Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397459.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_494.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1826 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:294 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--837 Score: 685
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
1 GTT
** * * * * *
4 ACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-AGTAGATATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA-AAGACATTT
* * * ********* * *
68 AATAATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTAAA-ACTAATTATGAGATTACA
65 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAGTC-AATTATGAGATTATA
* ** *
132 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACGGGTG
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * *
175 ACTGTAAATGGACTTTTCTTTCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CTGAGAAAGGCTTTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGAAAGACATTT
* * ** *
239 AATTTTAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTTTACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAA
** * * **
304 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGTGTGGGTG
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * ** *
346 ACTATAAATGGACTATTCTTGT-CAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAAGACATTT
* * * * * * *
410 AATTGTAATCTGTTTGAA-AAAAAATATAAAAAAATTTAACGTAAAATAAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAA
* * **********
474 CACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTG
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * **
516 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCCATCG-ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAAGACATTT
* *
580 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTACAA
65 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAA
* * * *
645 AATCATTTAAAACGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTA
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
********** * * * *
687 ACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGAAAG-CATTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGAAAGACATTT
751 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAGAA-TCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTA-AAGTCAATTATGAGATTATA
815 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
838 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 121, Indels: 30
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 140 0.27
171 376 0.71
172 11 0.02
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Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAAGACATTTA
ATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
Found at i:634 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 117--837 Score: 696
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107 ACTTAAAACT
* * *
117 AATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCACGGGTGACTGTAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT-------C--GTGACTATAA
* * * * *
182 ATGGACTTTTCTTTCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGAAAGGCTTTTAATTTTAA
56 ATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAGACATTTAATTATAA
** *
247 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTTTACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAAAT-ATT
121 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTCAACCTAAAGCCAATTATGAGATTA-AAAAATCATT
* * * * ** * *
311 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGTCAATGAAT
185 TAAAACGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAAT
** * *
376 ATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-TAGACATTCAATTGTAATCTGTTTGAA-AAAAAATATAA
250 ATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAA
*
439 AAAAATTTAACGTAAAATA
314 AAAAATTCAACGTAAAATA
* *
458 AATTATGAGATTATAACACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG----------TGACTATAA
* ** * **
523 ATGGACTTTTCTTACCCATCGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTTAATTATA
56 ATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGAAAGACATTTAATTATA
* * *
587 ATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAACA-TTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTACAAAATCAT
120 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA-ATTTCAACCTAAAGCCAATTATGAGATTAAAAAATCAT
********** *
651 TTAAAACGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGGA
184 TTAAAACGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAA
* * * * *
716 TATCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGAAAGCATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAA
249 TATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAA
* * * *
781 AATAATTCAACTTAGAATC
314 AAAAATTCAACGTAAAATA
800 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
838 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 57, Indels: 29
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
333 1 0.00
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Consensus pattern (332 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAGACATTTAATTATAATCTATTTTAA
TAAAAAATATAAAAAATTTCAACCTAAAGCCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAACGAATA
ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT
CACATTTCCCAAGGAAAGCATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACG
TAAAATA
Found at i:1681 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 940--5526 Score: 2495
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930 NNNNNNNNTG
* * ** * *
940 TTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAATGTGGAGAAAATG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * ********** * * *
1005 ATATCCATGGGTAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTC-GCT
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-T
* * * * *
1069 TTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTTGATTTTAAGTTAAATT
129 TTAAATGATTTTATAAGCTCATAA-TTGAATTTAAGTTGAATT
* ********* * *
1112 TTTTTATATTNNNNNNNNNNAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACATT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAA
** * * ** * **********
1177 GATAT-TCATTGCCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAANNNNNNNNNNTC-G
64 GATATCT-ATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG
* * * * *
1240 CTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAACTGACTTT-AGGTAAACTT
128 -TTTAAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAA-TT
* * * * * * *
1284 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTAAAATTAAAAGCTTTTCTTG-GAAA-ATGTGAAG-AAA
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACTTGAGAAACA--TGAAGAAAA
* * * * ** * * *
1346 ACATATATATT-GACAAGAAAACTCCATTTAAAGTCACCCGTGCCTTTGAAAGCGTTATTACTTA
63 AGATATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
1410 -TTTTAATTAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATT
127 GTTTAAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGA-ATTTAAGTTGAATT
* *
1454 TTTTTATAATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTA-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTT-GAGAAACATGAAGAAAAA
* **********
1519 GATATCTATTGGTAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGT
64 GATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGT
* * * * *
1584 TTAAATGGTTTTATAAGCTTACAATTGACTTCAAGTTGAATT
129 TTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * * * *
1626 TTTTTATATTTTTTATTGAAACAGGTTATAATTGAATGTTTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
1691 ACATCTATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-TC
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGT-
* * * **
1755 TTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTT-ATATT
129 TTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGA-ATT
* ** * * *
1797 TTCTTT-CATTTTTTATTCAAGTAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAA
1 TT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
1861 GATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTAATTAG
64 GATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG
* *
1925 TTTAAATGATTTTATAAGCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATTT
128 TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAA-TT
** * * *
1969 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGGGTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * **********
2034 GTATCCATT-GATGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGNNNNNNNNNNTACTC-GC
65 ATATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-
* * **
2097 TTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATT
128 TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * * *
2140 TTTTCACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * *
2205 ATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-ATGCCTTCGAATGCCTTATTAATCAGT
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGT
* *
2269 TTAAATAATTTTATAAGCTCAAAATTGAATTTAAGTTGAATT
129 TTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * *
2311 TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * **
2376 GTGTCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGGTC-GC
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-
* * **
2439 TTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATT
128 TTTAAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * *** * ** *
2482 TTCTATT--ATTTTTTGTTAGAGTTGAATATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAATGTGAAGTAAA
1 TT-T-TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * ********** * * **
2545 AGGTATCCATT-GACAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-TTTT
63 AGATATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * ** *
2608 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTGAGTTGAATT
127 G-TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
********** * *
2653 TTTTTACATTTTTTNNNNNNNNNNATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAT
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * *
2718 ATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTC-GCTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTC-GC
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-
* * * * ** *
2781 TCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGAATG
128 TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * * ** * *
