Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397467.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2613.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14937
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 1678 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2522 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 112--3396 Score: 1755
Period size: 171 Copynumber: 19.2 Consensus size: 170
102 NNNNNNNNNN
* ** * *
112 AATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTTACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * ** * *
176 ATGGACTTTTCTTACCAATGATTGCCTTTTACTTCAGTTTTC-TCAGGGTAAACATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATA
* * *
240 ATCTGTTTTAACT-AAAAACGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATC
129 GTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * ********** *
283 AATTTTGAGATTATACAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * *** * **
348 ATGGACTTTGCTTGCTAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA
66 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-TA
** **********
413 -TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNNTAAAATC
129 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC
* * *
455 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGAGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** * * * * * *** * *
520 ATAGG-CTTTTCTTTTGAGTAAATGTGCTGTTT-TACACATTTCCAAAGGTAGGCATTTAATTAT
66 AT-GGACTTTTC-TTCCAATGAATGCG-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
583 AGTCTGTTTTAAT-AAAAAGTGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
128 AGTCTGTTTTAATGAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * ** *
625 AATTATGAGATTTTGAAACCATTTAAGGCAAGTAATAA-GCGTTTTAAAGGAATAAGAGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * *
689 AATGAACTTTTCTTATCAATGAATG-GCTTTTTCTGCACGTTT-TTTAGGCA-AGCATTCAATGA
65 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCG-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTA
* *
751 TAGTCTG-TTTAATGAAGAATGTAAAAAAAATTCAAC-TCAAATAC
127 TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT-C
* * * * * * *
795 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTTGAAGGTATGAGAGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * ** * ** * * * *
860 ATAGATTTTTTTTCCAAATAAATG-GCTTCCTCTACAGGTTTCTTTAGGCAAACATTCAGTTATA
66 ATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCG-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
** * * **
924 GTCTGTTTTAATGAAATGTGTAAGAAATTTCTGCTTAAAATC
129 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
966 GATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT-A
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
1030 ATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGTC-TATTTT-TTCATATTT-TTCAAGATAGACATTCAATTA
66 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATG-CGT-TTTTCTTCACATTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
1092 TAATCTGTTTTAGCT-AATAATGTAAAAGAATTTGAACCTAAAATG
127 TAGTCTGTTTTA-ATGAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
1137 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGATTAATATA-GTTTTTGAAGGAGTGAGAGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
** * * * * * *
1201 AATGGACTTTTCTTAGTAATGAATGCTTTTTTCTTCATAATTCTTTAGGCAGACGTTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * * *
1266 GTCTATTTTAACCAAAACTATAAACAAATTCAACTTAAAATT
129 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
** * **********
1308 AATTATGAGATTATAAAATTATGTAAAGCGAGTANNNNNNNNNNTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * *
1373 ATAGACTTTTTTTTTATCAATGAATG-ATTTTTCTACACGTTTCCTGAGGTAGGCATACAATTAT
66 ATGGAC--TTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
*
1437 AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTATAAAAAGTT-AACTTAAAATC
128 AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATC
********** * *
1480 AATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATGGGTTACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * ** * *
1544 ATAGACTTTTCTTACTAATGATTGCCTTTTACTTCAGTTTTC-TCAGGGTAAACATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATA
* * * *
1608 AT-TTTTTTAACT-AAAAACGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATC
129 GTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
1650 AATTTTGAGATTATACAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTTGAAAGAATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
** * ** * * ******
1714 AATGGACTTCACTTGCCAATGAAAGTATTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCANNNNNN
65 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
**** * *
1779 NNNNGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATC
129 GTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
1821 AATTACGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** * * * *
1886 ATGGACTTTAATTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTACACATTTCTTAAGGCAGACATTTAATTATA
66 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCG-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
* *
1950 GTTTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTGAACTT-AAATAC
129 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-C
* * * * * * *
1991 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCTAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGAGACTATAN
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
********* * * * * * *** * *
2056 NNNNNNNNNTCTTCTAAATAAATGGGTTTTTCTACACGTTTCTTGTCATAGACTTTCAATTATAA
66 ATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
2121 TATGTTTTCA-GTAAAAATTTTAAAAAAATTAAACTTAAAATC
130 TCTGTTTTAATG-AAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** * * * * * *
2163 AATTTTAAGATTATAAAATTATTTAAAGAGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAAGAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
2228 ATGGACTTTTC-TCATCAATGAATGCCTTTCTCTTCACATTTCTTGATGTAGACATTTAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTC--CAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
* * ** * **********
2292 ATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATNNNNNNNNNNATC
129 GTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
2335 AATTTTGAGA-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGAGGCTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * *
2399 ATGGATTTTTCTTCCAAATGAATACGTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
66 ATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
2464 TCTGTTTTAATGAGAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATC
130 TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ********** *
2505 AATT-TCGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTT-AGAGGAATGGGTGATTAT
1 AATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTAT
* * * ** *
2568 AAATGGACTTTTCTTACCAATGACTACTTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACATACAATTA
64 AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTA
* * * **
2632 TTGTCTCTTTTAATCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATC
127 TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ***************** * *
2676 AATTATGAGGTTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* ** * ** * *
2741 ATGAACTTTTCTTCTCAACAAATAG-TTTTTTCTAT-ACATTTC-CCAAGTCAGGCATTCAATTA
66 ATGGACTTTTCTTC-CAATGAAT-GCGTTTTTCT-TCACATTTCTTGAGGT-AGACATTCAATTA
* * * **********
2803 TAGTCTGTTTTACTAAAAAATATAANNNNNNNNNNCTTAAAATC
127 TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * ***
2847 AATTATAAGATTATAAAATCATTTAAGGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGACAGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** * * * * * *
2912 ATAAACTTTTCTTCAAAATAAATGAGTTTTTCTACACATTTC-TCATCGTAGACATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATA
* * * *
2976 ATATGTTTTAA-GCAAAAAAT-TAAAATAAATTGAACTTAAAATT
129 GTCTGTTTTAATG--AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC
* ********** *
3019 AATTTTGAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * *
3084 ATGGAGTTTTATTGCCAATAAATTCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGAAGACATTCAATTATTG
66 ATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
3149 TCTGTTTTAATCACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATN
130 TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
********* * * *
3190 NNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACA-CCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * *
3254 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTTCCTCACATATCTTTAGGAAGACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * *
3319 GTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATCAACTTAAAATC
129 GTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
3361 AATTAGGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
3397 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2337, Mismatches: 688, Indels: 178
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.00
169 87 0.04
170 448 0.19
171 1110 0.47
172 642 0.27
173 41 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:3457 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3432--3481 Score: 91
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
