Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397462.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2257.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 2984 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1106 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 643--1116 Score: 483
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
633 TTCCCTAAGG
* * *
643 CAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCACAAATTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATTTTG
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAATTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * *
708 ACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAAGAATAAGAGACTGTAAATGAACT
64 AAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
773 TTTTTTGCTATCGAATGCTTTTTTCTTCATCTTTCTCGAGG
128 TTTTTAGCAATCGAATGCCTTTTTCTTCATCTTTCTCGAGA
* * * * *
814 CAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAAAGGTT-AACAAATTCAACATAAAATCAGTTA
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT--AAAA--TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-
* * * * * *
877 TT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTTGAAAGAATGACTGACTATAATTGG
61 TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGAGTGACTATAAATGG
* *
941 ACTTTTTTAGCCAAT-GAATGCCTTTTTCTTTA-CATTTCTTTG-GA
125 ACTTTTTTAG-CAATCGAATGCCTTTTTCTTCATC-TTTC-TCGAGA
* * *
985 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAACATTTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTT
1 CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-A-TT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
* *
1050 GAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAC
63 GAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
1115 TT
127 TT
1117 CCCTTATCAA
Statistics
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0.78 0.14 0.09
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170 6 0.02
171 149 0.61
172 89 0.36
173 2 0.01
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Consensus pattern (168 bp):
CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAA
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
TTAGCAATCGAATGCCTTTTTCTTCATCTTTCTCGAGA
Found at i:6057 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5792--6618 Score: 632
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
5782 NNNNTAAAAT
* ** * ** * * *
5792 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGAGACTGTAAATAAACTTTT-TT-TACCATCGACTGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-CAAT-GAATGC-C
* ** * * *
5855 TTTTCTTTACGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAACAAA
63 TTTTCTTTACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * *
5920 TTCAACTTAAAATTAGTTATT-AGATTATAAAAGCATTTAAAGC
128 TTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
5963 GAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGACTGACTATAATTGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
6028 TCCTTTACATTTCTTGAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATTTTAAAAATAT
66 T-CTTTACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAT
* **********
6093 TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACNNNNNNNNNN
129 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
6135 GAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGTAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTATCAATGAATGCCA
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGA-CTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCC-
* * * * * * * * *
6198 TTTTCTTCACGTTTGTCGAGTTAGACATTCATTTATTATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAA
63 TTTTCTTTACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * *
6263 ATCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGG
128 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
6306 GAGTAATAAAGCTTTTG-AAGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATAAATATCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCCT
* * * * * * * * *
6370 TTTCTTCT-CGTTTCCCAAGGTAGAGATTCAATTATAATATGTTCTT-ATCAAAAATGTAAAAAA
64 TTTCTT-TACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTT-TTAATAAAAAATATAAAAAA
* ** *
6433 ATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTA-GAAACCATTTAAAGC
127 ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
6476 AAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGCAGACAATAAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTT
* * ** * *
6541 T-TCTACATGTTTCTCGAGACAAGTATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAGGA
66 TCTTTACA--TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAA-AA
*
6604 ATTCAAATTAAAATC
127 ATTCAACTTAAAATC
6619 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 126, Indels: 42
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 6 0.01
170 100 0.20
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172 132 0.26
173 5 0.01
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GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTT
TCTTTACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:8009 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7656--8065 Score: 461
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7646 AGCTTGAGTT
* * * * * * * * *
7656 ACTATAAATGGACTTTTTATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAACATTTA
1 ACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* *
7721 ATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATTTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATGATAA
65 ATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATGATAA
* *
7786 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGAG
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTCTTTGAAGGAATAGGAG
* * *
7828 ACTGTAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGGCATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * * * *
7893 ATTATAG-TTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAACAACTTCAACTTAAAATCAGTTATT-AGATTAT
65 ATTATAGCCTT-TTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGACATGAT
*
7955 AAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGTCTTTGCAA-GAATA-GATG
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTCTTTG-AAGGAATAGGA-G
* * ** * * *
7999 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAACAAATGCCTTATTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACTTTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
8064 AT
65 AT
8066 CATTNNNNNN
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 32, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 122 0.61
172 76 0.38
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.37
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ACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
TTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATGATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTCTTTGAAGGAATAGGAG
Found at i:11401 original size:51 final size:51
Alignment explanation
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11328 NNNNNNNNAG
* **
