Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397460.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1507.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:325 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 298--344 Score: 85
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288 AATTCAACTT
298 AAAATCAATTATGAGGTTATAAA
1 AAAATCAATTATGAGGTTATAAA
*
321 AAAATCTATTATGAGGTTATAAA
1 AAAATCAATTATGAGGTTATAAA
344 A
1 A
345 CCATTTAAAG
Statistics
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AAAATCAATTATGAGGTTATAAA
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127 TTAAAATAAG
* ** * * *
137 TTATGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATGAGACTTTCAAAGGCTTGAATGACTAAATTG
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* * * * * *
202 ACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGCTAGATATTCAATTATAATATA
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* *
267 TTTTAATAAAAAATAT-AAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAAATCTA
131 TTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAAATCTA
* * * *
329 TTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
1 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAATGAC--TAAAT
* *
394 AGACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAAGCTAGACATTCAAATATAATA
64 AGACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGCTAGACATTCAAATATAATA
* * *
459 TGTTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCATTTATGA
129 TATTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
507 TATTGTAAAA
Statistics
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0.85 0.13 0.02
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192 49 0.32
194 76 0.50
195 27 0.18
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TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAATGACTAAATAG
ACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCCCAAGCTAGACATTCAAATATAATATA
TTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAAATCTA
Found at i:732 original size:171 final size:170
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Indices: 328--8130 Score: 2341
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318 AAAAAAATCT
* * *
328 ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
393 TAGACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAA-GCTAGACATTCAAATATAA
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGC-AGACATTCAATTATAA
* * * * * * *
457 TATGTTTTAA-CCAAAAATATAAAACAAATTCAACTTA-AAATC
129 TATATTTTAATAC-AAAATGTAAGA-AAATTTAACTTAGAATTG
* * * *
499 ATTTATGATATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 A-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
*
564 ATGGATTCTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTAATTATAA
65 ATGGATT-TTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
*
629 TATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAAGTTAGAATTG
129 TATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * *
671 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * *
736 TGGATTTTTTCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAAT
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* *
801 ATATTTTAATA-AAAAGTGTAAGAAAATTTAATTTAGAATCG
130 ATATTTTAATACAAAA-TGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* ** ** * * * *
842 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAGGAGGGCTTTTGAAAGCATGAGTGA-T-T--A
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* ** * * * * * * * * * *
903 TAGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTT-TTTCATTTTTTTTCCAAGGTAAACATTCAAATATA
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCA-TGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * ** **
967 ATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAA-AAAATTCCACTTTA-AATCA
128 ATATATTTTAATAC-AAAATGTAAGAAAATTTAAC-TTAGAATTG
* ******************
1009 ATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAANNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * ** * * * * * *
1074 NGAACTTTT-TTTGTCAATGAATG-GTTTTGCTTCATATTTCCCAAAGCAGATATTCAATTATAA
66 TGGA-TTTTCCTACT-AATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * **
1137 TATATTTTAATGA-AAAATATAA-AAAATTTAACTAAAAATCA
129 TATATTTTAAT-ACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
********** * * * * * *
1178 ATTATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGG-TATGGGTGATTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * * * * * * *
1242 ATGGACTTTGT-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTGAA-GCAGACATTCAATTATA
65 ATGGA-TTT-TCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
* ********** * * * * * *
1305 ATCTATTTNNNNNNNNNNTATAAAAAAATTCAACTGAAAATTA
128 ATATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * ********** * *
1348 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGANNNNNNNNNNGGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * ** * *
1413 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATGTAA-
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
** * * * *
1477 ACTATTTTAATGGAAAATGTAA-AAAATTCAAC-AAAAAATG
130 A-TATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * *
1517 AATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAGGCGTGGCGTGACTC
1 -ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG--AAGGC-TTGAGTGACT-
* * * * * * *
1582 A-AAATGG-CTTT-CTACCAATGAATGTCTTTTTTCTTCATGTTTC-CTTAGGTAGACATTCAAT
61 ATAAATGGATTTTCCTACTAATGGATG-CCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAT
* * * * * * **
1643 TATAATCTGTTTTAA-CCAACAATATCAA-AATATTTAA-TTGAAAATCA
124 TATAATATATTTTAATACAA-AATGT-AAGAAAATTTAACTT-AGAATTG
* * * * *
1690 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATGAGGGTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * *
1755 TAGACTTTT-CAAGCTTATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGGAA-GTAGTCATTCAATTATA
66 TGGA-TTTTCCTA-CTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
1818 ATCTA-TTTAA-ACCAATAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATTA
128 ATATATTTTAATA-CAA-AATGT-AAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* *
1862 ATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * * * * *
1926 ATAGACTTTTCTTA-TCAATGAATGGCTCTTT-CTTCATGTTTCTCAAGCCAGACATTCAAATAT
