Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399345.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2612.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7664
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 984 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:357 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2933 Score: 2112
Period size: 170 Copynumber: 17.0 Consensus size: 170
* * * *
1 CAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTTAACTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * **
66 TTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AATGAAAAAAG
64 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAAG
* * * * * *
130 CATTCATTGGGAATAAAACTCTATTTATATTCTTTTATTCCTT
128 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* *
173 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** *
238 TTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAAGCA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
*
302 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCTATTCCTT
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * *
343 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
408 TAACATTATTGGTTAAAACAGATTGTGATTGAATGTATAGCTCAAGAAATC-TGAAGAAAAAAGG
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAAGC
* *
472 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCT-TTTCTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCTATTCCTT
* * * *
514 CAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 C-AAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
579 TTTACATTTTTGGTTAAAACGGA-TAATAATTGAAAGTCTACCTTAAGAAACGTGAGGAAAAATG
64 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * * **
643 CTTTCA-TGTGCAAGAAATGTCCA-TTAAAG-CCACTCATTCCTT
128 CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT-ATTCCTT
* * * * *
685 CCAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATCGATTTT-AGTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
749 TTACATTATTGGTTAAAACAGGCTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATC-TGAAGAAAAAAGG
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAAAGC
** *
813 ATTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
129 ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * * * * * *
855 CAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTT
1 CAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
*** * * ** * * * *
920 TTACATTTTTTACTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAGAAATGCA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* * * * *
985 TTCATGGGTAAGAAAAGTCTA-TTAAAGTC-ACTCATTCCTT
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT-ATTCCTT
* * * * * * *
1025 CAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTCACAATCTGAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTAT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * ** **
1090 TTACATTATTGGTTAAAATAGATTGTAATTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA-GACA-A
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA----TGTCTACCTCAAG---AAACATGA-AGA
* ** * * * *** * ** * **
1153 TAATTGAATGTCTACCTT-G--AGAAACGT-GAGGAAAAATGAATTC-ATGTGCAA
122 AAAAAGCAT-TC-A--TTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATA-GTCTTCTAT-TCCTT
* * * * ** ** * ** *
1204 GAAAAGTCCATTAAAGTCACATATTCCTTCAAA-AGCCTTATTGCTCCCTTTAAAT-AGTTTTGT
1 CAAAAG-CC-TT--A-TTAC-TA---CTTTAAATGGTTTTA-TAATCTC-AAAATTGA-TTTT--
** * *
1267 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTGCAAAGAGATTATAATTGAA
52 --------AA--G---TT--G---AA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
1332 TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTTATTGGGAAGAAAACTCCATTTATATTCTTT
98 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC
1397 TATTCCTT
163 TATTCCTT
* *
1405 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * ** *
1469 TTATATTTTTGGCTAAAATAGACAATAATTAAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* *
1534 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTGTCTTCTATTCCATT
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCC-TT
* * * * * *
1576 -AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTCATAATATCAAAATTGA-TTTGAGTTCAACTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
1639 TTACATTATTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTGTAGCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGAG-
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAAGC
* ** *
1703 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * * * * *
1745 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
1810 TTATATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAAGCT
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* * *
1875 TTCATTAGC-AGAAAAGTCCATTTATTGTCTTTTATTCCTT
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * * * *
1915 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTCAATGTTT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * *
1980 TTACATTATTAGTTAAAATAGATTGTGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGGA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* * * **
2045 TTCATTGTCAATAAATGTCCATTTATAGTCACCCT-TTCCTT
130 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCTATTCCTT
* * * * * * * * *