11338 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACAAA
1 AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAAA
* * * * * * * *** *
11389 AAAAATTCATTTACAGTCT-TCTATTCTTTCAAAAGTCATA-CATTTGGAAG
1 AAAAATCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAAA
* *
11439 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCAC
1 AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
11487 TTTAAATGGT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 26, Indels: 6
0.68 0.26 0.06
Matches are distributed among these distances:
50 36 0.52
51 33 0.48
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.09, T:0.36
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AAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAAA
Found at i:11834 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11432--15798 Score: 1943
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11422 AGTCATACAT
* *
11432 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
11495 GTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGACTAT
65 GTTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * *
11559 AATTGAATGCTTACCTCAGGAAAGAT-ATAGAAAATG-CATTCA
128 AATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
11601 TTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** ** *
11665 GTTTTATAATCCCTAAATTGATTTTATTTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGACAAAACAAATTAT
65 GTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTAT
* * * * *
11730 AATCGAATGCTTGCCTCAAGACACGTGCAGAAAAAGCCATTCA
128 AATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
11773 TTGACAAAAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
11838 TTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATA
66 TTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATA
* ** * * *
11903 ATTGAATACTTTTCTCTATAAACATGTAGAAAAAGCCATTCA
129 ATTGAAT-GTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
11945 TTTGG-AAGAAAAATCCATTTATTGTCTACC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAAT
1 -TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
12008 GGTTTTCTAACCTC-ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAGAACAGATTA
64 GGTTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAA-AACAGATTA
* *** * * ** *
12072 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATAAGAAGAAAAAGGTATTTA
127 TAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
12116 TTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTGAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAT
* * * *
12179 GGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTAT
64 GGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTAT
* * * * *
12244 AAATGAGTGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
128 AATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * * * * * ** *
12287 TTGATAAGGAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
12352 TTTTATAATCTCAAAATTGATCTTAAGCTCAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
66 TTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATA
* ** * *
12417 ATTGAATGTTTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCA
129 ATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
12459 TTGGCAAAAAAAGTCCAATTATAGTCAGT-C-ATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC--TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
12522 GGTTTTATAATCT-AATAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTA
64 GGTTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * *
12586 TAATTTAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-TATTCA
127 TAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA
* * * * *
12630 TTGGTGAA-AAAAGTCCATTTACAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCCTT-TTA-TCCCATTCCTTA
1 TTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC--T--TTA
* * * * * *
12692 AATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAAG-TAGAATTTTTTTAAAATTTTTGGCTAAAAAAG
61 AATGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAACAG
** * *** * ** *
12756 GCTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGGAACATGAAGTGAAAGCCATCCA
123 ATTATAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * ***
12804 TTGGCATGAGAAGTCCATTTATAG--T-C-A---CTT---AAGCCTTATTACTTGCTCTAAACAA
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
12859 TTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
66 TTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATA
* * * *
12923 ATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCG
129 ATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * * * *
12965 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTGCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTCAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
13030 TTTTATAATCTC-ATAATTGATCTCAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTA
66 TTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAA-TT-TTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTA
* * * *
13094 TAATTGAATCCCTGT-CCT-AGGAGACATGTAA-AAAAAGCTATTCA
127 TAATTGAAT--GT-TACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * *
13138 TTGGGAAGAAAATTTCATTTATAGTCT-CTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATC
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * ** *
13202 GTTCTCTAATCTC-ATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGACAAGAACATATTAT
65 GTTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAA-AACAGATTAT
* *** **
13266 AATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
128 AATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * ** *
13309 TTGGAAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
13374 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
* * * *
13439 TTCAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTCA
130 TTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* *
13480 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
13544 ATTTTATAATCTCCT--ATTGATTTTAAGCTTTATTTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGATTA
65 GTTTTATAATCT-CTAAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTA
* * *
13606 TAATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAG-CATTCA
127 TAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCA
** * * * *
13650 TTTCCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * * * ***
13714 GTTTTATAATGAGAATC-CCATTCATTTGAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCACA--TTCCCT
65 GTTTTATAAT----CTCTAAATTGATTT-TAAGTTAAA-T---TTT-T--T-T-ACATTTTTGTT
* * * * * ** * * ***
13775 CAAA-AGCCTTATCACTTGCTTTAAAAAGTTGTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTAAATTT
116 AAAACAG-ATTAT-AATTG-------AA--TGT-T-ACCTCA-AGA--AACATGAAG-AAAAAGC
**
13838 TTTTACA
164 CATT-CA
* * * ** * * ***** *
13845 TTTTTGCTTAAAACAAACTATAATTGA-AGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCA
1 --TTGGC--AAGA-AAAGT-CCATTTATA-GTCT-CCT------A-TTCCTTCAAAA-GCCTT-A
*** *** * * ** ** * * ***** *
13909 TT--TC-CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCAATAA
49 TTACTCGCTTTA-AA-TGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTT-TAAG--TTA--AATTTTTTTAC