2824 TTTTTACTTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTATCTTGAGAAATGTGGAGAAAATG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
2889 ATATCCA-TGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGT-TGGCCTTTGAAAGCGTTATTACTT
65 ATATCTATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC-TAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
2952 A-TTTTAATTAGTTTTCTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTT
126 AGTTTAAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGA-ATTTAAGTTGAA-TT
* * * * *
2998 TTTTTATAATTTTTTATTAAAACAGATTTATAATTGCATATCTACTCGACAAACATGAAAGAAAA
1 TTTTTA-CATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACATG-AAGAAAA
*
3063 AGATTTATCTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCATTATTA
63 AGA--TATCT-ATTGGAAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC-TTATTA
* * *
3127 CT--GTTTAAATGGTTTT-TAAGCTTACATATATTGGATTCAAGTTGAATT
123 CTCAGTTTAAATGATTTTATAAGC-T-CATA-ATTGAATTTAAGTTGAATT
* * *
3175 TTTTTATATTTTTTATT-AAACAGGTTATAATTGAATGTTCTATCTTGA-AAAAATGAAG-AAAA
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* *
3237 GACTATCCA-TGGAAAAGAAAAGTCCATTTATAATCCACCCTA--CCTTCGAAAG-CTTATTACT
64 GA-TATCTATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * **
3298 CTA-TCTTAAATGTTTTTGTTATCTCACATATTGGGTTTAAGTT-ATATT
125 C-AGT-TTAAATGATTTTATAAGCTCATA-ATTGAATTTAAGTTGA-ATT
** *
3346 TTCTTT-CATTTTTTTATTCAAAGTTAGAATTA-AATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGAAGT
1 TT-TTTACA-TTTTTTATT-AAA-ACAG-ATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGA
* * * *
3407 AAAAGATGATCCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAATAGTTACTCAATGCCTTCGAAAGTCTTAT
60 AAAAGAT-AT-CTATTGGAAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
3472 TAACTTAGTTTAAATGATTTTATAAGCCCAT-ATTGAA-TTAAGTGTAAATT
121 T-ACTCAGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGT-TGAATT
* ** * * *
3522 TTTTTACA-TTTTTATT--AACAGCATTATTCTATTGAAATGGGTACCTTAAGAAACGTGAAGCA
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAG-ATTA-T-AATTG-AATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
3584 AAAGGTAATCCATT-GAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCCATGCCTTTTGAAAGGCCTTATT
61 AAAGAT-ATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCC-TTCGAAA-GCCTTATT
* * **
3648 ACTC-GCTTTAAAAGTGATTTTGTAATCTCATAATTG-GGTTATAGTTGAAATT
122 ACTCAG-TTT-AAA-TGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTA-AGTTG-AATT
* * *
3700 TTTTCACATTTTTTTATT-AAA-AGATTAT-ATTGAATTGTCGACCTGTGCAGAAATATGAAG-A
1 TTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTA-CT-TG-AGAAACATGAAGAA
* * * *
3761 AAAGATATTCTAGTT-GCATGAAAAGTCC-TTGTATAGTCACACCATG-CTGTCG-ATGCCTTAT
61 AAAGATA-TCTA-TTGGAAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCAC-CTATGCCT-TCGAAAGCCTTAT
*
3822 TAATGTCAGTTTCAAAT-ATTTTATAAGCTCA-AATTGAATTTAAG-TGAATT
121 T-A-CTCAGTTT-AAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * * * * *
3872 TTTTTACATTCTTGTATTAAAA-ATTAATATAATTGAATGATGTGTACCT-ACAGAACATCG-AG
1 TTTTTACATT-TTTTATTAAAACA-GATTATAATTG-A--ATGTCTACTTGAGA-AACAT-GAAG
* * * * * *
3934 AAAAAGGTGTCCATCTGGCAGAGAACAGTCCCACTTTATAGTCACTCCATGAGCCTTCG-AAGCG
59 AAAAAGATATCTAT-TGG-AAAGAAAAGT-CCA-TTTATAGTCAC-CTAT--GCCTTCGAAAGC-
* * * * * *
3998 CATTATT-GTC-CTTTAAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTG-CTTT-GGTTGAACGTT
116 C-TTATTACTCAGTTT-AAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAA--TT
* * * *** **
4053 TTCTATTA-TTTTTCTTGCTTAGAGTTGA--ATAACTTGCAATGTCTAATCTTTGAG-AATGTGA
1 TT-T-TTACATTTT-TT-ATTAAAACAGATTATAA-TTG-AATGTCT-A-C-TTGAGAAACATGA
* * ** **
4114 AGTAAAAGGTATCCCTTGGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCTGCCATGCCTTCGAAAAGC
57 AGAAAAAGATATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCT---ATGCCTTCG-AAAGC
* * * * * ** *
4179 AC-TATT-TTGCTGTTTAAATGGCGGTTATATAATCTCATAATTGGGTTTGAGTTGAATT
116 -CTTATTACT-CAGTTTAAAT---GATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* *
4237 TTTTTACATTTTTTACTAAAAC--ATTATTAATTTGAATGTC-ACCTTGAGAAACAT-AAAAGAA
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA-TAA-TTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGA-AA
* * * * *
4298 AATATATCTATTGGCATGAAAAGGT-CATTTATAGATC-GCTCATGCCTTCG-GAGCCTTATTAC
62 AAGATATCTATTGGAAAGAAAA-GTCCATTTATAG-TCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * ** *
4360 TC-GCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGAAATG
124 TCAG-TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTG-AATT
* ** * *
4408 TTTTT-C--TTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATATCTATCTTGAGAAATGTGGAGAAAATG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * ** *
4469 ATATCCA-TGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GC
65 ATATCTATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-
* * * **
4532 TTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAACTGACTTT-AGATAAAATT
128 TTTAAATGA-TTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAG-TTGAATT
* * * * * * * * * * * *
4575 TTTTTACAATTTTTATTCAAATAGATTAAAATTAAAAGCTTTTCTCGAAAAACGTGAAG-AAAAC
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * *
4639 ATATATATT-GACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCGATGCCTTCG-AAGCGTTATTACTTATT
65 ATATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGT
* * * * * *
4702 TTAATTAATTTTCTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAATT
129 TTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA-ATTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
4744 TTTTTATATTTTTTATTATAGCATATTATAATTGAATATTTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * *
4809 ATAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACT-TGC
65 ATATCT-ATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-
* * * * ** **
4872 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATATTTGGGTCAAAGTTGAATT
128 TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* ** * * *
4915 TCTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGATGAAGGAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * **
4980 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTCTT
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGTT
* * * *
5045 TAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAATT
130 TAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
* * * * * ** *
5086 ATTTTACATTCTTTATTAAAACA-TTTGAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGTAA-AAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATG-AAGAAAA
* * * * * *
5149 AGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTC-AAGAGCCTTATTACTCC
63 AGATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCA
*
5213 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTG-ATTTGAAATTGAATT
127 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTT-AAGTTGAATT
* * * *
5257 TTTTTACATTCTTTATTAAAACA-AGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * ** * * * * * *
5321 GACATCCA-TCAACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACT-TG
64 GATATCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG
* * * **
5384 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTCAA-TTGAATTT
128 -TTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTT-AAGTTGAA-TT
* * * * *
5429 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATTATTGAATGTCTGCCCTGAAAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
*
5494 ATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
5527 TCCCATACCT
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TATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAGTTT
AAATGATTTTATAAGCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
Found at i:1990 original size:514 final size:510
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 8.9 Consensus size: 510
930 NNNNNNNNTG
* * ** * * *
940 TTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAATGTGGAGAAAATG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* ********** * *
1005 ATATCCATGGGTAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTT
66 ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TT
* * * * * ********
1070 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTNNNNNNNNNNAAC
130 TAAATGATTTTATAATCTCATAA-TTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT--TTTTATTAAAC
* * * *
1135 AGATTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATAT-TCATTGCCAAGAATAGT
192 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAGT
** * ********** * ** *
1199 CCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
256 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
* ** * * * * * * * * **
1264 AACTGACTTT-AGGTAAACTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTAAAATTAAAAG-CTTTT
320 AATTGGGTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTC-TAC
* * * * * *
1327 CTTG-GAAAATGTGAAGAAAACATATAT--ATT-GACAAGAAAACTCCATTTAAAGTCACCCGTG
383 CTTGAG-AAACGTGAAGAAAA-AGATATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * * *
1388 CCTTTGAAAGCGTTATTACTTATTTTAATTAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAA
445 CCTTCGAAAGC-TTATTAATTAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-ATTTAAGTTAAA
1452 TTT
508 TTT
*
1455 TTTTATA-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAA
* ********** *
1518 AGATATCTATTGGTAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-G
* * * * * * *
1583 TTTAAATGGTTTTATAAGCTTACAATTGACTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTGAAAC
128 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAAC
* * * * * * **
1648 AGGTTATAATTGAATGTTTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGACATCTATCGAAAAGAAAAGTC
192 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTC
* *
1713 CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCATCTTAAATGTTTTTGTAATCTCATA
257 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-TCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
* **
1778 ATTGGGTTTAAGTT-ATATTTTCTTT-CATTTTTTATTCAAGTAGAATATAATTGAATGTCTACC
321 ATTGGGTTTAAGTTGA-ATTTT-TTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTACC
* *
1841 TTGAGAAACGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTT
384 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *
1906 CGAAAGTCTTATTAATTAGTTTAAAT-GATTTTATAAGCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATTT
449 CGAAAG-CTTATTAATTAGTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTT
*** * *
1969 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGGGTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * **********
