Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397468.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1699.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14891
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 3795 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1726 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 1484--1749 Score: 379
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
1474 GAAAAAGTCT
* * * *
1484 TTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAA
* * * *
1549 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACATGAA
66 ATGATTTTATAAACTAATAATTGATTATAAATCAAATTGTTTTATATTTTCGATTAAAACATGAA
1614 GAAAAAAAGA
131 GAAAAAAAGA
* * * *
1624 TTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTCAA
1 TTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAA
* ** * *
1689 ATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTATACGTTAAATTGTTTTATATTTTCGGTTAAAACA
66 ATGATTTTATAAACTAATAATTGATTATAAATCAAATTGTTTTATATTTTCGATTAAAACA
1750 GATAATAATT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 17, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
140 109 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (140 bp):
TTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAA
ATGATTTTATAAACTAATAATTGATTATAAATCAAATTGTTTTATATTTTCGATTAAAACATGAA
GAAAAAAAGA
Found at i:2101 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1803--3228 Score: 1364
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
1793 CATTCATTGG
* * * * * * * *
1803 TTAAGTTCAATTTTTTTTTTACTTTTTTGGTAATAAAAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTTAGTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
** * * ** * ** * *
1868 AATATGAAGAAAATGGTATTTGTTGATGGGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAG
63 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1933 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
128 CCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
1977 TTAAGTT-CATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * *
2041 GTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCATTCATTCAAAAGCCT
66 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
2106 TTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
131 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
2147 TTAAGTTTAATTTTCTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTTGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * *
2211 TGTG-AGAAAATA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
65 CGTGAAGAAAA-AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * *
2274 CTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAAAATTTTATAACTAATT
129 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
2317 TTAAGTTGAATGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCCT-AGGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAA
* * ** * * * *
2381 TGTGGAG-AAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCC
65 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
2445 TTCTTATTCACTTTGAACA-G-CTTTATAATCTCATAATTGATT
130 TTATTACTCACTTT-AA-ATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
2487 TTAAGTTGAGTTTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAATAGACTATAATTAAAAGTTTACC-TAAGGA
1 TTAAGTTGA-ATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GA
* * * ** *
2550 AACATGTAG-GAAAGGCCATTCAGCGAG-AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
63 AACGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
2613 AGGCTTATTGCTCA-TTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
126 AGCCTTATTACTCACTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
2659 TTAAGTTCATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * * *
2724 GTGAAGAAAAAGGGATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAACCCT
66 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
2789 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTGATC
131 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
2830 ATAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATATTTACCTCGAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
** * * * **
2895 GTGAAGAAAAAAACATTCATTAGTAAGAAAAATCCCTTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCT
66 GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
2960 TATTGCTCGCTTTTAAT-AGTTTTATAATCTCATAACTAATT
131 TATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * **
3001 TTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGACTATTATTGAATG-CTTACC-CCAGGAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAA
* * * * *
3064 ATGTGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAG
64 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * *
3127 CCTTATTACTCGCTTTGAAT-AGTTTTATCATCTCATAATTGATT
128 CCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
3171 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAATACAGACTATAATTAAATG-CTTACCTT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTT
3229 AGGAAACNNN
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 188, Indels: 57
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 484 0.47
171 432 0.42
172 107 0.10
173 2 0.00
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:2886 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1897--3235 Score: 1470
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 340
1887 TTGTTGATGG
* *
1897 GAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGATTTTATA
* * * *
1962 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTC-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAGTATAATTGAATG
65 ATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
2026 TCTACATTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGTAAAAAAAATCCATTTATAGTCATCC
130 TCTACCTTGAGGAAACGTGAAG-AAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
2090 ATTCATTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTT
194 AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
2155 AATTTTCTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-AGTTTACCT-TGAGAA-ATGTGA
259 AATTTT-TTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATAGTTTACCTAGGA-AACATGT-A
2216 GAAAATAGCATTCATTAGCAA
321 GAAAA-AGCATTCATTAGCAA
* * * *
2237 GAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAAA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGATTTTATA
* * * * * *
2302 ATTTTATAACTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
65 ATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * ** *
