Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397464.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3102.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15438
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.31
Warning! 2492 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:329 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 138--480 Score: 408
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
128 NNNNNNNNNN
* *
138 TATCTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTAT-AAACTC
1 TATCTATTTTAAGCAAAAATGCAAAAACAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-C
** *** *
201 ACTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-AAAGGTGTGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
65 ACTTAAAGCGAACAATAAGG-CTTTCAAAGCCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAAT
* * *
265 GAAAGGCTTTTTGTTTA-TATTTCTCGAGGCAGACATTCAATTAT
129 GAAAGGCTTTTTCTTCACTATTTC-CAAGGCAGACATTCAATTAT
* **
309 TATCTATTTTAA-CTAAAAATGCAAAAACAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACC
1 TATCTATTTTAAGC-AAAAATGCAAAAACAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACC
* * * ** *
373 ATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTCGAAGCCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCAAATG
65 ACTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAATG
* * *
438 AATGGCTTTTTCTTCACTTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTAT
130 AAAGGCTTTTTCTTCACTATTTCCAAGGCAGACATTCAATTAT
481 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 23, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 28 0.19
172 106 0.74
173 9 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TATCTATTTTAAGCAAAAATGCAAAAACAATTCAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCA
CTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACAAATGA
AAGGCTTTTTCTTCACTATTTCCAAGGCAGACATTCAATTAT
Found at i:1062 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 693--1084 Score: 464
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
683 NNNNNNNNNN
*
693 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACT
*** * * * *
758 ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTTAAT
66 ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTCCCTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAAT
823 TATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAA
131 TATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAA
**********
865 AATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACT
* * *
930 ATAAAT-AGGCTTTTTTTTGTCAATGAATGG-CCCTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGACATTCA
66 ATAAATGA-AC-TTTTCTTGTCAATGAATGGTCCCTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCA
* * * * * * *
993 ATTGTTATCTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAGAATTCAACTTCA
129 ATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAA
* * * *
1037 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGAGAGCAATAAAGCTTT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1085 CCAAGGCTTG
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 42, Indels: 4
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.01
172 157 0.89
173 18 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACT
ATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGTCCCTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACATTCAAT
TATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAA
Found at i:2373 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2170--2811 Score: 600
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
2160 NNNNNNNNNN
* * *
2170 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
2235 TCAATGTA-ACATTTAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTAAAATCA
66 TCAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCA
* **********
2299 ATTATGAGGTTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCT
131 ATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
2340 TTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTTCTAATGAGTGGCCTTCTCTTCAAGTTTC
1 TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * ** * **
2405 CCATTGCAGACATACAATTATTATCCGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGAATTTTACTTAAAATC
66 TCAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-CATTCAACTTAAAATC
* * * *** * *
2470 AATAATAAGACTATAAAAATGTTTAAAGTGAGTAATAAAGCT
130 AATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * *
2512 TTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGC-TCTTCTTCATGTC
1 TTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* *
2574 TCTCAA-GACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATGT-AAAACAATTC-ACTTAAA
64 TCTCAATG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAA
* *
2636 ATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTGAAAGTGAGTAATAAGACT
127 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *
2681 TTTTAAGGCGTCA-GTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCCTTCATGTT
1 TTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTT
* * * ** * *
2744 TCTCGAGGTAGATGTTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
64 TCTCAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAT
2809 CAA
129 CAA
2812 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 85, Indels: 27
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 83 0.22
170 118 0.32
171 97 0.26
172 75 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
TCAATGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCT
Found at i:2518 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2330--2811 Score: 427
Period size: 169 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
2320 NNNNNNNNNN
* * * * *
2330 TAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTTCTAATGAGTGGC-CTTCT
1 TAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTC-T-T
* * ** *
2394 CTTCAAGTTTCCCATTG-CAGACATACAATTATTATCCGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGAATT
64 CTTCAAGTCTCCCA-AGACAGACATACAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACAA-T
* ** *
2458 TTACTTAAAATCAATAATAAGACTATAAAAATGTTTAAAGTGAG
126 TCACTTAAAATCAATAATAAGACTATAAAAACATTGAAAGTGAG
*
2502 TAATAAAGCTTTTGAAGGCAT-GGATGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGCTCTT
1 TAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTCTT
* * * * *
2565 CTTCATGTCTCTCAAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAACAATTCA
64 CTTCAAGTCTCCCAAGACAGACATACAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCA
* * * **
2630 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTGAAAGTGAG
129 CTTAAAATCAATAATAAGACTATAAAAACATTGAAAGTGAG
* * * * * *
2671 TAAT-AAGACTTTTTAAGGCGTCA-GTGACTATAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTT
1 TAATAAAG-CTTTTGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTCTT
* * * * ** ** ** * * *
2734 CCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATGTTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
64 -CTTCAAGTCTCCCAAGACAGACATACAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC
2799 AACTTAAAATCAA
128 -ACTTAAAATCAA
2812 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 42, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 83 0.32
170 63 0.24
171 59 0.23
172 49 0.19
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTCTTCT
TCAAGTCTCCCAAGACAGACATACAATTATTATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCACT
TAAAATCAATAATAAGACTATAAAAACATTGAAAGTGAG
Found at i:2778 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2170--2811 Score: 724
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
2160 NNNNNNNNNN
* ** * *
2170 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTCTTCTTCATGTCTC
* * * *
2235 TCAATGTAACATTTAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAA
66 TCAATGCAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
