Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397465.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_758.0, whole genome shotgun sequence
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* * * * *
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* * * *
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319 TTATAGTCA-CCAAGCCTTCG
* * * * * * *
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1 AAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
4241 TACATTTTTTGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCGTGGGAAACATGAAGAAGAAGCCAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
4306 TCATTGGCTAGAAAAGTCCAATTATAGTCAGCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAAC-TTAAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *** *
4370 TATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTGTTACATTTTTGGTTCCGACAGGTT
193 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * ** * * *
4435 ATAATCGAATGTTTGCCTTAGAAACAAGAAGAAAAATTTGTTCATTGCCAAGAAAAGGCCATATA
257 ATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
4500 TAGTCAGCCAAGCCTCCG
322 TAGTCA-CCAAGCCTTCG
* * * *
4518 AAATGCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
1 AAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
4583 ATATTTTTAGGTAAAACAAATTATAATTCAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
4648 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCA-CATAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT--G-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
4711 ATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAACACAGATT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* ** * *
4776 ATAATTGGATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGGCTAGTCATTCG-AAGAAAAG-CCAAT
257 ATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAATTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-AT
* *
4838 TTACAATCACCTAAGCCTTCG
319 TTATAGTCACC-AAGCCTTCG
* ** *
4859 GAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
4923 ACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCATGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
4987 CATTGGCAA-AAGATGTCCATTTGTAGTCATCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
130 CATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* ** * *
5051 TGGTTTTGTAGCCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATT
193 TAGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * *
5115 ATAATTGAATGTCTGCGTTGGAAAACATGAGGAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATAT
257 ATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
*** *
5180 ATAGTCACTCTTTCTTTCG
321 ATAGTCAC-CAAGCCTTCG
* *
5199 AAAGCCTTATTACTCG-TATTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGATGTTGAA-TTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
5262 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
5327 TCATTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCATTCAAAAG-CTATATTACTCACTTTTA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAA
* * * * * *
5391 ATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAGCAGAT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
** * ** * * *
5455 TATAATTGAATGTTTGCCAAAGGAAATATGAAGAAAAAGCCA-TCTATTAGCAAGGAAAGCCCAT
256 TATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAATTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
5519 TTACAGTCACCTAAGCCTTTG
319 TTATAGTCACC-AAGCCTTCG
* * * * * *
5540 AAAACCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTGT
1 -AAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
5605 ACATTTTTGGATAAAATCA-ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAGCCAT
65 ACATTTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * ** **
5669 TCATTTGCAAGAAAAGCCCATTTACAATCACCAAAGCCTTCGAAAA-TCTTAACACTCGTTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * *
5733 ATAATTTTATAATCTCGTAATGGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATACTTTTAGTTGAAAC-GTAT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-AT
* * * * ** ** *
5796 TAAAATTAAATGTCTCCCTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAGAAGTCCAT
256 TATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACA--TGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * ** **
5860 TTATTGTTACGTATGTGTTTA
319 TTATAGTCAC-CAAGCCTTCG
* * * *
5881 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGCTGAATATTTT
1 AAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
5945 TACA-TTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAAATGAAGATAAAGCCAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * * *
6009 TCGTTGGCAAGAAAAATGCAATTGTAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
6074 T-GATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATAATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
193 TAG-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-ATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * *
6138 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAACTT-GTTGATTGGCAAGAAAAGACCATT
256 TATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
6202 TATAGTCACCTAAGGCTTCA
320 TATAGTCACC-AAGCCTTCG
* * * *
6222 AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTGTAGTCTCAGAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
6287 ATATTTTTGGCTAGAACAGATTAGAATTGAATGTTTGCCTTTA-GAAACATGAAGAAAAAGCTAT
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* * * * *
6351 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
6415 ATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTGTACATTTTTGGTTAAAATCA-AT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGAT
** * * *
6479 TATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAG-AAAATACTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
256 TATAATTGAATGTTTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAATTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
6543 TTACAATCACCTAAGCCTTCG
319 TTATAGTCACC-AAGCCTTCG
* * * * * *
6564 AAACCCTTGA-CACTCGTTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAA-TTGTT
1 AAA-GCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
6627 TACATTTTTAGTTAAAACATATTAAAATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
6691 TTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTTACGTATG-TGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
6755 AATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGA
191 AATAGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * *
6819 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ACTGAAGATAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAATCCA
255 TTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACA-TGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** *
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318 TTTATAGTCA-CCAAGCCTTCG
* * * * *
6905 AAAGCCTT-TCTACTCACTTTAAATGATTCTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATAATTT
1 AAAG-CTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * *
6969 TTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAGACCC
63 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * * * *
7033 GTTGATTGGCAAGAAAAGAT-CATTTATGGTCACCTAAGGTTTCGAAAGCATTGTTATTCTCTTT
127 ATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * ** *
7097 AAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACATA
190 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
** * * *
7162 TTATAATTGAATGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGCCCAT
255 TTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** *
7227 TTACGGTCACCTAAGCCTTTG
319 TTATAGTCACC-AAGCCTTCG
** * * *
7248 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATTACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
7312 TACATTTTTTA-TTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCT
64 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * * * * *
7376 TTCATTGGCTAA-AAGAGTTGAATTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTA
128 TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
7440 AATGGATTTGTAATCTGATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTATATTTTTGGTTGAAACA
191 AATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TATTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* *** * * *
7505 GGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAGCCCATTCATAGGTAAGGAAAG-CC
253 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
7569 TATTTATAGTTAACCAAGCCTTCA
317 -ATTTATAG-TCACCAAGCCTTCG
* * *
7593 AAAGGCTCATTACCCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** **
7658 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTTATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
7723 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-
* *
7788 TA-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT
193 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* ** * *
7851 ATAAATGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAG-AAAATGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATT
257 ATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAT-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** *
7915 TATAGTCACCCATGCGGTCC
320 TATAGTCA-CCAAGCCTTCG
* * * * * * *
7935 AAAGCGTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATGTTTT
1 AAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
7999 TACATTTTTAGTTAAAACAAACTATGATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
8064 TCATTGGCTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACTTTATTACTAACTTTAAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * ** *
8129 TATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTCCATTTTTGATTATGACAGGT
193 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * *
8194 TATAGTCGAATGTTTTCCTTAGAAACAAGAAGAAAAATTTATTCACTGGTAAGAAAAGGCCATTT
256 TATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
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321 ATAGTCA-CCAAGCCTTC-G
* ** *
8279 AAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGAATTTGTAATCTCAT-ATTCGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * ** *
8343 AAATTTTTGGGTAAAATAAATTATAATTCAATGTTTGCCTCATCAAACATGAAGAAAAAGTCATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
8408 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
8472 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTA
193 TAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
** * * ** *
8536 TAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGTAAATCATT-TAAAGAAAAGCCCATTTA
258 TAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
8600 CAATCACCTAAGCCTTCA
322 TAGTCACC-AAGCCTTCG
*
8618 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
8682 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCATGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATT
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* ********** *
8746 CATTGGCAA-AAGATA-TCCATTTATAGTCACCCATGCATTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAA
130 CATTGGCAAGAA-A-AGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ** * * * *
8809 ATGGTTTTATAGCCTCAT-ATATGATTTAAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGAT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * ** *
8873 TATGATTGAATGTCTGCCTT-GAAAAAATGAGGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATA
256 TATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ****
8937 TATATTCACCTTTTCTTCCG
320 TATAGTCACCAAGCCTT-CG
* * *
8957 AAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAATGTTGAA-TTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTT
* * * ** *
9020 TACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTAAAGAAAAAGCCAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
9085 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCATTCAGAAG-TTGTATTACTCGCTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAA
* * * * ** * * ** ** *
9149 ATAGTTTTATAAGC-C---ATTCATTCGTAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGA
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAA---TATTTTTA--CATTTTTG--GTT-A
** ** * * * * * * * **
9209 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT---TTATAATCTCTTAATTGATTNNNNNNNNNNTATTT
248 AAA-CAGATTA-T--AATTGAATGTTTGCCTTAGAAAC-ATGAA--GA------------AAAAT
* ** * * * *
9271 GTACATT-TTTGG--TTAAAA-T-CAATTATAATTGA--ATGTTTACC-TCG
294 -T-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCAAG----CCTTCG
* * ** *** * * * *** * * * * * ***
9315 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAGAAGCCCATTTACAATCA-CCAAAGCCTTC
1 A-AAGC-T-TATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTG-TAATCTCA--TA-ATTGATTTTAAG--TT-
**** * * * *
9378 GAAAGACTTAACACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA-ATGGATTTTAAGTTAAATTTTT
55 GAATTTTTTTACA-T--TTTT--A--G---T-TAA----A-ACA--GATTATAA-TTGAA-TGTT
* * * * ** **** *** * * ** *** *
9442 TACATTTTTAGTTAAAAAAT-ATTAAAATTAAATGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG--
100 TGC---CTTAG--GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
9503 -CCATTCATTGACAAGATAAGTCCATTTATAGTTACGT-ATGTGTTCAAA-AGCTTTATTACTCG
158 ACCATGC-TT-TC-A-A-AAG-CC---T-TA-TTAC-TCA-CT-TT-AAATAG---T-TT--T-G
* * * * *
9565 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATATATGATTTTAAGTCGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAC
201 ---T-AA-----TC-T--CAT-A-AT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** *
9630 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAGGAAAAATGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAAT
251 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** *
9695 CCAATTGTAGTAACCCATTCCTTCA
315 CCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCG
* * * * * * *
9720 AAAGCCTTACTGCTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATAATTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * *
9785 TACATGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCTT-GAAAAGCATGAAGAAAAA-CCT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGCC-
* * * * * * * *
9848 GTTGATTGGCAAGAAAAGACTAGTTATAGTCACCTAAGGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC--ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
9912 AAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACTGA
190 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
** * *
9977 TTATAATTGAATGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCAT
255 TTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * *
10042 TTACGGTTACCTAAGCCTTTG
319 TTATAGTCACC-AAGCCTTCG
* * * *
10063 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * *
10127 AATATTTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGGGAAACATG-AGAGAAAAGC
64 --TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA-AAAAGC
* * * * * * * **
10190 CATTCATTAGCTAGAAAAGTTCAATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGCTACTCACTTT
126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * ** *
10255 AAATGGATTTGTAATCTGATAACTT-ATTTTAAGTTGAATGTTTTTGATACGTTTGGTTGAAACA
190 AAATAGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACA
* * *** * *
10319 GGTTATAATTGAATGTTTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAGCCCATTCATTGGTAAGGAAAG-CC
253 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
10383 TATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCA
317 -ATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCG
** * * * *
10407 AAAGCCTTATTACCTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAG-CTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
10472 TAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTTCCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCTAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * ** * * *
10537 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAATCACTTAAAACTTT-GAAAGACTTATTACTCGCTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC--CATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
10601 ATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACACTTTTT-GTTAAAACAGA
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
10664 TTATAAATGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAAAAAAATGCTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
255 TTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAATTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
10729 TTTATAGTCAACCCATGCGTTCC
318 TTTATAGTC-A-CCAAGCCTTCG
* * * * * *
10752 AAAGTGTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
10816 TACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTT-CTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
** * *
10880 TTCATTGGTTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTA
* * * ** * *
10944 AATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTACGATAGT
191 AATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
** ** ** *
11009 TTATAATCAAATGCTTT-CCTTAGAAACAAAAAG-AAAATTTGTTCATTGGCAAGAAAAGGCCAT
255 TTATAATTGAATG-TTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
11072 TTATAGTCAGCCAAGACTTCGG
319 TTATAGTCA-CCAAGCCTTC-G
* * * ****
11094 AAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATATTTATATTTTTGGGTAAAACAAATT
1 AAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-GA--TTT---TAAGTTGAATT
* * * * *** * *
11159 ATAATTTA-ATGTTT-GCCTCAAAA-A-A-CATGAA--GAA--AAAGCAATT----AA-TTGGCA
60 -T-TTTTACATTTTTAG--TTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTTTGC-CTTAGGAAACAT-G-A
* * ** * *** * ** * **
11210 AG-AAACGCCCATTTACAGTC-ACCTAAG-CC-TTTGAAAG---CC-TTATTAC-TCA--CTT-T
117 AGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCATGCTTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * ** * *
11263 AAAT-AGTTT-TATAATCTCCTAA--T--TAAT----TTTAAGTTGAATAGTTTTATATTTTTGG
180 TACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGG
* *** *
11318 TTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGCCAATCATTGG-AAG
245 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAG
* * * *
11382 AGAAGCCCATTTACAATCACCTAAGCCTTCG
309 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCG
* * *
11413 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * * *
