Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397463.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1316.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15659
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Warning! 1611 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1220 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 515--2088 Score: 1170
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
505 NNNNNNACTT
* * * * *
515 GCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATATTTGACTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTGATTAAA
* * * * * * * ** * *
580 ACAGATTATATTTGAATCTCTACTTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
644 TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTC
* ********** * *
685 ACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTATATTTTT-AGTTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGA-TTAAA
* * * * * *
749 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAGACATGAAGTC-AAACCCATCCATT-G-AGAGAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAA
* * * * ** * *
811 AGTCTATTTACAG-CAACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTT
128 AGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * ** *
854 GTTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTT-AGATTTTCTTGCATTTTCGATTA
1 GCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT-TTATATTTTTGATTA
* * * * * ** * * *
917 AAATATATTAGAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAATCTTAAGCTATCCATTGTCAAAAAA
63 AAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* * ** *
982 AGTCCACTTATAGTCACTTAAATCTCTAAAAGCCTTATTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* ********** * * * *
1025 ACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTATAGTTTTGATCAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTGATTAAA
* * * * *
1090 ATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* *
1155 TCTATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTAGTC
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
1196 GCTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAC
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * * * *
1261 ATAGATAACATTTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAA
* * * * *
1325 GTCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
129 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
1367 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACTTTTGGTCAAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
** * * * ** * *
1432 TATATTATAATTGAATGT-TTTTCTTGGAAAATGTGAATCTTAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGTCTGCT-TTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
** *
1496 TCCATTTATAGTCACTCAAGAGTTTGAAAGCCTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
********** *
1537 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAA
* * * * * *
1602 ATATATTATAACTGAATATCTGCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* *
1667 TTCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAACCTTATTACTC
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTC
* * *
1708 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTATATATTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTGATTAAA
* * * * * * * * * ** * *
1772 ATAGATTATATTTGAATTTTTGCCTCGT-G-AAACCTAAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTCTG-CT-TTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
1835 AGTCCATTTATAATCTCCCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACTT
128 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
1878 GTTTTAAATG-GTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGTATTTTTTAATATTTTTTG-TTAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA-TTTTTGATTAA
* * *
1941 AATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGGTAAGAAA
64 AATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
* * * *
2005 AGTCCATTTATAGTCCCTAAAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTC
128 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
*
2048 GCTTTAGATGATTTTATAAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 GCTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTT
2089 AGATTCTTTT
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 294, Indels: 74
0.74 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 7 0.01
169 155 0.14
170 406 0.38
171 467 0.44
172 35 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA
TATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:1497 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 516--2086 Score: 1383
Period size: 512 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
506 NNNNNACTTG
* * * * * *
516 CTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA-TATTTGA-CTAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTACAGT-TTTGATC-AA
* * ** * * * * * * *
579 AACAGATTATATTTGAATCTCTACTTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAA
64 AATATATTATAACTGAATATCTACTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
* * * * * * * * ********** *
643 GTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTC
129 GTTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTC
* * *
708 ATAATTAATTTTGAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC
194 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCTGC
* * * *
772 CTTAGGAGACATGAAGTC-AAACCCATCCATTGAGAGAAAAGTCTATTTACAGCAACCCATGCCT
259 CTTAGGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCT
* *
836 TCGAAAGCATTATTACTTGTTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTT-AGATTT
323 TCAAAAGC-TTATTACTTGTTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT
* * * *
900 TCT-TGCATTTTCGATTAAAATATATTAGAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAATCTTAAG
385 T-TATAC-TTTT-GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAATCTTAAG
* *
964 CTATCCATTGTCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTTAA-A-TCTCTAAAAGCCTTATTACTCA
