Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397457.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1293.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16562
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 1252 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:674 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1952 Score: 1465
Period size: 171 Copynumber: 11.5 Consensus size: 169
* * * *
1 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTGA-ATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTC
* * * * * * * * * *
65 AGTTAAAACATATTACAATTGACTGTCTGCATCAAGAAACGAG-A-AAAAAGCTATTCATTGACA
65 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CA
* * *
128 AGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGCATTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
170 TTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTGAGGTTGAAATGTTTTTACAATTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTAC-ATTTT
* * ** *
235 -AGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGTCTT-GGAAAATGTGAAGAAAAA-CTCATTCATTG
64 CA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATT-
** * **
297 GCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAATCTTA
125 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTA
* ** * ** * *
342 TTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTCATTTTTTGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTA
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTC
* * * * * *
406 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AAT
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-
* ** **
469 ATGAAAAGTCCTTTTATAACCACTTA-AGCCTTCAAAAGCCTTA
128 A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTA
* *
512 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTGCATTCTTC
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTC
* *
577 ATTAAAACACATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGCTAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGC-AA
* *
642 GAAAAGTCCATTTACAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
683 TTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTC-
* * * * * ** * * *
748 GTTAAAACAGATTGTATTTGAATATTTACCTCAAAAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGATAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAA
*** *
813 GAAAAGTCCATTTAT--T-TTTC-TA-CTTTAAAAGCCTTA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
849 TTACTCACTTTCAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCT--ATATTTTTTACTTTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-ATTTT
** * * * * *
912 GGTTAAAAC-----A-AATTGAATG-TTAGCCTT-GAAAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTG-
64 CATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGC
* **
968 ATATGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTTGAAAGCCTTA
127 A-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * ** **
1013 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCATACAATTTGG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTC
* * * * * ** *
1078 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTGGTAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAA
* ** * * *
1143 GACAAGTGTATTTATATTAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * ** *
1184 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATGTTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTC
* * * * *
1249 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAGGGAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAA
* ** * * *
1314 GAAAAGTCTATTTATAGTCGTCCGTTCCTTCAAAAGCCTAA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
1355 TTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA-TTTAAGGCTGAATTTTCTTATATTTCT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTT-T
** * * * *
1419 GGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTTC-TTGA
64 CATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTG-
* * * *
1482 CAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCAT-CACTTCGAAAGTCTTA
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-CTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
1526 TTACTCACTTTAAATGGATTTACAATCTCATAACTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTC
** * * * * *
1591 AGAAAAATAGAATATAATTGAATATTTACCTT-GAGAAACATGAA-AAAAA-CTATTCATTGACA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CA
* * * * * *
1653 ATAAAAATCCATTTATAGTCA-CTAAAGCCTTCCAAAGCCTTT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTA
* * ** * * * *
1695 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTC
* * * * * * * * **
1760 ATTAAAACAGATCATTATTTAATGTCT-GCTTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCA
* * * * * *
1824 ATAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATATCTTCGAAAGCCCTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
** ** * * * *
1866 TTACTTGCTTTAGGTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAAGTTTTTTATATTTTCG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTC-
* *
1931 GTTAAAACAAATTATAATTGAA
65 ATTAAAACAGATTATAATTGAA
1953 AGCTTTAGTA
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 283, Indels: 130
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 4 0.00
159 48 0.03
161 1 0.00
162 1 0.00
163 2 0.00
164 54 0.04
165 33 0.02
166 57 0.04
167 2 0.00
168 10 0.01
169 163 0.11
170 204 0.14
171 743 0.52
172 108 0.08
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCA
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:2309 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1995--2318 Score: 391
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
1985 CAATTGTTTC
* * * *
1995 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGCTATTTTAGGTTGAATTTTCTA
1 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGATATTTTAAGCTGAATTTTCTA
* * * *
2060 ACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTGGAAAATATGAAGAAAAACCCATT
66 ACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAATA-GAAGAAAAACCCATT
*
2125 CGTTGAAAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACTCAAGCATTG
130 CATTGAAAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACTCAAGCATTG
* * *
2165 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATA-ATAGATTTTAAGCTGAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGAT--ATTTTAAGCTGAATTTTC
* ** * * * * *
2229 TTATGCTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTA-AAGACAAAGCT
64 TAACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTG-GAAA-ATAGAAGAAAAACCC
* *
2293 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
127 ATTCATTGAAAAGAAAAGCCCATTTA
2319 TAGCCACCCA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 22, Indels: 7
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 39 0.30
171 82 0.64
172 4 0.03
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGATATTTTAAGCTGAATTTTCTA
ACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAATAGAAGAAAAACCCATTC
ATTGAAAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACTCAAGCATTG
Found at i:4578 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3390--5123 Score: 1527
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
3380 NNNNNNNNNN
* * * *
3390 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTT-GATTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * ** * * *
3454 GATTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGT-GAAGAAAAAGTCATTCATGGGCAAGAAAAGTC
65 TATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAC-TAGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
** * * * *
3518 CATTTATAATCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTT
128 CATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * * ** *
3561 TAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTGTCTTACATTTTGGGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * * ** *
3626 ATTATAATTGAGTGTCTACCTCGAGAAACAAGAAGAAATAGCCATTCATTGAC-AGAAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACTAGAAGAAA-AGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTCC
* * ** * ******
3690 ACTTATAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACNNNNNN
129 ATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
**** * * * * * * *
3732 NNNNTAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGCTTTTTCTACATTTTTGGTTAAGACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * *** * * *
3797 GAATATAATTAAATGTTTGTCTTATGAAAC-ATGAAGAAAAAATATTCCTT-AGCAAGAAATGCC
65 TATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACTA-GAAGAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* ** * * * * *
3860 CATTTATAGTCACTGAAGCGTTTAAAAGCTTTATTACTCACTT
128 CATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
3903 TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTCTGGTTCAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * * * * * * * *
3968 ATTAAAATTGAATATTTACCGT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACT-AGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
4032 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
129 ATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
4074 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * *
4139 ATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAA-AAA-TGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAACT
66 ATTATAATTGAATGT-TTGCCTT-AAGAAACT-AGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
4201 CAATTTATAGCCACCCATGCCTTTC-AAA-CCTTATTGCTTGCTT
127 CCATTTATAGCCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
4244 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTT---TTTTTAGTCAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * * * * *
4303 ATTATAATCGAATGTCTGCCTCAGGAAACGT-GAAGACAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTC
66 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAC-TAGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
4367 ATTTGTAGCCACTCATGCCTTCGAAAGTCTTTTTACTCGCTT
129 ATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * ** * *
4409 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTTGGATTTCTAGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * * * *
4474 ATTATAATTGATTGTTTGGCTTAAGAAACTAGAAGAAACGTCATTCATTTACAAGAAAAGTCCAT
66 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* *
4539 TTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
131 TTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
4579 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACA
* * *
4643 TATTATAATTGAATATCTACCTTGAA-AAA-TGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
65 TATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACT-AGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * *
4706 CAATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAA-TCTTATTGCTTGCTT
127 CCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
4749 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTGCTTTTTTAGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * * * * *
4814 ATTATAATTGAATGTCTG-TTTCAAAAAACATCG-AGATGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTT
66 ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAAC-TAGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * **
4877 TATTTGTAGCCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTT
128 CATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
4920 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
* * * * * *
4985 ATTATAATTGATTGTTTGGCTCAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTCATTTACAGGAAAAGTCTAT
66 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* ** * *
5050 TTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTACTACTCGCTT
131 TTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
5090 TAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
5124 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1252, Mismatches: 269, Indels: 85
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 80 0.06
165 47 0.04
166 1 0.00
167 4 0.00
168 4 0.00
169 16 0.01
170 451 0.36
171 582 0.46
172 61 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:4599 original size:505 final size:507
Alignment explanation
Indices: 3884--5123 Score: 1718
Period size: 511 Copynumber: 2.4 Consensus size: 507
3874 GAAGCGTTTA
* * * * * * *
3884 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTT
* * * * * * * * * ** * * *
3949 ATATTTCTGGTTCAAATAGATTAAAATTGAATATTT-AC-CGTGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCT
66 AGATTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGGCTC-AAGAAACT-AGAAG-AAAAGCCA
** * *
4012 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
128 TTCATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
4077 ATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATT
193 AT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATT
* * * * *
4142 ATAATTGAATGTCTTCCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAACTCAATTT
257 ATAATTGAATATCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAACTCAATTT
*
4207 ATAGCCACCCATGCCTTTCAAACCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
322 ATAGCCACCCATGCCTTCCAAACCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** *
4272 TTTAAGTT-GAA-TTT-TTTTTTAGTCAAAACATATTATAATCGAATGTCTGCCTCAGGAAACGT
387 TTTAAGTTAAAATTTTCTTTTTTAGTCAAAACATATTATAATCGAATGTCTGCCTCAAAAAACAT
* *
4334 -GAAGACAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCACTCATGCCTTCG
452 CG-AGACAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCACCCATACCTTCG
* * *
4390 AAAGTCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTT
* * * * *
4455 GGATTTCTAGTTAAAATATATTATAATTGATTGTTTGGCTTAAGAAACTAGAAGAAACGTCATTC
66 AGATTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGGCTCAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTC
4520 ATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
131 ATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-
*
4585 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATA
195 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATA
*
4650 ATTGAATATCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATA
260 ATTGAATATCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAACTCAATTTATA
*
4715 GCCACCCATGCCTTCCAAATCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
325 GCCACCCATGCCTTCCAAACCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * **
4780 AAGTTAAAATTTTTTGCTTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACAT
390 AAGTTAAAA--TTTT-CTTTTTTAGTCAAAACATATTATAATCGAATGTCTGCCTCAAAAAACAT
** * *
4845 CGAGATGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTGTAGCCACCCATACCTTCG
452 CGAGACAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCACCCATACCTTCG
* * * * *
4901 GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTT
*
4966 AGATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGGCTCAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTC
66 AGATTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGGCTCAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTC
* * * * *
5031 ATTTACAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATG
131 ATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
*
5096 ATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
196 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
5124 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 77, Indels: 15
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
505 257 0.40
506 89 0.14
507 6 0.01
509 3 0.00
510 1 0.00
511 290 0.45
512 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (507 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTT
AGATTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGGCTCAAGAAACTAGAAGAAAAGCCATTC
ATTTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAA
TTGAATATCTACCTTGAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAACTCAATTTATAG
CCACCCATGCCTTCCAAACCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAAAATTTTCTTTTTTAGTCAAAACATATTATAATCGAATGTCTGCCTCAAAAAACATCGAG
ACAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCACCCATACCTTCG
Found at i:4862 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3390--5123 Score: 1358
Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 337
3380 NNNNNNNNNN
* * *
3390 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-GAATTTTATT-ATATTTTT-GATTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT-TTGCT-TTTTTAG-TTAAAA