2034 GTATCCATTGATGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGNNNNNNNNNNTACTCGCTT
66 ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TT
* * * *
2099 TAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTATTAAAAAAG
130 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAACAG
* * *
2164 ATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCATGAAAAGTCCA
194 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * *
2229 TTTATAGTCACACATGCCTTCGAATGCCTTATTAATCAGT-TTAAATAATTTTATAAGCTCAAAA
259 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC--TCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
** * * * *
2293 TTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTTC
322 TTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
2358 AGAAACATGAAGAAAAAGGTGTCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
387 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
** * * ** *
2423 AAGCCTTATT-GGTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTT
452 AAG-CTTATTAATTAG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTT
* * * *** * * * * *
2483 TCTATT--ATTTTTTGTTAGAGTTGAATATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAATGTGAAGTAAAA
1 T-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** ********** ** *
2546 GGTATCCATTGACAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTTTTGCT
65 GATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-T
* * * ********
2611 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTNNNNNNNNN
129 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAACA
* * * *
2676 NATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATATATCTATTGGCATGAAAAGTCC
193 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
2741 ATTTATAGTCGCTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
258 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCT-TAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
* * * * * *
2806 TTGGCTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTATCTTG
322 TTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
2871 AGAAATGTGGAGAAAATGATATCCA-TGAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTGGCCTT
387 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT-GCCTT
* * * * * * *
2935 TGAAAGCGTTATTACTTATTTTAATTAGTTTTCTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTT
449 CGAAAGC-TTATTAATTAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-ATTTAAGTTAAATTT
* * * * *
2998 TTTTTATAATTTTTTATTAAAACAGATTTATAATTGCATATCTA-CTCGACAAACATGAAAGAAA
1 TTTTTA-CATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAA
3062 AAGATTTATCTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCATTATT
63 AAGA--TATC-CATTGGTAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TTATT
* * * *
3126 ACT-GTTTAAATGGTTTT-TAAGCTTACATATATTG-GATTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
123 ACTCGTTTAAATGATTTTATAATC-T-CATA-ATTGAG-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
3188 TATTAAACAGGTTATAATTGAATGTTCTATCTTGA-AAAAATGAAG-AAAAGACTATCCA-TGGA
184 TATTAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATCTATTGG-
* * * *
3250 AAAGAAAAGTCCATTTATAATCCACCC-TACCTTCGAAAG-CTTATTACTCTATCTTAAATGTTT
246 CAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC--TCTTAAATGGTT
* * **
3313 TTGTTATCTCACATATTGGGTTTAAGTT-ATATTTTCTTT-CATTTTTTTATTCAAAGTTAGAAT
308 TTGTAATCTCATA-ATTGGGTTTAAGTTGA-ATTTT-TTTACA-TTTTTTATT-AAA-AAAGAAT
*
3376 -TAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA--TGAAGTAAAAGATGATCCAATTGGAAAGAAAAGTCCA
367 AT-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATCC-ATTGGAAAGAAAAGTCCA
* * *
3438 TTTAATAGTTACTCAATGCCTTCGAAAGTCTTATTAACTTAGTTTAAAT-GATTTTATAAGCCCA
429 TTT-ATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAG-CTTATTAA-TTAGTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
3502 T-ATTGAA-TTAAGTGTAAA-TT
489 TAATTGAATTTAAGT-TAAATTT
* * * *
3522 TTTTTACA-TTTTTATT--AACAGCATTATTCTATTGAA-ATGGGTACCTTAAGAAACGTGAAGC
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAG-ATTA-T-AATTGAATAT--CTACCTTGAGAAACGTGAAGA
* * *
3583 AAAAGGTAATCCATT-G-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCCATGCCTTTTGAAAGGCCTTA
61 AAAAGAT-ATCCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATGCC-TTCGAAA-GCCTTA
* * *
3646 TTACTCGCTTTAAAAGTGATTTTGTAATCTCATAATTG-GGTTATAGTTGAAATTTTTTCACATT
121 TTACTCG-TTT-AAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTA-AGTTG-AATTTTTTTACA-T
* *
3710 TTTTTATTAAA-AGATTAT-ATTGAATTGTCGACCTGTGCAGAAATATGAAG-AAAAGATATTCT
180 TTTTTATTAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCT-TG-AGAAACATGAAGAAAAAGATA-TCT
* * * *
3772 AGTT-GCATGAAAAGTCC-TTGTATAGTCACACCATG-CTGTCG-ATGCCTTATTAATGTCAGTT
241 A-TTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCAC-CCATGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCTC---T
* * * ** *
3833 TCAAAT-ATTTTATAAGCTCA-AATTGAATTTAAG-TGAATTTTTTTACATTCTTGTATTAAAAA
299 T-AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTTATTAAAAA
** * ** * * * *
3895 TTAATATAATTGAATGATGTGTACCTACAG-AACATCG-AGAAAAAGGTGTCCATCTGGCAGAGA
362 AGAATATAATTG-A--ATGTCTACCTTGAGAAACGT-GAAGAAAAAGATATCCAT-TGG-AAAGA
* ** * **
3958 ACAGTCCCACTTTATAGTCACTCCATGAGCCTTCG-AAGCGCATTATTGTCCTTTAAAATAGTTT
421 AAAGT-CCA-TTTATAGTCACT-CAT--GCCTTCGAAAGCTTATTAAT-TAGTTT-AAATAGTTT
* * * *
4022 TGTAATCTCATAATTG-CTTT-GGTTGAACGTTT
479 TATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT-AA-ATTT
* * * * *** * * *
4054 TCTATTA-TTTTTCTTGCTTAGAGTTGA--ATAACTTGCAATGTCTAATCTTTGAG-AATGTGAA
1 T-TTTTACATTTT-TT-ATTAAAACAGATTATAA-TTG-AATATCT-A-CCTTGAGAAACGTGAA
* * * * **
4115 GTAAAAGGTATCCCTTGGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCTGCCATGCCTTCGAAAAGCA
59 GAAAAAGATATCCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA--C--CCATGCCTTCG-AAAGC-
* * * * * *
4180 CTATTTTGCT-GTTTAAATGGCGGTTATATAATCTCATAATTGGGTTTGAGTTGAATTTTTTTAC
117 CT-TATTACTCGTTTAAAT---GATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
4244 ATTTTTTACTAAA-ACATTATTAATTTGAATGTC-ACCTTGAGAAACAT-AAAAGAAAATATATC
178 ATTTTTTATTAAACAGATTA-TAA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGATATC
* * * * *
4306 TATTGGCATGAAAAGGT-CATTTATAGATCGCTCATGCCTTCG-GAGCCTTATTACTCGCTCTAA
240 TATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCT-TAA
* * *
4369 ATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGAAATGTTTTT-C--TTTTTATT-AAAAAGAT
302 ATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAA
* * * * * *
4430 TATAATTGAATATCTATCTTGAGAAATGTGGAGAAAATGATATCCA-TGAGTAAGAAAAGTCCAT
366 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-GAAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * * *
4494 TTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAC
430 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CTTATTAATTAG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
4558 TGACTTT-AGATAAAATT
493 TGAATTTAAGTTAAATTT
* * * * * * ** * *
4575 TTTTTACAATTTTTATTCAAATAGATTAAAATT-AAAAGCTTTTCTCGAAAAACGTGAAGAAAAC
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-
* ** * * * **
4639 ATATAT--ATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCGATGCCTTCG-AAGCGTTATTACTTAT
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCG
* * * * * *
4701 TTTAATTAATTTTCTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTATAG
128 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAG-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA-AA
* * * * *
4765 CATATTATAATTGAATATTTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGATAT-TCATTGGCAAGAAAAG
191 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAG
*
4829 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
255 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-C-TTAAATGGTTTTGTAATCTC
* ** * ** * * *
4893 ATATTTGGGTCAAAGTTGAATTTCTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTAC
318 ATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTAC
* * * *
4958 CTTGAGAAA-GATGAAGGAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCC
383 CTTGAGAAACG-TGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * * * * *
5022 TTCGAAAGCTTTATTACTCT-CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAA-
447 TTCGAAAGC-TTATTAAT-TAGTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAAT
5084 TT
509 TT
* * * * * * * *
5086 ATTTTACATTCTTTATTAAAACA-TTTGAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGTAA-AAAG
1 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT-ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAA
* *
5149 AGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTC-AAGAGCCTTATTACTCC
64 AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTACT-C
* * *
5213 GTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA-TTTGAAATTGAATTTTTTTACATTCTTTATTAAA
127 GTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT-AA
* * * * * ***
5277 ACA-AGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATCAACAAGAAAA
190 ACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAA
* * * *
5341 GTCCATTTATTGTCACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTGTAATCT
254 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-C-TTAAATGGTTTTGTAATCT
* *
5405 CATAATTGGGTTTCAA-TTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATTATTGAATGTC
317 CATAATTGGGTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTC
* * * *
5469 TGCCCTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
380 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
5527 TCCCATACCT
Statistics
Matches: 3206, Mismatches: 643, Indels: 447
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
GTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
TTATTAATTAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTT
Found at i:2724 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1360--5526 Score: 2763
Period size: 514 Copynumber: 8.0 Consensus size: 508
1350 ATATATTGAC
* * * * * * *** * *
1360 AAGAAAACTCCATTTAAAGTCACCCGTGCCTTTGAAAGCGTTATTACTTATTTTAATTAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * ***
1425 TAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAA--TTTTTATTATTTTTTATTAAAGTTGATTATAATTGA
* * * * * ** **********
1490 ATATCT-ACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCA
128 ATGTCTAACTT-GAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
* * * * * * ** *