447 CCATCCATTGTCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGAGT-T-TAAAAGCCTTATTACTCA
********** *
1026 CTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTATAGTTTTGATCAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTACAGTTTTGATCAAAA
* * * * **
1091 TATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAG-
66 TATATTATAACTGAATATCTACTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
1155 TCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATTATTTTACAATCTCA
131 TC-ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCA
* * * * * * *
1220 TAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAACATAGATAACATTTGAATATCTGCC
195 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCTGCC
*
1285 TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATGCCTT
260 TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTT
*** *
1350 CAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
324 CAAAAG-CTTATTACTTGTTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * ** *
1415 TATACTTTTGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTTTTCTT-GGAAAATGTGAATCTTAAGCCA
386 TATACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACGTGAATCTTAAGCCA
* * * * *
1479 TCTATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAGTTTGAAAGCCTTATTACTCG
450 TCCATT-GTCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGAGTTTAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * * * *
1538 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTACAGTTTTGATCAAAA
* * ** *
1603 TATATTATAACTGAATATCTGCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAAAGT
66 TATATTATAACTGAATATCTACTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
1668 TCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
131 TCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAT
* * * * *
1733 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATATA-TTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATTTTTGCC-
196 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCTGCCT
* * * * * ** * * * ** *
1796 TCGTGAAACCTAAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATGCCTT
261 TAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-GAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTT
* * * * *
1861 TAAAAGCCTTGTTACTTGTTTTAAATGGTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGTATTTTTT
324 CAAAAG-CTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT
* * * * * **
1926 AATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
387 -ATACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAATCTTAAGCCA
* * * * * ** * * *
1990 TGCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTAAAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCG
450 TCCATT-GTCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGAGTTTAAAAGCCTTATTACTCA
*
2049 CTTTAGATGATTTTATAAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 CTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAG
2087 TTAGATTCTT
Statistics
Matches: 845, Mismatches: 192, Indels: 46
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 129 0.15
511 280 0.33
512 337 0.40
513 92 0.11
514 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTACAGTTTTGATCAAAA
TATATTATAACTGAATATCTACTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
TCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCAT
AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCTGCCT
TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCA
AAAGCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAC
TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAATCTTAAGCCATCCATT
GTCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGAGTTTAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:1560 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 515--2088 Score: 1276
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 339
505 NNNNNNACTT
* * * * * * *
515 GCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATATTTGACTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * * ** * *
580 ACAGATTATATTTGAATCTCTACTTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAG
66 ATATATTATAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAG
* * * * **********
644 TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCA
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
709 TAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATAATTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
* * * * *
774 TAGG-AGACATGAAGTC-AAACCCATCCATTG-AGAGAAAAGTCTATTTACAG-CAACCCATGCC
260 T-GGAAAAC-TGAAGTCAAAAGCCATCCATTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCAAGCC
** * *
835 TTCGAAAGCATTATTACTT
321 TTTAAAAGCCTTATTACTC
* ** * * *
854 GTTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAG-TTAGATTTTCTTGCATTTTCGATTA
1 GCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * ** * * *
917 AAATATATTAGAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAATCTTAAGCTATCCATTGTCAAAAAA
64 AAATATATTATAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAGAAA
* * ** **********
982 AGTCCACTTATAGTCACTTAAATC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATC
128 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
1046 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTGTTTATAGTTTTGATCAAAATATATTATAATTGAATGTCT
192 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTATAATTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * *
1111 ACTTTAGAAAACATGAAGT-AAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
256 TCCTTGGAAAAC-TGAAGTCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
*
1175 -CTTTCAAAAGCCTTATTAGTC
319 CCTTT-AAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
1196 GCTTTAAATTATTTTACAATCTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAC
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * * * *
1261 ATAGATAACATTTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG
66 ATATATTATAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAG
* * * * *
1326 TCTATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