2367 CCTACCCT-AGGAAATGTGGAGAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
130 TCTACCTTGAGGAAACGTGAAGAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
2431 ATCCTTCAAAAGCCTTCTTATTCACTTTGAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
195 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
2496 GTTTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAATAGACTATAATT-AAAAGTTTACCTAAGGAAACATGTAG
260 -ATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATAGTTTACCT-AGGAAACATGTAG
* * **
2559 GAAAGGCCATTCAGCGAG-AA
322 AAAAAG-CATTCA-TTAGCAA
* * *
2579 GAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCATTTGAAATGATTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTT-AAATGATTTTATA
* * * * * *
2644 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
65 ATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
** * * *
2709 TCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAC
130 TCTACCTTGAGGAAACGTGAAG-AAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * **
2773 ATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTGATCATAAGTTG
194 AATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
2838 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAGTTGAATA-TTTACCTCGAGAAACGTGAAGA
259 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATAGTTTACCTAG-GAAACATGTAG-
* *
2902 AAAAAACATTCATTAGTAA
322 AAAAAGCATTCATTAGCAA
* * ** * * *
2921 GAAAAATCCCTTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTTAAT-AGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGA-TTTTAT
* * *
2985 AATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGACTATTATTGAAT
64 AATCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * * *
3050 G-CTTACC-CCAGGAAATGTGAAGAAAAGGTATTCATTGGCACAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GTC-TACCTTGAGGAAACGTGAAGAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
3113 CAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTT
193 CAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
3178 AAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAATACAGACTATAATTAAAT-GCTTACCTTAGGAAAC
258 GAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATAGTTTACC-TAGGAAAC
3236 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 825, Mismatches: 148, Indels: 51
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 173 0.21
341 230 0.28
342 316 0.38
343 106 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAACTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTTGAGGAAACGTGAAGAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATAGTTTACCTAGGAAACATGTAGAAAA
AGCATTCATTAGCAA
Found at i:3781 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3482--4910 Score: 1432
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
3472 NNNNNNNNNN
* * * **
3482 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATAGTTTTACATTTTT-GATTAAAATAGAAAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAGACTATAA
** **********
3546 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATT-AGCAANNNNNNNNNNTTTATA
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
3610 GTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAGTCGCTTTAAATGGT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
3653 TTTGTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATAATTCTAGTTAAAAAAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAAT
* * * *
3718 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
3783 CACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
130 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * **
3824 TTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTT-GCTTAAAACGGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAGACTATAA
* ** * * *
3888 TTGAATGTTTGGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
3953 TCACCAATTCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * ***
3995 TTTATAATCTCATCAGTAATTTTAAGTTGAATGGTTTTATATTTTTGGTTAAGGTAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAAT
** * * * *
4060 TGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
4125 CACCCATT-CTCTCAAAAGCCCTATTACTTGATTTCAATGGT
130 CACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
4166 TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TGAATTTGCTTTACATTTTTCA-TTAAAATAGACTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT--TTTACATTTTT-AGTTAAAAAAGACTATA
* * * * * * * *
4229 AATGAGTATTTACCTC-AGGATACATGTAG-AAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
63 ATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
4292 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAATAGT
126 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
4337 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTT-AAAAA-A--A-AAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAAT
* * ** * * * *
4397 TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATTATTTATT-ACCAAGAAAAGACAATTTATTG
65 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
4461 TCACTCATTCCTTCAAAAGGCGTATTGCTCGCTTTAAATGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
4503 TTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAATTTTATTTAAAAAAGA-TAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACT-ATAA
* * * * * * * *
4567 TTGAATGTTTCCCTCGAGAAACGTAAAGAAAAATGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCTA-TTATAG
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
4631 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATGGT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
4673 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTCTAGTTAAAACATATTATAATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATT
* * * * ** *
4738 CAATGTCTACCCCGAGAAACATGAACAAAAAAGCATTCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTC
66 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * **
4803 ACTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGGT
131 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
4843 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCGCTAAAACAGACTATAAGT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATT
4908 GAA
66 GAA
4911 ATTTTTTTAC
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 205, Indels: 57
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 116 0.11
167 17 0.02
168 1 0.00
169 72 0.07
170 191 0.19
171 614 0.60
172 13 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATT
GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