1554 CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAAGCTTACAATTGACTTCAA
192 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTAA
* * * * * *
1618 GTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTGAAACAGGTTATAATTGAATGTTTATCTTGAAAAACATG
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-T-AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * ** * * *
1682 AAGAAAAAGACATCTATCGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
319 AAGAAAAATATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCG-AAGCCTTAT
* * *
1747 TACTCA-TCTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAAGTT-ATATTTTCTTTCATTTTT
383 TACTCAGT-TTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTTAAGTTGA-ATTTT-TTTCATTTTT
* * * * *
1810 TATTCAAGTAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGATATCCATTGGA
445 TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA
* * * *
1874 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTAATTAG-TTTAAAT-GATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * * ***
1937 TATAAGCCCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTATT--ATTTTTTATTAAAGTTGATTATAATT
** * * **
2002 GAATGGGTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGATGAGAAAAGTTCATTTATAGTC
126 GAATGTCTAACTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* ********** * * * *
2067 ACCCATGCCTTTGNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTAA
191 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTAA
* * *
2132 GTTGAATTTTTTCACA-TTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATATG
256 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-T-AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
*
2196 AAGAAAAAGATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAATGCCTTAT
319 AAGAAAAATATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAA-GCCTTAT
* * * * *
2261 TAATCAGTTTAAATAATTTTATAAGCTCAAAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
383 TACTCAGTTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTA
* * * * *
2326 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGTGTCCATTGGC
447 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA
* ** *
2388 AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGGTCGCTTTAAATAGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
2453 TAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTCTATTATTTTTTGTTAGAGTTGAATATAATTGAA
66 TAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAATTTT-TATTATTTTTTATTAAAGTTGATTATAATTGAA
* * **********
2518 TGTCTAACTTGAGAAATGTGAAGTAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACC
129 TGTCTAACTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
* *
2583 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTTTTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTGAGTT
194 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTAAGTT
********* *
2648 GAATTTTTTTACATTTTTTNNNNNNNNNNATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGA
259 GAATTTTTTTACATTTTTT-TATAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* *
2713 AAAATATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACT
323 AAAATATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTC-GAAGCCTTATTACT
* * * * * *
2778 C-GCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTTTATTA
387 CAG-TTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTTATTA
* * * ** * * *
2842 AAAAAGATTATAATTGAATATCTATCTTGAGAAATGTGGAGAAAATGATATCCA-TGAGT
450 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG-GA
* * * * *** *
2901 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTGGCCTTTGAAAGCGTTATTACTTATTTTAATTAGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * ***
2966 TCTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTATAATTTTTTATTAAAACAGATTTATAA
64 TATAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAA---TTTTTATTATTTTTTATTAAAGTTGA-TTATAA
* * * * * * * ** *
3031 TTGCATATCT-ACTCGACAAACATGAAAGAAAAAGATTTATCTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
124 TTGAATGTCTAACTTGAGAAACGTG-AAGCAAAAG--GTATC-CATTGACAAGAAAAGTTCATTT
* *
3095 AATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCATTATTAC-TG-TTTAAATGGTTTT-TAAGCTTACATAT
185 -ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC-T-CATA-
* * * * * *
3156 ATTGGATTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAACAGGTTATAATTGAATGTTCTATCT
245 ATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-TAAAAAGATTATAATTGAATG-TCTACCT
* * * * * * * *
3220 TGA-AAAAATGAAGAAAAGA-CTATCCA-TGGAAAAGAAAAGTCCATTTATAATC-CACCCTACC
308 TGAGAAACATGAAGAAAA-ATATATCTATTGG-CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACA-CATGCC
* * * *
3281 TTCGAAAG-CTTATTACTCTA-TCTTAAATGTTTTTGTTATCTCACATATTGGGTTTAAGTT-AT
370 TTCG-AAGCCTTATTACTC-AGT-TTAAATGATTTTGTAATCTCA-AAATTGGATTTAAGTTGA-
*
3343 ATTTTCTTTCATTTTTTTATTCAAAGTTAGAATTA-AATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGAA
430 ATTTT-TTTCA-TTTTTTATT-AAA-ATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
*
3405 GTAAAAGATGATCCAATTGGA
490 GAAAAAGAT-ATCC-ATTGGA
* * *
3426 AAGAAAAGTCCATTTAATAGTTACTCAATGCCTTCGAAAGTCTTATTAACTTAG-TTTAAAT-GA
1 AAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATT-AC-TCGCTTTAAATAG-
* * * * * *
3489 TTTTATAAGCCCAT-ATTGAATTAAGTGTAAATTTTT-TTACATTTTTATTAACAGCATT-ATTC
61 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGT-TGAATTTTTATTA-TTTTTTATTAA-AG--TTGATTA
** * * *
3551 T-ATTGAAATGGGTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGGTAATCCATTGA-GAGAAAAGTTCATT
121 TAATTG-AATGTCTAACTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGGT-ATCCATTGACAAGAAAAGTTCATT
* * * * *
3614 TATAGTCACCCCATGCCTTTTGAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTGATTTTGTAATCTCAT
184 TATAGTCA-CCCATGCC-TTCGAAA-GCCTTATTTCTTGCTTT-AAA-TGGTTTTATAATCTCAT
* * *
3679 AATTGGG-TTATAGTTGAAATTTTTTCACATTTTTTTATTAAAAGATTAT-ATTGAATTGTCGAC
244 AATTGGGTTTA-AGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTTATAAAAAGATTATAATTGAA-TGTCTAC
*
3742 CTGTGCAGAAATATGAAGAAAAGATAT-TCTAGTT-GCATGAAAAGTCC-TTGTATAGTCACACC
306 CT-TG-AGAAACATGAAGAAAA-ATATATCTA-TTGGCATGAAAAGTCCATT-TATAGTCACA-C
* * * * *
3804 ATG-CTGTCGATGCCTTATTAATGTCAGTTTCAAAT-ATTTTATAAGCTC-AAATTGAATTTAAG
365 ATGCCT-TCGAAGCCTTATT-A-CTCAGTTT-AAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTTAAG
* * **
3866 -TGAATTTTTTTACATTCTTGTATTAAAAATTA-A-TATAATTGAATGATGTGTACCTACAG-AA
426 TTGAATTTTTTT-CATT-TTTTATT-AAAA-TAGATTATAATTG-A--ATGTCTACCTTGAGAAA
* *
3927 CATCG-AGAAAAAGGTGTCCATCTGGCA
484 CAT-GAAGAAAAAGATATCCAT-TGG-A
* * *
3954 GAGAACAGTCCCACTTTATAGTCACTCCATGAGCCTTCG-AAGCGCATTATT-GTC-CTTTAAAA
1 AAGAAAAGT-CCA-TTTATAGTCACT-CAT--GCCTTCGAAAGC-C-TTATTACTCGCTTT-AAA
* * * * *
4016 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGCTTT-GGTTGAACGTTTTCTATTATTTTTCTTGCTTAGAGTTG
58 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAA--TTTT-TATTA-TTTT-TT-ATTAAAGTTG
* * *
4080 A--ATAACTTGCAATGTCTAATCTTTGAG-AATGTGAAGTAAAAGGTATCCCTTGGACAAGAAAA
117 ATTATAA-TTG-AATGTCTAA-C-TTGAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATT-GACAAGAAAA
*
4142 GTTTATTTATAGTCACCCTGCCATGCCTTCGAAAAGCAC-TA-TT-TTGCTGTTTAAATGGCGGT
177 GTTCATTTATAGTCA--C--CCATGCCTTCG-AAAGC-CTTATTTCTTGC--TTTAAAT---GGT
* * *
4204 TATATAATCTCATAATTGGGTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTACT-AAAACATTATTAA
231 TTTATAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-TAAAAAGATTA-TAA
*
4267 TTTGAATGTC-ACCTTGAGAAACAT-AAAAGAAAATATATCTATTGGCATGAAAAGGT-CATTTA
294 -TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAATATATCTATTGGCATGAAAA-GTCCATTTA
* * * * * *
4329 TAGATCGCTCATGCCTTCGGAGCCTTATTACTC-GCTCTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGG
356 TAG-TCACACATGCCTTCGAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGG
* * * *
4393 CTTTAAGTTGAAATGTTTTTC--TTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATATCTATCTTGAGAA
419 ATTTAAGTTG-AATTTTTTTCATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
** * * *
4455 ATGTGGAGAAAATGATATCCA-TGAGT
483 ACATGAAGAAAAAGATATCCATTG-GA
* ** * *
4481 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* ** * * *
4546 TAATCTCATAACTGACTTT-AGATAAAATTTTT-TTACAATTTTTATTCAAA-TAGATTAAAATT
66 TAATCTCATAATTGA-TTTAAG-TTGAATTTTTATT--ATTTTTTATT-AAAGTTGATTATAATT
* * ** * * ** ** * *
4608 AAAAG-CTTTTCTCGAAAAACGTGAAG-AAAACATATATATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGT
126 GAATGTC-TAACTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGT
* * * ** * ** * * *
4671 CACCGATGCCTTCG-AAGCGTTATTACTTATTTTAATTAATTTTCTAATCTCATAATTAGTTTTA
190 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTA
* * ** * * * * *
4735 AGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTTATTATAGCATATTATAATTGAATATTTACCTCGACAAACAT
255 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTA-TA-AAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * *
4799 GAAGAAAAAGATAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
318 GAAGAAAAATATATCT-ATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCG-AAGCCTT
* * * * * **
4863 ATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATATTTGGGTCAAAGTTGAATTTCTTTGT-ATTT
381 ATTACTCAG-TTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTTAAGTTGAATTT-TTT-TCATTT
* * * *
4926 TTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGATGAAGGAAAAGATATCCATTGG
443 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
*
4991 C
508 A
* * * *
4992 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * *
5056 ATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTGAATTATTT-TACATTCTTTATTAAAACATT--TGAGAAT
65 ATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-TTTAT-TATTTTTTATT-AAA-GTTGATTATAAT
* * * * * *
5118 TAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGTAA--AAAGAGATATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTAT
125 TGAATGTCTAACTTGAGAAACGTG-AAGCAAA-AGGTATCCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * *
5180 AGTCACCCATGGCTTC-AAGAGCCTTATTAC-TCCGTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAATT-G
187 AGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTTCTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGG
* * *
5242 ATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTCTTTATTA-AAACAAG-TTATAATTAAATGTCTACCTTGA
250 GTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATT-TTT-TTATAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * *** * * * * * *