65 ATGGA-TTTTCCTACT-AATGGATGCCT-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAT
* ** * * **
1989 TATCGATTTTAACTA-AAAATATAA-ACAAATTTAACTTTGAATCA
127 AATATATTTTAA-TACAAAATGTAAGA-AAATTTAACTTAGAATTG
* **
2033 ATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* ** * * * *
2098 AAGGACTTTT-CTTGTCAATGAATGGCC-TTTGCTTCATGTTTCCTGAA-GCAGATACTCACA-T
65 ATGGA-TTTTCCTACT-AATGGAT-GCCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCA-ATT
* * * * * **
2159 ATAATATATTTTAATAAAAAATGTAA-AAATTTTGACTAAAAATCA
125 ATAATATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * ** * *
2204 ATTATAAGATTATAAAATCATTTAAA-CCACGTAATATTGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATA
* * * * * * * * * * *
2267 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCGATGCAGACATTCAATTATA
64 AATGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
** * * * * * **
2332 ATCCATTTTAA-CCAACAATATTAA-AATATTCAACTTAAAATCA
128 ATATATTTTAATACAA-AAT-GTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * * * *
2375 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATTAGGTTTTCGAAAGCTTTAGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * *
2440 TGGACTTTT-CTAGCCAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTTTTGAA-GCTGACATTCAATTATA
66 TGGA-TTTTCCTA-CTAATGGATGCCTTTTGCTTCATG-TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * ** * * * **
2503 ATCTATTTGACCAC-CAATATAA-AAACATTTAACTTAAAATCA
128 ATATATTTTAATACAAAATGTAAGAAA-ATTTAACTTAGAATTG
* * *
2545 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGG-TTTCGAAGCCATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * * * * *
2609 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGGAGACATTCAAATATT
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTT-TTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
** * * * * **
2673 ATAGGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTA-ATATCA
128 ATATATTTTAATAC-AAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGA-ATTG
* * * * * * *
2716 ATTATGAGATTGTAAAACCACTTAAATCGAATAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * * *
2781 TAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTCTTT-CTTGATGTTTCTCAAGGTAAACAGTCGAA-TATT
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCT-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC-AATTATA
* ** * ** * **
2844 AT-TGCTTTTAATGTAAAATGTATA-AAAATTCAACAGAAAATCA
128 ATAT-ATTTTAATACAAAATGTA-AGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * * **
2887 ATAATGAGATTAT-AAACCAACTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACCGTAA
1 ATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
** * * * ** * *
2951 ATGGACTTTTATTACTAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-TTAGATATTCAATTACA
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * ***
3015 AAATATTTTAACAAAAAATGT-A-AAAATTTCAAC-AAAAACACA
128 ATATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTT-AACTTAGAA-TTG
* * * * * * * * *
3057 ATTATAAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATG-GCATGATTGTA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG--TGACTATA
* * * * *
3121 AATAGACTTTTCTTGAC-AAT-GATTGGCTTTTTCTTCATGTTTAC-CCAGGCAGACATTCAATT
64 AATGGA-TTTTCCT-ACTAATGGA-TGCCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATT
** * * * * **
3183 ATAATCCATTTTAACTA-ACAATATAA-AAATATTTAACGTAAAATCA
125 ATAATATATTTTAA-TACAAAATGTAAGAAA-ATTTAACTTAGAATTG
* * * * *
3229 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGAG-TTTCTAAAGCTTGAGTAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * ** * *
3293 ATGGACTTTTCCAACTAGTGGATGACTTTTTCAGCCAGTGGATGGCTTTTCCTTAATGTTTCCTA
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGATG-CCTTTT--G-C--TTCAT-G--TTT-CTCAA-G---GC-A
* * * * * * * *
3358 AAGCA--CACATTCA-ACTATAATCTATTTCAACT-GATAATATATA-AAAATTCAACCTAAAAT
114 GA-CATTCA-ATT-ATA--AT-A--TATTTTAA-TACAAAATGTA-AGAAAATTTAACTTAGAAT
**
3418 CA
169 TG
* * * * * * *
3420 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * ** *
3485 TGGACTTTTCTTACCATTGAATGACTCTTT-CTTTACG-TTCTTGAGGCAGACAATCAA--ATAA
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCT-TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * *
3546 TATTGATTTTAACAAAAAATGTAA-AAATATTTAACCTAAAATTA
129 TA-T-ATTTTAATACAAAATGTAAGAAA-ATTTAACTTAGAATTG
* * * *** * * * *
3590 ATCATAAGATTATAAAATCACAAAAAGCAAAG-AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGCGACTGTAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * *
3654 ATGGACTTTTCTTGCT-ATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAGATATTCAATTATAA
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * **
3718 TCTATTTTAA-CCAGCAATATAA-AAAATTTCAACTTAAAATCA
129 TATATTTTAATACA-AAATGTAAGAAAATTT-AACTTAGAATTG
* * *
3760 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGCTTTAGTAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * *
3824 ATGGA-CTTCTCTAGCCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAA-GCAGACATTTAATTAT
65 ATGGATTTTC-CTA-CTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * * * **
3887 AATCTATTTGAA-CCAACAATATAA-AAACATTCAACTTAAAATCA
127 AATATATTTTAATACAA-AATGTAAGAAA-ATTTAACTTAGAATTG
* * * *
3931 ATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
** * * * ** * * * *
3996 TGGATTTTTTTTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTACACATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTACAA
66 TGGA-TTTTCCTACT-AATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * *
4061 TATATTTTAATAAAAAATGTAA-AACAATTCAACTTAAAATTA
129 TATATTTTAATACAAAATGTAAGAA-AATTTAACTTAGAATTG
* * * * * *
4103 ATTATGAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGT-AATGATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT-ATAA
* * * * * * * * *
4167 ATGGACTTTTCCGA-TCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTATCCCTAGGCAAACATTCAAATATA
65 ATGGA-TTTTCCTACT-AATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * **
4231 ATATGTTTTAACTA-AAAATGTAA-AAATATTTGAGTTAAAATCA
128 ATATATTTTAA-TACAAAATGTAAGAAA-ATTTAACTTAGAATTG
* * * * * * * *
4274 ATTATTAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * ** * * *
4339 TGGACTTTTCTTGCCAATTAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAA
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * * * * **
4403 TCTATTTTAACAAAAAATATAA-AATATTTTACTCAAAATCA
129 TATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * *
4444 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * ** * * * * *
4509 TAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAATTCTTGAA-ACAGACATTTAGTTATAC
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * **
4573 TCTGTTTTAACTA-AAAATATAA-AACAATTAAACTTAAAATCA
129 TATATTTTAA-TACAAAATGTAAGAA-AATTTAACTTAGAATTG
* * * *
4615 ATTATGAGATTATAAAATCACTTAAAACGAGCAATAAGGCTATT-GAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
** * * * * ** * *
4679 ATCTACTTTTCTTGCCAATGGATAG-TTTTTGCTTCATGCCTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATA
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGAT-GCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * **
4743 ACATACTTTAAT-CACAAATATACA-AAAA-TTGACTTAAAATCA
128 ATATATTTTAATACA-AAATGTA-AGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * *** * *
4785 ATT-TAAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAATATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATGAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
** * ** * ** * * *
4849 TAAACTTTTCTTAAC-AATTAATAG-ATTTTGCTTCACATTTCTTATA-GCTA-ACATTAAATAA
66 TGGA-TTTTCCT-ACTAATGGAT-GCCTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AGGC-AGACATTCAATTA
** *** * * * **
4910 TAAGCTATTTT-GGCCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
126 TAATATATTTTAATAC-AAAATGT-AAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * * * *
4956 ATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGAGTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * ** * **
5021 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGTTTCATGTTTCCCAAACCAAATGTTCAATTATAA
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGAT-GCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * **
5085 TATATTTTAATTA-AAAATGTAA-AAAAATTAACTTAAAATCA
129 TATATTTTAA-TACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * ** * * *
5126 ATTATGAGACTATGAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
** * * * * * * *
5191 TGGAATTTT-CTTGTCAATTGATGGC-TTTGCTTCAAGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAGTAAGA
66 TGG-ATTTTCCTACT-AATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * **
5253 ATATATTTTAA-AAAAAATG-AA-AAAACTTCAACTGAAAATCA
128 ATATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAA-TTTAACTTAGAATTG
* * * ** * * * *
5294 ATTATGAGATTATAAAGA-CATATAAAGCGAATAAAAATACTTTTGAAGGCATGAG-AACCATTT
1 ATTATGAGATTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA-C-TAT
* * * **** * * * * *
5357 AAAGCGAGCAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGA-GCGATTATAAATGAACTT-ATCTTGC-AAATGG
63 AAA-TG-G--AT----TTTCCTACTAATGGATGC-CTT-T---TG--CTTCATGTTTCTCAA-GG
*** * * * * * ** * *
5419 -ATGGTTTTCACCTCAT-GT-T-TCTTGAGCCAAACAT-TCAATTATAATATATCTCACAC-CA-
112 CA-GACATTCA-ATTATAATATATTTTAATACAAA-ATGT-AA-GA-AA-AT-T-T-A-ACTTAG
*
5477 AAATG
166 AATTG
** * ** * * * * ** * *
5482 CA--AAAAAATTCAAATTAAAGTCAATT-ATGAGA-TTATAAAACCATTT-AAAGTGGGTT-A-T
1 -ATTATGAGATT---A-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGC-TTTCGAA--GGCTTGAGT
* * * ** **
5540 AAAGCTTTCAAA-GGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTT
57 -GA-CTAT-AAATGG-AT--TTTCCTACT-AATGGA--TGCCTT-----T---TG-C---TTC--
* * * *** * * ***
5603 AATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATATTCCGTTTTAATAGAAAATGTAAAAAAAAAAGAAC
99 -ATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATACAAAATGT-AAGAAAATTTAAC
* **
5668 TTAAAATCA
162 TTAGAATTG
* * * * * * * *
5677 ATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGTTTTCCAAGGCATGCGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * ** * *
5742 TGGACTTTTCTTGCTAAAGAATGATTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * **
5807 CTGTTTTAATGA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 ATATTTTAAT-ACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* *
5848 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCTTGAGCGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * ** * *
5912 ATGGACTTATCCTGCAAATGGATG-GTTTT-CAATTCATG-TTCTTGAGGTATACATTCAATTAT
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGC--TTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAT
* * * * * * **
5974 AATATATCTCAA-ACAAAA-ATACAAAATAATTCAACTTAAAATCA
127 AATATATTTTAATACAAAATGTA-AGAA-AATTTAACTTAGAATTG
****************** *
6018 ATTATGAGATTATAAAACCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * *
6083 TAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TTT--TT-A--TTTCTTAAGGCAAACATTCCATTATAAT
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * * **
6142 CTGTTTTAA-CCAAAAATATAA-AACAAATCAACTTAAAATCA
130 ATATTTTAATAC-AAAATGTAAGAA-AATTTAACTTAGAATTG
* * * * *
6183 AATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * ** * * *
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66 TGGATTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATA
* * * * * **
6312 TGTTTTAATA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
131 TATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
**
6351 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAGGATGAGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG--GCTTGAGTGACTATA
* * * * * * ** * *
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* * * * * **
6478 ATAATCTATTTTGA-CCAACAATATATA-AAAATTTAACTTAAAATCA
125 ATAATATATTTTAATACAA-AATGTA-AGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * ** *
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1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * * * * * *
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65 ATGGA-TTTTCCT-ACT-AATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTA
** * * **
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126 TAATATATTTTAA-T-ACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
** * *
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1 ATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAG-TGACTAT
* * * * * *
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* * * * * * **
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125 ATAATATATTTTAATAC-AAAATGTA-AGAAAATTTAACTTAGAATTG
* *
