Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018399398.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2664.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13190
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.11, T:0.29
Warning! 2551 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2897 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2603--2919 Score: 417
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
2593 NNNNNNNTCG
**
2603 AAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTCAAGTTGAATATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTCAAGTTGAATATTTTT
* * * * *
2668 ACATTTTTTACTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATT
66 ACATTTTTGACAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATT
*
2733 CATTGGCAAGCAAAGCCAATTTCTGATCACCCAAGCCTTTCA
131 CATTGGCAAGAAAAGCCAATTTCTGATCACCCAAGCCTTTCA
* * * *
2775 AAAGCCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATATT-AAGTTGAAT-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGAT-TTCAAGTTGAATATTTT
* * * * *
2838 TCACATTTTTGGCAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-C-TGAGACATATGAAGAAAAAGG
65 T-ACATTTTTGACAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATA--AAGAAAAAGC
2901 CATTCATTGGCAAGAAAAG
127 CATTCATTGGCAAGAAAAG
2920 TTCATTTATA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 17, Indels: 8
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.06
171 6 0.05
172 109 0.88
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTCAAGTTGAATATTTTT
ACATTTTTGACAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGCCAATTTCTGATCACCCAAGCCTTTCA
Found at i:6012 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5699--8415 Score: 1476
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 169
5689 CGAGACTTAC
* * * * * * *
5699 CTTTTTCTACATAATTCGTAAGGTAGATATTCAATTATAG--TCTGTTTAA--AAACATATAAAA
1 CTTTTTCTTCAT-GTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-TTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * ** * *
5760 AAA-TCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
** * * * *
5823 AGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGG
128 A-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * *
5866 CTTCTGCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTCAATGATAGCATTTTTTAACTAAAAATGTAAACA
1 CTTTTTCTTCATGTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* *
5931 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAA
* * * * * **
5996 GAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTATTGCCAACGAATAC
129 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * *
6037 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTAT--CATTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAA
1 CTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCA-TT-TTTTAACTAAAAATGTAAA
** * * * *
6100 AAAATTTGACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
* * *
6165 AGAAATGA-TAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGATTGG
128 AG-AATGAGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* ** * *
6208 CTTTTT-TTACATGTTTAAC-AAGACATG-CATTCAATAATAGTC-TGTTTTAA-TAAAAAATGT
1 CTTTTTCTT-CATG-TT-CCTAAGGTA-GACATTCAATTATAG-CATTTTTTAACT-AAAAATGT
* * * * *
6268 AAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATCAA-GCT
60 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCT
* * * * * **
6331 TTTAAAGGAAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTGACTAC
123 TTGAAA-GAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
** ** * * * * *
6379 CTTTTTCTTTACAT-TTATTGGGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTAAACCAAAAGTGTACA
1 CTTTTTC-TT-CATGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAG-CATTTTTTAACTAAAAATGTAAA
** * * ** * *
6442 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-ATTTTACAAAACTATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
** * * *
6506 AAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TATGCTATTGGATGG
127 AA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGG
* * * * *
6550 CTTTTGCTTTATGTTTCCCAAAGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATTTTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* * **********
6614 AGAATTCAACTTAAAATAAATTTT-ACGATTATAAAATCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTG
64 A-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTG
* * * * *
6678 AAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTCCCAATGAATGC
126 AAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * *
6722 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGGCATTCACTTATA--ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-T-TTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * * *
6785 AAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAA-CTGAGTAACAAGGCTTTTA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTGA
** *
6849 AATGAATGACAGACTATAAATGGACTTTT-TCTCCCAATGAATGG
127 AA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGG
* * ** ** * * * ** *
6893 CTCTTTCTACACATT--TACTG-AGACATGCATTTAATA-CTAATCAGTTTTAA-TGACGAATGC
1 CTTTTTCTTCATGTTCCTAAGGTAGACATTCAATT-ATAGC--AT--TTTTTAACT-AAAAATGT
* * * * * * *
6953 GAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGACATTATAAAAACTTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
60 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
********* *
7018 NNNNNNNNNNAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAAT-G
125 -GAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