11477 ATATTTTT-GATTAAGACATATTATAATTGAATGCCTGCCATGGGAAATATGAAG-AAAAGCCAT
65 ACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
*
11540 TCATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
129 TCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ** * * * *
11604 ATGGTTTTATAGCCTCCT-ATATGATTTTAAGTTCAATATATTTACATTTTTTTGTTAAAACAGA
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGA
* * ** * *
11668 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCAT
255 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *** *
11733 ATATAGTCACTCTTTCTTTCG
319 TTATAGTCAC-CAAGCCTTCG
* * *
11754 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGAAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
11818 ACATATTTGGTTAAAATAG-TTCATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGGCCAC
65 ACATTTTTAGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * **
11882 TCATTCGCAAGAAAA-TCCTATTTACAATCACCTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACC-ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
11946 ATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
** ** *
12010 ATAATTGAATAGCCTGCCTTAGGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAGAAGCCCA
257 ATAATTGAAT-GTTTGCCTTA-GAAACA-TGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCA
* * *
12073 TTTATAGTCACTCATGCATTCA
318 TTTATAGTCAC-CAAGCCTTCG
* * * * *
12095 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTATGTTGAATATTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
12159 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAT-AAGAAAAAGGCCA
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-GCCA
* * ** * * * ** * **
12223 TTTATTGGTAAGAAAAGTTTATATATAGTCACCCCTTCTTTTGAAAGCTTTATTACTCGTTTTAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
12288 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * ** ** * *
12352 ATAATT-AATTGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAGAAGTTCATT
257 ATAATTGAA-TGTTTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
12416 TATAGTCACCCATA-CGTTCA
320 TATAGTCA-CCA-AGCCTTCG
* * * * *
12436 AAAGCTTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAATCTTTT
1 AAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** **
12500 TACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTAGGAAATGTGAAGGTAAAGCCAT
64 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
12565 TTATTAGCAAGAAAAATCCTATTT-TAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
12629 AT-GATTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATGATTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATA
192 ATAG-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-ATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * ** * * *
12693 TTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAACCCATTTATTGACAAGAAAAGACCAT
255 TTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
12757 GTATAGTCACCCAAGGCTTCG
319 TTATAGTCA-CCAAGCCTTCG
* * *
12778 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * **
12843 ACATTTTTGGGTTAAAAAAAATTATAATTCAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
65 ACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ******** *
12908 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACC-TNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCATTTTAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT--GCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
12972 ATAGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATT
192 ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * *
13037 ATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAACTTGATG-AAAAGTCTAGTCATTAGCAAGAAAAGCCCATT
257 ATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAATTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
13101 CACAATCACTTAAGCCTTTG
320 TATAGTCAC-CAAGCCTTCG
*
13121 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT
1 AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT
13165 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7028, Mismatches: 1521, Indels: 877
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
311 8 0.00
312 8 0.00
313 4 0.00
314 6 0.00
315 3 0.00
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426 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCAAGCCTTCG
Found at i:4891 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3831--13164 Score: 6610
Period size: 512 Copynumber: 18.1 Consensus size: 511
3821 NNNNNNNNNN
* * *
3831 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAAT-
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATA
* * *
3894 TGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
65 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
3959 GCCATTAATTGGCAAAAAAAGCCCACTTACAATCACCTAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGT
128 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGC
* *
4023 TTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
192 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
4088 GGATTATAAATT-AATGTTTGTCTTAGGAAACGT-AAAGAAAATGCCATTCATTGACAAGAAAAG
257 AGATTAT-AATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAA-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * * *
4151 TCCATTTAAAGTCACCCATGCATTCCAAAACGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
320 CCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * *
4216 T-GTATGATTTTAAGTCGAATTGTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
385 TAAT-TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * *
4280 CGTGGGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCAA-TTATAGTCAGCC-ATTC
447 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCA-CCTATGC
*
4343 T
511 C
* ** * *
4344 TTCAAAAGCCTTATTACTAAC-TTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
*** * * * **
4408 TTGTTACATTTTTGGTTCCGACAGGTTATAATCGAATGTTTGCCTTAGAAACAAGAAGAAAAATT
66 TT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACATGAAGAAAAAGC
** * * * * * *
4473 TGTTCATTGCCAAGAAAAGGCCATATATAGTCAGCC-AAGCCTCCGAAATGCTTATTACACGCTT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAAGCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
4537 TAAATGGTTTCGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTAGGTAAAACAA
194 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* *
4602 ATTATAATTCAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
259 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * *
4667 TTTACAGTCACATAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
324 TTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
4732 TAATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAACACAGATTATAATTGGATGTTTGCCTTAG
389 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG
* * * * * *
4797 GAAACATGAAGAAAAGGCTAGTCATTCG-AAGAAAAG-CCAATTTACAATCACCTAAGCC
452 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGCC
** * * *
4855 TTCGGAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT-T
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * **
4919 TTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCATGGGAAACATGAAG-AAAAGC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * *
4983 CATTCATTGGCAA-AAGATGTCCATTTGTAGTCATCC-ATGCGTTC-AAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTCATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGC
** *
5045 TTTAAATGGTTTTGTAGCCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTT-CATTTTTTGTTAAA
192 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * *
5108 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCGTT-GGAAAACATGAGGAAAAAA-TCATTCATTGGTAAGAAA
255 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGA-AAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
** * * ** * * *
5171 AGTTCATATATAGTCACTCT-TTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TATTAAATGGTTTTGTAAT
318 AGCCCATTTACAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
5234 CTCATAATTGATTTGATGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
381 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
5299 GCCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCC-ATTCATAGTCACCCATG
445 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATG
*
5363 CA
510 CC
* *
5365 TTCAAAAG-CTATATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAAT
1 TTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
5428 ATTTTTATATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCAAAGGAAATATGAAGAAAAA
64 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
5493 GCCA-TCTATTAGCAAGGAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTTGAAAACCTTCTTACTCGC
128 GCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGCTTATTACTCGC
* * * * * *
5557 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATATTTGTACATTTTTGGATAAAAT
192 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-
* * * * * *
5622 CA-ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATATTAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGC
256 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * ** ** * * *