3422 ATAAATGGGC
*
3432 TTTTCTTCCTATTGAATCCCT
1 TTTTCTTCCTATCGAATCCCT
3453 TTTTCTTCCTATCGAATCCCT
1 TTTTCTTCCTATCGAATCCCT
3474 TTTTCTTC
1 TTTTCTTC
3482 ATGTTTCTTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 28 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.30, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (21 bp):
TTTTCTTCCTATCGAATCCCT
Found at i:5462 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5154--5633 Score: 629
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
5144 NNNNNNNNTT
* * * *
5154 TTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAACATTTCAACTTAAAAATC
1 TTAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT-AAAATC
* * * *
5219 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAACCGAGTAATAAGACTTTTGAAA-GAATGGGTGATTATA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * *
5283 AAAAGACTTTTCTTGCCATTGAATTCCTTTTTCTTTATGTTTC
128 AATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTCTTTCTTCACGTTTC
* ** *
5326 TTAAGGTAGACAGTCAATTATACTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAATCAA
1 TTAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
5391 TTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGGAATGGATGAGTATAAAT
66 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
5456 AGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTCTTTCTTCACGTTTC
131 AGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTCTTTCTTCACGTTTC
* * * *
5496 TTAAAGTAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCA
1 TTAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
5561 GTTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAA
65 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAA
*
5626 TGGACTTT
130 TAGACTTT
5634 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 39, Indels: 5
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 131 0.49
171 91 0.34
172 42 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
AGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTCTTTCTTCACGTTTC
Found at i:7099 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6809--7389 Score: 558
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
6799 NNNATAAGGC
* * * *
6809 TTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTT
* ** * * * * *
6874 CTTGAA-TTAGACATTCAATTATATTCTGCTTTAATAAAAAATATAAAGAAATTCAATTTATAAT
65 C-TCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTA-AAT
* *
6938 CAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAATGAGAGTAATAACCT
128 CAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GT
* * * *
6980 TTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAGA-GGACTTTTCTT-CTCAAAGAATGGCTTATTCTACATGT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-GCTTTTTCTACACGT
* * ******
7043 TTCTCAAGGCAGGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACNNNNNN
63 TTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTTAAA
**** *
7108 NNNNTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGT
127 TCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA-GT
* * * * * * * * *
7151 TTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTCTCTAAATGTTC
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTT
** * * * *
7216 CTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATC
65 CTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA-TTTAAATC
* *
7281 AG-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGT
129 AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGT
* * *
7320 CTTTTTAAGAAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTACACGTT
1 -TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTACACGTT
7385 TCTCA
64 TCTCA
7390 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 77, Indels: 17
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 89 0.27
171 230 0.71
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTACACGTTTC
TCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAATCAG
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGT
Found at i:8255 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7500--8428 Score: 642
Period size: 169 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
7490 NNNNNNNNNN
* * * * *
7500 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGCGTGACTCTA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAGAGACTATA
** * * * * * *
7564 AATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTGTACATGTTTTCTAAGACATACATTCAATTATA
65 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACATGTTTCCTGAGATAAACATTCAATTATA
* *
7629 GTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAATA-TCAACTTAAAATC
130 GTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * **
7670 AATTATTAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATG-GTTTACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-AGACTATA
* * * * * * *
7733 AATGGACTTTTCTTGCTAATGATTGCCTCTTTCTTCA-GTTTTCTCT-AGAAAAACATTCAATTA
65 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACATG-TTTC-CTGAGATAAACATTCAATTA
* * **********
7796 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTGANNNNNNNNNN
128 TAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
7841 AATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAATGAATGAGAGACTATT
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAGAGACTATA
* * ** * * * * * *
7905 AATAGACTTTTCTT-CTAAATAAATGGGTTTTTTACACAT-TTTTC-GAGGTAAGCATTTATTTA
65 AATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCTTTTTATACATGTTTCCTGAGATAAACATTCAATTA
* * *
7967 TAGTCTGCTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTC-ACTTAAAATC
128 TAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* ********** * * *
8010 AATTATGAGATTTTAANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGAGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAA
* * ***
8075 ACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACATGTTTCCTGAGGTAGGTATTCAATTATAG
66 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACATGTTTCCTGAGATAAACATTCAATTATAG
*
8140 TCTGTTTTAA-TGAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATAC
131 TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-C
* * * * * *
8180 AATTATGAAATTATAAAACCATTCAAGGCTAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAA
* * * ** * * * * *
8245 AT-GAACTTTTCTTTCAAATAAATGGATTTTTCTATACGTTTCTCAT-CG-TAGACA-TCAATTA
66 ATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACATGTTTC-C-TGAGATAAACATTCAATTA
* * * *
8306 TAATATGTTTTAAGCAAAAAAT-TAAAAAAAATTAAACTTAAAATC
128 TAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
8351 AATCT-TGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTATGTAGTTAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-AG
1 AAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTA-
*
8413 TAAATGGACTTTTCTT
63 TAAATAGACTTTTCTT
8429 TTCGACGAAT
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 143, Indels: 61
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 13 0.02
169 188 0.32
170 176 0.30
171 158 0.27
172 42 0.07
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAA
ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACATGTTTCCTGAGATAAACATTCAATTATAG
TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:8669 original size:171 final size:163
Alignment explanation
Indices: 8520--8847 Score: 356
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
8510 NNNNNNNNNN
*
8520 TTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GACAAACTATAAATGGACTTTTT-TTCTCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGAC-AACTATAAATGGA-TTTTTCTTCTCAAT
** * * *
8583 GAATAGTTTTTTCTACACATTT-TCTGAGCTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAAT
64 GAATACCTTTTTCTACACATTTCTC-AAGCTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAAT
* *
8647 GTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
128 -TAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTAC
*** * * *
8684 NNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGACGACTATAAATGGATTTTTCTTG
1 -------TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGACAACTATAAATGGATTTTTCTTC
* * * * *
8749 TCAATGAATACCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATTAA
59 TCAATGAATACCTTTTTCTACACATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAA
*
8814 AAATTTAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGA
124 AAATTAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGA
8848 NNNNNNNNNN
Statistics
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171 97 0.72
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Consensus pattern (163 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGACAACTATAAATGGATTTTTCTTCTCAATGA
ATACCTTTTTCTACACATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATTAA
AAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTAC
Found at i:9368 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 30.9 Consensus size: 171
9073 NNNNNNNNNN
* *
9083 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGAT
* ** * *
9147 CAAAATAGATTATAATT-AAGTGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGACAAG
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* * *
9211 AAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTA
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* * * * *
9254 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATT
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* * * * * * *
9319 CAAATAGATTGTATTTAAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
* *
9384 AAGTCCGTTTATAGTCACCCAT--ATGTTCTAAAGCCTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TTC-AAAGCCTTATTA
* * ** * *
9425 CTTGCTTTAAATAGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * * * * *
9490 AAAA-AGTATTACAATTCAATGTCT-GCTTCAGAAAACATGATGCAAAAGTCATGCATTGGCAAG
66 AAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * **
9553 AAAAAG-GCATCTATAGTCACCCATGCCTTTTGAAGCCTTATTA
129 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * *
9596 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * ** * * *** *
9661 GAAATATATTATAATTGAACT-TTTTTC-TCAGGAAACACGACA-AAAAATTTATTCATTGACTA
66 AAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGA-GAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * *
9723 GAGAAGTCCA-TTATAATCACCCATGCCTTGCGAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
** * * * * * * *
9766 CTCAATTTAAATGGTTTTGTAATC-CTATTATTGATTTTAGGTTAAATCTTTTTACATTTTCGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * * * **
9830 TCAAACAGATTAAAATTCAATGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAGA
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* **** * *
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* * * * *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * * * * *
10000 TAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAAAAAGATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAGGA
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * *
10065 AAAGTCCATTTATAGCCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATCA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * *
10107 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-T
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGAT
* * * * * *
10171 TAAAATAGATCATAATTGAGTGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAGAACATG--ATTCATTTATAA
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGA-AA-AAGCCATTCATTGACAA
*
10234 GAAAAGT-CAGTTTATAGTCAGCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
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* * * **
10278 TTTGCATTAAATGGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * *
10343 AAAATATATTATAATTGAATGTATT--CTTTAGAAAACAT-AATGCAAAAGCCATCCATTGACAA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTGAG-AAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAA
* ** * * *
10405 GAAAAATGTATCTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * *
10449 CTCGCTTTACATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * ** *
10514 -AAATCAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAA
66 AAAAT-AGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* *
10577 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTCATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * *
10620 CTCACTTTAAATGGTTCTATAATCCCATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * ** * *
10685 AAAACAGATTAAAATTCAATGTCTATCTCAAGAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAG
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
*
10750 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
10791 CTTGCTTTAAACGCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTATATATTTTT-ATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * * *
10855 AAAATAGATCATAATTGAGTGTTTTCCTAGAGAAACGTGAAGAGAACATG--ATTCATTCATAAG
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGA-AA-AAGCCATTCATTGACAAG
* *
10918 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* ** * * * **
10961 CTTGCTTTAAATGGTTTTACGATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * * **
11026 AAAATATATTATAATTGAATGTTT-GCTTTATGAAACACGATGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * *
11090 AAACTGCATCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * *
11132 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * *
11197 AAAACAGATTAGAATTGAGTGTTTGCCTT-AGCAAATATGATGAAAAAGCTATTCATTTG-CAAG
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAG
* ** *
11260 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCTAAAATCTTATCA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
11303 CCCGCTTTAAATGATTTTATAATTTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
** * * * * * * **
11368 AAAGCAGATTAAAATTCAATGTCTACTTTGAAAAATATGAAGAAAAA-ATATTCATTGAC-AGAA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-A
* * ** * * *
11431 AAAGTCTATTTACAGTCACTTATACCTTTCAAGGCTTTATTA
130 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * ** * *
11473 CTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTCAAAGTTTTTT---TTTTAG-TT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * *
11534 AAAACAGATTATATTTGATTGTCTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAAGTG-CAAG
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAG
* *
11597 AAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCCAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * *
11640 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTT-AGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * * * * *
11704 TAAAACA-ATTATAATTGAGTGTATGCCTAGAGAAACATAAAGGAAAAA-CCATTCATTGATAGG
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
11767 AAAAGTCGATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCTAAGGCTTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTA
* *
11810 CTCGCTTTAAAAT-ATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTTTACATTTT
1 CTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTACATTTT
** * * * * * * *
11874 CAATTAAAATATGAGTATATTTGAATGTTTACCTAGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTTATGGG
61 TGATTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* *
11938 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGACTTTCAAAGCCTTATTA
125 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * *
11985 CTTGGTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGCT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGAT
* * * * * *
12050 TAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCTGAGAAACGTGAAGAAAACATG--ATTCATAGGCAA
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-A-GCCATTCATTGACAA
* * *
12113 GAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * *
12157 CTTGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATTATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-ATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * * * *
12221 TAAAACAGATTAAAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGTC-AGT
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-
* * * ** *
12285 AAAATTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGTCTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* ** * * * *
12328 ATTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-A-GTTTTT---TTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * *
12388 AAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAAGAAACATGATA-CAAAAGCCATCCATT-AGCAA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
** * * *
12450 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTTAAAGGCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* *
12494 CTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTTTG-
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTTGA
* * * * ** * * ** * *
12556 TCAAAACAGGTTATAATTGAGTGTTTGTCTTGAGAAATC-TAAAGAAAACGTGATTCCTTGGCAA
64 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * **********
12620 AAAAAATCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAANNNNNNNNNN
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * *
12664 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATGTTTT-AT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGAT
* * * * * * * ********** *
12728 CAAAACAGATTATAATCGAGTATTTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAG
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
12792 AAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATCA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * *
12835 CTCACTTTAAATGCTGTTATAATC-CTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * ** * **
12899 TAAAACCA-ATTAAAATTCAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAG-AAATGCCATTCATTGGTAAG
65 TAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
12962 CAAAA-TCCATTTGTAGTCAACTATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
129 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* ********** * *
13005 CTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTGAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * * ** * *
13070 TAAAATAGATTATATTTGAAAGTCTACCTT-AGGAAACGTGAGGAAAAAAGTTATTCGAGTG-TA
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTC-ATTGACA
* * *
13133 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTTATGCCTTCCGAAGCCTTATTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * * * * * * * *
13178 TTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATGGAGTTCTTTTATATTTATGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * ** ** * *
