Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399363.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_263.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12047
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.08, T:0.20
Warning! 5284 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4616 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4229--4624 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
4219 NNNNNNNNNN
* *
4229 AAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTG
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* **
4294 CCAACGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTAACTAAA
66 CCAACGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTAAAAAAA
4359 AATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAATTATGAAATTAC
131 AATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAATTATGAAATTAC
* * * *
4400 AAAACTATTTAAAGCGGGTATTAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTT
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TT
* * * * *
4465 G-CAATGAATG-CTTTTCTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTCTAGTCTGTTTTAAAA
65 GCCAACGAATGTCTTTT-TCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATG-TTTAAAA
** * * * * * * *
4528 AAAAATGTGCAAAGATTTCACATT-TAAATCAATTTTTAGATTAG
128 AAAAATGTAAAAAAAATTCA-ATTCAAAATCAATTATGAAATTAC
* *
4572 AAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
1 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
4625 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 29, Indels: 7
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 98 0.51
172 86 0.45
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
CCAACGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTAAAAAAA
AATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAATTATGAAATTAC
Found at i:8768 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8279--10237 Score: 1620
Period size: 172 Copynumber: 11.5 Consensus size: 171
8269 NNNNNNNNNN
* *
8279 TAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGCCATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTAGC-AATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
8343 CTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAAC
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * *
8408 TATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
129 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
*
8451 TAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATG-TCTTT-TTC-----TCTCAAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
8508 TAGTCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTC-AATTCAAAATCAATTATG-GAATTACAAAA
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATT-AAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAA
* * * * *
8570 CAATTAAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAATGTATGGGTGACTA
128 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* *
8614 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTC
1 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * **
8679 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATT
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* *
8744 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTA
130 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * * * * ** * * *
8786 TAAATCGACTTCTCTTACCTATGAATGCTTACTTCTTTATGTTTCTTGAGTTAGAAATTTAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
8851 TAATAC-GTTTTAACTAGAAAA-GTA-AAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAAATATAAT
65 TAGT-CTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * *
8913 ACCATTTAAAGTGATTAATTAGGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTA
127 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * * * *
8958 TAAATCGACTTTTCTTATCTATGAATACGTTTTCGTTCATG-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
1 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * *
9022 TACTCCGTTTTAACCATAAATGCACAAATATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* ** * ** *
9087 ATGTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGACTTACTA
130 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * * * * * *
9129 TAAATGGACTTCTCTTACCCATGACTACTCTCTTT-TTTATGTTTCTCGAGGTAGACGTTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCT-T-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * *
9193 GTAATATGTTTTAACCAGAAAA-GCACAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
64 ATAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * * * **
9257 CCATTTAAAGTGACTGATAAGACTTCTGAAGCAATGGGTGACTA
128 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * * * *
9301 TAAATGGACTTTCCTTATCAATGAATGTCTTTTTATTTATGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
9366 TAGTCTGTTTTAACTAAAAGTATA-AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAAC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAAC
* * * *
9429 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGTATAGGCGACTA
129 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * ** * * *
9472 TAAATGGACTTTACTT-GCCAATAAATGCTTTTCTCTTCATGTTTCAAAAGGTAGAGAATCAATC
1 TAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
9536 CTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATCCAAATTTAAATCAATTTTTAGATTATAAAAC
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* * * * ***********
9601 TATTTAAAGTGAATAATAAGGCTATCGANNNNNNNNNNNACTA
129 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * *
9644 TAAATGGACTTCTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGA-GTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
9707 ATAGTCTG-TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATG-GCATTACAAAA
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAA
* * * *
9770 CCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGTTGACTA
128 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * *
9814 TAAATGGACTTTTCTT-GCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTGTCTCATGGTAGCCATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * ** *
9878 CTACTCTATTTTAGCCAAAAATGTACAACGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
********** * * *
9943 CNNNNNNNNNNAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
129 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * * *
9986 TAAATGGACTTTTCTT-GCCAAAGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * ********** * *
10050 ATAGTCTGTTTCAACCAAAAATGTA-GAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATG-GCATTACAAAA
64 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAA
* * * * *
10113 CTATTTAAAGCGAGTAATACA-GCTTTCGAAGGTATGGGCGACCA
128 CCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
* * * **
