Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399366.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2633.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5016
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 876 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1859 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1475--2661 Score: 745
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 172
1465 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
1475 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAATG-CTTGATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAATGC-CATA
1 TTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAA
* * * * ** * * **
1538 ATTGATTTTAAG-CTGAATTGTTT-TACATTTCTCCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATATT
64 ATT-AATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC
* * ** *
1601 TTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAAAGTTCA
128 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * **********
1646 TTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
1711 TAATTTCAGTTTGATTTCTTTGTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-AACCTT
66 TAATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA-CTT
** *
1775 GGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAATGTCCA
130 GGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** ********** *
1818 TTTATGGTCAACCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAAT
1 TTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * * * * * *
1883 TGATTTTAGGTTGAACTT-TTTG-ACGTTTTTGGCTAGAACAAACAATAATTGACTGTCTGACTT
66 TAATTTAAGTTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTT
* * * * *
1946 AGAAAAAATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-
130 GGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ********** *
1988 TCTTGTAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATTTCAAA
1 T-TTATAGTCAAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * * * * * * *
2052 ATTGATTTTAAG-TTCAAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATAATATAATTGAATGTCTAAC
64 ATT-AATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC
* * * ****
2116 TTGAGAAACATAAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNN
128 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
****** * * * *
2161 NNNNNNGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
2226 TTATTTAAATTTGAGTTCTTTGTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-AACCT
66 TAATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA-CT
* *
2289 TGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
129 TGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
********** * *
2333 TTTATAGTCANNNNNNNNNNCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAT
1 TTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
2398 TGATTTCAA-TTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTAAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAACTT
66 TAATTT-AAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTT
** ** *** *
2462 AAGAAACAAAAAGAAAAAAATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCA
130 GGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
2505 TTTATAG-CTAACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TGCATA
1 TTTATAGTC-AACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAA
* * * * * ** *
2568 ATTAATTTTAAG-GTAAATT-TTAT-TATATTTTTAGCTCAAATGGACTATAATTGAATGTCTAC
64 ATTAA-TTTAAGTTTGAATTCTT-TGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
* * *
2630 CTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTG
127 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
2662 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 241, Indels: 50
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.01
171 240 0.32
172 484 0.65
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TTTATAGTCAACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TAATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTTG
GGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
Found at i:2619 original size:515 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1681--2661 Score: 1015
Period size: 515 Copynumber: 1.9 Consensus size: 504
1671 NNNNNNNNNN
* * * *
1681 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTCAGTTTGATTTCTTTGTACATTTTTAGTT
1 TCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAGTTCTTTGTACATTTTTAGTT
* * * *
1746 AGAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
* * **********
1811 ATGTCCATTTATGGTCAACCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTC
131 AAGTCCATTTATAGTCAACCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
1876 TCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTTGGCTAGAACAAACAATAATTGACTGTCT
196 TCAAAATTGATTTCAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAGCTAAAACAAACAAGAATTGAATGTCT
* ** * * * *
1941 GACTTAGAAAAAATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTCTTGTAGTCACTCATTC
261 AACTTAGAAAAAA-GAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTCTTATAGTAACTCATAC
********** * * *
2006 CTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAT
325 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTGCAAAATTAATTTTAAGGTCAAAT
* * *
2071 CTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATAATATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAACAAAAA
390 CTTTTTACATTTTTAGCTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAACAAAAA
2136 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC
455 GGCATTCATTGGCAAGAAAAG----------GTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC
* *
2196 TCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTAAATTTGAGTTCTTTGTATATTTTTTA-T
1 TCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAGTTCTTTGTACA-TTTTTAGT
*
2260 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGA
********** *
2325 AAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
130 AAAGTCCATTTATAGTCAACCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
2390 CTTAAAATTGATTTCAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAG-TAAAAACAGACTAGAATTGAAT
195 CTCAAAATTGATTTCAAGTTGAACTT-TTTG-ACATTTTTAGCT-AAAACAAACAAGAATTGAAT
*
2453 GTCTAACTTAAGAAACAAA-AAGAAAAAAATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGCTAA
257 GTCTAACTT-AGAAA-AAAGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAG-TAA
*
2516 C-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTGCATAATTAATTTTAAG
318 CTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTGCAAAATTAATTTTAAG
* * ** * *
2580 GT-AAAT-TTTATTATATTTTTAGCTCAAATGGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATA
383 GTCAAATCTTT-TTACATTTTTAGCTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATA
* *
2643 AAGAAAAAGGTATTCATTG
447 AACAAAAAGGCATTCATTG
2662 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 79, Indels: 18
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
514 5 0.01
515 241 0.64
516 120 0.32
517 9 0.02
518 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
TCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAGTTCTTTGTACATTTTTAGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCAACCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCAAAATTGATTTCAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTAGCTAAAACAAACAAGAATTGAATGTCT
AACTTAGAAAAAAGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTCTTATAGTAACTCATACC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTGCAAAATTAATTTTAAGGTCAAATC
TTTTTACATTTTTAGCTAAAAAAGAATATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATAAACAAAAAG
GCATTCATTGGCAAGAAAAGGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC
Found at i:3413 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3054--3600 Score: 422
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
3044 NNNNNNNNNN
* * *
3054 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT-CTATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATAC-ATTTTTAGTTAA
* * * * * * ** * * ** *
3118 AACAGATTATAATTGAATGTC-AACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTGAGAAA
64 AA-AAAATAGAAATGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTGGCAAAAAA
* * **********
3182 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGNNNNNNNNNNCA
127 AGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
3226 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAATTTGAATT-TGTTATGCATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTAAATTTGAATTCT-TTATACATTTTTAGTTAA
* * * * * *