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1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * ** ** *
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* * * ** * *
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129 TATATTTTAATACAA-AATGTAAGA-AAATTTAACTTAGAATTG
* * * * * * *
7036 ATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * *
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66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGC-TTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * * * * **
7165 TATATTTTAACAGAAAATATAACAAAAATCAACTTAAAATCA
129 TATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * *
7207 ATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * ** * * *
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* * **
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128 ATATATTTTAATAC-AAAATGTAAGAAAATTTAACTT-AGAATTG
* * * *
7377 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGCGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * * * * * *
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66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * **
7506 TCA-GTTTTAA-CCAAAGATGTAA-AAATATTTAACTTAAAATCA
129 T-ATATTTTAATACAAA-ATGTAAGAAA-ATTTAACTTAGAATTG
* * * * * * * *
7548 ATTATGACATCATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGCATGAGTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * *
7613 TAGACTTTTCTTGCTAAT-GA-----ATTG--T--T-TTT-TC-AGGTAAACATTCAATTATAAT
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * ** * *
7665 TTGTGTTAACAAAAAATATAA-AAAAAATAACTTAAAATTA
130 ATATTTTAATACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * *
7705 ATCATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG-TATAAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * * * * * *
7769 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCCGACATTCAATTATA
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATGGA-TGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * **
7833 ATATGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
128 ATATATTTTAA-TACAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* ** * *
7876 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * ** * * *
7941 TGGACTTATCCTGCAAATGGATG-GTTTCACTTCATGTTTCCTGATA--TAAACATTCAATTATA
66 TGGA-TTTTCCTACTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTT-CTCA-AGGCAGACATTCAATTATA
* * ** * * * **
8003 ATATATCTCAA-ACAAAAATACAAAAAAAATTGAACTTAAAATCA
128 ATATATTTTAATAC-AAAAT-GTAAGAAAATTTAACTTAGAATTG
* * * * * *
8047 ATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAAG-TTTCGAAGACATGAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * *
8111 ATAGACTTTTCTTGCTAATG
65 ATGGA-TTTTCCTACTAATG
8131 AATGTTAGCT
Statistics
Matches: 5905, Mismatches: 1333, Indels: 788
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Found at i:2619 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
449 AAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCATTTATGATATTGTA
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* * * * *
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* * * * * * * *
578 CTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAA-TAC
255 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-
* * *
642 AAAAT-GTAAGAAAATTTAAGTT
319 AAAATATTAA-AAAATTCAACTT
* ** * *
664 AGAATTGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTC-AAAGGCTTAAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGAGTG
* * * * * *
728 ACTATAAATGGATTTTTTCTA-CTAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAAACATT
65 ACTATAAATGGA-CTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCT-GACATT
* * * * * * *
791 CAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAGTGTAAGAAAATTTAATTTAGAATCGATTATAAGATTAT
128 CAATTATAATCTA-TTTAACCAAAAA-TATAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** ** * * * * *
855 AAAACCATTTAAAGTAAGTAGGAGGGCTTTTGAAAGCATGAGTGA-T-T--ATAGACTTTTTTTG
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* * * * *
916 CCAATGAATGGCTTTTT-TTCATTTTTTTTCCAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
255 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* *
980 AAAAAT-GTAAAAAATTCCACTT
318 AAAAATATTAAAAAATTCAACTT
* * **********
1002 TAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAANNNNNNNNNN
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGA
******** * * * * * * ** * *
1067 NNNNNNNNGAACTTTTTTTGTCAATGAATGG-TTTTGCTTCATATTTCCCAAAGCAGATATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACATTCAA
* ** * **********
1131 TTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGANNNNNNNNNNC
131 TTATAATCTA-TTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
1196 TATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTGT-TTGCCAA
195 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAA
* * **********
1260 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTGAA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTNNNNNNNNNNT
259 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT
* *
1324 ATAAAAAAATTCAACTG
324 ATTAAAAAATTCAACTT
* * * *********** * *
1341 AAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGANNNNNNNNNNGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGA
* * * * * * * *
1406 CTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCTTGAGGCAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACATTCAA
* * * *** * * ** * *
1471 ATGTAAACTATTTTAATGGAAAATGTAAAAAATTCAACAAAAAATGAATTATGACATTATAAAAC
131 TTATAATCTA-TTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
1536 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAGGCGTGGCGTGACTCA-AAATGG-C-TTTC-TAC
195 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG--AAGGCAT-GAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
1597 CAATGAATGTCTTTTTTCTTCATGTTTCCTT--AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
256 CAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTT--TTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * *
1660 AACAATATCAAAATATTTAA-TT
318 AAAAATATTAAAAAATTCAACTT
* * *
1682 GAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATGAGGGTTTC-AAAGGCTTGAGT
1 -AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTGAGT
* * * ** *
