Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399336.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2604.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7025
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Warning! 1366 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:633 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 115--876 Score: 522
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
105 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * *
115 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAGCAAATTATAATTGTATGTATTCCTCAA
1 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* ** * *
180 GAAACATGTAGATAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCAATTCCTTT-A
65 GAAACATGAAGA-AAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTGA
** * * * *
243 AAAATCTTATTACTCACTTT-AAATGGTGTTATAATCTCATAGT
128 AAAGCCTTATTACTC-GTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
******** * * ***
286 TGATTTTAAGTTAAATTNNNNNNNNNNTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGTATTA
1 TGATTTTAAGTTAAATT--TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * * * * * *
350 GGAAACGTGTAGAAAAAACTATTTATTAA-AA-AAAAATCTATTTTTAGTCAACCATTCCTTCAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTGAA
* **********
413 AAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATTGTTNNNNNNNNNNATAAT
129 AAGCCTTATTACTCG-TTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* *
455 TGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
1 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * ***********
520 AAAACATGAAGGAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNA
65 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTGAAA
*
585 AGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCTTAAT
130 AGCCTTATTACTCG-TTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
626 TGATTTTAAGTTTATTTTTTTAACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAA-GTCCTGCCCTA
1 TGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-CTACCTTA
* * * *
689 AGAAACGT-ATAGAAAAAGCTATTCATTAAGAATAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTGA
64 AGAAACATGA-AGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTGA
*
753 AAAGCCTTATTACTTGTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
796 TGATTTTAAGCTAAATTTGTTTATATTTTT-GATTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
860 AGAAACATGAAGAAAAA
64 AGAAACATGAAGAAAAA
877 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 137, Indels: 36
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 111 0.25
170 151 0.35
171 160 0.37
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTGAAAA
GCCTTATTACTCGTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:1550 original size:173 final size:162
Alignment explanation
Indices: 1474--1805 Score: 275
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
1464 NNNNNNNNNN
* * *
1474 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATATTT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
*
1538 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTC
64 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTC
* * * *
1603 ACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATNNNNNNNNNNAAAT-ATTTTTA
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT----------TACTCA-CTTTA
* *
1647 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-GA-ATTTTT-GATTAAAGCA-AGCTATAATT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTAG-TTAAAACAGA-CTATAATT
* ** * * * * * * *
1708 GAACGTCTACCTTGAGGTACATAAAGAGAAAAGTATTCATTGACAAAAAAAGTTCA-TTATAGTC
64 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTC
*
1772 A-CCATTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 ACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1806 AATTATTTTG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 19, Indels: 24
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 6 0.04
160 1 0.01
168 3 0.02
169 27 0.20
170 65 0.48
171 1 0.01
172 6 0.04
173 24 0.18
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:1822 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1287--1830 Score: 523
Period size: 173 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
1277 NNNNNNNTCG
** *
1287 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTT-AGTTAA
1 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-GACATTTTTGA-TTAA
* * * *
1351 AGCAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATATGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGACAAACAAA
64 AGCAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACGTGAAGAGAAAAGCATTCATTGACAAAAAAA
*
1416 G-TCTATTTATAGAT-ACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
129 GTTC-ATTTATAG-TCACCATTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
**********
1459 CTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGTACATTTTTTG-TT
1 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTG-ACA-TTTTTGATT
* * * * * *
1522 AAAAC-AGACTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAAGCATTCATTGACAAGA
62 AAAGCAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACGTGAAGAGAAAAGCATTCATTGACAAAA
* * * ******
1586 AAACTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGGCTTATNNNNNN
126 AAAGTTCATTTATAGTCA-CCATTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
****
1632 NNNNAAA-TATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGA-ATTTTTGATTAAA
1 CTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGATTAAA
* * * * *
1695 GCAAGCTATAATTGAACGTCTACCTTGAGGTACATAAAGAGAAAAGTATTCATTGACAAAAAAAG
65 GCAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACGTGAAGAGAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAG
*
1760 TTCA-TTATAGTCACCATTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
130 TTCATTTATAGTCACCATTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
1801 CTTTAAATTATTTTGTAATCTCATAATTGA
1 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA
1831 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 70, Indels: 33
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 53 0.18
170 61 0.21
171 5 0.02
172 38 0.13
173 117 0.41
174 10 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGATTAAAG
CAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATACGTGAAGAGAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGT
TCATTTATAGTCACCATTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:3934 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3508--3950 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
3498 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3508 TCAAAAACCTTATTACTCCCCTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTCA
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
* ** * * * ** * * *
3573 TTTTACTTTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACGTTGAGAAACGTGAAGAGAAATA
64 TTTTA-TATTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* *
3638 TATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATTCCT
128 CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * **********
3680 TCAAAAGTCTTATTACTCATTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * * *
3745 TCAACATTTATGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATC-TCAAGAAATATGAAGAAAAAGG
65 TTTATATTT-TCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTA-CGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA
** **
3809 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCT
128 CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* *
3851 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
*
3916 TTTATATTTTCCATTAAAACATACTACAATTGAAT
65 TTTATATTTT-CATTAAAACATACTATAATTGAAT
3951 ACCTGTCTAG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 61, Indels: 11
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 155 0.76
172 46 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTATATTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
TCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
Found at i:4828 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 4280--6174 Score: 1323
Period size: 171 Copynumber: 11.1 Consensus size: 166
4270 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4280 TTATTACTCCCCTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TT-TTTTA-ATT
** * * * * * * *
4345 TTTATTTCAAATAGATTATAATTAAATGT-TTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-TATATTCAT
62 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-GTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCAT
** * *
4408 TGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGTC
125 TGGCAA-AAAAGTTC-ATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCC
********** *
4452 TTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTA-ATTT
** * ** *
4517 TCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAG--ATATCATT
63 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-GTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCAT-TCATT
*** * *
4579 AAAAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCTATTCCTACAAAAGCC
126 GGCAA-AAAAGTTCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
4621 TTATTGCTCACTTTAAATGATTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTAATATCT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTT-TTTAAT-T-T
** * * * * *
4686 TTCATTAAAATAGACCATAATTGAAGTCTTGA-CTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGTCACTCATTG
63 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAGTCTT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
4750 AG-AAAAAATGTTCATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCC
127 -GCAAAAAA-GTTCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCC
* *
4792 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTA-ATTT
* * * * *** *
4857 TTTGTTAAAACAAACAATAATTGAGAGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGGGTTCATTT
63 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-AGTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* *
4921 ACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
127 GCAA-AAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCC
* * *
4963 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTA-ATTT
* * * * * *
5028 TTGGTTAAAACAGA-TAATAATTAAATGTC-TACCTAGAGAAACGTGAAGAGAAAGGT-ATTAAC
63 TTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAA-GTCTTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGTCATTCAT
* *
5090 TAGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCC
125 TGGC-AAAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCC
* * **
5134 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTGCCTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTT-AATTT
* * ** * *
5199 TTGGTTAAAACA-ACCAATAATTGAGCGT-TTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCACT
63 TTGGTTAAAACAGA-CTATAATTGA-AGTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
* * *
5262 -ACTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCC
126 GGC--AAAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
5305 TTATTACTCGAC-TTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTATGTTAAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTA-ATT
* * ** ** *
5369 TTTAGTTGAAACAGACTATAATTGAATGT-TTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-TGCATTCAT
62 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-GTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCAT
* * * *
5432 TGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCA
125 TGGCAA-AAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
5476 TTATTACTTGCTTTAATTAGTTTTAAAATCTCA-AAGTTTG-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA--TTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTA-AT
*** * * * * * * *
5539 TTTCCCTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGCCTACCTCGAAAAACATGTAGAAAAACTTATTTAT
61 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAGT-CTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-
* * *
5603 TTGG-AAGAAAGGTTCATTTATTGGCACTCATTCCTTCAAAAGCC
124 TTGGCAA-AAAAGTTCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCC
** *
5647 TTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTTTA-ATTT
* * *
5712 TTTGTTAAAACAGACTATAATT-AAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTG
63 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAGTCT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * * *
5775 GTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAATCCTTCAAAAGCC
127 G-CAAAAAAGTTCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
5817 TTATTACTCCCCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TT-TTTTA-ATT
* * * **
