Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397466.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1006.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15228
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.09, T:0.25
Warning! 4812 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:535 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--2012 Score: 1050
Period size: 170 Copynumber: 11.7 Consensus size: 168
* * * * * *
1 ACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTATGGT
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * *
66 TAAAACAGACAATAATTGAATGTCTTA-CTTTAGAAATGTATAAAAAAAATCATTCATTGAGAAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCTTAAGAAACG--TGAAAAAAAGCATTCATTGACAAG
********** * * *
130 AAAAGTCCATNNNNNNNNNNCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
* * ********
172 ATTCACTTTAAATTCTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTTA-
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTAG
* * * **
235 TTAAAACAAACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAA-CTATTCATTGGGAA-
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGC-ATTCATTGACAAG
*** *
298 AACAAGTCCATTTATAGTCATTTATT-TCTTCAAAAGCCTTATT
127 AA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTTAAAAGCCTTATT
* ********** * *
341 ACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATATTTTACATTTTTAGTT
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * *
406 AAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCGTAAGAAACATGAAAAAAGAGGCATTCATTGACAAGAA
66 AAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGAAAAAA-A-GCATTCATTGACAAGAA
* *
471 AAGTCTATTTATAGTCATCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * *
511 ACTCACTTTAAATTGCTTTATAATCCTGA-AATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTCTCATTTATGG
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAG
* * ** * * *
575 TTAAAA-AGAC--TAATCGAATGCTTGCCTCGAGAAATATGTAAAAAAACCATTCATTAAGGAAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAG-AA-ACGTGAAAAAA--A-GCA-T-------
* * * *
637 AAAGTCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCTTTTAAAAGCCGTATT
116 ----TC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
* * * * *
695 ATTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGA-AATTTATTTTAAGTTGAATATTTTCT-CATTTATG
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT-TACATTTTTA
* * * * * **
758 GTTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTCGAA-AAATGTGTAAAAAAATCATTCATTGAGGA
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT-TAAGAAACGTG-AAAAAAAGCATTCATTGACAA
* * * *
821 -AAAAGTTCCACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATC
126 GAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
* * * *******
864 ACACACTTGAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATNNNNNNN
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGT
*** * * *
929 NNNAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAGCTATTCATTGACAGGAA
65 TAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAA
* *
994 AAGTCCATTTATAGTCAACCATT-TTTTCAAAAGCGTTATT
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTT-AAAAGCCTTATT
* * * * *
1034 GCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTC
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * *
1098 GTTAAAATAGACAATATTTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGAAACAAAGACATTTACTGGCAAG
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAG-CATTCATTGACAAG
*
1162 AAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGGCC-TATT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAA-GCCTTATT
* * * * * * * *
1204 ACACAATTTACATTGTTTTATAATC-CAAACATTTATTTTAAGTTGAATTTTATCACATTTATGG
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAG
* * * ** * * *
1268 TTAAAA-ATACTATAATCGAATGCTTGCCACAAGAAATGTGTAAAAAAATCCATTCATTGAGGAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG-AAAAAAA-GCATTCATTGA-CAA
* * * *
1332 -AAAAGTCCATTTATAGTCGCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
************************ * ** *
1374 ACTCACTTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATTTGAATTTTTT-TTTGTTTTCTG
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTT-AG
* * * *** * *
1438 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTAGCTTCAGAAATCTGTAAAAAAAATTGTTCATTGAGAAA
64 TTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAA-C-GTGAAAAAAAGCATTCATTGACAAG
* *
1503 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAATCCTTATT
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTTAAAAGCCTTATT
* * *
1545 ACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTTACATTTTTTTA
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA--TTTTTA
** * * *
1610 -TTAAAACAGACTATTTTTGAAT-CTTTGCCTTAAGAAACGTGTAAAAGAAGCTATTCATTGAAA
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-TTACCTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGC-ATTCATTGACA
* **********
1673 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATT
125 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
** *
1717 ACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTA
1 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT-TA
* * * * ** *
1781 -CTAAAACAGACAATAATCGAATG-TCTACCTTAACAAACGTGAAAAAAAAATTATTCATTGGCA
63 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTTAAGAAACGTG--AAAAAAAGCATTCATTGACA
*
1844 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGC-TTTAAAAGTCTTATT
125 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTTAAAAGCCTTATT
* * * *
1888 ACT-AGCTTTAAATTGTTTTATAATAAT-AAAATTTATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTGA-AATTT