Found at i:4913 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 4865--4944 Score: 108
Period size: 39 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
4855 TAATTAATTT
* *
4865 TAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCGCTAAAACAGACTA
1 TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGACTA
* * *
4903 TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTA
1 TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGACTA
4942 TAA
1 TAA
4945 TTGATTACTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 1
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
38 8 0.22
39 28 0.78
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (39 bp):
TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGACTA
Found at i:5339 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4903--5420 Score: 519
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
4893 AAACAGACTA
* * * *
4903 TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTACTTGCCTCCGGATACA
1 TAAGTGAAATGTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAGACTATAATTAATTACTTGCCTCCGAAAACA
* * * * *
4968 TGTTGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTT
65 TATAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
5033 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-ACATAGTTAATTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA-ATAATTGATTT
* * * * **
5074 TAAGTTGAATTG-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGT-C-TACCTTGGAA
1 TAAG-TGAAATGTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAGACT-ATAATT-AAT-TACTTGCCTCCGAA
* * *
5135 AACATAAAGAAAAAATTATTTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTCTCAAA
61 AACATATAGAAAAAGTCATTTATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAA
* * * * *
5198 AGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTGACAATCTAATATTTGATTT
124 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
**********
5245 TAAGTGAAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTAATTACTTGCCNNNNNNNNNN
1 TAAGTGAAATGTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTAATTACTTGCCTCCGAAAACA
* * * *
5310 TATAGAAAAAGTCATTTGTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCTTT
65 TATAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
5375 ATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
5416 TAAGT
1 TAAGT
5421 TGAANNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 53, Indels: 30
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 20 0.07
171 243 0.87
172 14 0.05
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAAGTGAAATGTTTTTACATTTTTATTAAAATAGACTATAATTAATTACTTGCCTCCGAAAACAT
ATAGAAAAAGTCATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
Found at i:7233 original size:170 final size:167
Alignment explanation
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Period size: 168 Copynumber: 2.2 Consensus size: 167
6854 NNNNNNNNNN
6864 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAATTTTGGTTAAAAAAGACAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-AATTTTGGTTAAAAAAGACAATAATTGAAT
* * * * * * *
6929 GTCTTCCTCGAGAAACGTAAAGAAAAACATATTCATTGGTAATAAAAGTCTATTATAGTCACCAT
64 GTCTACCTCGAAAAACGTAAACAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCAT
* ** * **********
6994 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTTANNNNNNNNNN
129 CCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTAT
* * * **
7033 AATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAA-ATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTT-TGGTTAAAA-AAGACAATAATTGAAT
* * * *
7097 GTCTACTTCGAAAAACGTGAACAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCTACTTCTAGTTACTC
64 GTCTACCTCGAAAAACGTAAACAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCAC-C
7162 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTAT
127 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTAT
* * *
7203 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTT
7242 TAGCTAAAAN
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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170 61 0.36
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.38
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AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTGGTTAAAAAAGACAATAATTGAATGT
CTACCTCGAAAAACGTAAACAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCATCC
CTTCAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAATGATTTTAT
Found at i:8889 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
8422 NNNNAAAATT
* * * ** *
8432 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGATTTATTGCTCGCTTTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTA
* * *
8497 AATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
65 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAC
* * * * * *
8562 TATAGTTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGC
130 TAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * *
8603 ATTCATTAGTAAGAGAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
8667 AATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-CGAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATA
65 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * **
8731 TTAGAATTGAATGCCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGC
129 CTAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* *
8773 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAACCTTTATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACC-TTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
8838 AAT-AGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGA
65 AATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
8902 -TTGTAACTGAATGTATATCTTGAGAAACGTG-A-AAAAAGGC
129 CTAG-AATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * * * * ** * * *
8942 ACTAATTGACT-AGAAAAGGCTATTTATAGTCACTCATTTTTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAACCTTATTACTCGCTTT
* * ** **
9006 AAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAATTAGA
64 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * **
9071 CTATAAATGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAAAC
129 CTAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * *
9113 GTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTA
*
9178 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGAC
65 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAC
* ** ** *
