Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399381.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2646.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 8473 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:302 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--405 Score: 427
Period size: 174 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
* * *
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-AGTCGAGAAATATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGCA
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACA-TTGAGAAATATGAAGAAAAAGC-ATTCATTAGCA
* * * ********** *
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTAT
64 AGAAAACTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* * * *
130 TATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAAACTTTTTTG
129 TATCTCAAAATTAATTTTAAG-TCAATTTTTTT--AACATTTATC
* *
175 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGAAAACGGCATTCATTTGCAA
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGAAAA-AGCATTCATTAGCAA
* *
240 GAAAACTCTATTTATAGTCTTCC-ATTCTTTCAAAAGCCTTAATGCTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
65 GAAAACTCTATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
* *
304 TATCTCATAATTAATTTTAAGTCAATTTTTTTTACATTTATC
129 TATCTCAAAATTAATTTTAAGTCAATTTTTTTAACATTTATC
* * * * * *
346 ATTGAAATAGACTATAATTGAGTGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAG-AAAAAGCATTCATT
406 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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172 4 0.02
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174 118 0.61
175 6 0.03
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GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAG
AAAACTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAAAGGTTTTATTA
TCTCAAAATTAATTTTAAGTCAATTTTTTTAACATTTATC
Found at i:3459 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 3421--3469 Score: 55
Period size: 13 Copynumber: 3.6 Consensus size: 13
3411 CTGGAACTTA
3421 AAGAAGAAGAAGAAG
1 AAGAA-AAGAA-AAG
*
3436 AAGACAAGAAAA-
1 AAGAAAAGAAAAG
3448 AAGCAAAAGAAAAG
1 AAG-AAAAGAAAAG
3462 AAGAAAAG
1 AAGAAAAG
3470 TATTGCTTTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
12 3 0.10
13 15 0.50
14 8 0.27
15 4 0.13
ACGTcount: A:0.71, C:0.04, G:0.24, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAGAAAAGAAAAG
Found at i:7887 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7333--8064 Score: 662
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
7323 GTTTTTGGGT
* * * * * *
7333 TTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTATAA
1 TTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
7398 ATATTTTTATAATATCATAATTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACT
** * *
7463 ATAA-TCGAATGTCTATTTTAAAAAACATAAAGAAAAATACA
131 ATAATTC-AATGTCT-CCTTAAGAAACAT-AAGAAAAAGACA
* * * * *
7504 TTCA-TTAGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTATTCACCTT
1 TTTATTTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
7567 AAATGGTTTTATAAATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAA
64 AAATAG-TTT-T--ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * ** ** * *
7631 ATAGATTATAATTAAATGTCTACGTTGTGAAATGTGAACAAAAAGGCA
124 ATAGACTATAATTCAATGTCT-CCTTAAGAAACAT-AAGAAAAAGACA
* ** *
7679 TTGATTGGGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCGT-CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
1 TTTATTTAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-TCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ** * * *
7742 AAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTCAAACAT
64 AAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* *
7805 ACTATAATTCAATG-CGTCCTTCAAGAAACATATAGAAACAGCCA
128 ACTATAATTCAATGTC-TCCTT-AAGAAACATA-AGAAAAAGACA
* *
7849 TTTATTTTGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
7914 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAC
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAC
* * * *
7978 TATAATTAAATGTTTGCCTTTAGAAACTTGAAGAAAAATG-CA
130 TATAATTCAATGTCT-CCTTAAGAAACAT-AAGAAAAA-GACA
* * * *
8020 TTCA-TTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 TTTATTTAG-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAA
8065 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 78, Indels: 54
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.03
170 133 0.29
171 157 0.34
172 12 0.03
173 2 0.00
174 9 0.02
175 117 0.26
176 12 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
TTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACT
ATAATTCAATGTCTCCTTAAGAAACATAAGAAAAAGACA
Found at i:9229 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8871--9232 Score: 491
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
8861 NNNNNNNNNN
* * * * *
8871 TTACTCACTTTAAACGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTAATGTGCAATTGTTTTTACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATATCATAATTGATTTAATGTGCAATTGTTTTTACAGTTTT
* * * * *
8936 GGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATTAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
66 AGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATA
9001 AAGAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
131 AAGAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
** *
9043 TTACTCGGTTTAAATGGTCTTATAATATCATAATTGATTTTAA-GTTCAATT-TTTTTAACAGTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATATCATAATTGA-TTTAATGTGCAATTGTTTTT-ACAGTT
* * *
9106 TTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGACATTCATTG
64 TTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTG
*
9170 AT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTGACGC-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
128 ATAAAG-AAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTA
9215 TTACTCACTTTAAATGGT
1 TTACTCACTTTAAATGGT
9233 TTTACAATCT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 19, Indels: 10
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 14 0.08
172 146 0.88
173 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
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TTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATATCATAATTGATTTAATGTGCAATTGTTTTTACAGTTTT
AGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATA
AAGAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:10088 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9766--10091 Score: 422
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
9756 NNNTTTATAT
* * *
9766 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACGTATAGAAAAACCCATTTATT
1 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAACCCATTGATT
* * * * * * * * * *
9831 TGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTTCTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
66 TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATT
*
9896 TTATCATCTCATAACTGATTTTAAGTTGATCTTTTTTGCA
131 TTATCATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGATCTTTTTTGCA
* * * * *
9936 TTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTGA-AGCAAAACGCATTGA
1 TTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAACCCATTGA
*
10000 TTTTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGA
64 TTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGA
*
10065 TTTTAT-ATTCTCAAAATTGATTTTAAG
129 TTTTATCA-TCTCAAAACTGATTTTAAG
10092 GTCAATTTGT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 21, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.05
171 124 0.94
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTATAGAAAAACCCATTGATT
TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATT
TTATCATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGATCTTTTTTGCA
Found at i:13293 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13010--14967 Score: 1714
Period size: 172 Copynumber: 11.4 Consensus size: 171
13000 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
13010 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTCA-TTAAAGCAGACGATAATTCAATTTTTACCTCC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-T
* * * * * * * **
13072 G-GAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTTG-AAGAAAAGT-TCACTTATAGTCTCTCATTTTTT
65 GAGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
13134 CAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAAT
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
13179 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCT-CTCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CT
** * * * * *
13242 CAAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTATGTTTATAGTCACCCATTTCTTC
64 TGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
13307 AAAAGCCTTATTACTCATTTTACATAGTTTTATATTCTCA-AAT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * **
13350 TCATTTTATG-TGTAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGCATAATTGAATGTCTACCT
1 TGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** ** * * *
13414 TGACAAATGTGAAGAAAAAAGTTTTTATTGGCAACAAAAGT-TCATTTATAGTCACCTATTCCTT
64 TGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTT
** * * *
13478 CAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCACAAA
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
13523 TGACTTTAAGTTCAATTCATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCT
1 TGATTTTAAGTTGAATT--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * **
13588 CTG-GTAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACATATTCCTT
64 -TGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
13652 -AGAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAAT
127 CA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
13697 TGATATCAAGTTTAACTATATTTTTAC-TTTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACA
1 TGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * ** * * * * ***
13761 TTGAGAAATTTGTAGAAAAACCCATTTGTTTAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGCCTTTCATTCCT
63 TTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
13825 TCACAAGCCTTCTTATTCAATTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
126 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
13871 TCATTTTATG-TGCAATTTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTAAAAGTCTAC
1 TGATTTTAAGTTG-AA---TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
13935 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTTATTAGCAACG-AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCC
62 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
* ** *
13999 TTCAAAAACCTTATTGTTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
125 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
14046 TGACTTTAAGTTTAATTTGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-
1 TGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
14110 TCAGGAAACAAGATGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTA
64 TGA-GAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
14175 AAAAACCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * **
14219 TGATATTAAGTTCAATTCTTGTTTTAC-TTTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TT-TTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
14283 TTGAGAAACTTGCAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGCCCATGTATAG-CATCCCATTCC
63 TTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATTCC
* * *
14346 TTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
125 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
14393 TGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTT-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
*
14457 ATGAAACCT-AAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTT
66 A-GAAACATGAAGAAAAAA--CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTT
* *
14520 CAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
127 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
14565 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTTGCCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCT
** * * * *
14626 CAAG-CA-ATGCATAGAAATATATCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTC
64 TGAGAAACATG-A-AGAAA-A-A-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC
* * **
14689 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
124 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
14737 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
14801 AGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATT-GCTAATAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTACTTCA
66 AGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
14865 AAAGCCTTATTACTCAATTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAAT
129 AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
14909 TGATTTTGAGTTCAA-TTTTTTTACTTTTTTAATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
14968 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1459, Mismatches: 261, Indels: 135
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 18 0.01
170 51 0.03
171 96 0.07
172 520 0.36
173 226 0.15
174 398 0.27
175 141 0.10
176 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
AGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:14349 original size:522 final size:513