2086 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTAATATTCTCATAATTAATTTTAAATTGAGTTTTC
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
2151 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATT-ACATGTCTACCTCAAGAAACATCAGGAAAAATGC
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGC
* * * ** * *
2215 ATTCA-TGTTCAACAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTCTTT
129 ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * * *
2256 TAAAAGCCTTATCT-CTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTT
1 CAAAAGCCTTAT-TACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * *
2320 TTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA-T-T-A-T-AA----T---T-GAGAAATATGAAGAAAAAGG
63 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * ** *
2372 GATTCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
128 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* *
2415 GAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTT
* * * * * *
2480 TTTATATATTTTTGGTTAAAACTGACTATAATTCATTGTTTACCTCAAGAAATGA-GAAGAAAAA
63 TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CATGAAGAAAAA
* *
2544 AGCTTTCATTTGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
126 AGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * *
2589 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * ** * *
2654 TTACATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTCAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAATGCA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* ** *
2719 TTCA-TGGACAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTCCTT
130 TTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
* * * *
2759 CAAAGGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * * * * ** * * *
2824 TTTATATTTTTAGTGAAAACATATTATAATTGAATATCCACCTCAAGATATGTGAAGGAAAAGGG
64 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGC
* * * ** *
2889 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
2931 CAA
1 CAA
2934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2176, Mismatches: 459, Indels: 252
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 33 0.02
159 71 0.03
160 8 0.00
161 18 0.01
162 2 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 98 0.05
170 864 0.40
171 562 0.26
172 210 0.10
173 3 0.00
174 107 0.05
175 5 0.00
176 10 0.00
177 15 0.01
178 6 0.00
179 9 0.00
180 5 0.00
181 2 0.00
182 2 0.00
183 1 0.00
184 3 0.00
185 1 0.00
186 3 0.00
187 9 0.00
188 7 0.00
192 8 0.00
193 11 0.01
194 3 0.00
195 2 0.00
196 3 0.00
197 1 0.00
198 1 0.00
199 4 0.00
200 4 0.00
201 10 0.00
202 17 0.01
203 10 0.00
205 7 0.00
208 2 0.00
209 31 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CAAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
Found at i:858 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1--2933 Score: 2315
Period size: 341 Copynumber: 8.5 Consensus size: 342
* * *
1 CAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTTAACTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT
* * **
66 TTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CAT-AATGAAAAAA
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATC-TGAA-GAAAAAA
* * * * * *** *
129 GCATTCATTGGGAATAAAACTCTATTTATATTCTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTT
128 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
194 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
193 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
259 ACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
258 A-TAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** *
322 ATTTATAGTCTTCTATTCCTT
322 ATTTATAGTCACCCATTCCTT
* *
343 CAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* * * * * * * *
407 TTAACATTATTGGTTAAAACAGATTGTGATTGAATGTATAGCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGG
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGC
*
472 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCT-TTTCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
536 TAAATGGTTTTAAAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGG
193 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
601 ATAATAATTGAAAGTCTACCTTAAGAAACGTGAGGAAAAATGCTTTCA-TGTGCAAGAAATGTCC
258 ATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCC
* * *
665 A-TTAAAGCCACTCATTCCTT
322 ATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
685 CCAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATCGATTTT-AGTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * *
749 TTACATTATTGGTTAAAACAGGCTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGGA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGCA
* * *
814 TTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTA
131 TTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *** * *
878 AATGGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGAC
195 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
943 AATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAGAAATGCATTCATGGGTAAGAAAAGTCTA-T
260 AATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
1007 TAAAGTCACTCATTCCTT
325 TATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * *
1025 CAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTCACAATCTGAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTAT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * * * ** ** * * *
1090 TTACATTATTGGTTAAAATAGATTGTAATTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACA-AT
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA----TGTCTACCTCAAG--AAATCTGA-AGAA
** * * * ** * *** *
1154 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAATGAATTCAT-GTGCAAGAAAAGTCCATT--
124 AAAAGCAT-TC-A--TTG-G---C---AAGAAAAGTCCATTTATAGT-C-A-CCTATTCC-TTCA
* * * * * * ******
1216 AAAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTGCTCCCTT-TAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATT
174 AAAG-C-CTTATTAC-TC----GCTTTAAATGGT--TTTAT-AATCTCAAA-----------ATT
** * * **
1279 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTGCAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
218 GATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * * ****
1344 GAAACATAAAGAAAAAAGCATTTATTGGGAAGAAAACTCCATTTATATTCTTTTATTCCTT
282 GAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
1405 CAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
* * * * * * **
1468 TTTATATTTTTGGCTAAAATAGACAATAATTAAATGTATACCTTGAGAAA-CGTGAAGAAAAAAG
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATC-TGAAGAAAAAAG
* * ** *
1532 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTGTCTTCTATTCCATT-AAAAGCCTTATTACTCACTT
129 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
1596 TAAATTGTTTCATAATATCAAAATTGA-TTTGAGTTCAACTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAT
193 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
** * * * * *
1660 ATTGTAATTGAATGTGTAGCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGA-G-ATTCATTGGTAAGAAAAGTC
258 ATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAA-ATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1723 CATTTATAGTCACCCATTCCTT
321 CATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * ** *
1745 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * * * *
1810 TTATATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCGAG-AAGCATGAAGAAAAAAGC
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATC-TGAAGAAAAAAGC
* * * *** *
1874 TTTCATTAGC-AGAAAAGTCCATTTATTGTCTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
130 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
1938 AATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGAT
195 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
** * * * * * * * * *
2003 TGTGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGGATTCATTGTCAATAAATGTCCATT
260 AATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*
2068 TATAGTCACCCTTTCCTT
325 TATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * * * * * *
2086 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTAATATTCTCATAATTAATTTTAAATTGAGTTTTC
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* * * *
2151 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATT-ACATGTCTACCTCAAGAAA-CATCAGGAAAAATG
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAATC-TGAAGAAAAAAG
* * * * * * *
2214 CATTCA-TGTTCAACAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATCT-CTCACT
129 CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCT
* * * *
2276 TTAAATGGTTTTATCATCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTGAAAAC
192 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
2341 AGAT--T-A-T--A-----A--TTGAGAAATATGAAGAAAAAGGGATTCAGTGGCAAGAAAAGTC
256 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
2393 CATTTATAGTCACCCATTCCTT
321 CATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
2415 GAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTT
* * * * * **
2480 TTTATATATTTTTGGTTAAAACTGACTATAATTCATTGTTTACCTCAAGAAATGAGAAGAAAAAA
64 TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAA
* * ** *
2545 GCTTTCATTTGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCT
128 GCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
2609 TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATA
192 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * *
2674 GACAATAATTCAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAATGCATTCA-TGGACAAGAAAAGTC
257 GATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTC
*
2738 CA-TTAAAGTCACCCATTCCTT
321 CATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
2759 CAAAGGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT
* * * * * * * * * * * *
2824 TTTATATTTTTAGTGAAAACATATTATAATTGAATATCCACCTCAAGATATGTGAAGGAAAAGGG
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGC
* * * *
2889 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
130 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
2934 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2102, Mismatches: 384, Indels: 210
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 108 0.05
331 6 0.00
332 89 0.04
333 66 0.03
334 3 0.00
335 1 0.00
336 2 0.00
338 2 0.00
339 4 0.00
340 412 0.20
341 589 0.28
342 352 0.17
343 27 0.01
344 74 0.04
345 44 0.02
347 12 0.01
348 3 0.00
349 1 0.00
351 3 0.00
352 1 0.00
353 5 0.00
354 4 0.00
355 4 0.00
357 2 0.00
358 14 0.01
359 11 0.01
360 13 0.01
361 11 0.01
362 13 0.01
363 2 0.00
365 5 0.00
366 5 0.00
367 6 0.00
368 1 0.00
