Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399349.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2617.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9570
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.08, T:0.27
Warning! 2831 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2979 original size:171 final size:155
Alignment explanation
Indices: 2768--3075 Score: 271
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
2758 NNNNNNTTTG
* * * *
2768 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAATGAATTTTTTTACATGTTT-TTGA
1 AAGGAATGGGTAACTATAAATGAATTTTCTTGCTCAATGAAT-AATTTTTTTACATGTTTCTTG-
* * * *
2832 AGGCAGACATTCAATTA-TAGTCTGTAATAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAAT
64 AGGCAAACATTCAATTATTA-TCTGTAATAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAAT
* *
2896 TTTGGGATTATAAAACANNNNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTA
127 TATGAGATTATAAAACA--------------ATAAGGCTTTTA
* *
2939 AAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATACTTTTTTTTCATGTTTCTTGA
1 AAGGAATGGGTAACTATAAATGAA-TTTTCTTGCTCAATGAATAATTTTTTTACATGTTTCTTGA
* ** * *
3003 GGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTAT
65 GGCAAACATTCAATTATTATCTGTAATAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTAT
3068 GAGATTAT
130 GAGATTAT
3076 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 17, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 30 0.26
170 45 0.38
171 35 0.30
172 7 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (155 bp):
AAGGAATGGGTAACTATAAATGAATTTTCTTGCTCAATGAATAATTTTTTTACATGTTTCTTGAG
GCAAACATTCAATTATTATCTGTAATAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACAATAAGGCTTTTA
Found at i:3114 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 2927--3248 Score: 359
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
2917 NNNNNNNNNN
2927 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAAC-TATAAA-TGAACTTTTCTTGC-CAATGAATACTTTTTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGT-ACGTATAAATTG-ACTTTTCTT-CTCAATGAATACTTTTTT
* ** * *
2989 TT-CATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAGATTC
63 TTGCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
3051 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTA
127 AAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT----------AAAGCGAGTA
* * *
3096 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGCGTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTTTG
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTACGTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATACTTTTTTTTG
* *
3161 GACGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
66 CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
3226 AAAATGAATTGTGAGATTATAAA
131 AAAATCAATTATGAGATTATAAA
3249 ATAATTTAAA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 12, Indels: 21
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
168 2 0.01
169 56 0.41
170 63 0.47
171 11 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTACGTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGAATACTTTTTTTTG
CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAGCGAGTA
Found at i:3267 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2230--3282 Score: 427
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 169
2220 NNNNNNNNNN
* * * * *
2230 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAACGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA
** * * * * * *
2295 TTTGTTTTTTCTTCACGTTTCCCCAA-GTAGAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTAGCAAAAAGTG
66 -TACTTTTTT-TTCACGTTT-CTCAAGGTA-AACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATA
**********
2358 TAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATAAT
127 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
* * * * * ** *
2402 TTAAAGCGAGTTATAAGGATTTTGAAAGAATGGATGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGAAAACGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * **
2466 ATGTA-TTTTTCTTCACGTTTCACCAA-GTGAAA-ATTTAATTA-TAGTCTGTTTTCCCAAAAAA
65 A--TACTTTTTTTTCACGTTTC-TCAAGGT-AAACATTCAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAA
*********
2527 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-TNNNNNNNNNNAT
125 TAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAATAAT
* * *
2573 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTGTAAAT-AGACGTTTT-TT-CTCAAT
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGA-AC-TTTTCTTGC-CAAT
* * * * ** * *
2635 GAGTTGCTTTTTTTAT-ATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATAAAAAA
63 GA-ATACTTTTTTT-TCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAA
* * ****
2698 TGTACAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAANNNN
125 TATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
******************** * * * *
2744 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTTCTCAATGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGA
* * * * * * * * ** * * *
2808 ATGAATTTTTTTACATGTTTTTGAAGGCAGACATTCAATTA-TAGTCTGTAATAACCATAAATGT
65 AT-ACTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * * **
2872 AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACANN
128 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
************ *
2915 NNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** *
2980 TACTTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAA
66 TACTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAA
* ********
3045 AGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNN
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
** *
3084 NNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-GCGTATAAATTG-ACTTTTCTT-CTCAAT
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAAC-TATAAA-TGAACTTTTCTTGC-CAAT
* * *
3146 GAATAGTTTTTTTTGGACGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTA-TAGTCTATTTTAACAAAAAAT