* * * * * *** * * * *
3452 TAGATTAGAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATGGGCAAGAAAAGT
63 CATATTATAATTGAATGTCTG-TTTAAAAAAC-TG-AG-AGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
** * * * *
3517 CCATTTATAATCACTCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
124 CCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
********** * * * ** * * *
3582 NNNNNNNNNNAAGTTGAATTGTCTTACA-TTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACC
189 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACC
* ** * * * **
3646 TCGAGAAACAAGAAGAAATAGCCATTCATTGAC-AGAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATATCT
254 TC-AAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGT-CATTTATAGCCACCCATGCCT
* ******
3710 TCGAAAGCCTTATTACNNNNNN
316 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
**** * * * * ** * * * *
3732 NNNNTAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGCTTTTTCTACATTTTTGGTTAAGACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTT-TGCTTTTTTAGTTAAAACA
* * * * ** * *** * * *
3797 GAATATAATTAAATGTTTGTCTTATGAAACATGAAGAAAAAATATTCCTT-AGCAAGAAATGCCC
65 TATTATAATTGAATGTCTGT-TTAAAAAAC-TG-AGAGAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCC
* ** * * * * * *
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126 ATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
3926 TTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATA-TTTCTGGTTCAAATAGATTAAAATTGAATATTTACCGT
191 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACC-T
** * * * * *
3990 GGAAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
255 CAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGCCACCCATGCCTTCA
4055 AAAGCCTTATTACTCGCTT
319 AAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
4074 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTGC-TTTTTTAGTTAAAACA
** * * *
4138 TATTATAATTGAATGTCT-TCCTTGAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAACTC
65 TATTATAATTGAATGTCTGT--TT-AAAAAACTG-AG-AGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
4202 AATTTATAGCCACCCATGCCTTTC-AAA-CCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
125 CATTTATAGCCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
4265 AATTGATTTTAAGTTGAA-----TT-T-TTTTTTAGTCAAAACATATTATAATCGAATGTCTGCC
189 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACC
* * * * * * *
4323 TCAGGAAACGTGAAGACAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTGTAGCCACTCATGCCTT
254 TCA-AAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGCCACCCATGCCTT
* * *
4388 CGAAAGTCTTTTTACTCGCTT
317 CAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ** ** * *
4409 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCGAATTGTTTTGGATTTCTAGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTGCTTTTTTAGTTAAAACA
* * * * * *
4473 TATTATAATTGATTGTTTGGCTTAAGAAACT-AGAAGAAACGTCATTCATTTACAAGAAAAGTCC
65 TATTATAATTGAATGTCT-GTTTAAAAAACTGAG-AG-AA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *
4537 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
126 ATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
4602 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTT
191 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACC-T
* *
4666 GAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGCCTTCC
255 CAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGCCACCCATGCCTTCA
* * *
4731 AAA-TCTTATTGCTTGCTT
319 AAAGCCTTATTACTCGCTT
4749 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTGCTTTTTTAGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTGCTTTTTTAGTTAAAACAT
**
4814 ATTATAATTGAATGTCTGTTTCAAAAAACATCGAGATGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTA
66 ATTATAATTGAATGTCTGTTT-AAAAAAC-T-GAGA-GAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * **
4879 TTTGTAGCCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 TTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * **
4944 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAGA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGGCTCA
192 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCA
* * * ** *
5008 AGAAACT-AGAAG-AAAAGCCATTCATTTACAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTA
257 A-AAA-TGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGCCACCCATGCCTTCA
*
5071 AAAGCCTTACTACTCGCTT
319 AAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
5090 TAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
5124 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 236, Indels: 89
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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333 5 0.00
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336 3 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
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ATTATAATTGAATGTCTGTTTAAAAAACTGAGAGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCAAAAA
TGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTT
Found at i:6064 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 34.9 Consensus size: 171
5757 NNNNNNNNGG
* * * * * ** * * * *
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* * * ** *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * *
6067 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTGGT
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGAT
* * ** * * * * *
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1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATATG
**** * *
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* * *
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* * * * *
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1 TAAAACATATTATAATTGA-ATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAT
** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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*
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1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATATG
* * **** * * *
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66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
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* * * * * *
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1 TAAAACATA-TTATAATTGAA-TGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATA
* * * * * *
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* * * * *
6919 CAATCTCATAACTCATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AG
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGAT
* * * * * ** **** * *
6963 TAAAGA-AGAATATAATTGAATGT-TA-ACTTCAAGAAATGGTATTCATTGTAATCTCA-TAATT
1 TAAA-ACATATTATAATTGAATGTCTACA-TTTAGGAAA---CATAAAGAAAAAAC-CATTCATT
* * ** * * * *** * * *
7024 GATTTTATAAA-TGGA-CTATAAATGAACT-TTTCTTGTCAATGAATAG-CTT-TTTCTTCAAGT
60 GATATGA-AAAGTCCATTTAT-AGT-CACTCAAGCCT-TC-A--AA-AGCCTTATTAC-TC-ACT
* ** * *** ** * * * ** ** *
7084 TTCCTAA-GGTAGATACTTAAT-T-ATAATCTG-TTTCAA-CCAAAAATCTAAGAAAATTCAACC
115 TT--AAATGGT-TTTA--TAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTTGA-T
*** * *
7144 TAAAATCA-ATTATGAGATT-ACAAAAC--CATTTAAGAAACA-AGAAG-AAAAAGC---CATT-
1 TAAAA-CATATTAT-A-ATTGA-ATGTCTACATTTAGGAAACATA-AAGAAAAAACCATTCATTG
* * **
7199 -TATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
61 ATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
7263 TATAATCTCATAAGTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
126 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * *
7310 T-AAACAAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTCAAGAAACATGAAG-AAAAA-CA--CATT--TAT
1 TAAAAC-ATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAT
*** ** * * * **
7367 G----GT-CACCCA-AG-C-CTTCGAAAGCCTT-ATTA--CTTACTTTAAAT-AGTTT-TATAAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TC--AAGCCTTCAAAAGCCTTA--TT-ACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * * * *
7419 CTCATAAT-TGAT-TTTAAGTTGAA-TTG---TTTTA-CTTTTTTGAT
124 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * * * * * *
7460 TAAAATATATTATAATTAAATATCTGCCTTGA-GAAACATGAAGCAAGAGCCATCCATTGATATG
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATATG
* * * * * * * *
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66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
7589 TCTCATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGAT
* * * * **
7631 TAAAACAAATTATAATTAAATGTCT--GTCTTA-GAGAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACAT-TTAGGA-AACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATA
* ** * ** * **
7693 AGGGAAGTCCATTTATAATCAC-CTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
64 TGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
7757 TAATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGAT
* * * * ** * * * * ** ** *
7802 TAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGC-CCTGGGAAATATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAG
1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATATG
* * * * ** * * *
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* * *
7931 TCTTATAATTGATTGTAGGTTGAATTTTGTTACATTTTTTG-T
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACA-TTTTTGAT
** ** * * * * * * *
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1 TAAAACATATTATAATTGAA-TGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAT
* * * * **
8035 GAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
8100 ATCTCATAATTGATTTTAGGCTAAATGTTTTTAGATTGTTGGT
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * * * *
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* * *
8205 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
8270 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAAT
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * ** * * *
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* * * **
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65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-
* * *
8440 AATCTCATAATTGATTTT-AGATCGAATATTTTTGCATATTTGGA-
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* * * * * * * * *
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1 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATATG
* *
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*
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130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * * * *
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1 TA-AAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGGAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGATAT
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *** *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * * ** **
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* * * *
9122 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAAT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * * * * * * * ** *
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*
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* * * *
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* *** * ** * **
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* * ** *
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9615 GA-AACCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTGGGT
127 -ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGAT
* ** * * * *
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* * * * * * **
9722 A-A-GAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTT
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* * *
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** * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * **
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* **
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* * * * * * * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * ** * * * ** *
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** * * **
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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** *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * * ** * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
11664 AATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
11690 NNNNNNNNNN
Statistics
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* ** * ** * * ** * ****
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * **
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* * *
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* * * ** **** * * *** ** *
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* * * ** * * * * **
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* **** * * *** * * *****
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* *** * * ** * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
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320 AATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
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* * *
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* * *
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* ** * * *
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* *
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* * * * *
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* * * ** * **
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* *
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* * *
8613 TCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATGTTTTTAC-TTTTTGATTATAATC-TATTATAATTGAATG
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* * * * * * * * *
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192 TCT-GCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
8741 TGCATTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTTATAATTGATTTTAAGTTG
256 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
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320 AATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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9286 ----GTC-------ATTTTAAATTGAATTTTTTTATAATTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAA
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253 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
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* * * * ** **
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1 TAAAACAG-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAA-
* * * *
10237 AAAGCCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATCATTTTATAA
64 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTATAA
* ** * *
10301 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGC
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT
** * * * * ** *
10365 CTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCGTTGATATGAAAAGTCCATTCATAGTCACTAAA
193 CTG-CTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
10430 GCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAA
257 GCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
10494 ATTTTTTTGCATTTTTAGT
321 ATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
10513 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGTAA-ATGTAAAGAAAAAGA-TATTCATTGGTA
1 TAAAACAG-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG--AAGAAAAA-ACCATTCATTGGCA
* * * *
10575 AGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
62 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * * *
10640 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAAT
126 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
* * ** **
10705 GTTTGCCTT-GCACAATGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
191 GTCTGCTTTAG-A-AACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** * * *
10768 TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTC-CATTTAAATAATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAGG
253 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
10832 TTGAATTTTGTTACATTTTTGGT
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* *
10855 TAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTCTACCTC-AGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGACAA
1 TAAAACA-GTTATAATTGAA-TGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGC-A
