Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399389.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2655.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15009
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 3595 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1935 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1726--2452 Score: 473
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
1716 NNNNNNNTGG
** *
1726 CAAGAAAAGTCCATTTACGGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
1790 CATAATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTACATATTT-GGTTAAAGCAGATTATAATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAAAT-TTTAAGTTAAAACAGATTATAATT
* *
1854 AAATATTTACCTTGAG-AA-ACGTGAAGAAAAGGGCATTCATTGA
127 AAATATCTACCTTGAGAAATAC-T-AAGAAAAAGGCATTCATTGA
* * * * **
1897 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACGCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCATTAAAAAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
1962 ATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAA
* * * *
2027 TATCTATCTTGAGAAATACTAAGAAAAAGGTATTCGTTGG
130 TATCTACCTTGAGAAATACTAAGAAAAAGGCATTCATTGA
* * * *
2067 TAAG-AAAGTCTATTTATAGTCATCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* ************** * * *
2131 ATAATCTCAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
65 ATAATCTCATAAT---TGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * *
2195 GATTGTCTAGCAATTGA-AACAT--GAAGAAAAAGGCATTAATTGG
127 AAATATCTA-C-CTTGAGAA-ATACTAAGAAAAAGGCATTCATTGA
* * * * * *
2238 CAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCATATTACTCAATTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* ********** * * ** * *
2303 ATAATCTCAAAATNNNNNNNNNNTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT-TAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * ** *
2368 AGTGTCTACCTTCAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTAA
128 AATATCTACCTTGAGAAATACTAAGAAAAAGGCATTCATTGA
*
2410 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTT
2453 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 92, Indels: 39
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 74 0.17
170 64 0.14
171 143 0.32
172 157 0.35
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
ATCTACCTTGAGAAATACTAAGAAAAAGGCATTCATTGA
Found at i:4040 original size:172 final size:162
Alignment explanation
Indices: 3774--4107 Score: 359
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
3764 TTATTACTCA
* * * **
3774 CTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTTGATTTTTAGTTTAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* *
3839 ATAGTTTATAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGGAAAGAAAA
66 ACAGTTTATAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAGAAAAAG-CATTCATTAGAAAGAAAA
* *
3903 GTCTATTCATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCC
130 GTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
3936 NNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAA-TTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
1 ----------CTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACAT
* * * * *
4000 TTTTTGTTAAAACA-TATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCAT
55 TTTTAGTTAAAACAGT-TTATAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAGAAAAAGCATTCAT
** * * *
4064 TATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCC
119 TAGAAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
4108 TTATTACTCA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 19, Indels: 6
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 13 0.09
172 118 0.84
173 9 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
CTTTAAATGGTTTTATGATCTCAAAATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGTTTATAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAGAAAAAGCATTCATTAGAAAGAAAAG
TCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:6148 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5534--6212 Score: 562
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 169
5524 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
5534 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGTAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTGA-GAAACGTGAAAAAAA
* * * ** * *
5599 AG-CTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATGGTCTTCCATTCCTTTAAAAGCGTTATTACTCA
65 AGACAATTCATTG-GCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
** ** * * *
5663 CTTTAAATGGCTTTATAATCTCCTAATTGATTTGAGCTAAA
129 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAGTTAAA
* * * * * *
5704 TTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAATGTGAAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAAAAAA
* * * * *
5769 A-ATGCAATT-ATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCGAAAGTCTTATTACT
65 AGA--CAATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
5832 CATTTTAAAT-AGTTTTATTACCTAAAAATTGATTTTCAGTTTAA
127 CACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAGTTAAA
* * * * *
5876 TTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAAAAAA
* ********* * *
5941 AGGC-ATTCATTGGCAAAANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATTGCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
65 AGACAATTCATTGGCAAAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
6005 CTTTAAATGATTTTATAATCTGAAAATTAGTTTTAAGTTCAAA
129 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT-GTTTTAAGTT-AAA