1 ACTCA-CTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT-ACATTTT
* * * * *
1949 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGA
61 TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGC-ATTCATTGA
2013 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1388, Mismatches: 362, Indels: 182
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 55 0.04
169 226 0.16
170 461 0.33
171 348 0.25
172 135 0.10
173 5 0.00
174 4 0.00
175 1 0.00
181 1 0.00
182 3 0.00
183 5 0.00
184 113 0.08
185 12 0.01
186 18 0.01
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTTAAGAAACGTGAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATT
Found at i:768 original size:184 final size:185
Alignment explanation
Indices: 459--824 Score: 610
Period size: 184 Copynumber: 2.0 Consensus size: 185
449 AAGAGGCATT
* *
459 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCTTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAAT
*
524 TGCTTTATAATCCTGAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTCTCATTTATGGTTAAAAAGAC-TAA
66 TGCTTTATAATCCTGAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTCTCATTTATGGTTAAAAAGACATAA
*
588 TCGAATGCTTGCCTCGAGAAATATGTAAAAAAACCATTCATTAAGGAAAAAAGTC
131 TCGAATGCTTGCCTCGAAAAATATGTAAAAAAACCATTCATTAAGGAAAAAAGTC
* *
643 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCTTTTAAAAGCCGTATTATTCGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCTTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAAT
*
708 TGTTTTATAAT-CTCGAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTCTCATTTATGGTTAAAAAGACTAT
66 TGCTTTATAATCCT-GAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTCTCATTTATGGTTAAAAAGAC-AT
* * *
772 AATCGAATGCTTGCCTCGAAAAATGTGTAAAAAAATCATTCATTGAGGAAAAA
129 AATCGAATGCTTGCCTCGAAAAATATGTAAAAAAACCATTCATTAAGGAAAAA
825 GTTCCACTTA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 10, Indels: 4
0.92 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
183 2 0.01
184 117 0.69
186 50 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (185 bp):
CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCTTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAAT
TGCTTTATAATCCTGAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTCTCATTTATGGTTAAAAAGACATAA
TCGAATGCTTGCCTCGAAAAATATGTAAAAAAACCATTCATTAAGGAAAAAAGTC
Found at i:1121 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 643--2012 Score: 894
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
633 GAAAAAAGTC
* * * * * *
643 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATCCATTCTTTT-AAAAGCCGTATTATTCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
707 TTGTTTTATAATCTCGAAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTCT-CATTTATGGTTAAAA-AGACT
65 TTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACT
* * * * * *
770 ATAATCGAATGCTTGCCTCGAAAAATGTGTAAAAAAATC-ATT
130 ATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAGCTATT
** * * * * * *
812 CATTGAGGA-AAAAGTTCCACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTATCACACACTTGAAA
1 CATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* **********
876 TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATNNNNNNNNNNAACAGACT
65 TTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACT
*
940 ATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGCAAAAAAGCTATT
130 ATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAGCTATT
* * * * *
982 CATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTTTTTCAAAAGCGTTATTGCTCGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
1047 TGTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGACA
66 TGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACT
* * *
1111 ATATTTGAATG-TTACCTTGAGAAACATGAAACAAAGAC-ATT
130 ATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAG-CTATT
* * * * * * *
1152 TACTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTT-AAAAGGCC-TATTACACAATTTAC
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTTCAAAA-GCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
1215 ATTGTTTTATAATC-CAAACATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTATCACATTTATGGTTAAAA-ATA
64 ATTGTTTTATAATCTCAAA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGA
* * *** * * *
1277 CTATAATCGAATGCTTGCCACAAGAAATGTGTAAAAAAATCCATT
128 CTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAGCTATT
* * * **
1322 CATTGAGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCGCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
************************ *
1386 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATTTGAATTTTTTTT---TGTTTTCTGTTAAAACAGA
65 TTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT-TTTTC-GTTAAAACAGA
* * ** *
1448 CTATAATTGAATGCTTAGCTTCAGAAATC-TGTAAAAAAAATTGTT
128 CTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAA-CGTG-AAAAAAAGCTATT
* * * *
1493 CATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * **
1558 TATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGATGAA-TTGTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGACT
66 TGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTCGTTAAAACAGACT
** * * *
1622 ATTTTTGAAT-CTTTGCCTTAAGAAACGTGTAAAAGAAGCTATT
130 ATAATTGAATGC-TTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAGCTATT
* * ********** **
1665 CATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
1730 TGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTC-TACTAAAACAGA
66 TGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGT--TAAAACAGA
* * * * **
1791 CAATAATCGAATG-TCTACCTTAACAAACGTGAAAAAAAAATTATT
128 CTATAATTGAATGCT-TACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAGCTATT
* * *
1836 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTT-AAAAGTCTTATTACT-AGCTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAA
* * * * * *
1899 ATTGTTTTATAATAAT-AAAATTTATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTGA-AATTTTGGTTAAAACAA
64 ATTGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAG
* *
1961 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATT
127 ACTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAGCTATT
2007 CATTGA
1 CATTGA
2013 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 256, Indels: 88
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 28 0.03
169 124 0.14
170 286 0.32
171 316 0.35
172 139 0.15
173 6 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
TGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTA
TAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAGCTATT
Found at i:5466 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4893--5625 Score: 492
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
4883 NNNNNACTTT
* * * * *
4893 AAATTAATTATGAA-ATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGATATGGGTGA
1 AAATCAATTAT-AAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
* * * * * * *****
4957 CTATAAATGGTCTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTTTACACGTTTCTCAAGGTAGGCANNNNN
65 CTATAAACGGACTTTTCTTCTAAATGAATAGATTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAA
***** * *
5022 NNNNNATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
130 TTATAATATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TA
* * * * * * ******
5064 AAATTAATTATAAGTTTGTAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGNNNNNN
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
**** * * ** * * *
5129 NNNNAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATA-ACTTTTTTTACATATTTCTCGAGGTAAACATTCAA
66 TATAAACGGACTTTTCTTCTAAATGAATAGA-TTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAA
** * * * * ** * *
5193 TTATCGTCTGTTTTA--AACAAAGTTTCAAAACATCTTAAATTA
130 TTATAATATATTTTAGCAA-AAAATGT-AAAA-AAATTCAACTA
* * * * * **********
5235 AAATAAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAACAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGAC
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
* * ** * * *
5300 TATAAGCGGACTTTTCTTGC-AAATGAAT-GATTTTTTT-CATGTTTCTTGAGG-TAGATATTCG
66 TATAAACGGACTTTTCTT-CTAAATGAATAGATTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCA
* * *
5361 ATTATAGTCTATTTTAGCAAAAAATGTACAAAAATTCAACTTA
129 ATTATAATATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TA
** *
5404 AAATCAATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
* * * *
5469 TATAAATGGTCTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAAT
66 TATAAACGGACTTTTCTTCTAAATGAATAGATTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAAT
* *
5534 TATAATATGTTTTAGCAACAAATGTAAAAAAATTCAACTA
131 TATAATATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTA
* * *
5574 AAATCAATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGA
5626 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 127, Indels: 31
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 110 0.26
170 75 0.18
171 220 0.52
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGAC
TATAAACGGACTTTTCTTCTAAATGAATAGATTTTTTTACACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAAT
TATAATATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTA
Found at i:6940 original size:336 final size:333
Alignment explanation
Indices: 6062--7288 Score: 945
Period size: 340 Copynumber: 3.6 Consensus size: 333
6052 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
6062 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTTTGCACGTTTCCCATGGCAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAAT-GTC-TTTGTTCCATGTTTCTCAAGGTA-ACAT
* * * * * *
6126 TCAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGAGATTAT
62 TCAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
* * ***********
6190 AGAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATNNNNNNNNNNCC
126 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * * *
6255 TCAATGAATGGTTTTTTTTACACATTTCTCGAGACAAGCATTCGATCATAGTCTTTTTAAGCATA
191 TCAATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTATTTTTAA-CAT-
* ********** *
6320 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATANNNNNNNNNNATGCGAGTAATAAG
254 AA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTCGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
6385 GCGTTTAAAGGAATGGG
317 GCTTTTAAAGGAATGGG
* * * *
6402 TGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCGAATAAATGTCTTTGTTTCATGTTTCTCAAGGTAGCATTCA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGTCTTTGTTCCATGTTTCTCAAGGTAACATTCA
* *******************
6467 ATTATTGTCTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAA
65 ATTATAGTCTAT--TTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * *********
6532 AACAATTTAAAATGAGTAATAACACTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTNNNNNNNNN
128 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* * *
6597 NATGAATAGTTTTTTTTACACATTTTTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTATTTTTAACCATAA-
193 AATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTATTTTTAA-CATAAT
* * * * *
6661 AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTCGGGATTAAAAAACAATTTAAAGTGACTAATATGGCTTT
257 AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTCGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*
6726 TTAAGGAATGGG
322 TAAAGGAATGGG
* *
6738 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGTCTTTGTTCCATGTTTCTCAAAGTACCATTCA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAATGTCTTTGTTCCATGTTTCTCAAGGTAACATTCA