* * * ** * * *
10917 AAAAAATCCATTTATTGTTAC-CATGCCTGGAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAAT-AGTTTTAT
62 AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAT
** * * * *
10980 AATCTCATAATTGATTTTAGACAT-AATATTTTTAGATTTTTGATTAAAACATATTACAATTGAC
126 AATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA
* * * *
11044 TGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTCATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
190 TGTCTG-CTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
11108 CCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
253 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
11173 TGAA-TTGTTTACATTTTTGGT
318 TGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * ** * *
11194 TAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTTGGGAAACATCAGGAAAAAGTCACTCATTGACAAG
1 TAAAACAG-TTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA-
* * ** *
11259 AAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
63 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * *
11324 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATTATTGATTGT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * * *
11389 TTGCCTTT-GAAAGCGTGAAGAAAAGAG-TATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCC
193 CTG-CTTTAGAAA-CATGAAGAAAA-AGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * ** *
11452 ATCCCCTT-AAAAGCCTTACTAAT-AATTGTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
255 AT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
11515 TGAATTTTTTTACTTTTTTAGT
318 TGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * **
11537 TAAAACAGATTATAATTTAATGTCTTCCAT-GGGAAGCATGAAGACAAAGCCATTCATTGATAAG
1 TAAAACAG-TTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA-
* * * * * * *
11601 AAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCTTTTGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACA
63 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
*
11665 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
11690 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (339 bp):
TAAAACAGTTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAAAA
AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTG
CTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTGGT
Found at i:7404 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 7210--7502 Score: 410
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
7200 ATGAAAAGTC
* * * *
7210 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
7275 AGTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGATTAAACA-AGATTATAATTGAATGTTTGCC
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129 TCAAGAAACATGAAGAAAAACA
* * *
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* * *
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*
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131 AAGAAACATGAAG
7503 CAAGAGCCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (150 bp):
CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
AGTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTGATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTGCCTC
AAGAAACATGAAGAAAAACA
Found at i:8147 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7360--14507 Score: 4033
Period size: 171 Copynumber: 41.7 Consensus size: 168
7350 AAGAAAAACA
* * * ** *
7360 CATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
7425 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATATCTGCCTT
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* * * * * *
7490 GAGAAACATGAAGCAAGAGCCATCCATTGATATGAAAAGTT
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** * * * *
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* * * *
7595 AATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTGTCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* * **
7660 TAGAGAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGGGAAGTC
128 TAGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
7702 CATTTATAATCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
7767 ATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCCT
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** * ** * *
7832 GGGAAATATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAGTAAAGTC
128 TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
7873 CACTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
7938 ATTGATTGTAGGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTAAGTGTCCGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTCTGCCTT
* *
8003 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTC
129 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
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1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * ** * * *
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66 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTT
* *
8173 AAAAAAATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
129 AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
8213 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** *
8278 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCGT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTG-CCT
** * * *
8343 GGGAAACATGAAGACAAAGTCAATCATTGACAAGAAAAGTC
128 TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
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* * * * * * * *
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65 AATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCC
*
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127 TT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
*
8555 CATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
8620 ATTGTTTTTAAGTTGAATGTTTTTAC-TTTTTGATTATAATC-TATTATAATTGAATGTCTCCCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTA-AAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* * * * *
8683 TGAGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTC
128 T-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
8725 CATATATAGTCATCCATGCATTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTTAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAT
* * * * * *
8789 AATTGATTTTAAGTTGAACTATTTTACA-TTTAGGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTTTACCA
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCC-
** * * *
8853 TGGGAAACGTGAAGAAAAAGACTTTCATTGGA-AAGAAAAGTC
127 TTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTC
* * * * * *
8895 CATTCATAGTCACCCGTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
8960 ATTAATTTT-TGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAGTGTCTGCCT
66 ATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* * * *
9024 TAGGAAACAT-AAAAAAAAACCTTTCA-TGAACAAAAAAAAGTC
128 TA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-AC-AAGAAAAGTC
* * * * * * * ** **
9066 TATTTACAGTCACGCACGCTTTCGAAAGCCTTACTACTCAG-TTTAAATTATTTCGTAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** * * *
9130 AATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATCATAATTGAATGGT-TGCC
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAT-GTCTGCC
* * * * * * *
9194 TCAGGAGACGTGAAGCAACAA-TCATCCATTGGCACA-AAAAGTC
127 TTA-GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTC
** * * * * * * * *
9237 TTTTTATGGTCATCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATCACCCGCTTTAAATGG--TCAT--T-T--TA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
9295 A---A-TTGAA-TT---TTTTTATA-A-TTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTT
* ** * * *
9350 GGAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAATTT
129 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *
9391 CATTTATAG-CTGCCCATTTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 CATTTATAGTC-ACCCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
9454 TAATTGATTTAAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATCTTTGTCC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTG-CC
** * *
9519 -TAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-AGCAAGTAAAGTC
127 TTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * * *
9561 CATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTGA-AACCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCAT
* * * * * * * * *
9625 AGTTGATTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTGGGTTAAAACATATTATATATGAGTGTTTGTCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA-ATTAATGTCTGCCT
* * * *
9690 TGGGAAATATGAAGAAAAA-CCTATTTATT-AGCAAGAAAAGCC
128 T-AGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * *
9732 CATTTACAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
9797 ATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGGTGAAAGCAGATTATAATTAAATGTCTACTTTG
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTTA
* * ** *
9861 GAAAACATGATGAGAATCCCATTCATTCACAAGAAAAG-C
130 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
9900 CTATTTGTAGTCACTCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTA
1 C-ATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
9964 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTGA-ATTTTTGGTTGAAACATATTGTAATTGAT-TCTTGA
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTC-TG-
* * *
10027 CCTCGAGAAATGA-GAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATC
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* ** * **
10071 TATTTATAGTCACATATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * * *
10136 ATTGATTCGAAGTTAAAATTCTATTCCATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGCCT
66 ATTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* ** * *
10201 AAAGAAACATGAAGAAAACCCCATTCATTGGCAA-AGAAAGCC
128 -TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAGTC
* * * * **
10243 CATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATCATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * * *
10308 ATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCCTCA
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT-T
* * * * *
10373 AGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCGTTGATATGAAAAGTC
129 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * *
10413 CATTCATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
10477 AATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* * ** ** *
10542 CAGTAA-ATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGACAAGTC
128 TAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
10584 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
10649 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTT
** * *
10714 -GCACAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTC
129 AG-A-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** *
10755 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTC-CATTTAAATAATTTTATAAACTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
10819 CATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTAAGTGTCTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTCTGCCT
* * * *
10884 CAGGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGACAAAAAAAATC
128 TA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * *
10925 CATTTATTGTTA-CCATGCCTGGAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
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** * * * * *
10989 ATTGATTTTAGACAT-AATATTTTTAGATTTTTGATTAAAACATATTACAATTGACTGTCTGCCT
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* * * *
11053 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTCATAAGAAAAGTC
128 T-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
11095 TATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
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* * * *
11160 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCC-TT
* * * * *
11225 GGGAAACATCAGGAAAAAGTCACTCATTGACAAGAAAAGTC
129 -AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
** * *
11266 CATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
11331 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATTATTGATTGTTTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTT
* * * *** *
11396 TGAAAGCGTGAAGAAAAGAG-TATTCATTGGTGAGAAAAGTT
129 AGAAA-CATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** *
11437 CATTTATAGTAACCCATCCCCTT-AAAAGCCTTACTAAT-AATTGTAAATGGTTTTGTAATCTCA
1 CATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
11500 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTTCC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTAATGTCTGCC
** * * *
11565 ATGGGAAGCATGAAGACAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC
127 -TTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
11608 TATTTATAGTTACCCATGCTTTTGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *********** * * * * * *
11672 AATTGATTTTAGGTTGAANNNNNNNNNNNNTTTGGATAAAAGATATTATAATTGACTATCTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
*
11737 TGAGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
128 T-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *** ** * * ** ** * ** *
11778 TACTTATTA-TCAACCTAGCATGTATTCATCGGTAATT-TTAGTCCACCGTGGATAAG-TAAAGG
1 CATTTA-TAGTC-ACC---CATGCCTTCAAAAG-CCTTATTACT-CGCTTTAAAT-GGTTTTA-T
* * * * ** * * * * ** * *** *
11840 CATTTCGTACCACTTTATTTCGAGTTG-CTCCCCTGTTAGA-GGTCGAGTTGTCATAG-TGTA-A
57 AATCTCATA--A-TTGATTTTAAGTTGAAT---TTTTTACATTTTTG-GTTAAAACAGAT-TATA
* * *** * * * * * * * *
11901 ATT-GT-TATGAAAGTAAACAACTGTGTTAATACAAATGTACATT--TGGAGATTATANNNNNNN
114 ATTAATGTCTG-CCTTAGA-AAC-ATG--AAGA-AAAAG-CCATTCATTGACA--AGA-------
******
11962 NNNNNNNNN
163 ---AAAGTC
*****************************************************************
11971 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*********************************************** ** * **
12036 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAATGACTAATGTTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATG--T-CTGCCT
* * * *** ** *
12101 TAAATAAGGATTATATGAGACTTGGCGGGTTC-TCTCG-CATGACTCAAA--C
128 TAGA-AA-CATGA-A-GA-A-AAAGC-CATTCAT-T-GACAAGA---AAAGTC
* *** * *
12150 GC-TGGTA-ACGATCGAGGAACGGTCATTACACAAA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 -CAT-TTATA-G-TC-ACCCA-TG-CCTT-CA-AAAGCC-T---------TATTACTCGCTTTAA
* ** * *
12212 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATT
47 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * **
12277 ATAATTGAATGTCTGTCTTGAATAAACATCTAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTC
111 ATAATT-AATGTCTGCCTT--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTC
* * * * **
12338 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAACCGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
12403 ATTGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTCTGCCTT
* * * * * * *
12468 AAAAACGTGTAGAAATAGCCATTCGTTAACAAGAAAAGCC
129 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
12508 CATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** * * * *
12572 CATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAGA-TTTCAGTT-TAACATATTACAATTGACTGTCTGCCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
** * *
12635 CTAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTC
128 -TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
12677 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
12742 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTCTAATTGAATGCCTGCCTTG
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTTA
* * **
12807 GGAA-ATGTAAGGAAAAAGTCACTT-ATTGGTAAGAAAAGTC
130 GAAACATG-AA-GAAAAAGCCA-TTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
12847 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
12912 ATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCAT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCC-T
* ** *
12977 AAGAAACATGAAGGCAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTC
128 TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * **
13018 TATTTATAGTCACCTATGACTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGCAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
13083 ATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTATATTTTTGGATAAAAGTAGATTATAATTAACTGTCTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTAA-TGTCTGCCT
* * * * *
13148 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAAAAGTT
128 T-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** **
13190 CATTTATAGTCACACATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATCATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
13255 ATTGATTTTGAG-T-ATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCCTA
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTG-CCTT
* * * * * **
13318 AAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCAAAAGTC
129 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * ** * *
13358 TATTTATAGTCA-CTTTAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * **
13422 AATTAAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTACAACATATTATAATTGAATGTCTATCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* * * *
13487 TAGGAAACGTGCAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTC
128 TA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
13529 CATTTATAGCCACCCATGCTTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
13593 AATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTACACTTTTGATTAAAGCTGATTCTAATTGAATGTCTACCTT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTT
* * * * *
13657 GGGAAACATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTC
129 -AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * *
13698 CATTTATAGTCACCTATGTTTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
13763 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCTT
* * * * * *
13828 CAAAAACGTGAAAAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTG
129 -AGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * ** * *
13870 CATTTATAGTAACTCATCCCCTT-AAAAACCTTATTAATTACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * *
13934 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGAATATCGGCCA
65 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCC-
** * * *
13999 TGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGATGAA-AAAAGTC
127 TTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * * * * *
14041 AATGTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * ** *
14106 ATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTGCAATTCTT-GATAAAACAGTTTATAATTGGTTGTCTGCGT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
* *
14170 TGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC
128 T-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * ** *
14212 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGCGCATTACTCGATTTAAATCATTTTATAATGTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * * * *
14277 ATTGATTTTAAGAGTT-CTTTTTTTCCTTTTTTGATTCAAATATATTATAATTAAATGTTTGGCT
66 ATTGATTTT-A-AGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTGCCT
** * * * * * *
14341 CGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGATATGAAAAGTC
128 -TAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * * *
14383 CATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTTTATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * *
14448 ATTGATTTTAAGTCAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCT
14508 ATCTCGAGAA
Statistics
Matches: 5325, Mismatches: 1379, Indels: 546
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 9 0.00
154 86 0.02
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158 1 0.00
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160 4 0.00
161 4 0.00
164 4 0.00
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196 4 0.00
197 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTCTGCCTTAG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
Found at i:8882 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 5767--16230 Score: 5023
Period size: 682 Copynumber: 15.2 Consensus size: 677
5757 NNNNNNNNGG
* * * ** * * *
5767 TAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTAAAGAAAAATCCATTCATTAACAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * *
5832 AAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGTCGTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** *
5896 TCTCATAA-TGCATTTTAAGTTAAATGTTTTTACTTTTTTGACTAAAATATATTATAATTGAATG
130 TCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * * * * * *
5960 TCTACATTTAGAAA-TGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
192 TCTCCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
* * * * * *
6024 AAGCCCTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
6089 AATTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGA
320 AA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTACCTAG-GAAACATGAAGA
** * ** * * *** *
6153 AAAAATCATTAATTGGTAA-AACGAGTCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTGC
381 AAAAGCCATTCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
6217 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATGATTGATTTTCAGTTGAATCTTTTTACATTGTT-AGTT
445 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TT
* * * * *
6281 AAAACATATTATAATT-AGATGTTTG-CATT-AGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGATAA
509 AAAACATATTATAATTGA-ATGTCTGTC-TTGA-GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAA
** * * * * ** *
6343 GAAAAAACCGTTTA-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
571 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
6407 GTCACATAATTGATTATT-AGTTAAAATTATTTTACATTTTTGAT
636 ATCTCATAATTGATT-TTAAGTT-GAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * * ** * * * *
6451 TAAAATAAATTATAATTGAATGTCT-GCTATAGGAAACAAAAAGAAAAAACCATTCATTAATATG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * *
6515 AAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
6579 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * ** * * *
6644 TTTGCCCTAG-GGAA-TGTGACGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-T
192 TCT-CCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
6706 TTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGT
255 ATG--CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
6771 TGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAAGA-AGTTATAATT-AAGTGTCTGCCTTAGGAAACATGA
318 TGAATTTT-TTACA-TTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAA-TGTTTACC-TAGGAAACATGA
* * * * *
6834 AGATAAAA-CCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAGCCATGGCTTTAAAAGCCTTAT
378 AGA-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
6898 TACTCACTTTAAATGGATTTACAATCTCATAACTCATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTT-A
442 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * * ** * * ** **** * *
6962 GTAAAGA-AGAATATAATTGAATGT-TAACTTCAAGAAATGGTATTCATTGTAATCTCA-TAATT
507 TTAAA-ACATATTATAATTGAATGTCTGTCTT-GAGAAA---CATGAAGAAAAAAC-CATTCATT
**** ** * * * * ** * * *
7024 GATTTTATAAA-TGGA-CTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAG-CTT-TTTCTT-CAAGT
566 GACAAGA-AAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCT-TC---GAA-AGCCTTATTACTTGC---T
* ** * **** * *** * * *****
7084 TTCCTAA-GGTAGATACTTAAT-T-ATAATCTG-TTTCAACCAAAAATCTAAGAAAATTCAACC
621 TT--AAATGGT-TTTA--TAATCTCATAAT-TGATTTTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
*** * * * *
7144 TAAAATCA-ATTATGAGATT-ACAAAACCA-TTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCA-T--TT---
1 TAAAA-CAGATTAT-A-ATTGA-ATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * *
7200 ATGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
7264 ATAATCTCATAAGTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATT-AAACAAGATTATAATTG
126 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAAC-ATATTATAATTG
* * ** * * *
7328 AATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA--CA--CATT--TATG----GT-C------A--C-
188 AATGTCTCCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
7373 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
253 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
7438 TGAATTGTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAG
318 TGAATT-TTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAG-GAAACATGAAG
* * * * * * ** * *
7503 CAAGAGCCATCCATTGATATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAT-CATTCGAAAGCCTTATTA
380 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
7567 CTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
444 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * *
7632 AAAACAAATTATAATTAAATGTCTGTCTT-AGAGAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGG
509 AAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGA
* * * *
7696 GAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
573 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
7760 TCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGT
637 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * ** * *
7802 TAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCCTGGGAAATATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAGT
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * * * *
7867 AAAGTCCACTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * **
7932 CTTATAATTGATTGTAGGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA-TGT
* * * *
7996 C-CGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCA
193 CTC-CCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA
** * * *
8059 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTAA
256 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * *
8124 ATGTTTTTAGATTGTTGGTTAAAACCTATTATAATTGACTGTCTACCTCA-AAAAAATG-AGAAA
321 AT-TTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AGGAAACATGAAG-AA
*
8187 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
382 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
8252 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAA
447 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * ** *
8317 ACAGATTATAATTGAATGTCTGTCGTGGGAAACATGAAGACAAAGTCAATCATTGACAAGAAAAG
512 ACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAG
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577 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTC
* * * *
8446 ATAATTGATTTT-AGATCGAATATTTTTGCATATTTGGA
641 ATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
8484 TAAAATAGATTATAATTGACTATCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
8549 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
8614 CTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTGATTATAATC-TATTATAATTGAATGTC
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAATTTTTGGTTA-AAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * *
8678 TCCCTTGAGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATATATAGTCATCCATG
194 TCCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATG
* * * *
8743 CATTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
258 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
8807 CTATTTTACATTTAGGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTTTACCATGGGAAACGTGAAGAAAAA
322 -TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
8872 GACTTTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCGTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
385 GCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
8936 TTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTT-TGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
449 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * * * * * *
9000 CAGATAATAATTGAGTGTCTGCCTT-AGGAAACAT-AAAAAAAAACCTTTCA-TGAACAAAAAAA
513 CATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG-AC-AAGAAA
* * * * * * * ** **
9062 AGTCTATTTACAGTCACGCACGCTTTCGAAAGCCTTACTACTCAG-TTTAAATTATTTCGTAATC
575 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * **
9126 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAAT
639 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * * * *
9166 TAAAATATATCATAATTGAATGGT-TGCCTCAGGAGACGTGAAGCAACAA-TCATCCATTGGCAC
1 TAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACA-
** * * * * * * *
9229 A-AAAAGTCTTTTTATGGTCATCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATCACCCGCTTTAAATGG--TCAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
9291 --T-T--TAA---A-TTGAA-TT---TTTTTATAA-TTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATG
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * ** * * *
9342 TCTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGCTGC-C
192 TCTCCCTTGAG-AAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CAC
* * * *
9405 CATTTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGT
254 CA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * **
9469 TGAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATCTTTGTCCTAGGAAATGTGAAGA
318 TGAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-ACCTAGGAAACATGAAGA
* * * *
9534 AAAAGTCATTCATT-AGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
381 AAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * * * * * *
9598 TTGCTTCAAATGGTTTTGA-AACCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTGGGTT
445 TCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * *
9662 AAAACATATTAT-ATATGAGTGTTTGTCTTGGGAAATATGAAG-AAAAACCTATTTATT-AGCAA
509 AAAACATATTATAAT-TGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACC-ATTCATTGA-CAA
* * *
9724 GAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTAT
571 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
*
9788 AATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGGT
635 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * ** *
9830 GAAAGCAGATTATAATTAAATGTCTA-CTTTGGAAAACATGATGAGAATCCCATTCATTCACAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * *
9894 AAAAG-CCTATTTGTAGTCA-CTCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
65 AAAAGTCC-ATTTATAGTCATC-CATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
9956 TAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTGAATTTTTGGTTGAAACATATTGTAATTG-A
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-AATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
* * * * *
10020 T-TCTTGACCTCGAGAAA-TGAGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTC
190 TGTC-T-CCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **
10082 ACATATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAA
252 AC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
10147 GTTAAAATTCTATTCCATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTAAAGAAACATG
316 GTT-GAATT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AGGAAACATG
** * * * * *
10212 AAGAAAACCCCATTCATTGGCAA-AGAAAGCCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
377 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
** * **
10276 TTACTCGA-TTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATTTTTTT
441 TTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * * * * *
10339 GATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCTATTCGTTGATA
505 GATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACA
* * ** * * *
10404 TGAAAAGTCCATTCATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTAT
570 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
10469 AATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTGCATTTTTAGT
635 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * ** * ** **
10513 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGTAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * *
10578 CAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
66 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
10643 CTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTT
131 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * *
10708 TGCCTTGCA-CAA-TGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
194 TCCCTTG-AGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CA
* * * ** * * *
10771 TTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTC-CATTTAAATAATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAGGTTG
256 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* *
10835 AATTTTGTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA
320 AATTTT-TTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCT-AGGAAACATGAAGA
* * * * * ** * *
10899 AAAA-CTATTCATTGACAAAAAAAATCCATTTATTGTTA-CCATGCCTGGAAAAGCTTTATTAGT
381 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ** * *
10962 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGACAT-AATATTTTTAGATTTTTGATTA