Alignment explanation
Indices: 13135--14967 Score: 1925
Period size: 522 Copynumber: 3.5 Consensus size: 513
13125 TCATTTTTTC
* * * * * *
13135 AAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATATTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
13199 TTACATTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCT-C-TCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAT
65 TTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT-T-GAGAAACTTGAAGAAAAAC
* * *
13262 ACATTCATTGGTAAGAAAAG--TATGTTTATAGTCA-CCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
127 CCATTCATTGG-AAGAAAAGCCCATG--TATAG-CATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
13324 TTTTACATAGTTTTATATTCTC-AAATTCATTTTATGTGTAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
188 ATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTATGTGCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * ** ** *
13388 AACAGAGCATAATTGAATGTCTACCTTGACAAATGTGAAGAAAAAAGTTTTTATTGGCAACAAAA
253 AACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTTATTGGCAACGAAA
* *
13453 GTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAATCTC
318 GTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
13518 ACAAATGACTTTAAGTTCAATTCATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATATC
383 ATAATTGACTTTAAGTTCAATT--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT-TC
* * ** *
13583 TACCTCTGGTAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACAT-AT
445 TACCTC-GGAAACAAGATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCAC-TCAT
13647 TCCTTA
508 TCCTTA
* * * * *
13653 GAAAACCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATATCAAGTTTAACTATAT
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTGAA-T-T-T
* * * *
13718 TTTTAC-TTTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAATTTGTAGAAAAAC
63 TTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACTTGAAGAAAAAC
** * * * ** * * *
13782 CCATTTGTTTAGAAGAAAAGCCCATTTATAGCCTTTCATTCCTTCACAAGCCTTCTTATTCAATT
127 CCA-TTCATTGGAAGAAAAGCCCATGTATAGCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATT
* *
13847 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTCATTTTATGTGCAATTTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
191 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTATGTGCAA--TTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* *
13912 ACAGAGTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTTATTAGCAACGAAAG
254 ACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTTATTGGCAACGAAAG
* **
13977 -TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTGTTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
319 TTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
14041 ATAATTGACTTTAAGTTTAATTTGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
383 ATAATTGACTTTAAGTTCAA-TT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT-TC
14106 TACCTCAGGAAACAAGATGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATT
445 TACCTC-GGAAACAAGATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATT
14170 CCTTA
509 CCTTA
* *
14175 AAAAACCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTCTTG
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTGAA-T-TT-
* * * *
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63 TTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACTTGAAGAAAAAC
* * *
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* * * ** * * *
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191 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTATGTGCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
14433 AGATTATAATTCAATGTCTACCTT-ATGAAACCT-AAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAA-GAAAA
256 AGAGTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAA-GAATTTATTGGCAACG-AAA
* * * *
14495 GTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC
318 GTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * *
14560 ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATTCTT
383 ATAATTGACTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATTC-T
* * ** * * * *
14622 GCCTC--AAGCAATGCATAGAAATATATCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCC
446 ACCTCGGAAACAA-G-AT-GAAA-A-AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTC
*
14685 ATTCCTTT
506 ATTCCTTA
* * * * *
14693 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
14758 TACATTCTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCAT
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACTTGAAGAAAAACCCAT
* * * * * * *
14823 TCATTGCTAATAAAAGTCTATTTATAG-TTACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTTA
131 TCATTG-GAAGAAAAGCCCATGTATAGCAT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAA-TTTA
* * * * * *
14887 AATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGA-GTTCAA--TTTTTTTACTTTTTTAATTAAAGCA
193 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTT-ATGTGCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* *
14949 GATTATAATTGAATGTCTA
257 GAGTATAATTAAATGTCTA
14968 NNNNNNNNNN
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AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACTTGAAGAAAAACCCAT
TCATTGGAAGAAAAGCCCATGTATAGCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAAT
GGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTATGTGCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGT
ATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTTATTGGCAACGAAAGTTCATTT
ATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
CTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATTCTACCTCGGAAA
CAAGATGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATTCCTTA
Found at i:16168 original size:172 final size:171
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15872 NNNNNNNNNN
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* * * * **
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********** *
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* *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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1 TTCAATTTTTTT-TACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTCGAGAAACATG
* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TTCAATTTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACATG
* * *
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64 AAGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
*
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* * * * *
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1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACATGA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCGA-GAAACATG
* * * * *
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* * * * * *
16867 TACTCACTTTTAATAATTTTATAATCTCAAAATAGATGTGAAG
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** * * * * * *
16910 TTTTATTTTTTTTACTTTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGT
1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAACATGA
** * * * ** * * * *
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65 AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
17040 ACTCACTTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
17082 TTAAATTTTTTATA-TTTTTCA-TTAAAATAGATTAATAATTGAATATCTACCCTGA-AAA-ATG
1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACTC-GAGAAACATG
* ** * * * * * *
17143 TGAGAAAAAATACATTCATTGGTAATAAAAGCCTATTTATTG-CTACACATTCCTTCAAAAGCCT
64 -AAG-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
17207 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAG
126 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
17253 TTCAATTTTTTTTACTTTTCTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTACT-GAGAAACGT-
1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG--TCTACTCGAGAAACATG
** * * * * * * ** * * *
17316 ATAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGATAAGCCCATTTATAGTCTTCTATCCCTTCAAAAACCTTA
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* * * **
17381 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCGTAATCAATTTTAAG
128 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** * ** *
17425 TTGAA-TTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATACCTGCCTTAAGAAACGTG
1 TTCAATTTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTCGAGAAACATG
* * * * * * *
17488 AAGAGAAATGCATTCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTAT
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* *
17553 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
129 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
17596 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACATCCAGAAACAAGA
1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TCGAGAAACATGA
* ** * * *
17661 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTACTCTTTCAAAAGCTTTAT
65 AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
**
17725 TACTTGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 TACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
17768 TT-AAATTCTTTTA-TATTTTGGTTAAAATAGACTATCATTGAATGTCTTACTCGAGAAACGTGA
1 TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACTCGAGAAACATGA
*** * *
17831 AGAAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATAC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
65 AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
17895 TATTC-GTTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGG
129 TACTCACTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
17938 TTGAATTTTTT
1 TTCAATTTTTT
17949 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.39
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TTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTCGAGAAACATGAA
GAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:16514 original size:343 final size:340
Alignment explanation
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16022 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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128 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * * *
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** *
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* ** *
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* * * * *
16375 TAATCTCATAGTTGATTTTAAATTTAATTTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGATTACAAATAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAA-TTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
16440 ATGTTTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GTTCA
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129 CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *** * **
16569 TTCAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATGTCGAGAAATATAA
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** * * * * *
16633 AGAAAAAGGAATTCATTGAGAAGAAAAGACCATTGATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTAT
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16697 TACTCGCTTTAAATAGTTTTA
320 TACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
16718 TAACCTCATAATTCATTTTAACTTGAA-TTTTTTATA-TTTTT-CATAAAAATAGACTATAATTA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTGC-T-AAAACAGACTATAATTG
* * * *
16780 AATGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTAATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTC
64 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
16844 ACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATAATTTTATAATCTCAAAATAGATGTGAA
128 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
** * * * *
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193 GTTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACATG
* * **
16974 TAGAAAAA-CTCATTTATTTGGAAGAAAAACCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTCCAAAAGCCTT
258 TA-AAAAAGC-CA-TTAATTGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTTAAAAG-CTT
* * *
17037 ATTACTCACTTTAAATAATTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *** * *
17060 TAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTAATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACT-ATAATTGA
* * * * ** ** * *
17124 ATATCTACC-C-TGAAAAATGTGAGAAAAAATACATTCATTGGTAATAAAAG-CCTATTTATTG-
65 ATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGGA-ATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
*
17185 CTA-CACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATAT
127 C-ACCA-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * *
17249 TAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTCTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTA-CTGAGAAA
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* * * * * * * *
17313 CGTATAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGATAAGCCCATTTATAGTCT-TCTATCCCTTCAAAAAC
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17377 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
315 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * ** * * * * *
17403 TAATGTCGTAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * * * * * * * *
17468 TACCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAGAAATGCATTCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGCCACC
66 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
17533 TATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
131 AATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
17598 CAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACATCCAGAAACAAGAAG
196 CAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACATGTA-
* * ** * * *
17663 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTACT-CTTTCAAAAGCTTTATTA
260 AAAAAGCCATTAATTGG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTT-AAAAGC-TTATTA
*
17727 CTTGCTTTAAA-AGGTTTTA
322 CTCGCTTTAAATA-GTTTTA
* * * * * * *
17746 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATA-TTTTGGTTAAAATAGACTATCATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
17810 TGTCTTA-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-AATATTCATT-AGCAAGAAAAATACATTTATAGTC
66 TGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
17872 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTC-GTTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
128 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* *
17936 GGTTGAATTTTTT
192 AGTTCAATTTTTT
17949 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 234, Indels: 99
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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CAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCGAGAAACATGTAA
AAAAGCCATTAATTGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCTTATTACTCG
CTTTAAATAGTTTTA
Found at i:17545 original size:856 final size:852
Alignment explanation
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Period size: 856 Copynumber: 2.2 Consensus size: 852
16022 NNNNNNNNNN
* ** *
16032 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTACTTCAAACAGATTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
16097 ATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 ATGTCT-CATCGAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC
* * *
16162 CCATTCCTTCACAAGCCTTATCACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
16226 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTCAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAATATGTA
192 TT-AAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTCCCTCAAGAAATATGTA
* * * * * *
16291 ATAAAAGCCATTAATTGAGAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCTATATTA
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* ** * * * * * * *
16356 CTCGCTATAGGTGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAATTTAATTTTTTTTATATTTTTTGC
321 CTCACTATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAATTCAATTTTTTTTATATTTCTAGC
* **
16421 TAAAACAGATTACAAATAAATGTTTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGAATTCATTGACAAGA
386 TAAAACAAATTACAAATAAATGTTTACCTCAAAAAATAT-AAGAAAAACCAATTCATTGACAAGA
* * *
16486 AAAGTCCATTTATGTTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
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** * * **
16551 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
515 CTCAAAATCAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATACC
** * * *
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* * *
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* * *
16746 TTTTTATA-TTTTTCA-TAAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCT-CATGAAACATGAAGAAA
710 TTTTTATACTTTTTCAGTAAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCCA-GAAACAAGAAGAAA
*
16808 AAGGCATTAATTGGAAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACT
774 AAGGCATTAATTGGAAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTACT-CTTTCAAAAGCCTTATTACT
16871 CACTTTTAATAA-TTTTA
837 CAC-TTTAA-AAGTTTTA
* * * * *
16888 TAATCTCAAAATAGATGTGAAGTTTTATTTTTTTTACTTTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * *
16953 ATGTCTGCATTGAGAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTGGAAGAAAAACCCATTTATAGTCTC
65 ATGTCT-CATCGAGAAACATGAAGAAAAAAT-ATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC
* * * *
17018 CTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
17083 TAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTAATAATTGAATATCTACCCTGAA-AAATGTG-A
193 TAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAATACCT-CCCTCAAGAAATATGTA
* * * *
17146 GAAAAAATACATTCATTG-GTAATAAAAGC-CTATTTATTG-CTACACATTCCTTCAAAAGCCT-
256 -AAAAAAGACATTAATTGAG-AAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCT-CACATTCCTTCAAAAG-CTA
* *
17207 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACT-TT
316 TATTACTCACTATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAATTCAATTTTTTTTA-TATT
* * * * * ** * *
17271 TCTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGTA-CTGAGAAACGTAT-AGAAAAACCCATTTAT
380 TCTAGCTAAAACAAATTACAAATAAATG-TT-TACCTCA-AAAAATATAAGAAAAACCAATTCA-
* * ** * *
17334 TTG-GAAGATAAGCCCATTTATAG-TCTTCTATCCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATA
441 TTGACAAGAAAAGCCCATTTAT-GTTCACCAATCCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATA
* ** * * *
17397 GTTTTATAATGTCGTAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATA
505 GTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATA
* * * * * * * * * * *
17462 ATTGAATACCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAGAAATGCATTCATTG-GCAATAAAAGTCTATTTAT
570 ATTGAATACCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGAATTCATTGAG-AAGAAAAGACCATTGAT
* * * *
17526 AGCCACCTATTGC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
634 AGCCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTCAT
* * * * * *
17590 TTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACATCCAGAA
698 TTTAACTTCAATTTTTTATACTTTTTCAGTAAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCCAGAA
* * *
17655 ACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTACTCTTTCAAAAGC
763 ACAAGAAGAAAAAGGCATTAATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACTCTTTCAAAAGC
* **
17720 TTTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTA
828 CTTATTACTCACTTTAAAA-GTTTTA
* * * * * *
17746 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTCTTTTA-TATTTTGGTTAAAATAGACTATCATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * *
17809 ATGTCTTACTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATACATTTATAGTCTC
65 ATGTCTCA-TCGAGAAACATGAAG-AAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC
* * * *
17874 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTC-GTTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGG
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
17938 TTGAATTTTTT
192 TTAAATTTTTT
17949 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 871, Mismatches: 161, Indels: 58
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
855 41 0.05
856 653 0.75
857 53 0.06
858 120 0.14
859 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (852 bp):
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTCATCGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTCCCTCAAGAAATATGTAAAAAA
AGACATTAATTGAGAAGAAAAGCTCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCTATATTACTCAC
TATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAATTCAATTTTTTTTATATTTCTAGCTAAAA
CAAATTACAAATAAATGTTTACCTCAAAAAATATAAGAAAAACCAATTCATTGACAAGAAAAGCC
CATTTATGTTCACCAATCCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
ATCAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATACCTACCTC
AAGAAACATAAAGAAAAAGGAATTCATTGAGAAGAAAAGACCATTGATAGCCACCCATTCTTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTCATTTTAACTTCAATTTTTTA
TACTTTTTCAGTAAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCCAGAAACAAGAAGAAAAAGGCAT
TAATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
AGTTTTA
Found at i:19529 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 18700--20143 Score: 1336
Period size: 344 Copynumber: 4.2 Consensus size: 340
18690 CTTCATTGGC
* * *
18700 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GCTTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * * * *
18764 ATAATCTAATAATTCATTTTAACTTGAA-TTTTTTACATTTTTCA-TT-AAACTAGACTGTAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAC-AGACTATAATT
** * * *
18826 GAATGTCTACCTTGTGAAACATGTAGAAAAAG-CAATCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGT
128 GAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
18889 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGA
191 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT-A
* * * * **
18954 TA-TGCAATTTTTTTTA-TAGTTTAGGTTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCTA-CCTGAAGAAA
255 -AGTTCAATTTTTTTTACTATTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTATATTG-AGAAA
* * * *
19016 CATGGATAAAA-AAATTCATTTGCA
317 CATGTAGAAAATACATTTATTTG-A
* * * * * * * *
19040 AGGAAAA-TCCATTAATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGTCGTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
19104 TAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
19168 ATGTCTTCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACTTTCATTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTTAC
130 ATGTCTAC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
*
19233 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGT
194 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTAAGT
* * * *
19298 TCAATTTTTTTTTTACTCTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGCCTATATTGAGAAACGTG
258 TCAA--TTTTTTTTACTATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTATATTGAGAAACATG
*
19363 TAGAAAATGCATTTATTTGA
321 TAGAAAATACATTTATTTGA
* * * *
19383 AAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
19448 TAAACTCATAATTGATTTTTAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
19513 TGTCTAGCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTGATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATATTTA
131 TGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA
** * * * * * *
19576 CCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTTTAAACTTTATTTTAAG
193 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAG
* * * * * * * **
19641 TTCAATTTTTTTAACAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACCTAGTGA-AAAGTT
257 TTCAATTTTTTTTACTATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTA--TATTGAGAAACAT
* *
19705 G-AGAAAAAAATATTTA-TTGA
320 GTAG-AAAATACATTTATTTGA
* * * * * ** *
19725 CAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATTCCTCCAAATGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * *
19790 ATAATCTC-TAAATTTATTTTAAGTTCAATTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATT
65 ATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * * * * *
19854 AAATGAATACTTAGTGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 GAATGTCTACTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * *
19919 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTAATTTAAG
192 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA-
* * * * * * ***
19984 GCTGAA--TTTTTTAC-ATTTTTCA-TTAAAACATACTATAATTGAATGCATGCCTT-AGGAAAC
256 GTTCAATTTTTTTTACTA-TTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTATATTGA-GAAAC
* * *
20044 ATGTATAAAA-ACTCACTTATTTGG
318 ATGTAGAAAATA--CATTTATTTGA
* * *
20068 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTT
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTT
20132 ATAATCTCATAA
65 ATAATCTCATAA
20144 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 163, Indels: 80
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 71 0.08
340 51 0.06
341 108 0.12
342 142 0.16
343 173 0.19
344 352 0.39
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAGTTCA
ATTTTTTTTACTATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTATATTGAGAAACATGTAGAA
AATACATTTATTTGA
Found at i:19652 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 18632--20140 Score: 1611
Period size: 514 Copynumber: 2.9 Consensus size: 508
18622 NNTTTTCGAT
* * * * * * *
18632 TTTTGGTTAACACAAATTATACTTGAATGTCTACCCCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCCTTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-ATGAAGAAAAAGACTTTCATT
* * * *
18697 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTT
65 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTT
* * * *
18762 TTATAATCT-AATAATTCATTTTAACTTGAA--TTTTTTACATTTTTCA-TT-AAACTAGACTGT
130 TTATAATCTCAA-AATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTAT
** * * *
18822 AATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCAATCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
192 AATTGAATG-CTATATTGTGAAACGTGTAGAAAAAGCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCTATTTAT
* **
18886 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATATTCTCATAATTGATT
255 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
18951 TGA-TATGCAATTTTTTTTATAGTTTAGGTTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTGAAGAA
320 TAAGT-TG-AA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAA
* * * * *
19015 ACATGGATAAAAAA-ATTCATTTGCAAGGAAAA-TCCATTAATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGT
381 ACATGAATAAAAAACATT-ATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTAT-ATCTCCCATTCCTTTAAAAGC
* * * * *
19078 CGTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT-AC-
443 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAACTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAACA
19141 A
508 A
* * * *
19142 TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACTTTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-ATGAAGAAAAAGACTTTCATT
* * * *
19207 GGTAAGAAAATTCTATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
65 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTT
* *
19272 TTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTTTAC-TCTTTTAGTTAAAACAGATTAT
130 TTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * *
19336 AGTTGAATGCCTATATTGAGAAACGTGTAGAAAATGCATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATA
192 AATTGAATG-CTATATTGTGAAACGTGTAGAAAAAGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
19401 ATCTCTCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTT
256 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA-TT
*
19466 TTAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACA
320 TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACA
* * * *
19531 TGAAGAAAAAAGCATTGATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATATTTACCCATTCCTTTGAAAGCCTT
384 TGAATAAAAAA-CATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATCT-CCCATTCCTTTAAAAGCCTT
* * *
19596 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTTTAAACTTTATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTAACAA
446 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAACTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAACAA
* * * * * *
19658 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACCT-AGTGAAAAGTTG-AGAAAAA-AATATTT
1 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAAA--TGAAGAAAAAGACT-TTC
* * * *
19720 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATTCCTCCAAATGCCTTATTACTTACTTTAAATG
62 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG
* * * *
19785 GTTTTATAATCTCTAAATTTATTTTAAGTTCAATTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTAT
127 GTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * ** * * *
19850 AATTAAATG-AATACTTAGTGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
192 AATTGAATGCTATA-TT-GTGAAACGTGTAGA-AAAAGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTA
* * *
19914 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTAAT
254 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGAT
* ** * *
19979 TTAAGGCTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATG-C-ATGCCTTAGGAA
319 TTAA-GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTA-G-CTTAAGAA
* * *
20042 ACATGTATAAAAACTCACTTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCTCCCATT-CTTTCAAAA
381 ACATGAATAAAAA-ACA-TTA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCCCATTCCTTT-AAAA
*
20105 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCA
441 GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
20141 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 837, Mismatches: 129, Indels: 62
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 133 0.16
511 2 0.00
512 4 0.00
513 66 0.08
514 305 0.36
515 194 0.23
516 131 0.16
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAATGAAGAAAAAGACTTTCATTG
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
GAATGCTATATTGTGAAACGTGTAGAAAAAGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTAAGTT
GAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACATGAATAA
AAAACATTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATTGTTTTATAATCTCAAACTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAACAA
Found at i:19756 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18630--20136 Score: 1200
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
18620 NNNNTTTTCG
* * * * * * ** ** *
18630 ATTTTTGGTTAACACAAATTATACTTGAATGTCTACCCCA-AGAAATGTGAAGAAAAAGGCCTTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAACATTC
* **
18694 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
65 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
18759 CTTTTATAATCTAATAATTCATTTTAACTTGAA-TTTTTTAC
130 GTTTTATAATTTCA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* * * * * *
18800 ATTTTTCA-TT-AAACTAGACTGTAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGTAG-AAAAAGCAAT
1 ATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAACATT
*
18862 CATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64 CATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
18926 CGGTTTTAT-ATTCTCATAATTGATTTGATA-TGCAATTTTTTT-T
128 TGGTTTTATAATT-TCA-AATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTAC
* * * *
18969 ATAGTTTAGGTTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCTACCT-GAAGAAACATG--GATAAAAAA-A
1 AT-TTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG-TGAAACATGAAGA-AAAAAACA
* * * * * * * **
19030 TTCATTTGCAAGGAAAA-TCCATTAATAATCTCCCATTCCTTCAAAAGTCGTATTACTCGGTTTA
62 TTCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
19094 AATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC
126 AATGGTTTTATAATTTCA-AATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTAC
* * * * * *
19141 A-TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTTCATCA-AGAAACATGAAGAAAAAGACTTTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGTGAAACATGAAGAAAAAAACATTC
* * * *
19204 ATTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
65 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
19269 GTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTTTAC
130 GTTTTATAATTTC-AAATTGATTTTAAGTTCAA---TTTTTTTAC
* * ** * * * * ** *
19314 -TCTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGCCTATATTGAGAAACGTGTAG-AAAATGCATTT
1 AT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAACATTC
* * * * * * *
19377 ATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATA
65 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
** * * *
19442 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTGAACTTTTTTAC
130 GTTTTATAATTTCA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
* * * * * * *
19484 ATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAGCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTG
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAACATTC
* * ** *
19548 ATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATATTTACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
65 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
19612 TGTTTTATAATTTTAAACTTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAC
129 GGTTTTATAATTTCAAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-AC
* * * * * *
19656 AATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACCTAGTGAAA-AGTTG-AGAAAAAAATATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACA--TGAAGAAAAAAACATT
* * * * * * *
19719 TATTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATTCCTCCAAATGCCTTATTACTTACTTTAAAT
64 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
19784 GGTTTTATAATCTCTAAATTTATTTTAAGTTCAATTCTTTTTAC
129 GGTTTTATAATTTC-AAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTAC
* * ** * * * * **
19828 ATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGAATACTTAGTGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAACATTCA
*
19893 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
66 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* ** * * *
19958 TTTTGTAAACTCATAATT-AATTTAAGGCTGAA-TTTTTTAC
131 TTTTATAATTTCA-AATTGATTTTAA-GTTCAATTTTTTTAC
* * * * * **
19998 ATTTTTCA-TTAAAACATACTATAATTGAATG-CATGCCTTAG-GAAACATGTATAAAAACTCAC
1 ATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-TAGTGAAACATGAAGAAAAAAACA-
* * * * *
20060 TT-ATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
62 TTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
**
20123 AATTATTTTATAAT
126 AATGGTTTTATAAT
20137 CTCATAANNN
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 195, Indels: 108
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 133 0.12
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171 246 0.23
172 261 0.24
173 112 0.10
174 41 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACATGAAGAAAAAAACATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATTTCAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC
Found at i:23710 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22668--23730 Score: 506
Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
22658 NNNNNNNNNA
* * * * * *
22668 AAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGCATTTTAAAT-AGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATA
* * * * * *
22732 ATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTGTTTTTACATTTTTAGTTCAGACAGATTATAATTGAAT
65 ATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * ** * * *
22797 GTCTACCTTA-ACAAATATGAAGAAAAATGCTTTCATTGGTAAC
130 GCCTA-CTTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGG-AAG
* ** * ** **********
22840 AAAAGTCTAGTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCNNNNNNNNNNTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * *** * * *
22905 TCT-AATAATTCATTTTAACTTGAA--TTTTTTGCATTTTTCAATACACCAGATTGTAATTGAAT
66 TCTCAA-AATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
22967 -CTCTACCTT-GTGAAGCATGTAGAAAAAGCCA-TCATTGAGAAG
130 GC-CTA-CTTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTG-GAAG
* *********** ** *
23009 AAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGCGATTTTATAT
1 AAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * * *
23074 TCTCATAACTGAT-TTGA-TGCGTAATTGTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGAGTATAATTAAA
66 TCTCAAAATTGATATTAAGTTC--AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *********
23137 TGTCTACCTCA-AGAAACCTGAATAAAAAAGCATNNNNNNNNNNG
129 TGCCTA-CTTAGAGAAACGTGAA-GAAAAGGCAT-TCATTGGAAG
* * * ** *
23181 AAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCTGTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAATCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
* ********** *
23245 ATCTCATANNNNNNNNNNAGTTCAATTTTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
65 ATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
23309 TGCCTCCATCA-AGAAACATGAAGAAAAGGACATTCATTAGTAAG
129 TGCCTAC-TTAGAGAAACGTGAAGAAAAGG-CATTCATT-GGAAG
* * * *
23353 AAAAGTCTA-TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTATATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * *
23417 TCTCAAAATTGATATTAAGTTCAGTTTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATG
66 TCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
23482 CTTA-TATTGAGAAACGTGGAGAAAAATGTATTTATTTGGAAA
131 CCTACT-TAGAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCA-TTGGAAG
* * * **
23524 AAAAGT-TCATTTATAATCTCTCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCT-ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
* * * * * *
23588 ATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTCTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAAT
65 ATCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
*
23653 GCCTACTTAGTGAAACGT-AATGAGAAAGGCATTCATTGGCAAG
130 GCCTACTTAGAGAAACGTGAA-GA-AAAGGCATTCATTGG-AAG
* * *
23696 AAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAG
1 AAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAG
23731 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 208, Indels: 70
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.00
169 58 0.09
170 61 0.09
171 175 0.27
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173 13 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCTATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
TCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
CCTACTTAGAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGAAG
Found at i:24973 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24670--25841 Score: 1140
Period size: 173 Copynumber: 6.8 Consensus size: 172
24660 NNNNNNNNNT
* * * * * *
24670 TTTTTTGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCA
*
24734 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
24799 TTTTATATTCTCATAATTCATTTTATG-TCTAATTTGTTTTTACA
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC-AATTTGTTTTTACA
* * * * * *
24843 TTTTTAGTTCAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTTAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCAT
* * * * * *
24908 TGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTTAGTTTTAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* ** * *
24973 TTTATAATCTTATAAAAGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTACT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTG-TTTTTACA
* *
25017 TTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATATCTACC-TCAGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCA
* * * *
25080 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCTATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
25145 TTTTATAATCCCATAATTGATATCAAGTTCAATTATTTTTTTAC-
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TGTTTTTACA
* * * * * * ** *
25189 TTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTTAGAAACTTGTAGGAAAACCCATTTG
1 TTTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGCA-TTC
* * * * * * * * *
25254 TTTGG-AAGAAAAGCCCATTTATA-AC-CTCTCATTCTTTCACAAGCTTTATTATTCACTCTAAA