* *
6803 ATTATTGTCTATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAA
65 ATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
6868 AACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTCTT
128 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
** * * ** * * *
6933 AATGAATAGCTTTTTTCGCACGTTTCTCAAGG-TGGACATTCAATTATAGTTTATTTTTAAAAAA
193 AATGAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCGAGGCAAG-CATTCGATTATAG--TATTTTTAACATA
* * * ********** * *
6997 ATGTAAAAAAATACAAATTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG
255 A--TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTCGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* **
7062 CTTTTGAACAAATGGG
318 CTTTTAAAGGAATGGG
* * * * * * *
7078 TGACTATAAATGGTCTTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTTTGCACGTTTTTTAAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGAAT-GTC-TTTGTTCCATGTTTCTCAAGGTA-ACAT
* ** *
7142 TCAATTATAGTCTGTTTT-AAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACAAGATTGTA
62 TCAATTATAGTCTATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATA
*
7206 AAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTCT
127 AAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
*
7271 GAATGAATAGCTTTTTTT
192 CAATGAATAGCTTTTTTT
7289 GTACGTNNNN
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 169, Indels: 35
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 247 0.35
337 5 0.01
338 24 0.03
339 132 0.19
340 254 0.36
341 19 0.03
342 19 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGTCTTTGTTCCATGTTTCTCAAGGTAACATTCAA
TTATAGTCTATTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
GAATAGCTTTTTTTACACATTTCTCGAGGCAAGCATTCGATTATAGTATTTTTAACATAATAAAA
AAATTCAACTTAAAATAAATTTCGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
GGAATGGG
Found at i:7259 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 6062--7294 Score: 783
Period size: 170 Copynumber: 7.3 Consensus size: 167
6052 NNNNNNNNNN
* * *
6062 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCCCATGGCAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTA-ACATT
* * * * * *
6127 CAATTGTAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAGTCT-TTTT-A-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATA
* * *
6191 GAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGG
127 AAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
*********** * * * * * **
6232 TGACTATAAATNNNNNNNNNNCCTCAATGAATGGTTTTTTTTACACATTTCTCGAGACAAGCATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAA-CATT
* * * * * * ** *
6297 CGATCATAGTCTTTTTAAGCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATAN
65 CAATTATAGTCTTTTTAA--AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATAA
********* * * * * *
6362 NNNNNNNNNATGCGAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATGGG
128 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
* * * * * *
6402 TGACTATAAATGGCCTTTTCTTGC-GAATAAAT-GTCTTTGTTT-CATGTTTCTCAAGGTAGCAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAACAT
* ****************** *
6464 TCAATTATTGTCTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTA
64 TCAATTATAGTCT-T---TTTAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTA
* **
6529 TAAAACAATTTAAAATGAGTAATAACACTTTTGAAGAAATGGG
125 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
********** * * * * * *
6572 TGACTATAAATGGACTNNNNNNNNNNATGAATAGTTTTTTTTACACATTTTTCGAGGCAAGCATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAA-CATT
* * * * * * * * * *
6637 CGATTATAGTATTTTTAACCATAA---AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTCGGGATTAAAAA
65 CAATTATAGTCTTTTTAA-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATAAA
* * * *
6699 ACAATTTAAAGTGACTAATATGGCTTTTTAAGGAATGGG
129 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
** * * * * *
6738 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAAT-G-TCTTTGTTCCATGTTTCTCAAAGTACCATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCT-TTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAACATT
* * *
6801 CAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTATAGTCT-TTTT-A-AAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTAT
*
6866 AAAACAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
126 AAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
* * * *
6908 TGACTATAAATGGTCTTTTCTTCTTAATGAATAGCTTTTTTCGCACGTTTCTCAAGGTGGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGT-AACATT
* ** * * **********
6973 CAATTATAGTTTATTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATACAAATTAAAATCAANNNNNNNNNNATAA
65 CAATTATAG--TCTTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATAA
* ** *
7038 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGGG
128 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
* * *
7078 TGACTATAAATGGTCTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTTTTAAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTA-ACATT
* *
7143 CAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACAAGATTGTAAA
65 CAATTATAGTCT-TTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATAAA
*
7208 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGG
129 ACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
* * *
7247 TGACTATAAATGGGCTTTTCTTCTGAATGAATAGCTTTTTTTGTACGT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGT
7295 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 254, Indels: 61
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 14 0.02
165 20 0.03
166 84 0.11
167 2 0.00
168 16 0.02