13243 CAACTAGATTAAAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAATGTGAA-AAAAA-CATGATTCATTGGCAAG
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC--CATTCATTGACAAG
* *
13306 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAAG-CTTATTA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTA
* * * * ** *
13349 CTCGTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTTA-TTTTGATC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * * * * *
13412 AAAACAGATTGTTATGGAGTGTTTGCCTCGAGAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
********** * * *
13477 AAGTCCATTTNNNNNNNNNNATACCTTCCAAAGCTTTATTA
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * **
13518 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTGTAAGTTGAATTTGTTT-CATATTTTTTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGAT
* * ** * ** *
13582 GTAAAATAAATTATAATT-AAGTGTTTTCCTTGAGAGGCATGAAGAAAATGAGATTCATTGGCAA
65 -TAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* *
13646 GAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
********** * *
13690 CTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGAT
* * * * ** * *
13754 TGAAACTA-ATTAAAATTCAATGTCTA-CTACAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAA
65 T-AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
** ** ***
13817 GAAAAGTCCATTCGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTANNN
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
******* * * *
13861 NNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAG-TCAAGTTTTTTT-TATATTTTGA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTTGA
* * * * * * * * *
13924 TTAAAATATACTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGACAA
64 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * **
13988 GAAAAGTTCATTTCTAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
14032 CTCACTTTAAATAGTTTTATCATC-CTGTAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTTAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * ** ** * ** ** **
14096 TAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGTCTCAAAAAATGTGACA-AAAAAGTTATTCATT-AGTGA
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * * * *
14159 GAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTGCAAAGCCTTTTTA
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* **********
14203 CTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTG-T
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGAT
* * * * * ** ** * **
14266 TAAGATATATTATAATTAAATATCTATGTCAAGAAACATGACA-AAAAAGTCATTCATTGATGAG
65 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
*
14330 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
AAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
Found at i:10261 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 9083--14352 Score: 3769
Period size: 512 Copynumber: 10.3 Consensus size: 512
9073 NNNNNNNNNN
*
9083 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GT
* * * ** * *
9147 CAAAATAGATTATAATTAAGTGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCTTTGACAAG
65 TAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG--ATTCATTGACAAG
* * *
9211 AAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
128 AAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
9276 TCTCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTC-ATTCAAATAGATTGTATTTAAATG
192 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * *
9340 TCTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCA
256 TTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* **
9405 TA---TGTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGT
321 -AGCCT-TTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
9467 TGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAA-AGTATTACAATTCAATGTCTG-CTTCAGAAAACATGA
383 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGA
* * * * * * *
9530 TGCAAAAGTC-ATGCATTGGCAAGAAAAAG-GCATCTATAGTCACCCATGCCTTTTGAAGCCTTA
447 AG-AAAAATCTATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTA
9593 TTA
510 TTA
* * * *
9596 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACA-TTTTTGAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-T
* * * * ** * * * *
9660 TGAAATATATTATAATTGAACT-TTTTTC-TCAGGAAACACGACA-AAAAATTTATTCATTGACT
65 TAAAACAGATTATAATTG-AGTGTTTGCCTTGA-GAAACATGA-AGAAAAA-TGATTCATTGACA
* * * * ** *
9722 AGAGAAGTCCA-TTATAATCACCCATGCCTTGCGAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGT
126 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
9786 AATC-CTATTATTGATTTTAGGTTAAATCTTTTTACATTTTCGGTTCAAACAGATTAAAATTCAA
190 AATCTC-ATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * *
9850 TGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACC
254 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*** * * * *
9915 CAAAATTTTAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
319 CAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
9979 CAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA-AAAAGATGAAG
384 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGAAG
* * *
10043 AAAAATCTATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGCCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATCA
449 AAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATTA
* * *
10107 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * *
10172 AAAATAGATCATAATTGAGTGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAGAACATGATTCATTTATAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAATGATTCATTGACAAGAA
* * * * **
10237 AAGTCAGTTTATAGTCAGCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTATTTGCATTAAATGGTTTTACGATC
130 AAGTCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
10302 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTAT
194 TCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT-T
* * * * * ** *
10367 T--CTTTAGAAAACAT-AATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATGTATCTATAGTCACCCA
258 TACCTTGAG-AAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
10429 AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA
321 AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
10494 ATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAATCAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGA
386 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGAAGA
* * * * * *
10557 AAAAGTC-ATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTCATTA
450 AAAA-TCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATTA
* * * * * **
10620 CTCACTTTAAATGGTTCTATAATCCCATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * ** ** *
10685 AAAACAGATTAAAATTCAATGTCTATCTCAAGAAACATGGAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG--ATTCATTGACAAGA
* * * * * *
10749 GAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGCTTTTACAAT
129 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
10814 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTATATATTTT-TATTAAAATAGATCATAATTGAGTGTT
193 CTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * ***
10878 TTCCTAGAGAAACGTGAAGAGAACATG--ATTCATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
258 TACCTTGAGAAACATGAAGA-AA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * ** * *
10941 TGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACGATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGA
321 AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
11006 ATTTTTTAACATTTTTGGGTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTATG-AAACACGATGC
386 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAAACATGAAGA
* * * * * * *
11069 AAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAACTGCATCTATAGTCACTCAA-GCCTTT-GAAAGCCTTATTA
450 AAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTTCG-AAGCCTTATTA
* * *
11132 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * *
11197 AAAACAGATTAGAATTGAGTGTTTGCCTT-AGCAAATATGATGAAAAA-GCTATTCATTTG-CAA
66 AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAATG--ATTCA-TTGACAA
* ** * * *
11259 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCTAAAATCTTATCACCCGCTTTAAATGATTTTAT
127 GAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * ** * *
11323 AATTTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAGCAGATTAAAATTCAAT
190 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * ** * * * *
11388 GTCTACTTTGAAAAATATGAAGAAAAA-ATATTCATTGAC-AGAAAAAGTCTATTTACAGTCACT
255 GTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
11451 TATA-CCTTTCAAGGCTTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAG-
319 CA-AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * * *
11514 TCAAAGTTTTT---TTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGATTGTCTACCTT-AGAAAACATGAA
383 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGAA
* * * *
11575 GAAAAAGCTATTCA-AGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CACATGCCTTCCAAAGCCTTAT
448 GAAAAATCTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-ATGCCTTTCGAAGCCTTAT
11638 TA
511 TA
* * * * * *
11640 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * ** * *
11705 AAAACA-ATTATAATTGAGTGTATGCCTAGAGAAACATAAAGGAAAAACCATTCATTGATAGGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAA-GAAAAATGATTCATTGACAAGAA