63 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
25316 TGGTTTTATATTCTCATAATTCATTTTATGTGC-ATGTT-TTTTTACA
126 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTGTTTTTACA
* * * * *
25362 -TTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAAAGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTTAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCAT
* * * **
25426 TAGCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGGTTTAAATG
65 TGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
25489 GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTATA
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTG-TTTTTACA
* * * *
25535 TTTTTA-TTCAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCA
1 TTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCA
* * * * *
25599 TTGGTAAGAAAACTCTATTTACAGTGA-CTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA-TGCACTTTAAAT
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAAT
* * *
25662 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTT-AA-TTGTTTTTATA
127 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTCAATTTGTTTTTACA
* * * * * * *
25707 TTTTTAGTTAAGACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAATGCTTTCATT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATT
* * ** *
25772 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA-CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCT
66 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
25836 TTTATA
130 TTTATA
25842 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 147, Indels: 72
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
171 171 0.21
172 88 0.11
173 298 0.36
174 235 0.29
175 18 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTTACA
Found at i:25650 original size:345 final size:340
Alignment explanation
Indices: 24670--25841 Score: 1099
Period size: 345 Copynumber: 3.4 Consensus size: 340
24660 NNNNNNNNNT
* * * * *
24670 TTTTTTGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCT-CTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTC
1 TTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAAAGTCTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTC
* *
24733 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
63 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
24798 GTTTTATATTCTCATAATTCATTTTA-TGTCTAATTTG-TTTTTACATTTTTAGTTC-AAACAGA
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGT-TC-AATTTGTTTTTTATATTTTTA-TTCAAAACAGA
* * * * * *
24860 GTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAATAAAAGTCCA
190 TTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAA-TTGAAGAAAAAA-CATTCATTGG-AAGAAAACTCCA
* * * * *
24924 TTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTT-AGTTTTAATGGTTTTATAATCTTATA
251 TTTATAGTCACTC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * *
24987 AAAGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTAC
314 ATTGATTTTAAGTTC-ATGT-TTTTTTAC
25016 TTTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATA-TCTACCTC-AGAAAACATGAAGAAAAAGACATTC
1 -TTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAA-AGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTC
* * * * *
25079 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCTATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
63 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * ** *
25144 GTTTTATAATCCCATAATTGATATCAAGTTCAATTAT-TTTTTTACT-TTTCTGGTT-AAAACAT
128 GTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTCAATT-TGTTTTTTA-TATTT-TTATTCAAAACAG
* * ** **
25206 ATTATAATTGAATGTCTACATTTA-GAAACTTGTAGGAAAACCCATTTGTTTGGAAGAAAAGC-C
189 ATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAGGAAA-TTG-AAGAAAAAACA-TTCATTGGAAGAAAA-CTC
** * * * * *
25269 CATTTATAACCTCTCA-TTCTTTCACAAGCTTTATTATTCACTCTAAATGGTTTTATATTCTCAT
249 CATTTATAGTCACTCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
25333 AATTCATTTTATGTGCATGTTTTTTTAC
313 AATTGATTTTAAGTTCATGTTTTTTTAC
* * * * *
25361 ATTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAAAGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGTATTTA
1 TTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCA
* * **
25425 TTAGCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGGTTTAAAT
64 TTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
25488 GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTATATTTTTATTCAAAACAGAT
127 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTCAATTTGTTTTTTATATTTTTATTCAAAACAGAT
* * *
25553 TATAATTGATTGTTTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAACTCTATT
191 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAT-TGAAGAAAAA-ACATTCATTGG-AAGAAAACTCCATT
* * * * *
25618 TACAGTGACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATGCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
253 TATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
25683 ATTTTAAGGTTAATTGTTTTTATA-
318 ATTTTAA-GTTCA-TGTTTTTTTAC
* * * * * * *
25707 TTTTTAGTTAAGACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAATG-CTTTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * * ** *
25771 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCT
65 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
25836 TTTATA
130 TTTATA
25842 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 114, Indels: 82
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
344 46 0.07
345 290 0.43
346 185 0.28
347 133 0.20
348 17 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTCAATTTGTTTTTTATATTTTTATTCAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTTAGGAAATTGAAGAAAAAACATTCATTGGAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
CTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTCATGTTTTTTTAC
Found at i:26839 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 26818--26851 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
26808 ATATTTTTGG
* *
26818 TTAAAACATATTATAA
1 TTAAAACAGACTATAA
26834 TTAAAACAGACTATAA
1 TTAAAACAGACTATAA
26850 TT
1 TT
26852 GAATGCATGC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.09, G:0.03, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
TTAAAACAGACTATAA
Found at i:28497 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27312--28943 Score: 927
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 170
27302 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
27312 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAA--TTTTTAAAATTTTT
1 TTACTCG-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTT
* * * * * * * * * * ** * *
27375 CGTTAAAACATACTATAATTTAATTTTTACCTCAAAAAACGTGTAGAAAAACCTATTTATTTG-G
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCA-TTGAA
* * * * *
27439 AAGAAAAATTCACTTATAG-CGTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTA
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
27482 CTATTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTTACATTTTT
1 TTACTC-GTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACA--TTT
* ** * * ** *
27546 TTGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTCT-CTCTCAAAAAATGTGAA-AAAAAAATGCATTCATT
63 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-ATCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT--ATTCATT
** * *
27609 GGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTA
125 GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * *
27655 TTACTCACTTTACATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTC-ATTTTTTTTAGATTTGT
1 TTACTC-GTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACATTT-T
* ** * * ** **
27719 GGTTAAGGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGAAAAATG-T-TTCATTGGC
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAA-GATATTCATTGAA
* * *
27782 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTCA
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
27825 TTACTTGCTTTAAA-TGCTTTTATAATC-CAGTAATTCATTTTAACTTGAA--TTTTTTACATTT
1 TTACTCG-TTTAAATTG-TTTTATAATCTCA-TAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACA-TT
* * * * * * *** * ** *
27886 TTAATT-AAACGAGACTGTAATTGAATATGTACCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCAATCATT-
62 TTAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTG
* * *
27949 AAGAAGAAAAGTTCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
126 AA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * * * * *
27995 TTACTCACTTTAAAGAGTTTTATATTCTTATAACTGATTTGATGTGT-AATTTTTTATACATTTT
1 TTACTC-GTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGT-TCAATTTTTTTTACA-TTT
* ** * * * * * *
28059 TGGTTATGACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTCCAGAAACCTGGATA-AAAAAG-CATTCATTG
63 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACAT-GA-AGAAAAAGATATTCATTG
** * * *
28122 GCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTA
126 AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
28167 TTACTCGGTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTT
1 TTACTC-GTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACATTTT
**
28231 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTA
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGAAA
* *
28296 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTA
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
28338 TTACTCACTTTAAATTGCTTTATGATCTCAAAATTGATGTGAAGTTTAATTTTTTTTTTACTTTT
1 TTACTC-GTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAA--TTTTTTTTAC-ATT
* * * * ** * * *
28403 TTGGTTAAAATAGATTATAGTTGAATG-CTTATATTGAGAAACGTGTAGAGAAATGCAT-TT-AT
62 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACATCAAGAAACATGAAGA-AAAAG-ATATTCAT
* * * *
28465 TTAAAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAACGCCTTA
124 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * ** * * *
28512 TTACTCGTTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTACTTGAA-TTTTTTCACATTTTT
1 TTACTCGTT-TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTT
* * * * ** * * **
28576 GGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATCGGC
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGAA
* * ** *
28640 AAGAAGAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTGGAAAG-CTTT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * *
28682 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTATTTTAACATTTTT
1 TTACTCG-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTT
* * * * * * *
28747 GGTTAAAACAGATTCTAATTAAATGTCAACCT-AGTGAAA-AGTTG-AGAAAAA-AGTATTTATT
64 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCA-AGAAACA--TGAAGAAAAAGA-TATTCATT
* * **
28808 GACAAGAAAAGTCTATTTGCAGTCACTCATTCCTTCAAATA-CCTTA
125 GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA-AGCCTTA
* * * * * * *
28854 TTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA-AACTTTATTTTAAGTTCAATTCTTTTTACATGTT
1 TTACTCG-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA-TTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACAT-TT
* * * *
28918 TGGTTAAAACATATTGTAATTAAATG
63 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
28944 AATACTTAGT
Statistics
Matches: 1169, Mismatches: 233, Indels: 118
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 47 0.04
170 254 0.22
171 325 0.28
172 299 0.26
173 113 0.10
174 119 0.10
175 6 0.01
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTACTCGTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATGTGAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTAG
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGAAAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:28799 original size:687 final size:683
Alignment explanation
Indices: 27463--28943 Score: 1632
Period size: 687 Copynumber: 2.2 Consensus size: 683
27453 TATAGCGTCT
* * * *
27463 CATTTCTTCAAAAGCCTTACTATTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * **
27528 GAA-TTTTCTTACATTTTTTTGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTCTCTCTCAAAAAATGTGAA
66 CAATTTTTTTTACA--TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCTATCAAAAAACATGAA
*
27592 AAAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
129 AAAAAAAT-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
27657 ACTCACTTTACATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTCATTTTTTTTAGATTTGTGGT
193 ACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATGTGAAGGTAATTTTTTTTACATTTGTGGT
** * * **
27722 TAAGGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGAAAAATGTTTCATTGGCAAGAA
258 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAATGTTTCATTGAAAAGAA
* * * *
27787 AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATC
323 AAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATC
* * *
27852 CAGTAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTACATTTTTAATTAAACGAGACTGTAATTGAATATGTA
388 CAGTAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTACATTTTTAATTAAACGAGACTATAATTAAATATCTA
* * *
27917 CCTTGTGAAACATGTAGAAAAAGCCAATCATTAAGAAGAAAAGTTCATTCATAGTCACCCATTCC
453 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAAGAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCC
* * *
27982 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATATTCTTATAACTGATTTGATGTGTAATTT
518 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATATTCTCAAAACTGATTTGAAGTGTAATTT