5686 CCATTTACAATCACCAAAGCCTTCGAAAATCTTAACACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCGT
321 CCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
5751 AATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTATACTTTTAGTTGAAAC-GTATTAAAATTAAATGTCTCCCT
386 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCT
* ** * * ** * * * * **
5815 TAGAAAATGTGAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAGAAGTCC-ATTTATTGTTACGTATGTG
449 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGCC
* * * * *
5877 TTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGCTGAATA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* * *
5941 TTTTTACA-TTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAAATGAAGATAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAG
* *** * * * * ** * *
6005 CCATTCGTTGGCAAGAAAAATGCAATTGTAGTAACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTACTACTCACT
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGCT
* * * *
6069 TTAAATGATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATAATTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
193 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** *
6134 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACATG-AAGAAAA-CTTGTTGATTGGCAAGAAAAG
257 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAAAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * *
6196 ACCATTTATAGTCACCTAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTGTAGTCTCA
320 CCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
6261 GAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAGAACAGATTAGAATTGAATGTTTGCC
385 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTA-AACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * *
6326 TTTA-GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTACAGTCACCTAAGCC
448 -TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGCC
* * * * *
6389 TTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTTGAATA
1 -TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
* ** *
6453 TTTGTACATTTTTGGTTAAAATCA-ATTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAT
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAA-
* * * ** *
6517 A-CTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAATCACCTAAGCCTTCGAAACCCTTGA-CACTCG
127 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGCTT-ATTACTCG
* * * *
6580 TTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTAGTTAAAA
191 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * * * * *
6644 CATATTAAAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGT
256 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * * ** * * * *
6709 CCATTTATAGTTACGTATGTGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
321 CCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
*
6774 -ATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTGCC
386 AAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * *
6838 TTAGGAAA-ACTGAAGATAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAA-TTGTAGTAACCCATTC
448 TTAGGAAACA-TGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGC
6900 C
511 C
* * * * *
6901 TTCTAAAGCCTT-TCTACTCACTTTAAATGATTCTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATA
1 TTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
* * * * * *
6965 ATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAGA
64 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAA
* * * ** * ** * * *
7030 CCCGTTGATTGGCAAGAAAAGATCATTTATGGTCACCTAAGGTTTCG-AAAGCATTGTTATTCTC
128 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGC-TTATTACTCGC
* * * *
7094 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTA-TTAAAA
192 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAA
* * * * *
7158 CATATTATAATTGAATGTTTGCCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGC
256 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * * *
7223 CCATTTACGGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATTACCTCAT
321 CCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
*
7288 -ATATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
386 AAT-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * **
7351 CTTGGGAAACGTGAGGAAAAAGCCT-TTCATTGGCTAA-AAGAGTTGAA-TTATAGTCA-CTCAT
447 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCT-AT
*
7412 TCC
509 GCC
* * * * * *
7415 TTCAAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATGGATTTGTAATCTGATAACTGATTTTAAGTTGAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---
* * * *
7480 TTTTTTTATATTTTTGGTTGAAACAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAG-AAA
63 TATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
7544 AGCCCATTCATAGGTAAGGAAAGCCTATTTATAGTTAACC-AAGCCTTC-AAAAGGCTCATTACC
127 AG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG-TCACCTAAGCCTTCGAAAA-GCTTATTACT
*
7607 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAA
189 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * **
7672 AACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAA
254 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
7737 GCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTGTAATCT
319 GCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCT
* *
7801 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTTTG
383 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTG
** * * * *
7866 CCTTAGGAAATGTGAAGAAAATGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC
446 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGC
*
7930 G
511 C
* * * * * * * *
7931 GTCCAAAGCGTTATTACTCACGTTAAATGATTTTATAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* * * *
7995 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATGATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAG
* * * * ** * * **
8060 CCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAACTTTATTACTAACT
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGC-TTATTACTCGCT
** * **
8124 TTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTCCATTTTT-GATTATG
193 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
* * * * * * *** * *
8188 ACAGGTTATAGTCGAATGTTTTCCTT-AGAAACAAGAAGAAAAATTTATTCACTGGTAAGAAAAG
255 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
8252 GCCATTTATAGTCAGCC-AAGCCTTCGGAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT-GAATTTGTAATCT
320 CCCATTTACAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCT
* * * * * *
8315 CAT-ATTCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGGGTAAAATAAATTATAATTCAATGTTT
383 CATAATT-GATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-AGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* ** * *
8379 GCCTCATCAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCTAA
445 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTAT
8442 GCC
509 GCC
** *
8445 TTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-AT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * *
8509 TTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGT
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAACATGAAGAAAAAGC
* * ** * *
8574 AAATCATT-TAAAGAAAAGCCCATTTACAATCACCTAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGCTT
*
8637 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
194 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * ** * * *
8701 ATTATAATTGAATGCTTGCCATGGGAAACGTG-AAGAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAGATA-TC
259 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-A-AGCC
* * * * ********** * **
8763 CATTTATAGTCACCCATGCATTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCAT-
322 CATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
8827 ATATGATTTAAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTATGATTGAATGTCTGCCT
387 AT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * ** * * **
8892 T-GAAAAAATGAGGAAAAAG-TCATTCATTAGCAAGAAAAGT-TTATATATATTCACCT-TTTC
449 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGCC
* * **
8952 TTCCGAAAGCCTTGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAATGTTGAAT
1 TT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAAT
* * *
9016 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA-ATGTAAAGAAAA
64 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAACATG--AAGAAAA
* * * * * * * *
9079 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCATTC-AGAAGTTGTATTACTCG
127 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGCT-TATTACTCG
* * * * **** *** ** ** *
9143 CTTTAAATAGTTTTATAAGC-CATTCATTCGTAAGAAAAG-CCCATTTATAGT-CA-CCTAAGCC
191 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA-TAATT-G-ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAG--
** ** * * ********** *
9204 TTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTNNNNNNNNNNTAT
250 -TT-AAAA-CAGATTA-T--AATTGAAT-G--TT-T--GC-CTTAA--GA---AACATGAAAAAA
** * * * **** * * * * **
9269 TTGTACATT-TTTGGTTAA-AATCAATTATAATTGA-ATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
297 AAG-CCATTCATTGG-CAAGAA--AA-GCCCATTTACA-G-TCACCT----AAGCCT-TCG--AA