9243 TAGAATTGAATGTTTATCTCCTGAAATGTGAAGAAAAATGC
130 TAGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
** * * * *
9284 ATTCATTGACAAGAAAAGTTCA-TTATAGTCACTCATT-CTATCAAAAACCTTATTACTCACTCT
1 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TC-AAAACCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
9347 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTT-TACTTTTTTAGTTAAAAAA
64 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA--TTTTTGGTTAAAACA
* * * * *
9411 GATTATAATTGAATGTCT-TCATTGAGAAACATGAAAAAAAAAGGT
127 GACTAGAATTGAATGTCTATC-TCGAGAAACATG-AAGAAAAAGGC
* *
9456 ATTCATTGG-CAGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 ATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
9502 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 132, Indels: 45
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 136 0.18
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT
AGAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
Found at i:9122 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8433--9501 Score: 1204
Period size: 340 Copynumber: 3.1 Consensus size: 340
8423 NNNAAAATTA
* * * ** *
8433 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGATTTATTGCTCGCTTTAA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCGCTTTAA
* ** *
8498 ATGATGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
66 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTGATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * * *
8563 ATAGTTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATT-AGTAAGAGAAGTCCATT
130 GTAATTGAATGTATATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGACT-AGAAAAGGCTATT
* * * *
8627 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA
194 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
8692 TTTTAAG-CGAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGCCTATCTTAAGA
259 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* ** *
8756 AACATGAAGAAAAAGGCA
323 AACATGAAAAAAAAAACG
* *
8774 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAACCTTTATTACTCTCTTTAA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
8839 AT-AGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGAT
66 ATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTG-ATTTTTGGTTAAAACAGAT
* ** * * *
8903 TGTAACTGAATGTATATCTTGAGAAACGTG-A-AAAAAGGCACTAATTGACTAGAAAAGGCTATT
129 TGTAATTGAATGTATATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGACTAGAAAAGGCTA-T
* * * * * *
8966 TATAGTCACTCATTTTTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTG
193 TATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * * *
9031 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAATTAGACTATAAATGAATGTCTACCTCGAGA
258 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
9096 AACATGAAAAAAAAAACG
323 AACATGAAAAAAAAAACG
* *
9114 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTA
1 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTTATTACTCGCTTTA
9178 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACAGAC
65 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-GATTTTTGGTTAAAACAGA-
* * ** * * *
9243 TAG-AATTGAATGTTTATCTCCTGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAA-GTTCA
128 TTGTAATTGAATGTATATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGACTAGAAAAGGCT-A
* * *
9306 TTATAGTCACTCATTCTATCAAAAACCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
192 TTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
9371 GATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTTCATTGA
257 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
*
9436 GAAACATG-AAAAAAAAAGG
321 GAAACATGAAAAAAAAAACG
* *
9455 TATTCATTGG-CAGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
1 --TTCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
9502 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 107, Indels: 30
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 20 0.03
340 257 0.42
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342 73 0.12
343 38 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTTATTACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGATTTTTGGTTAAAACAGATTG
TAATTGAATGTATATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGACTAGAAAAGGCTATTAT
AGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
ATGAAAAAAAAAACG
Found at i:10784 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10311--12216 Score: 1246
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 168
10301 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10311 CATTGAGAAGAAAGGTCCGTTTATATTCACCCATTCCTTTAGAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAA
* * * * * * **
10375 TGGTTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTGTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGAAAA
65 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-CTTAAAATAGACTA
********** * **
10440 TAATTGAATGTCTNNNNNNNNNNACGTGAAGAAAAAATTATT
128 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATT
* * * * * *
10482 CATT-AGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTGACCCATTTCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCATTAAA
1 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *********** * * *
10546 TTA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTNNNNNNNNNNGGTTAAAACATATTA
65 -TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTCTTAAAATAGACTA
* * *
10610 TAATTGAATATCTACCTCGATAAACGTGAACAAAAAAGCATT
128 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATT
* * ** * **
10652 CATTGACAGGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACAAGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * **
10717 AGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATT-AGATTTTTTACATTTTTACTTAAAGCAGACTAT
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTT-CTTAAAATAGACTAT
** * * *
10781 AATTGAACAT-TGACCTTGA-AAATCATGATGAAAAAAGCATN
129 AATTGAATGTCT-ACCTCGAGAAA-CATGA-AAAAAAAGCATT
******************* * *
10822 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * *
10887 TCTTTTATAATCTCATAATT-AATATAAGTTGAATTTTTCTACATTTGTCATT-AAATAGACTAT
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTC-TTAAAATAGACTAT
* * * ** * *
10950 ATTTGATTGTTTACCAGGAGAAACGT-AAAGAAAAAGAAATT
129 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA-AAAAAG-CATT
** * * * * * * *
10991 CATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTCTTACTTGCTTTGAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
