Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399301.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2570.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6473
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.31
Warning! 767 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:560 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 184--3868 Score: 1938
Period size: 170 Copynumber: 21.6 Consensus size: 167
174 AATATAATCA
* * *
184 AACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * * *
249 GG-CAATGATAAATAGACTTTTGTTGCCATTAAATGGCTTTTTCTTCATATTT-CTTGAGGCATA
66 GGTGACT-ATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTTTT-TTCATGTTTCCTT-AGGTAGA
* * * * * *
312 CACTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAACATAACAAAACTC
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * *
355 AACCTAAATTC-ATTAAT-ATGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCATTAGAAGGCA
1 AACTTAAAATCAATT-ATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * *
418 TGGGTGACTGTAAATAGACTTTTC-TGATCAATAAATCACTTTTTCTTCACGTTTCCTTAGGTGG
64 TGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTG-TCAATGAAT-ACTTTTT-TTCATGTTTCCTTAGGTAG
* * * *
482 ACATTCAATTATAATATGTTTGAAGCAAAAATGTAAAAAAATTTC
125 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAA-TTC
* * * * * *
527 -ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAATGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
591 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATATCTTTTATTTCAGGTTTTCTGAGGTGGAC
66 GGTGACTATAAATG-ACTTTTCT-TGTCAATGAATA-CTTTT-TTTCATGTTTCCTTAGGTAGAC
* *
655 ATTCAAGTATAATATATTTTAACAAAAA-AGGTAAAAAAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATA--TAAAAAAATTC
* * *
697 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACTTAAAACTATTGAAAAAGTGCGAAGTAATGAGGCTTCTCG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTA--TAAAACCATT--TAAA--GCG-AGTAATAAGGCTT-TC-
* * * *
762 GGAAGGCATGGGCTGGACTGTAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTCACT-TTT
57 -GAAGGCATGGG-T-GACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTTT-TTTCA-TGTTT
* * *
826 CCTAAGGCT-GACA-TCCATTATAATCTATTTTAACAAACAATACAAAAAAATTC
115 CCTTAGG-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA-AATATAAAAAAATTC
* * *
879 AACTTAAAATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** * ** * *
944 GATGGCTATCAATGGACTTTTCACGCCAATGAATGGTATTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACAT
66 GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATACT-TTTTTTCATGTTTCCTTAGGTAGACAT
* **
1009 TCAATTATAACCT-TTTCTAA-TGAAATAGTTAAAAAAA-TC
129 TCAATTATAATCTATTT-TAACAAAAATA--TAAAAAAATTC
* * * * * * *
1048 GACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGCATGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
1113 AGTGACTATAAATGCACTTTT-GTCTCGAAT-AGATAGCTTTTGTTTTATGTTTCC-TATGGCAG
66 GGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTC-AATGA-ATA-CTTTT-TTTCATGTTTCCTTA-GGTAG
* * * *
1175 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAGTGTAAAAAAATTA
125 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
1219 AACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGTCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * *
1283 GGCGA-TGATAAATAGACTTTTCTT-TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTCAAGCA
66 GGTGACT-ATAAAT-GACTTTTCTTGT-C-AATGAAT-ACTTTTT-TTCATGTTTCCTT-AGGTA
** *
1345 GACACTT-AAACATAATCTATTTTAACCAAAAACT-TAAAACAATTC
124 GACA-TTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAA-TATAAAAAAATTC
* * * * * *
1390 AACTTAAATTC-ATTAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTGGAAGCCAT
1 AACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * *
1454 GGGTGACTGTAAATGGACTTGTCTTGCCAATAAATAGTTTTTTCTTCATATTT-CTTGAGGTAGA
65 GGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATA-CTTTTT-TTCATGTTTCCTT-AGGTAGA
* * * *
1518 CATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATATAAAAAAACTC
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * ** * * *
1561 CACTT--AATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAATACTTTTGAATGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * *
1624 AGTAACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGTA-TTTTGTTTTAGGTTTCCTGAGGTAGA
66 GGTGACTATAAATG-ACTTTTCT-TGTCAAT-GA-ATACTTTT-TTTCATGTTTCCTTAGGTAGA
* *
1687 CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * **
1730 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATGAGATTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *** * *
1795 GGTGACTATAAGTAGA-GTTTCTTG-CTAATGGATGGCTTGCGCTTCA-GTTTCCCTAAGGCAGA
66 GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTC-AATGAAT-ACTT-TTTTTCATGTTT-CCTTAGGTAGA
*
1857 CA-TCTAATTATAATCTATTTTAACAAACAATATAAAAAAATTT
126 CATTC-AATTATAATCTATTTTAACAAA-AATATAAAAAAATTC
* * ** * * *
1900 AACTTAAAATAAATTATAAGGCTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCAGG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** * * *
1965 GGCGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGTATTTTTTCAAGTTTTCTGAGGTAGACAT
66 GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATACT-TTTTTTCATGTTTCCTTAGGTAGACAT
* * * * *
2030 TCAATTATAATCTGTTCTAATAAAAA-ACTTTAAAAAATTG
129 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATA--TAAAAAAATTC