* * *** * * * * * ** *
9331 AGCC--ATTCATTGGCAAGAGA-AGCCCATTTACAATCACCA-AA--GCCTTCGAAAGACTTAAC
348 AGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATAG---TTTTATAATC-TCATAATTG-ATT-TTAAG--TTGA-
* * * ** * * * * *
9390 ACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTT
403 A-T-TTTTTACA---TTTT-TAGT-T-A-AACAGATTATAA-TTGAA-TGTTTGC---CTTAG--
* * * * ** * * *
9455 AAAAAAT-ATTAAAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAG-CC-ATTCATTGACA
452 GAAACATGA--AGAA--AAA-G-CTA-TTC----ATTG-GCAAG-AAAAGTCCAATTTATAGTC-
** *
9516 AGATAAGTCC
503 ACCTATG-CC
* * * * ** * * * * **
9526 ATT-TATAGTTACGTATGTGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAACCTCAT
1 -TTCAAAAG--CCTTAT-TACTC---A-CTTTA--AATGGTTTTATAAT-CTCAT--------A-
* * * *
9589 ATATGATTTTAAGTCGAATATTTTTACATTTTTGATTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTGCCC
46 AT-TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * ** * * * * **
9654 TAGGAAAAATGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAATTGTAGTAACCCATTCCTTC
110 TA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
* * * * * * *
9719 -AAAAGCCTTACTGCTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATAATT
174 GAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * * *
9783 TTTACATGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTGAA-AAGCATGAAGAAAAA-C
237 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAAAAAAAGC
* * * * * * *
9846 CTGTTGATTGGCAAGAAAAGACTAGTTATAGTCACCTAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
301 C-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
9911 TAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACTG
365 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAACAG
* *
9976 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CC
428 ATTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * *
10039 CATTTACGGTTACCTAAGCC
492 AATTTATAGTCACCTATGCC
** ** * *
10059 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAAT-
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* ** * * *
10122 TTTTTAATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGGGAAACATG-AGAGAA
65 TTTTT-ACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGA-AA
* * ** * * ** **
10186 AAGCCATTCATTAGCTAGAAAAGTTCAATTATAGTC-TCTCATTCCTTC-AAAAGCCTTGCTACT
126 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACT
* * * * * ** *
10249 CACTTTAAATGGATTTGTAATCTGATAACTT-ATTTTAAGTTGAATGTTTTTGATACGTTTGGTT
189 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * *
10313 GAAACAGGTTATAATTGAATGTTTGCCCT-AGAAAACATG-AAGAAAAGCCCATTCATTGGTAAG
252 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAAAAAAAG-CCATTCATTGGCAAG
* * * * ** *
10376 GAAAGCCTATTTATAGTCAGCC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTCTTTTTAAATGGTTTTAT
315 AAAAGCCCATTTACAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
10440 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATT
378 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
10505 GTTTTCCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTACAATCACT
441 GTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACC
***
10569 TAAAAC
506 TATGCC
** * * * *
10575 TTTGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * *
10639 GTTTTACACTTTTT-GTTAAAACAGATTATAAATGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAAAAAAA
66 -TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * *
10703 TGCTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAACCCATGCGTTC-CAAAGTGTTATTACTC
128 -GCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-ACCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTC
* * * * * *
10767 GTTTTAAATTGTTTTATAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
190 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* ** * **
10831 AACATATTATAATTGAATGTTT-CTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTTAGAAA
254 AACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * ** * * * * *
10895 AGTCCAATTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAATATTTTTGTAATC
318 AGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * **
10959 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTACGATAGTTTATAATCAAATGCT
382 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTA-AACAGATTATAATTGAATG-T
** ** * *
11024 TT-CCTTA-GAAACAAAAAG-AAAATTTGTTCATTGGCAAGAAAAGGCC-ATTTATAGTCAGCC-
443 TTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCA-CCT
* *
11084 AAGAC
507 ATGCC
** * * *
11089 TTCGGAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTC-------A---T-A-TT---TA-
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * * *
11138 ---T--ATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTTAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * * *
11198 AATTAATTGGCAAGAAACGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGCTT
* * * * ** * * *
11262 TAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTAATTTTAAGTTGAATAGTTTTATATTTTTGGTTAACACAG
194 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
11327 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGCCAATCATTGG-AAGAGAAGCCCA
259 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * *
11391 TTTACAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAC
324 TTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * *
11456 TGATTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-GATTAAGACATATTATAATTGAATGCCTGCCATGG
389 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG
* * * *
11520 GAAATATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAA-AAGAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCG
452 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCAATTTATAGTCACCTATGCC
** * *
11578 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGCCTCCT-ATATGATTTTAAGTTCAATA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* * * *
11642 TATTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAGGAAAAA
65 TTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAA
* ** * ** *
11707 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCACTCT-TTCTTTCG-AAAGCCTTATTACTCG
128 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCG
* * * * *
11770 TTTTAAATGGTTTTGAAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATATTTGGTTAAAA
191 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
11834 TAG-TTCATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGGCCACTCATTCGCAAGAAAAT
256 CAGATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
11898 CCTATTTACAATCACCTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
320 CCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* **
11963 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATAGCCTGCC
385 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAAT-GTTTGCC
* *
12028 TTAGGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAGAAG-CCCATTTATAGTCA-CTCATG
448 TTAGGAAACA-TGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCAATTTATAGTCACCT-ATG
*
12089 CA
510 CC
** * *
12091 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTATGTTGAATA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* * * *
12155 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAT-AAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAACATGAAGAAAAA-
* * *** * **** * * *
12219 GCCATTTATTGGTAAGAAAAGTTTATATATAGTCACCCCTTCTTTTG-AAAGCTTTATTACTCGT
128 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAGC-TTATTACTCGC
* *
12283 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
192 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * ** * *
12347 AGATTATAATT-AATTGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAGAAGT
257 AGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * * * * * * *
12411 TCATTTATAGTCACCCATA-CGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAACCTCA
321 CCATTTACAGTCACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
12475 T-ATATGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTTTTC
385 TAAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
** ** * * * * * * * * *
12539 CTTAGGAAATGTGAAGGTAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAATCCTATTT-TAGTAACCCATTCT
447 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTTATAGTCACCTATGCC
* * * *
12603 TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATGA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-A
* * * * * * * *
12668 TTTTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAC
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * *
12732 CCATTTATTGACAAGAAAAGACCATGTATAGTCACCCAAGGCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCT
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGCT
* * * * *
12796 TTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATTTTTGGGTTAAAAA
193 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAC
* * * * *
12861 AAATTATAATTCAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
257 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
********** ** *
12926 CATTTACAGTCACCTNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATG
322 CATTTACAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* *
12991 ATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-GATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
387 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAG-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * * * * * *
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13165 ANNNNNNNNN
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** ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * * *
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* * * * *
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** ** *
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* * *
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**
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * * * **
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-A
*
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** * * *
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* * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * *
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* * *
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* * * * *
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1 -TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
* ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
6965 ATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAGA
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* * * * * * * *
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* ** *
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* * * **
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** ** * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
** * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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*** * * * *
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** * **
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* * * * * * **
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* *
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** * * *
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*
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* * ** ** * ** ** * *
9182 CCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCT
63 --TATTTTTA--CATTTTTG--GTT-AAAA-CAGATTA-T--AATTGAAT-G--TT-T--GC-CT
*********** *** * * ** *
9247 TAATTGATTNNNNNNNNNNTATTTGTACATT-TTTGG--TTAAAA-TCAATTATAATTGAATGTT
110 T-A--GA--AAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-T-A-T--A-G-T
* *
9308 TACCTCGAGAAACA
162 CACCT--AG---CC
** * * *** ** ** * * **
9322 TGAAGAAAAAGCC--ATTCATTGGCAAGAGAA-GCCCATTTACAATCACCA-AA--GCCTTCGAA
1 T---TCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTA-AATG--GTTTTGTAATC-TCATAATTG-ATT-TTA
* * * * ** * * * *
9381 AGACTT-AACACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTAC
56 AG--TTGAATA-T--TTTTACAT--TTTTG--GT-T-AAAACAGATTATAA-TTGAA-TGTTTGC
* * * * * * *
9445 ATTTTTAGTTAAAAAAT-ATTAAAATTAAATGTC-TACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CCAT
108 ---CTTAG--AAAACATGA--AGAA--AAA-GCCATTCATTG-G---C---AAG-AAAAGTCCAT
* * * **
9507 TCATTGACAAGATAAGTCC
155 TTATAGTC-ACCT-AG-CC
* * * * ** * * * * * *
9526 ATT-TATAGTTACGTATGTGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAACCTCAT
1 -TTCAAAAG--CCTTAT-TACTC----GCTTTA--AATGGTTTTGTAA---TCTCATAA--T--T
** * * *
9589 -ATATGATTTTAAGTCGAATATTTTTACATTTTTGATTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTGCC
49 GAT-T--TTAA--GTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * * *
9653 CTAGGAAAA-ATGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAATTGTAGTAACCCATTCC
109 TTA-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-GCC
* * * * * *
9716 TTCAAAAGCCTTACTGCTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATAA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-A
* * *
9781 TTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCCTT-GAAAAGCATGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAA-CATGAAGAAAAA
* * * * * *
9845 -CCTGTTGATTGGCAAGAAAAGACTAGTTATAGTCACCTAAGGC
129 GCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AGCC
* * *
9888 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * *
9953 TTTTATATTTTTGGCTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTAG-AAACATGAAGAAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGAAAACATGAAGAAAAAG
* * ** *
10017 CCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTACGGTTACCTAAGCC
130 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AGCC
** * * * *
10059 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAAT-
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* ** * * * *
10122 TTTTTAATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGGGAAACATG-AGAGAA
65 TTTTT-ACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGA-AA
* * * * * *
10186 AAGCCATTCATTAGCTAGAAAAGTTCAATTATAGTC-TCTCATTCC
127 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-A-GCC
** * * * *
10231 TTCAAAAGCCTTGCTACTCACTTTAAATGGATTTGTAATCTGATAACTT-ATTTTAAGTTGAATG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATA
* ** * * *
10295 TTTTTGATACGTTTGGTTGAAACAGGTTATAATTGAATGTTTGCCCTAGAAAACATGAAG-AAAA
65 TTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
* * *
10359 GCCCATTCATTGGTAAGGAAAG-CCTATTTATAGTCAGCCAAGCC
129 G-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CCTAGCC
** * * *
10403 TTCAAAAGCCTTATTACCTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAAT-
1 TTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
* * * * * *
10467 TGTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTTTCCTTA-AGAAACTTGAAGAAAA
65 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-AAACATGAAGAAAA
* * * * * **
10531 AGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAATCACTTAAAAC
128 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AGCC
** * *
10575 TTTGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * * *
10639 GTTTTACACTTTTT-GTTAAAACAGATTATAAATGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAAAAAAA
66 -TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAA
* * * *
10703 TGCTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAACCCATGCG
129 -GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTA-GCC
* ** * * * * * *
10748 TTCCAAAGTGTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATA
* * *
10812 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTT-CTCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTTAGAAAACATGAAGAAAAA
** * * *
10876 GCCATTCATTGGTTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCT
129 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-GCC
* **
10919 TTCAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * ** * * ** **
10983 TTTTTTACATTTTTCGTTACGATAGTTTATAATCAAATGCTTT-CCTTAG-AAACAAAAAG-AAA
64 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAA
**** * * *
11045 ATTTGTTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAGCCAAGAC
128 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTAGCC
** *
11089 TTCGGAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
11134 TTTATATTTT
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGCC
Found at i:9742 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9159--11133 Score: 1649
Period size: 172 Copynumber: 11.5 Consensus size: 170
9149 ATAGTTTTAT
* * * * * *
9159 AAGCCATTCATTCGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTC
1 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ********** * *
9223 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTNNNNNNNNNNTATTTGTACATTTTTGGTTAAA
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* *
9288 ATCA-ATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAACATGAAGAAA
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
9459 AATATTAAAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAA
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* * * ** ** *
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* * *
9565 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTCGAATATTTTTACATTTTTGATTAAA
66 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
9736 CTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTTAATAATTTTTACATGTTT-AGTTAA
66 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTGA-TTAA
* *
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* * * * * * * * *
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* * **
9907 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAA
65 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAA
*
9972 ACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTA-GAAACATGAAGAAA
129 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTAGGAAACATGAAGAAA
* * ** * * * ** *
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1 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
10079 CTTTAAATGGTTTTATTACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTTATTAA
66 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACA-TTTTTGATTAA
* * *
10143 AATAGATTATAATTGACTGTTTGCCTTGGGAAACATG-AGAGAA
128 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGA-AA
* * * * * * * ** *
10186 AAGCCATTCATTAGCTAGAAAAGTTCAATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGCTACTCA
1 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** * *
10251 CTTTAAATGGATTTGTAATCTGATAACTT-ATTTTAAGTTGAATGTTTTTGATACGTTTGGTTGA
66 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-ACATTTTTGATTAA
* * *
10315 AACAGGTTATAATTGAATGTTTGCCCTAGAAAACATGAAG-AA
128 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAA
* * * *
10357 AAGCCCATTCATTGGTAAGGAAAG-CCTATTTATAGTCAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACC
1 AAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-C
** * * * *
10421 TCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAGATTTTT-AGTT
63 TCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGA-TT
* * * * *
10485 AAAACAAATTATAATTGATTGTTTTCCTTAAGAAACTTGAAGAAA
126 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAA
* * * * ** *** ** *
10530 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAATCACTTAAAACTTTGAAAGACTTATTACTCG
1 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
*
10595 CTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACACTTTTTG-TTAAA
66 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTGATTAAA
* * * *
10659 ACAGATTATAAATGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAAAAA
129 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAA
* * * * **
10701 AATGCTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAACCCATGCGTTCCAAAGTGTTATTACT
1 AA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
10766 CGTTTTAAATTGTTTTATAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
64 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTA
* *
10830 AAACATATTATAATTGAATGTTT-CTCTTGGGAAACATGAAGAAA
127 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTTAGGAAACATGAAGAAA
** * * * *
10874 AAGCCATTCATTGGTTAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-CA
1 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-
* **
10938 ACTTTAAATATTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCG-TTA
65 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTT-GATTA
** * * ** **
11002 CGATAGTTTATAATCAAATGCTTT-CCTTA-GAAACAAAAAG-AA
127 AAACAGATTATAATTGAATG-TTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAA
**** * * * * ** *
11044 AATTTGTTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAGCCAAGACTTCGGAAGGCTTATTACTCG
1 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
11109 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
66 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
11134 TTTATATTTT
Statistics
Matches: 1446, Mismatches: 310, Indels: 97
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 219 0.15
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAA
Found at i:12153 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11134--13164 Score: 1844
Period size: 171 Copynumber: 11.9 Consensus size: 170
11124 TAATCTCATA
* * * * * ** *
11134 TTTATATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATTTAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCA
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * *
11199 ATTAATTGGCAAGAAACGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
11263 AAATAGTTTTATAATCTCCTAATTAATTTTAAGTTGAATAGT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * *
11305 TTTATATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * * *
11370 AATCATTGG-AAGAGAAGCCCATTTACAATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
11434 AATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAAT-TT
130 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * ** * *
11474 TTTATATTTTTGATTAAGACATATTATAATTGAATGCCTGCCATGGGAAATATGAAG-AAAAGCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGCC
* * *
11538 ATTCATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
65 ATTCATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * *
11602 AAATGGTTTTATAGCCTCCT-ATATGATTTTAAGTTCAATATA
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATT
* *
11644 TTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAGGAAAAAG
1 TTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAA-ATGAAGAAAAAG
* ** * * * * * *
11708 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCACTCTTTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTT
63 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
11773 TAAATGGTTTTGA-AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
128 TAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * * *
11815 TTTACATATTTGGTTAAAATAG-TTCATAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGGC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGC
* * * * * * * * *
11879 CACTCATTCGCAAGAAAATCCTATTTACAATCACCTAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
11944 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* **
11985 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATAGCCTGCCTTAGGAAAAGTGAAGAAAAAGC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTGCCTTAGGAAAA-TGAAGAAAAAGC
* * *
12050 CATTCATTGGCAA-AAGAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
64 CATTCATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
12114 TAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTATGTTGAATATT
128 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * *
12157 TTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAT-AAGAAAAAGGC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAA-GC
* * *** * * * ** * *
12221 CATTTATTGGTAAGAAAAGTTTATATATAGTCACCCCTTCTTTTGAAAGCTTTATTACTCGTTTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
12286 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * *
12327 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AATTGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGC
** * ** * * *
12391 CATTCATTGATAAGAGAAGTTCATTTATAGTCACCCATACGTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
12456 CAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAATCTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * **
12498 TTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTAGGAAATGTGAAGGTAAAGCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * *
12563 ATTTATTAGCAAGAAAAATCCTATTT-TAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
65 ATTCATTGGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
12627 AAATGATTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATGATT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-ATT
* * * * * * * *
12670 TTTATAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAACCC
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
12734 ATTTATTGACAAGAAAAGACCATGTATAGTCACCCAAGGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
65 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC-ATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
12798 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGT-TT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATT
* * * * **
12840 TTTACATTTTTGGGTTAAAAAAAATTATAATTCAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGC
1 TTTACATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA-ATGAAGAAAAAGC
* *********** **
12905 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCATTTT
64 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
12970 AAATAGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGAATATT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * *
13012 TTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GATAAACTTGATG-AAAAG
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGA-AAA--TGAAGAAAAAG
* * * * * * ** * *
13074 TCTAGTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTCACAATCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGC
63 -CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
13138 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT
126 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
13165 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 293, Indels: 88
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 133 0.09
170 418 0.27
171 662 0.43
172 289 0.19
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
Found at i:14276 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13666--14678 Score: 717
Period size: 172 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
13656 NNNNNNNNTA
* * * *
13666 TAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGA
1 TAACCTCATAAT-TGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *** * ** * * *
13730 ATGTCTACCTTATAAAATATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGGTTCATATATAGT---
64 ATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * **
13792 -CATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTG
128 CCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
* * **********
13833 TAATCTAATANNNNNNNNNNAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AA
