Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399318.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2586.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4137
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Warning! 403 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1053 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 536--1548 Score: 769
Period size: 170 Copynumber: 5.9 Consensus size: 168
526 NNNNNNNNNC
* ** *
536 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCTTAATTGATTTTAAGTAGCATTTTTTACATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTT
* * * * ** *
601 CTT-GTTAAAACTGACAATAACTGAATGCCTGCCTAAGAAAACAG-GCAA-AAAAAAAAATTTAT
66 -TTGGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAAC-GTG-AAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * *
663 T-TGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATT-TCTTCGAAAGT
127 TAT-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCT-TTC-AAAAT
* * *
706 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTCATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TAGAA-TTTTTTACAT
********** * *
770 TTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAAGTATTCATT
64 TTTTGGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* *********
835 ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCATTCNNNNNNNNNN
128 ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC-TTTCAAAAT
* * * * *
877 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTATATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTT
** * * *
942 TTCATTAAAACTGACTATAATTGAATGAT-TAGCTAAGGAAACGTGCAGAAAAACA-CATTTATT
66 TTGGTTAAAACTGACTATAATTGAATG-TCTACCTAA-GAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATT
* * * *
1005 -TGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTCTCATTCTTTCTAAATT
128 AT-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTC-AAAAT
* *
1047 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTAGAATTTTTT-ACAT
* * * *
1111 TTTTGGTTAAAA-TAAACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCAT
64 TTTTGGTTAAAACT-GACTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * *
1175 TATCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
127 TATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAT
* ********** *
1217 CTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATT-TTTTACATT
* * ** * *
1282 TTTTGTAAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTA
65 TTTGGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTA
* * * * *
1347 ACAAGAAAAATTCATTTATAGTCTC-CTATT-TCTTCAAAAGC
129 TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCT-TTCAAAA-T
* * * * *
1388 CTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTACATT
* * * * *
1453 TTTGATTAAAA-TAGACTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGTAGAAAAAAGCATTCATT
65 TTTGGTTAAAACT-GACTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* *
1517 GAT-AAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTC
128 -ATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
1549 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 151, Indels: 66
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 320 0.49
171 318 0.48
172 15 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTATC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAT
Found at i:1164 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 536--1548 Score: 980
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 332
526 NNNNNNNNNC
* *
536 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCTTAATTGATTTTAAGTAGCATTTTTTACATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-TTAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTT
* * * * * *
601 CTTGTTAAAACTGACAATAACTGAATGCCT-GCCTAAGAAAACAG-GCAAAAAAAAAAATTTATT
65 -TTGTTAAAACTGACTATAATTGAATG-TTAG-CTAAGGAAAC-GTGC-AGAAAAAACATTTATT
* * *
664 TGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
125 TGGAAGAAAAG-TCATTTATAGTCT-CCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* **********
729 TTATAACCTCAAAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATT
188 TTATAATCTCAAAATT-ATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATT
* * *
794 GAATGTCTACCTCAAGAAACG-AGAAGAAAAAAGTATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
251 GAATGTCTACCTCAAGAAATGTA-AAGAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCAATTATAGT
* *********
858 CAGTCATTCNNNNNNNNNN
315 CACTCATTC-CTTCAAAAG
* * *
877 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTATATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTT-TAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTT
*
942 TTCATTAAAACTGACTATAATTGAATGATTAGCTAAGGAAACGTGCAGAAAAACACATTTATTTG
65 TT-GTTAAAACTGACTATAATTGAATG-TTAGCTAAGGAAACGTGCAGAAAAA-ACATTTATTTG
* *
1007 GAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTCTCA-TTCTTTCTAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
127 GAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCTC-CATTTC-TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
1071 TATAATCTCAAAATTATTTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATTG
189 TATAATCTCAAAATTA-TTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATTG
*
1136 AATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
252 AATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
1201 CTCATTCCTTCAAAAG
317 CTCATTCCTTCAAAAG
* ********* *
1217 CTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTGTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-TTAATTGATTTTAAGTAGAATT-TTTTACA-T
* ** * * * * *
1282 TTTTGTAAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTTA-GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
63 TTTTGTTAAAACTGACTATAATTGAATGT-TAGC-TAAGGAAACGTGCAGAAAAAA-CATTTATT
*** * * *
1346 AACAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATGGTT
125 TGGAAG-AAAAGTCATTTATAGTCTCC-ATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
1411 TTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAGTT
188 TTATAATCTCAAAATT-ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATT
* *
1476 GAATGTCTACCTCGAGAAACTTGT--AGAAAAAAGCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCACTTATA
251 GAATGTCTACCTCAAGAAA--TGTAAAGAAAAAAGCATTCATT-ATCAAGAAAAGTCCAATTATA
*
1538 GTCACCCATTC
313 GTCACTCATTC
1549 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 84, Indels: 50
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 67 0.12
341 464 0.82
342 29 0.05
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTTAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTTT
TGTTAAAACTGACTATAATTGAATGTTAGCTAAGGAAACGTGCAGAAAAAACATTTATTTGGAAG
AAAAGTCATTTATAGTCTCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCAAAATTATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAACTACAATTGAATGTCTAC
CTCAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCT
TCAAAAG
Found at i:1487 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 536--1540 Score: 743
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
526 NNNNNNNNNC
* * ** * *
536 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCTTAATTGATTTTAAG-TAGCATTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATT
* * * * * * ** *
600 TCTTG-TTAAAACT-GACAATAACTGAATGCCTGCC-TAAGAAAACAGGCAA-AAAAAAAAATTT
66 T-TTGATTAAAA-TAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATG-AAGAAAAAAGCATTC
*** * * *
661 ATTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCGAAAGT
127 ATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTATTTCTTCAAAAGT
* * * *
706 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTCATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAA-TTTTTTACAT
* ********** * *
770 TTTTGGTTAAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGA-GAAGAAAAAAGTATTCAT
65 TTTTGATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* *********
834 TATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTC-A-TTCNNNNNNNNNN
129 TAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC--TCTATTTC-TTCAAAAGT
* * * * *
877 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATT
* * * * * *
941 TTTCATTAAAACT-GACTATAATTGAATGAT-TAGC-TAAGGAAACGTGCAGAAAAACA-CATTT
66 TTTGATTAAAA-TAAACTATAATTGAATG-TCTACCTTAA-GAAACATGAAGAAAAA-AGCATTC
*** * * *
1002 ATTTGGAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTCTCA-TTCTTTCTAAATT
127 ATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-ATTTC-TTCAAAAGT
*
1047 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTTAAGTT-GAATTTTTTCACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAATTTTTT-ACAT
* * ** *
1111 TTTTGGTTAAAATAAACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTCATT
65 TTTTGATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * *
1176 ATCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG-
130 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-ATTTCTTCAAAAGT
* * **********
1217 CTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTT-GAATTGTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAATT-TTTTACA-
* * *
1281 TTTTTG-TAAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
64 TTTTTGATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * *
1345 TAACAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCCTATTTCTTCAAAAGC
129 TAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTATTTCTTCAAAAGT
* * *
1388 CTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATT
* * ** * * *
1453 TTTGATTAAAATAGACTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGTAGAAAAAAGCATTCATTG
66 TTTGATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTA
* *
1518 ATAAGAAAAGTCCACTTATAGTC
131 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1541 ACCCATTCNN
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 151, Indels: 61
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 2 0.00
170 316 0.48
171 318 0.49
172 14 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATT
TTTGATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTA
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTATTTCTTCAAAAGT
Found at i:2071 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1651--2277 Score: 606
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
1641 NNNNNNNNNN
* * * *
1651 TAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTT
1 TAATTGAATGTTCTACATCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* *
1715 AGAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGTATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-T
65 ATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATT
* * * *
1778 GATTTTAAGTTTA-GTTTTTTATGTTATTGGTTAAAACATATTA
128 GATTTTAAGTTAATTTTTTTTATCTT-TT-GTTAAAACAGATTA
* * * * **
1821 TAATTG-ATTTTCTACTAT-GAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGACAATAAAAGTCTGTT
1 TAATTGAATGTTCTAC-ATCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* ** * *
1884 TATAGCCACCCATTCCTTGAAAAGTATTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTT
64 TATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
*
1949 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACCTTTTGATTAAAACAGATTA
129 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATCTTTTG-TTAAAACAGATTA
** * * *
1992 TAATTGAATGTT-TACATCAAGAAAGGTGAAGAACAAAGAATTAATT-AGCAAGAAAAGTCCACT
1 TAATTGAATGTTCTACATCAAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATT
* ********** * * *
2055 TATAGTCACCCATTCCTTCAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTG
64 TATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * **
2120 ATTTTGAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGGCTA
129 ATTTTAAGT-TAATTTTTTT-TATCTTTTGTTAAAACAGATTA
* * *
2163 TAATTGAAT-TTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* **
2227 TGGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
