Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399293.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2561.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7548
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 1720 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:961 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 646--2078 Score: 934
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
636 NNNNNNNNNN
* * * *
646 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTATTTGTTTTA-T
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA
* * *
710 GTTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACATGAAGAAAAA-CTCATT
66 CTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA-GGAAACATGAAGAAAAATC-CATT
* * * * *
773 TATTTGCAAGCAAAGCCCACTTATAGTCATTCTAGCCTTCGAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AGCCTTCGAAA
* * * *
817 GCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAGGTTGAATTGTTTTACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA
* * * ** *
882 -TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGACTATATGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCTATTCAT
66 CTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCAT
* * *
946 TGGAAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA
131 TGG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AGCCTTCGAAA
* * * *
988 GCCTTATTACTCATTTTAAACT-ATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC
1 GCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAC
* * * * * * * *
1052 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGATTGTCTACCTT-GAGAAACATAAAGACAAAGCCATTC
65 ACTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAATCCATTC
* * * * *
1116 ATTGACAAGAAATGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAA
129 ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCA-GCCTTCGAAA
* * *
1159 GCCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA
* * * * *
1224 CTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCAT
66 CTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCAT
* * *** *
1289 AGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGGCACCTAA
131 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-A-CTCAG--C-C-T-T-CG-A---AA
* ** * * ** * * * * *
1341 GCCTT-TGGAAGC-CTTGATATCGGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATTATT-GATTTTAAGT
1 GCCTTAT-TACTCACTTTAAAT-GATTTTATAA---TCTCATAAT-TGATT-TTAG-GTTGAA-T
** * * * * * *
1402 TGAATTTTTTTAGTTTTT-TTATTCAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA
57 TG---TTTTACACTTTTTGTTA---AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAA
* * * ** * * *
1466 GTAAAAGCCATCCATTGATATGAGAAGCCCATTTATAGTCACTCTAGCTTTCGAAA
116 GAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AGCCTTCGAAA
* ** * * * *
1522 CCCTTATTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTAT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAC
* * * * * *
1586 A-TTTTGGGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTGCCTCT-GGAAACATGAA-AAAAACCCCAT
65 ACTTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAA-TCCAT
* * * * * *
1648 TCATTGGCAATAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATGCCTT-TAAA
127 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCA-GCCTTCGAAA
* * ** * * * *
1692 ACCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA
* * * * *
1757 -TTTTTAGTTACAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGAT-AAGAAAAAGCTATT
66 CTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAAC-ATGAAGAAAAATCCATT
* * * *
1819 CATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGATA
128 CATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACTCA-GCCTTCGAAA
* * * * *
1863 TCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA-AGATTGATTTT-GAGTTGAATTTTTTTA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAG-GTTGAATTGTTTTA
*** * * ** * * *
1926 CA-TTTTCACTAAAATAGATTGTAATTGAATGTATA-CTTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATT
64 CACTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAATCCATT
** * * * * *
1989 CATTGATAAGAAATGTCCATTTATAATTACTCATGCCTTCAAAA
128 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCA-GCCTTCGAAA
* * *
2033 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
2079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 201, Indels: 125
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 302 0.30
171 447 0.45
172 62 0.06
173 7 0.01
174 4 0.00
175 1 0.00
176 3 0.00
177 6 0.01
178 4 0.00
179 8 0.01
181 20 0.02
182 21 0.02
184 7 0.01
185 6 0.01
186 7 0.01
187 4 0.00
189 4 0.00
190 9 0.01
191 3 0.00
192 66 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACA
CTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAGCCTTCGAAA
Found at i:1298 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1272--1335 Score: 76
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
1262 AGGAAACGTG
*
1272 AAGAAAAATCCATTCATAGGC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGGC
* *
1293 AAGAAAAGCCCATTTATAGGC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGGC
*
1314 AAGAAAAGCCCACTT-ATAGGC
1 AAGAAAAACCCA-TTCATAGGC
1335 A
1 A
1336 CCTAAGCCTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 37 0.95
22 2 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.20, G:0.17, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCCATTCATAGGC
Found at i:1736 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1363--2078 Score: 667
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
1353 CTTGATATCG
* ** * *
1363 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGTTTTTTTATTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAA
* * * * * * *
1428 ATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATT-G-ATATGAGA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AT-AAA
* * *
1491 AGCCCATTTATAGTCACTC-TAG-CTTTCGAAACCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTT--AAAACCTTATTACTC
* * * * * * ***
1534 GTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTATATTTTGGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAA
* *
1599 ACAGATTTTAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACATGAA-AAAAACCCCATTCATTGGCAATAAAA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAATAAAA
* * * *
1663 GTCTATTTACAGTCACCCATGCCTTTAAAACCTTATTAGTT
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAACCTTATTACTC
* *
1704 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTACA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAA
* *
1769 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGAT-AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA-AAGA
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAA-A
* * * *
1832 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGATATCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TAAAACCTTATTACTC
* * * * *
1875 GCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAGATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCACTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAA
* * * * ** * * ** * *
1939 ATAGATTGTAATTGAATGTAT-ACTTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAT
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT--GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAA
* * * *
2003 GTCCATTTATAATTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA-CCTTATTACTC
* * * *
2045 ACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTT
2079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 77, Indels: 33
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.02
170 251 0.56
171 181 0.40
172 9 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAATAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAACCTTATTACTC
Found at i:2040 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 647--2078 Score: 941
Period size: 363 Copynumber: 4.1 Consensus size: 341
637 NNNNNNNNNG
* * *
647 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-TATTTGTTTTATG
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTA-G
* * * * * * * *
711 --TTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACATGAAGAAAAA-CTCAT
64 CATTTTT-ATTCAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTA-GGAAACGTGAAGAAAAAGC-CAT
** * * ** * *
772 TTATTTG-CAAGCA-AAGCCCACTTATAGTCATTCTAGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCGCTTTA
126 CCA-TTGACAA-AAGAAGCCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
835 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTG--TTAAAATAGA
189 AATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACA-TTTTGCACTAAAACAGA
* * * ** * ** * * * * * *
898 TTATAATTGACTATATGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGAAAAAAAAAGCCCA
253 TTGTAATTGAATGTATACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCA
* * * *
963 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
317 TTTACAATCACCCATGCCTTC-AAAA
** * * * *
989 CCTTATTACTCATTTTAAACT-ATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTA-C
1 CCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGC
* * * ** * * * *
1052 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGATTGTCTACCTT-GAGAAACATAAAGACAAAGCCATTC
65 A-TTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATCC
* * * * * * **
1116 ATTGACAAGAA-ATGTCCATTTATAATCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
128 ATTGACAA-AAGAAGCCCATTTATAGTCACCCTA-GCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * ** *
1179 TTA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACACTTTTG-GTTAAAACATAT
191 -TAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACA-TTTTGCACTAAAACAGAT
* * ** * * * * * *
1242 TGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATT
254 TGTAATTGAATGTATACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-T
** * ** * *
1307 TATAGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGGCACCTAAG
318 T-TA--C-A-ATCA--CC-C--AT-GCCTTCAAAA
* *
1342 CCTTTGGAAGCCTTGATATCGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CC-TT---A---TT-A-CTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * * *
1407 TTTTTTAGTTTTTTTATTCAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAA
56 TTTTTTAGCATTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