5882 TTTGGTTAAAACTA-AATATAATTAAATGT-TTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAACG-CATTCA
62 TTTGGTTAAAAC-AGACTATAATTGAA-GTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCA
* *
5944 TTGGCAAGAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC
124 TTGGCAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
5989 TTACTACTCACTTTCAGTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTGTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTT-TA-ATTT
* * * ** * * *
6054 TTGGTTGAAATAGACTATAATTGAA-TGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTG
63 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAGT-CTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* *
6118 GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTGCAAAAGCC
127 GCAA-AAAAGTTCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCC
* *
6160 TTATTGCTTGCTTTA
1 TTATTACTCGCTTTA
6175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1379, Mismatches: 257, Indels: 175
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
168 11 0.01
169 108 0.08
170 137 0.10
171 947 0.69
172 163 0.12
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (166 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTAATTTTTG
GTTAAAACAGACTATAATTGAAGTCTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAA
AAAAGTTCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:5124 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4280--6174 Score: 1668
Period size: 342 Copynumber: 5.5 Consensus size: 340
4270 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4280 TTATTACTCCCCTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATT
* * * * * * * **
4345 TTTATTTCAAATAGATTATAATTAAATGTTTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCATT-
65 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGGTATTCATTG
* * *******
4409 GATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTNNNNNNN
129 GA-AA-AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
*** * * * ** *
4473 NNNATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACAGACTATAAT
191 TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAAT
* * * * *
4538 TGAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAA-G-ATATCATTAAAAAGAAAAGTCCA-TTATAG
256 TGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAACGCAT-TCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAG
*
4600 TCAC-CTATTCCTACAAAAGCC
320 TCACTC-ATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
4621 TTATTGCTCACTTTAAATGATTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTGTTTA-ATAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-T
* * * * * * *
4684 CTTTCA-TTAAAATAGACCATAATTGAA-GTCTTGA-CTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGTCACTC
65 -TTT-AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTC-T-ACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAGGT-ATTC
* * *
4746 ATTGAGAAAAAATGTTCATTTATAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
125 ATTG-GAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
*
4811 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACAATA
189 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATA
* * **
4876 ATTGAGA-GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGGGTTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTAT
254 ATTGA-ATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAACGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTAT
*
4940 AGTCACTCATTCCTTTAAAAGCC
318 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* *
4963 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * *
5028 TTGGTTAAAACAGA-TAATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAGAAAGGTATTAACTA
66 TTAGTTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGA-AAAGGTATTCA-TT
* * *
5092 GCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
128 GGAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
5157 TA-AAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTGCCTTTTTGGTTAAAACAACCAATAATT
193 TATAAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATT
** * * * * * * *
5221 GAGCGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA-CTACTAAAAAAAGTCCATTTATAGT
257 GAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAACGCATTCATTTAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGT
*
5285 CACTCATTCCTTCAAAGGCC
321 CACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
5305 TTATTACTCGAC-TTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTATGTTAAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
* * * ** * * * *
5369 TTTAGTTGAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCA-AGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATT
65 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACGTGAAG-AAAAGGTATTCATT
* * ** * * * * *
5433 GGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAATTAGT
128 GG-AAAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *** *
5497 TTTA-AAATCTCA-AAGTTTG-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCCCTTAAAACAGACTAT
191 TTTATAAA-CTCATAA--TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTAT
* * * * ** * ** *
5559 AATTGAATGCCTACCTCGAA-AAACATGTAGAAAAACTTATTTATTTGGAAGAAAGGT-TCATTT
253 AATTGAATGTCTACCT-TAAGAAATATGAAGAAAAACGCATTCATTTACAAGAAAAGTCT-ATTT
* *
5622 ATTGGCACTCATTCCTTCAAAAGCC
316 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
** * * *
5647 TTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * *
5712 TTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-ATCATTCATTGG
66 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAGGT-ATTCATTGG
* * * * * * *
5776 TAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCCTTAAATGGTTTT
130 -AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
5841 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACTAAA-TATAAT
194 ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTT-GTTAAAAC-AAACTATAAT
* * * * * **
5904 TAAATGTTTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAACGCATTCATTGGCAAG-AAAGTTCTATTTATAG
256 TGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAACGCATTCATTTACAAGAAAAG-TCTATTTATAG
* *
5968 TCACCCATTCTTTCAAAAGCC
320 TCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * *
5989 TTACTACTCACTTTCAGTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTGTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