66 TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
2278 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 72, Indels: 32
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.03
170 175 0.47
171 161 0.44
172 23 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TAATTGAATGTTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
TTTAAGTTAATTTTTTTTATCTTTTGTTAAAACAGATTA
Found at i:2791 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2577--4134 Score: 1527
Period size: 170 Copynumber: 9.2 Consensus size: 168
2567 TCACCATTCG
* *
2577 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTT
* * * *
2642 TTTACATTTTTTGTTAAAACGGACTACAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATAC
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATAC
* *
2707 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCC
130 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCC
** **
2747 TTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAATAGTTTTATTCTCTCATAAATGATTTTAAGTTTCGTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTT
* * * * * * * *
2811 TGTTACATTATTAGTTAAAACATATTATAATTG-ATTTTCTACCAT-AAGAAATGTGAAGAAAAA
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-TACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * *
2874 TGCA-TCATT-GCCAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTAC
127 TACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCC
* *
2915 TTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AA-G
* * * * *
2979 TTTTTTACCTTTTAT-GTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAGAA
62 TTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGA-AA
* * * *
3043 AAGA-ATTTATTGGCAAGAAAAATCCACTTATAGTCACCTATTCC
125 AATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCC
* * * * ** *
3087 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCAGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAG-TTAAGTT
* * * * * * *
3152 TTTTACATATTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCACCAGAAACATGAAGAAAAATG
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATA
* * *
3217 CATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTGTAGTTACCTATTCC
129 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCC
* * *
3258 TTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAGTT
* * * * * * * *
3323 TTTTACGTTTTTAGTTAAAATAGACTTTAACT-AA---TTGCCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAAC
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAAT
* ** * * * * *
3383 CCATTTGTTTGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCTTATTCC
128 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCC
* * * *
3425 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTT-
* * * *
3490 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACGTGTAGAAAAATG
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATA
* * *
3555 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCG
129 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCC
* *
3595 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTT
* * * * * *
3660 TTTACATTTTTGGTTAAAACGGACTACAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAAT
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATAC
* *
3725 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCC
130 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCC
* ** * *
3765 TTCAAGAGCCTTATTAC-CAACTTTAAATAGTTTTATTCTCTCATAAATGATTTTAAATTTAGTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTT
* * * * * * *
3829 TTTTATATTTTTGGTTAAACCAGACTAAAATTGAATGTTTGCTTGGAGAAA-GACGAAGAAAAA-
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG-TGAAGAAAAAT
* * *
3892 AGCATTCAATGGCAAGAAATGTCCATTGATAGTCAGCCATTCC
128 A-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCC
* * *
3935 TTCAAAAG-CTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AA-G
* * * * * *
3998 TTTTTTACCTTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-GTTTTACATCTAGAAACGTGAAGGGAA
62 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTACCTCGAGAAACGTGAA-GAAA
* * * * *
4062 AAGA-ATTTATTAGCAAGAAAAATCCACTTATAGTCACTCATTCC
125 AATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCC
* *
4106 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
4135 GTT
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 197, Indels: 90
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.01
167 133 0.12
168 79 0.07
169 138 0.12
170 376 0.33
171 311 0.27
172 98 0.09
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCC
Found at i:3461 original size:338 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1665--4134 Score: 1662
Period size: 340 Copynumber: 7.3 Consensus size: 335
1655 TGAATGTCTA
* * * * * * * * * *
1665 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTAGAGCCACCCATTCC
1 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTATTCC
* * * ** *
1730 TTCAAAAGCCTTATTACTAG-TATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT-TTAGT
64 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATT
** * * * * * * ** *
1793 TTTTTATGTTATTGGTTAAAACATATTATAATTGATTTTCTACTATGAGAAACGTGAAGAAAAAT
128 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAAAAACGTGAAGAAAAAT
* * ** * * ** *
1858 GCATTCATTGACAATAAAAGTCTGTTTATAGCCACCCATTCCTTGAAAAGTATTATTACTCATTT
193 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
1923 TAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACCTTTTGA-TTAAAAC
257 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AA-GTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* *
1986 AGATTATAATTGAATGTTTA
319 AGACTATAATTGAA---TTG
* * * * * * * * *
2006 CATCAAGAAAGGTGAAGAACAAAGA-ATTAATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTC
1 CCTCGAGAAACGTGAAGAA-AAA-ACATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTATTC
********** * * *
2070 CTTCAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGAGTAGAATT
63 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATT
* * * * * * * *
2135 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATTTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAT
128 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAAAAACGTGAAGAAAAAT
* * * *
2199 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
193 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
******************************* *
2264 TAAATGGTTTTAT-A---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTAGTTAAAATAGA
257 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* *
2325 CTTTAATTGACTGCTTG
322 CTATAATTGA---ATTG
* * * * * * *
2342 TCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTGCTT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATT
1 CCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAA-ACATTT-ATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACTATT
********************* *
2405 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
62 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAT
* * * * * *
2470 TTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTGCCTCCAAAAACGTGTAGAAAAA
127 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAAAAACGTGAAGAAAAA
* * * *
2535 TACATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCGTTCAAAAGTCTTATTACTCACTT
192 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
2600 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACGGA
257 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* *
2665 CTACAATTGAATGCTTA
322 CTATAATTGAA---TTG
* * * *
2682 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCC
1 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTATTCC
* ** * ****
2747 TTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAAT-AGTTTTATTCTCTCATAAATGATTTTAAGT-TTCG
64 TTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAT
* * * * * * * * *
2809 TTTGTTACATTATTAGTTAAAACATATTATAATTGATTTTCTACCA-TAAGAAATGTGAAGAAAA
127 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAA-AAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
2873 ATGCA-TCATT-GCCAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTACTTGAAAAGCCTTATTACTCAC
191 ATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
2936 TTTAAATGATTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-CTTTTATGTTAA
255 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AA-GTTTTTTACATTTTTA-GTTAA
*
2999 AACAGAGTATAATTGAA-TG
316 AACAGACTATAATTGAATTG
* * *
3018 TCTACATCTAGAAACGTGAAGAGAAAAGA-ATTTATTGGCAAGAAAAATCCACTTATAGTCACCT
1 -C--C-TCGAGAAACGTGAAGA-AAAA-ACATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CT
* * * *
3082 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGCAG
59 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAG
* * * *
3147 AATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCACCAGAAACATGAAGAA
124 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAAAAACGTGAAGAA
* * * * *
3212 AAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTGTAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTC
189 AAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3277 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACGTTTTTAGTTAAA
253 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * *
3342 ATAGACTTTAACT-AATTG
317 ACAGACTATAATTGAATTG
* * * * * *
3360 CCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTGTTTGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCTTATTC
1 CCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAA-ACATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-TATTC
*
3424 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AAT
63 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAAT
* * * * *
3488 TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACGTGTAGAAAAA
127 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAAAAACGTGAAGAAAAA
* * *
3553 TGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCGTTCAAAAGTCTTATTACTCACTT
192 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
3618 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGA
257 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* *
3683 CTACAATTGAATGCTTA
322 CTATAATTGAA---TTG
* * * *
3700 CCTCGAGAAACGTGAA-AAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTC
1 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACAT-TT-ATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CTATTC
* * ** * * **
3764 CTTCAAGAGCCTTATTAC-CAACTTTAAAT-AGTTTTATTCTCTCATAAATGATTTTAAAT-TTA
63 CTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA
* * * * * * ****
3826 GTTTTTTATATTTTTGGTTAAACCAGACTAAAATTGAATGTTTGCTTGGAGAAAGAC--GAAGAA
126 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCA-AAA-ACGTGAAGAA
* * * * *
3889 AAAAGCATTCAATGGCAAGAAATGTCCATTGATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTC
189 AAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
3953 GCTCTAAATGATTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-CTTTTAGGTT
253 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTT-AA-GTTTTTTACATTTTTA-GTT
* *
4016 AAAACAGATTATAATTGAAGTTTTA
314 AAAACAGACTATAATTGAA---TTG
* * * * * *
4041 CATCTAGAAACGTGAAGGGAAAAGA-ATTTATTAGCAAGAAAAATCCACTTATAGTCACTCATTC
1 CCTCGAGAAACGTGAA--GAAAAAACATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACT-ATTC
*
4105 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
63 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
4135 GTT
Statistics
Matches: 1642, Mismatches: 412, Indels: 149
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
335 8 0.00
336 209 0.13
337 125 0.08
338 257 0.16
339 194 0.12
340 340 0.21
341 330 0.20
342 90 0.05
343 82 0.05
344 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (335 bp):
CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACATTTATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAAAAACGTGAAGAAAAATGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
AATTGAATTG
Found at i:3639 original size:848 final size:848
Alignment explanation
Indices: 2448--4034 Score: 1995
Period size: 848 Copynumber: 1.9 Consensus size: 848
2438 NNNNNNNNNN
* * *
2448 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTTTG
1 CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAACTGAA--TTTG
* * * * *
2513 CCTCCAAAAACGTGTAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCGT
64 CCTCCAAAAACATATAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCATTCCT
* * * *
2578 TCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTT
* * *
2643 TTACATTTTTTGTTAAAACGGACTACAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACA
194 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGCTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAATACA
*
2708 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCAACTTTAA
259 TTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCAACTTTAA
** * * *
2773 ATAGTTTTATTCTCTCATAAATGATTTTAAGTTTCGTTTGTTACATTATTAGTTAAAACATATTA
324 ATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTGTTACATTATTAGTTAAAACAGACTA
* ** * * ** * *
2838 TAATTG-ATTTTCTACCAT-AAGAAATGTGAAGAAAAATGCA-TCATT-GCCAGGAAAGTCCATT
389 CAATTGAATGCT-TACC-TCAAGAAACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
2899 TATAGCCACCCATTACTTGAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCA-AAA
452 TATAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAA
* * * *
2961 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACCTTTTAT-GTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACAT
515 -TGATTTTAAATTCAATTTTTTATA--TTTT-TGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACAT
* * * * *
3025 CTAGAAACG-TGAAGAGAAAAGAATTTATTGGCAAGAAAAATCCACTT-ATAGTCA-CCTATTCC
576 CGAGAAA-GACGAAGAAAAAAGAATTCAATGGCAAGAAAAATCCA-TTGATAGTCAGCC-ATTCC
* * * * *
3087 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG-CAGAATT
638 TTCAAAAG-CTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCA-AATT
*
3151 TTTTTACATATTT-GGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCACCAGAAACATGAAGAAAAA
701 TTTTTACAT-TTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAGAAACATGAAGAAAAA
3215 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTGTAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACT
765 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTGTAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACT
3280 TTAAATAGTTTTATAATCT
830 TTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
3299 CATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTT-TTACGTTTTTAGTTAAAATAGACTTTAACT-AA-TTGC
1 CATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAACTGAATTTGC
* * * ** * * * *
3361 CTCGAGAAACATATAGAAAAACCCATTTGTTTGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCTCTTATTCCT
65 CTCCAAAAACATATAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAACTCAATTTATAGTCAC-CATTCCT
* * *
3426 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATT-T
* * * * *
3491 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACGTGTAGAAAAATGC
193 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGCTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAATAC
* *
3556 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCATTCGTTCAAAAGTCTTATTACTC-ACTTT
258 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTT
* * * * *
3619 AAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGAC
322 AAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTGTTACATTATTAGTTAAAACAGAC
* * * *
3684 TACAATTGAATGCTTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
387 TACAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * **
3749 TATAGTCAGCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACCAACTTTAAATAGTTTTATTCTCTCATAAATG
452 TATAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACCAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATG
* * * * * * *
3814 ATTTTAAATTTAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAACCAGACTAAAATTGAATGTTTGCTTGGAGAA
517 ATTTTAAATTCAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACATCGAGAA
* **
3879 AGACGAAGAAAAAAGCATTCAATGGCAAGAAATGTCCATTGATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGC
582 AGACGAAGAAAAAAGAATTCAATGGCAAGAAAAATCCATTGATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGC
* *
3944 TTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACCTT
647 TTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAAATTTTTTTACATT
*
4009 TTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
711 TTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
4035 GTTTTACATC
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 96, Indels: 39
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
847 101 0.16
848 283 0.45
849 103 0.17
850 82 0.13
851 49 0.08
852 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (848 bp):
CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAACTGAATTTGCC
TCCAAAAACATATAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGCTTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAATACATT
CATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCAACTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAGTTTGTTACATTATTAGTTAAAACAGACTACA
ATTGAATGCTTACCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACCAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTT
TAAATTCAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACATCGAGAAAGAC
GAAGAAAAAAGAATTCAATGGCAAGAAAAATCCATTGATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCTTAT
TACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTAGG
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACCAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAG
AAAAGGCCATTTGTAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCT
Done.