** * * * * *
7063 CATTTCACTTCATATTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATA--ATCTACTTTAACTAAAAATATAA
1 C-TTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-T-TTTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
7126 AACAAATTCAACTT-AAATCAATGTTGAGACTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
62 AA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT
* * *********
7190 AAAAGAATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCNNNNNNNNN
125 GAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * * *
7235 NTTTTTCTTCACAT-TTCTTGAGGTAAACATTTAATTAT--CGTCTGTTTAAATAAAAAATATAA
1 CTTTTTCTT--CATGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-TTTTTAACT-AAAAATGT-A
* * * * * *
7297 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTACAAAACTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTT
61 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** ** * * * * *
7361 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTCTCATACCAATGGATGA
125 -GAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * *
7407 CTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGATAGACATTCAATTATAGC-CTTTTTAA-TAAAAAATGAAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATTTTTTAACT-AAAAATG--TAA
* * ********** *
7470 AAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAGGCTTTT
62 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
* *
7535 AAAGGAATG-GATGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGT
126 AAA-GAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * ** ** * * *
7580 CTTGTTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTAAAAAAATTTC-TGTTTTAACAAAAAATAT-AA
1 CTT-TTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAGACATT-CAATTATAGCATTTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * ** *
7642 AAAATTTAACTTAAAATTAATTATT-AGTTTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTG
** *
7706 -AAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAG-CAATTG--TGG
126 AAAG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAA-TGAATGG
* * ** * * * * *
7749 CTTTTGCTTCATGTACCTGAAGAAAAACATTCAATTATAACCTTTTTTAA-TAGAAATGTAAAAT
1 CTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCATTTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * ** *
7813 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAA
* * * *
7878 GAATGAGTGACTATAAAT-AACTTTTCTTTCTAATGAATGC
129 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * *
7918 CTTTCTCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA--ATCTGTTTTACCCAAAAATATAAA
1 CTTTTTCTTCAT-GTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-T-TTTTAACTAAAAATGT-AA
* * * *
7981 AAACAATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCT
62 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-T
* * * * **
8046 G-AAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAATAT
125 GAAAG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * *
8091 ATTTTT-TTAATGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTATA-C-TCTATTTTAACTAAAAATATAA
1 CTTTTTCTTCATG-TTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-T-TTTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
8152 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG
62 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-G
* * * * *
8216 AAGGAATGAGAGACTCTAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGA
126 AAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGG
* ** * * ** *
8260 TTTTTTCCACACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTTAACCAAAAATGTAAAA
1 CTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGCAT-TTTTTAACTAAAAATGT--AA
** * * *
8325 AAAAATT-AACTTAAAATCAATTAAGAGATCAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG
62 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTG
*
8388 AAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTT
126 AAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
8416 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1938, Mismatches: 483, Indels: 253
0.72 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 43 0.02
168 41 0.02
169 205 0.11
170 182 0.09
171 843 0.43
172 443 0.23
173 144 0.07
174 26 0.01
175 9 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CTTTTTCTTCATGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGA
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
Found at i:7091 original size:685 final size:681
Alignment explanation
Indices: 5718--8415 Score: 1759
Period size: 685 Copynumber: 3.9 Consensus size: 681
5708 CATAATTCGT
* * *
5718 AAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTAAA-AACATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAACAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
5782 TAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGAC
66 TAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAC
*
5847 TTTTCATACCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTCAATGATAGCATTTT
131 TTTTCATACCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTCCCTAAAGTAGACATTCAATGATAGCATTTT
* * *
5912 TTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGTG
196 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
5977 AGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTATTGCCAACGAATACCTTTT
261 AGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTATTCCCAACGAATACCTTTT
** * * * * * *
6042 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATCATTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTT
326 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* * * *
6107 GACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATG
391 AACTTAAAAACAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATG
* * * * **
6172 ATAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGATTGGCTTTTTTTACATGTTTAACAAGACATGCA
456 ACAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGGCTCTTTCTACACATTTAACAAGACATGCA
* * * *
6237 TTCAATAATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTATGATATTA
521 TTCAATAATAATCAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATAAATTAAAATCAATTATGACATTA
* * *
6302 TAAAACTATTTAGAGCGAGTAATCAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
586 TAAAACTATTTAAAACGAGTAATCAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
* * * * ** * *
6367 GCTAGTGACTACCTTTTTCTTTACATTTATT
651 GCCAATGAATACATTTCACTTCACATTTATC
** *
6398 GGGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAACCAAAAGTGTACAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAA-CAAAA-TATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
6463 TATTATTTTACAAAACTATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAATG
63 TATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
6528 GACTTTTTATGCTATTGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCC-AAAGTAGACATTCAATTATAGCC
128 GACTTTTCATACCAATGGATGGCTTCTGCTTCATG-TTCCCTAAAGTAGACATTCAATGATAGCA
* *
6592 TTTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATAAATTTT-ACGATTATAAAATCATT
192 TTTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTTTGA-GACTATAAAACCATT
********** * * * * * *
6655 TAAAGCGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTCCCAATGAAT
254 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTATTCCCAACGAAT
* * * *
6720 GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGGCATTCACTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
319 ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * *
6785 AAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAA-CTGAGTAACAAGGCTTTTA
384 AAAATTCAACTTAAAAACAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAACAAGGCTTTTA
6849 AATG-AATGACAGACTATAAATGGACTTTTTC-TCCCAATGAATGGCTCTTTCTACACATTT-AC
448 AA-GAAATGACAGACTATAAATGGA-TTTTTCTTCCCAATGAATGGCTCTTTCTACACATTTAAC
* * * * ** ** *
6911 TGAGACATGCATTTAATACTAATCAGTTTTAATGACGAATG-CGAAAAAATTCAAATTAAAATCA
511 -AAGACATGCATTCAATAATAATCAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAAT-AAATTAAAATCA
*********
6975 ATTATGACATTATAAAAACT-TTTAAAACGAGTAAT-AAGGCTTTNNNNNNNNNNA-GTGACTAT
574 ATTATGACATTAT-AAAACTATTTAAAACGAGTAATCAA-GCTTT-TAAAGGAATAGGTGACTAT
* * * *
7037 AAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGCATTTCACTTCATATTTCTC
636 AAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATACATTTCACTTCACATTTATC
* * *
7083 AAGGTAGACAATCAATTATAATCTACTTT-AACTAAAAATATAAAACAAATTCAACTT-AAATCA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAAAC--AAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCA
* ** * * * * * * *
7146 ATGT-TGAGACTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTAACTATAA
61 AT-TATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGAGTGACTATAA
* * ********** * * ** * * * * * * *
7210 ATGGACTTTTCTTGCCNNNNNNNNNNTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAAT--TAT
125 ATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTCCCTAAAGTAGACATTCAATGATAG
* * * * * * ** * *
7273 CGTCTGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTACAAAACT
190 CAT-TTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT-TTGAGACTATAAAACC
* * * ** * * * *
7337 ATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTCTCA-TACCAA
251 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCT-GAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTT-TTATTCCCAA
* * * * * * ** **
7400 TGGATGA-CTTTTGCTTCATGTTCCCCAAGATAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTAATAAAAAA
314 CGAAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * * ********** *
7463 TGAAAAAAAAACATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAA
378 T--ATAAAAAA-ATTCAACTTAAAAACAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAA
* * * * * * * *
7528 GGCTTTTAAAGGAATGGA-TGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGTCT-TGTTTTTCA
440 GGCTTTTAAAGAAAT-GACAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGGCTCT-TTCTACA
** ** ** * * * * ** *
7591 TGTTTCTCAAGGTA-GACATT-AA-AAAAATTTCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTTAAC
503 CATTTAACAAGACATG-CATTCAATAATAA--TCAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATAAA
* * ** * * * * ** *
7652 TTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTTGAA-GCCTTGA
565 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATCAA-GCTTTTAAAGGAATAG-
* * ** * *
7715 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTAG-CAATTG--TGGC-TTTTGCTT--CATGTACCTG
628 GTGACTATAAATAGACTTTTC-TAGCCAA-TGAAT-ACATTTCACTTCACATTTA--TC
** * ** * * * *
7768 AAGAAAAACATTCAATTATAACCTTTTTTAATAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAACA-AAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
7833 -TTGAGATCATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-
64 ATT-AGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * * * * *
7896 AACTTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTCT-CTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA--A
128 GACTTTTCATACCAATGGATGGC-TTCTGCTTCATGTTCCCTAAAGTAGACATTCAATGATAGCA