1 TAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
13896 TTGTCTGCTTTGAGAAACGTG-AAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAC
65 -TGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * *
13960 TTATGCGTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTA
128 CCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
*********** * * *
14002 TAACCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
1 TAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * * * * ** *
14067 TGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAATTGCAGTCACT
65 TGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
14132 CATTTC-TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTG
129 CA-TGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
*
14173 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA
1 TAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGA
* * *
14238 ATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAATCTATTCATTGGTAAGAAAAGACCATTTATAGTCAC
64 ATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ***
14303 CCAAG-GCTTCGAAAGCCTTATTACTGGGTTTAAATGGTTTTG
128 CCATGCG-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
* ********** *
14345 TAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
1 TAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * *
14410 TGTTTGCATTT-AGAAACAT-AAAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACC
65 TGTTTGC-TTTGGGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
14472 TAAGCCGTT-GAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTAG
129 CATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-G
*
14514 -AACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTG
1 TAACCTCATAAT-TGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACA-TTT-TTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** ** * *
14577 AATATTTACCTTGGAAAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGTTAGAAAAGTTCAATTATAGTCA
63 AATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
14642 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATG
127 CCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
14679 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 156, Indels: 49
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 35 0.05
166 44 0.07
167 16 0.02
168 88 0.13
169 93 0.14
170 61 0.09
171 132 0.20
172 194 0.29
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTG
Found at i:14660 original size:340 final size:333
Alignment explanation
Indices: 14024--14667 Score: 700
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
14014 NNNNNNNAAG
* **
14024 TTGAATAT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTGA
1 TTGAAT-TCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGA
** * * ***
14088 AGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCAATTGCAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTACT
65 AGATAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAACCCAATTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACT
*
14153 ACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGA
130 ACTCACTTTAAATGATTTTGTAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGA
* * * * * * *
14218 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAAAAAAATCTATTCATTGGTAAG
195 TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
* * *
14283 AAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTGGGTTTAAATGGTTTTGTAA
260 AAAAGACCAATTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTTACTACTGGGTTTAAATGGTTTTGTAA
14348 TCTCATAAT
325 TCTCATAAT
* * *
14357 TNNNNNNNNNNTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCATTTA
1 T----------TGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTTA
* *
14422 -GAAACAT-AA-A-AAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCAC-CTAAGCCGTT-
55 GGAAACATGAAGATAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAACCCAATTACAGTCACTC-AAGCC-TTC
* * * *
14481 GAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTAG-AACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGAAT-TT
118 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTT-GTAACCTCATAAT-TGATTTTGAGTTGAATGTT
**
14543 TTTTACATTTTCTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAGGAAAAA
181 TTTTACA-TTT-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAA
* ** **
14607 GCCATTCATTGGTTAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCC-ATTCTTTCAAAAGCCTTACTACT
244 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGACCAATTATAGTCACCCAAGGC-TTCAAAAGCCTTACTACT
14668 CACTTTAAAT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 37, Indels: 31
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
339 14 0.05
340 178 0.70
341 7 0.03
342 3 0.01
343 49 0.19
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
TTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAA
GATAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAACCCAATTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTA
CTCACTTTAAATGATTTTGTAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGAT
TAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
AAAGACCAATTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTTACTACTGGGTTTAAATGGTTTTGTAAT
CTCATAAT
Found at i:14898 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 13855--14868 Score: 1105
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 503
13845 NNNNNNNNAG
*
13855 TTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTGCTTTGAGAAACGTGAA
1 TTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTGCTTTGAGAAACATGAA
* * * * * * *
13919 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCGTTCGAAAGCTTTATTAC
66 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCGTTCGAAAGCCTTATTAC
* * **********
13984 TCACTTTCAATGGTTTTATAACCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
131 TCACTTTAAATGGTTTTAGAACCTCATATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
* * * ** *
14049 AAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGATAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
196 AAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* *
14114 AATCCAATTGCAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCT
261 AATCCAATTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCT
* * *
14179 CATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
326 CATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
14244 GCTTTGGGAAACATGAAAAAAAATCTATTCATTGGTAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGG
391 GCTCTGGAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGACCATTTATAGTAACCCAAGC
* * *
14309 CTTCGAAAGCCTTATTACTGGGTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
456 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
14357 TNNNNNNNNNNTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTGCATTT
1 T----------TGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AATTGTCTGC-TTT
14421 -AGAAACAT-AAAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCCGTT-G
54 GAGAAACATGAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAG-CGTTCG
* * *
14482 AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTAGAACCTCATATATGATTTTGAGTTGAATTTTTTT
118 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAACCTCATATATGATTTTAAGTTGAATATTTTT
* *
14547 ACATTTTCTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTT-GGAAAACATGAGGAAAAAGCCA
183 ACATTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCA
** * * *
14611 TTCATTGGTTAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCA-TTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
246 TTCATTGGCAAGAAAAATCCAATTACAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
********** * * *
14675 AATGNNNNNNNNNNCTGATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCTGCATTTTTTG-TTGAAATAG
310 AATGATTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCTACA-TTTTTGATTAAAATAG
* * * * * * * *
14739 GTTATAATTGAATGTTTGC-CTGAGAAAACTTGAAGAAAAGCCCATTTATTTGTAAG-GAAGGCC
374 ATTATAATTGAATGTTTGCTCTG-GAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGACC
* *
14802 TATTTATAGTAAGCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
438 -ATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
14867 AT
502 AT
14869 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 75, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
502 1 0.00
511 103 0.25
512 258 0.62
513 50 0.12
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (503 bp):
TTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTGCTTTGAGAAACATGAA
AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCTAAGCGTTCGAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTAGAACCTCATATATGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
AAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
AATCCAATTACAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCT
CATAACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
GCTCTGGAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGACCATTTATAGTAACCCAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Done.