63 GAATACTTTTTTTT-CACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAAT
* *
3210 ATAAAAAAATTCAAC-TAAAATGAATTGTGAGATTATAAAATAAT
126 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
*
3254 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
3283 CTAGGTGANN
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 178, Indels: 60
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 94 0.14
170 147 0.22
171 355 0.53
172 75 0.11
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA
TACTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
Found at i:5374 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5326--5379 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
5316 TACTACTAAC
5326 TTTAAATTGTTTTATAA
1 TTTAAATTGTTTT-TAA
* *
5343 TCTCATAATTGATTTTAA
1 T-TTA-AATTGTTTTTAA
*
5361 TTTAAATTGTTTTTCA
1 TTTAAATTGTTTTTAA
5377 TTT
1 TTT
5380 TTTGTTAAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 5
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.43
17 3 0.10
18 6 0.20
19 8 0.27
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.06, T:0.59
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATTGTTTTTAA
Found at i:5481 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5077--5560 Score: 559
Period size: 169 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
5067 TGTTACCTTG
* * * * *
5077 AGAAACATG-AAAAAAAGACATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTGCTTTAA
1 AGAAATATGTAAAAAAA-ACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
** * * *
5141 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTG
65 AAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTAAATTTTTTG
* *
5205 AAATTTATGGTTCAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCTCA
129 AAATTTATGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCCTGCCTCA
* *
5246 AGAAATATGTAAAAAAAACATTCATTAAGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
1 AGAAATATGTAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
* * * *
5311 AGCCTTACTACTAACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTGTTTT-T
66 AGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTGA
* * * **
5375 CATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTTAATGCCTGCCTTC-
130 AATTTATGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCCTGCC-TCA
5416 AGAAATATGTAAAACAAAATCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCC-TTTATAGTCACAC-ATTCCTT
1 AGAAATATGTAAAA-AAAA-CATTCATTGAGAAAAAAAG-TCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTT
* * * *
5479 CAAAAGCCTTATTAC-ACATTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTC
62 CAAAAGCCTTATTACTA-ACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * *
5543 TTAAAATTTTTTGTTAAA
126 TTGAAATTTATGGTTAAA
5561 TATGCACAAA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 34, Indels: 19
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 109 0.40
170 44 0.16
171 10 0.04
172 102 0.38
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AGAAATATGTAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGAA
ATTTATGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCCTGCCTCA
Found at i:6149 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5568--6448 Score: 494
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
5558 AAATATGCAC
* ** * * *
5568 AAAAAGCTACTCATTGAG-AAAAAAGTTTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAACCCTTATTAC
1 AAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * ********** ** *
5632 TCGCTTGAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACACTTTTTG-CT
66 TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTA-AAATTTTGATT
* ** * * *
5696 AAAACAGACTATAATTGAATTTCTACTTTGAGAAACGTGAA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGAA
* * * ** * *
5737 GAAAAA-CACATTCGTTG-GTAAGAAAAGTTCATATATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
1 -AAAAAGC-TATTCATTGAG-AAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* * ********** * * * **
5800 TACTCGTTTTAAATTGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTG
63 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTA-AAATTTTG
* * * * * ** *
5865 -CTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTAAA
127 ATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACA-TGAA
** * ** *
5908 AACAAAAATCATTCATTG-GCAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTAT
1 AA-AAAGCT-ATTCATTGAG-AAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* * * * *
5972 TACTCGCTTTAAGTTGTTTTATAATCCCAAAATTTATTATGAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGA
63 TACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGA
*
6037 TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGTGAAACATGCAA
128 TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATG-AA
*
6081 AAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
********** * * * * * *
6146 TCGCTTTNNNNNNNNNNATAAACTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTAGTT
66 TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGA-TT
* * ** *
6210 AAAACTAACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGAA
* * ** *
6251 AAAAAGGC-ATTCATT-ACTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTA--
1 AAAAA-GCTATTCATTGA-GAAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
6312 ACTTTCACTTTAAATTATTTTATATTCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTATT
64 AC--TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAAAATT-TT
** * * **
6377 G-TTAAAACAGGCTATAATTGAATGCCTGCCTTCAAAAATGTGTAA
126 GATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATG-AA
*
6422 AAAAA-ATCATTCATTGAGAAAAAAAGT
1 AAAAAGCT-ATTCATTGAGAAAAAAAGT
6449 CCATTTANNN
Statistics
Matches: 533, Mismatches: 156, Indels: 43
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 3 0.01
170 135 0.25
171 265 0.50
172 123 0.23
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGATTA
AAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGAA
Found at i:6636 original size:507 final size:477