* * * *
11769 AAGTCGATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCTAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAAAT-ATTTTATAA
130 AAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAA
* * *
11832 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTTTACATTTTCAATTAAAATATGAGTATATTTG
192 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTACATTTTCGATTAAAATA-GATTATAATTG
* * * *
11897 AATGTTTACCTAGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTTATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
252 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * * * *
11961 CCCTTGACTTTCAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAATGATTTTAAG
317 CCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
12026 TTGAATTTTTTTACTTTTTTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCTGAG-AAACGTG
382 TTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATG
* * * * *
12090 AAGAAAACAT-GATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCCAAAGCCTT
446 AAGAAAA-ATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTTCGAAGCCTT
12153 ATTA
509 ATTA
* * * * * *
12157 CTTGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATTATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAT-T
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGT
* * * * * * * *
12221 TAAAACAGATTAAAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGTC-AGT
65 TAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TGATTCATTGACAAG-
* * ** * * ** *
12285 AAAATTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGTCTTATTAATTACTTTAAACGGTTTTATAA
128 AAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
12350 TCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AGTTTTTT---TTTT-GGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
192 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * **
12410 TTA-CTTCAAGAAACATGATA-CAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT
257 TTACCTT-GAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
12473 AAGCCTTTTAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-
320 AAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *
12536 AATTTGTTTTACATTTTTTGTCAAAACAGGTTATAATTGAGTGTTTGTCTTGAGAAATC-TAAAG
385 AATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGAAG
* * * * * * *******
12600 -AAAA-CGTGATTCCTTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTCACCTATGCC-TTCCAANNNNNNNN
449 AAAAATC-T-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTCGAA-GCCTTAT
**
12662 NN
511 TA
* * * * * * * *
12664 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATGTTTTATC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * ********* *
12729 AAAACAGATTATAATCGAGTATTTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAA-AATGATTCATTGACAAGA
* * * * * *
12793 AAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGCTGTTATAAT
129 AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
12858 C-CTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACCA-ATTAAAATTCAATG
193 CTC-ATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAA-TAGATTATAATTGAATG
* ** * * * * *
12921 TTTAGCTCAAGAAACATGAAG-AAATGCCATTCATTGGTAAGCAAAA-TCCATTTGTAGTCAACT
256 TTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ********** *
12984 ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTT
320 AAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
13049 AATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAAAGTCTACCTT-AGGAAACGTGAGG
385 AA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGAAG
* * * *
13113 AAAAAAGT-TATTCGAGT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTTATGCCTTCCGAAGCCTTA
449 -AAAAA-TCTATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AATGCCTTTCGAAGCCTTA
13175 TTA
510 TTA
* * * * * * * * * * * *
13178 TTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATGGAGTTCTTTTATATTTATGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * ** ** * *
13243 -CAACTAGATTAAAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAAAAAACATGATTCATTGGCAAGA
66 AAAAC-AGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-ATGATTCATTGACAAGA
* * * *
13307 GAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAAG-CTTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATAA
129 AAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * * * * *
13371 TCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTTATTTT-GATCAAAACAGATTGTTATGGAGTGT
192 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * **********
13434 TTGCCTCGAGAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNAT
257 TTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-
* * * * *
13499 A-CCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTGTAAGTTGA
321 AGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * **
13563 ATTTGTTT-CATATTTTTTTGTAAAATAAATTATAATT-AAGTGTTTTCCTTGAG-AGGCATGAA
386 ATTTTTTTACAT-TTTTGGT-TAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAGAAAACATGAA
** * * * *
13625 G-AAAATGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATT
448 GAAAAAT-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATT
13689 A
512 A
********** * *
13690 CTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGT
* * * * * * ** *
13754 TGAAACTA-ATTAAAATTCAATGTCT-ACTACAAGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGATA
65 TAAAAC-AGATTATAATTGAGTGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAATG--ATTCATTGACA
** ** **********
13816 AGAAAAGTCCATTCGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTAT
126 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
13881 AATCTCATAATTGAATTTAAG-TCAAGTTTTTTTTATATTTT-GATTAAAATATACTATAATTGA
190 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * * * *
13944 ATGTCTA-CTTTAGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCA
253 ATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** ** * * * *
14008 CCTATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATCATC-CTGTAATTTATTTTAA
317 CCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAA
* * ** * * * * * * **
14072 GTTGAATTGTTTAACATTTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGTC-TCAAAAAATGTG
381 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATG
* ** * * * *
14136 ACA-AAAAAGT-TATTCATTAGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATACCTTGCAAAGCCT
446 A-AGAAAAA-TCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATGCCTTTCGAAGCCT
*
14198 TTTTA
508 TATTA
* **********
14203 CTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * ** * **
14267 AAGATATATTATAATTAAATATCTATG--TCAAGAAACATGACA-AAAAAGTCATTCATTGATGA
66 AAAACAGATTATAATTGAGTGT-T-TGCCTTGAGAAACATGA-AGAAAAA-TGATTCATTGACAA
14329 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
127 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCA
14353 CTGATAACTC
Statistics
Matches: 3736, Mismatches: 851, Indels: 341
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 1 0.00
506 18 0.00
507 347 0.09
508 225 0.06
509 75 0.02
510 22 0.01
511 327 0.09
512 1350 0.36
513 741 0.20
514 338 0.09
515 21 0.01
517 162 0.04
518 106 0.03
519 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGATTCATTGACAAGAAA
AGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
TTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAACATGAAGAAAAATC
TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATTA
Found at i:10859 original size:683 final size:677
Alignment explanation
Indices: 9083--14213 Score: 3612
Period size: 683 Copynumber: 7.5 Consensus size: 677
9073 NNNNNNNNNN
* *
9083 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGT
* * ** * * *
9147 CAAAAT-AGATTATAATTAAGTGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGACAAG
65 -TAAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
9211 AAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * *
9276 TCTCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTCAAATAGATTGTATTTAAATGT
194 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAATGT
** * *
9341 CTA-CTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCA
259 CTATC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
9405 T--ATGTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTT
323 TGCCT-TTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
9468 GAAT-TTATTTACATTTTTGGTTAAAA-AGTATTACAATTCAATGTCT-GCTTCAGAAAACATGA
385 GAATGTT-TTTACATTTTT-ATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGA
* * * * * * * **
9530 TGCAAAAGTCATGCATTGGCAAGAAAAAGGCATCTATAGTCACCCATGCCTTTTGAAGCCTTATT
446 AG-AAAA-TGATTCATTTGTAAG-AAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATT
* * * *
9595 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGAT
508 ACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAT
* * * *** *** * *
9660 TGAAATATATTATAATTGAACT-TTT-TTCTCAGGAAACACGACAAAAAATTTATTCATTGACTA
573 TAAAATATATTATAATTGAA-TGTTTCTT-T-AGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAA
* * * * **
9723 GAGAAGTCCAT-TATAATCACCCATGCCTTGCGAAGCCTTATTA
635 GAAAAGTGCATCTATAGTCACCCAAGCCTT-TAAAGCCTTATTA
** * * * * * * *
9766 CTCAATTTAAATGGTTTTGTAATC-CTATTATTGATTTTAGGTTAAATCTTTTTACATTTTCGGT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * ** * * *