* * * * * * *
7958 TCTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTAT
192 T-T-TTTTAACTAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGACTATAAAACCAT
* * * * **
8023 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTG-AAGAAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCAAATA
253 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTATTCCCAACG
** * * * * *
8086 AATATATTTTT-TTAATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATACTCTATTTTAACTAAAAATAT
316 AATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * *
8150 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT
381 AAAAAAATTCAACTTAAAAACAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT
** * * * * * * ** * * * **
8214 CGAAGGAATGAGAGACTCTAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGATTTTTTCCACACGTTTCTC
446 TAAAGAAATGACAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGGCTCTTTCTACACATTTAAC
** * * * ** *
8279 AAGGTA-GACATTCAATTATAATATATTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTAACTTAAAATC
511 AAGACATG-CATTCAATAATAAT-CAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAA-TAAATTAAAATC
* * * * ** * *
8343 AATTAAGAGATCAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAA-GAAT-GAGAGACTAT
573 AATTATGACATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATCAAGCTTTT-AAAGGAATAG-GTGACTAT
*
8405 AAATGGACTTT
636 AAATAGACTTT
8416 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1571, Mismatches: 370, Indels: 152
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
679 2 0.00
680 106 0.07
681 43 0.03
682 63 0.04
683 143 0.09
684 351 0.22
685 617 0.39
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Consensus pattern (681 bp):
AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAACAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
TAGTTTACAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTAAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAC
TTTTCATACCAATGGATGGCTTCTGCTTCATGTTCCCTAAAGTAGACATTCAATGATAGCATTTT
TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGACTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTATTCCCAACGAATACCTTTT
TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAAACAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAGAAATG
ACAGACTATAAATGGATTTTTCTTCCCAATGAATGGCTCTTTCTACACATTTAACAAGACATGCA
TTCAATAATAATCAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATAAATTAAAATCAATTATGACATTA
TAAAACTATTTAAAACGAGTAATCAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTA
GCCAATGAATACATTTCACTTCACATTTATC
Found at i:7865 original size:169 final size:167
Alignment explanation
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Period size: 169 Copynumber: 3.7 Consensus size: 167
7611 AAAAAAATTT
* * * *
7621 CTGTTTTA-ACAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATT-AGTTTATAAAATTATTT
1 CTGTTTTACAC-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAG-ATATAAAACTATTT
* ***
7684 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAGC-AATTG-T
63 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTC-TAGCTAA-TGAT
* *
7747 GGCTTT-TGCTTCATGTACCTGAAGAAAAACATTCAATTATAAC
125 GCCTTTCT-CTTCATATACCTGAAGAAAAACATTCAATTATAAC
* * * *
7790 CTTTTTTA-ATAGAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACTATTTA
1 CTGTTTTACACAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAT-ATAAAACTATTTA
* * **
7854 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAACTTTTCTTTCTAATGAATGCC
64 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTAGCTAATG-ATGCC
** * ** *
7919 TTTCTCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAAT
128 TTTCTCTTCATATACCTGAAGAAAAACATTCAATTATAAC
* *
7959 CTGTTTTACCCAAAAATATAAAAAACAATTCAACTGAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATT
1 CTGTTTTACACAAAAATAT--AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATATAAAACTATT
* * * * * *
8024 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATAAAT
62 TAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTAGCTAAT-GAT
*** * * * ** ** ** *
8089 ATATTT-TTTTAATGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTAT-AC
125 GCCTTTCTCTTCATATACCTGAAGAAAAACATTCAATTATAAC
* * * * *
8130 TCTATTTTA-ACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAAT-TATAAACCATT
1 -CTGTTTTACAC-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATATA-AAACTATT
** * * * * *
8193 TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTCTAAATGAACTTTTCT
62 TAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCT
8247 TCTCAATGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (167 bp):
CTGTTTTACACAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATATAAAACTATTTAAA
GTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTAGCTAATGATGCCTTT
CTCTTCATATACCTGAAGAAAAACATTCAATTATAAC
Found at i:9010 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 171
8506 NNNNNNNNNN
* ** * *
8516 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* ** * * * * ** *
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* * *
8642 CATTTATTGAGAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACAT-ATTCCTTT-AA
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* ** * * * * * * *
8688 AAACCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTGAAGTAGAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTT
** * * * ********** * *
8753 TTACATTTTTTGTTAAAA-AAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTNNNNNNNNNNGAAGTAAAAGCC
