Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399329.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2598.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3825
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.07, T:0.19
Warning! 1795 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3184 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2546--3822 Score: 1418
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 341
2536 NAAGGTAGGT
* * *
2546 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
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66 ATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
2676 CTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCT-GAGGCAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAA
131 -TCTCAATCAATGGCTTTTTCTGCATGTTT-CTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
* ** *
2740 CAAAAAATGT-AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTA
194 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** * * **
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259 ATAAGCCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCT
2867 TCATGTTTCTTGAGGTGGAC
322 TCATGTTTCTTGAGGTGGAC
* * *
2887 ATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* **
2952 ATAAAACCATTTA-AGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
3016 TCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGATAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAA-A
131 TCTCAATCAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACA
** * * ** *
3080 GAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAACTAA
196 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* *
3145 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAGTGGCTTTTT-TTG
260 TAAGCCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTT-
** **
3209 CATGTTTCTCAAGGTAAAC
323 CATGTTTCTTGAGGTGGAC
* * * * *
3228 AATCAATTATTGTCTGTTTTATCAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3293 ATAAAACCGTTTAGAGCGAGTAAT-AAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGTCTTTAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAAGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * ** * *
3357 TTGTCGATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGTCATTCAATTATAGTATGTTTTAA
130 TTCTCAATCAATGGCTT-TTTCTGCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAA
* * *
3421 TC--AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
194 -CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* *
3484 AATAAGCCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTACTTCTCAATGAATGGC-TTTTCT
258 AATAAGCCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT
* *
3548 GCACT-TTTCTTGAGGCAGG-C
322 TCA-TGTTTCTTGAGG-TGGAC
* * * * *
3568 ATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
3633 ATAGAACAATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGAACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** *
3698 TCTTAATGC-ATAGGCTTTTTCTGCACATG-TCCCA-AGGTAAGTATTCAATTATAGTCTGTTTT
131 TCTCAAT-CAAT-GGCTTTTTCTG--CATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTT
* * *
3760 AACAAAAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTG
192 AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
3823 GGT
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 129, Indels: 47
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 60 0.08
340 177 0.23
341 389 0.50
342 151 0.19
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCTCAATCAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACA
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGCCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
GTTTCTTGAGGTGGAC
Found at i:3216 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2546--3820 Score: 1407
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 171
2536 NAAGGTAGGT
* * * *
2546 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
2611 ATAAAACCA-TTAATAGTGGGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTT
66 ATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
2675 TCTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCT-GAGGCAAAC
130 T-TCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCATGTTT-CTAGAGGTAAAC
* *
2718 AATCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** ** ** * *
2781 ATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAAGTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * **
2846 TAACAATGAAT-GCTTGTTTCTT-CATGTTTCTTGAGGTGGAC
131 TCTCAATGAATGGCTT-TTT-TTGCATGTTTCTAGAGGTAAAC
* *
2887 ATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** **
2952 ATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGCAACTATAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *
3016 TCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGATAAAC
131 TCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGGTAAAC
* * * ** *
3057 ATTCAATTATTGTCTATTTTAA-AGAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCATTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
3121 TATAAAATCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
3186 TTCTCAATGAGTGGCTTTTTTTGCATGTTTCTCA-AGGTAAAC
130 TTCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCT-AGAGGTAAAC
* * * *
3228 AATCAATTATTGTCTGTTTTATCAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
3293 ATAAAACCGTTTAGAGCGAGTAATAA-GCTTTTTGAAAGAATGGGTGTCTTTAAATGGACTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * **
3357 TTGTCGATGAAT-GCTTGTTTCTT-CACGTTTCTTGAGGTAGTC
130 TTCTCAATGAATGGCTT-TTT-TTGCATGTTTCTAGAGGTAAAC
* * *
3399 ATTCAATTATAGTATGTTTTAATC--AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
3462 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGACTTTAC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * **
3527 TTCTCAATGAATGGC-TTTTCTGCACT-TTTCTTGAGGCAGGC
130 TTCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCA-TGTTTCTAGAGGTAAAC
* * ** * *
3568 ATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
3633 ATAGAACAATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGAACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * **
3698 TCTTAATGCATAGGCTTTTTCTGCACATG-TCCCA-AGGTAAGT
131 TCTCAATGAAT-GGCTTTTTTTG--CATGTTTCTAGAGGTAAAC
** *
3740 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
3805 ATAAAACCATTAAAAG
66 ATAAAACCATTTAAAG
3821 TGGGT
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 146, Indels: 56
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 94 0.10
170 418 0.45
171 286 0.31
172 118 0.13
173 3 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGGTAAAC
Found at i:3515 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 2546--3819 Score: 1628
Period size: 511 Copynumber: 2.5 Consensus size: 507
2536 NAAGGTAGGT
* * * * *
2546 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATACAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
2611 ATAAAACCA-TTAATAGTGGGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTT
65 ATAAAA-CATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT
* * * *
2675 TCTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGCAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAA
128 T-TCTCAATG-ATGGCTTTTTCTGCATGTTTCC-AAGGTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAA
** *
2740 CAAAAAATGT-AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTA
190 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* *
2803 ATAAGTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATGCTTGTTTCTT
255 ATAAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATGCTTGTTTCTT
* *
2868 CATGTTTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
320 CACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
2933 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGCAA
385 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGAAATGGGCAA
* * *
2998 CTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCA-TGTTTCTAGAGATAAAC
450 CTATAAATGGACTTTACTTCTCAATCAATGGC-TTTTCTGCACT-TTTCTAGAGACAAAC
* * * * *
3057 ATTCAATTATTGTCTATTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCATTTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAAA-AAAAATACAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
3122 ATAAAATCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT
* * *
3187 TCTCAATGAGTGGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATTGTCTGTTTTATCA
129 TCTCAATGA-TGGCTTTTTCTGCATGTTTC-CAAGGTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACA
* * * *
3252 AAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAGAGCGAGTAAT
192 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAT
* * * ** *
3317 AAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGTCTTTAAATGGACTTTTCTTGTCGATGAATGCTTGTTTCTTCA
257 AAGCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATGCTTGTTTCTTCA
* * *
3382 CGTTTCTTGAGGTAGTCATTCAATTATAGTATGTTTTAAT-CAAAATGTAAAACAATTCAACTTA
322 CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * **
3446 AAATCCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATTGGTGAC
387 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGAAATGGGCAAC
* * * **
3511 TATAAATGGACTTTACTTCTCAATGAATGGCTTTTCTGCACTTTTCTTGAGGCAGGC
451 TATAAATGGACTTTACTTCTCAATCAATGGCTTTTCTGCACTTTTCTAGAGACAAAC
* * *
3568 ATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAA-ATCAACTCAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATACAAAAAAATA-CAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
3632 TATAGAACAATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGAACTTTTT
64 TATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT
* * ** *
3697 TTCTTAATGCATAGGCTTTTTCTGCACATG-TCCCAAGGTAAGTATTCAATTATAGTCTGTTTTA
128 TTCTCAATG-AT-GGCTTTTTCTG--CATGTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTA
** *
3761 ACAAAAAATACAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAA
189 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
3820 GTGGGT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 92, Indels: 30
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 64 0.10
511 303 0.46
512 282 0.43
513 2 0.00
514 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (507 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATACAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTC
TCAATGATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCAAGGTAAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGC
TTTTTGAAAGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTT
TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGAAATGGGCAACTATAA
ATGGACTTTACTTCTCAATCAATGGCTTTTCTGCACTTTTCTAGAGACAAAC
Done.