5305 GAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATCAACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACTTTTGAA
311 GAAACATGAAGAAAAATATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCG-A
* * * *
5370 AGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGGTTTCAA-TTGAATTTTTTT
375 AGCCTTATTACTCAG-TTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTT-AAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * *
5433 TACATTTTTTATTAAAACAGAATATTATTGAATGTCTGCCCTGAAAAACATGAAGAAAAAGATAT
437 T-CATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
5498 CCATTGGA
501 CCATTGGA
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
5527 TCCCATACCT
Statistics
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Consensus pattern (508 bp):
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TAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTATTATTTTTTATTAAAGTTGATTATAATTGAATG
TCTAACTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGGTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTTTATAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
ATATATCTATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAGCCTTATTACTCAGT
TTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGGATTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA
Found at i:6581 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 170
6105 TTATTTTAAA
* ** * *
6115 TTAAATTTTTTTA-TTTTTTTTAATAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACGTGA
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTT-ATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * ********** * *
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* * * * *
6244 ACTCGTTTTAGATGGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAG
130 ACTCG-TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTCAAG
* * * * * * *
6286 TTAAATATTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGA
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTTA-TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * *
6351 AGAAAAAGATATCCATTGGTAACAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCCTTAT
65 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGCCTTAT
* *
6415 TACTCGCTTTAAGTGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTCAAG
129 TACTCG-TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAG
**
6458 TTAAATTTTTTTACATTTTTTTA-AAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TGGAAAACATGA
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTTATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG-AAACATGA
* * *
6521 AGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
65 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
********* *
6586 ACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAACCTTATAATTGATTTCAAG
130 ACTCG-TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAG
* * * * * * * * *
6628 TTGAAGTTTTATACA-TTTTTTATTAAAATAAATTATGATTAAATATCTACCTTGAA-AAACGTG
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTTA-TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAACATG
* ********** * *
6691 AAGAAAAATATATCCATTGGNNNNNNNNNNCTATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAA-CCTTA
64 AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC-TTCAAAAGCCTTA
* *
6755 TTAATCAGTTTAAATGATTTTAT-ACGCTCATAATTGATTTTAAG
128 TTACTC-GTTTAAATGATTTTATAAC-CTCATAATTGATTTCAAG
** * * * *
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1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTTA-TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * * * * ** *
6863 AGAAAAGGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCTATGCATTCGGAAGCCATATT
65 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
6928 ACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTT
130 ACTC-GTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTT
6966 TAAGCTGTAT
Statistics
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TTAAATTTTTTTACATTTTTTTATAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
GAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTCAAG
Found at i:8739 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 169
7589 NNNNNNNNNN
* * * *
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* * * *
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* * *
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********** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
7900 TCTTATCACCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTATAT
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* ** * *
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1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * *
8005 ATTGGCAACAAATTTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTAGTACTTGGTTTAAATG
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********** *
8070 ATTTTATAACCTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTAT
128 ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * * * *
8112 AGGTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
********* * * * *
8176 AATNNNNNNNNNNGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATT
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* * * *
8241 G-TTTTATAATCTCACAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
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* * * * *
8283 ATTTTTTATTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTAC-CCTAAGAAACATGGAGACAAAGATATCC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * *
8347 ATTGGCGAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCCATGGC-TTCGGAAGCCATATTACTCGGTTTAAAT
65 ATTGGC-A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ********** *
8411 GATTTTATAAGCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
127 GATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * *
8454 ATTCTTTATTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTAC--CATGAGAAACATGAAGAAAAAGACATC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCA--AGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* * **********
8517 TATCGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
64 CATTGGC--AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
8582 -ATTTTTATAACCTCATAATTGGTTTTGAGTTGAATTTTTTTAT
127 GA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * ** *
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* * * * * *
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8752 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 215, Indels: 48
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
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172 10 0.01
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Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
TTGGCAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
Found at i:9939 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8861--10975 Score: 877
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 169
8851 NTTTAAATCA
* * * * * *
8861 AGTAATAAGGCTTTC-AAATGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATGA-CTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGT-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-ATCTT
** * ** * * * *
8924 TTTCTACATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATGATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-
64 TTTCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
********** * *
8988 TCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAAACATTTAAGTG
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTTAAGTG
* * * * * * *
9030 AGTAATAAGGCTTTCGAAGACATCGATGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCCATAGATGTCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * * * * * * *
9095 TCTTCACGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTCTAACCCGTTTTAATAAAGAATGTAAACAAATT
66 TCTTTACGTTTCACGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * **
9159 CAACATAAAATCAATTATGAGCTTATAAAATCATTTAAACCG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTT-AAGTG
* * * * * * *
9201 AGTAATATGGCTTCCGATGCCATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
** * * * * * *
9266 TCTCCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
66 TCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* ************** * **
9331 AACCTAAANNNNNNNNNNNNNNTATAAAACAATTTAAAGCA
131 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAATC-ATTT-AAGTG
* * * ** *
9372 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTATCATTGGATATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* *** * * ****************************** *
9437 TCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATTT
66 TCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
***
9502 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAACCA
131 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTT-AAGTG
* * * * *
9543 AGTATTAGGGCTTTCAAAAG-CATGGGTGACTATAAATGGACATTTGTTGCCAATGGATATCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTC-GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* *
9607 TTCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
9672 CTATTTAAAATTAATTATGAGGTCATAAGATCATTTAATGTG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA-ATCATTTAA-GTG
* * * *
9714 AGTAATAAGGCCTTCGAAGGT-ATAGGTGACAATAAATGGACTATTCTTGCCAATGGATATCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
********** *
9778 TTCTNNNNNNNNNNCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAAT-AAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
*
9842 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATACATTCATTTACAGTG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA-AATCATTTA-AGTG
* * * * *
9884 AGTAATAAGGTTTTCGAAGTCATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTCT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * *
9949 TCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
66 TCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * ***************
10014 AACTTGAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNNNNNNNN
131 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTA--TAAATCATTTAAGTG
*************** * * **
10055 NNNNNNNNNNNNNNNGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGGATATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * * * * * * ****
10120 TCTTCATGTTGCTCGAGGTAAACATTCAATTAGAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAANNNN
66 TCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