* ********** *
2300 TTATGAGGTTATAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAAT
131 TTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAAT
* * * * *
2365 GAACTTTTCTTTCTAATGAGTGGCCTTCTCTTCAAGTTTCCCATTGCAGACATACAATTATTATC
196 GAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTCTCTTCAAGTTTCCCATGGCAGACATACAATTATAATC
** **
2430 CGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGAATTTTACTTAAAATCAATAATAAGACTATAAAAATGTTTA
261 CGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATAATAAGACTATAAAAATGTTTA
2495 AAGTGAGTAATAAAGCT
325 AAGTGAGTAATAAAGCT
2512 TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCAAATGAATGGC-TCTTCTTCATGTCT
1 TTTGAAGGCATGGATGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTCTTCTTCATGTCT
* * *
2575 CTCAA-GACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATGT-AAAACAATTC-ACTTAAAA
65 CTCAATG-CA-ACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAA
* * * *
2637 TCAATTATGAGATTATAAAGCCATTGAAAGTGAGTAATAAGACTTTTTAAGGCGTCA-GTGACTA
127 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCAT-AGGTAACTA
* * * * * * ** **
2701 TAAATGAAGTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGATGTTTAAT
191 TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTCT-CTTCAAGTTTC-CCATGGCAGACATACAAT
*
2764 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
254 TATAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
2812 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 48, Indels: 16
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 20 0.08
341 145 0.59
342 78 0.32
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
TTTGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTCTTCTTCATGTCTC
TCAATGCAACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAAT
GAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTCTCTTCAAGTTTCCCATGGCAGACATACAATTATAATC
CGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAAGACTATAAAAATGTTTAA
AGTGAGTAATAAAGCT
Found at i:3999 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3708--5912 Score: 1971
Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 171
3698 NNNNNNNNNN
* * *
3708 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCT-ATGAATGGCTTTTTGTTAATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTT-ACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
** * * * * * *
3772 CTTGAGGTAGACATTTAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTAAAAATT
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAATTCAACTTAAAATC
**********
3837 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCT
130 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * *
3879 TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTGCTAAT-AGATGGCTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGA-ATGGCTTTTTCTTAATGTTT
* * * * * * * * * *
3943 CTCGAGGTATATATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGAGAAAACATTTAACTTAAAGTC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** *
4008 AGTTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCT
130 AATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * *
4050 TTTGAAGGTATGGGTGACTATTAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTAATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGAATTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
* * * * *
4114 CCCAATGAAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
*
4178 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAACGCAAGTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * *
4221 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-AAACTTTGCCTACGAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
*
4285 CTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAACAATTCAACTTAAAAT
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAA-AATTCAACTTAAAAT
*
4349 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * *
4392 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTGCCTACGAATGAATGGCCTTTTCTTAATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTC
* * * * *
4457 TCAAGGCAAACATTCAATTATTATCCGTTTTACCCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATC
66 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
*
4521 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
130 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * ** * * *
4563 TTTGAAGGCATGGGTGACTATCAAT-GAACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTATTCATATTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
** * * ** * * *
4627 CTTGAGGTAGTCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTTAAAAAAATT-AAGTGAAAAT
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
4691 CAATTATAAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGACT
129 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
4734 TTTGAAGGCATGCGTAAGTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAAT-GCTTGTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTC
* * *
4798 TTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGAAAAAAAATTCAA-TTGAAAGT
66 -TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAATTCAACTT-AAAAT
* * *** *
4861 CAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGTC-
129 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * * * ** *
4903 TTTCAAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
* * * * ** *
4968 CCCAAGGTAGACAATCAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTCAAAT
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
* **
5032 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
129 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
** ** * * * * *
5075 TTCAAAGGTTTGGGTGACTGTAAATAGG-CTTTTTTTGCTAATGAATGAG-TTTTTTTTCACAT-
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGAATTTTCTTACTAATGAATG-GCTTTTTCTT-A-ATG
* * * * ** * *
5137 TTCCT-TAGGCAGACATTCAACTGCAATTTGTTTTAA-CTAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAA
62 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAT-AAAAAATTCAACTTAA
* * * *
5199 AATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCT
126 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * *
5245 TCTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
* * * * *
5309 CTCGAGGTA-ACATTTAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAGTTCAACTTAAAATC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
5372 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
130 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * *
5414 TTTGAA-GCATAGGTGACTATAAA-CGAACTTTTC-TAGCTAATGAGTGGCTTTCTCTTCATGTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTTA-CTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTT
* * ** * *
5476 TC-CTATGGCAGATGTAT-AATTATTATCTGTTTTAA-CAAACAATG-TAAAAAAATTTC-TCTT
64 TCTC-AAGGTAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATGAT-AAAAAA-TTCAACTT
5536 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
124 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* ** * * *
5584 TTTGAAAGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTC
* * * *
5649 -CTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTT-ACCTAAAAATGTAAAAACAAAATCATCTTAAA
66 TC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATG-ATAAA-AAATTCAACTTAAA
********** *
5712 ATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
127 ATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * * * **
5757 TTTGACGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTGAATGAATGG-TTTTTGTTCATAATT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTT
** * * * * * * *
5820 CTGGAGGCAGACATTCAAGTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAACTTGAACTTAAAATC
65 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
5885 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
130 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG
5913 TGAGTANNNN
Statistics
Matches: 1673, Mismatches: 303, Indels: 117