446 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * ** * *
11026 AAACATATTACAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTCATAAGAAA
510 AAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAA
* ** *
11091 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
575 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
11156 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTACATTTTTGGT
640 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * *
11194 TAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTTGGGAAACATCAGGAAAAAGTCACTCATTGACAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * *
11259 AAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
11324 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATTATTGATTGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * * *** * *
11389 TTGCCTTTGA-AAGCGTGAAGAAAAGAG-TATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCC
193 CT-CCCTTGAGAAACTTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC
* * * * *
11452 ATCCCCTT-AAAAGCCTTACTAAT-AATTGTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
255 AT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
11515 TGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTT-CCATGGGAAGCATGAA
318 TGAA-TTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACC-TAGGAAACATGAA
* * * * * *
11579 GACAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCTTTTGAAAA-CCTTATT
379 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCCTTATT
* * *********** *
11643 ACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAANNNNNNNNNNNNTTTGGA
443 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGA
* * * ** * *
11708 -TAAAAGATATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGACAAG
507 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAG
* * * * * ** * * * *
11771 AAAAGTCTACTTATTA-TCAACCTAGCATGTATTCATCGGTAA-TTTTAGTCCACCGTGGATAAG
572 AAAAGTCCATTTA-TAGTC-ACC---CATG---CCTTC-GAAAGCCTTA-T-TA-C-TTGCT--T
* * * * * * *
11834 TAAA-GGCATTTCGTACCACTTTATTTC-GAGTTGCTCCCCTGTTAGAGGTCGAGTTGTCATAGT
622 TAAATGG--TTT--T---A--TAATCTCATAATTGAT----T-TTA-A-GTTGAATT-T--T--T
*
11897 GTAAATTGTTATGAAAGT
666 -TACATT-TT-TG---GT
* * ** * * **
11915 AAACAACTG-TGT-TAATACAAATG--TACATTTGGAGATTAT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TAA-AACAGAT-TATAAT-TGAATGTCTACCTTAGGA-AACATGA--------------------
**************************************************************
11975 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
42 ---AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTT
******************************************* * *** *
12040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGT-AA-TGACTAATGTTTTA
104 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAT-TTTTG
** ** * * * *** * * * *** * *** **
12103 AATAAGGATTATATGAGACTTGGCGGGT-TCTC-T-CG---CATGACTCAAACGCTGGT-AACGA
168 GTTAA--AACATATTATAATT-GAATGTCTCCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* ** ** * * *
12161 TCGAGGAACGGT-CA--T-TA--CA-CAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
230 -C-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
** * *
12219 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
293 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** ** *
12284 AATGTCTGT-CTTGAATAAACATCTAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAG
356 AATGT-T-TACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * **
12347 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAACCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
417 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
12412 AGGTTAAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGT-T-TACCTCAAAAAC
482 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA-TGTCTGT-CTTGAGAAAC
* * * * * * * * * *
12474 GTGTAGAAATAGCCATTCGTTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAACCT
545 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
12539 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAGA-TTT
610 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT
**
12603 CAGT
674 TGGT
* * * * * ** * *
12607 T-TAACATATTACAATTGACTGTCTGCCTCTA-GAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * *
12670 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
12735 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTCTAATTGAATGCC
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * **
12800 TGCCTTGGGAAA--TGTAAGGAAAAAGTCACTT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
194 TCCCTTGAGAAACTTG-AA-GAAAAAGCCA-TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC
* * * *
12862 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * **
12927 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCATAAGAAACATGAAGGC
320 AA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TAGGAAACATGAAGAA
* * * * * *
12992 AAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGACTTCTAAAGCTTTATTACTC
382 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** * * *
13057 GCTTTAAATAGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTATATTTTTGGA-TAA
447 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAA
* * ** * ** * *
13121 AAGTAGATTATAATT-AACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAA
511 AA-CATATTATAATTGAA-TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAA
* * ** *** **
13185 AAGTTCATTTATAGTCACACATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATCATTTTATAATC
574 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
13250 TCATAATTGATTTTGAG-T-ATTTTTTTTCTTTTTTGAT
639 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
* * * * ** * * * * **
13287 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* ** * ** * *
13352 AAAGTCTATTTATAGTCA-CTTTAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAA
66 AAAGTCCATTTATAGTCATCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
13416 TCTCATAATTAAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTACAACATATTATAATTGAATGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
** * * * * *
13481 CTATCTT-AGGAAACGTGCAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA
193 CTCCCTTGA-GAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA
* ** *
13545 TGCTTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTG
256 TGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
13608 AATTTTTTACACTTTTGATTAAAGCTGATTCTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGAAA
320 AATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TAGGAAACATGAAGAAA
* * * * ** * * *
13673 AAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTTTTCGAAAGTCTTATTACTCG
383 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
13738 CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAA
448 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAA
* * * * * * * * * * *
13802 ATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTCAAAAACGTGAAAAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAA
512 ACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGACAAGAAAA
* * * * * * * * * *
13867 GTGCATTTATAGTAACTCATCCCCTT-AAAAACCTTATTAATTACTTTAAATAGTTTTGTAATCT
576 GTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* **
13931 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTAT
640 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * ** * * * * *
13970 TAAAACAGGTTATAATTGAATATCGGCCATGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGATGAA-
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAG
* * * * * *
14034 AAAAGTCAATGTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTACA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * **
14098 ATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTGCAATTCTT-GATAAAACAGT-TTATAATTGGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT--AATTTTTGGTTAAAACA-TATTATAATTGAA
* * * * *
14161 TGTCTGCGTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
190 TGTCTCCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
* ** ** *
14226 CATGCCTTCAAAAGGCGCATTACTCGA-TTTAAATCATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGA
254 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A-A
** * * * * * * * ** * *
14290 GTT-CTTTTTTTCCTTTTTTGATTCAAATATATTATAATTAAATGTTTGGCTCGGGAAACGTGAA
316 GTTGAATTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-AGGAAACATGAA
* * * * * * ** *
14354 GCAAAAGCCATCCACTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAACCTTATTA
379 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * ** *
14419 CTCACTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTCAAATATTTTTACATTTTT-AGT
444 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * ** * *
14483 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAATATAAAGAAAAAGTCAATCATTGATAATT
508 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAA--
* * ** * * * * * * **
14548 TTAATATTTTTGGTTAAAATATATTA-TAATTCAATGCCTTTTTTGGGGAAA-CC--ATCCACCA
571 -GAA-A-----AG-T-CCATTTA-TAGTCA-CCCATGCC----TT--CGAAAGCCTTAT-TACTT
* *** * * * * * *
14609 ACAAGAAA-AGTCCATTTATATTCACCAAAACCTTTGAAACCCTTTTTACTCACTGTAATTAGTT
618 GCTTTAAATGGT---TTTATAATC-TCATAA---TTG--A---TTTTAAGT---TG-AATT--TT
* * *
14673 TTATAATCTCATAATCGATTT
665 TTA-CAT-T--T--TTG--GT
* * ** * **
14694 TAAATTGAAAGATTTTACATT-TTTGGT-TAAAACAGATT-GGAATTGA-ATGTTTGTTTTGGGA
1 TAAA---ACAGATTATA-ATTGAAT-GTCT---AC--CTTAGGAA---ACA----TG----AAGA
** ** * * * * * *
14755 AACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAGGAAAGGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTTAAAAG
45 AA----AAG--CCA-T---TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAG
* * * *
14820 CATTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGAT
100 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-AT
** * ** * ** *
14885 TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAA-TACGAACGAAAAA-ATATCCA
163 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACT-TGAA-GAAAAAGCCATTCA
* * * * * * *
14948 TTGGA-GAGAAAACTTCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATC
226 TT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* ** * * ** * *
15012 GTTTTATAATCTCATAATTAATTCGAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATA
289 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
15077 ATTGAATGTTTATCTTCA-GACACATGAAGCAAAGGCTATCCATTGTCTCA-AAAAGTCTATTTA
352 ATTGAATGTTTA-CCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTA
* * ** * *
15140 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAAT
414 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * *
15205 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAACGTTTGCCCTGAGAA
479 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAA
* * *** * * * * *
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* * *
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670 TTTTTGGT
* * ** ** ** *
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1 TAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAA
* * * * * * * *
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64 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** *
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* ** * * * *
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192 TCTCCCTTGAGAAACTTGAAGA-AAAAGCCATTC-ATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * * * * ** * *
15662 TTTAAGCCGTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATGGATTTCAAG
253 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*** * ** * * *
15727 TTGAATTTTTTTACATTTTGACAAAAACAGATTATAATAGAATGTCAACGCCAAGAAACGTGAAG
317 TTGAA-TTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTAGGAAACATGAAG
** * ** * *
15792 CGAAAGCCATGT-ATTGGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTAT-AAGAGCCTTAT
380 AAAAAGCCAT-TCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTAT
* * * *
15854 TACTCATTTTAAACGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTT
442 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTT
* * * * * * * *
15919 GATTAAAATATATTATAATTAAATGTAT-TCTTCGAGAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGA-
505 GATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGAC
* * * * ** *
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569 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
*
16047 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATTTTTGGT
633 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * *
16093 TAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGG-TATATGAACAAAAAGTCATTCATTGACAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * *
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Statistics
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TTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
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TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGT
Found at i:11755 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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9279 TTAAATGGTC
* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * * * * * * * *
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1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAAT-TGACTGTCTGCCTTGAG
* * * * * ** * *
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* *** *
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128 GCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * ** * * **
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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1 ATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTC-TG-CCTTG
* * ** * **
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* * ** * * *
10094 AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCGAAGTTAAAATTCTA
124 AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTT
* * * * * * * **
10159 TTCCATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAACCCCA
188 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * *
10224 TTCATTGGCAA-AGAAAGCCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTT
253 TTCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTC-ACTTT
** *
10287 AAATCATTTTATAATCTCATAATTT
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
10312 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT-TTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG
* * * * * * ** * *
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65 AAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CCATCCTT-TAAA
*** * * * *
10440 A-CCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTGC
127 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * **
10504 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGTAAATGTAAAGAAAAAGATATTCA
192 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * *
10569 TTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGA
257 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGG
10634 TTTTATAATCTCATAATTG
322 TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
10653 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCCTTGCA-
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTG-AG
* ** * * * *
10717 CAATGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAG--TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCTTT-AAA
* * ** * * * *
10781 AGCCTTATTGCTCCATTTAAATAATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTTAC
127 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
10846 ATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA-CTATTC
192 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * * * * * *
10909 ATTGACAAAAAAAATCCATTTATTGTTA-CCATGCCTGGAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATA
256 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATG
10973 GTTTTATAATCTCATAATTG
321 GTTTTATAATCTCATAATTG
** * * *
10993 ATTTTAGACAT-AATATTTTTAGATTTTT-GATTAAAACATATTACAATTGACTGTCTGCCTTGA
1 ATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGA
* **
11056 GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTCATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAA
** *
11120 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTA
126 AAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * ** * * * *
11184 CATTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTTGGGAAACATCAGGAAAAAGTCACT