6054 TTGGTTGAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTCA-AGAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTG
66 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACGTGAA-GAAAAGGTATTCATTG
* * * * *
6118 GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTGCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTA
129 G-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
6175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1254, Mismatches: 248, Indels: 102
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 12 0.01
340 172 0.14
341 170 0.14
342 805 0.64
343 92 0.07
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAGGTATTCATTGGA
AAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
GTCTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAACGCATTCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
ATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:5298 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 4280--6164 Score: 1908
Period size: 513 Copynumber: 3.7 Consensus size: 509
4270 NNNNNNNNNN
* * *
4280 TTATTACTCCCCTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
1 TTATTACT-CGCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
* * * * * * * * **
4345 TTTATTTCAAATAGATTATAATTAAATGTTTACGTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTG
65 TTTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG
* * * * *********
4410 ATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNN
130 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
4475 NATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTG
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
4540 AATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGATA-TCATTA-AAAAGAAAAGTCCA-TTATAGTC
260 AATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAA-AAAAGTTCATTTATAGTC
* * * * *
4602 ACCTATTCCTACAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTACAATATCATAATTGATTTTAA
324 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
4667 GTTG-ATTTGTTTAATATCTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAAGTCTTGA-CTTGAGAAACGT
389 GTTGAATTT-TTTCAT-T-TTTCGTTAAAACAGACCATAATTG-AG-CTTTACCTTGAGAAACGT
* * * * *
4730 GTAGAAAAAGTCACTCATTGAGAAAAAATGTTCATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAAGCC
449 GAAGAAAAAGTCATTCATT-ATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
4792 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATT
1 TTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTAC-TT
* * * * **
4856 TTTT-GTTAAAACAAACAATAATTGAGA-GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGGGTTCAT
64 TTTTAGTTAAAACAAACTATAATT-AAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCAT
* * *
4919 TTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
128 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
4983 TTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATA
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGACT-ATA
* * * * * * *
5047 ATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAGAAAGGTATTAACTAGCAAAAAAAGTTCATTTAT
256 ATTGAATGCCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAAAAAAGTTCATTTAT
* *
5111 AGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATT
320 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATT
* *
5176 TTAAGTTGAATGTTTTTGCCTTTTTGGTTAAAACA-ACCAATAATTGAGCGTTTACCTTGAGAAA
385 TTAAGTTGAAT-TTTTT-CATTTTTCGTTAAAACAGACC-ATAATTGAGC-TTTACCTTGAGAAA
* * * *
5240 TGTGAAGAAAAAGGCATTCACTACTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCC
446 CGTGAAGAAAAAGTCATTCATTA-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
5305 TTATTACTCGACTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTAATTTTATGTTAAATTT-TTTTACATT
1 TTATTACTCG-CTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
* * * ** * *
5369 TTTAGTTGAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTG
65 TTTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG
* * ** * * * *
5434 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAATTAGTTT
130 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * **
5499 TAAAATCTCA-AAGTTTG-TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCCCTTAAAACAGACTATAAT
195 TATAATCTCATAA--TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * * * *
5562 TGAATGCCTACCTCGAA-AAACATGTAGAAAAACTTATTTATTTGGAAGAAAGGTTCATTTATTG
258 TGAATGCCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAAAAAAGTTCATTTATAG
* * * * *
5626 GCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTT
322 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
5691 AAATTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AAATATCTACCTTGAGAAACA
387 AAGTTGAATT-TTTT-CATTTTTCGTTAAAACAGACCATAATTGAGCT-T-TACCTTGAGAAACG
* *
5755 TGAAGAAAAA-TCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAG-C-CTCCTAATCCTTCAAAAGCC
448 TGAAGAAAAAGTCATTCATT-ATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT-C-ATTCCTTCAAAAGCC
*
5817 TTATTACTCCCCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
1 TTATTACT-CGCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTT
* * * ** *
5882 TTTGGTTAAAACTAAA-TATAATTAAATGTTTACATTGAGAAATGTGAAGAAAAACGCATTCATT
65 TTTAGTTAAAAC-AAACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATT
* * * * *
5946 GGCAAG-AAAGTTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTCAGTGGT
129 GACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
6010 TTTATAATGTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTGAAATAGACTATAAT
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
6075 TGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
258 TGAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAAAAAAGTTCATTTATAGT
* *
6140 CACCTATTCCTGCAAAAGCCTTATT
323 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
6165 GCTTGCTTTA
Statistics
Matches: 1132, Mismatches: 201, Indels: 79
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 181 0.16
512 191 0.17
513 734 0.65
514 18 0.02
515 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
TTATTACTCGCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACTTTT
TTAGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTCATTTTTCGTTAAAACAGACCATAATTGAGCTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
AAGTCATTCATTATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
Done.