369 3 0.00
371 1 0.00
372 4 0.00
373 11 0.01
375 9 0.00
378 14 0.01
379 101 0.05
380 64 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATA
ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTT
Found at i:1963 original size:890 final size:890
Alignment explanation
Indices: 231--2825 Score: 2376
Period size: 890 Copynumber: 3.0 Consensus size: 890
221 TTTTAAGTTG
* *
231 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
* * * * *
296 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
66 AAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAC
* * * *
361 CTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTAACATTATTGGTTAAAA
131 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAACATTATTGGTGAAAA
* * * * * *
426 CAGATTGTGATTGAATGTATAGCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGGATTCATTGGCAAGAAAAGT
196 CAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAATCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACT
*
491 CCATTTATAGTCACTCTTTTCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCCCA
261 CCATTTATAGTCACTCTTTTCTTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAAAATCCCA
* * * *
556 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATAATAATTGAAAGTCTACC
326 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACAATAATTGAAAGTATACC
* * * *
621 TTAAGAAACGTGAGGAAAAATGCTTTCATGTGCAAGAAATGTCCATTAAAGCCACTCATTCCTTC
391 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATGTGCAAGAAAAGTCCATTAAAGCCACTCATTCCTTC
* * * * * *
686 CAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATCGATTTTAGTTCAATTTTTTT
456 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCACAATATCAAAATCGATTTGAGTTCAACTTTTTT
* *
751 ACATTATTGGTTAAAACAGGCTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATCTGAAGAAAAAAGGATT
521 ACATTATTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGGATT
816 CATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAAT
586 CATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAAT
* * *
881 GGTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTACTAAAATAGACAAT
651 GCTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGACAAT
* * * * * * *
946 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAGAAATGCATTCATGGGTAAGAAAAGTCTATTAAA
716 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGTAAGAAAAGTCCATTAAA
* * *
1011 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTCACAATCTGAAAATTGATTT
781 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCACAATCTCAAAATTGATTT
*
1076 TAGGTTCAAT-TTATTTACATTATTGGTTAAAATAGATTGTAATTC
846 TAGGTTCAATGTT-TTTACATTATTAGTTAAAATAGATTGTAATTC
* * * *
1121 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
*
1186 AAATGAATTCA-TGTGCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTC-ACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTGC
66 AAA-GAATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTAC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
1248 TCCCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTG
128 TACCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTAACATTATTGGTG
* * * * * *
1313 CAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CATAAAGAAAAAAGCATTTATTGGGAAGA
192 AAAACAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAATC-TAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
1377 AAACTCCATTTATA-T-TCTTTTATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGTTTTTAT
256 AAACTCCATTTATAGTCACTCTT-TT-CTTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAA
* * *
1439 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGACAATAATT-AAA
319 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACAATAATTGAAA
* *** * *
1502 TGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTGTC-T
384 -GTATACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATGT-GCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGCCAC
* * *
1565 TCTATTCCATT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTCATAATATCAAAATTGATTTGAG
446 TC-ATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCACAATATCAAAATCGATTTGAG
* * *
1629 TTCAACTTTTTTACATTATTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTGTAGCTCAAGAAATATGAA
509 TTCAACTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAA
* * *
1694 G-CAAAAGAGATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
574 GAAAAAAG-GATTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAG
** * * *
1757 TACTCT-CTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTTATA-TTTTT
637 TACT-TGCTTTAAATGCTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTT
* * * * * * * *
1820 AGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAAGCTTTCATTAG-C
701 A-CTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGTA
** ** * * *
1884 AGAAAAGTCCATTTATTGTCTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
765 AGAAAAGTCCA-TTAAAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCAC
* * *
1949 AATCTCACAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTGTGATTG
829 AATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTGTAATTC
* * *
2011 AA----TGT-C-----TAGCT----CA-A-GA-AA-T--ATG---A-----AG-AA-A-AAAG--
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
* * * *
