAAA
* * * *
6763 CCTTATCATTCACTTTAAATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AATTGTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATT-TTTTATA
* * *
6827 TATTTGGTT-AAACTAGATTATAATTGAAT-TTCTACCTT-AGAAGACATGAAGAAAAAGTCATT
64 TTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTT-TACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
6889 CATTGAG-AAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAG
126 CATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * *
6933 CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
* ** * * * * * * * * *
6998 TTTAGTTAAAGTAGATTATAATCGAATATTTGCCTAGAGAAACGTGAAGGAAAACCCGTTCATTG
66 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * *
7063 GTAAGAAAAGCCTACTTATTA-TCACCCAAGCCTTTAAAAG
131 GTAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * *
7103 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
* ** * * * *
7168 TTTGGTAAAAACATTTTATAATTTAGTGTTTACCTTGAAAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTG
66 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * ** ** *
7232 GTAAGAAAAGTCTAATTGTAGTCACTTATTCCCTCAAAAG
131 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
** * * * *
7272 CCTTATCGCTCACTTTAAATGGTTTTGTAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTATATT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
* * ** *
7337 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG
66 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
7402 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTCGAAAG
131 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * ** *
7442 CCTTATTACTTACTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACATGAATTCTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATA
**** * * * * * *
7507 TTTCCAATT-AAACTATATTCTAATTAAATGTTTACCTTCG--AAGCTATGAAGCAAAAGCCATC
64 TTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAAAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
7569 CATTAG-CATAAAAGTTTCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
126 CATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* ** * * ********** * *
7614 TCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGGTAAATTTTTT-TACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATA-T
* * * * * *
7678 TTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CGTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
*** * * *
7742 TCACAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-TCTTCGAAAG
129 TGGTAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAG
* * * * * * * * *
7784 CCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAATTTATTTTTTTATTTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
*** * * * * * ** * ** * * *
7849 TTTTAATAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCAATGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCCTTG
66 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * * * *
7914 ATATCAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAG
131 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
7954 CCTTCTTACTCACTTTCAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATAT
******** * ** * ** * * *
8019 TTTNNNNNNNNNNA-AG-TTATAATTGAATGTCTGTCTCGGGAACCATGAAGAAAAATCCGTTCA
65 TTT--TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * ** *
8082 TTACTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCGATTCATTCAAAAG
128 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* ********** * * *
8125 CCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATAT
** * * * **
8190 TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCATG--AAACATGAAGAAAAAGCCCCTCA
65 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT--TGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * *
8253 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAG
128 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
8296 CCTTATTA
1 CCTTATTA
8304 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1051, Mismatches: 285, Indels: 69
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 196 0.19
170 465 0.44
171 293 0.28
172 91 0.09
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATT
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
Found at i:9127 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 8813--9555 Score: 428
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 158
8803 NNNNNNNNNN
* * *
8813 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACCTTTATGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAAC
* * * * *
8878 AGATTATAATTAAATGTTTGACTTCTAAAATATGAAGAAAAAGTGATTCATTTATAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTAAATGTCTGACTTCGAAAACATGAAGAAAAACTGATTCATTGATAAGAAAAGTC
*
8943 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAGC
131 CATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAGC
* * *
8971 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTGGAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATGGTT-AAAA
* * * * * *
9035 -AGATTATAATTAATTGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAACCT-ATTCATTGATAAG-AAAG
65 CAGATTATAATTAAATGTCTGACTTCGAAAACATGAAG-AAAAACTGATTCATTGATAAGAAAAG
* *
9097 TCCATTTATAGTC-TTCTATACTTTCAAAAGCCTTATTAC
129 TCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTC-AAAG--------C