** * * * *
28047 TTTATACATTTTTGGTTATGACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTCCAGAAACCTGGATAAAAAA
583 TTTATACATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCAACCTACAGAAAACTGGAGAAAAAA
* * *
28112 GCATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACC
648 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
* *
28148 CATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*
28213 CAATTTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-ATCAAGAAACATGAAG
66 CAATTTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-CTATCAAAAAACATGAA-
* *
28277 AAAAAGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
129 AAAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
28340 ACTCACTTTAAATTGCTTTATGATCTCAAAATTGATGTGAAGTTTAATTTTTTTTTTACTTTTTT
193 ACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATGTGAAG-GTAA--TTTTTTTTACATTTGT
* * * * * *
28405 GGTTAAAATAGATTATAGTTGAATG-CTTATAT-TGAGAAACGTGTAGAGAAATGCATTT-ATTT
255 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACATCT-AGAAACGTGAAGAAAAATG--TTTCATTG
* * * *
28467 AAAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAACGCCTTATTACTCG-TTGTAAATGGTT
316 AAAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTT-TAAATGCTT
* * **
28531 TTATAATCTCA-TAATTGATTTTTACTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAC-AGACTATAA
380 TTATAATC-CAGTAATTCATTTTAACTTGAATTTTTT-ACATTTTTAATT-AAACGAGACTATAA
* * ** * *
28594 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCA-TCGGCAAGAAGAGTCCATTTAT
442 TTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCAATCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTCAT
* * ** * * * * *
28657 AGTTACTCATTCCTTGGAAAG-CTTTTTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATT-TCAAAATTTA
505 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-GAGTTTTAT-ATTCTCAAAACTGA
* * * **
28719 TTTTAAGT-TCAATTATTTTA-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTAAATGTCAACCTAGT
568 TTTGAAGTGT-AATT-TTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCAACCTACA
* * * * * * *
28782 GAAAAGTTGAGAAAAAAGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTGCAGTCACT
631 GAAAACTGGAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
* * * *
28835 CATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA-AACTTTATTTTAAG
1 CATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAG
* * * * *
28898 TTCAATTCTTTTTACATGTTTGGTTAAAACATATTGTAATTAAATG
64 TTCAATTTTTTTTACAT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
28944 AATACTTAGT
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 109, Indels: 45
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 2 0.00
683 86 0.13
684 42 0.06
685 71 0.11
686 67 0.10
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688 116 0.17
689 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (683 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
CAATTTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTCTATCAAAAAACATGAAAA
AAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGATGTGAAGGTAATTTTTTTTACATTTGTGGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAATGTTTCATTGAAAAGAAAAG
TCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCCAG
TAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTACATTTTTAATTAAACGAGACTATAATTAAATATCTACCT
TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAAGAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATATTCTCAAAACTGATTTGAAGTGTAATTTTTT
ATACATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCAACCTACAGAAAACTGGAGAAAAAAGCA
TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
Found at i:28940 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27312--28988 Score: 1316
Period size: 172 Copynumber: 9.8 Consensus size: 170
27302 NNNNNNNNNN
* * * * *
27312 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAA-TTTTTAAAATTTTTC
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
27376 GTTAAAACATACTATAATTTAATTTTTACCTCA-AAAAACGTGTAG-AAAAACCTATTTATTTGG
66 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-ATGAAAA-GTGAAGAAAAAAGC-ATTCA-TTGG
* * * *
27439 -AAGAAAAAT-TCACTTATAG-CGTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTA
127 CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
27482 CTATTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
1 TTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTT
* ** * * *
27546 TTGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTCT-CTCTCA-AAAAATGTGAAAAAAAAATGCATTCATT
64 TGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC-CT-ATGAAAA-GTGAAGAAAAAA-GCATTCATT
* *
27609 GGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTA
125 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * *
27655 TTACTCACTTTACATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTCATTTTTTTTAGATTTGTG
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTG
** * * * * *
27720 GTTAAGGCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGAAAAATG-TTTCATTGGCAA
66 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAT-GAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* *
27784 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTCA
130 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
27825 TTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATC-CAGTAATTCATTTTAACTTGAA-TTTTTTACATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT
** * * * * * * * *
27888 AATT-AAACGAGACTGTAATTGAATATGTACCTTGTGAAACA-TGTAG-AAAAAGCCAATCATTA
65 GGTTAAAAC-AGATTATAATTAAATGTCTACC-TATGAAA-AGTGAAGAAAAAAG-CATTCATT-
* * *
27950 AG-AAGAAAAGT-TCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
125 GGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
27995 TTACTCACTTTAAA-GAGTTTTATATTCTTATAACTGATTTGATGTGT-AATTTTTTATACATTT
1 TTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TCAATTTTTT-TACATTT
** * ** * *
28058 TTGGTTATGACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTCCA-GAAACCTGGATAAAAAAGCATTCATTG
63 TTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT--ATGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *
28122 GCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTA
126 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
28167 TTACTCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA-TTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTT
* * * * *
28231 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACA-TGAAG-AAAAAGATATTCATTGG
65 GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-ATGAAA-AGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGG
* *
28294 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTA
127 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * * *
28338 TTACTCACTTTAAATTGCTTTATGATCTCAAAATTGATGTGAAGTTTAATTTTTTTTTTACTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA---TTTTTTTACATTT
* * * * * * *
28403 TTGGTTAAAATAGATTATAGTTGAATG-CTTA--TATTGAGAAACGTGTAGAGAAATGCATTTAT
63 TTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-TACCTA-TGA-AAA-GTGAAGAAAAAAGCATTCAT
*** * * * *
28465 TTAAAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAACGCCTTA
124 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
28512 TTACTCG-TTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTACTTGAATTTTTTCACATTTTT
1 TTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT
* * *
28576 GGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGGC
65 GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTATGA-AAA-GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * ** *
28640 AAGAAGAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTGGAAAG-CTTT
128 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * * * *
28682 TTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATTTCAAAATTTATTTTAAGTTCAATTATTTTAACATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTT
* * * * *
28747 GGTTAAAACAGATTCTAATTAAATGTCAACCTAGTGAAAAGTTG-AGAAAAAAGTATTTATTGAC
65 GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA-TGAAAAG-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
**
28811 AAGAAAAGTCTATTTGCAGTCACTCATTCCTTCAAATA-CCTTA
128 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA-AGCCTTA
* * * *
28854 TTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA-AACTTTATTTTAAGTTCAATTCTTTTTACATGTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTT
* * ** * * * *
28918 TGGTTAAAACATATTGTAATTAAATGAATACTTAGTGAAACA-TAAAGAGAAAGGCATTCATTGG
64 TGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTA-TGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
28982 CAAGAAA
127 CAAGAAA
28989 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1203, Mismatches: 240, Indels: 126
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 44 0.04
170 253 0.21
171 326 0.27
172 327 0.27
173 128 0.11
174 114 0.09
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTATGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:31251 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 30930--32503 Score: 1400
Period size: 174 Copynumber: 9.2 Consensus size: 173
30920 NNNNNNATAT
* * *
30930 TCTCATAATTCATTTTATGTGC-A-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-TGTATAATTGAA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT-TATAATTGAA
* * * * * * *
30992 AGTCTACGT-TGAGAAACGTGAAAAAAAAGGTATTTATTAGCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCA
65 TGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * **
31055 CCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAA
128 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
31101 TCTCATAATTGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTACAGTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
31166 TGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACC
65 TGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
31231 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAA
130 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
31275 TCTCAAAATTGATATTATGTTCAATTCTTTTTTTAC-TTTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * ** **
31339 ATGCCTACAGT-AAGAAAC-TTATAGAAAAACCCATTTTTTTGG-AAGAAAAG-CCATTTATAG-
64 ATGTCTAC-CTCAGGAAACGTGA-AGAAAAAGGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** *
31399 CTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAA
126 CACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
31448 TCTTA-AAGTTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTGAGATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
1 TCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
31511 TGTCTACCTCATGAAACCT-AAGGAAAACGGCATTCATCGACAAGAAAAGTCCGTTTACAGTCAC
65 TGTCTACCTCAGGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
31575 CTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
129 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
31620 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAAAGTATAATTGA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTGA
* * * * * * ** *
31681 ATTTTTGCCTC-GGGAATGTGTAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-
64 ATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
31744 CTCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTAGTTTTATTA
129 CT-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
31791 TCTTAAAATTAATTTTATGCTCAGTTTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
31855 TGACTACCTCATGACAA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTGTAGTCGC
65 TGTCTACCTCAGGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
31919 CCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA
129 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
31964 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAA
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** *
32025 TTTTTACCT-TGAGAAACGTGTAA-AAAAAACCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 TGTCTACCTCAG-GAAACGTG-AAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
32088 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTA
127 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
32135 TCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
32200 GACTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTTCAGTTGTAGTCACCT
66 GTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
32265 ATTCCTTCAAATGTCTTATCATTCACTTTAAATAGTTTTATAA
131 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
32308 GCTCATAATTCATATTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAAT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * ** * * * * *
32370 GTCTGCCT-TGAGAAACGTGTA-AAAAACTCATTTATTTG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTC-TC
66 GTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
32431 TCATTCTTTTAAAAGCCTGATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA
130 T-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
*
32476 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
32504 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1129, Mismatches: 225, Indels: 100
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 71 0.06
169 19 0.02
170 144 0.13
171 245 0.22
172 87 0.08
173 235 0.21
174 313 0.28
175 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:31940 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 30955--32496 Score: 1625