10157 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACATTTTTCTTCATGATTCTCAAGGTAGACATTCAATCC
1 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
10222 TAGTCTGTTTTAACCA
65 TAGTCTGTTTTAACCA
10238 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1416, Mismatches: 324, Indels: 95
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 103 0.07
164 31 0.02
166 3 0.00
169 5 0.00
170 127 0.09
171 440 0.31
172 673 0.48
173 29 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTA
Found at i:9082 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 8279--10074 Score: 1517
Period size: 343 Copynumber: 5.3 Consensus size: 342
8269 NNNNNNNNNN
* *
8279 TAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGCCATTTAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* **
8343 CTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAAC
64 CTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAAC
* * * * *
8408 TATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
129 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAAT
* * *
8473 GAATG-----TCTTT-T-TCTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-C-TGTTTAACTA-AAAAT
194 GAATGCTTCTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATACGT-TTTAACTAGAAAA-
* * * * * * * * **
8528 GTAAAAAAAATT-CAATTCAAAATCAATTATGGAATTACAAAACAATTAAAAGCGGGTAATAAGG
257 GTAAAAAAATTTGAAATT-AAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGG
8592 CTTTTGAATG-TATGGGTGACTA
321 CTTTTGAA-GCTATGGGTGACTA
* *
8614 TAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTC
1 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
* **
8679 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATT
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACC
* * *
8744 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATCGACTTCTCTTACCTATG
130 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATG
* * * *
8809 AATGCTTACTTCTTTATGTTTCTTGAGTTAGAAATTTAATTATAATACGTTTTAACTAGAAAAGT
195 AATGCTT-CTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATACGTTTTAACTAGAAAAGT
* * * *
8874 AAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAAATATAATACCATTTAAAGTGATTAATTAGGCTT
259 AAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTT
8939 TTGAAGCTATGGGTGACTA
324 TTGAAGCTATGGGTGACTA
* * * *
8958 TAAATCGACTTTTCTTATCTATGAATACGTTTTCGTTCATG-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
1 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
* * * * *
9022 TACTCCGTTTTAACCATAAATGCACAAATATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACC
* * * * *
9087 ATGTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGACTTACTATAAATGGACTTCTCTTACCCATG
130 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATG
* * * * * * * *
9152 ACTACTCTCTTTTTTATGTTTCTCGAGGTAGACGTTCAATTGTAATATGTTTTAACCAGAAAAGC
195 AATGCT-TCTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATACGTTTTAACTAGAAAAGT
* * * * *
9217 ACAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTGATAAGACTT
259 AAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTT
* *
9282 CTGAAGCAATGGGTGACTA
324 TTGAAGCTATGGGTGACTA
* * * * * *
9301 TAAATGGACTTTCCTTATCAATGAATGTCTTTTTATTTATGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
* * * * * * * * * *
9366 TAGTCTGTTTTAACTAAAAGTATA-AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACC
* ** * * *
9430 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGTAT-AGGCGACTATAAATGGACTT-TACTTGCCAA
130 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTCT-CTTACCAA
* *** * * ** * *
9493 TAAATGCTT-TTCTCTTCATGTTTCAAAAGGTAGAGAATCAATCCTAGT-CTGTTTTAACCA-AA
193 TGAATGCTTCTTCT-TT-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATAC-GTTTTAACTAGAA
* ** * * * * *
9555 AATGTACAAAGAA-TCCAAATTTAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATA
255 AA-GTA-AAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATA
* * ***********
9619 AGGCTATCGANNNNNNNNNNNACTA
318 AGGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTA
* ** * * * *
9644 TAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGA-GTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
* * * * * * * * *
9708 TAGTCTG-TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGGCATTACAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACC
* * * * *
9772 ATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATG-GTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
130 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-ATGAG-TGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAA
* * * * * * * * * *
9835 TAAATGCTTTTTTCTTCATGTGTCTC-ATGGTAGCCATTCAATTCTACT-CTATTTTAGCCA-AA
193 TGAATGC-TTCTTCTTTATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATAC-GTTTTAACTAGAA
** * * * ********** *
9897 AATGTACAACGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATA
255 AA-GTA-AAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATA
* ** *
9961 AGTCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA
318 AGGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTA
** * * * * * *
9986 TAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTC
*
10051 TAGTCTGTTTCAACCAAAAATGTA
65 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
10075 GAAAAATTCA
Statistics
Matches: 1208, Mismatches: 216, Indels: 65
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
334 5 0.00
335 178 0.15
336 1 0.00
341 23 0.02
342 266 0.22
343 552 0.46
344 174 0.14
345 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCT
AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGA
ATGCTTCTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATACGTTTTAACTAGAAAAGTAA
AAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTT
GAAGCTATGGGTGACTA
Found at i:9265 original size:515 final size:509
Alignment explanation
Indices: 8279--10237 Score: 1664
Period size: 515 Copynumber: 3.8 Consensus size: 509
8269 NNNNNNNNNN
* * * * *
8279 TAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGCCATTTAATTC
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTA
* * * * ** *
8344 TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCAATTTTGTGATTATAAAACT
65 TAGTCTGTTTTAACTAAAAA-GTAAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACC
* * *
8409 ATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
129 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * *
8474 AAT-GTCTTT-TTC----TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACTAAAAATGTAA
194 AATCGT-TTTCTTCATGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAC
* * * * *
8532 AAAAAATTC-AATTCAAAATCAATTATGGAATTACAAAACAATTAAAAGCGGGTAATAAGGCTTT
258 AAAAAATTCAAATT-TAAATCAATT-TTGAATTATAAAACAATT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * * *
8596 TGAATGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCT-TTTTCCTTCATGTTTCT