1746 AACTATAAATAGACTTTTCAAGCTTATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGGAAG-TAGTCAT
64 GACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAAGCT-GACAT
* *
1809 TCAATTATAATCTATTTAAACCAATAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
127 TCAATTATAATCTATTT-AACCAA-AA-ATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
1874 TAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
189 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * * *
1939 ATCAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAGACATTCAAATATTATCGATTTTAACTA
254 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
*
2004 AAAATA-TAAACAAATTTAACTT
319 AAAATATTAAA-AAATTCAACTT
** * *
2026 TGAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-TAAAGGCTTGAGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAA-GCTTGAGT
* * * * * * * *
2090 GACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCCTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAGATACTC
64 GACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACATTC
* ** * * * * *
2155 ACA-TATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAATTTTGACTAAAAATCAATTATAAGATTATAA
129 A-ATTATAATCTA-TTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * * * *
2219 AATCATTTAAA-CCACGTAATATTGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
192 AACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
2283 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCGATGCAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACCAAC
256 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
*
2348 AATATTAAAATATTCAACTT
321 AATATTAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
2368 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATTAGGTTTTCGAAAGCTTTAGTAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGA
* **
2433 CTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTTTTGAAGCTGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACATTCAA
* **
2498 TTATAATCTATTTGACCACCAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
131 TTATAATCTATTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
2563 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGG-TTTCGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
195 CATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * ***
2627 TGAATGG-TTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGGAGACATTCAAATATTATAGGTTTTAACCAAAAA
259 TGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
* * *
2691 TGTAAAAAAATTCAGCTT
323 TATTAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
2709 AATATCAATTATGAGATTGTAAAACCACTTAAATCGAATAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGA
* * * * * * * * *
2774 CTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTCTTT-CTTGATGTTT-CTCAAGGTAAACAGTC
66 CTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCT-GACATTC
* *** * * ** *
2837 GAA-TATTATTGCT-TTTAATGTAAAATGTATAAAAATTCAACAGAAAATCAATAATGAGATTAT
129 -AATTA-TAAT-CTATTTAACCAAAAATATA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * ** *
2900 -AAACCAACTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACCGTAAATGGACTTTTATT
190 AAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * ** * * **
2964 ACTAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAA-TTAGATATTCAATTACAAAATATTTTAA-C
254 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* *
3027 AAAAA-ATGTAAAAATTTCAAC-A
318 AAAAATAT-TAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
3049 AAAACACAATTATAAGATTATACAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATG-GCA
1 AAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAG--
* * * * * * * * *
3113 TGATTGTAAATAGACTTTTCTTGACAAT-GATTGGCTTTTTCTTCATGTTTACC-CAGGCAGACA
63 TGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCTGAAGCTGACA
* * * *
3176 TTCAATTATAATCCATTTTAACTAACAATATAAAAATATTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTA
126 TTCAATTATAATCTA-TTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
3241 TAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGAG-TTTCTAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCC
189 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT--
* * * * * *
3305 AACTAGTGGATGACTTTTTCAGCCAGTGGATGGCTTTTCCTTAATG-TTTCCTAAAGCACACATT
251 --C---T---TG-C-----CA---A-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGCAGACATT
* * ** * *
3369 CAACTATAATCTATTTCAACTGATAATA-TATAAAAATTCAACCT
297 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATTA-AAAAATTCAACTT
* * * * * *
3413 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGA
* * * * * * * * *
3478 CTATAAATGGACTTTTCTTA-CCATTGAATGACTCTTT-CTTTACG-TTCTTGAGGCAGACAATC
66 CTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACATTC
* * * * * * *
3540 AA--ATAATATTGATTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTTAACCTAAAATTAATCATAAGATTAT
129 AATTATAAT-CT-A-TTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *** * * * * *
3603 AAAATCACAAAAAGCAAAG-AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGCGACTGTAAATGGACTTTTCTT
190 AAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
3667 G-CTATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
254 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
**
3731 GCAATA-TAAAAAATTTCAACTT
319 AAAATATTAAAAAA-TTCAACTT
* * * *
3753 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGCTTTAGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTG
* * * * * *
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65 ACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCTGACATTCA
* * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * * * * *
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*
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* * * *** * *
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* ** * ** * * ** * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * ***
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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** * * * * ** *
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** * * *
9938 ACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATTAA-ACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
10002 AATTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCCATTATAATAT
65 GACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATAT
*
10067 CGTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAAC-TACAAATCAATT
130 -GTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATT
* * * *
10109 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGCGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* * * * *
10174 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAGGCATTGAAATATAAT-T
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
10237 GATTTTAACAAAAAATATAGAAAACTTCAACTTAGAATCAATT
130 G--TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ***
10280 ATGAGATCATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAATATTTTCGAAGGCATGAA-TGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATG
* * * * * *
10344 GACTTTTCTCT-TCAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTT-TCTAAGACAGACATTCAATTATAAT
65 GACTTTTCT-TGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAAT
* ** * ** * *
10407 CGAT-TTTGACCAAGAATATTTAAAAATTTAACTTAAAATCAATA
128 --ATGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
10451 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* ** *
10516 ACTTTTCTCT-CCAACG-ATGTCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
66 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA--T
* * *
10579 AT-TTTAACT-AACAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATT
128 ATGTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * * * *
10621 ATGATATTATAAAATCATTTTAAA-TAACCAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAACTGACTATAAATA
1 ATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATG
* * * ** * *
10685 GACTTCTCTTACCAATGGATGAT-TTTTGCTTCATGTTT-TTCAAAACAAACTTTCAATTATAAT
65 GACTTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAAT
* *
10748 ATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
128 AT-GTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
10792 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-ATGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ATATGGATGACTATATA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATA-AG-TGACTATAAA
* * * ** *
10854 TGTACTTTTATTGCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCATGTTT-TCGAGGCTA-ACATTCAAATATA
63 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGC-AGACATTCAATTATA
* * *
10916 ATCTGTTTTAGCTAAAAAAGTA-AAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATT
126 ATATG-TTTA-ATAAAAAA-TATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
10964 AAGAGATTATAAACCCTTTTAAAGTGTGAAATAAGGCTTTTGAAGAG-ATAAGTAACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATAAGTGACTATAAATG
* * * ** * * * *
11028 GACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGACAGACATTCAGTTGTAATAT
65 GACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
11093 ATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCGATT
130 -GTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * *
11135 TTGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAACGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
11200 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATAATAATCTA
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAA--TA
* *
11265 T-TTTAACT-AACAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATT
129 TGTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *** * *
11306 ACGAAATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-ATAGGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
** *
11370 ACTTTTCTTATCAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATAT
66 ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
11434 ACTTTAATAGAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATT
130 -GTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
********** * * * *
11476 ATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAA-TGAGTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATG
* *
11540 GACTTTTCGTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTT
65 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTGCTTCATGTTT
11578 TCTAAANNNN
Statistics
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0.78 0.15 0.07
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ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATG
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Found at i:10714 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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9418 NNNNNNNNNN
*
9428 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* * ** * *
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* * *
9557 ATA-TTTAA-TAAAA-A-AGAAAAATTTCAACCTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT
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* * * * * * * *
9617 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGCT-ACTATAAATGGACCTATAC-TGCAAATGG
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** * * * * * **
9680 ATGATTTTCACTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCCATTATAATATATCTCAA-ATAGAAATGC
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* *
9744 AAACAAGTTCAACTTAAAATCAATT
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* * * *
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1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* ** * * *
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66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* * * **
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130 ATTTTAACTAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAA
* * * * * * *
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* * ** * * *
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*
10086 AACAATTCAAC-TACAAATCAATT
318 AAAAATTCAACTTA-AAATCAATT
* * * * *
10109 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGCGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* * * * *
10174 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-GCAGGCATTGAAATATAAT-T
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * *
10237 GATTTTAACAAAAAATATAGAAAACTTCAACTTAGAATCAATTATGAGATCATAAAACTA-TTAA
130 -ATTTTAAC-TAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTA
** *** * *
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* * * * * * **
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* *