****** * **
10185 NNNNNNAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTGAAACG
131 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTT-AAGTG
* ********** * * *
10226 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGT-ATGGGTGNNNNNNNNNNGACTTTTCTTACCAATAGCTATCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * **
10290 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGGATAAAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* * ******** *
10355 CAACTTGAAATCAATTATGAGGTTGTAANNNNNNNNNNAGCG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA--ATCATTTAAGTG
* * * *
10397 AGTGATAAGGCTTTCGAAGGT-ATGGATGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTAATGGATATCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * * * * * *
10460 TTCTTCATGTTTCTC-AAGTCA-AGCATTCAATCATAACCTGTTTTAATAAGAAATATGAAAAAA
65 TTCTTTACGTTTCACGAGGT-AGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
** * *
10523 TAAAACTT-AAATCCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTG
128 TTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGGTTA-TAAATCATTT-AAGTG
***********
10567 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * * * * *
10632 T-TATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAACAAAATA
66 TCT-TTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
* ********** * * * *
10696 CAGCTTNNNNNNNNNNATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA-TAAATCATTT-AAGTG
* * * *
10738 AGTAATATGGC-TTCTGAACG-CATAGGTGACTATGAATGAACTTTTCTTG-CAATGGATATCTT
1 AGTAATAAGGCTTTC-GAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* * * * * * * ** *
10800 TTTCTTCATGTTTCTTC-AGGTACACATTTAATTATAATCTGTTTTAGTAAAACATGCAAAACAA
64 TTTCTTTACGTTTC-ACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * *
10864 TGCAACTTAAAATCAATTATAAGCTTATAAAATCATTTAAACG-G
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAATCATTT-AA-GTG
* * * * * * *
10908 ATTAATAGGGTTTTCGAAGGT-ATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTTCCAATGGATATATTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
10972 TTCT
65 TTCT
10976 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1402, Mismatches: 500, Indels: 86
0.71 0.25 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 106 0.08
170 415 0.30
171 866 0.62
172 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
TCTTTACGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCATTTAAGTG
Found at i:11365 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11075--11502 Score: 538
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
11065 NNNNNNNNNN
*
11075 AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGGTTATAAAA-CTATTTAAAATGAGTAATAA
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAATGAGTAATAA
* * * *
11139 GGCTTTCGAAGGTATGGGCGACTACAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATG
65 GGCTTTCGAA-GTATGGGTGACTACAAATGCAACTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATG
** * * *
11204 TTTCT-GTGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTTA-AAAA
129 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * *
11244 AATGTAAAAAAATTCAACTTGATATCAATTATGAGGCTATAAAATCACTTAAAACGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * *
11309 GCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGCAATTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCATGT
66 GCTTTCGAAGT-ATGGGTGACTACAAATGCAACTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGT
*
11374 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAA
130 TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * * * * * *
11415 AATATAAAAATATTTAACGTAAAACCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAG
1 AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAG
* *
11480 GTTTTCGAAGGAATGGGTGACTA
66 GCTTTCGAA-GTATGGGTGACTA
11503 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 33, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 116 0.52
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGTATGGGTGACTACAAATGCAACTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
Found at i:13335 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12909--14459 Score: 1321
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
12899 AAAAATGTAG
* * * * * * *
12909 CTTAAAACCAATTATAAGATTAC-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTT-CTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
** * ***********
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65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
* * * *
13038 TCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATACAT
130 TCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
13079 CTTCAAACCAATTGTGAGATTAC-AAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAACGTAT-A
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTT-CTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
********** * *
13142 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACACA
65 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * *
13207 TTCAATTATATTCCGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAACTTCAA
129 TTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
** * * * *
13250 CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAATTGATTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
* * *
13315 TGACTATAAATAGACTTTTC-TAGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACT-TTTTTTGAGGTAGACA
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGGATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAGGTAGACA
*
13378 TTCAATTATATTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
129 TTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * **********
13421 CTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTCAAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
** * * * *
13486 TGACTATATGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGAAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * **
13551 TAATTATAATCTG-TTTAA-AAAAAAT-T-TTAAAATTCAA
131 CAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
13588 CTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAATTACTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGCCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
* * * * * *
13653 TGACTATAAATGAAATTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGCAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * *
13718 CAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAA
131 CAATTATATTCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * *
13760 CTTAAAA-CTAATTATGAGATTGTAAAATTATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAA-GCATG
1 CTTAAAATC-AATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
* * *
13823 AGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCCATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * *
13888 TTCAATTAAAATT-T-TTTTAATAAAAATTGTAAAACAACTCAT
129 TTCAATT-ATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* ** *
13930 CTTAAAATCAGTTATGAGGTTAC-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTT-CTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
* * * * * * *
13994 GTGAGTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATTGATATCTTTTTCTCCATATTTCTTGAGGTAGACAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAT
*
14059 TCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
130 TCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * ** *
14101 CCTAAAATCAATTGTGAGGTTCTAAAAGT-ATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATG-
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
** * **
14164 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCTTGTTTCTTAAGGTAGACA
65 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
** ***
14229 TTCAATTAT-TATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTNNN
129 TTCAATTATAT-TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
******* * * * * * *
14271 NNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGTATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGA
* * * *
14335 GTGACCATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCATGTTTC-CTAGGGTAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACA
* ** *
14399 -TCTAATT-TTTATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
129 TTC-AATTATAT-TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
*
14442 TTTAAAATCAATTATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAG
14460 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1099, Mismatches: 250, Indels: 63
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 125 0.11
168 6 0.01
169 18 0.02
170 389 0.35
171 434 0.39
172 122 0.11
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATT
CAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
Found at i:14094 original size:851 final size:841
Alignment explanation
Indices: 12459--14265 Score: 2006
Period size: 851 Copynumber: 2.1 Consensus size: 841
12449 NNNNNNNNNN
* * * *
12459 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTGCCAATGGTTATCTTTTTCTTCA-TGTTTC
1 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACT-TTTT
* * *
12523 TTGAGGTAGACATTTAATTATTTTTTATTTTAATAAAAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAA
64 TTGAGGTAGACATTCAATTA-TTTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAA
* * * * *
12588 ATTATGAGGTTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGCCATGGGTGACTATAAA
128 ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAA
* * * *
12653 TGGACTTTTCTAGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAAT
193 TGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCCGAGGAAGACATTCAACTATAAT
*
12718 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATACAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTACTTA
258 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATACAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAATTACTTA
* * * * ** * *
12783 AAGTGTGTGATAAGGCTTTCGAAGGTATAGATGACTACAAATAGACTTTCTTGCCAATAGATAAC
323 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATAGATGACTACAAATAAACTTTCTTACCAATAGATAAC
* * * * * *
12848 TTTTTTTTCACGTTTTTTGAGTTATACATTCACTCGTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAGCTTA
388 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGTCAGACATTCAATCGTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAACTTA
** * ** *
12913 AAACCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGAC
453 AAACCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGAC
* * **********
12978 TATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTNNNNNNNNNNAAGGTAGACATTCAAT
518 TATAAATAAACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * *
13043 TATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATACATCTTCAAACCAATTGTGAGATTACAAAACC
583 TAAAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATACATCTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACC
* * *******
13108 ATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAACGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNN
648 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGTATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATT
*** * * * *
13173 NNNATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATATTCCGTTTTAGTAAAAAATGT
713 GATATCTTTTTCTCCACATTTCTCGAGGTACACATTCAATTATATTCCGTTTTAATAAAAAATAT
* * * *
13238 AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAA-TCATTTAAAT-TGATTAATAAGGCT
778 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAAGT-ATTT-AATGCGAGTAATAAGGCT
13301 T
841 T
*
13302 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACTTTTTT
1 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACTTTTTT
*
13367 TGAGGTAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAA
65 TGAGGTAGACATTCAATTAT-TTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AA
* ********** * **
13432 A-TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTCAAAGGCATGAGTGACTATATG
128 ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAA
* ** * *
13496 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGAAGACATTTAATTATAAT
193 TGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCCGAGGAAGACATTCAACTATAAT
* *
13561 CTG-TTTAA-AAAAAATTTTAAAAT-T-CAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAATTACTTA
258 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATACAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAATTACTTA
* * * * *
13622 AAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGCCAT-GAGTGACTATAAATGAAATTTTCTTATCAATGGATA
323 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATAGA-TGACTACAAAT-AAACTTTCTTACCAATAGATA
* * **
13686 TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-CAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAA
386 ACTTTTTCTTCACGTTTCTTG-AGTCAGACATTCAATCGTAATCTG-TTT--T------A-AT-A
* * * ** *
13750 AAAAATTTAACTTAAAACTAATTATGAGATTGTAAAATTATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCG
439 AAAAATGTAACTTAAAACCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCG
** * *
13815 AAAGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCCATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA
504 AAAGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * * * *
13880 GGTAGACATTCAATTAAAAT-TTTTTTAATAAAAATTGTAAAACAACT-CATCTTAAAATCAGTT
569 GGTAGACATTCAATTAAAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AA-TACATCTTAAAACCAATT
* * * * * *
13943 ATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGGGTGAGTATAAATGG
632 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGTATAGGTGACTATAAATGG
* * * *
14008 ACCTTTCTTCCCAATTGATATCTTTTTCTCCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATATTCTG
697 ACCTTTCTTCCCAATTGATATCTTTTTCTCCACATTTCTCGAGGTACACATTCAATTATATTCCG
* *
14073 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTGTGAGGTTCTAAAAGTATTTAATG
762 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAAGTATTTAATG
14138 CGAGTAATAAGGCTT
827 CGAGTAATAAGGCTT
* * *
14153 TTGAA-GTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTT--CTTGTT
1 TCGAAGGT-ATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACTT-TT
* * **
14215 TCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
63 T-TTGAGGTAGACATTCAATTATT-TTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
14266 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 140, Indels: 44
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
838 2 0.00
839 67 0.08
840 50 0.06
841 18 0.02
842 6 0.01
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844 5 0.01
849 4 0.01
850 30 0.04
851 398 0.50
852 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (841 bp):
TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACTTTTTTT
GAGGTAGACATTCAATTATTTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT
ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCCGAGGAAGACATTCAACTATAATCTG
TTTTAATAAAAAATATAAAAATATACAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAATTACTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATAGATGACTACAAATAAACTTTCTTACCAATAGATAACTTT
TTCTTCACGTTTCTTGAGTCAGACATTCAATCGTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAACTTAAAA
CCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTAT
AAATAAACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAA
AATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATACATCTTAAAACCAATTATGAGATTACAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGTATAGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATTGAT
ATCTTTTTCTCCACATTTCTCGAGGTACACATTCAATTATATTCCGTTTTAATAAAAAATATAAA
AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAAGTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTT
Found at i:14229 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12332--14462 Score: 1798
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 340
12322 NNNNNNNNNN
** * * * *
12332 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA-AAAATATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* * * * **********
12396 AAAAAATTTCATC-TAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTNNNNNNNNNNT
66 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
12460 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTGCCAATGGTTATCTTTTTCTTCATGTTTCTT
130 CGAAGTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* ** * * * *
12525 GAGGTAGACATTTAATTATTTTTTATTTTAATAAAAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAAT
195 GAGGTAGACATTCAATTATAATTT-TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAACTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
12590 TATGAGGTTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTCCAAGCCATGGGTGACTATAAATG
258 TATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
*
12655 GACTTTTCTAGCCAATGG
323 GACTTTTCTTGCCAATGG
* * * *
12673 ATATCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* * * * * * * * *
12738 AAAATATACAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTACTTAAAGTGTGTGATAAGGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * * *
12803 GAAGGT-ATAGATGACTACAAATAGAC-TTTCTTGCCAATAGATAACTTTTTTTTCACGTTTTTT
131 GAA-GTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * ** * * *
12866 GAGTTATACATTCACTCGTAATCTGTTTTAATAAAAAATG--------T-AGCTTAAAACCAATT
195 GAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
* * * * **
12922 ATAAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTATAAATAA
259 ATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
12987 ACTTTTCTTGCCAATGG
324 ACTTTTCTTGCCAATGG
*********** *
13004 ATATCTTTTTCTTNNNNNNNNNNAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAT-
1 ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* * * * * * * *
13068 AAAAAATACATCTTCAAACCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* ********** *
13133 AAACGT-ATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNATCTTTTTCTTCACGTTTCT
131 GAA-GTCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * *
13196 CGAGGTACACATTCAATTAT-ATTCCGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCA
194 CGAGGTAGACATTCAATTATAATT--TTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAC-TCAACTTAAAATCA
* * * *
13260 ATTATGAGGTT-CTAAAATCATTTAAATTGATTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAA
256 ATTATGAGGTTAC-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* *
13324 ATAGACTTTTCTAGCCAATGG
320 ATGGACTTTTCTTGCCAATGG
* * *
13345 ATATCTTTTTCTTCACT-TTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAATAAAAAATAT
1 ATATCTTTTTCTTCA-TATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
* * * * **********
13409 AAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * *
13474 CAAAGGCAT-GAGTGACTATATGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC
130 CGAAGTCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** * * *
13538 CGAGGAAGACATTTAATTATAATCTGTTTAA-AAAAAAT-TTTAAAATTCAACTTGAAATCAAAT
194 CGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
13601 ATGAGGTTATAAAATTACTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCAAAGCCATGAGTGACTATAAATGA
259 ATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* **
13666 AATTTTCTTATCAATGG
324 ACTTTTCTTGCCAATGG
* * * *
13683 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAAATAT
1 ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATAT
* * * * *
13748 AAAAAAATTTAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTGTAAAATTATTTAAAGCCAATAATAAGGCTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
13812 TCGAAAG-CAT-GAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCCATAGATATCTTTTTCTTCATGTTT
129 TCG-AAGTCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT
* * *
13875 CTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATTTTTTTAATAAAAATTGTAAAACAACTCATCTTAAAATCA
192 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AACTCAACTTAAAATCA
* * ** *
13940 GTTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGGGTGAGTATAAA
256 ATTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
14005 TGGACCTTTCTTCCCAATTG
321 TGGACTTTTCTTGCCAATGG
* *
14025 ATATCTTTTTCTCCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
* * * * * * * *
14090 AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTGTGAGGTTCTAAAAGTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * **
14155 GAAGTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTCTTGTTTCTTA
131 GAAGTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCG
* * ** * * **********
14220 AGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTA
196 AGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
14285 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGTATGGGTGACCATAAATAG
260 TGAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
*
14349 ACTTTTCTTACCAATGG
324 ACTTTTCTTGCCAATGG
* * * * * ** *
14366 ATATCATTTTCTTCATGTTTCCT-AGGGTAGACA-TCTAATTTTTATCTGTTTTAAGCAAAAATG