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 51 0.03
169 125 0.07
170 343 0.21
171 968 0.58
172 94 0.06
173 88 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTC
TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
Found at i:4345 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3708--5912 Score: 2273
Period size: 342 Copynumber: 6.5 Consensus size: 342
3698 NNNNNNNNNN
* * *
3708 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTGTTAATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
** * * * * *
3772 CTTGAGGTAGACATTTAATTA-TACTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTAAAAAT
65 CTCAAGGCAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * ********** *
3836 TAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATA
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * *
3901 AATGGAA-TTTTTTTGCTAAT-AGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATATATTTAATTA
194 AAT-GAACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
3964 TAATCTATTTTAACTAAAAATGAGAAAAC-ATTTAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACT
257 TAATCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
4028 ATTTAAAGTGAGTAATATGGCT
321 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
4050 TTTGAAGGTATGGGTGACTATTAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTAATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
4115 CCAATGAAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
66 TCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
4180 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAACGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
131 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
4245 TAAACTTTGCCTACGAATGAATGGCATTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTAT
196 TGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
*
4310 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
261 CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
4375 AAGCAAGTAATAAGGCT
326 AAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
4392 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTGCCTACGAATGAATGGCCTTTTCTTAATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * *
4457 TCAAGGCAAACATTCAATTATTATCCGTTTTACCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
66 TCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
4522 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATCAA
131 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * ** * * ** *
4587 TGAACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTATTCATATTTCTTGAGGTAGTCATTCAATTATAAT
196 TGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * * *
4652 CTATTTTAATAAAAAATGTTAAAAAAATT-AAGTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACAATT
261 CTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
4716 AAAGCAAGTAATAAGACT
325 AAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** *
4734 TTTGAAGGCATGCGTAAGTATAAAT-GGACTTTTCTCACCAATGAAT-GCTTGTTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
4797 CTTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGAAAAAAAATTCAA-TTGAAAG
65 C-TCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAA
* *** * * * *
4860 TCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGTC-TTTCAAAGCAATAGGTGACTA
128 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATGGGTGACTA
* ** * *
4924 TAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATT
192 TAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
4988 ATAGTCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
256 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
5053 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
321 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** ** * * * * **
5075 TTCAAAGGTTTGGGTGACTGTAAATAGGCTTTTTTTGCTAATGAATGAG-TTTTTTTTCACATTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTT
* * *** * *
5139 C-CTTAGGCAGACATTCAACTGCAATTTGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
65 CTC-AAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * *
5202 TAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGACTATA
129 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
* ** * * * *
5267 AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTA-ACATTTAATTATA
194 AATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
5331 AGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
259 ATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*
5395 TAAAGCGAGTAATAAGCCT
324 TAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
5414 TTTGAA-GCATAGGTGACTATAAA-CGAACTTTTCTAGCTAATGAGTGGCTTTCTCTTCATGTTT
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* ** *
5477 C-CTATGGCAGATGTAT-AATTATTATCTGTTTTAA-CAAACAATGTAAAAAAATTTC-TCTTAA
65 CTC-AAGGCAGACAT-TCAATTATTATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAA-TTCAACTTAA
* * **
5538 AATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTGTGGGTGACT
126 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
*
5603 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAAT
191 ATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAT
* * * * * *****
5667 TATTATCTGTTTTACCTAAAAATGTAAAAACAAAATCATCTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNN
255 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*****
5732 NNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
318 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** * **
5757 TTTGACGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGAATGAATGG-TTTTTGTTCATAATTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
** * * * * *
5821 TGGAGGCAGACATTCAAGTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAACTTGAACTTAAAATCA
66 TCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
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131 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
5913 TGAGTANNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (342 bp):
TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
TCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
TGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
CTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCT
Found at i:4692 original size:513 final size:512
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 4.3 Consensus size: 512
3698 NNNNNNNNNN
* * * *
3708 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGGCTTTTTGTTAATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
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66 TCGAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ********** * *
3837 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
129 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAA
* * ** * * * * * * * *
3902 ATGGAATTTTTTTGCTAAT-AGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATATATTTAATTATA
194 ATAGACTTTTCCTACTAATGA-ATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATT
* * * * * * *
3966 ATCTATTTTAACTAAAAATG-AGAAAACATTTAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACTAT
258 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * *
4030 TTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATTAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAA
322 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA
* * * * * * * * * *
4095 TGGCTCTTTCTTAATGTTTCCCAATGAAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATA
387 TAGCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTTA
*
4159 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAACGCAAGTAATAAGGCT
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** * * * *
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1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
*
4286 TCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
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* *