10429 AAAATTTAACTTAAAATCAATA
319 AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
10451 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAATGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* *
10516 ACTTTTCTCT-CCAACG-ATGTCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
66 ACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
* * *
10579 ATTTTAACTAACAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTTAA
130 ATTTTAACTAA-AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAA
** * * * * *
10644 A-TAACCAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAACTGACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGGATGAT
194 AGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAT
* * * * *
10708 TTTTGCTTCATGTTTT-TCAAAACAAACTTTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAA
259 TTTTGCTTCATGTTTTCT-AAGACAGACATTCAATTAT-A-ATATTTTAACAAAAAATATAAAAA
10772 AATTCAACTTAAAATCAATT
321 AATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
10792 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-ATGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ATATGGATGACTATATA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAAGCTTTCGAAGGCATA-AG-TGACTATAAA
* * * * ** * * *
10854 TGTACTTTTATTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTC-GAGGCTA-ACATTCAAATATAA
63 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGC-AGACATTCAATTATAA
* * * * *
10917 TCTGTTTTAGCTAAAAAAGTAAAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTAT-AAACCCT
127 TCTATTTTAACTAAAATA-T-AAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * *
10981 TTTAAAGTGTGAAATAAGGCTTTTGAAGAG-ATAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
189 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAA-AGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** ** * * * * *
11045 GATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGACAGACATTCAGTTGTAATATATTTTAACTAAAAATGT
253 GATGATTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTAT-A-ATATTTTAACAAAAAATAT
* *
11110 AAAAAAATTCAACTTAAAACCGATT
316 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * *
11135 TTGAGATTATAAAACCATATAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAACGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
11200 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATAATAATCTA
66 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA
* * * * *
11265 TTTTAACTAACAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAAATTATAAAACTA-TTTAAA
131 TTTTAACTAA-AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAA
** * ** * *
11329 ACAAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGCT
195 GTAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GAT
* * * *
11393 TTTT-CTTCATG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATACTTTAATAGAAAATGTAAAAA
259 TTTTGCTTCATGTTTTC-TAAGACAGACATTCAATTATAATAT--TTTAACAAAAAATATAAAAA
*
11456 AAATCAACTTAAAATCAATT
321 AATTCAACTTAAAATCAATT
********** * * * * *
11476 ATGANNNNNNNNNNCTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAA-TGAGTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATG
* * *
11540 GACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCA
65 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCA
11573 TGTTTTCTAA
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
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345 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTA
TTTTAACTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAAG
TAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGATTT
TTGCTTCATGTTTTCTAAGACAGACATTCAATTATAATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATT
Found at i:13158 original size:36 final size:36
Alignment explanation
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13087 NNNNNNNGTG
*
13097 CCTAATTCATTAAA-TTGTTTAATTAAGTCATTGGA
1 CCTAATTAATTAAATTTGTTTAATTAAGTCATTGGA
* *
13132 CCTAATTAATTAAATTTGTTTAATTAAGTTATTGGG
1 CCTAATTAATTAAATTTGTTTAATTAAGTCATTGGA
13168 CCTAATTAATTAAATT
1 CCTAATTAATTAAATT
13184 AAACAATTCA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 1
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 13 0.27
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CCTAATTAATTAAATTTGTTTAATTAAGTCATTGGA
Found at i:14321 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 14122--14609 Score: 417
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 167
14112 AGGTGACCAC
* * * ** * *
14122 AAATGAAGTTTTGTTACCAATATATGGCTTCTACTTTACGTTTCCTAGAGCCAAA-ATTCAATTA
1 AAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTT-TACTTTATGTTTCCT-GAG-CAAACATTCAAATA
** * *
14186 TTATATATTTTAGTTAAAAATGTAAAAAAACTAAAATTAAAATCGATTATGAGA-TCATAAAACT
63 TTATATATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAACTAAAATTAAAATCAATTATGAGAGT-ATAAAACC
* **
14250 ATTTAAAACGAGTGATAATGCTTCAAAAACATGAGTGACTAT
126 ATTTAAAACGAGTAATAATGCTTCAAAAACATGAAAGACTAT
* * * * *
14292 AAATGAATTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGTAGCAAACATTAAAATAT
1 AAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGC-TTTACTTTATGTTTCCTG-AGCAAACATTCAAATAT
* * * ** * *
14357 TATTTGTTTTAACTAAAATGTAGAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATT
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** **
14422 TAAAGTGAGTAATAATGCTTCAAAGGCATGAAAGACTAT
129 TAAAACGAGTAATAATGCTTCAAAAACATGAAAGACTAT
* * * * *
14461 AAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGACATTTGCTTTATGTTTCCTGAGACAAACATTCAACTAG
1 AAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGC-TTTACTTTATGTTTCCTGAG-CAAACATTCAAATAT
* * * * * * * * * * * *
14526 AATCTATTTTAAGTAACAATAT-AAAATATTCAACTTTAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CTT
64 TATATATTTTAACTAA-AATGTAAAAAAACTAAAATTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCAT
* *
14589 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
128 TTAAAACGAGTAATAATGCTT
14610 TTGACGGCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTACTTTATGTTTCCTGAGCAAACATTCAAATATTA
TATATTTTAACTAAAATGTAAAAAAACTAAAATTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTA
AAACGAGTAATAATGCTTCAAAAACATGAAAGACTAT
Found at i:14406 original size:169 final size:168
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Indices: 14222--14609 Score: 442