* ** * * ** ***
13970 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GAT
107 A---TTTT-T-GT-T-AAAACAGATTAT-AATTGAA----TGT-TACCTCAAG---AAACATGA-
* * **
14034 TATAATTGAATG-GTTATC-
155 -AGAA---AAAGCCAT-TCA
* * * * * * * ** *
14052 TTGGGAA-ACATGTAGCA---AAAGGCATTC-ATTAGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
1 TTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTC-TCCTATTCCTTC-AAAAG-CC--TTAT--T-A--C-T
** * * * * * *
14112 TACTTTAAAAGCTTATCGCTTGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAA
54 CGCTTT--AA----AT-GGTT--TTAT-AAT--CTCTA-AA--T--TGA----TTTTAAGTTAAA
* * * * * *
14176 TTTTTTTAAATTTTTTGGTAAAATAGATCATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAGGAAA
98 TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAA-GAAA
*
14241 AGGCC-TTCA
160 AAGCCATTCA
* * * * * *
14250 TTGTCAAGAAAAGTCCATTTAAAGT-TACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
14314 GTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
65 GTTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTA
** * * *
14378 TAATTGAATGCTTGTCTCCAGAAAAATGTAGAAAAAGCCATTCA
127 TAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * * *
14422 TTGGGAACAAAAGTCTATTTAAATGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * ** *
14487 GTTTTATAATC-CTTAAATTGATTTTAATTTGAATTATTTTGACATTTTTAGACAAAACAAATTA
65 GTTTTATAATCTC-TAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTA
** ** ** * *
14551 TAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAATGTGTAGAAAAGGCCATTCA
127 TAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
14595 TTGAG-AA-AAAATGTACTTTTAT-GATCTCCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
1 TTG-GCAAGAAAA-GTCCATTTATAG-TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
14657 TGATTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
63 TGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATT
** * *
14722 ATAATTGAATGCTTGTCTCAAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCC
126 ATAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * **
14767 TTAAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCAATAAATG
1 TT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
14831 GTTTTATAATCTCAAAAATGATATTAA-AT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTGTA
65 GTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATA
* * *
14894 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAGAAAAAGGCATTCA
129 ATTGAATGT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * * * * *
14936 TTGGTACCAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
15001 TTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATCAT
66 TTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTAT
* * * *
15065 AATTGAATGTCTA-CTTAGAAAAACATGAAGAAAATAGGCATTTA
128 AATTGAATGT-TACCTCA-AGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCA
* * * * * * *
15109 TTAGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * * *
15173 GTTTTATTAAT-TC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAAGAAACTA
65 GTTTTA-TAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * * ** *
15236 TAATTGAATGCCTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAGGTATTAA
127 TAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * ** * * * * * *
15280 TTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTCAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ** * * * * * *
15345 TTTTATAATGC-CAAAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTAAAAGTTTTGGTTAAAAAAGGTTGT
66 TTTTATAAT-CTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
15409 AATTGAATGTTTCCCCTAGGGAACGTGAA-ACAAAAGCCATCCA
128 AATTGAATGTTACCTC-AAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCA
* * * ** * *
15452 TTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
15517 TTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATA
66 TTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATA
* * ** ** **
15581 ATTGAAGGTCTA-TTGTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGTATTCA
129 ATTGAATGT-TACCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * * * * * ** *
15623 TTTGCACA-AAAAGTTTATTTAAAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAATTG
1 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
15687 GTTTTATAATCTGC-AAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGTATCAAACAGATTA
65 GTTTTATAATCT-CTAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGT-TAAAACAGATTA
** * * * * *
15751 TAATTGAATGCTTGTCTTAGGAAACATGTACAAAAATCCATTCA
127 TAATTGAATG-TTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
15795 TTGG
1 TTGG
15799 GAACAANNNN
Statistics
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TTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
Found at i:12160 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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11422 AGTCATACAT
* * **
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1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* ** * ** *
11666 TTTTATAATC-CCTAAATTGATTTTATTTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGACAAAACAAATTAT
66 TTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *** * * * *
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* * * *
12116 TTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTGAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * *
12181 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAA
* * * * *
12246 ATGAGTGTCTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
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** * * * * * * *** *
12287 TTGATAAGGAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * *
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66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATA
* * ** *
12417 ATTGAATGTTTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCA
129 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * **
12459 TTGGCAAAAAAAGTCCAATTATAGTCAGTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * * *
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* * * * * *
12589 TTTAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCA
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* * * * * *
12630 TTGGTGAA-AAAAGTCCATTTACAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCCTT-TTATCCCATT-CCTTA
1 TTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA---C-TTGCTTTA
* * * * * * * *
12692 AATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTAAAGTAGAATTTTTTTAAAATTTTTGGCTAAAAAAGG
61 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * *** * ** * *
12757 CTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGGAACATGAAGTGAAAGCCATCCA
124 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * ***
12804 TTGGCATGAGAAGTCCATTTATAG----TCA---CTT---AAGCCTTATTACTTGCTCTAAACAA
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * *
12859 TTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
* * * *
12924 TTGAAAGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCG
130 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * *
12965 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTGCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTCAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * *
13030 TTTTATAATCTCATAATTGATCTCAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTAT
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTAT
** * * *
13095 AATTGAATCCCTGTCCT-AGGAGACATGTAA-AAAAA-GCTATTCA
128 AATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGGC-ATTCA
* * * * * * * * *
13138 TTGGGAAGAAAATTTCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATCG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * ** *
13203 TTCTCTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGACAAGAACATATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAA-AACAGATTATAA
* *** *
13268 TTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
130 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * *** *
13309 TTGGAAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
* * *
13374 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
* * *
13439 TTCAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTCA
130 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * *
13480 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * *
13544 ATTTTATAATCTCCT-ATTGATTTTAAGCTTTATTTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGATTAT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTAT
* * *
13607 AATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAA-GCATTCA
128 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCA
** * * * *
13650 TTTCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
13715 TTTTATAAT
66 TTTTATAAT
13724 GAGAATCCCA
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 352, Indels: 115
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 71 0.04
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165 4 0.00
167 2 0.00
168 3 0.00
169 6 0.00
170 236 0.14
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173 182 0.11
174 67 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
Found at i:12407 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 11432--15760 Score: 2111
Period size: 514 Copynumber: 8.3 Consensus size: 511
11422 AGTCATACAT
* * * *
11432 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCT-AAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATCACTTGA-TTTAAAT
* * * *
11494 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGACTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTTGATAAAACAGATTAT
* * * * * * *
11559 AATTGAATG-CTTACCTCAGGAAAGATA-TAG-AAAATGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTT
128 AATTGAATGTC-TACCTCGGGAAACA-AGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
11621 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC-TCACTTTAAAAGGTTTTATAATCCCTAAATTG
191 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-C-TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTA
** * *
11685 ATTTTATTTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGACAAAACAAATTAT-AATCGAATG-CTTGCCTCA
254 ATTTTAGGTTAAA-TTTTTTTACATTTTT-GACAAAACAGATTATAAAT-GAATGTC-TGCCTCG
* * * * * * * *
11748 AGACACGTGCAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAAAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCA
315 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCA
* ** * * * *
11812 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCCTTT
380 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTT
* * ** * * * *
11877 TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT-ACTTTTCTCTATAAACATGTAGAAAAAGCCA
444 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
11941 TTCA
508 TTCA
* * *
11945 TTTGG-AAGAAAAATCCATTTATTGTCTA-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAAT
1 -TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGATTTAAAT
* * *
12008 GGTTTTCTAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAGAACAGATTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATAA-AACAGATTAT
* * * * * *
12073 AATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATAAGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAATAAAAGTCTATTTAT
128 AATTGAATGTCTACCTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
12138 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATT
193 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATT
* ** * **
12203 TT-GAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGATTATAAATGAGTGTCTAACTCGAGAAA
257 TTAG-GTTAAATTTTTTTACATTTTTG-ACAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCGAGAAA
* * * * * *
12267 CATGAAGAAAAAGACATTCATT-GATAAGGAAAGTTCATTTATTGTCACCCATACCTTTAAAAGC
320 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGC
* * * * *
12331 CTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATCTTAAGCTCAATTTTTTTAAAAT
385 CTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACAT
* * * ** *
12396 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCA
449 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * ** *
12459 TTGGCAAAAAAAGTCCAATTATAGTCAGTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATCAC-TCACTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATCACTTGA-TTTAAAT
* * * * * * * *
12522 GGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATTAT
* * * ** * *
12587 AATTTAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTTA
128 AATTGAATGTCTACCTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
12651 CAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCCTT-TTATCCCATTCCTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATT
192 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA---C-TTCCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * ** * * *
12715 GATTTAAAG-TAGAATTTTTTTAAAATTTTTGGCTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTT
253 AATTTTAGGTTA-AATTTTTTT-ACATTTTTGAC-AAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCC-TC
* ** * *
12779 G-GGAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGGCAT--GAGAAGTCCATTTATAG--T--C--A-CTT
314 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTT
** * * * * *
12834 ---AAGCCTTATTACTTGCTCTAAACAATTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
378 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* * * *
12895 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGAC
442 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGC
*
12960 ATTCG
507 ATTCA
* * * * * * *
12965 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCCTTGCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTCAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGATTTAAATGG
* * * * *
13030 TTTTATAATCTCATAATTGATCTCAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTAGGTTAAAACAGATTAT
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAA-TT-TTTTTACATTTT-TGATAAAACAGATTAT
** * * * * * * * *
13095 AATTGAATCCCTGTCCT-AGGAGACATGTAA-AAAAAGCTATTCATTGGGAAGAAAATTTCATTT
128 AATTGAATGTCT-ACCTCGGGAAACAAG-AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
13158 ATAGTCTCTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATCGTTCTCTAATCTCATAATTAA
191 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TCCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAA
* * * * *
13223 TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGACAAGAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAA
255 TTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGACAA-AACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCGAGAA
** * *
13288 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
319 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAG
* * *
13352 CCTTATTACTCATTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTACAT
384 CCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* * * *
13417 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTCA
449 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * *
13480 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGA
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGATTTAAATGG
* * * *
13545 TTTTATAATCTCCT-ATTGATTTTAAGCTTTATTTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGATTATA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATTATA
* * ** ** * **
13608 ATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAA-GCATTCATTTCCAAGAAAAGTCCATTTAT
129 ATTGAATGTCTACCTCGGGAAACAAGAA-GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *** *
13672 AGT-TACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGAGAATCCCATT
193 AGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-CCTTAAATGGTTTTATAATCTCAA---AATT
* * * * ** * *
13736 CATTTGAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCT--CAAAAGCCTTATCACTTGCTTTA
253 AATTT-TAGGTTAAA-T---TTT-T--T-T-ACATT-TTTGACAAAA--C--A-GA--T--TATA
* ** * ** * * ***** ** *
13798 AA--AAGTTGTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACA
298 AATGAA--TGTCT-GCCTCGAGAA---ACATGAAG-AAAAAGCCATT-CA---TTGGATAAGA-A
* ** * * ** ** * *** *
13860 AACTATAATTGA-AGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATT--TC-CAAGAGA-
351 AAGT-CCATTTATA-GTCT-CC-C---ATACCT---TCAAAA-GCCTT-ATTACTCACTTTAAAC
* * ** ** * *** * *
13920 AGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTTGAAAGCCTT--ATTACTCGCAATAAATGGTTTTATAA
404 AGT---TTTATAATCTCAAAATTGATTT-TAAG--TTCAATT--T--TTTTACA---TTTT-TAG
** * * * ** *** * *
13982 TCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATG
455 T-T-AAAACAGATTAT-AATTGAA----TGTCTACCTCAAG---AAACATGA--AGAA---AAAG
*
14046 GTTATCTTGGGAAACA
505 G-CA--TT------CA
* *
14062 TGTAGCAAAAGGCATTCATTAGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAG-CTT
1 T-TGGC--AA-G-A---A--A--------AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT
* * ** * *
14126 ATCGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTAAATTTTT
48 ATCACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACA-TTTT
* * * * * * * ** *
14191 TGGTAAAATAGATCATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGGCCTTCATTGTCA
112 TGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA
* * * * *
14256 AGAAAAGTCCATTTAAAGT-TACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATCAC-TCGCTTTAAATGGTTTT
177 AGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-C-TTAAATGGTTTT
* * * * * * *
14319 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTG
239 ATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGAC-AAAACAGATTATAAATG
* * * * * * * *
14384 AATG-CTTGTCTCCAGAAAAATGTAGAAAAAGCCATTCATTGG-GAACAAAAGTCTATTTAAATG
302 AATGTC-TGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATA-G
* * * ** *
14447 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CTTAAATTGATTT
365 TCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTC-AAAATTGATTT
* * * ** * * ** ** *
14511 TAATTTGAATTATTTTGACATTTTTAGACAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAAT
429 TAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* *
14576 GTGTAG-AAAAGGCCATTCA
493 ATGAAGAAAAAGG-CATTCA
* * * ** * * *
14595 TTGAG-AA-AAAATGTACTTTTAT-GATCTCCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
1 TTG-GCAAGAAAA-GTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGATTTAAA
* * * *
14657 TGATTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
63 TGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTTAAA-TTTTTTTACATTTTT-GATAAAACAGAT
** ** * * ** * * * *
14721 TATAATTGAATG-CTTGTCTCAAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCCTTAAG-AAAAAAAATCCA
125 TATAATTGAATGTC-TACCTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
14784 TTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAACCTTATTAC-TCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
188 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-C-TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * ** * ** * * * *
14848 ATGATATTA-AAT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCA
251 TTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGACAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCG
* * * ** * * ** *
14911 AGAAACGTCAAGAAAAAGGCATTCATTGG-TACCAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCA
315 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCA
* ** **
14975 AAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
380 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTT
* * * * *
15039 TTAAATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTA-CTTAGAAAAACATGAAGAAAATAGG
443 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAA-AGG
*
15103 CATTTA
506 CATTCA
* * * * * * * *
15109 TTAGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATTG
1 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGATTTAAATGG
* * * * * * *
15174 TTTTATTAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAAGAAACTATA
66 TTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA-TAAAACAGATTATA
* * ** * * * * **
15238 ATTGAATGCCTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAGGTATTAATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATA
129 ATTGAATGTCTACCTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
15303 GTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTCAATAGTTTTATAATGC-CAAAATTGAT
194 GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-C-TTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTAAT
* * * * ** * * * * * * * *
15366 TTTGGGTTGAATTTTTTTAAAAGTTTTGGTTAAAAAAGGTTGTAATTGAATGT-TTCCCCTAGGG
256 TTTAGGTTAAATTTTTTT-ACA-TTTTTGACAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCGA-GA
* * * * * **
15430 AACGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGG-CACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCAA
318 AACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATA-CCTTCAA
** * ** * * *
15492 AAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
381 AAGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * ** ** *
15556 ACATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTA-TTGTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGGTA
445 ACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
15619 TTCA
508 TTCA
* ** * * * *
15623 TTTGCACA-AAAAGTTTATTTAAAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAATT
1 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGA-TTTAAAT
** * *
15686 GGTTTTATAATCTGCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGTATCAAACAGATT
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15750 ATAATTGAATG
126 ATAATTGAATG
15761 CTTGTCTTAG
Statistics
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TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGATTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCGGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAG
GTTAAATTTTTTTACATTTTTGACAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA
GAAAAAGCCATTCATTGGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
Found at i:13810 original size:88 final size:88
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* * * *
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** *
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*
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13812 CTCATAATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAAGTTGTATAATGAGAATCC
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13464 AAGAACAAGG
* * *
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* * * * * * *
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*
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* * **
13669 TATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGAGAATCC
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* *
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*
13796 TAAAA-AGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAAC
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* * * *
13859 AAACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTTCCAAGAGAAGT
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* *
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13983 CTCAAAATTG
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.11, T:0.37
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CATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTT
AAAAGATTGTATAATCTCATATTGATTTTAAGCTTAAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAAAC
TATAATTAAAGATCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTCCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGCAATAAATGGTTTTATAATGAGAATCC
Found at i:14021 original size:171 final size:170
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Indices: 13732--15760 Score: 1710
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13722 ATGAGAATCC
* * * * * *
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** * * * *
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* * *
13862 CTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGG
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* * ** **
13903 CATTCATTTCCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCAAT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
13968 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* *** * * *
14033 TTATAATTGAATGGT-TATCTTGGGAAACATGTAGCAAAAGG
130 TTATAATTGAAT-GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * ** *
14074 CATTCATTAGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAG-CTTATCGCTTGCTTT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
14138 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTAAATTTTTTGGTAAAATAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* * * * *
14203 TCATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGG
130 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * *
14244 CCTTCA-TTGTCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTT
1 CATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
14308 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACA
65 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACA
** * ** * *
14373 GATTATAATTGAATG-CTTGTCTCCAGAAAAATGTAGAAAAAGC
128 GATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * * *
14416 CATTCATTGGGAACAAAAGTCTATTTAAATGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * **
14481 TAAATGGTTTTATAATC-CTTAAATTGATTTTAATTTGAATTATTTTGACATTTTTAGACAAAAC
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* * ** ** * *
14545 AAATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAATGTGTAG-AAAAGG
127 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * * *
14588 CCATTCA-TTG-AGAAAAAATGTACTTTTAT-GATCTCCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTG
1 -CATTCATTTGCA-AGAAAA-GTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
14650 CTTTAAATGATTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
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* ** * * *
14715 ATAGATTATAATTGAATG-CTTGTCTCAAGAAACATGCAGAAAAAGC
125 ACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * * * **
14761 CATTCCTTAAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCAA
1 CATTCATT-TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
14825 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATATTAA-AT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* *
14888 ATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAGAAAAAGG
129 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * ** * ** * *
14930 CATTCATTGGTACCAAAAATCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
14995 AAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACA
66 AAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACA
* * * *
15059 GATCATAATTGAATGTCTA-CTTAGAAAAACATGAAGAAAATAGG
128 GATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAA-AGG
* * * * * * *
15103 CATTTATTAGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * *
15168 AAATTGTTTTATTAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTCATTAAAAGAA
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* * * *
15232 ACTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAGG
129 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * ** * ** * * *
15274 TATTAATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * * *
15339 CAATAGTTTTATAATGC-CAAAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTAAAAGTTTTGGTTAAAAAA
66 AAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTTTGTTAAAACA
* * * * * * *
15403 GGTTGTAATTGAATGT-TTCCCCTAGGGAACGTGAA-ACAAAAGC
128 GATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGA-AAAAGG
* * * ** ** *
15446 CATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
1 CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
15511 CAATGGTTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAG
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* * ** *
15575 ATTATAATTGAAGGTCTA-TTGTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGG
129 ATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
* ** * * * **
15617 TATTCATTTGCACA-AAAAGTTTATTTAAAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTT
1 CATTCATTTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
15681 TAATTGGTTTTATAATCTGC-AAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGTATCAAAC
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15745 AGATTATAATTGAATG
127 AGATTATAATTGAATG
15761 CTTGTCTTAG