63 TTACATTTTTCATTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAC
* * * **
8817 ATCCATTGGCATGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCTTTCGAA
128 ATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTC-AA
* * *
8863 AA-CCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTGTAAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
8927 CATTTTTTATT-TAACTAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAACGTGAAGAAAAAGACATT
66 CATTTTTCATTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATT
* * * *
8991 CATTGGTAAGCAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCTTTTAA
131 CATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* * * * ** *
9033 AAGCCTTATTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATTTCAA-ATTTGATTTTAAGTTGAATTTTCTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT
* ** * * * ** * *
9097 TACATATTTGGTTATAA-TAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCA
64 TACATTTTTCATTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACA
*********** * * *
9161 TTCATTAGCNNNNNNNNNNCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAA
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* ** * * *
9205 AAGCGTTATTACACACTTTAAATGGTTTTA-AAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAA-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** * * * * * * *
9269 ACATCTTTGGCTAAAA-AAGGCTATAATTCAATGTCTGCCTT-AGGGAACATGAAGTAAAAGCCA
65 ACATTTTTCATTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACA
* * * * *
9332 TCCATTGGCATGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGA
129 TTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAA
* * * ** * * *
9376 AAGCCTTATTACTTGCTTTTAATGGTTTGGTAAACTAATAATTCATTTTAATTTGAATTATTTTA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
9441 CATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTGGATGTCTACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
66 CATTTTTCA-TTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
* *
9504 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATT-TCTTCAA
130 TCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCT-TTCAA
* * **********
9547 AAG-CTTGATTA-TTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTT
1 AAGCCTT-ATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
9610 TATATTTTTCATTAAAA-TAAACTATAATTGAAT-ACTTACCTTG-GTAACCATGTAGAAAAAGC
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* *
9672 CATTCATTAGGAACAAAA-TACCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAA
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* *
9718 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA-AGGTTTTATGATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAGCCTTATTACT-TACTTTAAATA-GTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * *
9781 TTTATTTTTCATTAAAAC-AGATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGATAAAGGCA
64 TACATTTTTCATTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACA
*
9845 TTCATTAGGAAG-AAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAA
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** ** ************** *
9888 AAGTTTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
** * * * * * *
9953 ACATTTTTGGTTAAAAC-ATATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGCAACATGAACAAAAAGGCAT
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* * * * *
10017 TTATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-AA
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* * *
10059 AAGCCTTATTAC-T-CGTTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-ATTTTCTT
1 AAGCCTTATTACTTAC-TTT-AAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* * * * ** * **
10120 TTAAAAAGTAATATTAACTTTAATTTAGCATCTTTTTGGTTAAAACAGAGAATGTCTACCTTGAG
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* * ** **
10185 AAACATGAACAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTGTTTC-TTCAA
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** ** ** *
10248 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAGTCTCAA-AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
** * * *
10312 TACATTTTT-AGTTATGA-TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGA-AAAGGC-T-AA-AAAAAG
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* *
10371 ACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTT-GA
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* * * * **
10418 AAGCCTTATTACTCA-TGTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATGCTTT
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* ** * * * *
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* * * ** * *
10542 CCATCCATT-GATACGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCGA
126 ACATTCATTGGA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* * *
10589 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAAACTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** *
10654 TATTTTTTTATTTAAA-TAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACAT
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10718 TCA
130 TCA
10721 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1552, Mismatches: 374, Indels: 214
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.00
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172 269 0.17
173 20 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTCATTAAAACTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATT
CATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
Done.