1391 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACTTTTGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTTTTCT
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATAATTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
* ** * * **
1456 TGGAAAATGTGAA-TCTTAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAGTT
260 TGGAAAA-CTGAAGTCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
*
1520 TGAAAGCCTTATTACTC
323 TAAAAGCCTTATTACTC
********** *
1537 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * *
1602 ATATATTATAACTGAATATCTGCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAAAG
66 ATATATTATAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAGAAAAG
* * * *
1667 TTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
130 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
1732 AAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTATATATTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAAT-TTTTGC
195 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATA-ATTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTT-C
* * * * * ** * * * *
1795 CTCGTGAAACCTAAAG-AAAAAGTCATTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCCATGCC
258 CTTG-GAAAACTGAAGTCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* *
1859 TTTAAAAGCCTTGTTACTT
321 TTTAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
1878 GTTTTAAATG-GTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGT-ATTTTTTAATATTTTTTG-TTA
1 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-TAATTTTTTTACA-TTTTTGATTA
* * *
1940 AAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGGTAAGAA
64 AAATATATTATAATTGAATATCTGCTTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAGAA
* * ** * * * *
2004 AAGTCCATTTATAGTCCCTAAAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAGATGATTTTATAAAT
127 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AAT
2069 CTCATAATTGATTTTAAGTT
191 CTCATAATTGATTTTAAGTT
2089 AGATTCTTTT
Statistics
Matches: 984, Mismatches: 221, Indels: 58
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 97 0.10
340 212 0.22
341 463 0.47
342 203 0.21
343 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA
ATATATTATAATTGAATATCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATAATTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT
GGAAAACTGAAGTCAAAAGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
AAGCCTTATTACTC
Found at i:2810 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2527--3279 Score: 629
Period size: 170 Copynumber: 4.4 Consensus size: 169
2517 AAGCCTATTA
* *
2527 ATAGCCACTTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-AAT
1 ATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATTA-
* * * * * *
2591 ATTTTATGTTGA-ATTTTTTATATATTTGATCAAAATATATTACAATTGAATGTGTGCCTCAGGA
64 ATTTTAAGTTGATA-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAACAATTGAATGTCTGCCTCAGGA
*
2655 AATATGAAGTAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTT
128 AACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * *** * *
2697 ATAGCCACTCATGCCATCAAAAGTATTATTACTTGTTTTAAATGGGTTTATAATTCATAATTGAT
1 ATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCATAATTAAT
* * * * *
2762 TTTAAGTTAGATATTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCTGGAAA
66 TTTAAGTT-GATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAACAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAA
* * **
2827 CATGAAGCT-TAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 CATGAAG-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
********* * * * *
2867 ANNNNNNNNNNA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTA
1 A-TAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TTCATAATTA
* * * * ** *
2931 ATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTGTTTCATGAA
64 ATTTTAAGTTGATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAACAATTGAATGTCTGCCTCAGGAA
* * *
2996 ACGTGAAGTAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
129 ACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * * *
3037 GTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGA
1 ATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TCATAATTAA
* * * * * * * *
3102 TTTTAAATCTGATTTTTTTACATTCTTGGTTAAAAAAGATAACATTTGAATGTCTGCCTCTA-AA
65 TTTTAAGT-TGATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAACAATTGAATGTCTGCCTC-AGGA
** * * * * * * *
3166 AATGTGAAGCAAAATCCACCCGTTTG-AGAGAAAATTTCATTT
128 AACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * * * *
3208 ATAGCCACTCATACCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTAATAACCTCGTAATTAA
1 ATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TTCATAATTAA
3273 TTTTAAG
65 TTTTAAG
3280 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 106, Indels: 27
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.04
170 292 0.63
171 152 0.33
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCATAATTAAT
TTTAAGTTGATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATAACAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAC
ATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:6127 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5738--6664 Score: 776
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
5728 TGGTGACAAC
* * * * *
5738 AGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTCACTTTAAAT-GATTTTATAATA
1 AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC
* * * * * * * *
5802 TTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAATTATATTATAATTGATTGTC
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTT
* * * *
5867 TGTCTCGAA-AAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAA-AAG-A
129 TGTCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAGAGGAA
* * * * *
5910 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * * *
5974 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAACTGATTGTTT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTT
* * * **