1 ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGA-GGTAGACATTC-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
*
14429 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
14463 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1418, Mismatches: 332, Indels: 80
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 72 0.05
331 187 0.13
332 1 0.00
337 1 0.00
338 127 0.09
339 135 0.10
340 25 0.02
341 539 0.38
342 327 0.23
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
ATATCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCG
AGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGGTTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGG
Found at i:14379 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12332--14459 Score: 1283
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
12322 NNNNNNNNNN
* ** *
12332 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA--AAAATATAT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA-ATAT
* * * * * * *********
12395 AAAAAAATTTCATCTAAAATTAATTGTGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGAGAGT-NNNNNNNNN
65 -AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
12458 NTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTGCCAATGG
128 TTC-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * *
12502 TTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATTTTTTATTTTAA-TAAAAGATAT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAA-ATAT
* * * * * **
12566 AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAATGTAAGTAATAAGGCTTT
65 -AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* **
12631 CCAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGG
129 TCAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGG
* ** ** * * **
12673 ATATCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
** * * ** * * * *
12738 AAAATATACAACTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTACTTAAAGTGTGTGATAAGGC-TTT
66 AAAA-ATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
12802 CGAAGGTATAGATGACTACAAATAGAC-TTTCTTGCCAATAG
130 C-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * ** *
12843 ATAACTTTTTTTTCACGTTTTTTGAGTTATACATTCACTCGTAATCTGTTTT--------A-ATA
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * * * * * * * *
12899 AAAAATGTAGCTTAAAACCAATTATAAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTC
66 AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * ** *
12963 GATGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGG
131 -AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
********** * * **
13004 ATATCTTTTTCTTNNNNNNNNNNAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
** * * * * * * * * *
13069 AAAAATACATCTTCAAACCAATTGTGAGATTACAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGC-TTTC
66 AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* * ********
13133 AAACGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNN
131 -AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
** * ** * * *** *
13174 NNATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTA-TATTCCGTTTTAGTAAAAAATGT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * ** *
13238 AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTCTAAAATCATTTAAATTGATTAATAAGGC-TT
65 AAAAAA-TTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
13302 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGCCAATGG
129 TC-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGG
* * * **
13345 ATATCTTTTTCTTCACT-TTTTTTGAGGTAGACATTCAATTA-TATTTTGTTTTAATAAAAAATA
1 ATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * * * **********
13408 TAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAG-NNNNNNNNNN
64 T-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** * *
13472 TTCAAAGGCATGAGTGACTATATGTGGACTTTTCTTGCCAATGA
128 TTC-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
*** * * * * *
13516 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGAAGACATTTAATTATAATCTG-TTTAA-AAAAAAT-TT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * * * * ** *
13578 TAAAATTCAACTTGAAATCAAATATGAGGTTATAAAATTACTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTC
66 AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
** * * * *
13642 AAAGCCATGAGTGACTATAAATGAAATTTTCTTATCAATGG
131 -AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* **
13683 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATT-TTAATCTGTTTTAATAAAAAAAT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATT-ATCTGTTTTAA-CCAAAAAT
* * * ** * *
13746 ATAAAAAAATTTAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTGTAAAATTATTTAAAGCCAATAATAAGGC
63 AT-AAAAAATTTAACCTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
13810 -TTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCCATAG
126 TTTTC-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
** ** * * *
13855 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAAT-TTTTTTAA-TAAAAATTGT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA-TAT
* * * * * * *
13918 AAAACAACTCATCTTAAAATCAGTTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
65 AAAA-AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
13982 TCAAAGGTGTGGGTGAGTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATTG
129 TC-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * **
14025 ATATCTTTTTCTCCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-TATTCTGTTTTAATAAAAAATAT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * ** *
14089 AAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTGTGAGGTTCTAAAAGTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTT
65 -AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * **
14154 TGAA-GTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
129 TCAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
*
14196 ATATCTTTTTCTTCTTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
********** * *
14261 AAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC
66 AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
* *
14326 AAGGTATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTACCAATGG
131 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * *
14366 ATATCATTTTCTTCATGTTTCCTAGGGTAGACA-TCTAATTTTTATCTGTTTTAAGCAAAAATGT
1 ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC-AATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* **
14430 AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
65 -AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAG
14460 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 370, Indels: 103
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 68 0.04
161 53 0.03
162 1 0.00
166 1 0.00
167 121 0.08
168 7 0.00
169 21 0.01
170 510 0.33
171 602 0.39
172 152 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATATA
AAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTC
AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
Found at i:15881 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15398--16486 Score: 707
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
15388 TATAAATGGA
* * * *
15398 TTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* ** * * * *
15463 TTTGACTTAAAATCAATTA-GAAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGATTCACAAGGCTTTCGAAGG
66 CTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTCACAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
15527 CATGCGTGACTACAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTT
130 CATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATATC---T
* * * * * * *
15572 TTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTCTAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * *********
15637 CTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTNNNNNNNNNNTT-GAAGG
66 CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACT-CACAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
15701 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATAGCT
130 CATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATATCT
* * * *
15743 TTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTAA-AAAAAATATAAAACAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * **********
15807 TTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTGA-AAAACCATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTCGAAGG
66 CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGACTCACAAGGCTTTCGAAGG
*
15871 CATGGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTATCAATGGATATTCT
130 CATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATA-TCT
* * * * * *
15914 TTTTTTTCATGTTTCTCGAGATAGATATTCATTTAAAATTTATTTTAAT-AAAAATGA-AAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAA
*********** * * * * *
15977 ACTCAACTTAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG
65 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTCACAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * **
16042 TATGGCTGATTGTAAATGGATTTTTTTTGCCAATGGATATCT
130 CATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATATCT
********** * * * *
16084 TTTTCTTNNNNNNNNNNGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * * * * * *
16149 TTCACCCTAAAATCAATTGTGAGATTAT-AAATCATTTAAAGCAAGTAATATGGGTTTCGAAGGC
66 CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTCACAAGGCTTTCGAAGGC
* * *
16213 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTATCAATGGATATCT
131 ATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATATCT
* * * * * ********** *
16254 TTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTTAATTTTAATCTGTTTTAATNNNNNNNNNNAACAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * * * *
16319 TTCAACTTAAAACCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGT
66 CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTCACAAGGCTTTCGAAGGC
* * *
16384 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATATCT
131 ATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATATCT
* * * * * *
16425 TTTTTTTCACGTTTCACGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
16487 TA
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 207, Indels: 25
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 246 0.35
171 308 0.44
172 1 0.00
174 129 0.19
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
CTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTCACAAGGCTTTCGAAGGC
ATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGGATATCT
Done.