* *
6048 TTTTTTTTACATTTTTGGTGTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGAAAAA
1 -TTTTTTTACATTTTTAGT-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAAAA
* ** * * *
6112 AAAGAC-ATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTACTTTAAAAGTCTTATTACT
63 AAAGACAATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
6176 CACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTAA
127 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAA
6213 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 96, Indels: 30
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 58 0.15
171 135 0.34
172 76 0.19
173 121 0.30
174 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACGTGAAAAAAAA
GACAATTCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAGTTAAA
Found at i:7040 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6821--7232 Score: 454
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
6811 NNNNNNNNNN
* * * *
6821 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAAAAAAATCTATTTATGGTCACCTATACCT
1 CTTGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCT
* * * *
6886 TCAAAAGCCATATTACTAGC-TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCATTTTATGTTGAATGT
65 TCAAAAACCATATTACTAGCATTAAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATGT
********** * *
6950 TTTNNNNNNNNNNGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTAC
129 TTTCAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAC
*
6992 CTTGAGAAACATGAAGAAAAGGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGC-ATTCC
1 CTTGAGAAACATGAAGAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATACC
** * * * ** *
7056 TTCAAAAACTTTGTTATTGGCATTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTT
64 TTCAAAAACCATATTACTAGCATTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATGT
7121 TTTCAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAC
129 TTTCAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAC
* * *
7163 CTTGAGAAATATCAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTA-C
1 CTTGAGAAACATGAAGAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTA-TACC
7226 TTCAAAA
64 TTCAAAA
7233 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 33, Indels: 13
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 35 0.17
171 159 0.79
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTTGAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTT
CAAAAACCATATTACTAGCATTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATGTTT
TCAAATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAC
Found at i:7905 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7552--7918 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
7542 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
7552 TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAGAGCATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTACCTCGAGAAACATCAAAAAAAGAGCATTCAT
** * * * *
7617 TGGCAAGAAAAGTTCATTTTTAGTCACGCATTCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCACATTAAAAGGT
66 TGGCAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACGCATTACTTCAAAACCCTTATTACTCACATTAAAAGGT
* * * *
7682 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA
131 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAA
* * * *
7723 ATTTAAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTATCTCGAGAAATATCAAGAAAAAG-GCATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTACCTCGAGAAACATCAA-AAAAAGAGCATTCA
** * ** *
7787 TTGGCAAG-AAAG-TCTATTTAAAGTCACTTATTACTTCAAAACCCTTATTAGTCATTTTCAATA
65 TTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTAAAGTCACGCATTACTTCAAAACCCTTATTACTCACATT-AAAA
*
7850 -GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATGTTTTTACA
128 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTAAA
*
7894 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
7919 GATTGTCTAG
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 31, Indels: 8
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 64 0.40
171 89 0.55
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTACCTCGAGAAACATCAAAAAAAGAGCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACGCATTACTTCAAAACCCTTATTACTCACATTAAAAGGT
TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAA
Found at i:7948 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7558--8012 Score: 407
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
7548 NNNNTTTTTG
* * * * **
7558 GTTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAGAGCATTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAGCAAGAGAAACGTGAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCA
** * * * *
7622 AGAAAAGT-TCATTTTTAGTCACGCATTCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCACATTAAAAGGTTTTA
65 AG-AAAGTCT-ATTTAAAGTCACGCATTACTTCAAAACCCTTATTACTCACATTAAAAGGTTTTA
* * * *
7686 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTAA
128 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAAATTTAA
* ** ** *
7729 GTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTATCTCGAGAAATATCAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAGCAAGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
** * ** *
7794 GAAAGTCTATTTAAAGTCACTTATTACTTCAAAACCCTTATTAGTCATTTTCAATA-GTTTTATA
66 GAAAGTCTATTTAAAGTCACGCATTACTTCAAAACCCTTATTACTCACATT-AAAAGGTTTTATA
* * *
7858 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATGTTTTTACATTTTTA
130 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTAAAATTTAA
* * * * *** *
7900 GTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTAGCAATTTAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAGCAAGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* ** * *
7965 GAAATGTCCATTTGTAGTCATC-CATT-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCA
66 GAAA-GTCTATTTAAAGTCA-CGCATTAC-TTCAAAACCCTTATTACTCA
8013 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 48, Indels: 13
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 65 0.28
171 125 0.55
172 38 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTCAATATCTAGCAAGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
GAAAGTCTATTTAAAGTCACGCATTACTTCAAAACCCTTATTACTCACATTAAAAGGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAAATTTAA
Found at i:10963 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10614--11010 Score: 467
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
10604 NNNNNNNNAC
* * *
10614 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATAT-CTTCAAAAGCCTTGTTACTTGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCATCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTA
* * * * *
10678 ACAATGTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTGTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
64 ACAATATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTAATATTTGTGGTTAAAACAAACTATAATTGA
* * * *
10743 ATGTCTACGTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGC
129 ATGACAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGA
* * *
10785 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGGTTTAA
1 AAGAAAAGCC-ATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTAA
* * * * *
10850 TAATATCAAAATT-ATTTTTAATTTGAATTCTTTGAATATGTT-TGGTTAAAACATATTATAATT
65 CAATATCAAAATTGA-TTTTAAGTTAAATTCTTT-AATAT-TTGTGGTTAAAACAAACTATAATT
** * * *
10913 GAATGACAACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCATTGGA
127 GAATGACAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGA
* *
10957 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTT
11011 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 30, Indels: 11
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 78 0.41
172 104 0.55
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTAAC
AATATCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTAATATTTGTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
GACAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGA
Found at i:11207 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10615--13149 Score: 771
Period size: 171 Copynumber: 14.9 Consensus size: 172
10605 NNNNNNNACA
* * * **** *
10615 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATAT-CTTCAAAAGCCTTGTTACTTGTTTTAAATGGTTTT
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACT-CAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * * * *
10678 ACAATGT-TATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTGTGGTTAAAACAAACTATAATTG
64 ATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * ** * *
10742 AATGTCTACGTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA-
129 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATT-GGAT
* * * * * * * *
10786 AGAAAAG-CCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCATTGTTACTCACTTTAAATGGTTTAA
1 AGAAAAGTAC-ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * *
10850 TAATATCAA-AATT-ATTTTTAATTTGAATTCTTTGAATATGTTTGGTTAAAACATATTATAATT
65 TAATCTCAATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTATTT-TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
* * * ** * *
10913 GAATGACAACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCATTGGAA
128 GAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
** * * * * ***********
10958 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-NNNNNNNNNNN
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
******** *
11022 NNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTTA-TTAAAATAGATTATAATTGA
66 AATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * *
11086 ATGCCTAGCTTGGGAAACTTGTAGAAGAAGC-CACTCATTTGGAT
130 ATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAACACACTCA-TTGGAT
* * * * *
11130 -GAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GTTTCAAAT-GATTTT
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT-AAATAG-TTTT
* * * *
11192 ATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAAATATTTCACATTTTTAGTTAAAATAGA--CTAATTG
64 ATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
** * *
11254 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCT
129 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
* * * *
11298 AGAAAGGTATATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
11363 CATCTCAA-AATTGATTTTTAGTTCAATTGTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 AATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ***
11427 TGTCTACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAA-GGTCT-ATT---T
131 TGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
* * * * * * *
11464 ---ATAGT-C------ACTCA-T--TG-CTTTAAAAGCACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
11515 T-ATCTCA--AATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTC
65 TAATCTCAATAATTGATTTTAAGTT-GAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** * *
11577 ATTGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-T
129 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