* ** * * *
1472 GCCATCCATTGATATGAGAAGCCCATTTATAGTCACTCTAGCTTTCGAAACCCTTATTACTCGTT
121 GCCATCCATTGACAAAAGAAGCCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCT
* * ***
1537 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTATATTTTGGGTTAAAACA
186 TTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTGCACTAAAACA
* * * *** * * * *
1602 GATTTTAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAACATGAAAAAAACCCCATTCATTGGCAATAAAAGTCT
251 GATTGTAATTGAATGTATACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
1667 ATTTACAGTCACCCATGCCTTTAAAA
316 ATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
1693 CCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGCA
* * *
1757 TTTTTAGTT-ACAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGAT-AAGAAAAAGCTATT
66 TTTTTA-TTCA-AACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTAG-GAAACG-TGAAGAAAAAGCCATC
* * * *
1819 CATTGGCAAAAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGATATCCTTATTACTCGCTTTAAA
127 CATTGACAAAAGAAGCCCATTTATAGTCACCC-TAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
1883 TGGTTTTATAACCTCA-AGATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTT-CACTAAAATAGATT
191 TAGTTTTATAACCTCATA-ATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTGCACTAAAACAGATT
* * * * *
1946 GTAATTGAATGTATACTTCAAAAAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAATGTCCATT
255 GTAATTGAATGTATACCTCAAAAAACATGAAA-AAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * *
2010 TATAATTACTCATGCCTTCAAAA
319 TACAATCACCCATGCCTTCAAAA
* * *
2033 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTT
1 -CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
2079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 167, Indels: 99
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 82 0.09
341 228 0.26
342 201 0.23
343 64 0.07
344 4 0.00
347 2 0.00
348 1 0.00
350 4 0.00
351 7 0.01
352 2 0.00
353 6 0.01
354 6 0.01
355 2 0.00
357 2 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
360 2 0.00
361 3 0.00
362 13 0.01
363 238 0.27
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGCA
TTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATT
GACAAAAGAAGCCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTGCACTAAAACAGATTGTAATT
GAATGTATACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAATC
ACCCATGCCTTCAAAA
Found at i:3206 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 2970--3291 Score: 346
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
2960 TTATTACTCA
* * * **
2970 CTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGCATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTATTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTACTTAAAA
*
3035 TAGATTGTAATTGAATGT-TGACCT-TGAGAAATGTAAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAA
66 TAGATTGTAATTGAATGTCTG-CCTCTGA-AAACGTAAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAA-AAA
*
3097 AGCCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCGAAANNNNNNNNNNTCG
127 AGCCCATTGATAGTCA-CTAAGCCTTCGAAA----------TCG
* * *
3141 CTTTAAATGGTTTTACAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TATTTACATTTTTACTTAAA
1 CTTTAAATGGTATTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGT-TTTACATTTTTACTTAAA
* * *
3205 ATAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGGAAAAAAGT
65 ATAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGC
*
3270 CCATTGATAGTCACTCAGCCTT
130 CCATTGATAGTCACTAAGCCTT
3292 TCAAAAGCCT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 14, Indels: 10
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.06
170 18 0.14
171 101 0.76
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
CTTTAAATGGTATTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTACTTAAAA
TAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGCC
CATTGATAGTCACTAAGCCTTCGAAATCG
Found at i:6042 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5865--6486 Score: 480
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 172
5855 NNNNNNNNNN
5865 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTAGGATTAAAACAGATTATAATTAAATC
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGG-TTAAAACAGATTATAATTAAATC
** * * * * *
5929 TCTACCTC-TGGAAATGTGAA-AAAAACCCCTTTCATT-AGC-AACAAAAGTCTATTTGTAGCCA
65 TCTACCTCAT-GAAACATGAAGAAAAA-CCCATTCATTGA-CAAAAAAAAATCCATTTATAGCCA
* * * *
5990 CCCATG-CTTGTAAAATCCT-TATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAG
127 CCCATGCCTT-CAAAA-CCTCTATTACTTGATTTAAATGGTTCTACAA
* * * * * * *
6036 TCTCATAATTGA-TTTAGGTTGAACTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATCT
* * ** * *
6100 TTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTA
66 CTACCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCA
* *
6165 TGCCTTCAAAAGCTCTATTACTTGATTTAAATGGTTCTGCAA
131 TGCCTTCAAAACCTCTATTACTTGATTTAAATGGTTCTACAA
* * * *
6207 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA-GTAAAAACAGATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATC
* ** ** ** * * * *
6271 TCTGCCTCAAAAAATTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