9830 TCAAA-CAGATTAAAATTCAATGTTCACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAA
65 T-AAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* **** * * * *
9893 GAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAAAATTTTAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAAT-AGCTTTAT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * *
9957 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAGATTATATTTGAA
192 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGATTATAATTCAA
* ** * * * * * *
10020 TGTTTGCCTTGAA-AAAGATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
256 TGTCTATC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
10084 -CAATGCCTTTCGAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAG
320 TC-ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
10148 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATTGAGTGTTTACCTTTAGAAACATGAA
383 TTGAATGTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* *
10213 GAGAACATGATTCATTTATAAGAAAAGTCAGTTTATAGTCAGCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
447 GA-AA-ATGATTCATTTGTAAGAAAAGTCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * *
10278 TTTGCATTAAATGGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
509 CTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
*
10343 AAAATATATTATAATTGAATGTATTCTTTAGAAAACATAATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
574 AAAATATATTATAATTGAATGT-TTCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* *
10408 AAATGTATCTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTA
638 AAGTGCATCTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAGCCTTATTA
* *
10449 CTCGCTTTACATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
10514 AAATCAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAA
66 AAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
10579 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATC
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* * * *
10644 CCATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCT
196 TCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAATGTCT
* * *
10709 ATCTCAAGAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
261 ATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
*
10774 CTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
326 CTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAG-TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
* * * * * * * * *
10839 TTTATATATTTTTATTAAAATAGATCATAATTGAGTGTTTTCCTAGAGAAACGTGAAGAGAACAT
390 TTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AA-AT
** * *
10904 GATTCATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTT
453 GATTCATTTGTAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * * * **
10969 AAATGGTTTTACGATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGGTAAAATATA
517 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATA
* ** *
11034 TTATAATTGAATGTTTGCTTTATG-AAACACGATGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAACTGCA
582 TTATAATTGAATGTTT-CTTTA-GAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTGCA
*
11098 TCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
645 TCTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAGCCTTATTA
* * *
11132 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * *
11197 AAAACAGATTAGAATTGAGTGTTTGCCTTAGCAAATATGATGAAAAAGCTATTCATTTGCAAGAA
66 AAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* ** * *
11262 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCTAAAATCTTATCACCCGCTTTAAATGATTTTATAAT
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * *** ** *
11326 TTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAGCAGATTAAAATTCAATGTC
195 CTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAATGTC
* * * ** * * * *
11391 TACTTTGAA-AAATATGAAGAAAAA-ATATTCATTGAC-AGAAAAAGTCTATTTACAGTCACTTA
260 TA-TCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * * * *
11453 TACCTTTCAAGGCTTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAG-TCA
323 TGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
11517 AAGTTTTT---TTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGATTGTCTACCTT-AGAAAACATGAAGAA
387 ATGTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAA
* ** * * * *
11578 AAAGCTATTCAAGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTC
450 AATG--ATTCATTTGTAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTT
* * * *
11643 GCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAA
512 GCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAA
* * * * * * * * * * *
11707 AACA-ATTATAATTGAGTGTATGC-CTAGAGAAACATAAAGGAAAAACCATTCATTGATAGGAAA
576 AATATATTATAATTGAATGT-TTCTTTAGA-AAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA
* * *
11770 AGT-CGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAGGCTTTATTA
639 AGTGC-ATCTATAGTCACCCAAGCCTT-TAAAGCCTTATTA
*
11810 CTCGCTTTAAAAT-ATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTTTACATTTT
1 CTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTACATTTT
*** * * * * * *
11874 CAATTAAAAT-ATGAGTATATTTGAATGTTTACC-TAGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTTATG
61 TGGTT-AAATCA-GATTATAATTGAGTGTTTGCCTTA-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
11936 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGACTTTCAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTT
123 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * * *
12001 TTACAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGC-TTAAAATAGATTATAA
188 TTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTT-CATTAAAATAGATTATAA
* * * * * * *
12065 TTGAGTGT-T-TGCCCTGAGAAACGTGAAGAAAACATG--ATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTT
251 TTCAATGTCTAT-CTC-AAGAAACATGAAGAAAA-A-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
12126 ATAGTCA-TCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATTATTC
312 ATAGTCACT-CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGTTTTACAATCTCATAATTG
* *
12190 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTAAAATTTAATGTCTACCTTGAGA
375 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * **
12255 AACATAAAGAAAAAGTCATTCA-TTGTCAGTAAAATTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGGAA
439 AACATGAAG-AAAA-TGATTCATTTGTAAG-AAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAA
* * * * * * *
12319 GTCTTATTAATTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-A-GTTTTT---
500 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * *
12379 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCA-AGAAACATGATACAAAAGCCATCCA
565 TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CTTTAGA-AAACATGATGCAAAAGCCATCCA
* * ** *
12443 TT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTTAAAGGCTTATTA
628 TTGA-CAAGAAAAGTGCATCTATAGTCACCCAAGCC-TTTAAAGCCTTATTA
* * *
12494 CTCGCTTTAAAT-AGTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTTTGT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGT
* * * * * * ** *
12557 CAAAACAGGTTATAATTGAGTGTTTGTCTT-GAGAAATC-TAAAGAAAACGTGATTCCTTGGCAA
65 TAAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAG-GAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * **********
12620 AAAAAATCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT-AGTTTTAT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * * *
12684 AATCTTATTATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATGTTTT-ATCAAAACAGATTATAA-TCGA
192 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAA
* * * * * ********** * *
12747 -GTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
256 TGTCTAT--CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * * * *
12811 CCCATGCCTTCCAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGCTGTTATAATC-CTATTATTGATTTTAA
319 CTCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAG-TTTTACAATCTC-ATAATTGATTTTAA
* * * * * * **
12875 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACCA-ATTAAAATTCAATGTTTAGCTCAAGAAACATG
382 GTTGAATGTTTTTACATTTTT-ATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * *
12939 AAG-AAATGCCATTCATTGGTAAGCAAAA-TCCATTTGTAGTCAACTATGCCTTTGAAAGCCTTA
445 AAGAAAATG--ATTCATTTGTAAG-AAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
********** * *
13002 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTT
506 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * ** * *
13067 GATTAAAATAGATTATATTTGAAAGTCTACCTTAGGAAACGTGAGGAAAAAAGTTATTCGAGTG-
570 GATTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTCTTTAGAAAACATGATG-CAAAAGCCA-TCCATTGA
* * * * * **
13131 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTTATGCCTTCCGAAGCCTTATTA
632 CAAGAAAAGTGCATCTATAGTCACC-CAAGCCTT-TAAAGCCTTATTA
* * * * * * * * * *
13178 TTTGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATGGAGTTCTTTTATATTTATGGT
1 CTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * ** *
13242 TCAA-CTAGATTAAAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAATGTGAA-AAAAA-CATGATTCATTGGCA
65 TAAATC-AGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC--CATTCATTGGCA
* * * * *
13304 AGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAAG-CTTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTA
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * ** * * * * * ** *
13368 TAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTTA-TTTTGATCAAAACAGATTGTTATGGAG
191 TAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAA
* ** * * * *********
13431 TGTTTGCCTCGAGAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNN
256 TGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * * *
13496 NATACCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTGTAAGTT
321 CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-AGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * **
13561 GAAT-TTGTTTCATATTTTTTTGTAAAATAAATTATAATT-AAGTGTTTTCCTTGAGAGGCATGA
385 GAATGTT-TTT-ACATTTTTAT-TAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * *
13624 AGAAAATGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATT
446 AGAAAAT--GATTCATTTGTAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATT
* ********** * * *
13689 ACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGG
508 ACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGA
* * * * ** * * * * *
13753 TTGAAACTA-ATTAAAATTCAATGTCTACTACA-AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATA
572 TT-AAAATATATTATAATTGAATGT-TTCTTTAGA-AAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACA
* * * * ***
13816 AGAAAAGTCCAT-TCGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTANNN
634 AGAAAAGTGCATCT-ATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAGCCTTATTA
******* * * * * *
13861 NNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAG-TCAAGTTTTTTT-TATATTTTGA
1 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTTGG
* * * * * * * * * * * * *
13924 TTAAAAT-ATACTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGACAA
64 TT-AAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * ** *
13988 GAAAAGTTCATTTCTAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTAT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * * * * * *
14052 CATC-C-TGTAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTTATTAAAACATATTGTAATTGA
192 AATCTCAT-T-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTCA
* * * ** ** * ** *
14115 ATGTTTGTCTCAAAAAATGTGACA-AAAAAGTTATTCATTAGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
255 ATGTCTATCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
14179 -TCCATACCTTGCAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAA
319 CT-CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
14214 TGGTTTTANN
Statistics
Matches: 3506, Mismatches: 776, Indels: 330
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
675 1 0.00
676 6 0.00
677 76 0.02
678 319 0.09
679 254 0.07
680 6 0.00
681 22 0.01
682 546 0.16
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684 480 0.14
685 337 0.10
686 11 0.00
687 7 0.00
688 117 0.03
689 6 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (677 bp):
CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
AAATCAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
TCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTCAATGTCT
ATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
CTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
TTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAATGAT
TCATTTGTAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTAT
AATTGAATGTTTCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTGCATCTATA
GTCACCCAAGCCTTTAAAGCCTTATTA
Found at i:11021 original size:854 final size:847
Alignment explanation
Indices: 9083--14083 Score: 3594
Period size: 854 Copynumber: 5.9 Consensus size: 847
9073 NNNNNNNNNN
* * * *
9083 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAT-TTTTTTAATTTTT-TGG
1 CTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTAT-ATTTTTAT--
* * * *
9146 TCAAAATAGATTATAATTAAGTGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCTTTGACAA
63 T-AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG--ATTCATTGACAA
* * * *
9210 GAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
125 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACA
* * * * * * * *
9275 ATCTCATTATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTCAAATAGATTGTATTTAAATG
190 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * ** *
9340 TCTA-CTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCC
255 TTTACCTTT-AGAAACATGAAG-AAAAG-CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
9404 AT--ATGTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGT
317 ATGCCT-TTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
9467 TGAATTTATTTACATTTTTGGTTAAAA-AGTATTACAATTCAATGTCTG-CTTCAGAAAACATGA
380 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACATAA
* * ** **
9530 TGCAAAAGTCATGCATTGGCAAGAAAAAGGCATCTATAGTCACCCATGCCTTTTGAAGCCTTATT
443 TGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * *
9595 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGAT
508 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * * *
9660 TGAAAT-ATATTATAATTGAACTTTTTTCTCAG-GAAACACGACA-AAAAATTTATTCATTGACT
573 T-AAATCAGATTAAAATTGAA-TGTCTCCTTAGAGAAACATGA-AGAAAAAGTCATTCATTG-GT
* * * * * * * *
9722 -AGAGAAGTCCA-TTATAATCACCCATGCCTTGCGAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTG
634 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
9785 TAATCCTATTATTGATTTTAGGTTAAATCTTTTTACATTTTCGGTTCAAACAGATTAAAATTCAA
699 TAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT--TTTTTC-ATTAAAACAGATTAAAATTCAA
** * * ** *
9850 TGT-TCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCAC
761 TGTCT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *** * *
9914 CCAAAATTTTAAAAACCTTATTA
825 TCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * *
9937 CTTGCTTTAAATAGC-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTTATATTTTTAGT
1 CTCGCTTTAAA-AGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTATATTTTTA-T
* * * * * * * *
10000 TAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAAAAAGATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAGGA
63 TAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAT-GATTCATTGACAAGA
* * * * * * *
10065 AAAGTCCATTTATAGCCACCAATGCCTTTCGAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAAT
* * ** * *
10130 CTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATCATAATTGAGTGTT
192 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * *
10195 TACCTTTAGAAACATGAAGAGAACATG-ATTCATTTATAAGAAAAGT-CAGTTTATAGTCAGCCA
257 TACCTTTAGAAACATGAAGA-AA-A-GCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCA
* * *
10258 TGCCTTTCAAAGCCTTATTATTTGCATTAAATGGTTTTACGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
318 TGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
10323 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTATT-CTTTAGAAAACATAATGCA
383 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTAGAAAACATAATGCA
* * ** *
10387 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATGTATCTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
447 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
*
10452 GCTTTACAT-GATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
512 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * *
10516 ATCAGATTATAGTTGAGTGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAA
576 ATCAGATTAAAATTGAATGTCT-CCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAA
* *
10580 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCC
640 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCC
* *
10645 CATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTA
705 CATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT---TTTTTCATTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTA
* * * *
10710 TCTCAAGAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
767 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
10775 TTTCAAAGCCTTATTA
832 TTTCAAAGCCTTATTA
* * *
10791 CTTGCTTTAAACGCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTATATATTTTTATTA
1 CTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-TATATTTTTATTA
* * * * * *
10856 AAATAGATCATAATTGAGTGTTTTCCTAGAGAAACGTGAAGAGAACATGATTCATTCATAAGAAA
65 AAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAATGATTCATTGACAAGAAA
* * *
10921 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACGATCT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCT
* * * *** *
10986 CGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGGTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-
194 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA
* * * ** * * * * *
11050 GCTTTATGAAACACGATGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAACTGCATCTATAGTCACTCAAGC
259 CCTTTA-GAAACATGAAG-AAAAG-CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
11115 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGAATTTAAGTTGAATT
321 CTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
11180 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAGTGTTTGCCTTAGCAAATATGATGAAAAAG
386 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAATGCAAAAG
* * * * * * * *
11245 CTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAAA-TCTTATCACCCGCT