** * ** * *
9136 TCGCTTAAAATATTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTCATTTACATTTTTAGTTA
1 T---TT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATGGTTA
* * * * * *** *
9201 AAAAAGATTATATTTGAATGTCT-ATCTTGGAAAACATGGAGAAAAAGACATTCATTGATAAAAA
62 AAACAGATTATAATTAAATGTCTGA-CTTCGAAAACATGAAGAAAAACTGATTCATTGAT-AAGA
* * * * *
9265 AAAGTCTAATTACAGTCACCTATTCCCTCAAAAACCTTATCATTCA-C
125 AAAGTC-CATT----T-A--TAGTCACTC--ATACC-T-TCA--AAGC
* * * * * *
9312 TTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTATTTTACGTATT-TGGTTAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAT-TTATGGTTAAAA
* * * * * * *
9376 CAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGGGAGACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAG-AAAG
65 CAGATTATAATTAAATGTCTGA-CTTCGAAAACATGAAGAAAAACTGATTCATTGATAAGAAAAG
* *
9439 TCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTAATTACTCGC
129 TCCATTTATAGTCACTCATACCTT-------C-AA--A---GC
* * * * **
9482 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTACATTTTTGGTTAAAGT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAAC
9546 AGATTATAAT
66 AGATTATAAT
9556 CGAATATTTA
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 77, Indels: 93
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 23 0.05
157 59 0.13
158 49 0.11
159 1 0.00
160 2 0.00
162 7 0.02
164 1 0.00
165 4 0.01
166 2 0.00
168 4 0.01
169 73 0.16
170 99 0.22
171 4 0.01
172 101 0.22
173 7 0.02
176 2 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
180 4 0.01
181 2 0.00
182 3 0.01
183 2 0.00
184 2 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (158 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAAC
AGATTATAATTAAATGTCTGACTTCGAAAACATGAAGAAAAACTGATTCATTGATAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAGC
Found at i:9521 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8969--11323 Score: 1998
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
8959 TGCCTTCAAA
* * * *
8969 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTGGA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTT-AA
* * * *
9033 AA-AGATTATAATT-AATTGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA-CCTATTCATTGATAAG-A
65 AATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGACAAGAA
** * * *
9094 AAGTCCATTTATAGTCTTCTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTC
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-ATTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * * *
9202 AAAAGATTATATTTGAATGTCTATCTTGGAAAACATGGAGAAAAAGACATTCATTGATAAAAAAA
65 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAA
* * * * * * * * *
9267 AGTCTAATTACAGTCACCTATTCCCTCAAAAACCTTATCATTC
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* * * * *
9310 ACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTATTTTACGTATTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAA
** * *
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* * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * *
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131 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * ** * ** * * * * **
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* * *** *
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* * * * *
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1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAA
* * * ** * * * *
10557 AACATG-TTATAATTAAATGTTTGTCTTAGGAACCATGAACAAAAATCCATTCATTG-CTAAGAA
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***
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * * * * * *
10901 AATATATTCTAATTGAATAT-TGACCTTAGGAATCGTGAAG-CAAAGTCATCCATTGGCATGAAA
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** * * *
10964 CTTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTC
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
11007 GCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAA
** * * * * ** * * **
11072 ACCGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATCTATTCATTGTTAAGAAAAG
66 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
11137 TCAATTTATAGTTACCTAT-TCTTCCAAAAGCCTTATTACTC
131 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * *
11178 ATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACCTTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * **
11243 GTAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTGTAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
66 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
11308 TCCATTTATAGTCACC
131 TCCATTTATAGTCACC
11324 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1748, Mismatches: 379, Indels: 116
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Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 119 0.07
164 7 0.00
166 3 0.00
167 4 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:11150 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11108--11150 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11098 GAGAAATGTG
* *
11108 AAGAAAAATCTATTCATTGTT
1 AAGAAAAATCAATTCATAGTT
* *
11129 AAGAAAAGTCAATTTATAGTT
1 AAGAAAAATCAATTCATAGTT
11150 A
1 A
11151 CCTATTCTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAATCAATTCATAGTT
Done.