Alignment explanation
Indices: 5978--6961 Score: 868
Period size: 507 Copynumber: 2.0 Consensus size: 477
5968 TTATTACTCG
* * *
5978 CTTTAAGTTGTTTTATAATCCCAAAATTTATTATGAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGATTAAAA
* *** * *
6043 CAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGTGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGT
66 CAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATACAAAAAAAACTATTCATTGAGAAAAAAAGT
* **********
6108 AGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAAACTCAT
131 AGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAACTCAT
** *
6173 AATTGATTTTGAGTTGAATG-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACTA-ACAATAATTGAATGTTTAC
196 AATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGACAATAATTGAATG-TTAC
* *
6236 CTTGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTA-CTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCT
259 CTTGAGAAACATG-AAAAAAGACATTCATTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCT
*
6300 TTAAAAGCCTTAACTT-TCACTTTAAATTATTTTATATTCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAACTT
322 TTAAAAGCCTT-A-TTATCACTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAACTT
** * *
6364 TTTTACATTTATTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGCCTGCCTTCAA-AAATGTGTAAAAAAAA
385 TTTTACATTTAAGGTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCCTGCC-TCAAGAAATGTGTAAAAAAAA
*
6428 TCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
448 CCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTA-----------------------------A
* * * * * **
6486 CTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTTG-TTAAA
1 CTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTT-AAAATTTTGATTAAA
* ** * *
6549 ACATACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTACAAAAAAAACTATTCATTGAGGAGAAAAG
65 ACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATACAAAAAAAACTATTCATTGAGAAAAAAAG
** ********** *
6614 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
130 TAGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAACTCA
* *
6679 TAATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTACC
195 TAATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTACC
* **********
6744 TTGAGAAACATGAAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTTA
260 TTGAGAAACATGAAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTA
* * * *
6809 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTT
325 AAAGCCTTATTA-TCACTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTT
* * * *
6874 TCATTTAAGGTTAAAAAGACTATAATCGATTGCTTGCCTCAAGAAATGTGTAAAAACAACCATTC
389 ACATTTAAGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCCTGCCTCAAGAAATGTGTAAAAAAAACCATTC
6939 ATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTA
454 ATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTA
6962 TAGTCACTTA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 77, Indels: 18
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
504 6 0.02
505 45 0.12
506 122 0.31
507 164 0.42
508 54 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (477 bp):
CTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGATTAAAA
CAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACATACAAAAAAAACTATTCATTGAGAAAAAAAGT
AGATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAACTCAT
AATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTACCT
TGAGAAACATGAAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAA
AAGCCTTATTATCACTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTAC
ATTTAAGGTTAAAAAGACTATAATCGAATGCCTGCCTCAAGAAATGTGTAAAAAAAACCATTCAT
TGAGAAAAAAAAGTCCATTTAA
Found at i:7002 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5831--7993 Score: 975
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 169
5821 NNNNNNNNNN
* * * * *
5831 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATCGAATG-TCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCT-TGCCT
* *
5895 CAAGAAA-A-GTAAAAACAAAAATCATTCATTG-GCAAACAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTT
63 CAAGAAATATGT-AAAA-AAAAA-CATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-TT
* ** * * * *
5957 C-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTATAATCCCAAA
123 CATTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
6003 ATTTATTATGAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCTTGCCTC
** * * * ** * *
6068 GTGAAACATG-CAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTAGATTTATAGTCACCCATTCCTTC
64 AAGAAATATGTAAAAAAAAAC-ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTC
** ********** *
6132 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAAACTCATA
128 AAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
6174 ATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTA-ACAATAATTGAATGTTTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAA--AGACTATAATTGAATGCTTGCCT
** * ** * * * *
6238 TGAGAAACATG-AAAAAAAGGCATTCATT-ACTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATTCCT
63 CAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGA-GAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCAT
* * * * *
6300 TTAAAAGCCTTA--ACTTTCACTTTAAATTATTTTATATTCTTAAA
126 TCAAAAGCCTTATTAC--TAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* ** * *
6344 ATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTATT-GTTAAAACAGGCTATAATTGAATGCCTGCCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTT-TTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCTTGCC-
* * ************
6408 TCAA-AAATGTGTAAAAAAAATCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCA-TT-TA--NNNNNNNNNNNN
62 TCAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATT
***************** *
6468 NNNNNNNNNNNNNNNNNACTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * * *
6510 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGCCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCTTGCCTC
* * * * *