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* * * *
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* *
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* * * *
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325 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATA
* * * * * *
4610 TCTTTTTATTCATATTTCTTGAGGTAGTCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTTAAA
389 GCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTTAAA
* * * * *
4675 AAAATT-AAGTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAGACT
453 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * *
4734 TTTGAAGGCATGCGTAAGTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAAT-GCTTGTTCTTCATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
4798 TTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATGAAAAAAAATTCAA-TTGAAAGT
66 -TCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTT-AAAAT
* ** * * *
4861 CAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGTC-TTTCAAAGCAATAGGTGACTAT
128 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-ATAGGTGACTAT
* * * ** * * * *
4925 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAATCAATTA-
192 AAATAGACTTTTCCTACTAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTAT
* ** * *
4989 TAGTCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
257 TA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** ** * * * * * *
5054 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTGTAAATAGGCTTTTTTTGCTAATGA
321 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * ** *
5119 ATGAG-TTTTTTTTCACATTTCCTTAGGCAGACATTCAACTGCAATTTGTTTTAACT-AAAATG-
386 AT-AGCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
* * * *
5181 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCT
449 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* ** * *
5245 TCTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
5310 TCGAGGTA-ACATTTAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGTTCAACTTAAAATCAA
66 TCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
5374 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA-GCATAGGTGACTATAAA-
131 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * **
5437 CGAACTTTT-CTAGCTAATGAGTGG-CTTTCTCTTCATGTTTC-CTATGGCAGATGTAT-AATTA
196 AG-ACTTTTCCTA-CTAATGAATGGCCTTT-TCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACAT-TCAATTA
* *
5498 TTATCTGTTTTAA-CAAACAATGTAAAAAAATTTC-TCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
256 TTATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
5561 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
319 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
* * * *
5626 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAATG
384 GAATAGCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATG
* * * ********** *
5691 TAAAAACAAAATCATCTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGC
448 TTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
5756 T
512 T
* * *** * **
5757 TTTGACGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGAATGAATGG-TTTTTGTTCATAATTC
1 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * *
5821 TGGAGGCAGACATTCAAGTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAAACTTGAACTTAAAATCA
66 TCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
5886 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
130 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
5919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 260, Indels: 70
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
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511 160 0.11
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514 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
TCGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
AGACTTTTCCTACTAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTATC
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGC
TTTTTCTTCATATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
Found at i:6379 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6023--6387 Score: 389
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
6013 NNNNNNAGAG
* * * *
6023 AAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGCTTTATAAAC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAAAC
* * *
6088 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTCAGTGTCT
66 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGAGTAAAACAGATAATAATTCAATGTC-
* * *
6153 AAGTCAAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGATAGAAAA
130 AAGTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAGAAAA
** * * * *
6195 AAGTCCATTTATAGTCATTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAAAC
* * ** * * *
6260 TCATAATTAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGATTAAATTAGAT-TTCAGTTGAATG
66 TCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTGAGTAAAACAGATAAT-AATTCAATG
* * **
6324 TC-CGTCCAAGGAAACATGAAGAAAAACCCA-TCATTGGCA-AGGA
128 TCAAGT-CAA-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAGAAAA
6367 AAG-CCTATTTATAGTCACCCA
1 AAGTCC-ATTTATAGTCACCCA
6388 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 29, Indels: 12
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAAAC
TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGAGTAAAACAGATAATAATTCAATGTCA
AGTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAGAAAA
Found at i:7555 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6918--8774 Score: 1035
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 171
6908 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6918 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACATATAACAGTTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
6983 TCTCTGCCTA-AGGAAACATGAAGAAAAACATATTCATTGACAAGAAAA-TCCTATTCATAGTCA
66 TGTCTACCTAGA-GAAACATGAACAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCA
* ** *****
7046 CCCAAGCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGNNNNN
129 CCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
***** * * * *
7090 NNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTGGGA-TAAATA-AGATAATAATT
1 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTT-AAATTTT-TGATTAAA-ACAGATTATAA-T
* *
7153 TG-ATGTCTACATCA-AGAAACGTGAACAAAAAG-TCATTCATTGACAAGAAAA-TCTCATTTAT
62 TGAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAACAAAAAGAT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * * **********
7214 AATCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTA
124 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
7262 TAATCTCATAATTGATTTTC-AGCTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAGTTGA
1 TAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* *** ********** *
7326 ATGTCTACCTA-AGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATNNNNNNNNNNAGCCTATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTAGAG-AAACATGAACAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * * * *
7390 CCCAAGCTTTTC-AAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAAGGCTTTA
129 CCCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
7433 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAATAGATTATAATT-AA
1 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
** * *
7497 TTGTCTACCTTAGA-AAACATGATGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCA
66 -TGTCTACC-TAGAGAAACATGAACAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * *
7561 CCTATGCCTTCAAAAGACTTATTACTTA-TTGTAAATGGTTTTA
129 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTA
* * ** * * *
7604 TAATCTCGTAATTGACTTCAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAA
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* * ** * *
7669 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCCT-TTTATACTCAC
66 TGTCTACCTAGAGAAACATGAACAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCAC
* * * **
7733 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACGTTAATTATTTTTA
130 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
7775 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAACATTCTTT-ATTAAAATATATTGTAATTG
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* * ** **********
7837 AATGTTTACCTCA-AGAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAANNNNNNNNNNATAGTC
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* *
7901 ACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTA
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* * * * * * *
7945 TAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA-GTTTTT---TTTTTGGTTAAAACAGATAATACTTGAA
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* * * *
8006 TGTCTACCTCGAGAAACATGACCAAAAA-ATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
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* ** * *
8070 CTATGCCTTCAAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTA
130 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * ** *
8112 TAATCTCATAATTGATTAT-AAGATGAATTTTTTTACA-TTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATT-TCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * ** * *
8175 ATGTGT--CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAACAAAAAGATATTCA--TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*********** * *
8237 ACCCATANNNNNNNNNNCCTCATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
128 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * * * *
8281 TAAAATCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAATTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * *
8346 TGTCTACCTTAG-GACACATGAAGC-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 TGTCTACC-TAGAGAAACATGAA-CAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
** * ********** * *
8409 CCCACACTTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGTTTTTA
129 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
8452 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-AGAAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATT-
1 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTG-AATT-TTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
** * * * * * ** * *
8515 ATACATATGCCATAG-GAAATATGAAGAGAAAGCCACTCATT-AGCAAGATAAGTCTATTTATAG
64 A-ATGTCTACC-TAGAGAAACATGAACAAAAAGATATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAG
** * * **********
8578 TCACTAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTA
126 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
8624 AAATCTCATAATTAATTTTGAA-TTGAACTTTTTTACATTTTT--TTTAAACAGATTATAATTG-
1 TAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * ** * *
8685 ATGT-TAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACATGAAAAGT-TCATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAACAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
*
8748 CCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTC
129 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
8775 GNNNNNNNNN
Statistics
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0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
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174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTAGAGAAACATGAACAAAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:8125 original size:337 final size:338
Alignment explanation
Indices: 7379--8775 Score: 861
Period size: 337 Copynumber: 4.1 Consensus size: 338
7369 NNNNNAGCCT
* * *
7379 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTTC-AAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAAGGCTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATA
* *
7443 ATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAAATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTACCTA
** **
7508 AGAAAACATGATGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCA
128 AGAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCA
* * * * * *
7573 AAAGACTTATTACTTATTGTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGACTTCAAGTTGAATTTTTTT
193 AAAGACTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTCAAGTTGAA-TGTTTT
* * * *
7638 TCATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
257 T-ATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAACAAAAAACCATT
*
7703 CATTGACGAGAAAAGTCC
321 CATTGACAAGAAAAGTCC
* * * ** * * *** *
7721 TTTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACGTTAATTATTTTTATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
* * *
7786 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTAACATTCTTT-ATTAAAATATATTGTAATTGAA-TGTTTACCTC
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTAA-ATT-TTTAATTAAAATAGATTATAATT-AATTGTCTACCT-
** **********
7849 AAG-AAACATGAACAAAAAGATATCCATTGGTAAGAANNNNNNNNNNATAGTCA-CTCATGCCTT
127 AAGAAAACATGAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCT-ATGCCTT
* * * *
7912 CGAAAA-CCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA-GTT
191 C-AAAAGACTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTCAAGTTGAATGTT
* * * *
7975 TTT-TTTTTGGTTAAAACAGATAATACTTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGACCAAAAAATCAT
255 TTTATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAACAAAAAACCAT
*
8039 TCATTGGCAAGAAAAGTCC
320 TCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
8058 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
* * * *** * *
8123 TTGATTATAAGATGAATTTTTTTACA-TTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTCT---T
66 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAAATTTTTAATTAAAATAGATTATAATT-AAT-TGTCTACCT
* * ** * * ** * ****
8184 GAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATANNN
127 AAGAAAACATGAACAAAAAGATATCCA--TTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCT
******** * * * ** * * * * *
8247 NNNNNNNCCTCATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAAATCATAATTGATTTTAACTTGAATTTT
190 TCAAAAGACTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTCAAGTTGAATGTT
* * * *
8312 TTTAATTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TAGGACACATGAAGC-AAAAG
255 TTT-A-TTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAA-CAAAAAA
*
8375 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
316 CCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
** * ********** **
8398 ATTTATAGTCACCCACACTTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
* * * * * ** * *
8463 TTGATTTTAAG-AGAAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATT-ATACATATGCC
66 TTGATTTTAAGTTG-AA---TTTTTAAATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAAT-TGTCTACC
* * * * ** * * *
8526 -ATAGGAAATATGAAGAGAAAGCCA-CTCATT-AGCAAGATAAGTCTATTTATAGTCA-CTAATA
126 TA-AGAAAACATGAACAAAAAGATATC-CATTGA-CAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCT-ATG
* * ********** * * *
8587 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTAAAATCTCATAATTAATTTTGAA-TTGAA
187 CCTTCAAAAGACTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA-CTTCAAGTTGAA
** * * *
8651 CT-TTTTTACATTTTT--TTTAAACAGATTATAATTG-ATGT-TAGCTCGAGAAACATGAAGAAA
251 -TGTTTTT--ATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAACAAA
* * * *
8711 AAGCCATTCATCGACATGAAAAGTTC
313 AAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
*
8737 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCG
8776 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 204, Indels: 81
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
335 21 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTAAATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTACCTAAGA
AAACATGAACAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAA
GACTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTCAAGTTGAATGTTTTTATT
TTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAACAAAAAACCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCC
Found at i:8264 original size:169 final size:159
Alignment explanation
Indices: 8089--8412 Score: 366
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
8079 CAAAAGAGTT
* ** *
8089 ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGATGAATTTTTTTACA-TTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAAATCATAATTGATTATAACATGAATTTTTTTA-ATTTTT
* * *
8153 GGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTGT-CTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTTGT
65 GGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGC
8216 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATANNNNNNNNNNCCTC
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA----------CCTC
** * *
8258 ATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAAAATCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAATTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAAATCATAATTGATTATAACATGAATTTTTTTAA-TTTTT
* * *
8323 GGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGACACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCA
65 GGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
8388 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
8413 CACTTTCAAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 14, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
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173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
ATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAAAATCATAATTGATTATAACATGAATTTTTTTAATTTTTG
GGTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTC
Found at i:9263 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 8940--9926 Score: 760
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 168
8930 NNNNNNNTTG
** * * * * *
8940 AAGTTGAGATTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGATTATCTACCTCAGGAAACG
1 AAGTTGA-ATTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACA
** * ** * ** **
9004 TGAAGAAAAATATATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGATTT
64 TGAAGAAAAA-GCATTCATAG-GTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
9069 ATCACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTT
127 ATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* **** *
9111 CAGTTGAAGTTTTTTTCATTTTTAAAGAAAACAGATTATAATTGAATATCTATCTTAAGAAACAT
1 AAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACAT
* * * ** * *
9176 GAAGAACAAGCATTCATAGGTGAGAAAAGTACATTTATACTTGCCCATGCATTCAAAAGTCTTAT
65 GAAGAAAAAGCATTCATAGGT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * *
9241 TACTTACTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 TACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * ** * * ** * *
9281 AGGTTAAATTTTTTAGT-ATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACG
1 AAGTTGAATTTTTT--TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACA
* * *
9345 TGAA-CAAAA--A---A-A--T-----A-TCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTAT
64 TGAAGAAAAAGCATTCATAGGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
9395 TACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
129 TACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * ** * *
9435 AAGTTGAATTATTTACATTTTCT-GACAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTCATTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACAT
* * *** * *
9499 GTAGAAAAAGCCAATCATTCATAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAG-CATTCATAGGTA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
9564 TTACTTACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAATGATTTT
128 TTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * * * * *
9605 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAAAAATTAAATGTCTTCCTTGAA-AAATA
1 AAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTT-AAGAAACA
* * ** *
9669 TGAAGAAAAAACCATTCAT-TGTCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCATTCATGCCTTCTAAAGCC
64 TGAAG-AAAAAGCATTCATAGGT--AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
9732 ATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGACCTT
125 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
* * * * **
9776 AAGTTAAATTTTTTCTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATATATACCTTGCGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACAT
* * * * *
9841 GAAGAAAAGGCCATTCATTA-GCAGGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTT
65 GAAGAAAAAG-CATTCA-TAGGTA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
*
9905 ATTACTCGCTTTAAATATTTTT
127 ATTACTCACTTTAAATATTTTT
9927 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 133, Indels: 80
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
153 37 0.06
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157 1 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
167 1 0.00
169 11 0.02
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172 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGTTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACATG
AAGAAAAAGCATTCATAGGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTT
Found at i:10494 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10065--10785 Score: 462
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
10055 NNNNNNAAAG
* * * * *
10065 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA-GTTATTACTC-A
1 CCATTCATTAGCAAG-AAAG-CCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAA-ACCTTATTACTCGA
* * * * * *
10127 CTTAAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TCT-ATCATTTTTGGTTA
63 -TTTAAATAATTTTATAATCC-CATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGT-TGAT-ATTTTTAGCTA
* * * * * * * * *
10189 AAACAAATAATTATTAAGTGTCTACCTCGAGAAAAATAAAGAAAGAA
124 AAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
* * * *
10236 CCATTCATTCA-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATATTTTCAAAAACGTTATTACTCGCT
1 CCATTCATT-AGCAAG-AAAGCCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGAT
** * * *
10300 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-ATATTTTTTTA-ATTTTTAGCTAAAAT
64 TTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGA-ATTTGTTGATATTTTTAGCTAAAAT
* * * * *
10363 AGATTATAGTTAATTATCTACCTCAAGAGAGGTTAAGAAA-AA
128 AGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
* * *
10405 GTCATTCATTAGCAAGAAAGTCCT-TTTATACTCACCTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGAT
1 -CCATTCATTAGCAAGAAAG-CCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGAT
* * * * * * *
10469 TTTAATAATTTTGTGATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTGATATTTTTAGTTGAAATA
64 TTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTGATATTTTTAGCTAAAATA
* *
10534 GATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAGAA
129 GATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
* ********** * * * *
10576 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTANNNNNNNNNNTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 CCATTCATTAGCAAG-AAAGCCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGATT
* *** * * * * *
10641 TCAATTGCTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTT-AACTTTTTTCACT-TTTTTGGGTAAAA
65 TAAATAATTTTATAATCCCATAATTGA-TTTGAAGTTGAA-TTTGTTGA-TATTTTTAGCTAAAA
* * * ** ** * *
10703 TAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAGAG
127 TAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
* *
10747 CCATTCATTAGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAT
1 CCATTCATTAGCAAG-AAAGCCTATTTATACTCACCCAT
10786 GCCTNNNNNN
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 97, Indels: 38
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 77 0.18
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172 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CCATTCATTAGCAAGAAAGCCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGATTT
AAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTGATATTTTTAGCTAAAATAGA
TTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
Found at i:10524 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10065--10603 Score: 450
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
10055 NNNNNNAAAG
* * * * *
10065 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA-GTTATTACTC-A
1 CCATTCATTAGCAAG-AAAG-CCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAA-ACCTTATTACTCGA
* * * * * *
10127 CTTAAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TCT-ATCATTTTTGGTTA
63 -TTTAAATAATTTTATAATCC-CATAATTGATTTGAAGTTATATTTGT-TGA--ATTTTTAGCTA
* * * * * * * * *
10189 AAACAAATAATTATTAAGTGTCTACCTCGAGAAAAATAAAGAAAGAA
123 AAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
* * * *
10236 CCATTCATTCA-CAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATATTTTCAAAAACGTTATTACTCGCT
1 CCATTCATT-AGCAAG-AAAGCCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGAT
** * * *
10300 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTATATTTTTTTAATTTTTAGCTAAAATAG
64 TTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTATATTTGTTGAATTTTTAGCTAAAATAG
* * * * *
10365 ATTATAGTTAATTATCTACCTCAAGAGAGGTTAAGAAA-AA
129 ATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
* * *
10405 GTCATTCATTAGCAAGAAAGTCCT-TTTATACTCACCTATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGAT
1 -CCATTCATTAGCAAGAAAG-CCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGAT
* * * * * * *
10469 TTTAATAATTTTGTGATCCCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTGTTGATATTTTTAGTTGAAAT
64 TTAAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTT-ATATTTGTTGA-ATTTTTAGCTAAAAT
* *
10533 AGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAGAA
127 AGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
*
10576 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTA
1 CCATTCATTAGCAAG-AAAGCCTATTTA
10604 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 52, Indels: 30
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 77 0.26
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172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CCATTCATTAGCAAGAAAGCCTATTTATACTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTCGATTT
AAATAATTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTATATTTGTTGAATTTTTAGCTAAAATAGAT
TATAATTAAATATCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAGAA
Found at i:12135 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11482--12138 Score: 531
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
11472 CCTTATTACT
* * *
11482 TTTTATAATGTCATAATTCATTTTAAGTAGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTA-ATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATA
** ** * * * *
11546 ATTAAATCTCTACCTCAAGAAGCGTGAAG-AAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATA
64 ATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
**********
11610 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGG
129 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * *
11652 TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACATATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG-T-AATTTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATAA
* *
11715 TAATTAAAAGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCA-TAGGCAAGAAAAGTCCATTT
62 TAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA-GCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * ** *
11779 GTACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTCAATGG
126 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * ** *
11824 CTTTGTAATCTCATAATTTATTTTAG-AATAAATTTTTAAACATTTTTAGGTAAAATAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTAAT--TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATA
* * * ****
11888 ATTAAAAGTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAG-CCTATNNNN
64 ATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTAT
****** **
11952 NNNNNNCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAT
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*
11995 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTAAGTAATTTTTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTAA--TTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATAAT
** * * * * *
12059 AATTGTATGTCTGCCATGAG-AACATGAAGAAAAAGCCATTCCTCAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
63 AATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
12123 AGTCACCCATGCCTTC
128 AGTCACCCATGCCTTC
12139 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 96, Indels: 31
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
170 32 0.09
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAAT
TAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
Found at i:13879 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13388--14093 Score: 560
Period size: 169 Copynumber: 4.2 Consensus size: 168
13378 NNNNNNNNTA
* *
13388 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTG-ATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAG-TTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTT-CTTT-CATTTTTAGTTAAAA-TAGATTA
* *
13451 TAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAACAAGAAAGTCCATTTAT
63 TAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTAT
* * * * *******
13516 AGTCACCCATGACTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTNNNNNNN
127 AGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
*** ** * * *
13558 NNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGGTTATC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT-TCTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
* * * *
13623 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATTCAATAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
65 ATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATA
*********** *
13688 GTCATNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTG
128 GTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * *
13729 GTTTTATAATTTCACAACTGACTTTAAATTGAATTT-TTTTATTTTTATTTAAAATAGATTATAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * * *
13793 TTAAATATCAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTATAC
66 TTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAA-GTCCATTTATAG
*
13858 TCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
129 TCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * *
13898 GTTGTTATGAATATCATAA-TGA-TTGAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTTA-TT-AAACAGATT
1 GTT-TTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAGATT
* * * ** * * *
13958 ATAATTCAATGTCT-CGTTGAGAAATGTGAA-AGAAAACTATACATGTG-CAAGAAAGTCCATCT
62 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAACCATTCAT-TGACAAGAAAGTCCATTT
* *
14020 ATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCCTATTACTAGCTTTAAATG
125 ATAGTCACCCATGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
*
14064 GTTTTATAA-CTC--AATATGATTTTAAGTTGA
1 GTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAATTGA
14094 TTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 92, Indels: 38
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
163 5 0.01
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTCTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA
TTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
Found at i:14681 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14205--15351 Score: 635
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
14195 ATCAATCGGC
* * *
14205 AAGAAACAGT-CTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGT
1 AAGAAA-AGTCCTATTTATACTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GT
** ** * * * *
14267 TTTACCATC-TCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTCTTATC-TTTTTAG-TCTAAACAGATGAT
