Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399384.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_265.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9956
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.08, T:0.24
Warning! 3606 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4129 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3862--4585 Score: 744
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
3852 NNNNNNNNNG
* * * * * * **
3862 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT-AC-TACAGAAA-A
1 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACA
* * * * * * * *
3924 TGAAAAGAAAAAGGCTTTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTATGGCCACCCATTCCTCCATAAGCC
65 TG--AAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
3989 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATCTT
128 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
4033 AATTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTCAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACGT
1 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACAT
*** *
4097 GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
4162 TTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT
131 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* **
4203 AAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATCTTATAATTGAATGTTTGCCTT--AAGTAAC
1 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAA--AAC
* ** * * *
4266 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGACTTTAAAAGCCT
64 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* *
4331 TATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAA-CACCATAATTGATTTT
129 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTT
* * * * * * *
4374 AGGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTCAAATAGATTTTAATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACAT
1 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACAT
* * * * * * * ** **
4439 GAAAAAAAAATCATTTATTGACTAGAAATGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAA-TATTA
66 GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
4503 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGTTTTT
131 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
4544 AAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAAT
1 AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
4586 AGCCACCTAA
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 81, Indels: 21
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 208 0.45
171 247 0.53
172 4 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACAT
GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
Found at i:4355 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3862--4585 Score: 839
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
3852 NNNNNNNNNG
*
3862 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAC-TATAATTGAATGTCTACTACAGAAAATG
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AACTTATAATTGAATGTCTACTACAGAAAATG
* * * * ** *
3926 AAAAGAAAAAGGCTTTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTATGGCCACCCATTCCTCCATAAGCCTT
65 -AAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGACTCCAAAAGCCTT
* * *
3991 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TCAAAATTGATCTTAATTTGAAT-TTTTTACATTTT
129 ATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAA-CACCAAAATTGATCTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT
* * * * * *
4054 TTGTTCAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGAC
193 TGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAAATCATTCATTGAC
* ** * * *
4119 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTA
258 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAA-CATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
4184 TAAACTCATAATTGATTTT
322 TAAACTCATAATTGATTTT
* * * * *
4203 AAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATCTTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGTAACA
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAACTTATAATTGAATGTCT-AC-TACAG-AAAA
** * * **
4267 TG-AAGAAAAAGCCATTCATTGATTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGACTTTAAAAGCCT
63 TGAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGACTCCAAAAGCCT
* * * *
4331 TATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAACACCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTT
128 TATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAACACCAAAATTGATCTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT
* * * * * * *
4396 TGGTTCAAATAGATTTTAATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACATGAAAAAAAAATCATTTATTGAC
193 TGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAAATCATTCATTGAC
* * ** *
4461 TAGAAATGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAATATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
258 AAGAAAAGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAACATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** *
4526 AATTTCATAATTGTTTTT
323 AAACTCATAATTGATTTT
* *
4544 AAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGA-TTATAAT
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAAT
4586 AGCCACCTAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 57, Indels: 14
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 213 0.67
342 96 0.30
343 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAACTTATAATTGAATGTCTACTACAGAAAATGA
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGACTCCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTGAAATAGTTTTATAACACCAAAATTGATCTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGG
TTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAAATCATTCATTGACAAG
AAAAGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAACATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAA
CTCATAATTGATTTT
Found at i:4825 original size:279 final size:279
Alignment explanation
Indices: 4319--4843 Score: 626
Period size: 279 Copynumber: 1.9 Consensus size: 279
4309 TCACCCGTGA
**
4319 CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAACACCATAATTGATTTTAGGTTGAATA
1 CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAACACCATAATTGATTTTAAATTGAATA
* * * * * ** * * *
4384 TTTTTACATTTTTGGTTCAAATAGATTTTAATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACATGAAAAAAAAA
66 TTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAA
* * * * * ** * *
4449 TCATTTATTGACTAGAAATGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAATATTATTACTCACTTT
131 CCATTCATTGACTAGAAAAGTCAATTTATAATCATCCATGCCATCAAAACATTATTACTCACTTC
* * * *
4514 AAATGGTTTTATAATTTCATAATTGTTTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGA
196 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGA
4579 TTATAATAGCCACCTAAGC
261 TTATAATAGCCACCTAAGC
* * * *
4598 CTTTTAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGA-TTTAAATTGAAT
1 CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAA-CACCATAATTGATTTTAAATTGAAT
* * * * *
4661 TTTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACGTGAAGACAAA
65 ATTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATGAAAAAAAA
* * * * **
4726 GCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAATCA-CCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTTG
130 ACCATTCATTGACT-AGAAAAGTCAATTTATAATCATCC-ATGCCATCAAAA-CATTATTACTCA
4789 CTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTT
192 CTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTT
4844 CGGTTAACCA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 40, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
277 3 0.01
278 95 0.47
279 103 0.51
280 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (279 bp):
CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAACACCATAATTGATTTTAAATTGAATA
TTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAA
CCATTCATTGACTAGAAAAGTCAATTTATAATCATCCATGCCATCAAAACATTATTACTCACTTC
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAACAGA
TTATAATAGCCACCTAAGC
Found at i:4891 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4603--5333 Score: 784
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
4593 TAAGCCTTTT
* * * *
4603 AAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
* * * * *
4667 ACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTC-CACCTCGAGAAACGTGAAGACAAAGCCAT
65 ACATTT-TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** *
4731 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCATCA
129 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCG
** *
4773 AAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
** * * * * * * *
4838 ACATTTCGGTT-AACCAAATTATAATTGAATGTTTGGA-TTTG-GAACATGTGAAGAACAAGCTA
65 ACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-GACCTCGAGAA-ACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
4900 TTCATTAACAAGAAAAGTCTATTAATAGCCACCCATGCTTTCG
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCG
** * *
4943 AAAGCCTTATTACTTTCGTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
** * * *
5008 -ACATCTTTAGCAAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAATG-C
64 AACAT-TTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCC
* *
5070 ATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-TGTTCG
127 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCG
* *
5114 AAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
* * *
5179 AA-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTG-TCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
64 AACA-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* ** *
5242 TTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTC-
128 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCG
5284 AAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
5334 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 73, Indels: 40
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 24 0.05
170 197 0.42
171 221 0.47
172 26 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
CATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCG
Found at i:5290 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4582--5333 Score: 885
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
4572 AAACAGATTA
* * * *
4582 TAATAGCCACCTAAGCCTTTTAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TAATAGCCACCCATG-CTTTCAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** *
4647 GA-TTTAAATTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCCACCTCGAG
64 GATTTTAAATTAAAATTTTTTACATTTATAGCAAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAG
* *
4711 AAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCATCAAAA
129 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCATCAAAA
** **
4776 GCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA
194 GCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAACA
* * * * * * *
4841 TTTCGGTTAACCAAATTATAATTGAATGTTTGGATTTGGAACATGTGAAGAACAAGCTATTCATT
259 TTTCAGTTAAACAAATTATAATTGAATATCTGGATTCGGAACACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT
4906 AACAAGAAAAGTCTAT
324 AACAAGAAAAGTCTAT
** * *
4922 TAATAGCCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTTCGTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATT
1 TAATAGCCACCCATGCTTTC-AAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
4987 GATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATCTT-TAGCAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA
64 GATTTTAAATTAAAATTTTTTACAT-TTATAGCAAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGA
* * * *** *
5051 GAAACTTGAAGAAAAATG-CATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTTGTTCG
128 GAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCT-ATTCCATCA
5114 AAAGCCTTATTACTCACTTTC-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTT
191 AAAGCCTTATTACTCAC-TTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA-TTTTT
*
5178 TAA-ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCT-G-TCTCGAGAA-ACGTGAAGAAAAAG
254 TAACA-TTTCAGTT-AAACAAATTATAATTGAATATCTGGAT-TCG-GAACACGTGAAGAAAAA-
* ***
5239 GC-ATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTAT
314 GCTATTCATTAACAAGAAAAGTCTAT
* * *
5264 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TAATAGCCACCCATGCTTTCAAAGCCTTATTACTCACT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
5329 ATTTT
65 ATTTT
5334 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 51, Indels: 25
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 56 0.16
341 193 0.55
342 70 0.20
343 25 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TAATAGCCACCCATGCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAATTAAAATTTTTTACATTTATAGCAAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCGAGAA
ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCATCAAAAGC
CTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAACATT
TCAGTTAAACAAATTATAATTGAATATCTGGATTCGGAACACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAA
CAAGAAAAGTCTAT
Done.