6039 GTCTTGAGAATCAAGAAGCCAAAGCCATTCATTGAAGAGGAA
130 GTCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAGAGGAA
** * * * *
6081 AGTCTATTTATAGTTGCTCATACCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGT
1 AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * *
6146 GATCATTTG-TTTCAAGTTGAATTTGTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAAACTGTAATTGAATGTC
66 CAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGT-
* * * * * * **
6210 TT-CCTTAGGAAACATGAAG-CAAAGCCATTTATTGGATATAAA
128 TTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAGAGGAA
* * * ** *
6252 ATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
1 AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * **
6317 CATAATTGATTTTAAGTAT-AATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATTTATTATAATTGAATG-TT
66 CATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTT
* * * ** *
6380 CTCTTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGA--AA
130 GTC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAGAGGAA
* * * * * * *
6423 AGTCCATTTATAGTCACTTAGGCCTTTGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTCTAGTCT
1 AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
6488 CAGAATTG-TATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTAT-ATTAGAATGTC
66 CATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATT-GAATGTT
* * *
6551 TAT-TTCAAGGAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT--AGCAGGAAA
129 TGTCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAG-AGG-AA
* *
6594 AGT-TAATTTATAGTCAC-CAATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AGTCT-ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
*
6657 CTTATAAT
64 CTCATAAT
6665 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 119, Indels: 55
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 3 0.00
169 3 0.00
170 60 0.10
171 412 0.68
172 124 0.20
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTG
TCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAGAGGAA
Found at i:6578 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5668--6664 Score: 976
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 337
5658 TGACATTTTG
* * *
5668 GGTTAAAATATATTTTAATTGAATGTCCATCTTT-GTAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGT
1 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTC-TCTTTAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGT
* * * * *
5732 GACAACAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTCACTTTAAAT-GATTTT
64 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
* * * * * * *
5796 ATAATATTATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGCTAAATTATATTATAATT
128 ATAATATCACAATTGTA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTAT-ATT
* * * * * *
5860 GATTGTCTGTCTCGAA-AAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAAAGAAGTCCATTTATAGT
190 GAATGTCT-TTTC-AAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGG-AAAA-AATTCAATTTATAGT
* * *
5924 CACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
251 CACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
5989 AGTTGAATTTTTTTATATTGTT
316 AGTTGAATGTTTTTATATTGTT
* * * * * * ** * *
6011 GGTTAAAATAGATTATAACTGATTGTTTGTCTTGAGAATCAAGAAGCCAAAGCCATTCATT-G-A
1 GGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTCTCTTTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA
* ** * * * *
6074 AGAGGAAAGTCTATTTATAGTTGCTCATACCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
65 AGA--AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * *
6139 ATAATGTGATCATTTGT-TTCAAGTTGAATTTGTTTTAGATTTTTTGTTAAAATAAACTGTA-AT
128 ATAATATCA-CAATTGTATTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAAA-T-TATAT
* *
6202 TGAATGTCTTCCTT--AGGAAACATGAAG-CAAAGCCATTTATTGGATATAAAATTCTATTTATA
189 TGAATGTCTT--TTCAAGG-AACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGA-A-AAAATTCAATTTATA
* * * *
6264 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
249 GTCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
6329 TAAGTAT-AATGTTTTTATATTTTT
314 TAAGT-TGAATGTTTTTATATTGTT
* * **
6353 TGTTAAAATTTATTATAATTGAATGTTCTCTTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTA
1 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTCTTT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA
* * * *
6418 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAGGCCTTTGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTTTCT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
6483 AGTCTCAGAATTGTATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTAGAAT
130 AATATCACAATTGTATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATATT-GAAT
* * * *
6548 GTCTATTTCAAGGAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAGGAAAAGTT-AATTTATAGTCACC
194 GTCT-TTTCAAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTTATT-G--GAAAAAATTCAATTTATAGTCACC
* * * *
6612 AATACCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAT
255 AATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
6665 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 97, Indels: 61
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 6 0.01
341 53 0.10
342 294 0.56
343 155 0.29
344 14 0.03
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTCTTTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATATCACAATTGTATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATATTGAATGT
CTTTTCAAGGAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGAAAAAATTCAATTTATAGTCACCAATGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
TTTTATATTGTT
Found at i:7710 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7407--7715 Score: 394
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
7397 ATTACTCACC
* ** *
7407 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGACCTTTTTTATATTGTTGATTAAAATA
1 TTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTGTTGATTAAAATA
* * *
7472 GATTATAATTGAATATTTACCTCAGAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAAGGTCC
66 GATTATAACTGAATATCTACCTCAGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAAGGTCC
7537 ATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCATTATTAGTCGTT
131 ATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCATTATTAGTCGTT
* *
7578 TTAAAAGGTTTTATAAT-TTCATAATTGTTTTTAAGTTGAAATTTTTTACATAT-TTGGTTAAAA
1 TTAAAAGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACAT-TGTTGATTAAAA
* * * * * *
7641 TATATTATAACTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGAAA-CAAAAGTCATCCATT-G-GTAAGAAA
64 TAGATTATAACTGAATATCTACCTCAGAAAACAT-AAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGT--GAAA
*
7703 TGTCCATTTATAG
126 GGTCCATTTATAG
7716 CCACGCAAGC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 3 0.03
171 108 0.92
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTGTTGATTAAAATA
GATTATAACTGAATATCTACCTCAGAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGTGAAAGGTCC
ATTTATAGTCATTCATACCTTTAAAAGCATTATTAGTCGTT
Found at i:9011 original size:169 final size:165
Alignment explanation
Indices: 8103--9474 Score: 659
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 165
8093 NNNNATCCAA
* * * * *
8103 GCCTACGAAAGCCTTATTACTC-TCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGT--TTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAA
*** * * * *
8167 ATATTTTTATAC-TGTTGGCTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTA-AGAAA-ATGCAAAG
64 AT-TTTTT-TACAT-TTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAGA-AAACATG--AAG
* * ** * *
8229 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGTAAAGTCCATTTATAGTCACTCAC
123 AAAAAGCCATTCATT-GA-AAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* ** * * * * * *
8274 GCCTTTGAAAGCCTTATAACTTGCG-TTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATT-AATTTAAATTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGC-T-CGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAA
* ** ********* * *
8337 ATATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTNNNNNNNNNNAACGTGAAGCAAA
64 AT-TTTTTTACATTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTT-TGCTTAGAAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
8402 AGCCATCCATTAGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCCCTCAA
127 AGCCATTCATT-G-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* * * ** * *
8443 GCTTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * ** * * * *
8508 TTTTTTTACTTTTTTTACTAAAACAGCTTATATTTAAATGTCTG-TCTAGAGAAACATGAAAAAA
65 TTTTTTTAC--ATTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT-TAGA-AAACATGAAGAAA
* * * * * * * *
8572 AAACTATTTATTGGCAAGAAAAGTCAACTTATAATCACTCAA
126 AAGCCATTCATT-G-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* * * ** ** * ** *
8614 GCCTTCGAAGGCCTTATTACTTAC-TTTAAATAGTTTTATAATCCCATGTTTAACATTAAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGC-T-CGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAA
* * *** * * * *
8678 ATTTTTTTACATTTTAGATTAAAATATATTATAATTAAATATCCACCTCAGGAAACATAAAGCAA
64 ATTTTTTTACATTTT--ATTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTAGAAAACATGAAGAAA
* ** * *
8743 AAGCCATCCACTGGTG-ACCAAAGTCCATTTATAGTAACTCAT
126 AAGCCATTCA-T--TGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* ** * * * **********
8785 GCCTTCAAAAGTGTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTC-GTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * *
8850 TTTTTTATAC-TTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTAACTTAGGAAACATAAAGAAAAA
65 TTTTTT-TACATTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
* * * *
8914 GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATTACCCAT
128 GCCATTCATT-G-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* * * * *
8954 GGCTTCCAAAGCCTTAGTGCTCGTTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGTTT-AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * *
9019 TTTTTTTACATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCTTCAGAAAACATGAAGCAAA
65 TTTTTTTACATT-TTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTT-AGAAAACATGAAGAAAA
* *
9084 AGCCA-TCTATTATAAAAGAAAGTCTATTTGTAGTCACTCAT
127 AGCCATTC-ATT-GAAAA-AAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* ** * * * * * *
9125 ACCTTCGAAAGTTTTATTACTCGTTTTATATGGTTTTATAATGTCATAATTTG-TTTTGAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA-TTGATTTTAAGTTAA
* * * * * * * *
9189 ATTTTTTTGCGCTTTTTGTTAAAATAAACTACAATTG-ATAGTTTGCTTTGAAAACATGAA-ACA
64 ATTTTTTT--ACATTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT-GTTTGCTTAGAAAACATGAAGAAA
*
9252 AAGCCATTTATTGAATAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
126 AAGCCATTCATTGAA-A-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* ** *
9294 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCG-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * * *
9359 TTTTTTTACATTTT-TGGTTAAATTTATTATAATTGAATGTCTACTATCGAAAAACGTGAAGCAA
65 TTTTTTTACATTTTAT--TAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT-TAG-AAAACATGAAGAAA
* * * *
9423 AAGTCATTCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGT
126 AAGCCATTCATTGA-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
*
9465 GCATTCGAAA
1 GCCTTCGAAA
9475 ACATTATTAC
Statistics
Matches: 911, Mismatches: 236, Indels: 108
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 8 0.01
168 31 0.03
169 324 0.36
170 67 0.07
171 454 0.50
172 17 0.02
173 7 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
GCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TTTTTTACATTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCC
ATTCATTGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
Found at i:9549 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 9519--9561 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
9509 CGTAATTGAT
* *
9519 TTTATGTTAAATTATTTTATATG
1 TTTATGTTAAAATATATTATATG
9542 TTTA-GTTAAAATATATTATA
1 TTTATGTTAAAATATATTATA
9562 ATTCAATGTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.78