2043 ---G-ATTCATTGTCAATAAATGTCCATTTATAGTC-ACCCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
66 AAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTA--CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
2102 -CGCTTTAAAT-GCTTTAATATTCTCATAATTAATTTTAAATTGAGTTTTCTT-ACATTTTTGGT
129 AC-CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTAACATTATTGGT
* ** * * * * *
2164 TAAAACAGACAATAATT-ACATGTCTACCTCAAGAAA-CATCAGGAAAAATGCATTCA-TGTTCA
191 GAAAACAGATTATAATTGA-ATGTATACCTCAAGAAATC-TAAAGAAAAAAGCATTCATTG-GCA
* * * ** **
2226 ACAAAAGTCCA-TTAAAGTCAC-CCATTCTTTTAAAAGCCTTATCT-CTCA-CTTTAAATGGTTT
253 AGAAAACTCCATTTATAGTCACTCTTTTCTTCAAAAAGCCTTAT-TACT-AGCTTTAAATGGTTT
** * * * *
2287 TATCATCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGG-TGAAAACAG------AT
316 TAAAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGCT-AAAACAGACAATAAT
* ** * * *
2345 T---A-TA-A--TTGAGAAATATGAAGAAAAAGGGATTCA-GTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
379 TGAAAGTATACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATGT-GCAAGAAAAGTCCA-TTAAAG
* * * * * * * * *
2402 TCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
442 CCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCACAATATCAAAATCGA-TTT
* * * * * * * * * * *
2467 AAGTTGAATTTTTTTTATATATTTTTGGTTAAAACTGACTATAATTCATTGTTTACCTCAAGAAA
506 GAGTTCAA--CTTTTT-TACATTATTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAA
** * ** *
2532 TGA-GAAGAAAAAAGCTTTCATTTGG-A-AGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAA
568 T-ATGAAGAAAAAAGGATTCA-TTGGCATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * * ** *
2594 GCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTAC
630 GCCTTAGTACTTGCTTTAAAT-GCTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTAGAATGTTTTTAC
* * * * * * * *
2658 ATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTCAATGTTTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAATGCATTCA
694 ATTTTTTACTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * *
2723 TG-GACAAGAAAAGTCCATTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCATTTTAAATGG
759 TGAG-TAAGAAAAGTCCATTAAAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * * * *
2787 TTTTATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTTTT
823 TTTCACAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATGTTTTT
2826 TATATTTTTA
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 221, Indels: 146
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
839 2 0.00
840 94 0.07
841 10 0.01
842 1 0.00
843 8 0.01
844 256 0.18
845 28 0.02
847 3 0.00
850 3 0.00
851 59 0.04
852 91 0.06
853 88 0.06
854 1 0.00
855 1 0.00
859 2 0.00
861 2 0.00
862 2 0.00
867 1 0.00
870 3 0.00
872 1 0.00
873 2 0.00
874 1 0.00
875 1 0.00
876 2 0.00
880 4 0.00
886 2 0.00
888 4 0.00
889 102 0.07
890 552 0.38
891 108 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (890 bp):
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA
AAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAC
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAACATTATTGGTGAAAA
CAGATTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAATCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACT
CCATTTATAGTCACTCTTTTCTTCAAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAAAATCCCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACAATAATTGAAAGTATACC
TTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATGTGCAAGAAAAGTCCATTAAAGCCACTCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCACAATATCAAAATCGATTTGAGTTCAACTTTTTT
ACATTATTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGGATT
CATTGGCATAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAAT
GCTTTTATAATCCCATAACTAATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGACAAT
AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGTAAGAAAAGTCCATTAAA
GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCACAATCTCAAAATTGATTT
TAGGTTCAATGTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTGTAATTC
Found at i:2653 original size:174 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2353--2834 Score: 568
Period size: 174 Copynumber: 2.8 Consensus size: 172
2343 ATTATAATTG
* * * * * *
2353 AGAAATATGAAGAAAAAGGGATTCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTGAA
1 AGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCA-TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
2418 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
65 AAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
* * *
2483 ATATATTTTTGGTTAAAACT-GACTATAATTCATTGTTTACCTCA
129 ATATATTTTTGATTAAAA-TAGACAATAATTCAATGTTTACCTCA
* * ** *
2527 AG-AA-ATGAGAAGAAAAAAGCTTTCATTTGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTT
1 AGAAACATGAG--GAAAAAAGCATTCA--TGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
2589 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTTAA--TTT
62 CAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
* **
2652 TTT-TACATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTCAATGTTTACCTTG
126 TTTATATATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTCAATGTTTACCTCA
* *
2698 AGAAACATGAGGAAAAATGCATTCATGGACAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
2762 AGGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTTTTT
65 AAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
2827 ATAT-TTTT
129 ATATATTTT
2835 AGTGAAAACA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 34, Indels: 28
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 68 0.26
171 61 0.23
172 22 0.08
173 11 0.04
174 93 0.36
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
AGAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAT
ATATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTCAATGTTTACCTCA
Found at i:3528 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3322--3736 Score: 440
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
3312 AAAGAGTCTA
** * * *
3322 TTTATAGTCACCCATTCCTGCAGAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * *
3387 T-ATTTTTAAAATCAATTTTTTTATATATTTTAGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
66 TGATTTTTAAAATCAATGCTTTTACAT-TTTT-GGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCT
**********
3451 TGAGAAACATG-NNNNNNNNNNCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
129 T-AGAAA-ATGTAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
* * * ** * *
3495 TTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAACCTTATTATTGGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATGAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * *
3560 TGA-TTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGACTATAATTGAATGTATACCTTA
66 TGATTTTTAAAATCAATGCTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTA
* *
3624 GGAAATGTAAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
131 GAAAATGTAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
** **
3665 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
3730 TGATTTT
66 TGATTTT
3737 GAGTTGAATT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 42, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 85 0.43
171 33 0.17
172 4 0.02
173 71 0.36
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTTAAAATCAATGCTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTA
GAAAATGTAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
Found at i:4892 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4440--5915 Score: 1151
Period size: 170 Copynumber: 8.7 Consensus size: 172
4430 ATTGGGTTAT
* ** * * * *
4440 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTG-ATAAACATGAGGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAAGAAAA
* * *
4504 ATGCATTGACA-T-GCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTC-ACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTGC
66 AAGCATT--CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** *
4564 TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAGTTCAAA
128 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAA
* * * * *
4610 TTTTTTTTACATTTTTGGCGAAAACAGATTGTAATTGAGTGTCTACCTT-AAGAAATC-TGAAGG
1 --TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAA-CGTGAAGA
* * * ** * * * *
4673 TAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTCACCCT-TTCCTTCCAAAGCCTTATTGC
63 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
4737 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
4782 TTTTTTACATTTTTGACTAAAACAGACTATAATTGAATATATACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAAGAAAA
* * ** ** * *
4846 AAGCATTCGTTGGCAAAAAAAGTTTATTTATTA-TC-TTCTATTCCTTCAAAAGGCATATTACTC
66 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
4909 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAA
130 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * * * *
4952 TTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTGCAATTGAATGTCTAGC-TCAAGAAATGTGAAGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAAGAAA
* *
5016 AAGAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACT
65 AA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
5079 CGCTTTAAATAGTTTTATTATCCCATAATTGATTTTAAATTGAG
129 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
5123 TTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAA-AGTCTACCTTG-AGAAACGTGAGGAA
1 TTTT-TTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATA-TCTACCTTGAAGAAACGTGAAGAA
* * ** * *
5186 AAATGCATTCA-TGTGCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTCAGTC-ATTCCTTTAAAAGCTTTATTAC
64 AAAAGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
5248 TCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTTAAGTTTAA
128 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
** *
5293 TTTTTTTTTTACATTTTT-TATGAAAACAGATTATAATTG-------A----GAA-ATA--TGAA
1 ----TTTTTTACATTTTTGGCT-AAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAA
* * * * * * *
5343 GGAAAAGGGATTCATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTC-ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
61 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
5407 ACTCACTTTTAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
126 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
5454 TTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTACC-TCAAGAAATGAGAAGA
1 ---TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAAGA
* * ** * *
5518 AAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTC-TTCTAGTCCTTCAAAAGCATTATTAC
63 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** *
