Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399309.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2578.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.20, C:0.08, G:0.07, T:0.22
Warning! 3454 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3235 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2928--5104 Score: 1853
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 168
2918 NNNNNNNNNN
* * * *
2928 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCAATAAAACGAAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC-AGC
* * * * * * *
2993 TATAATGGAATGTCAATCACAAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATA
65 TATAATTGAATGTCTAT-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
3058 TATAACCTCCCAATCCTTCAAAAGGCTTATTATTAGCTTTA
129 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTA-CTTTA
* * * * * * *
3099 AACGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGATTAAAACAGGT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCT
* * *
3164 AATAATTGAATGTCTATTACAAGAAATGTGGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCTATT
66 -ATAATTGAATGTCTATT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * *
3229 TATAACCTCCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT-ACTTTA
* * * * *
3270 AATGGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGA-TAAAACAGG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTCATTAAAACA-G
* * * * ** *
3334 CTATAATTGAATGTCTGACTT-AAGAACCATGAGGAAAAAAGCATTAATTGATAACAAAAGTCTA
64 CTATAATTGAATGTCT-A-TTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* ** * * * * *
3398 TGTATAGCCTCGTAGTCCTTCAACAGCATTTTTACT-CATTCTA
127 TTTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTAC-TT-TA
* * * * *
3441 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAACTTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-C
* *
3506 TATAATTGAATGTCT-TCTTAAGAAACGTAAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
65 TATAATTGAATGTCTAT-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* ** *
3569 TTACAGCCTCTTATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
128 TTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTAC-TACTTTA
* * * * *** * * * *
3611 AGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTGGAAGACTTTCATATTTTTTATTAAAATAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-C
* * * ** * * *
3676 AATAATTGAATTTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCTAT-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * ** * *
3741 TATAGTCACCCATTCCTAGAAAAGAGTTATTGCTCGCTTTA
129 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT-ACTTTA
* *
3782 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-C
* ** * ** * *
3847 TACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATACGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCT-ATTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * *
3912 TATAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACT-CATTCTA
129 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTAC-TT-TA
* * * *
3953 AATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-C
* * * * * *
4018 TATAATTGAATGGT-TGCCTT-GAGAAGCATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTA
65 TATAATTGAAT-GTCT--ATTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * * * * * *
4081 TGTACAACCTTCCATTGCTTTGAACA-CCTTACTACTCACTTTA
127 TTTATAGCCTCCCATT-CCTTGAAAAGCCTTATTACT-ACTTTA
* * **
4124 AATGGTTTTATAATCTAATAATTGGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC-AG
* * * * * ** *
4189 CTATCA-T--CTG-CTATGC--GAATCGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATT
64 CTATAATTGAATGTCTATTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
4248 TATAGCCTCCAAGTCCTTTAACAGCCTTTTTACT-CATTCTA
129 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTAC-TT-TA
*
4289 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAG-
* * * * * *
4354 GTATAATTGAATGTCTA-CCATGAAAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
64 CTATAATTGAATGTCTATTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * * *
4418 TTTACAGCCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
127 TTTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTAC-TACTTTA
* * * * *
4461 AGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTACA-TTGAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-
* ** * * * *
4525 CAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
64 CTATAATTGAATGTCTAT-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * **
4590 TTATAGGCACCCATTCCTTTAAAAGACTTCTCGCTAGCTTTA
128 TTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTA-CTTTA
* * *
4632 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-C
** * * * ** * *
4697 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCTTTGATACGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCT-ATTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
** *
4762 TATAGCCTCCCATTCCTTGATCAGCCTTTTTACT-CGTTCTA
129 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTAC-TT-TA
* * * * **
4803 AATGATTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTGATGTTTTTCATTAAAACAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-C
* * *
4867 TATAATTGAATGT-T-TTCCCTAAGAAGCATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
65 TATAATTGAATGTCTATT--C-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * * * *
4930 TTTACAACCTCTCATTCCTTTGACAA-CTTTATTACTAACTTTA
127 TTTATAGCCTCCCATTCC-TTGAAAAGCCTTATTACT-ACTTTA
* * * * * * *
4973 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCT
* * * ** *
5038 AATAATTGAATGTCTATTTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGTATTCATTATCAAGAAAAGTCCATT
66 -ATAATTGAATGTCTA-TTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
5103 TA
129 TA
5105 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1631, Mismatches: 310, Indels: 130
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 30 0.02
165 96 0.06
166 2 0.00
167 1 0.00
168 6 0.00
169 16 0.01
170 269 0.16
171 1026 0.63
172 172 0.11
173 9 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCT
ATAATTGAATGTCTATTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
TAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTACTTTA
Found at i:3997 original size:512 final size:518
Alignment explanation
Indices: 2928--5104 Score: 2199
Period size: 512 Copynumber: 4.3 Consensus size: 518
2918 NNNNNNNNNN
* * * *
2928 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCAATAAAAC-GAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-A
* * *** *
2992 CTATAATGGAATGTCAATCACAAGAAACGTGAAG-AAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
3056 TATATAACCTCCCAATCC-TTCAAAAGGCTTATTA-TTAGCTTTAAACGGTTTTATAATCTAATA
130 TTTACAACCTCCCATTCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATA
* * * **
3119 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGATTAAAACAGGTAATAATTGAATGTCTAT-TA
195 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTA
** * * * * * * *
3183 CAAGAAATGTGGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCTATTTATAACCTCCCACTCCTTC
260 CAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTG
* * * * *
3248 AAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
325 AAAAGCCTTATTACTCGCTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * * *
3312 TTAAATTTTTTGA-TAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGACTTAAGAACCATGAGGAAAAAAGC
390 TTACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGC
* * * * * * *
3376 ATTAATTGATAACAAAAGTCTATGTATAGCCTCGT-AGTCCTTCAACAGCATTTTTACTCA-TTC
454 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTC-TCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCACTT-
3439 TA
517 TA
* * * *
3441 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAACTTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGAG
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
* * *
3506 TATAATTGAATGTCT-TCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
66 TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** *
3569 TTACAGCCTCTTATT-CTTTGAAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAA
131 TTACAACCTCCCATTCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAA
* * *** * * * * *
3632 TTGATTTTACGTGGAAGACTTTCATATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATTTTTATCT-T
196 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTAC
* * * * * *
3696 GAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTAGA
261 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTGA
** * * * *
3761 AAAGAGTTATTGCTCGCTT-TAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT
326 AAAGCCTTATTACTCGCTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
*
3825 TACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
391 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * *
3890 TCATTGATACGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCA-TTCTA
456 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCACTT-TA
* * * *
3953 AATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
** * * * * *
4018 TATAATTGAATGGT-TGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAA-AGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTA
66 TATAATTGAAT-GTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
4081 TGTACAACCTTCCATTGCTTTGAACA-CCTTACTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATA
130 TTTACAACCTCCCATTCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATA
* * * * * *
4144 ATTGGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-AGCTATCA-T--CTG-CTA--
195 ATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-CAATAATTGAATGTCTATC
* * * * * * * * *
4202 TGC--GAATCGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTCCAAGTCCT
258 TACAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCT
* * * *
4265 TTAACAGCCTTTTTACTC-ATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
323 TGAAAAGCCTTATTACTCGCTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT
* * * * *
4329 TTTTAACATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCATGAA-AAACGTAAAGAAAAA
388 TTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * *
4393 GGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACT
451 AGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCACT
4458 TTA
516 TTA
* * * * * *
4461 AGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTACA-TTGAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * *
4525 CAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * * ** * *
4589 TTTATAGGCACCCATTCCTTT-AAAAGACTTCTCGC-TAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATA
130 TTTACAACCTCCCATTCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATA
* ** **
4652 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-
195 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTA
* * * *
4716 CAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCTTTGATACGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTG
260 CAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTG
** * * *
4781 ATCAGCCTTTTTACTCG-TTCTAAATGATTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT
325 AAAAGCCTTATTACTCGCTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* ** * * * *
4844 TGATGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCC-CTAAGAAGCATGAAGAAAAAAGA
390 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAAGC
* * ** * *
4908 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAACCTCTCATTCCTTTGACA-ACTTTATTACTAACTTT
454 ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTT-TTACTCACTTT
4972 A
518 A
* * * * *
4973 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGA-
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
* * **
5037 TAATAATTGAATGTCTAT-TTCGAGAAACGTGAAGGAAAA-AGTATTCATTATCAAGAAAAGTCC
66 T-ATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
5100 ATTTA
129 ATTTA
5105 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 240, Indels: 81
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
507 151 0.11
508 250 0.18
509 6 0.00
510 4 0.00
511 19 0.01
512 625 0.45
513 179 0.13
514 148 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (518 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTACAACCTCCCATTCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATCTAC
AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTGA
AAAGCCTTATTACTCGCTTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCACTTTA
Found at i:4027 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2928--5104 Score: 2047
Period size: 342 Copynumber: 6.4 Consensus size: 340
2918 NNNNNNNNNN
*
2928 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCAATAAAAC-GAA
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAG-A
* * * *** *
2992 CTATAATGGAATGTCAATCACAAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
65 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
3057 ATATAACCTCCCAATCCTTCAAAAGGCTTATTATTAGCTTTAAACGGTTTTATAATCTAATAATT
129 TTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
* * * * * **
3122 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATGATTAAAACAG-GTAATAATTGAATGTCTATTACAA
194 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTCCT-CAA
** * * * * * *
3186 GAAATGTGGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCTATTTATAACCTCCCACTCCTTCAAA
257 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTTAAA
*
3251 AGCCTTATTACTCACTTTA
322 AGCCTTTTTACTCACTTTA
* * * * *
3270 AATGGTTTTCTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTTGA-TAAAACAGG
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * * *
3334 CTATAATTGAATGTCTGA-CTTAAGAACCATGAGGAAAAAAGCATTAATTGATAACAAAAGTCTA
65 CTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* ** * * * * * * *
3398 TGTATAGCCTCGTAGTCCTTCAACAGCATTTTTACTC-ATTCTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
128 TTTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTAATAA
* * * * * *
3462 TTGATTTTAAGTTCAACTTTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTTCTTAA
192 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCTCAA
* * * *
3527 GAAACGTAAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTTATT-CTTTGA
257 GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTT-A
* *
3590 AAAGCCTTATTACTTACTTTA
320 AAAGCCTTTTTACTCACTTTA
* * * * * *** * * *
3611 AGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTGGAAGACTTTCATATTTTTTATTAAAATAGAC
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
* * * * *
3676 AATAATTGAATTTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * * * *
3741 TATAGTCACCCATTCCTAGAAAAGAGTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTT
130 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
*
3806 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTGCCTCAAGA
195 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCTCAAGA
** * * * *
3871 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATACGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAACAG
259 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTTAAAAG
3936 CCTTTTTACTCA-TTCTA
324 CCTTTTTACTCACTT-TA
* * * * * *
3953 AATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
* * * *
4018 TATAATTGAATGGT-TGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTAT
66 TATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
4082 GTACAACCTTCCATTGCTTTGAACA-CCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
129 TTATAGCCTCCCATT-CCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
* ** * * *
4146 TGGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-AGCTATCA-T--CTG-CT-ATGC
193 T-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTCCT-C
* * * ** * *
4205 --GAATCGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CAAGTCCTTT
255 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTC-ATTCCTTT
*
4267 AACAGCCTTTTTACTCA-TTCTA
319 AAAAGCCTTTTTACTCACTT-TA
* * *
4289 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGA
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * * * *
4354 GTATAATTGAATGTCTACCATGAAAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTAT
65 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
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4419 TTACAGCCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAATT
129 TTATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
* * * * * **
4484 GATTTTACA-TTGAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTATCTTGA
194 GATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-CCTCAA
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4548 GAAACATGAAGAAAAGAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATTCCTTTAAA
257 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTTAAA
* * **
4613 AGACTTCTCGCT-AGCTTTA
322 AGCCTTTTTACTCA-CTTTA
*
4632 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
* ** * * *
4697 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCTTTGATACGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
** * * * *
4762 TATAGCCTCCCATTCCTTGATCAGCCTTTTTACTCG-TTCTAAATGATTTTAGAATCTCATAATT
130 TATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
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4826 GATTTTAAGTTCAA-TTTTTGATGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCC-CTAA
194 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTCCTC-AA
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4889 GAAGCATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAACCTCTCATTCCTTTGAC
257 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTT-AA
*
4954 AA--CTTTATTACTAACTTTA
321 AAGCCTTT-TTACTCACTTTA
* * * *
4973 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGA-
1 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
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5037 TAATAATTGAATGTCTA-TTTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGTATTCATT-ATCAAGAAAAGTCC
66 T-ATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCC
5100 ATTTA
127 ATTTA
5105 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1502, Mismatches: 282, Indels: 103
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 164 0.11
337 118 0.08
338 1 0.00
339 4 0.00
340 31 0.02
341 461 0.31
342 544 0.36
343 175 0.12
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
ATAGCCTCCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCTCAAGAAA
CATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCATTCCTTTAAAAGCC
TTTTTACTCACTTTA
Done.