23 4 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (23 bp):
TTTATGTTAAAATATATTATATG
Found at i:10877 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10512--13309 Score: 1347
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 170
10502 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10512 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTATATTTTCAGTTAAAACA-
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * ** **** * * *
10575 AGTTATATTTGAATATCTACCTCTGGAAACGCAAAGAAAAAACCATTCATTAGTTAAAAAAAGTC
65 A-TTATAATTAAATGTCTGCTTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-CAAGAAAAGTC
** * *
10640 TATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCTTTATTACTTACTTT
127 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCTTTATTACTTACTTT
* * * * *
10684 AAATGGTTTTATAATTTCATAATCAATTCTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
* * * *
10749 ATAAAATTAAATG-CTTGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCACTTGCCAA-AAAAGTCT
66 TTATAATTAAATGTC-TGCTTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTG-CAAGAAAAGTCT
*
10812 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCTCTATTACCTT-CTTT
128 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCTTTATTA-CTTACTTT
* * * * ** *
10855 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAATTTTTTTTTCATTTTGGGTTAAAACATA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
* * * *
10920 TTATATTTAAATGTCAG-TCTCAAGAAAAATGAAGAAAAA-CCATTGATTGAAAGAAAAG-CTCA
66 TTATAATTAAATGTCTGCT-TCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCT-A
* * ** * * * *
10982 TTTATAATCACCCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTT
129 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCTTTATTACTTACTTT
* *
11024 AAATGGA-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT
1 AAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * ** *
11088 ATTATAATTGAATGTCTGCTTCTAGAAATATAAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAACTCTA
65 ATTATAATTAAATGTCTGCTTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCTA
* * **
11153 TTTATAGTCATTCAAGCCTTC-AAGAGCTTTATTACTCGCTTT
129 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA-ACCTTTATTACTTACTTT
* * * ** * * *
11195 AAAAGATTTTATAATCTCATAATTCA--TTAAGTTGAATTTTCATACATTTTTAGCTAAAACAAA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
* * * ** * *
11258 TTATAATTGAATGTCTAC--CATGGGAAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTAGCATGAAAAGTCC
66 TTATAATTAAATGTCTGCTTCA--AGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCT
* * * ** * *
11320 ATTTATAGTCACTTAAGGCTTTGAAAGCC-CAATTACTCATTTT
128 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-CCTTTATTACTTACTTT
* * * * * * * * * *
11363 AAATGGTTTCATAAACTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTATTTAAAATATG
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
* * * * * * * * *
11428 TTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTTTA
66 TTATAATTAAATG-TCTGCTTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA-AGAAAAGTCTA
** * * * * * **
11492 TTTATAGTCACTCATA-CCTTTAAAAGCATTGTAACATGTTTT
129 TTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAACCTTTATTACTTACTTT
* * * * * * * *
11534 AAATGTTTTTATAATGTCATAATTGATTTT-AGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
* * * * * *
11598 TTATAATTCAATGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTAAATGTCTGCTTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCTAT
* * * * * *
11663 TTATCGTCACCCTTA-CCTTTGAAAGCTTTATTACTCGA-TTT
130 TTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAACCTTTATTACT-TACTTT
* * * * * *
11704 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAT
1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * * * * * * *
11769 ATTATAATTGAATGTTTGATTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTTTA
65 ATTATAATTAAATGTCTGCTTCAAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCTA
* * ** * * *
11834 TTTATAGTTAGTCAAATC-TCTAAAAGCTTTATTACTCACTTT
129 TTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAACCTTTATTACTTACTTT
********** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * ** *
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1 AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
* * * ** * *
13121 TTGTAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAACAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGT-TCA
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* * * **
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** * * * * ** *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ********** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
12265 AAATATATTATAATTGAACCTCTG-CTTAGGGAAACATTAAGCAAAATCTATCCATTAGGAAGAA
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* * * * *
12329 AAGTCCATTTATATTCACTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTTAACC
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* ** *
12547 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACATA
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* * * *
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** * * * * *
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* *
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* * ** * * *
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* * *
12888 AAATAGTTTTATAAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTGTTTTATATTTTTGGTTACAATA
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* * * * * *
12952 CATA--ATATTTGAATATCTGACCT-AGAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAA
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* * * * * * * *
13013 ATCTATTTATAGTCGCCCACGCCTTCGAAAACCTTATTACATGCTTTAAATGG-TTT-T-ATCTT
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* * * * * ** * * * *
13075 ATAATTGA-TTGAAGTTTAATTTTTTTATGTGTTTGGTTATTATAGATTGTAATTAAATGTTTGC
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* * * *
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* * * *