5581 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGGGTTCAA
128 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * * *
5626 TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTCAATGTCTACCTTG-AGAAACGTGAGGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
5690 AATGCATTCA-TGGATAAGAAAAGTCCA-TTAAAGTCAGCC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
65 AAAGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
5752 CACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATT-ATTTTTAAGTTCAA
129 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAA
** * * * *
5796 TTTTTTTTGACATTGCTGG-TGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGATATGTGAAG
1 --TTTTTT-ACATTTTTGGCT-AAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAA-
* * *
5859 GAAAAGAG-ATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-A-CTCATTCCTTCAAAAGC
61 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCT-ATTCCTTCAAAAGC
5916 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1051, Mismatches: 195, Indels: 115
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 58 0.06
161 68 0.06
162 3 0.00
163 1 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
169 7 0.01
170 340 0.32
171 225 0.21
172 203 0.19
173 139 0.13
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAAGAAACGTGAAGAAAA
AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:5591 original size:503 final size:501
Alignment explanation
Indices: 4885--5915 Score: 1314
Period size: 503 Copynumber: 2.0 Consensus size: 501
4875 ATTATCTTCT
* * *
4885 ATTCCTTCAAAAGGCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTC
1 ATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * * * * * * *
4950 AATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATAGATTGCAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAACTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAA
* * *
5015 AAAGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTC
131 AAAGAGATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAGTCCCTCAAAAGCATTATTACTC
* * * *
5080 GCTTTAAATAGTTTTATTATCCCATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTCTTACATTTTTGGTTAAA
196 GCTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAA
* *
5145 ACAGATAATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAATGCATTCATGTG-CAAGAAAA
261 ACAGACAATAATTCAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAATGCATTCATG-GACAAGAAAA
* * * *
5209 GTCCATTAAAGTCAGTCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
325 GTCCATTAAAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCACA
* * ** *
5274 AAATCGA-TTTTAAGTTTAATTTTTTTTTTACATTTTTTATGAAAACAGATTATAATTGAGAAAT
390 AAAT-GATTTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTGACATTGCTGATGAAAACAGATTATAATTGAGAAAT
5338 ATGAAGGAAAAGGGATTCATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCC
453 ATGAAGGAAAAGGGATTCATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCC
* * * * * *
5387 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
* *
5452 AATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAG
66 AA--TTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAACTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAG
** * *
5517 AAAAAG-GCATTCATTGG-AAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTAGTCCTTCAAAAGCATTATTA
129 AAAAAGAG-ATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAGTCCCTCAAAAGCATTATTA
* * *** * * *
5580 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGGGTTCAATTTTTTTATATTTTTTGTT
193 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTCTTACATTTTTGGTT
* * *
5645 AAAATAGACAATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAATGCATTCATGGATAAGAA
258 AAAACAGACAATAATTCAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAATGCATTCATGGACAAGAA
*
5710 AAGTCCATTAAAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCA
323 AAGTCCATTAAAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCA
* *
5775 CAAAATTATTTTTAAGTTCAATTTTTTTTGACATTGCTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTC
388 CAAAATGATTTTTAAGTTCAATTTTTTTTGACATTGCTGATGAAAACAGATTATAATTG-A-G--
* * * * *
5840 TACCTCAAGATATGTGAAGGAAAAGAGATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
449 ------AA-ATA--TGAAGGAAAAGGGATTCATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCC
5902 ATTCCTTCAAAAGC
1 ATTCCTTCAAAAGC
5916 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 62, Indels: 23
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
502 93 0.21
503 229 0.51
504 66 0.15
512 2 0.00
513 3 0.01
515 56 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (501 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
AATTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAAACTACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAATGAGAAGAA
AAAGAGATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAGTCCCTCAAAAGCATTATTACTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGACAATAATTCAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAATGCATTCATGGACAAGAAAAG
TCCATTAAAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATCACAA
AATGATTTTTAAGTTCAATTTTTTTTGACATTGCTGATGAAAACAGATTATAATTGAGAAATATG
AAGGAAAAGGGATTCATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACCC
Done.