191 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * **
11249 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
255 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAACCCTTATTACTCACTTTAAA
*
11313 TGGTTTTATAATCTCATAATTA
319 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
11335 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG-TCAAAACAGATTATTATTGATTGTTTGCCTTTGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGAT-AAAACATATTATAATTGACTGTCTGCC-TTGA
* * * * *
11399 -AAGCGTGAAGAAAAGAGTATTCATTGGTGAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATCCCCTTAAA
64 GAAACATGAAGAAAA-AGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAAA
* * *
11463 AGCCTTACTAAT-AATTGTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
127 AGCCTTATTACTCAATT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
11527 CTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTTCCAT-GGGAAGCATGAAGACAAAGCCATT
191 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
11591 CATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCTTTTGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAA
255 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAA
*
11655 TGGTTTTACAATCTCATAATTG
319 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ************ * * *
11677 ATTTTAGGTTGAANNNNNNNNNNNNTTTGGATAAAAGATATTATAATTGACTATCTACCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGA
* * ** * * * * * *
11742 AACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTACTTATTA-TCAACCTAGCATGTATT
66 AACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTA-TAGTC-ACCCATCCTTTA-A
* * * * * * ** ** ** * * * * **
11804 CATCGGTAATT--TTAGTCCACCGTGGATAAGTAAAGGCATTTCGTACCACTTTATTTCGAGTTG
126 AAGC-CTTATTACTCAATTTA-AATGG-T-TTTATA---ATCTCATA--A-TTGATTTTAAGTTG
* ** * * ** ** *** * * * ** * *
11867 -CTCCCCTGTTAGAGGTCGAGTTGTCATAG-TGTA-AATTGTTATG--AAAGT-A-AACAACTGT
181 AAT--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT-TATAATTG-AATGTCTACCTCAGGA-AAC-AT
* * * * * * **********************
11925 GTTAATACAAATGTACATT--TGGAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
240 G--AAGA-AAAAG-CCATTCATTGACA--AGA-----------AAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*****************************************************
11988 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
288 TGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
****************************************** ** * *
12041 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAA-TGACT-AATG-TTTTA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTA--TAATTGACTGTCTGCCTTGA
* * * *** ** * * * **
12103 AATAAGGATTATATGAGACTTGGCGGGTTC-TCTCGCATGACTCAAACGCTGGTAACGATCGAGG
64 GA-AA-CATGA-A-GA-A---AAAGTATTCAT-TGGTAAGA---AAA-G-T--T--C-ATTTA--
* * * ** ** *
12167 AACGGTCATTACACAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
108 TA--GTC---AC-CCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * * *
12232 TTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTG
167 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTC
** ** * * *
12297 AATAAACATCTAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
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* * **
12361 AAAAGCCTTATTACTCACTGTAAACCGTTTTATAATCTCATAATTG
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* * * * * * * * * * *
12407 ATTTTAGGTTAAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTACC-TCAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGA
* * * * * *** ** * *
12471 AACGTGTAGAAATAGCCATTCGTTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAA
66 AACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTT-TAAAA
** * * * *
12536 -CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTAGA
128 GCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * ** *
12600 -TTTCAGTT-TAACATATTACAATTGACTGTCTGCCTCTA-GAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCA
193 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * ** ** * * *
12662 CTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGA
257 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGG
12727 TTTTATAATCTCATAATTG
322 TTTTATAATCTCATAATTG
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** * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* *
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319 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * **
13427 AATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTACAACATATTATAATTGAATGTCTATCTT-AGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGA-G
* * ** * * * *
13491 AAACGTGCAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCTTTCGAAA
65 AAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCTTT--AAA
*** *
13556 A-CCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAA-TTTTTTAC
127 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * ** * * *
13618 ACTTTT-GATTAAAGCTGATTCTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGTCACTC
192 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * ** ** *
13682 ATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTTTTCG-AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT
256 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT
*
13746 GGTTTTAGAATCTCATAATTG
320 GGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
13767 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTCAAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGA
* * * * * * * *
13832 AACGTGAAAAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCCCTTAAAA
66 AACATG-AAGAAAA-AGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAAAA
* * * * * * * *
13897 ACCTTATTAATTACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
128 GCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * ** * * *
13962 TTTTTTA-TTAAAACAGGTTATAATTGAATATCGGCCAT-GGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTC
193 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * * * *
14025 ATTGATGAA-AAAAGTCAATGTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAAT
256 ATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
14089 AGTTTTACAATCTCATAATTA
320 GGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** *
14110 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTGCA-ATTCTT-GATAAAACAGT-TTATAATTGGTTGTCTGCGTTG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTTTGGATAAAACA-TATTATAATTGACTGTCTGCCTTG
* * * * *
14172 AGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
63 AGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAA
* ** * ** * *
14237 AAGGCGCATTACTCGATTTAAATCATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGAGTT--CTTTTTT
126 AAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A-AGTTGAATTTTTT
* * * * * * * ** * * *
14300 T-CCTTTTTTGATTCAAATATATTATAATTAAATGTTTGGCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
189 TACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * ** * *
14364 TCCACTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAA
253 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
14429 ATGATTTTATAATTTTATAATTG
318 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * * ** *
14452 ATTTTAAGTCAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGA
* * * * *** * * * ** **
14517 AATATAAAGAAAAAGTCAATCATTGATAATTTTAA--T-ATTTTTGGTTA-AAATATATTATAAT
66 AACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGTAA-GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTT-TAA-
* *** ** * * *
14578 TCAATGCCTTTTTTGGGGAAACCATCCACCAACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCAAAACCTT
126 --AA-GCC-TTATT------A-C-T-CA--ATTTA-AATGGT---TTTATAATC-TCATAA---T
* * * * * * * * * *
14643 TGAAACCCTTTTTACTCACTGTAATTAGTTTTATAATCTCA--T-AATC-GATTTTAAATTGAAA
168 TG--A---TTTTAAGT---TG-AATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT-AATTGAAT
* * ** * * *** * * *
14704 GATTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTGGAATTGAATGTTTGTTTTGGGAAACGTGAAGAAAA
222 G--TCTAC--CTCAGG---AAACATGA--AGAA---AAAG---CCATT------CAT--TG-ACA
* * * * * *
14768 AGTCATTCATTGGTAGGAAAGGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTTAAAAGCATTATTACTCTC
263 A-----------G-A--AAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCAC
* *
14833 TTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTG
313 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
14861 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG
* * * * * * *
14925 AAATACGAACGAAAAAATATCCATTGG-AGAGAAAACTTCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAA
65 AAACATGAA-GAAAAAGTATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAAA
* ** * * ** * *
14989 AGCATTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTAATTCGAAGTTTAATTTTTTTAT
127 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
15054 ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCTTCA-GACACATGAAGCAAAGGCTATC
192 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
15117 CATTGTCTCA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAA
255 CATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAA
* *
15180 ATAGTTTTATAATCTCATAATTA
318 ATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * *
15203 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAAC-GTTTGCCCTGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGATAAAACATATTATAATTG-ACTGTCTGCCTTGA
* * ** * **
15266 GAAATATGAAGCAAAATGTATTCATTGGCCAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGA
64 GAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAT-CCTTTAA
*** * * *
15330 AAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
126 AAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* * * ** * ** **
15395 TACATTTTTGGTTAAAACA-AGTAATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGGTA
189 TACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * * *
15459 TTCATTTGGCAAGTAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTGTTATTCGCTTT
253 TTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAACCCTTATTACTCACTTT
*
15523 AAGTGGTTTTATAATCTCATAATTG
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
15548 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-CATTAAAACATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAG
* * * * *** * * **
15612 AAACGTGAA-ACTAAAGTCA-TCGATTGGTACA-AAGAGTCCATTTATAGTCATTTAAGCCGTCG
65 AAACATGAAGA-AAAAGT-ATTC-ATTGGTA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCCATCCTTTA
* * ** * *
15674 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATGGATTTCAAGTTGAATTTTTTT
125 AAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * **
15739 ACATTTTGA-CAAAAACAGATTATAATAGAATGTCAACGC-CAAGAAACGTGAAGCGAAAGCCAT
190 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* ** * * * *
15802 GT-ATTGGA-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTAT-AAGAGCCTTATTACTCATTTT
254 -TCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TGAAAACCCTTATTACTCACTTT
* *
15864 AAACGGTTTTATAATTTCATAATTG
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
15889 ATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTAAATGTAT-TCTTC
1 ATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTATATTTTTGGA-TAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTT-
* * * * * * * *
15952 GAGAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGAT-AGAAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
62 GAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAG-AAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CCATCCTT
** * *
16015 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATT
123 TAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * *
16080 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGG-TATATGAACAAAAAGTC
188 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
16144 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTTATTGTCACCCATACCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTT
252 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAACCCTTATTACTCACTTT
*
16208 AAATGGTTTTATCATCTCATAAT
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
16231 GGAATGTTTG
Statistics
Matches: 4836, Mismatches: 1406, Indels: 715
0.70 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 56 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
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TTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTG
Found at i:13865 original size:852 final size:848
Alignment explanation
Indices: 5770--16230 Score: 3518
Period size: 852 Copynumber: 12.2 Consensus size: 848
5760 NNNNNGGTAA
* * * * * * * * * * *
5770 AACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTAAAGAAAAATCCATTCATTAACAAGAAAA
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* * * ** * *
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66 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCT
* * * * * *
5899 CATAA-TGCATTTTAAGTTAAATGTTTTTACTTTTTTGACTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
130 CATAATTG-ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC-ATTTTGATTAAACT-GATTCTAATTGAATGTCT
* ** * * * * * * * * *
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191 ACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGTC-ACT-CATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * * * * *
6026 GCCCTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
254 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
6091 TTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATATGAAGAA
319 TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AAGAAACATGAA-AA
* * ** * * * *** *
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381 AAAAGCCATTCATTGACAAGAA-AAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
6216 CTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATGATTGATTTTCAGTTGAATCTTTTTACATTGTTAGT
445 CTCGCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGA
* * * * * * *
6280 TAAAACATATTATAATT-AGATGTTTGCATT-AGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGATAA
508 TAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAA
** ** * * *
6343 GAAAAAACCGTTTA-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTAT
571 GAAAAGTCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCA-TTTTAT
* * * * * * *
6406 AGTCACATAATTGATTATTA-GTTAAAATTATTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGA
635 AATCTCATAATTGATT-TTAGGTT--AATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* ** ** *** * * * *
6470 ATGTCTGCTATAGGAAACAAAAAGAAAAAACCATTCATTAATATGAAAAGTTCATTTATAGTCA-
697 ATGTTTGCCCTAAAAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
6534 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
761 CT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
6599 TTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAA
825 TT-AATTTTTTTATATTTTTGGTT-C
* * * * * * ** * **
6625 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAGGGAATGTGACGAAAAAGCTTTTCATTGGCAAGAAAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAAA
* **** * * * ** *
6690 GTCTATTTATAGTCATTTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAAT-AGTTTTATAAACT
66 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCT
* * * * *
6754 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAA-AGAAGTTATAATT-AAGTGTC
130 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTGA-TTAAACTG-A-TTCTAATTGAA-TGTC
* * * * * * * * * *
6817 TGCCTTAGGAAACATGAAGATAAAA-CCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAGCCAT
190 TACCTTGGGAAATATAAAGA-AAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* ** * * * * * *
6881 GGCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGA-TTTACAATCTCATAACTCATTTTAGGTTGA
254 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA
* ** * * **
6945 ATTGTTTTACATTTTTAG-TAAAGA-AGAATATAATTGAATG-TTAACTTCAAGAAATGGTATTC
318 ATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AAGAAA---CATGA
**** * * **** * * * * * *
7007 ATTGTAATCTCA-TAATTGATTTTATAAA-TGGA-CTATAAATGAACT-TTTC-TTGTCAATGAA
378 AAAAAAAGC-CATTCATTGACAAGA-AAAGTGCATTTAT-AGT-AACTCATCCACT-TC-A--AA
* * * ** * ***
7067 TAG-CTT-TTTCTTCAAGTTTCCTAAGGTAGATACT-TAAT-T-ATAATCTG-TTTCAA-CCAAA
435 -AGCCTTATTAC-TC--GCTT--TAA-ATAG-TTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA
** * * * *** ** *** * * **
7125 AATCTAAGAAAATTCAACCTAAAATCA-ATTATGAGATT-ACAAAAC--CATTTAAGAAACAAGA