3290 GACAAACTAGAAATGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAA
64 -AAAAAATAGAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTGGCAAAAAAA
*
3355 GT-TAATTTATA-TCCACCCAATCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCA
128 GTCT-ATTTATAGT-CACCC-ATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ********* * * *
3398 CTTTCAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTTATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTAT-AATCCATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAA
* * * * **
3463 AAAAATAGAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCACTGGTAGGAAAAGT
65 AAAAATAGAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTGGCAAAAAAAGT
* *
3528 CTATTTATAGTCACGCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
130 CTATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
3569 CTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CCATAATTGATT
3601 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 69, Indels: 27
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 103 0.35
172 171 0.58
173 13 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCCATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAA
AAAATAGAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTGGCAAAAAAAGTC
TATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:4170 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3855--5016 Score: 1232
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 172
3845 NNNNNNNNNA
* * * * *
3855 AAAAACGACATTCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTAGTA
1 AAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
3919 CTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTGAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGGT
* **
3984 TAAAACAGATTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAATGTGAAG
130 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
4027 AAAAATACATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCGAAAGCTTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
4092 CCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGACTTAAGTTTGAATTCTTTGTATGTTTTTAGTT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGGTT
* * * ** * *
4157 AGAACTGATTATAATTGAATGTCAACATTGAGAAACGTGAAC
131 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
4199 AAAAGGA-ATTAATTGGCAGAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTTAAT
1 AAAAAGACATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
4262 ACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAACTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTCTATTTTTGG
64 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGG
* * *
4327 TTCAAACAGATTATAAATGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAAG
129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
* *** * * *
4371 AAAAAGGCATTCATTGATTAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
4436 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAATTTGAATTCGTTGTATATTTTTGGTT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGGTT
* * * ** ** **
4501 AAAAAAGACTAGAATTGAACATTTACCTTGAGAAACATGAAG
131 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
* *
4543 AAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGCCAAC-CAATCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* **
4605 TCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTG
63 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTG
* * * * *
4670 GTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTA--TCATGGGAAACATGAAG
128 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCA--AGAAACATGAAG
* * * * *
4715 AAAAAGGCAATTCACTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * *
4780 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGCTTTTAAGTTGAATT-TTAT-TACATTTTTG
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT-TGTATATTTTTG
* * * * ** * * *
4842 GTTAAAACATAATATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAAC
128 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
* ** * * *
4887 AGAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
4952 TGACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTA-AGTTTTTGGT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATA-TTTTTGGT
5016 T
130 T
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 141, Indels: 44
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 114 0.14
172 613 0.74
173 95 0.11
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
Found at i:4482 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 3863--5005 Score: 1417
Period size: 516 Copynumber: 2.2 Consensus size: 516
3853 NAAAAAACGA
* * *
3863 CATTCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTT
1 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
3927 AAATGGATTTATAATCTGAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAG
66 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAAAAG
* * * **
3992 ATTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATA-CATTCATTGGCAAAAAAAG-TC
131 ACTAGAATTGAACATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTC
* ** * * * *
4055 TATTTATAGTCATTCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACC-CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
195 -ATTTATAGCCAACCAATCCTTCAAAAGCCTTATT-CCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * ** * *
4119 AATTGACTTAAGTTTGAATTCTTTGTATGTTTTTAGTTAGAACTGATTATAATTGAATGTC-AAC
258 AATTGACTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTAAC
* * * * * *
4183 ATTGAGAAACGTGAA-CAAAAGG-AATTAATTGGCAGAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCATT
323 A-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCAATTAACTGGCA-AAAAAACTCT-ATTTATAGTCACCCATA
* *
4245 CCTTCAAAAGCTTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT-CTCAAAACTGATTTAAATTTGAA
385 CCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATGC-CAAAACTGATTTAAAGTTGAA
* * *
4309 TTCTT-TGT-CTATTTTTGGTTCAAACAGATTATAAATGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAAGA
449 TT-TTAT-TAC-ATTTTTGGTTAAAACAGAATATAAATGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAACA
4372 AAAAGG
511 AAAAGG
* * * * *
4378 CATTCATTGATTAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
4443 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAATTTGAATTCGTTGTATATTTTTGGTTAAAAAAG
66 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAAAAG
** ** *
4508 ACTAGAATTGAACATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
131 ACTAGAATTGAACATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCA
4573 TTTATAGCCAACCAATCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
196 TTTATAGCCAACCAATCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
4638 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTGGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTATCATG
261 TGACTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTAACATG
* * *
4703 GGAAACATGAAGAAAAAGGCAATTCACTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA
326 AGAAACATGAAGAAAAAGGCAATTAACTGGCAAAAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA
* * * * * * *
4768 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTATT
391 AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATGCCAAAACTGATTTAAAGTTGAATTTTATT
* * * * ** * *
4833 ACATTTTTGGTTAAAACATAATATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAACAGAAAGG
456 ACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAAATGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGG
* * * * * *
4894 TATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTGACTTT
1 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
4959 AAATGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
66 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
5006 AGTTTTTGGT
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 85, Indels: 21
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
515 15 0.03
516 416 0.78
517 89 0.17
518 12 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (516 bp):
CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAAAAG
ACTAGAATTGAACATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCA
TTTATAGCCAACCAATCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGACTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAATGTCTAACATG
AGAAACATGAAGAAAAAGGCAATTAACTGGCAAAAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA
AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATGCCAAAACTGATTTAAAGTTGAATTTTATT
ACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAAATGAATGTCAACCTCAAGAAACATAAACAAAAAGG
Done.