13200 ACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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* * * * * * ** * *
13227 AAATGGCTTTATAATTTCATAATAGATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTGCTAGTTAAAATAGA
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* * *
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* * * * *** *
13335 TATAGTCACTCAAGCTTTCGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAATTTTATAATCTAATAATTG
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* * * * * * * * * *
13400 ATTTCAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATCTTTACCT-TAG
196 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTAG
* * * * * ** *
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260 -AAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
13529 AGCCTTATTACTTGCTTT
324 A-CCTTATTACTT-CTTT
* * * *
13547 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATA
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* * ** * * * *
13612 TTGTAATTGAATCTTTGCCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
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* * * * *
13677 TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-TCAAT
130 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AAT
* * * * * **
13741 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTAATT-AAATAGATAATATTTGAATGTCTATCTTGG
194 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCT
** * * * * * * * *
13804 A-AAATGTGAAGAAAAATCTATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGA
258 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-
*
13868 AAACCTTATTA-TTCACCTT
322 AAACCTTATTACTT--CTTT
* * * * *
13887 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGCTT-GTGAAAATAG
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** * ** * * * *
13951 ATTATAATTGAATGTTTGCGTCAGGAAATGTGAGGCAAAAGA-AATCCATTGGAAAGAAAAGTCC
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* *** * *
14015 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAAATTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAA
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* *
14080 TTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATCGAACGTCT
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* * * * * * *
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* * * *
14208 TCTTCGAGAACCTTATTGCTCACTTC
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* * ********** ** * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * *********** * * * * *
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* *
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* * * *
14894 TGAAAGTCTTAGTGCTTGCTTT
320 CGAAA-CCTTATTACTT-CTTT
** * *
14916 AGTTGGTTTTATAAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
1 AAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
** * * * ** * * * * * * *****
14980 GGTAATATTTAAATGTCTTCC-CTGAAAAACATGAAG-AAAGCCATTCATTGGCAACAAANNNNN
64 TATTATAATTGAATGTCAGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGAAAGAAAAGTCC
***** * ** * * ** ** *
15043 NNNNNTAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCGTATTACAAGCTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAA
128 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
15108 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCTATGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATGTCCCT
193 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATAT-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
* * * * *
15173 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
256 CTAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
** ******
15237 TAAAAGCCTTATTACNNNNNNN
320 CGAAA-CCTTATTAC-TTCTTT
*** * ** *
15259 NNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTACCTA-TTAAAATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATT-TTTAGTTAAAACA
* * * * * * * * * *
15323 GAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA-TCCA
64 TATTATAATTGAATGTCAGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
15387 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACCTTATGACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
129 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
********** * * * * * * * *
15452 TGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATATCTACCT-T
194 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCT
* * *
15516 AGAAAACATGAAG-ATAAAGCCATAT-ATCGACAAGAAAAGT-TCATTTGTAGTCACCCAAGCCT
258 AG-AAACATGAAGCA-AAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCT
*
15578 TCGAAAGCCTTATAACTTGCTTT
319 TCGAAA-CCTTATTACTT-CTTT
** * * *
15601 AAATTATTTTATAGTCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
15647 CACTTTTGGT
Statistics
Matches: 3696, Mismatches: 880, Indels: 434
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
315 40 0.01
316 5 0.00
317 4 0.00
318 12 0.00
319 21 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATA
TTATAATTGAATGTCAGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTAGA
AACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAC
CTTATTACTTCTTT
Found at i:12786 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12743--12787 Score: 56
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
12733 CTTATAATTG
*
12743 ATTTTAAGTTAAATATTTTTAT
1 ATTTTAAGTTAAATATTATTAT
*
12765 ATTTTTAGTTAAA-ATATATTAT
1 ATTTTAAGTTAAATAT-TATTAT
12787 A
1 A
12788 ATTGAATGTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 2 0.10
22 18 0.90
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAGTTAAATATTATTAT
Found at i:13700 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13329--15646 Score: 1375
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 171
13319 TATGAAGCAA
* * * * *** *
13329 TCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAATTTTATAATCTAA
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
13394 TAATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATCTTTAC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * *
13459 CTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAAAAG
130 CTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
**
13501 TCCATTTATAGTCACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
13566 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAATTTTGGTTAAAATATATTGTAATTGAATCTTTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
**
13631 TGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
131 TGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * *
13672 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
13736 TCAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTAATT-AAATAGATAATATTTGAATGTCTAT
66 T-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-T-T
* * ** * * * * *
13799 -CTTG-GAAAATGTGAAGAAAAATCTATTCATTAACAACAAAAG
128 GCCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
13841 TCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAA-CCTTATTA-TTCACCTTAAATGGTTTTATAATCT
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
13904 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGCTT-GTGAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
64 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * ** * ** *
13968 GCGTCAGGAAATGTGAGGCAAAAGAAATCCATTGGA-AAGAAAAG
128 GCCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAG
* * ** * *
14012 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAA-ATTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
14076 ATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATCGAAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-----
* * * ** * *
14140 GTCTGCTTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCA-CCAATTGTCAAGAAAAG
124 GTTTGCCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAG
* * * * * * ** * * *
14188 TCAATATATTGTCACTCAAGTCTTCGAGAA-CCTTATTGCTCACTTCAAAAGGTTTTATAATATC
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
********** ** * *
14252 ATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTACCTTTCTA-TTAAAATATATTATAATTAGATTGAATG
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-T-T-A-TA-ATTGAATG
* * * *
14316 TTTGCTTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACATGAAAAG
125 TTTGCCT-GAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
14363 TCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTGAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTGA-AATCTC
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTC
* * * *********** * * * *
14427 ATAATTGATTTTAACTTGAATTTCTTTACANNNNNNNNNNCAAGAGATAATATTTGAATGTTTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
*
14492 CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
130 C-TGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
14534 GCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTA-TA-TATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
********** * *
14597 ATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
** * * *
14662 CTCTGGAAACTTGAAGCAAAAACCATTTATTGACAAGAAAAG
130 CTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * * *********
14704 TTCATTTATAGTCACTCATGCCATT-GAAAG-C-T-TTGC--ACTTTAAATGATTTNNNNNNNNN
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
******* * * * * *
14763 NNNNNNNATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
* ** * * * * *
14828 TTTG-GGAAATGTAAAGCAGAAGCC-GTCTATCGATAAGAAAAG
130 -CTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAG
* ** * * * **
14870 TCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTGAAAGTCTTAGTGCTTGCTTTAGTTGGTTTTATAAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTC
* * * * *
14935 ATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGGTAATATTTAAATGTCTT
65 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TT
* * * * **
14999 CCCTGA-AAAACATGAAG--AAAGCCATTCATTGGCAACAAANN
128 GCCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
******** * * ** ** *
15040 NNNNNNNNTAGTCACCCACA-CCTTCAAAAGCCGTATTACAAGCTTTAAACAGTTTTATAATCTT
1 TCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
15104 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCTATGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATGT
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATAT-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * *
15169 CCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAG
128 GCCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAG
* * **********
15213 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * *
15278 TAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTACCTA-TTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTG
66 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
* * * * *
15342 CCTCAAGAAATATGAAGC-AAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAA-
129 CCTGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAG
* * * *
15383 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACCTTATGACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
********** * * * * * * * *
15448 TAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATATCTAC
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* * *
15513 CTTAGAAAACATGAAG-ATAAAGCCATAT-ATCGACAAGAAAAG
130 CTGAGGAAACATGAAGCA-AAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAG
* * * * * ** *
15555 TTCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATTATTTTATAGTCTCA
1 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
15620 TAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTA
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
15647 CACTTTTGGT
Statistics
Matches: 1623, Mismatches: 451, Indels: 145
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 106 0.07
167 2 0.00
168 4 0.00
169 151 0.09
170 313 0.19
171 458 0.28
172 251 0.15
173 91 0.06
174 2 0.00
175 126 0.08
176 105 0.06
177 1 0.00
178 1 0.00
179 2 0.00
180 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
TGAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
Done.