451 CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
11309 TTAAAT-GATTTTATAATTTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAGC
515 TTAAATAG-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATC
* * * * * * ** *
11373 AGATTAAAATTCAATGTCTACTTTGAAAAATATGAAGAAAAAAT-ATTCATTGACAGAAAAAGTC
579 AGATTAAAATTGAATGTCTCCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAGTC
* ** * * * ** *
11437 TATTTACAGTCACTTATACCTTTCAAGGCTTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCCCATT
644 TATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATT
* * * * * * *
11502 ATTGATTTTAAG-TCAAAGTTTTTTTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTGATTGTCTACCT-TA
709 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTTTCA-TTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCAA
* * * * *
11564 GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAAGTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCC
773 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTC
11628 AAAGCCTTATTA
836 AAAGCCTTATTA
* * * * *
11640 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTATATTTTTA-TT
* * * * * ** * *
11705 AAAACA-ATTATAATTGAGTGTATGCCTAGAGAAACATAAAGGAAAAACCATTCATTGATAGGAA
64 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAA-GAAAAATGATTCATTGACAAGAA
* * * * *
11769 AAGTCGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAAAT-ATTTTATAAT
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTACAAT
* * * *
11833 CTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTTTACATTTTCAATTAAAATATGAGTATATTTGA
192 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTACATTTTTAATTAAAATA-GATTATAATTGA
*** ** * **
11898 ATGTTTACCTAGGGAAACATGAAGAAAAGCCATTTATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
252 ATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAG-CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
11963 CTTGACTTTCAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAAATGATTTTAAGTT
316 CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
12028 GAATTTTTTTACTTTTTTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCT-GAGAAACGTGAA
381 GAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGA-AAACAT-AA
* * * * * * **
12092 -G-AAAA-CATGATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTA
443 TGCAAAAGC--CATTCATTGGCAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTA
* * * * *
12154 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATTATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTA
506 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * *
12219 TTTAAAACAGATTAAAATTTAATGTCTACCTT-GAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATT-GTC
571 GTTAAATCAGATTAAAATTGAATGTCT-CCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGT-
** * * ** * * * *
12282 AGTAAAATTCTATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGTCTTATTAATTACTTTAAACGGTTTTA
634 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * * *
12347 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-A-GTTTTTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
699 TAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTTTTTCATTAAAACAGATTAAAATTCAATGT
* * * * *
12410 TTACTTCAAGAAACATGATA-CAAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT
764 CTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* *
12473 AAGCCTTTTAAAGGCTTATTA
827 AAGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* *
12494 CTCGCTTTAAATAG--TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTACATTTTT-T
1 CTCGCTTTAAA-AGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TGTTTTATATTTTTAT
* * * * * *
12555 GTCAAAACAGGTTATAATTGAGTGTTTGT-CTTGAGAAATC-TAAAGAAAACGTGATTCCTTGGC
63 -T-AAAATAGATTATAATTGAGTGTTT-TCCTTGAGAAA-CATGAAGAAAA-ATGATTCATTGAC
* * * * **********
12618 AAAAAAAATCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT-AGTTTT
123 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTT
* * * * * * * *
12682 ATAATCTTATTATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATGTTTT-ATCAAAACAGATTATAATCG
187 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAATTAAAATAGATTATAATTG
* * * * ******** ** * *
12746 AGTATTTGCC-TTAGGAAACGTGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC
251 AATGTTTACCTTTA-GAAACATGAAGAAA--AGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * * *
12810 ACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGCTGTTATAATC-CTATTATTGATTTTA
313 ACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTC-ATAATTGATTTTA
* * * *
12874 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACCA-ATTAAAATTCAATGTTTAG-CTCA-AGAAAC
377 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTT-GCCTTAGA-AAAC
* * * * * * * *
12936 ATGAA-G-AAATGCCATTCATTGGTAAGCAAAATCCATTTGTAGTCAACTATGCCTTTGAAAGCC
439 AT-AATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCC
* * ********** * *
12999 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATT
503 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT
* * * * * * *
13064 TTTGATTAAAAT-AGATTATATTTGAAAGTCTACCTTAG-GAAACGTGAGGAAAAAAGTTATTCG
567 TTTGGTT-AAATCAGATTAAAATTGAATGTCT-CCTTAGAGAAACATGAAG-AAAAAGTCATTC-
* * * * * * * ***
13127 AGT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTTATGCCTTCCGAAGCCTTATTATTTGTTTTAAAT
628 ATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACC-CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** * * * **
13190 AGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA-ATGGA-GTTCTTTTATATTT-ATGGTTCAACTAGAT
692 GGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTT-TTTT-T-TTTCAT--TAAAAC-AGAT
* * * * ** * * *
13252 TAAAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAATGTGAA-AAAAA-CATGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCA
751 TAAAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC--CATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
13315 TTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAAG-CTTATTA
814 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTA
* * * * * * * * *
13349 CTCGTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTTATTTTGATCA
1 CTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTATATTTTTATTA
* * * * * * * * *
13413 AAACAGATTGTTATGGAGTGTTTGCCTCGAGAAACATAAAGGAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAA
65 AAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATG--ATTCATTGACAAGAA
********** * * * * *
13477 AAGTCCATTTNNNNNNNNNNATACCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATG
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATC
* * * ** *
13542 TCATAATTGACTGTAAGTTGAATTTGTTT-CATATTTTTTTGTAAAATAAATTATAATT-AAGTG
193 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAAT-TAAAATAGATTATAATTGAA-TG
* * ** * * ** * *
13605 TTTTCCTTGAGAGGCATGAAGAAAATGAGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCA
255 TTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAA-G-CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ********** * *
13670 TGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA
318 TGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
13735 ATGTTTTTT-CATTTTTGGTTGAAACTA-ATTAAAATTCAATGTCT-AC-TACAAGAAACATGAA
383 AT-TTTTTTACATTTTTGGTT-AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GA-AAACAT-AA
* * ** * * ** *
13796 -GAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT-TCGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTAN
443 TGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATCT-ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAT
********* * * * * *
13859 NNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAG-TCAAGTTTTTTT-TATATTTT
507 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT-TTTT
* * * * * * * * * * * *
13922 GATTAAAAT-ATACTATAATTGAATGTCTACTTTAGA-AAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGA
570 GGTT-AAATCAGATTAAAATTGAATGTCT-CCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
* * * * ** *
13985 CAAGAAAAGT-TCATTTCTAGTCACCTATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
633 TAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* ** * *
14049 TATCATCCTGTAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTT
697 TATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTT
14084 AACATTTTTT
Statistics
Matches: 3327, Mismatches: 689, Indels: 260
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
848 82 0.02
849 378 0.11
850 216 0.06
851 12 0.00
852 29 0.01
853 762 0.23
854 1299 0.39
855 426 0.13
856 120 0.04
857 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (847 bp):
CTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTATATTTTTATTAA
AATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGATTCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC
TTTAGAAACATGAAGAAAAGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAATGCAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATCAGATTAA
AATTGAATGTCTCCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTAT
AGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATTATTGATT
TTAAGTTGAATGTTTTTTTTTTCATTAAAACAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATG
AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGCCTTAT
TA
Done.