Statistics
Matches: 1503, Mismatches: 300, Indels: 109
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 132 0.09
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171 465 0.31
172 514 0.34
173 232 0.15
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG
Found at i:14136 original size:429 final size:429
Alignment explanation
Indices: 13304--14152 Score: 1128
Period size: 429 Copynumber: 2.0 Consensus size: 429
13294 AGAAAAAGGT
* * * * *
13304 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
1 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTA
** * * * * *
13369 AACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
66 AAAAGTTGTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAAC
* * * *
13434 TATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
131 TATAATTCAAGGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATT
* ** **
13499 TATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCCTATTGA
196 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCAATAAATGATTTTATAATCTCAAATTGA
* * *
13564 TTTTAAGCTTTATTTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAA
261 TTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAA
* * * * *
13629 ACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGC
326 ACATGAAGCAAAAAGCATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGC
13694 CTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGAGAATCCC
391 CTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGAGAATCCC
* **
13733 ATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTA
1 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTA
* *
13798 AAAAGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAAC
66 AAAAGTTGTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAAC
* ** * * *
13863 TATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTCCAAGAGAAGTCCATT
131 TATAATTCAAGGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATT
** * *
13928 TATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
196 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCAATAAATGATTTTATAATCTC-AAATTG
* * * * * ***
13993 ATTTTAA-ATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGGT-TATCTTGG
260 ATTTTAAGATTGAATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAAT-ATCTACCTCAA
* * ** *
14056 GAAACATGTAGCAAAAGGCATTCATTAGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAA
323 GAAACATGAAGCAAAAAGCATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAA
*
14121 AG-CTTATCGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
388 AGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
14153 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 58, Indels: 6
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
429 260 0.72
430 98 0.27
431 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (429 bp):
ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTA
AAAAGTTGTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAAAC
TATAATTCAAGGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCAATAAATGATTTTATAATCTCAAATTGA
TTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAA
ACATGAAGCAAAAAGCATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGC
CTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGAGAATCCC
Found at i:14278 original size:600 final size:600
Alignment explanation
Indices: 13133--14323 Score: 1518
Period size: 600 Copynumber: 2.0 Consensus size: 600
13123 AAAAAAAGCT
* * * * ** * *
13133 ATTCATTGGGAAGAAAATTTCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCCTTA
1 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCGCCTTA
** * * * * *
13198 AATCGTTCTCTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGACAAGAACATAT
66 AAAAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGACAAGAACAAAC
* * *** * *
13263 TATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATT
131 TATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCAAAGAAAAGTCCATT
* * ***
13328 TGTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTG
196 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAATAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTG
*
13393 ATTTCAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGA
261 ATTTCAAATTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGA
* * * *
13458 AACATAAAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAG
326 AACATAAAGAACAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAG
* * * * *
13523 CCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCCTATTGATTTTAAGCTTTATTTTTTTTACAT
391 CCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTGATTTTAAGATTCAATTTTTTTAAAT
* * * *
13588 TTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTT
456 TTTGAGTAAAACAGATCATAATTAAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTT
* *
13653 CCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTT
521 CCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTTACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTT
13717 TTATAATGAGAATCCC
585 TTATAATGAGAATCCC
* * *
13733 ATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTA
1 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCGCCTTA
* *
13798 AAAAGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG-CTTAA-AACAA
66 AAAAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGAC--AAGAACAA
** * * *
13861 ACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTCCAAGAGAAGTCCA
129 ACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCAAAGAAAAGTCCA
** * *
13926 TTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
194 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAATAAACGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * **
13991 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGGT-TATCTTG
259 TGATTTCAAATTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAAT-GTCTACCTCA
* ** * * *
14055 GGAAACATGTAGCAA-AAGGCATTCATTAGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTA
323 AGAAACATAAAG-AACAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCA
* * *
14119 AAAG-CTTATCGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTCAATTTTTT
387 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGATTCAATTTTTT
* * * * * *
14182 TAAATTTTTTG-GTAAAATAGATCATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGGCC
451 TAAA--TTTTGAGTAAAACAGATCATAATTAAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCA
*
14246 TTCATTGT-CAAGAAAAGTCCATTTAAAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTA
514 TTCATT-TCCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTA
14310 AATGGTTTTATAAT
578 AATGGTTTTATAAT
14324 CTTATAATTG
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 80, Indels: 18
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
599 48 0.10
600 442 0.88
601 12 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (600 bp):
ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCGCCTTA
AAAAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGACAAGAACAAAC
TATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCAAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAATAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTCAAATTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAAGA
AACATAAAGAACAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAG
CCTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATTGATTTTAAGATTCAATTTTTTTAAAT
TTTGAGTAAAACAGATCATAATTAAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTT
CCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATGAGAATCCC
Found at i:15154 original size:686 final size:682
Alignment explanation
Indices: 13731--15764 Score: 1805
Period size: 686 Copynumber: 3.0 Consensus size: 682
13721 AATGAGAATC
* * * * *
13731 CCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTTGCTT
1 CCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTT
* * * *
13796 TAAAAAGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAA
66 TAAATAGTTTTATAATCTTA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGC-TAAAACAA
** * *
13861 ACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTCCAAGAGAAGTCCA
129 ACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACA
* *
13926 TTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
194 TTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
* * * * ***
13991 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGGTTATCTTGG
259 TGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTATCTCAA
* * * ** * *
14056 GAAACATGTAGCAAAAGGCATTCATTAGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAA
324 GAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTACTTAAAA
* * * ** * * *
14121 AGCTTATCGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTAAA
389 ACCTTATCACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATATTAAATTCAATTTTTTTAAA
* * * * *
14186 TTTTTTGGTAAAATAGATCATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGGCCTTCAT
454 TTTTTTGGTAAAACAGATCATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGGCATTCAT
* * *
14251 TGTCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATGGT
519 TGTCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGT
* * *
14316 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAA
584 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGCTAAAACAGATCATAA
* *
14381 TTGAATGCTTGTCTCCAGAAAAATGTAGAAAAAG
649 TTGAATGCTTGACTCCAGAAAAATGAAGAAAAAG
* * * * * * * *
14415 CCATTCATTGGGAACAAAAGTCTATTTAAATGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
1 CCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAA-GTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCT
* * *
14480 TTAAATGGTTTTATAATCCTTAAATTGATTTTAATTTGAATTATTTTGACATTTTTAGAC-AAAA
65 TTAAATAGTTTTATAAT-CTTAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-G-CTAAAA
* * * ** ** * * *
14544 CAAATTATAATTGAATGTTTTTCTTGAGAAATGTGTAG-AAAAGGCCATTCATTGAGAA-AAAAT
126 CAAACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTGACAAGAAAA-
* * * * **
14607 GTACTTTTAT-GATCTCCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
189 GTACATTTATAG-TCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGATTTTATAATCT
* * *
14671 CCAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTT
253 CAAAATTGATTTTAAATTAAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTT
* * *
14736 GTCTCAAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCCTTAAG-AAAAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATT
317 ATCTCAAGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT
* *
14800 TCTTCAAAAACCTTATTACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATATTAAA-T-AAT
381 ACTT-AAAAACCTTATCACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATATTAAATTCAAT
* * ** * *
14863 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAGAAAAA
445 TTTTTTAAATTTTTTGGTAAAACAGATCATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATCAAGAAAAA
* * ** *
14928 GGCATTCATTGGTACCA-AAAA-TCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTG
510 GGCATTCATT-GT-CAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCG
*
14991 CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGTTAAA
573 CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGCTAAA
*
15056 ACAGATCATAATTGAATG-TCT-ACT-TAGAAAAACATGAAGAAAATAG
638 ACAGATCATAATTGAATGCT-TGACTCCAG-AAAA-ATGAAGAAAA-AG
* * * * *
15102 GCATTTATTAGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTT
1 CCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTT
* * * *
15167 TAAATTGTTTTATTAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTT-CATTAAAAG
66 TAAATAGTTTTA-TAATCTTA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGC--TAAAAC
* * * * * * * ** * *
15230 AAACTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAACGTGAAGAGAAAGGTATTAATTGGTAAAAAAAGTT
127 AAACTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTA
* * ** ** * * ** *
15295 TATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTCAAT-AGTTTTATAATGC-CA
192 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGA-TTTTATAAT-CTCA
*** * * * * * * *
15358 AAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTAAAAGTTTTGGTTAAAAAAGGTTGTAATTGAATG-TT-T
255 AAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTAT
* * * * * * * * ** * ** **
15421 CCCCTAGGGAACGTG-AAACAAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAG
319 -CTC-AAGAAACATGCAGA-AAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * ** * * * * * *
15485 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA
381 ACTT-AAAAACCTTATCACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAA-AAATGATATTAAATTCAA
* * * * * * * ** ** *
15549 GTTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTA-TTGTGAGAAAGGTGAAGAA
444 TTTTTTTAAATTTTTTG-GTAAAACAGATCATAATTGAATGTCAACCT-CAAGAAACATCAAGAA
* ** * * *
15612 AAAGGTATTCATT-TGCACA-AAAAGTTTATTTAAAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
507 AAAGGCATTCATTGT-CA-AGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAC
** * * * * * * **
15675 TTACTTTAATTGGTTTTATAATCTGCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGTA
570 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGC
* *
15739 TCAAACAGATTATAATTGAATGCTTG
634 TAAAACAGATCATAATTGAATGCTTG
15765 TCTTAGGAAA
Statistics
Matches: 1099, Mismatches: 209, Indels: 80
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 1 0.00
684 44 0.04
685 306 0.28
686 404 0.37
687 292 0.27
688 51 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
CCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTTAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAACAAAC
TATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAAGGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTACATT
TATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGATTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTATCTCAAGA
AACATGCAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTACTTAAAAAC
CTTATCACTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATATTAAATTCAATTTTTTTAAATT
TTTTGGTAAAACAGATCATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGGCATTCATTG
TCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAAATTTTTGGCTAAAACAGATCATAATT
GAATGCTTGACTCCAGAAAAATGAAGAAAAAG
Done.