********* * * * *
11620 AAGAAAAGT-CNNNNNNNNNNCACCCATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATT
1 -AGAAAAGTAC-ATTTATAATCACTCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTT
* * * * * * *
11683 GATAATCTC-ATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAGAACATA-ATT-TAA
63 TATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTA-AA-ATAGATTATAA
* * ** * *** **********
11745 TTAAATGTCTATGTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTANNNNNNNNNN
126 TTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
* * *** *
11792 AGAAAAGTACATTTATAGTCAC-CGATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTTCTTGAAAT-GATTTT
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAG-TTTT
* ** * * * **
11855 ATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACCTTTTTGGATGAAAA-AGGTTATAGCT
64 ATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * *
11917 GAATGTCTACGTTGAGGAACGTGAAGCTAAAGC-CAACT-ATTGTCAT
128 GAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACAC-ACTCATTG-GAT
* * * * *** ** * *** *
11963 -GAAATG-CCTATTTATAGTCACTTAAGGCTTTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTAC-ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
12026 TAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT-TAATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTG
65 TAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAT-ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ** * *
12089 AATGTCTACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-T
129 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
* * * * *
12132 AGAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AG-AAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * *
12197 TAATATC-ATAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG
65 TAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT-TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
*** ***** *
12261 AATGTAAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTTTTTATTGG-T
129 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
* * * * * * * ****
12304 AAAAAGAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAG-NNNN
1 AGAAA-AGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
************* * * * * *
12368 NNNNNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTCAAACAGACTATAATTG
65 TAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * ** * *
12433 AAAGGCTAACTT-AGAAA-ATGTGTTGAAAAGGC-CAGTCATTTGGA-
129 AATGCCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAA-ACACACTCA-TTGGAT
* * * * ** * * *
12477 AGAAAAGTCCATTTATACTCTCTAATTCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
********** * * *
12542 AATCTC-NNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-A
66 AATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA-TATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
** * * * * *
12604 ACTGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACGCATTAATTGGCT
130 A-TGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
* * * ** * * * *
12648 AGACAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTTTTTAAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTG
1 AGAAAAGTAC-ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
* * * *
12712 TTATCTCAA-AATTGATTTTTAA-TTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
65 TAATCTCAATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *** *
12775 GAATGTCTGCCTTAAAAAACATGTAGAAAAAGTGATTCATTGAGA-
128 GAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTG-GAT
** * * * * * *
12820 AGAAAAGT-CTATTTATGGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GACTTT
1 AGAAAAGTAC-ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAG-TTTT
* * * *
12883 ATAATCTC-CTAATTGATTTTGAGTTGAATT-TTCTTATATTTTTAGTTAAAATATACTATAATT
64 ATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATT-TTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
* * * ** * * *
12946 GAATGTCTATCTCGAGAAATGTGAAAAAAAAAATACATTCATTGGCA-
128 GAATGCCTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAACACACTCATTGG-AT
* * * * ** * * *
12993 AGAAAGGT-CTATTTATAGTCACCCATTCGTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTAC-ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * *
13057 TTATCTGAA-AATTAATTTTTAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 TAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * **
13121 AAGTCTATCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA
130 ATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
13150 GGCATTCATT
Statistics
Matches: 1805, Mismatches: 449, Indels: 220
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
151 14 0.01
152 74 0.04
153 27 0.01
154 3 0.00
155 1 0.00
156 5 0.00
160 5 0.00
163 3 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
168 9 0.00
169 132 0.07
170 178 0.10
171 663 0.37
172 527 0.29
173 158 0.09
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AGAAAAGTACATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
TGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACACTCATTGGAT
Found at i:11377 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11139--11454 Score: 388
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
11129 TGAAAAGTCC
* * * *
11139 ATTTATAATCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTCAAATGATTTTATAATCTAATAA
1 ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCCTTTCAAATGATTTTATAATCTAATAA
* * * *
11204 TTGATTTTAAGTTGAAATATTTCACATTTTTAGTTAAAATAGA-CTAATTGAATGTTTACCTTGA
66 TTGATTTTAAGTTCAAATATTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTTGA
*
11268 GAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCTAGAAAGGTAT
131 GAAACATAAAGAAAAACACATTCATTGGCTAGAAAGGTAT
* * *
11308 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT-AAAT-AGTTTTATCATCTCAA
1 ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGC-CTTTCAAATGA-TTTTATAATCT-AA
* * * * ** *
11371 -AATTGATTTTTAGTTCAATTGTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT
63 TAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTCACATTTTTAGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACC
*
11435 TTGAGAAACGTAAAGAAAAA
127 TTGAGAAACATAAAGAAAAA
11455 GGTCTATTTA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 84 0.69
170 5 0.04
171 32 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCCTTTCAAATGATTTTATAATCTAATAA
TTGATTTTAAGTTCAAATATTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAACATAAAGAAAAACACATTCATTGGCTAGAAAGGTAT
Found at i:11520 original size:152 final size:152
Alignment explanation
Indices: 11300--11608 Score: 435
Period size: 152 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
11290 CATTGGCTAG
*
11300 AAAGGTATATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATCA
1 AAAGGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATCA
* ** *
11365 TCTCAAAATTGATTTTTAGTTC-AATTGTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 TCTC-AAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATG
11429 TCTA-CTTTGAGAAACGTAAAGAA
130 TCTAGC-TTGAGAAACGTAAAGAA
* * * * * *
11452 AAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTGCTTTAAAAGCACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-
1 AAAGGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATC
* * *
11516 ATCTCAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCATTG
65 ATCTCAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATG
*
11581 TCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAA
130 TCTAGCTTGAGAAACGTAAAGAA
11604 AAAGG
1 AAAGG
11609 CATTCATTAG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 15, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
151 16 0.12
152 98 0.71
153 25 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (152 bp):
AAAGGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATCA
TCTCAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGT
CTAGCTTGAGAAACGTAAAGAA
Found at i:12360 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11972--13185 Score: 476
Period size: 172 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
11962 TGAAATGCCT
*** ** * * * *
11972 ATTTATAGTCACTTAAGGCTTTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAA
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAA
* * * ** *
12037 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTAATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTGTAAGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTAAACCTTG
*
12102 AGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAGAAAAAGTCC
131 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAGAAAAAGTCC
* * * *
12143 ATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAA-GCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATA-TCAT
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-ACTAAT
* * *
12206 AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTAAACC
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTGTA-AGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTAAACC
* ** * *
12271 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTTTTTATTGGTA-AAAAGAGTCC
128 TTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAGAAAA-AGTCC
****************
12315 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAA
* * * * * * * *
12380 NTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAAAGGCT-AA-C
66 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTGTA-AGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTG-AATG-TAAACC
** * * * *
12443 TT-AGAAA-AT-GTGTTGAAAAGGCCAGTCATTTGGA-AGAAAAGTCC
128 TTGAGAAACATAAAG--AAAAAGG-CATTCATTAGTAGA-AAAAGTCC
* * * ** * *****
12487 ATTTATACTCTCTAATTCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNN
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAA
****** * ** * **
12552 NNNNNNTTAAGTTGAATT-TTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AACTGTTTACCT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTGTA-AGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAA-TGTAAACCT
* * * * *
12615 TGAGAAACATAAAGAAAAACGCATTAATTGGCTAG-ACAAGTCT
129 TGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-TAGAAAAAGTCC
** ** * * * * * * *
12658 ATTTATAGTCACCCATTTTTTAAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTGTTATCTCAA-A
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATA
* * * * * * * * ***
12722 ATTGATTTTTAA-TTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC
65 ATTGA-TTTTAAGTTGAATTATTTGTA-AGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTAAACC
* * ** * *
12786 TTAAAAAACATGTAGAAAAAGTG-ATTCATTGAGAAG-AAAAGTCT
128 TTGAGAAACATAAAGAAAAAG-GCATTCATT-AGTAGAAAAAGTCC
* * ** * * * * * * **
12830 ATTTATGGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GACTTTATAATCTCCTA
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAACTAATA
* * * ** *
12894 ATTGATTTTGAGTTGAATT-TTCT-TATATTTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTATC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTATT-TGTA-AGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTAAACC
* ** * ** * * * *
12957 TCGAGAAATGTGAAAAAAAAAATACATTCATTGGCA-AGAAAGGTCT
128 TTGAGAAACAT--AAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAGA-AAAAGTCC
** * ** * ** * *
13003 ATTTATAGTCACCCATTCGTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATTATCTGAA-A
1 ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATA
* * * * * * * * * ** *
13067 ATTAATTTTTAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTATCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTGTA-AGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTAAACCT
* ** * ** *
13131 TAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG-AAAAGTCT
129 TGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAGAAAAAGTCC
13174 ATTTATAGTCAC
1 ATTTATAGTCAC
13186 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 203, Indels: 80
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 5 0.01
171 266 0.33
172 374 0.47
173 148 0.19
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTATTTGTAAGTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTAAACCTTG
AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAGAAAAAGTCC
Found at i:12730 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 12011--13180 Score: 875
Period size: 343 Copynumber: 3.4 Consensus size: 342
12001 TTGTTACTTG
* * * * *
12011 CTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTA-ATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * ** *
12074 AACATACTATAATTGAATGTCT-ACTTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAAAGTCTAAC-TT-AAAAATGTGTAG-AAAAGGCATTCATTGAGAAG-AA
* * * * * *
12137 AAGTCCATTTATAGTCGCTC-ATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAA
126 AAGTCTATTTATACTCTC-CAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-CTTTATAA
* * * * * * *
12200 TATCATAATTGATTTTAATTTGAATTCTT-TGTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
189 TCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTCT-TATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * * **** * * *
12264 GTAAACCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAAGGTTTTTATTGGTAA-AAAGAGTCCATTTATAGTCAC
252 GTCTACCTCGAGAAACATAAAAAAAAAACACATTAATTGGCAAGAAAG-GTCTATTTATAGTCAC
** * * * * *
12327 TTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
316 CCATTCGTTTAAAAGCCTTATCACTCA
***************** * * *
12354 CTTTAAATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTCAA
1 CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * *
12419 ACAGACTATAATTGAAAGGCTAACTTAGAAAATGTGTTGAAAAGGCCAGTCATTTG-GAAGAAAA
66 ACAGATTATAATTGAAAGTCTAACTTA-AAAATGTGTAGAAAAGG-CATTCA-TTGAGAAGAAAA
* * * * * *
12483 GTCCATTTATACTCTCTAATTCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCT
128 GTCTATTTATACTCTCCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-CTTTATAATCT
********** * *
12547 CNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AACTGTT
192 CCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTC
* * * *
12610 TACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAACGCATTAATTGGCTAGACAA-GTCTATTTATAGTCACCCA
255 TACCTCGAGAAACATAAAAAAAAAACACATTAATTGGCAAGA-AAGGTCTATTTATAGTCACCCA
*
12673 TT-TTTTAAAAAGCCTTATCACTCA
319 TTCGTTT-AAAAGCCTTATCACTCA
* *
12697 CTTTAAATAGTTTTGTTATCTCAAAATTGATTTTTAA-TTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * ** **
12761 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATGTAGAAAAAGTG-ATTCATTGAGAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAAAGTCTAACTT-AAAAATGTGTAG-AAAAG-GCATTCATTGAGAAGAAA
** * *
12825 AGTCTATTTATGGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCT
127 AGTCTATTTATACTCTCCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCT
* * *
12890 CCTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTA
192 CCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* ** * *
12955 TCTCGAGAAATGTGAAAAAAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATT
257 CCTCGAGAAACAT-AAAAAAAAAACACATTAATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATT
* * *
13020 CGTTTGAAAGTCTTATTACTCA
321 CGTTTAAAAGCCTTATCACTCA
* * * * *
13042 TTTTAAATAGTTTTATTATCTGAAAATTAATTTTTAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * *
13106 ACAGATTATAATTGAAAGTCTATCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAAAGTCTAACTTAA-AAATGTGTAG-AAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAG
13171 TCTATTTATA
129 TCTATTTATA
13181 GTCACCNNNN
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 155, Indels: 57
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
342 8 0.01
343 318 0.49
344 218 0.34
345 96 0.15
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
CTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAAAGTCTAACTTAAAAATGTGTAGAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
TATTTATACTCTCCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCTCCTA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
GAGAAACATAAAAAAAAAACACATTAATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTTT
AAAAGCCTTATCACTCA
Found at i:13037 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11451--13186 Score: 796
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 172
11441 AACGTAAAGA
* * *
11451 AAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTGC-TTTAAAAGCACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTTAAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
11515 -TATCTC-AAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCA
63 TTATCTCAAAATTGATTTTTAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * * * *
11578 TTGTCTAGCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAG
127 ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
********** ** * * * *
11623 AAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTGATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTA
* * * * * * * * * * * *
11688 TCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAGAACATAATTTAATTAAATGT
66 TCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
** ** * * * **********
11753 CTATGTTGGGAAACATG-AAGAAAAAGGTANNNNNNNNNNAG
131 CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
* * * * ** *
11794 AAAAGTAC-ATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTTCTTGAAAT-GATTTTAT
1 AAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
* * * ** * * ** **
11857 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACCTTTTTGGATGAAAA-AGGTTATAGCTGAA
64 TATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *** * * *
11920 TGTCTACGTTGAGGAACGTG-AAGCTAAA-GCCA-ACTATTGTCATG
128 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATG-CATTC-ATTGGCAAG
* * ** ** * * ** * *
11964 AAATGCCTATTTATAGTCACTTAAGGC-TTTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATT
* * * *
12028 AACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAA
65 ATCTCAA-AATTGATTTTTAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * *
12091 TGTCTACTTTGAGAAACGT-AAAGAAAAAGGCATTCATTAG-TAG
128 TGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
12134 AAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 -AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATT
* * * * * * * * *
12199 ATATCATAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACAGTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
65 ATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * * ** * *
12264 GTAAACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGTTTTTATTGGTAA-
129 GTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
* ** * * * * *******
12306 AAAGAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGNNNNNNN
1 AAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATT
********** * * * *
12371 NNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAAA
65 ATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * ***** * *
12436 GGCTAACTT-AGAAA-ATGTGTTGAAAAGGCCAGTCATTTGG-AAG
129 GTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATG-CATTCA-TTGGCAAG
* * * ** * * * * *
12479 AAAAGTCCATTTATACTCTCTAATTCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTA
********** *
12544 TCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AACT
66 TCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-T
* * * * * *
12607 GTTTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAACGCATTAATTGGCTAG
129 GTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
* * *
12650 ACAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-TTTTAAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTGTT
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATT
* * * * *
12714 ATCTCAAAATTGATTTTTAATTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
65 ATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * *
12779 GTCTGCCTTAAAAAACATGTAGAAAAAGTG-ATTCATTGAG-AAG
129 GTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTG-GCAAG
* * * *
12822 AAAAGTCTATTTATGGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GACTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATT
** * * * *
12886 ATCTCCTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATG
65 ATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** ** *
12951 TCTATCTCGAGAAATGTGAAAAAAAAAATACATTCATTGGCAAG
130 TCTACCTTAAGAAACATG-AAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
* * * * *
12995 AAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCGTTTGAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTA
* * * * * * *
13060 TCTGAAAATTAATTTTTAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGT
66 TCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** * * *
13125 CTATCTTAAGAAATGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG
131 CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
13166 AAAAGTCTATTTATAGTCACC
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACC
13187 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 328, Indels: 95
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 156 0.13
171 478 0.40
172 393 0.33
173 157 0.13
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTA
TCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAG
Found at i:13562 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13276--13952 Score: 707
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 169
13266 NNNNNNNNNN
* * * * *
13276 TGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGT
1 TGAATGTTTA-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
13341 CACCCATTACTTTAAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTAA
65 CACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
* * *
13406 AGTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
129 AGTTAAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
13448 TGAATGTTTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATACT
1 TGAATGTTTA-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * ** *
13513 CACTCATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTA
65 CACCCATTC-TTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
* * * *
13578 ATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTAAAAACATATTATAAT
129 AGTTAAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
13620 TGAATGTCTATGTCGAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 TGAATGTTTA-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * * * *
13685 CACTCATTCTTTCAAATGCTTTATTACTCACTTTAGATAGTTTTGTAATCACATAATTGATTTTA
65 CACCCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
* * *
13750 GGTTAAACTTTTT-TACATTTTTCA-TTAGACCAGATTATAAT
129 AGTTAAA-TTTTTGTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
13791 TGAATGTCTATATTAG-GAAACTTGAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAG
1 TGAATGT-T-TACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
13855 TCACCCATTCATTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTCTATAATCT-AATAATTGATTT
64 TCACCCATTC-TTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGA-TT
*
13919 TAAA-TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
126 TAAAGTTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACA
13953 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 76, Indels: 23
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 140 0.33
172 267 0.64
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TGAATGTTTACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAG
TTAAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
Found at i:13905 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 13276--13956 Score: 854
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 343
13266 NNNNNNNNNN
* * * *
13276 TGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGT
1 TGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
13341 CACCCATTACTTTAAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTAA
66 CACCCATTACTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAACTGATTTAA
* ** *
13406 AGTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGACAAACAT
131 AGTTAAATTCTTTGCACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGACAAACAT
* * * * * *
13471 GAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTTGAAAGCCTTA
196 GAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACACTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTA
** * * * * *
13536 TTACTTGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT
261 TTACTAACCTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTAAATT-TTTGTACATTTTT
13601 AGTAAAAACATATTATAAT
325 AGTAAAAACATATTATAAT
* *
13620 TGAATGTCTATG-TCGAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TGAATGTCTA-GCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
13684 TCACTCATT-CTTTCAAA-TGCTTTATTACTCACTTTAGATAGTTTTGTAATCACATAATTGATT
65 TCACCCATTACTTTAAAAGT-C-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAACTGATT
* * * * * * *
13747 TTAGGTTAAACTT-TTT-TACATTTTTCATTAGACCAGATTATAATTGAATGTCTATA-TTAG-G
128 TAAAGTTAAA-TTCTTTGCACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TACCTAGAC
* *
13808 AAACTTGAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCATTTAAAA
190 AAACATGAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACACTCACCCATTCATTTAAAA
* *
13873 GCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACA
255 GCCTTATTACTAACCTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTGTACA
*
13938 TTTTTAGTTAAAACATATT
320 TTTTTAGTAAAAACATATT
13957 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 44, Indels: 14
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 26 0.09
343 144 0.50
344 112 0.39
345 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATTACTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACAAAACTGATTTAA
AGTTAAATTCTTTGCACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGACAAACAT
GAAAAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACACTCACCCATTCATTTAAAAGCCTTA
TTACTAACCTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTGTACATTTTTA
GTAAAAACATATTATAAT
Found at i:15004 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14641--15007 Score: 393
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
14631 NNNNNNNNNN
* *
14641 ACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTATATTTTTTGTT
1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * * * * *
14706 AGAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTAATCATTAGTAAGCA
66 AGAACAAATTATAATTGAAAGTCTACCCTAGAAAACATGAACAAAAAGGTAATCATTAGTAAGCA
* **
14771 CAACCAATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
131 CAACCAATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********** * *
14811 ACTCNNNNNNNNNNGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTAAGTTTTTTTATATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAA--TTTTTTATATTTTTGG
* *
14875 TTAGAACAAATTATAATTGAAAGTCTACCCTAGAAAACATGAACAAAAAGGTATTCATTGGTAAG
64 TTAGAACAAATTATAATTGAAAGTCTACCCTAGAAAACATGAACAAAAAGGTAATCATTAGTAAG
14940 -A-AATGTCC-ATTTATCA-CCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
129 CACAA---CCAATTTAT-AGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
14982 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
15008 TA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 37, Indels: 11
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 32 0.21
171 114 0.74
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTATATTTTTGGTT
AGAACAAATTATAATTGAAAGTCTACCCTAGAAAACATGAACAAAAAGGTAATCATTAGTAAGCA
CAACCAATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Done.