63 TTTATAATCGTCATAATAAATTT-AAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGAT-AAAACAGATAAT
*** ** * ** * *
14329 AATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAGGAGCCATTCATTGGC
125 AATAAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGA
* * *
14377 AAGAAAAG-CCTATTTATAGC-CACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTGCTCACTTTAAA-AGATT
1 AAGAAAAGTCCTATTTATA-CTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TT
* * *********** * * *
14439 TTATAATC-TCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNATTTTATATTTTT-GATTAAAAAAAATTAA-A
64 TTATAATCGTCATAA-TAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGA-TAAAACAGA-TAATA
* *
14501 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAGAGA
126 ATAAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGA
* * * *
14547 TAGGAAAAGTCC-ATTTGTACTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTT
1 -AAGAAAAGTCCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
********* *
14611 TATAA-CGTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATA
65 TATAATCGTCATAA-TAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATAATAATA
* ** ** * * *
14675 AAATGTCTATCTCAAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGC
129 AAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGA
* * * * *
14719 AAGAAAAG-CCTATTTAT-CGTTATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCTATTTATAC-TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* ** * * *
14782 TATAATCG-CATATTTAGTTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTCTT-GAAAAAACAGATTATAA-
65 TATAATCGTCATA-ATAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGATAAAACAGATAATAAT
* * * *
14844 ATAAATGTTTACCTCT-AAAAATATGAAGAGAAAGCCATTCATAGAA
128 A-AAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAG-A
* * * * * * * *
14890 AAGAAAAGTCC-AGTTGTACTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTAGTCGCTTTCAATAGCTTT
1 AAGAAAAGTCCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * **
14954 ATAATC-TCATAATCAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGATAAAACAGATAATAATTGA
66 ATAATCGTCATAATAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATAATAATAAA
* ** * *
15018 ACGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTTATTAGCA
131 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TAG-A
* **********
15061 AA-AAAA-TCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTT
1 AAGAAAAGTCCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * *
15124 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTACTTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
66 ATAATCGTCATAA-TAAATTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGATAAAACAGATAATAATA
* * ** * *
15187 AAATGTTTACCACT-AGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGGT
129 AAATGTCTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATA-GA
* * * * *
15231 AAGAAAAGTCC-ACTTCTACTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTT
* * * * * *
15294 TATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGATGAATCTTTTTACATTTTTTAGTTCAAACAGAT
65 TATAATCGTCATAA-TAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGATAAAACAGAT
15352 CTACCTCAAG
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 192, Indels: 86
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 144 0.19
171 537 0.73
172 53 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGTCCTATTTATACTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCGTCATAATAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATAATAATAAA
ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGA
Found at i:14872 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14225--15438 Score: 1045
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 338
14215 CTATTTATAG
* * * * **
14225 TCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTACCATC-TCATAATTGAT
1 TCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTA-TAACGTCATAATCAAT
* * * * *
14287 TTGAAGTTAAATTTTCTTATC-TTTTTAGTCT-AAACAGATGATAATTGGATGTCTACCTCAAGA
63 TT-AAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGT-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCAAGA
* * *
14350 AACATAAAGAAGGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAG
125 AACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
* * * ********** *
14415 CCTAATTGCTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNATTTTATAT
190 CCTTATTACTCAC-TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAAGTTTTTACAT
* * *
14480 TTTTGATTAAAAA-AAATTA-AAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
253 TTTTGA--AAAAACAGATTATAAA-TAAATGTTTACCTCT-AGAAATATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
14542 AGAGATAGGAAAAGTCCATTTGTAC
314 ATAGATAAGAAAAGTCCACTTGTAC
* * * *******
14567 TCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAACGTCATAANNNNNNNN
1 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACGTCATAA-TCAATTT
** ** **
14632 NNGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATAAAATGTCTATCTCAAGAAATGT
65 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACAT
* * *
14697 GAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATCGTTATCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
130 GAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
14762 TTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATCGCAT-ATTTAGTTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTCT
195 TTACTCACTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-GTTTTTACATTT-T
* * *
14826 TGAAAAAACAGATTATAAATAAATGTTTACCTCTAAAAATATGAAGAGAAAGCCATTCATAGAAA
256 TGAAAAAACAGATTATAAATAAATGTTTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATA
*
14891 AGAAAAGTCCAGTTGTAC
321 AGAAAAGTCCACTTGTAC
* * * * *
14909 TCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTAGTCGCTTTCAATAGCTTTATAATC-TCATAATCAATTT
1 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CGTCATAATCAATTT
* * * * **
14973 AAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGATAAAACAGATAATAATTGAACGTCTGTCTTGAGAAACAT
65 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACAT
* * * * *
15038 GAAGAAAGAGCCATTTATTAGCAAAAAAATCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
130 GAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
********* *
15103 TTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTACTTTTTTTA
195 TTACTC-ACTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTAC-ATTTTT-
** * * * * *
15168 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCACTAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGGTAA
257 GAAAAAACAGATTATAAATAAATGTTTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATAA
*
15233 GAAAAGTCCACTTCTAC
322 GAAAAGTCCACTTGTAC
* * * *
15250 TCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGTTTTATAACGTCATAATTGATTT
1 TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAACGTCATAA-TCAATT
* * * * * *
15314 TAAGATGAATCTTTTTACATTTTTTAGTT----C--A-AA-CA--G-A--TCTACCTCAAGCAAT
64 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAAC
* * * * **
15366 AAGAAGAAAGAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
128 ATGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
15431 TATTACTC
193 TATTACTC
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 145, Indels: 56
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 73 0.10
332 1 0.00
333 1 0.00
335 1 0.00
336 2 0.00
337 1 0.00
339 1 0.00
340 11 0.02
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342 317 0.45
343 18 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
TCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACGTCATAATCAATTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATG
AAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTACATTTTTGAAA
AAACAGATTATAAATAAATGTTTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATAAGAAA
AGTCCACTTGTAC
Done.