Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399344.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2611.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15842
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 3286 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:738 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1127 Score: 746
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
* * *
1 ACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTACTTTTTTGG
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACTTTTTTAG
* * * * *
66 TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATATATATAAAAAAAGCATCCATTGGCAA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-ACATAGAAAAAAAGCATCCATTGGCAA
* *
131 GAAAAGTCCATTTATAATCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********** *
174 ACTTGCNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTGATTTTCAA-TTAAATTTTTTTACTTTTTTAG
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAG
* * * * * *
238 TTAAAACAGACTGTATTTGAATGTCTACCTTAAAAAAAGCA-A-ATAAAAAAGTATCCATCGGTA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAA-CATAGA-AAAAAAGCATCCATTGGCA
* **
301 AGAAAAGTCCTTTTATAGTCTGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** ********** * * *
345 ACTCACTTTANNNNNNNNNNTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATACATTTTTAGT
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGT
* * *
410 TAAAATAGACTGTAATTGAATG-CTTACCTTAAG-AAACATAGAAAAAAAAGTATCCATTGGCAA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAAACATAG-AAAAAAAGCATCCATTGGCAA
* * * *
473 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCCTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * ********** * *
516 ACTTTTTTTAAATAGTTTTATAATTTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGT
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGT
* * *
581 TAAAACAGACTAT-ATGTAAATGTTTACCTTAAGAAAAGCAAAG-AAAAAAGCATCCATTGGCAA
66 TAAAACAGACTATAAT-TGAATGTCTACCTTAAGAAAA-CATAGAAAAAAAGCATCCATTGGCAA
*** * *
644 -AACAAGTCCATTTATAGTTTGTCATTCCTTCAAAAACCTTCTT
129 GAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ********
687 ACTTGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTNNNNNNNNNNT-
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT--TACTTTTTTA
* * ** * * * **
751 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TAATG-GCATATAGAGAAAAAGGCATTCATTCAC
64 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAAACATAGA-AAAAAAGCATCCATTGGC
* *
814 AAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCTAAAGCCTTATT
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*** * * ** * * * *
859 ACTCATTTTAAATAGTTTGATAATCAT-ATAATACATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCATTATTCA
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTA
* * * * * * * ***
923 -TTCAAACAGACTGTAATTGAATGTATATCTTAAG-AAACGT-GTAGAAAAAGTCATTCATTAAA
64 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAG-AAAAAAAG-CATCCATTGGC
* * *
985 AAGAAAAGTCTATTTTTAATCACTCAATT-CTTCAAAAGCC-TACTT
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTA-TT
** ** * *
1030 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCTTAATTGA--TTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAG
1 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAG
* * *
1092 TTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
1128 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 191, Indels: 67
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.01
169 47 0.06
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171 435 0.60
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173 44 0.06
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAACATAGAAAAAAAGCATCCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:2260 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2222--2260 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
2212 AATGTATATA
*
2222 AAAAGCTATTCATTGACAAG
1 AAAAGCTATTCATAGACAAG
*
2242 AAAAGTCTATTTATAGACA
1 AAAAG-CTATTCATAGACA
2261 CTTATTTCTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.31
21 11 0.69
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGCTATTCATAGACAAG
Found at i:3088 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1234--3578 Score: 1934
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 171
1224 NNNNNNNNNN
* *
1234 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTCAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGT
* * * * * * *
1298 TCAATTTGTTTTATATTATT-AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACATGG
65 TGAATTT-TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGA
** * ** * * ** *
1362 AGAAAAGGGCATTTTTTGACG-AGAAAAGTCTATTTATCTTCACC
128 AGAAAAAAGTATTCATT-AAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
1406 CATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1471 CAATTTGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTACCTC-ATGACACGT-A
66 GAA-TT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACATGA
* * * * **
1534 GAGAAAAAATGTATTCACT-GGCTAGGAAAGTTTATTTATAGTCAC-
128 -AGAAAAAA-GTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
1579 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
1644 TGAATTCTTTTACATTCTTCATTGAAACAAACTGTAATGGAATGTCTACCT-TTGAAAACAT-AT
65 TGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAG-AAACATGA-
*
1707 A-AAAAAAGGTATTCATTAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-
128 AGAAAAAA-GTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
1750 CAATCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * *
1814 TGAATATTTTT-GATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAA
65 TGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGAA
* * *
1877 GAAAAAAAGCATTCATT-AGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
129 G-AAAAAAGTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* ** * * *
1921 CATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGGTTTCAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
1986 TAATTTGTTTTACATTATTGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACT-TAAGAAACATGA
66 GAATTT-TTTTACATT-TTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGA
* * * *
2049 AGAAAAATGTATTCATCGATG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCGC-
128 AGAAAAAAGTATTCAT-TAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * ** * *
2092 CCTCTCCTTTAAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTGCTATAATCTCAAAAATGATTTTAAGT
1 CAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
2157 TCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTACCTC--GTAA-ATGTAT
65 TGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAG
* * * *
2219 ATAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGACACT
130 A-AAAAAG-TATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
2263 TATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * * *
2328 GAATTTTTTTACATTCATCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCGAAAAACGTG--TA
66 GAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGA
* *
2391 AAAAAGCCATTCATTAAGATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
131 AAAAAG-TATTCATTAAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
2433 CATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
2498 GAATTTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATCTCTACCACAAGAAACATGAA
66 GAA--TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAA
* * *
2563 GAAAAAAGCATTCA-TAGGTAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCA-T
129 GAAAAAAGTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
2605 CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGT
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * *
2670 TCAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAACATATACCTC-ATG--ACATGTA
65 TGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAACATGAA
* * * * * *
2732 GAGAAAAGGCATTCACT-GGCTAGGAAAGTCCATTTATAGTCA-T
129 GA-AAAAAGTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
2775 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATT-AGTTTTAAG
1 -CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
* * * * * *
2839 TTGAATTTTTTTACATTCTTCATTGAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCT-TAGAAA-ATGTA
64 TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATG-A
* **
2902 TA-AAAAAATGTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTGCAGTCACT
128 -AGAAAAAA-GTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
2947 CAATCTTTCAAAAGCCATCTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * *
3011 AGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATTAAATTTCTACCTCTAGAAACGTGAAG
65 TGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAG
* * * * *
3076 AAAAAAGTATTCATT-GGCAAAAAAAGTCCTTTTATACTCTCT
130 AAAAAAGTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * **
3118 CATTCCTTC-AAAGACCTTAATAC-CGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTNNNN
1 CATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT--TA
******* * ** * * * * *
3181 NNNNNNTTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACATCAAGAAACGTG
62 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATG
* ** * *
3246 AAGAAAAAGGTATTCATTGGTGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACC
127 AAGAAAAAAGTATTCATT-AAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* ********** * * *
3291 CACTCCTTCAANNNNNNNNNNACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
3356 CAATTGTTTTACATTATTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAG
66 GAATTTTTTTACATT-TTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAG
* * * *
3420 -AAAACGACATTCATTATTG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
130 AAAAAAG-TATTCATTA-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * ** * * * *
3462 CAATCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATATCAAAAATGATTTTAAATT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** *
3527 CAATTTTTTGTACATTTTTTATTAAAGTAGATTCTAATTGAATGTCTACCTC
66 GAATTTTTT-TACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
3579 GTGAAATGTG
Statistics
Matches: 1769, Mismatches: 327, Indels: 154
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 60 0.03
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172 303 0.17
173 309 0.17
174 101 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGA
AAAAAGTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
Found at i:5103 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4811--6806 Score: 1719
Period size: 172 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
4801 NNNNNNNNNN
* ** * *
4811 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTCATTAATATAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *
4875 AATTGAATATCTACCTTGAA-AAACT-T-ATAGAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCTGTT
66 AATTGAATGTCTACC-TCAAGAAA-TGTGA-AGAAAAAGC-ATTCATT-GGAAGAAAAGTCTATT
* * *
4937 TATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATG
126 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
4982 GTTTTATAATCTTC-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTA
1 GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* *
5046 TAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGAAGGAAAAAG-ATTTCATTGGAAGGAAAAGTCCATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAA-GAAAAAGCA-TTCATTGGAA-GAAAAGTCTATTT
** * * **********
5110 ATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTNNNNNNNNNNG
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * *
5154 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTCAATTTGTTTTACATTATTAGTTCAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * * *
5219 AATTGAATGTTTACCTCGATAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGTTAAAAAAAATCCT-TTTA
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GAAGAAAAGT-CTATTTA
* * *
5283 TAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTATTCACTTTAAATG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * *
5326 ATTTTATGATCTCA-AAGTTGACTTTAAATTCATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA
1 GTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* *
5390 TAATTGAATGTCTACCTCATA-ACACAT-AG-AGAAAAAGGCATTCATTGGTTAGAAAAGT-TCA
65 TAATTGAATGTCTACCTCA-AGA-A-ATGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCT-A
* * *
5451 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TAAAATA
124 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
5497 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * *
5561 AATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATGAATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
5626 AGTCGCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* ** * ** *
5668 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTCGTTCAATTTTTTTTACGTCATTGGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
** * * * *
5733 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATCCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * ** * * * *
5798 AGCCACCTATTTTTTCAAAACCCTTTTTACTCGCTATAAATG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
5840 ATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
5904 AATTGAATGTCAACCTCAAGAAAAGTAAAGAAAAAAGCATCCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
5969 AGTCTA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAGTTTAAATA
129 AGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
6011 GCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTCAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
6076 AATTAAATGT-TGGCCTCATGACACATCG-G--GAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAACTCTAT
66 AATTGAATGTCT-ACCTCAAGA-A-AT-GTGAAGAAAAA-GCATTCATTG-GAAGAAAAGTCTAT
* *
6137 TTATAGTCACCCATTCTTTCTAAAA-CATTATTACTCACTTTAAATG
125 TTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * ** **
6183 GTTTGATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTCTTCATTCGAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * *** * ** **
6247 AATTAAATGTTTGTGTCATGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAACAGAAAAGTCTATTTA
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGGA-AGAAAAGTCTATTTA
* * * *
6311 TACTCACCCAATCCTTCAAAGGCCTTCTTACTCACTTTAAATG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
6354 GTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAA-TTATTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
6418 AATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
6483 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
6525 GTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTCAGGTTCAA-TTATTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* ** * * *
6588 TAATTAAATGTCTATATCTAGAAATGTGAA-AAAAAGGCATTCGTTAGCG-AGAAAATTCTATTT
65 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATT-G-GAAGAAAAGTCTATTT
* *
6651 ATA-TACGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
127 ATAGT-CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
6695 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTGTTACTTTTTTTGTTAAAACAGATTCT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* ** * *
6760 AATTGAATGTCTACGTTGAGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGG
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGG
6807 TAACAANNNN
Statistics
Matches: 1466, Mismatches: 300, Indels: 119
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 10 0.01
170 199 0.14
171 609 0.42
172 612 0.42
173 31 0.02
174 2 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
Found at i:5817 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 4812--6809 Score: 1915
Period size: 514 Copynumber: 3.9 Consensus size: 514
4802 NNNNNNNNNG
* *
4812 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAATATAGACTAT
1 TTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTAT
* * * * * **
4875 AATTGAATATCTACCTTGAA-AAACTTATAG-AAAAAGCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTGTT
63 AATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATAGAGAAAAAAGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4937 TATAGTCACCTAATCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATT
125 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATT
* *
5001 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT-GCCTCA
189 GATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAGCCTCA
* * * *
5065 AGAAATGTGAAGGAAAAA-GATTTCATTGG-AAGGAAAAGTCCATTTATAGT-GTCTCATTCCTT
253 AGAAATGTGAA-GAAAAAGGAATTCATTGGCAA-GAAAACTCTATTTATAGTCG-CCCATTCCTT
* ********** * * * *
5127 CAAAAGCCTTATTGCTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTCAATTTGT
315 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * * *
5192 TTTACATT-ATTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGATAAACGTGAAGAAAAAGA
380 TTTAC-TTCATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGA
* * * * * * * * *
5256 TATTTATTGTTAAAAAAAATCCTTTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTATTCACTTT
444 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTT
5321 AAATGA
509 AAATGA
* * * * * * *
5327 TTTTATGATCTCAAAGTTGACTTTAAATTCATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATA
1 TTTTATAATCTCAAA-TTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * ** *
5392 ATTGAATGTCTACCTCATA-ACACATAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTTAGAAAAGTTCATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
5456 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
5520 TTAAGCTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAA
193 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAGCCTCAAGAAA
* * *
5584 TGTGAAGAAAAATGAATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCGCCTATTCCTTTAAAAGCC
258 TGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCC
* ** *
5649 TTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTCGTTCAATTTTTTTTACGTC
323 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTC
* * *
5714 ATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-AGCATCCGTT