* * * *
2070 AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTCGAATGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * *
2135 GAGTGACTATAAATGCACTTCTC-TCTCAAAT-AGATGGCTTTTACTCCATGTTTCC-TATGGCA
65 GGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTC-AATGA-AT-ACTTTT-TTTCATGTTTCCTTA-GGTA
* * * * *
2197 GAGATTCAATTATAATCTATATTTACCAATAGTATAAAAAAATTA
124 GACATTCAATTATAATCTAT-TTTAACAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
2242 AACTTAAAATTAATTAGGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * ** * ** * *
2306 AGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCACATCTCCGAAGGCAGGCA
66 GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATA-CTTTTT-TTCATGTTTCCTTAGGTAGACA
* *
2371 TTCAAATATAATCTATTTTAACAAAACTATAAAAAAATTC
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *** * *
2411 AACTTAAAAT-AAGTTATTAGATTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAAATTTTTGAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
** * * ******** ** * *
2475 CAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAANNNNNNNNNNTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGAC
65 GGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAA--TGAATACTTTTTTTCATGTTTCCTTAGGTAGAC
* * * * *
2540 ATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTT
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
2582 AACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CAAGTAATAATGCTCTCGAAAGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * ** *
2645 AGTGACTATACATGAATTTTTCTT-TCTAATGGATGACTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGAGATA
66 GGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTC-AATGAAT-ACTTTTT-TTCATGTTTCCT-TAG-G-TA
* * * * *
2708 GATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTA
124 GACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTC
* *************** * *
2753 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
2818 AGTGACTGTAAATGGTCTTTTCTTG-CAATGAATCACTTTTTATTCATGTTT-CTCATGGAAGAC
66 GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTTTT-TTCATGTTTCCTTA-GGTAGAC
* * * * * * *
2881 ACTCAAATATTATCTTTTTTCATCAAATATGTAAAAAAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTT-AACAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * * *
2923 AACGTAAAATCAATTATGAGATTCTAGAACCATTCAAATCGAGTAATACA-GCTTTCAAAGCCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * ** * * * *
2987 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGTCAATGGATGGCTTTTGCTCTATGTTTCC-CAAGCAAAC
65 GGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTTTTTTC-ATGTTTCCTTAGGTAGAC
* * ********
3051 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAANNNNNNNN
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
** * * * *
3093 NNCTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT-GAAAAGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCAT
* * ** **
3156 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCTA-
65 GGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTC-AATGAATA-CTTTTT-TTCATGTTTCCTTAGG-TAG
* * * * * * ****
3219 ACATTCAAATATAATTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAACANNNN
125 ACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
****** * * * * * *
3263 NNNNNNAAATAAACTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * ** * * *
3328 AGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTATCAGTGGATGGCTTTAGCTTCATGCTTCCTAAAGTAGACA
66 GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTT-TTTTCATGTTTCCTTAGGTAGACA
* * *
3393 TTCAATTATGATATATTTTAA-ACAAAATATAAAAAAATTT
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACA-AAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
3433 AACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * ** * **********
3498 TGG-GACTATAAATATACTTTTCTTATTAGTGAGTGGCTTTTGCATCATATTTCNNNNNNNNNNC
66 -GGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAAT-ACTTTT-TTTCATGTTTCCTTAGGTAGAC
* *
3562 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTC
* * * ** * *
3604 AA-TGTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATATAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
1 AACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
********** * ** * ** * *
3668 GNNNNNNNNNNAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTTCACATTTTCGAAGATAGAT
65 GGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAATGAATA-C-TTTTTTTCATGTTTCCTTAGGTAGAC
* * * *
3733 ATTCAAATATGATCTGTTTTAACAAAAA-AGGAAAAAAAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATA--TAAAAAAATTC
* * * * * * * *
3775 AACTT-AAATCAATTATGAGATTGTAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATGAGGGTTTCGAACGCTTC
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* *
3839 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
66 GGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGTCAAT
3869 AGAAGGCTTT
Statistics
Matches: 2704, Mismatches: 647, Indels: 327
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 22 0.01
169 402 0.15
170 972 0.36
171 900 0.33
172 191 0.07
173 53 0.02
174 4 0.00
175 15 0.01
176 3 0.00
177 3 0.00
178 14 0.01
179 2 0.00
180 9 0.00
181 8 0.00
182 55 0.02
183 48 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (167 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
GGTGACTATAAATGACTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTTCATGTTTCCTTAGGTAGACATTC
AATTATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTC
Found at i:1596 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 183--2778 Score: 2331
Period size: 511 Copynumber: 5.1 Consensus size: 509
173 AAATATAATC
* * *
183 AAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
1 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * *
248 GGGCAATGATAAATAGACTTTTGTTGCCATTAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTT-GAGGCATA
66 GGGCGATGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTCTTCAAGGCAGA
* * * * * *
312 CACTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAAC-ATAACAAAACTCAACCTAAATTCATTAATATGA
130 CA-TTAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATT-ATAAGA
* * * * * *
376 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCATTAGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTT
192 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * *
441 C-TGATCAATAAATCACT-TTTTCTTCACGTTTCCTTAGGTGGACATTCAATTATAATATGTTTG
257 CATG-CCAATAAAT-AGTATTTT-TTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * *
504 AAGCAAAAAT-GTAAAAAAATTTCACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAGACTATTTAAAGCGA
319 AA-TAAAAATATTAAAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGA
* * * *
568 GTAATAATGCTTTCGAATGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGATATCTTTTA
382 GTAATAAAGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATAGATAGCTTTTA
* ** *
633 TTTCAGGTTTTCTGAGGTGGACATTCAAGTATAATATATTTTAACAAAAAAG-GTAAAAAAATT
447 TTTCAGGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAGTGTAAAAAAATT
* * * * *
696 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTACTTAAAACTATTGAAAAAGTGCGAAGTAATGAGGCTTCTC
1 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTA--TAAAACCATT-TAAAA---CG-AGTAATAAAGCTT-TC
* * *
761 GGGAAGGCATGGGCTGGACTG-TAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGT-TTCACTT
58 --GAAGGCATGGGC--GA-TGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCA-TT
* * ** * *
824 TTCCT-AAGGCTGACATCCATTATAATCTATTTTAACAAACAA-TACAAAAAAATTCAACTTAAA
116 TTCTTCAAGGCAGACATTAAATATAATCTATTTTAACAAA-AACTATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
887 ATCAGTTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAAGGATGGCTA
180 TTCA-TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * *
952 TCAATGGACTTTTCACGCCAATGAATGGTATTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTAT
244 TAAATGGACTTTTCATGCCAATAAATAGTATTTTTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAT
** * * * *
1017 AACCT-TTTCTAAT-GAAATAGTTAAAAAAA-TCGACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACC
309 AATATGTTT-TAATAAAAATA-TTAAAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTACAAAACT
* * * * *
1079 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGCATGCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTGTCTCGAATA
371 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATA
* * * * * *
1144 GATAGCTTTTGTTTTATGTTTCCT-ATGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAGTG
436 GATAGCTTTTATTTCAGGTTTCCTGA-GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAGTG
1208 TAAAAAAATT
500 TAAAAAAATT
* *
1218 AAACTTAAAATCAATTAGGAGATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGTCAT
1 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT
* *
1282 GGGCGATGATAAATAGACTTTTCTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAA-GCAG
66 GGGCGATGATAAATAGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTCTTCAAGGCAG
* *
1346 ACACTTAAACATAATCTATTTTAACCAAAAACT-TAAAACAATTCAACTTAAATTCATTAATAAG
129 ACA-TTAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATT-ATAAG
* * * * * *
1410 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGGTTTGGAAGCCATGGGTGACTGTAAATGGACTTG
191 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* *
1475 TCTTGCCAATAAATAGTTTTTTCTTCATA-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
256 TCATGCCAATAAATAGTATTTT-TTCATATTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
*
1539 AAGTAAAAATA-TAAAAAAACTCCACTT-AATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAG
319 AA-TAAAAATATTAAAAAAATTCCACTTAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAG
* * * * * *
1602 CAATAATA-CTTTTGAATGTATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGAT-GTATTTT
383 TAATAA-AGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATAGATAG-CTTTT
* * * *
1665 GTTTTAGGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
446 ATTTCAGGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATT
* * *
1729 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAAT-GAGATTTTCGAAGGC
1 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-CGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGGC
* * * * * *** * *
1792 ATGGGTGACT-ATAAGTAGA-GTTTCTTGCTAATGGATGGCTTGCGCTTCAGTTTC-CCTAAGGC
64 ATGGGCGA-TGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTCTTC-AAGGC
* * **
1854 AGACATCTAATTATAATCTATTTTAACAAACAA-TATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATA
127 AGACAT-TAAATATAATCTATTTTAACAAA-AACTATAAAAAAATTCAACTT-AAATTCATTATA
** * * * *
1918 AGGCTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCAGGGGCGACTATAAATGGACT
189 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
1983 TTTCATGCCAATGAATGGTATTTTTTCA-AGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTC
254 TTTCATGCCAATAAATAGTATTTTTTCATA-TTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
* **
2047 TAATAAAAA-ACTTTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAACTATTTAAAGC
318 TAATAAAAATA-TTAAAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTAC-AAAACTATTTAAAGC
* * * * * *
2111 GAGTAGTAAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGCACTTCTCTCTCAAATAGATGGCTTT
380 GAGTAATAAAGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATAGATAGCTTT
* * * * * * * *
2176 TACTCCATGTTTCCT-ATGGCAGAGATTCAATTATAATCTATATTT-ACCAATAGTATAAAAAAA
445 TATTTCAGGTTTCCTGA-GGCAGACATTCAATTATAATATAT-TTTAACAAAAAGTGTAAAAAAA
2239 TT
508 TT
* * * * *
2241 AAACTTAAAATTAATTAGGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAT
1 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * ** * *
2305 GAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCA-CATCTCCGAAGGCAGG
66 GGGCGATGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTCTTC-AAGGCAGA
* * *
2369 CATTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAGTTATTAGAT
130 CATT-AAATATAATCTATTTTAACAAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAATTCA-TTATAAGAT
* * *** * * **
2433 TATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAAATTTTTGAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTC
193 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
********* ** ** * * * *
2498 ATGCCAANNNNNNNNNNTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAT
258 ATGCCAA-TAAATAGTATTTTTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT
* ** * * *
2563 AAAAA-ATATAAAAACATTTAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CAAGTA
322 AAAAATAT-TAAAAAAATTCCACTT-AAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * *
2625 ATAATGCTCTCGAAAGTATGAGTGACTATACATGAATTTTTCTTTCTAATGGAT-GACTTTT-TC
385 ATAAAGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATAGATAG-CTTTTAT-
** * ** * * * * *
2688 TTCACATTTCTCAAGAGATAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA-TATAAAACAATT
448 TTCAGGTTTC-C-TGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAGTGTAAAAAAATT
*
2752 AAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
1 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
2779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1707, Mismatches: 293, Indels: 167
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
507 1 0.00
508 11 0.01
509 134 0.08
510 197 0.12
511 527 0.31
512 345 0.20
513 40 0.02
514 16 0.01
515 11 0.01
516 4 0.00
518 4 0.00
519 9 0.01
520 13 0.01
521 11 0.01
522 167 0.10
523 55 0.03
524 111 0.07
525 47 0.03
526 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT
GGGCGATGATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTCTTCAAGGCAGAC
ATTAAATATAATCTATTTTAACAAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAATTCATTATAAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATG
CCAATAAATAGTATTTTTTCATATTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
ATATTAAAAAAATTCCACTTAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG
CTTTCGAATGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATAGATAGCTTTTATTTCAGGTT
TCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAATT
Found at i:4644 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4469--4829 Score: 398
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
4459 NNNNNNNNNN
* *
4469 ATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTATA-TTT-TCT-ATTAAAATAGATTACAAT
1 ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTT-TACTTTAT-TGATTAAAACAGATTACAAT
* ** ** *
4530 TCAATACCTGTC-TCAAAAAATGTGTAAAAAACCCAATT-ATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATA
64 TCAATACCT-ACATCAAAAAACATAAAAAAAACCC-ATTCA-TTGGTAAGAAAAATCCATTTATA
** *
4592 ATCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTAGTCGCTTTAAATAGTTTT
126 ATCTCCCATTCCTTCAAAAG-CTTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* *
4638 ATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACTTTATTGATTAAAACAGGTTATAATT
1 ATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACTTTATTGATTAAAACAGATTACAATT
* ** * ** * *
4702 GAATGTCTACATCAAGAAACATAAAAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATTCATTTATAGTCT
65 CAATACCTACATCAAAAAACATAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAATCT
4767 CCCATTCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
130 CCCATTCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
4809 ATAATCTCATAATTGATTTTA
1 ATAATCTAATAATTGATTTTA
4830 TGTTCAGTTT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 22, Indels: 18
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.14
170 28 0.17
171 110 0.69
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTTACTTTATTGATTAAAACAGATTACAATTC
AATACCTACATCAAAAAACATAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAATCTC
CCATTCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
Found at i:5360 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4860--5360 Score: 521
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
4850 TAATTGGTTA
* * *
4860 AAACGTGAAG-AAAAAGTCATTTATTGG-CAAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTC-ATTCCTTCA