65 TCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCC
* ********** * *
6335 ATGCCTTCAAAAGCCT-TCTTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAA
130 ATGCCTTCAAAA-CCTCTATTACTTGATTTAAATGGTTCTACAA
* * * *
6378 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTGCATTTTTA-GTTAAAACAAATTATAATTGAATG
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATC
* * * * * *
6441 TTTACTTCGA-GAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGCCAACAAAA
65 TCTACCTC-ATGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAA
6487 GCCCATCTAC
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 73, Indels: 24
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 125 0.34
171 160 0.44
172 77 0.21
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTAAATCT
CTACCTCATGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCA
TGCCTTCAAAACCTCTATTACTTGATTTAAATGGTTCTACAA
Found at i:6153 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5261--6486 Score: 800
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 341
5251 TTGGGAAACA
* * * * * **
5261 TGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
** * * * ** *
5326 GCTACTAGCTTTAAATAGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTACATTTT
66 ATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTGCATTTT
* * * * ** * **
5390 TAGCTAAAACAAATTGTAATTGACTGGCTACCTTCA-GAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGA
129 TAGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTTTGCC-TCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * * * * * *
5454 -TAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACATTCAAAAGC-CTTATCAC-TCGCTTTAAATGAT
193 CAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCTC-TATTACTTC-ATTTAAATGGT
* ** ************ * * *
5516 TTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNNNTTTACATTTTTCACT-AAAATAGATTGTAA
256 TCTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTT-AGTAAAAACAGATTATAA
* * * *
5580 TTGAATGTTTACCTCAGAAAATG
319 TTAAATCTCTACCTCAAAAAATG
** * * * * * * * * * *
5603 TGAAGAAAAACTTATTCATTGGCAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAGGACA
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGT-CTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
** * * * * * *
5667 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATCGATTTAAAGTTAAATTTTTT-TACTTTT
65 TATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCA-TTTT
* *** ** * * * *
5731 TTGATTAACTTATCTTGTAATTGAATGTTTGCCT--TGAAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATT
129 TAG-TTAAAACAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCATG--AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* ** * **
5794 GA-TATGAAAAGTCCATTTATAGT-TGCTCAAACCTTCAAAAGC-CTTATTAC-TCATTTTAAAT
191 GACAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCT-AAACCTTCAAAAGCTC-TATTACTTCA-TTTAAAT
********** * *
5855 NNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTAGGATTAAAACAGATTA
253 GGTTCTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTA-G-TAAAAACAGATTA
***
5919 TAATTAAATCTCTACCTCTGGAAATG
316 TAATTAAATCTCTACCTCAAAAAATG
* * * *
5945 TGAA-AAAAACCCCTTTCATT-AGCAACAAAAGTCTATTTGTAGCCACCCATG-CTTGTAAAATC
1 TGAAGAAAAA-CCCATTCATTGA-CAACAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTT-CAAAAGC
* *
6007 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAGTCTCATAATTGA-TTTAGGTTGAACTTTTTTGCATT
63 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTGCATT
* * *
6071 TTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
127 TTTAGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** *
6136 ACAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTCTATTACTTGATTTAAATGGTT
192 ACAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCTCTATTACTTCATTTAAATGGTT
6201 CTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATT
257 CTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTAAAAACAGATTATAATT
* * * *
6266 GAATGTCTGCCTCAAAAAATT
321 AAATCTCTACCTCAAAAAATG
** * *
6287 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* ********** *
6352 CTTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCATTTTTA
66 ATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCATTTTTA
* * * * *
6417 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACTTCGA-GAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGCCA
131 GTTAAAACAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-ATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
*
6481 ACAAAA
195 AAAAAA
6487 GCCCATCTAC
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 174, Indels: 62
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 6 0.01
341 77 0.11
342 558 0.82
343 32 0.05
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TGAAGAAAAACCCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCATTTTTA
GTTAAAACAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
AAAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAACCTTCAAAAGCTCTATTACTTCATTTAAATGGTTCTGC
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAGTAAAAACAGATTATAATTAAATC
TCTACCTCAAAAAATG
Done.