388 ATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGA-CATTCATT
* * * * *
5778 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATTTTTTCAAAACCCTTTTTACTCGCTATAAATGA
452 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * *
5841 TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * *
5906 TTGAATGTCAACCTCAAGAAA-AGTAAAGAAAAAAGCATCCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TAGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
5970 GTCTA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAG-TTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGAT
129 GTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
6033 TTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTAGTCAAAATAGATTATAATTAAATGT-TGGCCTCATGA
192 TTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAGCCTCAAGA
* * * *
6097 CACATCG-G--GAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCTA
256 -A-AT-GTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCGCCCATTCCTTC-A
* * * * * *
6159 AAA-CATTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
317 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
** * * * *** * * *
6222 TACATTC-TTCA-TTCGAACAGACTATAATTAAATGTTTGTGTCATGAAACATATAGAAAAAGCC
382 TAC-TTCATT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGAC
** * * * ** *
6285 ATTCATT-AAACAGAAAAGTCTATTTATA-CTCACCCAATCCTTCAAAGGCCTTCTTACTCACTT
445 ATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTT
*
6348 TAAATGG
508 TAAATGA
* * * * *
6355 TTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTT-GATTAAAATAGACTATA
1 TTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATA
* * * * *
6419 ATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGT-GAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAG-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
6483 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-AGT
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * * * * ** *
6547 TTCAGGTTCAATTATTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA-TATCTAGAA
192 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAGCCTCAAGAA
* * * * *
6611 ATGTGAA-AAAAAGGCATTCGTTAGCGAGAAAATTCTATTTATA-TACGCCCATTCCTTCAAAAG
257 ATGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGT-CGCCCATTCCTTCAAAAG
* *
6674 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTGTTACT
321 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACT
** * * * ** * * *
6739 TTTTTTGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCTACGTTGAGAAACGTGAGGAAAAA-AGCATTCA
386 TCATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGA-CATTCA
6803 TTGGTAA
450 TTGGTAA
6810 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 220, Indels: 100
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 8 0.01
512 94 0.08
513 212 0.17
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515 196 0.16
516 103 0.08
517 9 0.01
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (514 bp):
TTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAGCCTCAAGAAATGT
GAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTCATT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTA
AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGA
Found at i:7615 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7272--7638 Score: 389
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
7262 NNNNNNNNNN
* *
7272 TAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GTCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TAGTCA-CCATTCCTTCAAAACCT-TTATTACTCGCATTAAATAGTTTATAATCACATAATTGAT
* * *
7336 TTTAAGTTAAATTTTTTTACTGTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTCAAAAAA
64 TTGAAGTTAAATTTTTTTACTGTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAAAAA
* * **********
7401 AATAAAGAAAAAAGCATCCAAATGCAANNNNNNNNNNTTTA
129 AACAAAGAAAAAAGAATCCAAATGCAAGGAAAGTCTATTTA
* * *
7442 TAGTCACCTATTTCTTCAAAACCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGAT
1 TAGTCACC-ATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCGCATTAAAT-AGTTTATAATCACATAATTGAT
* * * *
7507 TTGAAGTT-AATTTTTTTAACTTTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAA
64 TTGAAGTTAAATTTTTTT-ACTGTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAAAA
* * * *
7571 AAGCAAAGAAAGAAGAATCC-ATTGGCATGGAAAGTCTATTTA
128 AAACAAAGAAAAAAGAATCCAAAT-GCAAGGAAAGTCTATTTA
7613 TAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TAGTC-ACCATTCCTTCAAAA-CCTT
7639 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 29, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 45 0.28
171 107 0.66
172 7 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TAGTCACCATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCGCATTAAATAGTTTATAATCACATAATTGATTT
GAAGTTAAATTTTTTTACTGTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAAAAAAA
CAAAGAAAAAAGAATCCAAATGCAAGGAAAGTCTATTTA
Found at i:8758 original size:172 final size:163
Alignment explanation
Indices: 8559--8885 Score: 313
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
8549 AAGAATTTTG
* * *
8559 AAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTAACAAT-AACTA-TTTTTTTCTTCATGTTTATC
1 AAGGAATGAGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTAACAATGAA-TACTTTTTCTC-TCATGTTTATC
* * * * * *
8622 GAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTATTTCAACCAATAATGT-AAAAGAAATTGAACCTGAAACC
64 GAGGAAGACATTCAATTATAGCT-TATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAACC
**
8685 AATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGCAAT
128 AATTACAAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGCAAT
* **
8721 AAGNNNNNNNNNNGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATACTTTTTCTCTCA
1 AAG----------GAATGAGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTAACAATGAATACTTTTTCTCTCA
* * * * *
8786 TGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTATAGCTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACT
56 TGTTTATCGAGGAAGACATTCAATTATAGCTTATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACC
*
8851 TAAAATCAATTACAAGATTATAAAATCATTTAAAG
121 TAAAACCAATTACAAGATTATAAAATCATTTAAAG
8886 TGAGTAAAAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 20, Indels: 19
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.02
172 75 0.58
173 51 0.39
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (163 bp):
AAGGAATGAGAGACTATAAAAGGACTTTTCTTAACAATGAATACTTTTTCTCTCATGTTTATCGA
GGAAGACATTCAATTATAGCTTATTTCAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAACCAAT
TACAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGCAAT
Found at i:8934 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8461--9043 Score: 504
Period size: 173 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
8451 NNNNNNNNNN
* * * *
8461 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAATTTAAAATCAACTT-TGAGATC
1 CAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA-TTATGAGATT
* * *
8525 ATAAAACCATTTAAAGTCAA-TAATAAGAATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTC
64 ATAAAA-CATTTAAAGT-AAGTAATAAGAATTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * *
8589 TTAACAAT-AACTA-TTTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGTAGACATT
127 TTTCCAATGAA-TACTTTTTCTC-TCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
* * * * * * *
8634 CAATTATAATCTATTTCAACCAATAATGTAAAAGAAATTGAACCTGAAACCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ********** *
8699 AAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGNNNNNNNNNNGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTT
66 AAAAC-ATTTAAAGTAAGTAATAAGAATTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTT
8764 CCAATGAATACTTTTTCTCTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
130 CCAATGAATACTTTTTCTCTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
* * **
8806 CAATTATAG-CTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATT
1 CAATTATAGTC-TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
8870 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAAAACG-CTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 ATAAAA-CATTTAAAGTAAGTAATAA-GAATTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
8934 -TTCTTAATGAATGGCTTTTTCTGT-A-GGTTCTCTAAGGCAA-ACATT
127 TTTC-CAATGAAT-ACTTTTTCTCTCATGTTTCT-TGAGG-AAGACATT
** * *
8979 CAATTATAGTCTATTTTAATGAAGAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
9043 A
66 A
9044 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 68, Indels: 30
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 39 0.12
172 128 0.39
173 147 0.45
174 14 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACATTTAAAGTAAGTAATAAGAATTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC
CAATGAATACTTTTTCTCTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
Found at i:11099 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10890--11200 Score: 389
Period size: 173 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
10880 NNNNNGAAGA
* *
10890 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-GCCCTTTT-CTCTATGTGTCATGAAG
1 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATAG--CTTTTCCTATATGTGTCAT-AAG
* ** * *
10953 -TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTGAA-TTCAAAATTAAT
63 CCAAACATTCAATTATAATCAATTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTT-AAAATTAAT
*
11016 TTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAATGATTTTAAAGG
125 TATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAATGATTTTAAAGG
** * * *
11063 AATGGGTGACTATAAATAGTTTTTTCT-TCTCAATGAATAGCTTTTCCTATATGTTTCCTAAGCC
1 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGC-CAATGAATAGCTTTTCCTATATGTGTCATAAGCC
*
11127 AAACATTCAATTATAATCAATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
65 AAACATTCAATTATAATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
*
11192 GATTATAAA
130 GATCATAAA
11201 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 15, Indels: 12
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 32 0.27
172 11 0.09
173 74 0.63
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATAGCTTTTCCTATATGTGTCATAAGCCA
AACATTCAATTATAATCAATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
ATCATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAATGATTTTAAAGG
Found at i:11826 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11534--11862 Score: 408
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
11524 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
11534 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAGTAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAGGAGACTATA
* *
11599 AATAAACTTTTCTCACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATA
66 AATAAACTTTTCTCACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTAAATTATA
* *
11664 ATCTGTTTTAACCTATAATGTAAAAAATATTGAACCTGAAAC
131 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATATTGAACCTGAAAC
* *
11706 CAATTATGAGATTATAAAATCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATGGGAGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAGGAGACTATA
** * * *** * * *
11771 AATGGACTTTTC-CTATCAGTGAATGTTTTTTTCTTGATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTAT
66 AATAAACTTTTCTC-ACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTAAATTAT
* *
11835 AGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
130 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
11863 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 26, Indels: 2
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.01
172 129 0.99
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAGGAGACTATA
AATAAACTTTTCTCACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAGACATTAAATTATA
ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATATTGAACCTGAAAC
Found at i:12875 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12586--12944 Score: 363
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
12576 NNNNNNNNNN
* *
12586 AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAACCTTT
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAAACCTTT
* * * * * *
12651 GAAGGATTAGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTATTTAATGAATGATTTTTTCTATACAT-TCCAT
66 GAAGGAATAGGCGACTATAAATGAGCTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTAGACATGT-CAT
*
12715 GAGACAGACATTTAATTATAATCTG-TTTGAATGAAAAAATGTA
130 GAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGAAT--AAAAATGTA
* * * **
12758 AAAAAATTTAACTTAAAATCGATTATA-AGATCT-TCAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAATGCT
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA-AGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAAACCT
* * * * **
12820 TTAGGAGGAAT-GGATGACTATAAATAGAG-TTTTCTAGTCAATGAATGCCTTTTTCTCGATGTG
64 TT-GAAGGAATAGG-CGACTATAAAT-GAGCTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTAGACATG
** * *
12883 TCATGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATGTA
126 TCATGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGAATAAAAATGTA
*
12929 AAACAAATTGAACTTA
1 AAA-AAATTTAACTTA
12945 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 25, Indels: 16
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 20 0.13
172 123 0.80
173 11 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAAACCTTT
GAAGGAATAGGCGACTATAAATGAGCTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCTAGACATGTCATG
AGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGAATAAAAATGTA
Found at i:14215 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13764--14262 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
13754 NNNNNNNNNN
* * * *
13764 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-CGGATGACTATAAATGGAC-TTTCTTACCAATGAATGCCTTT
* ** * * * * *
13828 TTCTTCACATTTCTCTCGA--TAGACATTTAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAA
64 TTCTTTATGTTTCT-T-GAGGTAGACATTCAATTAAAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
13891 TTCAACTTAATATCAATGATGAGA-TAAAAAACTATTTAAAGTG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* ** * * * * ** *
13934 AGTAATAAGCCTTTCAAAGG--CTTGAGTTACTGTAAATGGACTTTTTTCACCAATGGTTGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAC-GGA-TGACTATAAATGGACTTTCTT-ACCAATGAATGCCTT
* * *** * * *** *
13997 TTACTTTATGTTCCACAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTT-TTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
63 TTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-AAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
14061 TCCTACTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTT
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
14105 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGATGACTATAAATGGACTTTACTTACCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGATGACTATAAATGGACTTT-CTTACCAATGAATGCCTTTT
*
14170 TGTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAAAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
65 TCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAAAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
* *
14235 AACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
14263 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 71, Indels: 23
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 5 0.02
170 100 0.41
171 134 0.54
172 4 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGATGACTATAAATGGACTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT
CTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAAAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
Found at i:14648 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14435--15007 Score: 571
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
14425 NNNNNNNNNN
* * * ** *
14435 TTTAAAATGAGTAAT-AAGCCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCATGCCAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATG
* * * * * *
14499 GTTGGCTTTTGGTTCATGCTCCCCAAGCCACACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATAT
65 GTTGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATAT
* *
14564 AAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCA
130 AAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
14606 TTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-GG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGG
* * * * * * * * * * * *
14670 AATGCCTTGTT-CCTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTGATCCAAAAATA
66 -TTGGCTT-TTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATA
*
14734 TAAAAAACTT-TAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
129 TAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
** * * * *** * *
14777 TTTAAAGCAAGTAATAACGGTTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCGAATGC
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGG
* * **
14842 TTGGCTTGTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAACGTA
66 TTGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATATA
* *
14907 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTCA-AAAGCCA
131 AAAAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATT-ATAAAACCA
* * * * * *
14948 TTTAAAGTGAGTAATGAGGCATTTGAAGGAATGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCC
1 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCC
15008 CATGAATGCC
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 82, Indels: 16
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 301 0.96
172 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGG
TTGGCTTTTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATATA
AAAAAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
Found at i:14803 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 14455--15079 Score: 869
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
14445 GTAATAAGCC
* * * *
14455 TTTCGAAAG-CTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCATGCCAATGGTTGGCTTTTGGTTCATGCT
1 TTTCG-AAGTCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCATGCCAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGCT
* * *
14519 CCCCAAGCCACACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAAT
65 CCCCAAGCCACACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
14584 TAATTTTGAGGTT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAT
130 CAATTTTGAGATTCA-AAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCATTTGAAGGAATGAGAGACTAT
* * **
14648 AAATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCCTTGTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTAT
194 AAATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCCTTGTTCCTCACGTTTATCAAGGAAAACATTCAATTA-
*
14713 AA-TCTGTTTGATCCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
258 AATTCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
14777 TTTAAAGCAAGTAATAACGG
323 TTTAAAGCAAGTAATAACGG
* * *
14797 TTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCGAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGTTC
1 TTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCATGCCAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGCTC
* * * *
14862 CCCAAGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
66 CCCAAGCCACACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
14927 AATTTTGAGATTCAAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCATTTGAAGGAATGAGTGAGTATAA
131 AATTTTGAGATTCAAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCATTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
* * * * * *
14992 ATGGACTTTTCTTGCCCATGAATGCCTTTTTCCTTATGTTTATCAAGGAAAACATTCAATTAAAT
196 ATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCCTTGTTCCTCACGTTTATCAAGGAAAACATTCAATTAAAT
* *
15057 TTTGTTTTAACCAAAAATATAAA
261 TCTGTTTGAACCAAAAATATAAA
15080 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 37, Indels: 6
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.02
342 237 0.98
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
TTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCATGCCAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGCTC
CCCAAGCCACACATTCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
AATTTTGAGATTCAAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCATTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
ATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCCTTGTTCCTCACGTTTATCAAGGAAAACATTCAATTAAAT
TCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCAAGTAATAACGG
Found at i:15049 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14530--15836 Score: 544
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
14520 CCCAAGCCAC
* * * * *
14530 ACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTTTGAGG
1 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
14595 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
14660 CTTACCAAGGAATGCCTTGTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAG
130 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTACGTTTCTCAAGGAAG
* * * * * * *
14701 GCATTCAATTATAATC-TGTTTGATCCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
** *** *
14765 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGG-TTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * * * * * *
14829 TTCATGCGAATGCTTGGC-TTGTGCTTCACGTTCCCCAAGGCAG
128 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCTCAAGGAAG
**
14872 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * *
14937 TTCA-AAAGCCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCATTTGAAGGAATGAGTGAGTATAAATGGACTTT
66 TT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
15001 TCTTGCCCATGAATGCCTTTTTCCTTATGTTTATCAAGGAAA
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTACGTTTCTCAAGGAAG
** ** ***************************
15043 ACATTCAATTA-AATTTTGTTTTAACCAAAAATATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAACCTT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
**************************** * *
15107 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * *
15172 TCTTATCAATGAATGCCCTTTT-GTTCATGTTTCTCAA-GATAA
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCTCAAGGA-AG
* * * * * * * * * *
15214 ACATTCAATTATAATC-TGTTTAGGTCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAACCACTTATAAG
1 ACATTCAATTATAACCTTTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* ** * * ****
15278 ATTATAAAAGCATTTAAAACGGGTAATAAGCCTTTCGAAACCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * *
15343 TCGTGCCAATGGTTGGC-TTTTACTT-CATGTTCTCCAAGGCAAG
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTACGT-TTCT-CAAGG-AAG
* * * * * *
15386 -CATTCAATTATAGCCTTTTTTTAATCAAAAATGTGTAAAAATTTC-ACTTAAAACCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAACC-TTTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * *
15449 GGTTATACAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTG-AGAAAATGGGTGACTATGAATAGACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTGAAG-GAATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * *
15513 TTTCTTATCAATGAATACCTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGCAG
127 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCTCAAGGAAG
* * * * *
15557 ACATTCAATTATAA-TTTTTTCTAACT-AAAAATGTAAAAAAACTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAACCTTTTT-TAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
15620 -AGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACT
64 GA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* ********** * *
15684 TTTCTTGCTAANNNNNNNNNNTTT-CTTCACATTTCTCAAGGTAG
127 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTT-ACGTTTCTCAAGGAAG
* * ** * * * **
15728 ACATTCAATTATAATCTCTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTACGAGA
1 ACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
15793 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATG
15837 GGTAAC
Statistics
Matches: 799, Mismatches: 297, Indels: 80
0.68 0.25 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 52 0.07
171 591 0.74
172 132 0.17
173 22 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCCTTTTTCCTTACGTTTCTCAAGGAAG
Done.