320 CGAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTCTTTT-CTTTATGTTTCT
** * * * *
8660 TAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGATTTCAAATTTAAATCA
384 CGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTTCAACTTAAAATCA
** *
8725 ATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTA
449 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * * * *
8786 TAAATCGACTTCTCTTACCTATGAATGCTTACTTCTTTATGTTTCTTGAGTTAGAAATTTAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT-TTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTA
* * * *
8851 TAATAC-GTTTTAACTAGAAAAGTAAAAAAATTTGAAATTAAAATCAATTTTGAAAATATAATAC
65 TAGT-CTGTTTTAACTA-AAAAGTAAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAAC
* * * * * ** *
8915 CATTTAAAGTGATTAATTAGGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTATAAATCGACTTTTCTTATCTAT
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
8980 GAATACGTTTTCGTTCATGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTACTCCGTTTTAACCATAAATGC
193 GAAT-CGTTTTC-TTCATGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
9045 ACAAATATTTCAAATTTAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
256 ACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGA-ATTATAAAACAAT-TAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
9110 TCAAAGGAATGACTTACTATAAATGGACTTCTCTTACCCATGACTACTCTCTTT-TTTATGTTTC
319 TCGAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTCT-TTTCTTTATGTTTC
* * * * * *
9174 TCGAGGTAGACGTTCAATTGTAATATGTTTTAACCAGAAAA-GCACAAAAATTTGAACTTAAAAT
383 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTACAAAAATTTCAACTTAAAAT
* * * * *
9238 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACTGATAAGACTTCTGAAGCAATGGGTGACTA
447 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
* * * * *
9301 TAAATGGACTTTCCTTATCAATGAATGTCTTTTTATTTATGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTA
* * * ** *
9366 TAGTCTGTTTTAACT-AAAAGTATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACC
65 TAGTCTGTTTTAACTAAAAAGTA-AAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACC
* * * * *
9430 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGTATAGGCGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATA
129 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
9495 AATGCTTTTCTCTTCATGTT-TCAAAAGGTAGAGAATCAATCCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
194 AAT-CGTTT-TCTTCATGTTCTC--AAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * *
9559 TACAAAGAATCCAAATTTAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCT
255 TACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGA-ATTATAAAAC-AATTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *********** * *
9624 ATCGANNNNNNNNNNNACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTTACGTTT
318 TTCGAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTC-TTTTCTTTATGTTT
* * * *
9688 CTCGA-GTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTCAAAT
382 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTTCAACTTAAAAT
* * * * *
9751 CAATTATG-GCATTACAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGTTGACTA
447 CAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTA
* * * * * *
9814 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTGTCTC-ATGGTAGCCATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTTATGTTTCTCGA-GGTAGACATTTAATT
* * * * * ** * *
9878 CTACTCTATTTTAGCCAAAAATGTACAACGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
64 ATAGTCTGTTTTAACTAAAAA-GTA-AAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAA
********** * * *
9942 CCNNNNNNNNNNAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
127 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * *
10007 AGAATACCTTTTTCTTTACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAACCAAAAAT
192 TGAAT--CGTTTTCTTCATG-TTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* * ********* * * * * * *
10072 GTA-GAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGGCATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATACA-G
254 GTACAAAAAATTCAAAT-TTAAATCAATTTTGAATTATAAAAC-AATTAAAGTGAGTAATA-AGG
* * * * * *
10135 CTTTCGAAGGTATGGGC-GACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACAT-TTTTCTTCATG
316 CTTTCGAAGGAAT-GACTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TCTTTTCTTTATG
* * **
10198 ATTCTCAAGGTAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACCA
379 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
10238 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1147, Mismatches: 261, Indels: 80
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
507 155 0.14
508 8 0.01
509 2 0.00
510 3 0.00
512 8 0.01
513 229 0.20
514 299 0.26
515 422 0.37
516 16 0.01
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTAT
AGTCTGTTTTAACTAAAAAGTAAAAAAATTTCAAATTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TCGTTTTCTTCATGTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA
AAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAATTATAAAACAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
AATGACTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTCTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTA
GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
Found at i:10767 original size:172 final size:162
Alignment explanation
Indices: 10540--10868 Score: 408
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
10530 CTATAAATGA
* *
10540 ACTTTGCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGAAGACATTCAAT-TCTAGTCT
1 ACTTTGCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATCT-TAGTCT
10604 GGTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGAGATTATAAAACTATTTAA
65 GGTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGAGATTATAAAACTATTTAA
10669 ACTGAGTAATAATGCTCTTGAAGGAATGGNNNNNNNNNNATGG
130 ACTGAGTAATAATGCTCTTGAAGGAATGG----------ATGG
* * * *
10712 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGGTAGAGATTCAATCTTAGTCTG
1 ACTTTGCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATCTTAGTCTG
* * * * * * * *
10777 TTTTCACTAAAAATGTACAACGAATTTAAATTTAAATCAATTTTTAGATTATAAAACTATTTAAA
66 GTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
* *
10842 GTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATG
131 CTGAGTAATAATGCTCTTGAAGGAATG
10869 AGTGACTNNN
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 16, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
172 139 0.99
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
ACTTTGCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATCTTAGTCTG
GTTTAACAAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
CTGAGTAATAATGCTCTTGAAGGAATGGATGG
Done.