Period size: 344 Copynumber: 4.5 Consensus size: 341
30945 TATGTGCATT
*** * * * *
30955 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGTGTATAATTGAAAGTCTACGTTGAGAAACGTGAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAA
*** * * * * *
31019 AGGTATTTATTAGCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCG
65 ACCCATTCATT-GGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
31083 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTACAGTTTT-AGTC
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTT-TTTTTTACATTTTTGA-TT
* * * * *
31147 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
191 AAAACAGATTATAATTAAATGACTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAA
*
31212 AAGTCTATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
256 AAGTC-ATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
31277 TCAAAATTGATATTATGTTCAA
320 TCATAATTGATATTAAGTTGAA
** * * * ** * * *
31299 TTCTTTTTTTAC-TTTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACAGTAAGAAACTTATAG
1 ----TTTTTTACATTTT-TTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAG
** *
31363 AAAAACCCATTTTTTTGGAAGAAAAG-CCATTTATAG-CTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
61 AAAAACCCA-TTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * * *
31426 TTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAGTTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTGAGATTCTTGG
124 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTACATTTTTGA
* * * *
31490 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAACCT-AAGGAAAACGGCATTCA-TCGACA
189 TTAAAACAGATTATAATTAAATGACTACCTCATGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTAG-CA
* *
31553 AGAAAAGTCCGTTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
252 AGAAAAGT-CATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
31618 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
316 AATCTCATAATTGATATTAAGTTGAA
* * * * * * * *
31644 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAAAGTATAATTGAATTTTTGCCTCG-GGAATGTGTAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAAC-AAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAA
* *
31708 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTCA
65 ACCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
31773 CTTTAATTAGTTTTATTATCTTAAAATTAATTTTATGCTCAGTTTTTTTTTATATTTTTGATTAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTACATTTTTGATTAA
* *
31838 AACAGATTATAATTGAATGACTACCTCATGACAA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAA
193 AACAGATTATAATTAAATGACTACCTCATGA-AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAA
** * * * * *
31902 AGTGCATTTGTAGTCGCCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCT
257 AGT-CATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
31967 CATAATTGATTTTAAGTTGAA
321 CATAATTGATATTAAGTTGAA
* * *
31988 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATTTTTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGT-AGAAAA
* * *
32053 ACCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
65 ACCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
32118 TTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTGTTTTACATTTTTTG-TTAA
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTACA-TTTTTGATTAA
* * *
32182 AACATATTATAATTAAATGACTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAA
193 AACAGATTATAATTAAATGACTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAA
* ** * * * * * *
32247 GTTCAGTTGTAGTCACCTATTCCTTCAAATGTCTTATCATTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTC
258 G-TCATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
32312 ATAATTCATATTAAGTTGAA
322 ATAATTGATATTAAGTTGAA
* * * *
32332 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGTA-AAAAA
1 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAA
* * * * * * * * * * *
32396 CTCATTTATTTGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTTAAAAGCCTGATTATTCGCTT
66 CCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
32461 TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
131 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
32497 GAATTTTNNN
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 161, Indels: 57
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
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346 4 0.00
347 70 0.07
348 57 0.06
349 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAA
CCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
AGATTATAATTAAATGACTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTC
ATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATATTAAGTTGAA
Found at i:32070 original size:515 final size:516
Alignment explanation
Indices: 30954--32503 Score: 1504
Period size: 515 Copynumber: 3.0 Consensus size: 516
30944 TTATGTGCAT
** * *
30954 TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGTGTATAATTGAAAGTCTACGTTGAGAAACGTG-AAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAAAAA
** *
31017 AAAGGTATTTATT-AGCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
65 AAACCTATTCATTGA-CAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
** *
31080 TCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTCAATTTGTTTTTTACAGTTTTAG
128 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--T-TTTTTTACAGTTTTAG
* * *
31145 TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
190 TCAAAACAAAGTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAG
* *
31210 AAAAGTCTATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAA
255 AAAAGTCTATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
31275 TCTCAAAATTGATATTATGTTCAATTCTTTTTTTACTTTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
320 TCTCAAAATTAATATTATGCTCAATTCTTTTTTTACTTTTCTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** * * * *
31340 TGCCTACAGTAAGAAACTTATAGAAAAACCCATTTTTTTGGAAGAAAAGCCATTTATAGCTTCTC
385 TGACTACACTAAGAAACTGATAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCATTTATAGCTGCCC
* * *
31405 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAGTTGATTTTAAGTTT
450 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTAAGTTG
31470 AA
515 AA
* * ** * * * * **
31472 TTTTTTTGAGATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCATGAAAC--CTAAGG
1 TTTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGTAAAA
* * * *
31534 AAAACGGC-ATTCATCGACAAGAAAAGTCCGTTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTA
64 AAAAC--CTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTA
* * *
31598 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCA-T
127 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAGTTTT-AGT
* * * * * ** * *
31661 TAAAACAAAAGTATAATTGAATTTTTGCCTC-GGGAATGTGTAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
191 CAAAAC-AAAGTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAG
* * *
31725 AAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTAGTTTTAT
255 AAAAGTCTATTTACAGTCACCT-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
31789 TATCTTAAAATTAATTTTATGCTCAGTT-TTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
318 AATCTCAAAATTAATATTATGCTCAATTCTTTTTTTACT-TTTCTGATTAAAACAGATTATAATT
* * ** * *
31852 GAATGACTAC-CTCATGACAAGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTGTAG
382 GAATGACTACACT-AAGA-AACTGATAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCATTTATAG
* * *
31915 -TCGCCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATT
444 CT-GCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAGTTGATT
31978 TTAAGTTGAA
507 TTAAGTTGAA
* * *
31988 -TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATTTTTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAA
*
32052 AACCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
66 AACCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCA
* * * * * * *
32117 CTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTGTTTTACATTTTTTGTTAA
131 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTT-TTTTACAGTTTTAGTCAA
* * * * * *** * *
32182 AACATATTATAATTAAATGACTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAA
194 AACAAAGTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAA
* ** * * * * *
32247 GT-TCAGTTGTAGTCACCTATTCCTTCAAATGTCTTATCATTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCT
259 GTCT-ATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * * * * * *
32311 CATAATTCATATTAAGTTGAA-T-TTTTTATA-TTTT-TTATTAAAATAGACTATAATTGAATGT
323 CAAAATTAATATTATGCTCAATTCTTTTTTTACTTTTCTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGA
* * * * * * * *
32372 CTGC-CTTGAGAAACGTG-TA-AAAAACTCATTTATTTG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCT-CT
388 CTACAC-TAAGAAAC-TGATAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCATTTATAG-CTGCC
* * * * * *
32432 CATTCTTTTAAAAGCCTGATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-TTGATTTTAAGT
449 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAGTTGATTTTAAGT
32496 TGAA
513 TGAA
32500 TTTT
1 TTTT
32504 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 157, Indels: 75
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
512 77 0.09
513 18 0.02
514 73 0.09
515 240 0.29
516 161 0.19
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519 121 0.14
520 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (516 bp):
TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAA
AACCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAGTTTTAGTCAAAA
CAAAGTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGT
CTATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
AATTAATATTATGCTCAATTCTTTTTTTACTTTTCTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGACTA
CACTAAGAAACTGATAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCATTTATAGCTGCCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:34770 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34453--34808 Score: 432
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
34443 NNNNNNNNNN
* *
34453 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCAAAATTGATATTAAGTTCAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATT
* * * * * *
34518 TTTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACGTCAAGAAACAAGAAGAAAAAG
66 CTTTTACTATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAA
** * *
34583 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAT-TTATTC
131 GCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTC
* * * *
34624 TTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAA-ATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATA-GTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAA
* * * * ** **
34687 TTCTTTTAC-ATTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
64 TTCTTTTACTATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAA
*
34751 AAGTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
129 AAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
34794 CTTCAAAAGCCTTAT
1 CTTCAAAAGCCTTAT
34809 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 27, Indels: 7
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 94 0.61
171 60 0.39
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATT
CTTTTACTATTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAA
GCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
Found at i:36388 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 35991--37486 Score: 1341
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
35981 NNNNATTATC
** *
35991 AGATTATAAAACGTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGACTATAAAT-GAAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-AC
* * * * * * * *
36055 TTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAATTTGTT
65 TTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * *
36120 TTAACCAAAAAATAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTTTG
130 TTAACC-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTAG
* * * ** * *
36162 AGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCCAT-AGGTGGCTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATAGAC
* * * * * * * *
36226 TTTTATTGCTAATGAATGCATTTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTTTATT
65 TTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
*
36291 TTAACCAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAG
130 TTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAG
* * *
36331 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATAGAC
1 -AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC
** * ** * * * *
36396 TTTTCTT-CCAAATGAATGGGTTTTTCTACCCGTTT-TACCTAGGAAGCCATTCAATTATAATCT
65 TTTTCTTGCC-AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCT--CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* ** *
36459 GTTTTAACAAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
127 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-G
** * * * * *
36503 AGATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACT
* * *
36568 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA-ACTTGTT
66 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTT
*** * * * * * *
36632 TTATGTAAAAATACAAAAAAAATGAACATAATATCAATTTTG
130 TTAACCAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTAG
* * ** * * * *