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171 40 0.05
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173 4 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGTAACATTC
AATTATAGTCTTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTACGAGATTATAAAAC
AATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGG
Found at i:10705 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10138--10895 Score: 476
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 168
10128 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
10138 AATTATAAGTTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACCATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * ********* * *
10203 ATAGACTTTTCTTCTCAATGAATAACTTTTTNNNNNNNNNNCTCGA-GGTAAACATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTT--TTGCACGTTTCCATGGTAGACATTCAATTATA
* * *
10267 GTCTGTTTTAAAAAAAATTTCAAAACATCTTAACTTAAAATAA
129 GTCTGTTTTAAAAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAAT-A
* *
10310 AATT-TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAGAAGG-TCTTTAAAGGAATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * **
10373 AGTGGACTTTTCTTGC-AAAGGAAT-GATTTTTTTTCACGTTT-CTTGAGGTAGATATTTGATTA
65 AATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCCAT--GGTAGACATTCAATTA
* * * *
10435 TAGTCTATTTTAGCAAAAAATGTACAAAAATCCAACTTAAAATC
127 TAGTCTGTTTTA-AAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATA
* * ********** *
10479 AATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATNNNNNNNNNNAAGAAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * *
10544 ATGGACTTGTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTGCCATGGCAGACATTCAATTTTAG
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTT-CCATGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
10609 TTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCATCTTGAAATT
130 TCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATA
* *
10649 AATTATGAGATTATAGAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
************** * * * * * * *
10714 ATGGA-NNNNNNNNNNNNNNAATGGTTTTTTTTACACATTT-CTTGAG-ACAAGCATTCGATTAT
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCCATG-GTA-GA-CATTCAATTAT
* *
10776 AGTCT-TTTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATA
128 AGTCTGTTTTAA-AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATA
* * * *
10818 AATTTTGGGATTATAAAACAATTTAATA-CGAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
*
10882 AATGGGCTTTTCTT
65 AATGGACTTTTCTT
10896 GCGAATAAAC
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 126, Indels: 42
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 17 0.04
169 113 0.26
170 174 0.40
171 125 0.28
172 5 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCCATGGTAGACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATA
Found at i:12851 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 12795--12852 Score: 73
Period size: 23 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
12785 TAAAGGAATG
12795 GGCGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 GGCGAC-ATAAATGGGCTTTTCT
*
12818 GGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 GGCGAC-ATAAATGGGCTTTTCT
*
12841 TGCGA-ATAAATG
1 GGCGACATAAATG
12853 TCTTTATTTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.22
23 25 0.78
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.26, T:0.34
Consensus pattern (22 bp):
GGCGACATAAATGGGCTTTTCT
Found at i:14794 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 14617--15224 Score: 500
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
14607 NNNNNNNNNN
* * * *
14617 TATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATG-TTAAAACAGACTATAATTG
* * **
14682 AATGCCTGCCTTTAGAAACATGTAAAAAAAATTCATTCATTGAGAAAAAAGTGCATTTATAGTCA
65 AATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAAAAAGT-CATTTATAGTCA
*
14747 CTCATTCCTTCAAAAGACTTATTAGTCACTTTAAATAGTTT
128 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTT
************ * *
14788 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACNNNNNNNNNNNNNACAAACTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTATGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
14853 AATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATACTCA
65 AATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA-AAAAGTC-ATTTATAGTCA
* * * *
14918 C-CTAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTT
128 CTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTT
********** * *
14959 TATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTATGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
15024 AATGTCTACATTGAGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAACAAGTCCATTTATAGCCA
65 AATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAA-AAGT-CATTTATAGTCA
* * * ******
15089 ATCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAANNNNNN
128 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTT
**** * * *
15130 NNNNATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTCTTTTCTA-TTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT
1 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTATGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
15194 GAATGCATACCTTAACAAACATGCAAAAAAA
64 GAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAA
15225 CCTA
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 97, Indels: 20
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.05
171 306 0.93
172 6 0.02
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGCCTACCTTGAGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAGTCATTTATAGTCACTC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTT
Done.