Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399298.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2566.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9546
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.12, T:0.27
Warning! 2284 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:291 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--830 Score: 510
Period size: 173 Copynumber: 4.9 Consensus size: 172
** * * * * *
1 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATCTTTT--ATT
1 ACTTTAAAAAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTCACAT-TTTTGGATT
* *** * * * ** * *
63 AAAACAAACTATAATTGATTTTGTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGAAAGAA
65 -AAACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAA
* * *
128 AAGTCTAATTGTAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCCTA-TTACTC
129 AAGTCTATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCCTACTAAC-C
* * *
172 ACTTTAAAAAGTTTTATTATGTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTGTTTCACATTTTTGG-TT
1 ACTTTAAAAAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTT-TTTCACATTTTTGGATT
* * *
236 AAAACAGACTATAATTGAAGGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTGGCTAA-A
65 -AAACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTGG-TAAGA
*
300 AAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTAACC
128 AAAGTCTATTTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCCCTACTAACC
* ** * * * * *
345 GCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGATTA
1 ACTTTAAAAAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTCACATTTTTGGATTA
* * * *
410 AACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTGAAGAAAAA-AGGCATTCATTGGTAAGAA
66 AACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATA--CATTCATTGGTAAGAA
* * *********
474 AAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNAA--
129 AAGTCTATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAA-AGCCCTACTAACC
* * * *
517 A---T----AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTTTACATTTTTGG-TTA
1 ACTTTAAAAAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTCACATTTTTGGATT-
* * * *
573 AAACAGACTA-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAA-AAAAA-GCAATTCATTGATAAGAA
65 AAACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATAC-ATTCATTGGTAAGAA
* *
635 AAGTC-------A--C--CCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TCACTC
129 AAGTCTATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCCTACTAAC-C
** * * * * * **
668 ACTTTAAATGGTTATATAATCTCAAAATTAATTTTAATTTGAATTCTTTGT-ATGTTTTTGG-TC
1 ACTTTAAAAAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATT-TTTTTCACATTTTTGGAT-
* * * * * * * * * *
731 AAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAATTGTGATGAAAAA-AGTATTCATGGGTAAGA
64 TAAACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATA-CATTCATTGGTAAGA
* * *
795 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCC
128 AAAGTCTATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCC
831 TTATTACTCA
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 95, Indels: 83
0.75 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
148 1 0.00
150 13 0.02
151 1 0.00
152 1 0.00
154 2 0.00
158 24 0.05
159 22 0.04
160 31 0.06
161 42 0.08
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163 29 0.06
164 29 0.06
165 25 0.05
168 1 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
171 40 0.08
172 80 0.15
173 166 0.32
174 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
ACTTTAAAAAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTCACATTTTTGGATTA
AACAGACTATAATTGAAGGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAA
GTCTATTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCCTACTAACC
Found at i:2229 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1558--2957 Score: 639
Period size: 170 Copynumber: 8.2 Consensus size: 168
1548 NNNNNNNNNN
* ***
1558 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCACCTAAAAAGATT
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-GGTTAAAAAGATT
* * ** * *
1623 ATAATCGAATGTCTACGTCAAGAAATATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCAT
64 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-AAGAAAAAGA-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-AT
* * * *
1687 TTATAGTCAC-CAAATCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTA-
126 TTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* ********** * * *
1729 AGTGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAAT
1 A-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-AGAT
* * * * * * *
1794 TATAATTTAAT-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAGACAAT-AGTTGACTGA-AAAAGTCCA
63 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-AAGAAAAAGACATTCA-TTG-GTAAGAAAAGTCTA
* * *********** *
1856 TTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAA
125 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* * * *
1900 ATTA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTCAAAAAAAA
1 A-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTGGTT-AAAAAGAT
* * *
1964 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAACCATG-ATG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
63 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA--ATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
* * * * *
2027 TTACAGCCACTCATACCTTCAGAAGCCTTATTACTCACGTTAG
126 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* * * *
2070 ATAGTTTTATAATCTTAAAATTAATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTGGTTGAAAGAGATT
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTGGTT-AAAAAGATT
2135 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
64 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT-AAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTT
* * * *
2200 ATAGTCACTCGTTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTTC
128 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* ********** * *
2241 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATT
1 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTA-AAAAGATT
* * * *
2306 ATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAACATG-AAGAAAAA-AAATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCAT
64 ATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-AT
* * * *
2368 TTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAA
126 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* ********** * *
2411 AT-GATTTTATTATCTCNNNNNNNNNNTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
1 ATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-AGA
* * * * * * ** * *
2475 GTAGAACTAAATGTCTACGTTGAGAAACATG-AAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
62 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
* ********** *
2539 TTTATTGTCAC-CTATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCACTTTA-
125 TTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* * * ** * * *
2582 AGTGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAC
1 A-TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-AGAT
* * *
2647 TA-AATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
63 TATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
**************** * * *
2710 TTATAGTCANNNNNNNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGCTTTAA
126 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
* * *
2753 ATGGTTTTATAATCT-ACAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAACT
1 ATAGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAAGATT
* ** * * * ** ** *
2817 ATAATTGAATGTTTTTCTTGGGGAACATG-AAGCAAAAGCCAACCATTGACATGAAAAGT-TCAT
64 ATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAA-ATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-AT
** ** * * ** * *
2880 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAATGTCTTATTACTTGCTTTAA
126 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
*
2923 ATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGA
1 ATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGA
2958 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 250, Indels: 79
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 14 0.01
170 527 0.56
171 271 0.29
172 119 0.13
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAAAGATTAT
AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACGTTAC
Found at i:6157 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5897--6468 Score: 443
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
5887 TTGAGGAAGA
* * * * * *
5897 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATCTAGAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATGATAGTGTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAGAT
* ** *
5962 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAAATGAACTTTTC
66 TAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGAAC-TTTC
6027 TT-CTCAATGAATGGCTTTTGCTATATGTTTCCCAGGGTAGG
130 TTGC-CAATGAAT-GCTTTTGCTATATGTTTCCCAGGGTAGG
** * *
6068 CATTCAATGATAGTGTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATGAATTATCAGAT
1 CATTCAATGATAGTGTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAGAT
* * * * *
6133 TAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCT
66 TAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGAACTTTCT
* ** ** *
6198 TGCCAATGAATGCTTTT-CTCTTCACATTT-CTTGAGGTAGA
131 TGCCAATGAATGCTTTTGCT-AT-ATGTTTCCCAG-GGTAGG
* * * ******** ** * * *
6238 CATTCAATTATAATCTGTTTTANNNNNNNNNNTAAAAAAAAATTGAACAT-AAAATCAATTTTGA
1 CATTCAATGATAGTGTGTTTTA--ACAAAAAATCTAAAAAAATTCAAC-TGAAAATCAATTATCA
* * * * ** * * * * * *
6302 GATAATAAAACTATTAAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAAATGGACTT
63 GATTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGAAC-T
* * * *
6367 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGA
127 TTCTTGCCAATGAATG-CTTTTGCTAT-ATGTTTCCCAGGGTAGG
* * * * *
6411 CATTCAATGATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
1 CATTCAATGATAGTGTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATT
6469 TTGAGGTTAT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 69, Indels: 24
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 9 0.03
170 43 0.13
171 129 0.40
172 79 0.25
173 51 0.16
174 5 0.02
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
CATTCAATGATAGTGTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATCAGAT
TAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGAACTTTCT
TGCCAATGAATGCTTTTGCTATATGTTTCCCAGGGTAGG
Done.