6575 AAG-AA-ATGTACAAAAAAAACTATTCATTGAGGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
64 AAGAAATATGTA-AAAAAAAAC-ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATT
********** * *
6638 CAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * *
6681 ATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATG-TTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCTTGCCT
** * * * * *********
6745 TGAGAAACATG--AAAAAAGACATTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNT
63 CAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCAT
* ** * *
6807 T-AAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAA
126 TCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * ** * *
6850 ATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTAAGGTTAAAAAGACTATAATCGATTGCTTGCCTCA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCA
* * * *
6915 AGAAATGTGTAAAAACAACCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCATTCA
65 AGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCA
* *
6980 AAAGCCTTATTACAAACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
129 AAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * *
7021 ATTGATTTT-AGTTTGAATTTGTTTTTATTTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT
1 ATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTTTATTTTTGGTT-AAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCT
** * * * * *
7085 TTAGAAATCTGTAAAAAAAATCAATCACTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCA-T
63 CAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CATT
********** *
7149 CAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNTGTTTTATAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * * *
7192 ATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAACATACTATAATTGAATGCTTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCTTGCC-T
* * * * * ********
7257 GAA-AAACATG-AAAAAAAAACATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCNNNNNNNNN
63 CAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TATTCATT
* * *
7320 NAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTGTAATCTCATA
127 CAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * * * *
7361 ATTGATTTAAAGTTAAATTGCTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGACAATAATTGAATG-TTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTTTATTTTTGGTTA-AAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCT
** * * * * * * * * *
7425 TGAGAAACATG-AAAAAAAGACATTTATTG-GCCAGAGAAGTCTATTTATAATCACCTATTCCTT
63 CAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATT
* * * **
7488 TAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA-A
127 CAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * * *
7530 A---ATTTT---TTGAATTTTTTTACATTTATGGCTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCACA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCA
* * ********** *
7589 AGAAATATGTAAGAAAAACCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTTCCTTCAA
65 AGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCAA
*
7654 AAGCCTTATTACTAATTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
130 AAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* ** * *
7694 ATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGACTG-TCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCT-TGCC-
* * *
7758 TC-AGAAATCTGTAAAAAAAATCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCA-
62 TCAAGAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CAT
********** * * *
7821 TCANNNNNNNNNNTACTCACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATA
126 TCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
7865 ATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATGCTTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGCTTGCCTC
* * * * * * * *
7930 GAG-AA-ACGT-GAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTC
64 AAGAAATATGTAAAAAAAAAC-ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTC
7992 AA
128 AA
7994 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1500, Mismatches: 410, Indels: 165
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 20 0.01
162 21 0.01
163 73 0.05
164 7 0.00
165 22 0.01
166 76 0.05
167 37 0.02
168 51 0.03
169 211 0.14
170 280 0.19
171 539 0.36
172 158 0.11
173 4 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAA
GAAATATGTAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCATTCAAA
AGCCTTATTACTAACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
Found at i:7737 original size:673 final size:667
Alignment explanation
Indices: 6485--7982 Score: 1726
Period size: 673 Copynumber: 2.2 Consensus size: 667
6475 NNNNNNNNNN
* * * * * *
6485 ACTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTTGTTAAA
1 ACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTTGATAAA
* * * * *
6549 ACATACTATAATTGAATGCCTACC-TCAAGAA-ATGTACAAAAAAAACTATTCATTGAGGAGAAA
66 ACATACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAACATG----AAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAA
* * * ** ** * *
6612 AGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATTGTTTTATAATCT
127 AGTCCATTTATTGTCACCAAAACCTT-ATTA---------CTCACTTTAAATTGATTTATAATCT
*
6677 CATAATTGATTTAAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTA
182 CATAATTGATTTAAAGTTAAATGTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTA
* **********
6742 CCTTGAGAAACATGAAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNT
247 CCTTGAGAAACATGAAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTT
* *
6807 TAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAAGTTAAATTTTT
312 TAAAACTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTTATTTT-AG-T-AATTTTT
* * * * *
6872 TTTCATTTAAGGTTAAAAAGACTATAATCGATTGCTTGCCTCAAGAAATGTGTAAAAACAACCAT
374 TTACATTTAAGGCTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCACAAGAAATATGTAAAAACAACCAT
6937 TCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACAAACTTTAA
439 TCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACAAACTTTAA
* * * *
7002 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTGTTTTTATTTTTTGTTCAAACAGACT
504 ATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACT
* *
7067 ATAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAATCTGTAAAAAAAATCAATCACTGAGAAAAAAAGTCCATTT
569 ATAATTGAATGCCTACCTTCAGAAATCTGTAAAAAAAATCAATCACTGAGAAAAAAAGTCCATTT
*
7132 ATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTN
634 ATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTC
********* * *
7166 NNNNNNNNNTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAA
1 ACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTTGATAAA
*
7231 ACATACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAAAAC-ATTGATTGAGAAGAAAAG
66 ACATACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAACATG--AAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAG
*
7295 TCCATTTATTGTCACCNNNNNNNNNNAAAACCTTATTACTCACTTTAAATT-ATTTGTAATCTCA
129 TCCATTTATTGTCACC----------AAAACCTTATTACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCA
*
7359 TAATTGATTTAAAGTTAAAT-TGCTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGACAATAATTGAATGTTAC
184 TAATTGATTTAAAGTTAAATGT-CTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTAC
* * * *
7423 CTTGAGAAACATGAAAAAAAGACATTTATTGGCCAGAGAAGTCTATTTATAATCACCTATTCCTT
248 CTTGAGAAACATG-AAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTT
7488 TAAAAACT-TTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAA-TT-TTTT-G-AATTTTTTT
312 T-AAAACTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAGTAATTTTTTT
*
7548 ACATTTATGGCTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCACAAGAAATATGTAAGAAA-AACCATT
376 ACATTTAAGGCTAAAAAGACTATAATCGAATGCTTGCCACAAGAAATATGTAA-AAACAACCATT
********** * * *
7612 CATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAATTTTAAA
440 CATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACAAACTTTAAA
7676 TTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTA
505 TTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTA
* * * *
7741 TAATTGACTGTCTACCTTCAGAAATCTGTAAAAAAAATCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTA
570 TAATTGAATGCCTACCTTCAGAAATCTGTAAAAAAAATCAATCACTGAGAAAAAAAGTCCATTTA
**********
7806 TAGTCACCCATTCCATCANNNNNNNNNNTACTC
635 TAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTC
* *
7839 ACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAA
1 ACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTTGATAAA
* * * *
7904 ACATACTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACGTGAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTC
66 ACATACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAGTC
7969 CATTTATTGTCACC
131 CATTTATTGTCACC
7983 CATTCCTTCA
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 106, Indels: 45
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
671 7 0.01
672 33 0.05
673 271 0.39
674 70 0.10
675 3 0.00
677 1 0.00
679 5 0.01
680 86 0.12
681 122 0.18
682 80 0.12
683 5 0.01
684 3 0.00
690 2 0.00
691 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (667 bp):
ACTTTTAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATGTTTTTACATTTTTTGATAAA
ACATACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAAAAACATGAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAAAAGTC
CATTTATTGTCACCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCATAATTGATTTAA
AGTTAAATGTCTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTACCTTGAGAAACATG
AAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTTAAAACTCTTATTA
CTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAGTAATTTTTTTACATTTAAGGCTAAA
AAGACTATAATCGAATGCTTGCCACAAGAAATATGTAAAAACAACCATTCATTGAGAAAAAAAAG
TCCATTTATAGTCACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACAAACTTTAAATTATTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAATTTGAATTTGTTTTTATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC
TTCAGAAATCTGTAAAAAAAATCAATCACTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCAT
CAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:9234 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8938--9422 Score: 478
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
8928 NNNNATTGAC
* * *
8938 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGATTTTCTACTTAGAGAAA
1 TTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT-GCTAAAACAGACTATAATTCAATTTCTACTTAGAGAAA
* * * * *
9003 CGTGAAGAAAAATACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATTTCTTCAAAATCC
65 CATGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
*
9068 TTATTACTTGCTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAAGT-GAT
130 TTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA-TCGAT
* *
9109 TTTAAGTTGATTTTTTTTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTCAATTTCTGCTTGGAGAAA
1 TTTAAGTTGATTTTTTTTACA-TTTTTGCTAAAACAGACTATAATTCAATTTCTACTTAGAGAAA
* * *
9174 CATGAAGAAAAACACATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-ACTCATTCCTTCAAAAGC
65 CATGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACCCATTCCTTCAAAAGC
**********
9238 CTTATNNNNNNNNNNAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGAT
129 CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGAT
* * * * * *
9280 TTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCA-AGA
1 TTTAAGTTG-ATTTTTTTTACA-TTTTTGCTAAAACAGACTATAATTCAATTTCTA-CTTAGAGA
* * * * * * * * ** *
9343 AAAATGACG-AAAACGGCATTCATTGGCAAGAAAAAT-TATTTATAGTCACCCATTTTTTTAAAA
63 AACATGAAGAAAAAC-ACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAA
*
9406 GCCTTATTACTCGCTTT
127 GCCTTATTACTTGCTTT
9423 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 55, Indels: 15
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 32 0.13
171 202 0.80
172 17 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGCTAAAACAGACTATAATTCAATTTCTACTTAGAGAAAC
ATGAAGAAAAACACATTCGTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATCGAT
Done.