1 AAACATGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGGTC-AGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCAATTCCTTCA
* * * *
4922 AAAGCCTTATTACCCATTTTAAATAGTTAT-TTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * *
4986 GACATTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
128 -ACATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAG
* * * *
5030 AAACCTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCCAATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTCAT-CAATTCCTTCAAA
** **********
5094 AGCCTTATTACTC-GCTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTA
65 AGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTA
* * * * *
5158 CTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTACATCAAG
129 C-ATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAG
* *
5201 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCTTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAA
* * * * *
5266 GCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTACA
66 GCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
*
5331 TTTCAT-ATTAAAACAAACTATAATTGAATG
131 TTT--TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
5361 CCTATCTTGA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 58, Indels: 21
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.01
170 89 0.34
171 137 0.52
172 32 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACATCAAG
Found at i:5386 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4859--5457 Score: 514
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
4849 ATAATTGGTT
* *
4859 AAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTTATTGG-CAAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTC-ATTCCTTC
1 AAAACGTGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGGTC-AGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCAATTCCTTC
* * * *
4921 AAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATAGTTAT-TTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* *
4985 TGACATTTTGGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
128 T-ACATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-CTTGA
* * * * *
5029 GAAACCTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCCAATTCCTTCAA
1 AAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTCAT-CAATTCCTTCAA
** **********
5093 AAGCCTTATTACTC-GCTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTT
65 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTT
* * * * * * *
5157 ACTTTTTTGGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTACATCA
129 AC-ATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACTTGA
* * *
5199 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAATTCTTTCAA
1 A-AAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAA
* * * * *
5264 AAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
* *
5329 CATTTCAT-ATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTATCTTGA
130 CATTT--TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-CTTGA
* *** * * * * * *
5371 AAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTCTTTC-ATTCCTTTA
1 AAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCA-TTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTC-ATCAATTCCTTCA
* **
5434 AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAAT
64 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
5458 GCTTTNNNNN
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 79, Indels: 29
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.01
170 91 0.27
171 198 0.59
172 42 0.13
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTCAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCAATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
ATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACTTGA
Found at i:6266 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5970--6349 Score: 485
Period size: 173 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
5960 NNNNNNNNNN
* * *
5970 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGATGAAACCA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGATGAAAACA
* **
6035 GAATATAATTGAATGTCTACCTAATGAAATGTGAAGAAAAAAGCATACACTAGCAAGAAAAGTCT
66 GAATATAATTGAATGTCTACCTAATAAAACATGAAGAAAAAAGCATACACTAGCAAGAAAAGTCT
* * ** * * ** *
6100 ATTTATA-TGCTCCTGTTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTT
131 ATTCATAGT-CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAACGCCT
* * * *
6142 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTT-TGCATTTTTGATTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTAT--ATTTTTGATGAAAA
* * * * * * *
6206 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGT
64 CAGAATATAATTGAATGTCTACCTAATAAAACATGAAGAAAAAAGCATACACTAGCAAGAAAAGT
6271 CTATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAACGCCT
129 CTATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAACGCCT
6315 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
6350 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 28, Indels: 5
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.01
172 42 0.24
173 133 0.75
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGATGAAAACA
GAATATAATTGAATGTCTACCTAATAAAACATGAAGAAAAAAGCATACACTAGCAAGAAAAGTCT
ATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAAACGCCT
Done.