36674 AGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTGCTAAAGCTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACT
* * ** * * * *
36739 TTTATTGTCAATGAATATATTTTTCTTCATGCTTCT--AGAGCAAACATTCAATTATAGTATGTT
66 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* *
36802 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATG
130 TTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-G
* ** * *
36844 AGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGAGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACT
* * * * *
36909 TTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAGTCTATTT
66 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * * *
36974 TAA-CTAAAATGTAAAAGTATTTAACTTAAAATCAATTATA
131 TAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA-G
* * ** * *
37014 AGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAAT-AGGTGACTATAAAT-GAA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATAG-A
** * * * * * * * *
37077 CCCTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACGATGTAGACATTTAATTATAATCTGT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * *
37142 TTTAACCAAAAAAGATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATCTTG
129 TTTAACC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TAG
* * * * * *
37186 AGATTATAAAACTATTTAGAGTGAATGATAAGGCTTTTGAAGCAAT-AG-GTAGCTATAAATAGA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG-A-CTATAAATAGA
* * * ** ** *
37249 CTTTTATTGCCAATGTATGCATTTTTCTTCACG-TTCTTGAGACAGACATTCAATTATAGTCTAT
64 CTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * * *
37313 TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCGATTACA
129 TTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-G
* * *
37356 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGACTATGAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGAC
* **
37420 TTGTCTTTACAATGAATGC-TTGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTC-ATTATAGTCTG
65 TTTTCTTGCCAATGAATGCATT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTG
37483 TTTT
128 TTTT
37487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 226, Indels: 72
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.02
170 502 0.47
171 430 0.40
172 107 0.10
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
TAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAG
Found at i:36616 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 35991--37486 Score: 1498
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
35981 NNNNATTATC
**
35991 AGATTATAAAACGTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGACTATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-GACTATAAATGAACT
* * * * *
36056 TTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTT
65 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
36121 TAACCAAAAAATAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA
130 TAACCAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * * * *
36186 GTAATAAGACTTTTGAAGCCATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTATTGCTAATGAATGCATTTCT
195 GTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCATTTTT
* * *
36251 CTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTAA
260 CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAATTTAA
36316 CTTAAAATCAATTAGA
324 CTTAAAATCAATTAGA
* * *
36332 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAAT-AGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-GACTATAAATGA-AC
*** * ** * *
36396 TTTTCTT-CCAAATGAATGGGTTTTTCTACCCGTTTTACCTAGGAAGCCATTCAATTATAATCTG
64 TTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCA-CTAGGAAGACATTCAATTATAATCTG
* **
36460 TTTTAA-CAAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACGTTTTAAAG
127 TTTTAACCAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
36524 TGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
192 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCATT
* * * * ** *
36589 CTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA-ACTTGTTTTATGTAAAAATACAAAAAAA
257 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTC-TATTTTA-ACAAAAATA-TAAAAAA
* * * * *
36653 ATGAACATAATATCAATTTTG-
319 TTTAACTTAAAATCAA-TTAGA
* * ** * * *
36674 AGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTGCTAAAGCTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-GACTATAAATGA-AC
* * ** * * * *
36738 TTTTATTGTCAATGAATATATTTTTCTTCATGCTT--CTAGAGCAA-ACATTCAATTATAGTATG
64 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACTAG-G-AAGACATTCAATTATAATCTG
* *
36800 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAA
127 TTTTAACCAAAAA-ATGAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * * * * *
36864 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTT
191 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCAT
* * * *
36929 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAATGTAAAAGTAT
256 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAA-AAT
*
36994 TTAACTTAAAATCAATTATA
320 TTAACTTAAAATCAATTAGA
* * ** *
37014 AGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGAAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-G-GACTATAAATGAAC
** * * * * * *
37078 CCTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACGATGTAGACATTTAATTATAATCTGTT
64 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
37143 TTAACCAAAAAA-GATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATCT-TGAGATTATAAAACTATTTAGA
129 TTAACCAAAAAATG--AAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
37206 GTGAATGATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGT-AGCTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGTATGCA
191 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGA-CTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCA
* ** *
37270 TTTTTCTTCACG-TTCTTGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
255 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATAT-AAAAA
* * * *
37334 ATTCAACTTCAAATCGATTACA
318 ATTTAACTTAAAATCAATTAGA
* * *
37356 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGACTATGAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAG-GACTATAAATGAAC
* ** * * * * * *
37420 TTGTCTTTACAATGAAT-GCTTGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTC-ATTATAGTCTG
64 TTTTCTTGCCAATGAATACCTT-TTTCTTCTTGTTTCACTAGGAAGACA-TTCAATTATAATCTG
37483 TTTT
127 TTTT
37487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 942, Mismatches: 182, Indels: 61
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.01
340 122 0.13
341 447 0.47
342 352 0.37
343 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGGACTATAAATGAACTT
TTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACCAAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCATTTTTC
TTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAAAATTTAACT
TAAAATCAATTAGA
Found at i:37329 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 35985--37486 Score: 1900
Period size: 512 Copynumber: 2.9 Consensus size: 506
35975 NNNNNNNNNN
* * *
35985 ATTATCAGATTATAAAACGTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGCGACTATAAA
1 ATTATAAGATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAA
* *
36050 TGAACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAAT
65 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
36115 TTGTTTTAACCAAAAAATAAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTTTGAGATTACAAAACCATTTA
130 CTGTTTTAACCAAAAAACAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
36180 AAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCCATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTATTGCTAATGAATGC
195 AAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGT-GCTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGC
* * * *
36245 ATTTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAACCAAAAATAT-AAAA
259 ATTTTTCTTCA-AGTTCTTGA-GCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * *
36309 AATTTAACTTAAAATCAATTAGAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAG
322 AATTCAACTTAAAATCAATTAG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * ** * ** *
36374 GAATGAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGGTTTTTCTACCCGTTT-TACCTAG
386 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT--CAAG
* * *
36438 GAAGCCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATTA
448 GAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
36497 ATTATGAGATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTATAAGATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAA
* * * * *
36562 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-
65 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAAT
*** * * *
36626 CTTGTTTTATGTAAAAATACAAAAAAAA-TGAACATAATATCAATTTTGAGATAATAAAACCATT
130 C-TGTTTTAACCAAAAA-ACAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
36690 TAAAGTGAGTGCTAAAGCTTTAGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGAAT
193 TAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTG-CTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAAT
** * * * *
36755 ATATTTTTCTTCATGCTTCTAGAGCAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
257 GCATTTTTCTTCAAG-TTCTTGAGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATAAAA
* * *
36820 AAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
321 AAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
**
36885 AAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
385 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * *
36950 AAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-TAAAATGTAAAAGTATTTAACTTAAAATCA
449 AAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* ** *
37008 ATTATAAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGTGACTATAAA
1 ATTATAAGATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAA
** * * *
37073 TGAACCCTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACGATGTAGACATTTAATTATAAT
65 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
37138 CTGTTTTAACCAAAAAAGATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATCTTGAGATTATAAAACTATTT
130 CTGTTTTAACCAAAAAACA-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
* * *
37203 AGAGTGAATGATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTAGCTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGTATG
194 AAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGT-GCTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATG
* * *
37268 CATTTTTCTTCACGTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAA
258 CATTTTTCTTCAAGTTCTTGAG-CAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * *
37333 AATTCAACTTCAAATCGATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
322 AATTCAACTTAAAATCAATTA-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
37398 GAATCGGAGACTATGAATGGACTTGTCTTTACAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
386 GAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TTACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA
37463 AGACATTTC-ATTATAGTCTGTTTT
450 AGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTT
37487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 127, Indels: 32
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 12 0.01
511 217 0.26
512 598 0.71
513 20 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
ATTATAAGATTATAAAACGTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAAT
GAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACCAAAAAACAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGCTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATGCAT
TTTTCTTCAAGTTCTTGAGCAGACATTCAATTATAGTATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAGACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:37955 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37659--37998 Score: 392
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
37649 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * *
37659 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGATTGTCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTACAAATGGACTTTTGTTACCAATCAATATCTTTTTC
* * *
37724 TTCACATTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAATAATATAAAAAAAAATTG
66 TTCACATTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA-AA-ATATAAAAAAATTC
* ** *
37789 AACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
129 AACCTAAAATCAATTATGAGACCATAAAACAATTTAAAGCGAG
* * *
37832 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTACAAATGGACTTTTTTTATCAGTCAATATCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTACAAATGGACTTTTGTTACCAATCAATATCTTTTTC
* * * ** * * * *
37897 TTTACGTTTCTTGAGGTAGATGTTTAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
66 TTCACATTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
37962 CTTAAAATCACTTATGAGACCATAAAACAATTTAAAG
131 CCTAAAATCAATTATGAGACCATAAAACAATTTAAAG
37999 TGAATGGTAG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 30, Indels: 2
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 44 0.32
172 2 0.01
173 91 0.66
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGAGACTACAAATGGACTTTTGTTACCAATCAATATCTTTTTC
TTCACATTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
CCTAAAATCAATTATGAGACCATAAAACAATTTAAAGCGAG
Done.