491 TTTTTTATATTTTTGGA--TAAAA-CAGATTAT-A-ATTGA-ATGTCTGC-CTTGAGAAACGTGA
* * *
7186 AGAAAAAGCCA-T--TT-AT--GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATT
549 AGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATT
** ** * *
7245 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGA
614 ACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTT-TCTTTTTTGA
*
7309 TT-AAACAAGATTATAATTGAATGTTTG-CCT------CA---AG--AA---A--CA-TG--AAG
677 TTAAAAC-ATATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAAAAACATGTAGAAAAGCCATTCATTGATAAG
* * * ** *
7353 AAAA-ACACATTTATGGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTAT
741 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCTATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
7416 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACT-TTTTTGATTAA
804 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-TATTTTTGGTT-C
* * * * * * * * *
7463 AATATATTATAATTAAATATCTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAGAGCCATCCATTGATATGAAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAA
* ** * * * *
7527 AGTTCATTTATAGTCACTTAAT-CATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATC
65 AGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * ** * *
7591 TCATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCT
129 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTGATT-AAACTGATTCTAATTGAATGTCT
** * * * ** * ** ** * * *
7656 GTCTT-AGAGAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGGGAAGTCCATTTATAATCACCTATT
191 ACCTTGGGA-AATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * * *
7720 CCTT-GAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAA
255 CCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * *
7784 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCCTGGGAAATATGAAGAAAA
319 TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAAGAAACATGAAAAAAA
** * * * * * * * * * * *
7849 AGCTTTTCATTGGCAAGTAAAGTCCACTTAAAGTCACCCATTC-CTTCAAAAGCCTTCTTGCTCA
384 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
7913 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTGTAGGTTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAA
449 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGATAAAA
* * *
7978 CAGGTTATAATT-AAGTGTCCGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAG
513 CAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAG
* * * ** **
8041 TCTATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
577 TCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCA
* * *** * * * * * *
8106 TAATTGATTTTAGGCTAAATGTTTTTAGATTGTTGGTTAAAACCTATTATAATTGACTGTCT-AC
642 TAATTGATTTTAGG-TTAATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * *
8170 CTCAAAAAA-ATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
706 CT-AAAAAACATGTAG--AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACC
* *
8233 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
768 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT
** *
8298 TTTTATATTTTTAATTAA
832 TTTTATATTTTTGGTT-C
* * * * * * * * * *
8316 AACAGATTATAATTGAATGTCTGTCGTGGGAAACATGAAGACAAAGTCAATCATTGACAAGAAAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAAA
* * * *
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66 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AATCT
* * * * * *
8445 CATAATTGATTTT-AGATCGAATATTTTTGCATATTTGGA-TAAAATAGATTATAATTGACTATC
130 CATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTACAT-TTT-GATTAAACT-GATTCTAATTGAATGTC
** * * * * * * *
8508 TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATG
190 TACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * **
8573 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAA-
255 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* ** * * * * * **
8637 TGTTTTTAC-TTTTT-GATTATAATCTATTATAATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACTTGAAGCAA
320 TG-TTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAAGAAACATGAAAAAA
* * * * * * * *
8700 AAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATATATAGTCA-TCCATGCA-TTCAGAAGCCTTATTACT
383 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACT-CATCCACTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
8763 CGCTTTAAATGGTTTTATAA-CGTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTATTTTACA-TTTAGGTTA
447 CGCTTTAAATAGTTTTGTAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGATA
* * * * * * * * *
8826 AAACATATTAAAATTGAATGTTTACCATGGGAAACGTGAAGAAAAAGACTTTCATTGGA-AAGAA
510 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-AATAAGAA
* * * * * * ** *
8890 AAGTCCATTCATAGTCACCCGTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
574 AAGTCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATC
* * * * * * * * * *
8955 TCATAATTAATTTTTGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAGTGTCT
639 TCATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTT
* ** ** * * * * * * * *
9020 GCCTTAGGAAACATAAAAAAAAACCTTTCA-TGAACAAAAAAAAGTCTATTTACAGTCACGC-AC
703 GCCCTAAAAAACATGTAGAAAAGCCATTCATTG-A-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAT
* * * ** ** *
9083 GCTTTCGAAAGCCTTACTACTCAG-TTTAAATTATTTCGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
765 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
**
9147 ATTTTTTTATATTTTTAATT-
828 ATTTTTTTATATTTTTGGTTC
* * * * * * * **
9167 AAAATATATCATAATTGAATGGT-TGCCTCAGGAGACGTGAAGCAACAA-TCATCCATTGGCACA
1 AACATAT-T-ATAATTGAAT-GTCTGCCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCACTGATA-A
** * * * * * * * * * *
9230 -AAAAGTCTTTTTATGGTCATCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATCACCCGCTTTAAATG--GTCAT-
61 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* ** *
9291 -T-T--TAA---A-TTGAA-TT---TTTTTATA-ATTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGT
126 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTGATT-AAACTGATTCTAATTGAATGT
* * * * * ** * * *
9343 CTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-TACATTCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAG-CTGCCC
189 CTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGT-CACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCC
* * ** *
9406 ATTTCC-TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT-GTAATCTCATAATTGA-TTTAAAG
252 A-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAG-AATCTCATAATTGACTTT-AAG
* * * * * **
9468 TTGAA-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATCTTTGTCC-TAGGAAATGTGA
314 TTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG-CCATAAGAAACATGA
* * * * * *
9531 AGAAAAAGTCATTCATT-AGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTC-CTTCAAAAGCCTT
378 AAAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTC-ATCCACTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * * * *
9593 ATTACTTGCTTCAAATGGTTTTGAAACCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTG
441 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTT
* * * * * * ** * *
9658 GGTTAAAACATATTAT-ATATGAGTGTTTGTCTTGGGAAATATGAAGAAAAA-CCTATTTATTAG
505 GGATAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTAA
* * * * * * * ** **
9721 CAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTT
568 TAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTT
* * * * * * * * *
9786 ATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-ATTTTGGTGAAAGCAGATTATAATTAA
633 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGA
* * ** ** ** * * *
9849 ATGTCTACTTTGGAAAACATG-ATGAGAATCCCATTCATTCACAAGAAAAG-CCTATTTGTAGTC
697 ATGTTTGCCCTAAAAAACATGTA-GA-AAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC
* * * * *
9912 A-CTCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTA
759 ACCT-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
9976 GGTTGAATTTTCTTGA-ATTTTTGGTTGA
823 AGTT-AATTTT-TTTATATTTTTGGTT-C
* * * * * *
10004 AACATATTGTAATTG-AT-TCTTGACC-TCGAGAAATGAGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGA
1 AACATATTATAATTGAATGTC-TG-CCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGA
* * ** * * ** *
10065 AAAATCTATTTATAGTCACATATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAT
63 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
** * * * * * *
10130 CTCATAATTGATTCGAAGTTAAAATTCTATTCCATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGT
128 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTTACATTTTGA-TTAAACT-GATTCTAATTGAATGT
* * *** * * *** * * * *
10195 TTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAACCCCATTCATTGGCA-AAG-AAAGCCCATTTATAGTTACTC
189 CTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATT--CACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
10258 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTG
252 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG
* * * ** *
10323 AATT-TTTTA-TTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCC-TCAAGAAACATGAAG
317 AATTGTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AAGAAACATGAAA
* * * * * * * * * **
10385 CAAAAGCTATTCGTTGATATGAAAAGTCCATTCATAGTCACTAAAGC-CTTCGAAAA-CCTTATT
380 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTC-AAAAGCCTTATT
* * * * * * *
10448 ACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTT-TGCATTTTTAG
444 ACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTTGG
* * * * * ** **
10512 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGTAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA
507 ATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAA
* * * * * *
10576 GACAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
571 GAAAAGTCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATA
* * * *
10641 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAAT
636 ATCTCATAATTGATTTT-AGGTTAATTTTTTT-TCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
* ** * ** * * **
10705 GTTTGCCTTGCACAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT
699 GTTTGCCCTAAAAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * ** * * *
10769 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTC-CATTTAAATAATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAGGT
763 -ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
10833 TGAATTTTGTTACATTTTTGGTTAA
826 T-AATTTTTTTATATTTTTGGTT-C
** * * * * * * *
10858 AACAGGTTATAATT-AAGTGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGACAAAAAA
1 AACATATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAA
* * * ** * * *
10921 AATCCATTTATTGTTA-CCATGCCTGGAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATC
65 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATC
** * *
10984 TCATAATTGATTTTAGACAT-AATATTTTTAGATTTTTGATTAAAACAT-ATTAC-AATTGACTG
129 TCATAATTGATTTTA-AGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTGATT-AAAC-TGATT-CTAATTGAATG
* * ** * * * *
11046 TCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTCATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
188 TCTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * * *
11111 TGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
253 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA
* * * ** * **
11176 ATTG-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTTTGCCTTTGGGAAACATCAGGAA
318 ATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-ATAAGAAACATGAAAAA
* * * * * * *
11240 AAAGTCACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGC-CTTCGAAAGCCTTATTACT
382 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
11304 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG-TCA
447 CGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGAT-A
* * * * * ** *
11368 AAACAGATTATTATTGATTGTTTGCCTTTGA-AAGCGTGAAGAAAAGAG-TATTCATTGGTGAGA
510 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TTGAGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTAATAAGA
* * * * * * ** *
11431 AAAGTTC-ATTTATAGTAACCCATCCCCTT-AAAAGCCTTACTAAT-AATTGTAAATGGTTTTGT
573 AAAG-TCAATTTATAGTCACACAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATCATTTTAT
* * * *
11493 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTTAA
635 AATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTTCTTTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAA
* *** * * * *
11557 TGTCTT-CCATGGGAAGCATGAAGACAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC
698 TGT-TTGCCCTAAAAAACATGTAGA-AAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
11621 CCATGCTTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGT
761 CTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
************ **
11686 TGAANNNNNNNNNNNNTTTGGATAA
826 T-AATTTTTTTATATTTTTGG-TTC
* * * * * * * *
11711 AAGATATTATAATTGACTATCTACCTT-GAGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAA
* * ** ** ** * * * *
11774 AGTCTACTTATTA-TCAACCTAGCATGTATTCATCGGTAATTTTAGTCCACCGTGGATAAGTAAA
65 AGTCCATTTA-TAGTC-ACC---CATGCCTTCA---AAAACCTTA-T-TA-C-TCGCT--TTAAA
* * * * * * * * *
11838 GGCATTTCGTACCACTTTATTTC-GAGTTGCTCCCCTGTTAGAGGTCGAGTTGTCATAGTGTAAA
116 TG-ATTT--T---A--TAATCTCATAATTGAT----T-TTA-A-GTTGAATT-T--T--T-TACA
* ** * * * ********
11902 TTGTTATGAAAGTAAACAACTG-TGT-TAATACAAATG--TACATTTGGAGATTATANNNNNNNN
160 -T-TT-TG--A-T-TA-AACTGAT-TCTAAT-TGAATGTCTACCTTGGGA-AATATAAAGAAAAA
*****************************************************************
11963 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
214 GTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
******************************************************* *
12028 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGT--AAT-
279 TTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* ** * * * **** ** *
12090 GA--CTAA-TG--T-TTT-AAATAAGGATTATATG-AGACTTGGCGGGTTC-TCTCG-CATGACT
344 GATTATAATTGAATGTTTGCCATAA-GA-AACATGAAAAAAAAGC-CATTCAT-T-GACAAGA--
* *** * *
12145 CAAACGCTGGTAACGATCGAGGAACGGTCATTACACAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
402 -AAA-G-T-GCATTTAT--AGTAAC--TCA-T-C-C--A-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * *
12210 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATA
453 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGATAAAACAGA
* * * ** *** *
12275 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGAATAAACATCTAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTA
517 TTATAATTGAATGTCTGCCTTG-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCAA
* * * * *
12340 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAACCGTTTTATAATCTCATAAT
581 TTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
12405 TGATTTTAGGTTAAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTT-ACCTC
646 TGATTTTAGGTTAATTTTTTTTCT-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA-TGTTTGCCCTA
* * * * *
12468 AAAAACGTGTAGAAATAGCCATTCGTTAACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGA
709 AAAAACATGTAGAAA-AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGA
* * * *
12533 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTA
773 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTA
* ** *
12598 GA-TTTCAGTTT
837 TATTTTTGGTTC
* * * * *
12609 AACATATTACAATTGACTGTCTGCCTCTA-GAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAA
* * ** *
12673 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
65 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* * * *
12738 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAGAA-TAGATTCTAATTGAATGCCTG
130 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGATTA-AACT-GATTCTAATTGAATGTCTA
* * * ***
12802 CCTTGGGAAATGTAAGGAAAAAGTCACTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
192 CCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
12867 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTT
257 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTG
* * ***
12932 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCATAAGAAACATGAAGGCAAAGC
322 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAAGAAACATGAAAAAAAAGC
* * * * *
12997 CATTTATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCAC-CTAT-GACTTCTAAAGCTTTATTACTCGC
387 CATTCATTGACAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTAACTC-ATCCACTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
13059 TTTAAATAGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTTATATTTTTGGATAAAAG
450 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGGATAAAA-
* * *
13124 TAGATTATAATT-AACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAAAAG
513 CAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAG
* *
13188 TTC-ATTTATAGTCACACATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATCATTTTATAATCTC
577 -TCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTC
13252 ATAATTGATTTT-GAG-T-ATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGC
641 ATAATTGATTTTAG-GTTAATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGC
** * ** * *
13314 CCTAAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTTTAACC
705 CCTAAAAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-ACC
* * * * *
13378 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTAAATTT
768 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT
13443 TTTTATATTTTTGGTTAC
832 TTTTATATTTTTGGTT-C
** * * *
13461 AACATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACGTGCAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAAA
* * * * * *
13526 GTCCATTTATAGCCACCCATGCTTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTC
66 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
13591 ATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTACACTTTTGATTAAAGCTGATTCTAATTGAATGTCTACC
131 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGATTAAA-CTGATTCTAATTGAATGTCTACC
* * **
13655 TTGGGAAACATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTTTT
194 TTGGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * *
13720 CGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
259 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTT
* * * * *
13785 TTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTCAA-AAACGTGAAAAAAAAGAG
324 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AAGAAACATGAAAAAAAAG-C
* * * * **
13849 CATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCCCTT-AAAAACCTTATTAATTACTT
387 CATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
13913 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTT-TATTAAAACA
452 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGA-TAAAACA
* * * * * * *
13977 GGTTATAATTGAATATCGGCCATGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGATGAA-AAAAGTC
515 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAAT-AAGAAAAGTC
* * * * *
14041 AATGTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAAT-AGTTTTACAATCTCAT
579 AATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCA-TTTTATAATCTCAT
* * * * ** *
14105 AATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTGCAATTCTTGA-TAAAACAGT-TTATAATTGGTTGTCTGC
643 AATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTTC-TTTTTTGATTAAAACA-TATTATAATTGAATGTTTGC
** * * * *
14168 GTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
705 CCTAAAAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCT
* * ** * ** * *
14233 TCAAAAGGCGCATTACTCGATTTAAATCATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGAGTT-CTTT
769 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A-AGTTAATTT
* *
14297 TTTTCCT-TTTTTGATTC
832 TTTT-ATATTTTTGGTTC
* * * * ** * * *
14314 AAATATATTATAATTAAATGTTTGGCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGATATGAAA
1 -AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAA
* ** * *
14379 AGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATTT
65 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* ** * *
14444 TATAATTGATTTTAAGTCAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTCT
130 CATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTGA-TT-AAAC-TGATTCTAATTGAATGTCT
* * * * * * * * **
14508 ATCTCGAGAAATATAAAGAAAAAGTCAATCATTGATAATTTTAATATTTTTGGTTAAAATATATT
191 ACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAA---GAA-A-----AG-T---CCAT-TT
* * **
14573 ATAATTCAATGCCTTTTTTGGGGAAACCATCCACCAACAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCAAA
242 AT-AGTC-A---C-------------CCAT--GCCTTC--G-AAAG-CC---T-TATT-------
* * * * * *
14638 ACCTTTGAAACCCTTTTTACTCACTGTAATTAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAATTGAA
272 A-C--T----CGC---TT--T-A----AATGA-TTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * ** *** ** * *
14703 -AGATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGGAATTGAATGTTTGTTTTGGGAAACGTGAAGAAA
319 TTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAAGAAACATGAAAAAA
* ** * * * ** * * * *
14767 AAGTCATTCATTGGTAGGAAAGGTCCATTTATAGGCACCCATAC-CTTTAAAAGCATTATTACTC
383 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
14831 TCTTTAAAT-GATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT-TATTA
448 GCTTTAAATAG-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGA-TA
* * ** *** ** * * *
14894 AAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATACGAACGAAAAA-ATATCCATTGGA-GAGA
510 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATT-AATAAGA
* * * * * *
14957 AAACTTC-ATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAA
573 AAA-GTCAATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAA
* ** * * *
15021 TCTCATAATTAATTCGAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATG
637 TCTCATAATTGATT-TTAGGTTAATTTTTTT-TCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
** * * * * * * * * * * *
15085 TTTATCTTCAGACACATGAAGCAAAGGCTATCCATTGTCTCA-AAAAGTCTATTTATAGTCA-CT
700 TTTGCCCTAAAAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTG-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * *
15148 CA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
763 -ATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
15212 TGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTT-
826 T-AATTTTTTTA-TATTTTTGGTTC
* ** * * * ** * * * ***
15235 AAAATAGACAATAATTGAACGTTTGCCCT-GAGAAATATGAAGCAAAATG-TATTCATTGGCCAG
1 AACAT--ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCACTGATAAG
* * * * * * * * *
15298 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTTATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * **
15363 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AAGTAATAATTGAA
127 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACA-TTTTGATT-AAACTGA-TTCTAATTGAA
* ** * * * * ** * * *
15427 TGTTTGTCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTTGGCAAGTAAAGTTCATTTATAATCA
186 TGTCTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAA-GTCACTCA-TTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
15491 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAA
249 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTT-AA
* * * * *
15555 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACG
313 GTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AAGAAACA
** * * * * * * ** * *
15617 TGAAACTAAAGTCA-TCGATTGGTAC-A-AAGAGTCCATTTATAGTCATTTAAGC-CGTCGAAAG
375 TGAAAAAAAAGCCATTC-ATT-G-ACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAG
* * * * ** * * *
15678 CTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATGGATTTCAAGTTGAATTTTTT-TACA
437 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-T
* * * * **
15742 TTTT-GACAAAAACAGATTATAATAGAATGTCAACGCC--AAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATGT
501 TTTTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTC--TGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-T
* ** * * *
15804 -ATTGGA-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTTAAGCCTAT-AAGAGCCTTATTACTCATTTTA
562 CATT-AATAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACACATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
15865 AA-CGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATA
624 AATC-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AATTT-TTTTT-CTTTTTTGATTAAAACA
* * * * * * * *
15929 TATTATAATTAAATGTATT--CTTCGAGAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGAT-AGAAAAAG
685 TATTATAATTGAATGT-TTGCCCT-AAAAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAAG
* **
15991 TCTATTTATAGTCA-CTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
746 TCCATTTATAGTCACCT-ATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
16054 CATAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAA
809 CATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTT-C
* * * * * * * * *
16096 AACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGGTATA--TGAACAAAAAGTCATTCATTGACAAGAA
1 AACATATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAA
* * * * * * * *
16159 AAGTCCGTTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATC
64 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
16224 TCATAAT
129 TCATAAT
16231 GGAATGTTTG
Statistics
Matches: 7220, Mismatches: 1828, Indels: 1112
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
826 3 0.00
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829 18 0.00
830 7 0.00
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832 8 0.00
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837 158 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (848 bp):
AACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGATAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTGATTAAACTGATTCTAATTGAATGTCTACCTT
GGGAAATATAAAGAAAAAGTCACTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTT
ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCATAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT
CATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTAACTCATCCACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGATAAAACAGATTAT
AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCAATTTAT
AGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAGGTTAATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAAAAACA
TGTAGAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGG
TTC
Found at i:14914 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14613--16230 Score: 1272
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 171
14603 CCACCAACAA
* * * * * * * *
14613 GAAAAGTCCATTTATATTCAC-CAAAACCTTTGAAACCCTTTTTACTCACTGTAATTAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *** * * **
14677 AATCTCATAATCGATTTTAAATTGAAAGATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGGAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
* *
14742 GTTTGTTTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAG
130 GTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAG
* * * ** * * *
14784 GAAAGGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTTAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
14849 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
* * *** * *
14914 TCTATCTTGAGAAATACGAACGAAAAAAT-ATCCATTGG-AG
131 TTTGTCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAAGTCATTCATTGGTAG
* * * * * * * * *
14954 AGAAAACTTCATTTATAGTCTCCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTAT
1 -GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * *
15019 AATCTCATAATTAATTCGAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
15084 GTTTATCTTCAGACACATGAAG-CAAAGGCTATCCATTGTCTCA-
130 GTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTG-GT-AG
* * *
15127 -AAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * **
15190 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAA
* * * ** * *
15254 CGTTTGCCCTGAGAAATATGAAGCAAAATGT-ATTCATTGGCCA-
129 TGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGG-TAG
* ** * *
15297 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTGTAAGTGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
15362 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTAATAATTGA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATA-TTATAATTGA
* * *
15426 ATGTTTGTCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTTGGCAA
128 ATGTTTGTCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAA-GTCATTCA-TTGGTAG
* * * * * * * * *
15471 GTAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAGTGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
15536 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATGTTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
* * ** *
15601 TCTGCCTCAAGAAACGTGAA-ACTAAAGTCA-TCGATTGGTA-
131 TTTGTCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAGTCATTC-ATTGGTAG
* * * * *
15641 CAAAGAGTCCATTTATAGTCATTTA-AGCCGTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 GAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * ** * *
15705 TAATCTTGTAATGGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGACAAAAACAGATTATAATAGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAA
** ** ** * * *
15769 TGTCAACG-C-CAAGAAACGTGAAGCGAAAGCCATGT-ATTGGAAA
129 TGT--TTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCAT-TCATTGGTAG
* * * *
15812 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTTA-AGCCTAT--AAGAGCCTTATTACTCATTTTAAACGGTTTT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCT-TCGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
15874 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATT
* * * * * * *
15939 AAATGTAT-TCTTCGAGAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGATAG
126 GAATGTTTGTCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAG
* * ** *
15985 AAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
16049 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
* ** ** ** * ** *
16114 GTTTGCCTCAAGGTATATGAACAAAAAGTCATTCATTGACAA
130 GTTTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAG
* * * *
16156 GAAAAGTCCGTTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATC
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
16221 ATCTCATAAT
66 ATCTCATAAT
16231 GGAATGTTTG
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 230, Indels: 98
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 131 0.11
171 678 0.58
172 84 0.07
173 180 0.15
174 90 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATG
TTTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAG
Found at i:16486 original size:293 final size:293
Alignment explanation
Indices: 15954--16523 Score: 711
Period size: 293 Copynumber: 1.9 Consensus size: 293
15944 TATTCTTCGA
* * *
15954 GAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGATAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
1 GAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* * *
16019 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTAC
66 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTATTTTAC
* * * ** * * *
16084 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGGTATATGAACAAAAAGTCATTCA
131 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGACATTCA
* ** *
16149 TTGACAAGAAAAGTCCGTTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
196 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGG
*
16214 TTTTATCATCTCATAATGGAATGTTTGCTTTAG
261 TTTTATAATCTCATAATGGAATGTTTGCTTTAG
* * * *
16247 GAAATGTGAAGCATA-AGCCATCCATTG-GCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATGCCTTCA
1 GAAACGTGAAGCA-AGAGCCATCCATTGAGAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* * * * *
16310 CAAGTATTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
64 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTATTTT
* * * * * *
16375 ATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTT-AATATCTATCTCAAGAAACGTAAAGC-AACAGACA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-ATTTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAA-CAAAAAGACA
* * *
16438 -TCTATTAGA-GAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGT
192 TTC-ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGT
16501 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
255 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
16524 TGATTTTAAG
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 37, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
292 4 0.02
293 222 0.95
294 8 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (293 bp):
GAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTGAGAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
AGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTATTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATATCTACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGACATTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATGGAATGTTTGCTTTAG
Done.