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14212 AAAACTAAAA
* * * **
14222 TTAAAATCGATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAATGCTTCAAAAACATGAGTG
1 TTAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTCAAAAACATGAAAG
* * * * *
14287 ACTATAAATGAATTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGTAG-CAAACATTA
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** * * * *
14351 AAATATTATTTGTTTTAACTAA-AATGTAGAAA-AGTTTAAC
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* * **
14391 TTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTCAAAGGCATGAAAG
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* * *
14456 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGACATTTGCTTTATGTTTCCTGAGACAAACATTCA
65 ACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGACATTTGCTTCATGTTTCCTGAGACAAACATTAA
* *
14521 ACTAGAATCTATTTTAAGTAACAATATAAAATATTCAAC
130 AATAGAATCTATTTTAACTAACAATATAAAATATTCAAC
* * *
14560 TTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
14610 TTGACGGCTT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 31, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 22 0.12
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170 7 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTCAAAAACATGAAAGA
CTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATGACATTTGCTTCATGTTTCCTGAGACAAACATTAAA
ATAGAATCTATTTTAACTAACAATATAAAATATTCAAC
Found at i:14630 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14068--15277 Score: 675
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
14058 NNNNNNNNAC
* * * * * * * *
14068 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCCT-AGGTGACCACAAATGAAGTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * * * * * *
14132 TTGTTACCAATATATGGCTTCTACTTTACGTTTCCTAGAGCCAAA-ATTCAATTATTATATATTT
65 TTCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAAATATAAT-TATTT
** * * * * * *
14196 TAGTTAAAAATGTAAAAAAACTAAAATTAAAATCGATTATGAG
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* * * * * ** ** * * *
14239 ATCATAAAACTATTTAAAACGAGTGATAATGC-TTCAAAAACATGAGTGACTATAAATGAATTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
14303 TCTTTTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGTA-GCAAACATTAAAATATTATTTGTTTT
66 TCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTG-AGGCAAACATTCAAATA-TAATTATTTT
* *
14367 AACT-AAAATGTAGAAA-AGTTTAACTTAAAATCAATTATGAG
129 AACTAAAAATATA-AAATA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * **
14408 AGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGC-TTCAAAGGCATGAAAGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
14472 TCTTTCCAATGGATGACATTTGCTTTATGTTTCCTGAGACAAACATTCAACTAGAATCTATTTTA
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
14697 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAG
130 ACTAAAAATAT-AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
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* ***
14867 AA-TCAAAAATATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATNNN
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******* * ** * * * *
14909 NNNNNNNAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** ** * *
14974 TCTTGCCAATGAATTACTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGGAAACATTCAAATATAATATGTTTTA
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* * * * ****
15039 ACCAAAAATATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTANNNN
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****** * ** * *
15079 NNNNNNAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTCCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGATTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
15144 TCCTAT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTAGATGTAGATATTCAATTATAATATATTT
66 T-CTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAAATATAAT-TATTT
* ** * *
15207 T-AGTCAAAAATGCAACGAA-ATTCAACTTAAAATCGATTTTGAG
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* *
15250 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATA
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
15278 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 203, Indels: 68
0.75 0.19 0.06
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Consensus pattern (169 bp):
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TCTTTCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAAATATAATTATTTTAA
CTAAAAATATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
Found at i:16158 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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15585 NNNNNNNNTA
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
15764 AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAATTGACTAATAATACTTT
1 AAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTT
* * * * * *
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* ** * *
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* * * ********** *
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* * *
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* * * * * *
16064 TAAGGCAAACATTCAAATATTATTTATTTTAACTACCAATGT
130 TAAGACAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA-AAATAT
* * * * **
16106 AAAACTATTCAACATAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAA-TATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTT
* * * * * * * *
16171 CGAAGACTTAAGTGACTATATATAGAC-TTTTCCTGCTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCC
65 CGAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTTCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
* *
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*
16277 AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 -AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
16308 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 108, Indels: 28
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 105 0.25
171 298 0.71
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTC
GAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTTTCTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT
AAGACAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAATAT
Done.