Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399321.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2589.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 685
Length: 1142
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.34
Warning! 149 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:373 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--592 Score: 564
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
* * * * * * * *
1 TAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTCTAATTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
** * * * *
66 TGTCTGCCC-TGGAAAACATCAAGAAGAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-
66 TGTCT-CCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
129 TCTATGCCTTC-GAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATAGTTTTA
130 TC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
* * ** *
171 TAATTTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTATTTTTGGATT-TTTAGTTAAAACATATTATATTT
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTGTTTA-TTAAAACATATTATAATT
* * * * * *
235 GATTGTCTTCTTTAAAAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
63 GAATGTCTCCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
300 ACTCGTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAATTTTT
128 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
*
344 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTGTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
* * ** * *
409 TGTCTCCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATTGATATGAAAAGTCCATTTGTAGTCACT
66 TGTCTCCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* ** *********
474 TAAACCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNN
131 CATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
* * * * * *
516 NAATTTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTACATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTTA-TTAAAACATATTATAATTGA
* *
580 ATGTTTGCCTTAA
65 ATGTCTCCCTTAA
593 GAAATGTAAA
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 71, Indels: 16
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.06
171 96 0.28
172 171 0.50
173 53 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTTATTAAAACATATTATAATTGAA
TGTCTCCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
Done.