11056 -GATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTCCATTAAAATAGACT
66 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-C-TTAAAATAGACT
* * * * ** *
11119 ATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAATATCTAAAAAAAGCCTTT
127 ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAG-CATT
* * * * * *
11162 CATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCGTTCAAAAGCGTTATTACTC-ATTTTAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
11226 ATGTTTTATAATCTCATAATTTA-TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTCTCATTAAAATAGAGTAT
66 A-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTC-TTAAAATAGACTAT
* * * *
11290 AATTGAATG-CGTGCCTCGGGAAAGAT-ATAGAAAAAGCTATT
129 AATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGA-AAAAAAAGC-ATT
* * * * *
11331 CATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
11396 -GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTA
66 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTCTTAAAATAGACTA
* * * * * * * *
11460 TAACTGAATCTCTGCCAT-GGGAAACGTGTAGAAAAAGCCTTT
128 TAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAAAAAAAG-CATT
* * * * * * *
11502 AATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTGAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
11567 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GACTA
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-CTTAAAA-TAGACTA
* * *
11631 TAAATGAATGTCCACCTCGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATT
128 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATT
* * *
11673 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * ** * *
11738 GGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATAAATTTGGTTAAAACAGATTA
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTA-CATTTTTCTTAAAATAGACTA
* * * *
11803 TAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAAAACATT
128 TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATT
* * * * * * *
11845 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *** * * * **
11910 AATTTTATAATCTCATCAGCAATTTGAAGTTGAATGGTTTTAC-TTTTTAGTTAAAACGGACTAT
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-CTTAAAATAGACTAT
* * * * * * * *
11974 AATTAAATATTTATCTCAAGAAGCATGAAGAAAAAGGGATT
129 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATT
* * * *
12015 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ** *
12080 GGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTAAGTAAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTAT
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTC-TTAAAATAGACTAT
* * * *
12145 AATTG-AT-TACTTACATC-AGGATACATGTAGAAAAAGTCATT
129 AATTGAATGT-C-TACCTCGA-GAAACATGAAAAAAAAG-CATT
* * *
12186 CATTGAGAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
12217 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1344, Mismatches: 334, Indels: 114
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 10 0.01
169 230 0.17
170 432 0.32
171 511 0.38
172 154 0.11
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCTTAAAATAGACTATAA
TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGCATT
Found at i:11965 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 10841--12216 Score: 1405
Period size: 340 Copynumber: 4.0 Consensus size: 336
10831 NNNNNNNNNN
* **
10841 TTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
10906 TAATATAAGTTGAATTTTTCTACATTTGTCATT-AAATAGACTATATTTGATTGTTTACCAGGAG
66 TAATTTAAGTTGAATGTTT-TACATTT-TTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * * * *
10970 AAACGTAAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAATCACCTATTCCTTCGAAA
129 AAACAT-AAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAA
* * * * * *
11035 GCCTTCTTACTTGCTTTGAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-
192 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
* *
11099 TTTTTCCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAATATCTAA-AAAAAGCCTTTC
257 TTTTT-CATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTG-CTCAAGAAATAT-GAAGAAAAAGCCTTTC
*
11163 ATTGAGAAGAAAAGTCCA
319 ATTGAGAAGAAAAGTCTA
* * * * *
11181 TTTATAGTCACCAATTCGTTCAAAAGCGTTATTACTC-ATTTTAATATGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
11245 TTTATTTAAGTTGAATTTTTTATATTTCTCATTAAAATAGAGTATAATTGAATG-CGTGCCTCGG
65 TTAATTTAAGTTGAATGTTTTACATTT-TTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCGA
* * *
11309 GAAAGATATAGAAAAAGCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAA
128 GAAACATA-AGAAAAAGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * * *
11373 AAGACTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
190 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * ** *
11438 TATTTTTTATTAAAATAGACTATAACTGAATCTCTGC-CATGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCTTT
255 TATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCTCA--AGAAATATGAAGAAAAAGCCTTT
* *
11502 AATTGAGAAAAAAAGTCTA
318 CATTGAGAAGAAAAGTCTA
* * * *
11521 TTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
11586 TAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GACTATAAATGAATGTCCACCTCG
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11650 AGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGC-ATTCCTTCA
127 AGAAACAT-AA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCA
* *
11714 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
189 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
** ** * * * ** *
11779 TATAAATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATATGAAGAAAAAAACAT
253 TATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGC-TCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCTT
11844 TCATTG-GCAAGAAAAGTCTA
317 TCATTGAG-AAGAAAAGTCTA
* * * * * * *
11864 TTTATAGTCACCCATTCATTTAAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATCAG
1 TTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * *
11929 CAATTTGAAGTTGAATGGTTTTAC-TTTTTAGTTAAAACGGACTATAATTAAATATTTATCTCAA
66 TAATTT-AAGTTGAAT-GTTTTACATTTTTA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
11993 GAAGCATGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCA-CTCATTCCCTCAA
128 GAAACAT-AAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAA
* * *
12057 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTAAGTAAAATTTTTTTA
190 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * * *
12122 TATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG-AT-TACTTACATCAGGATACATGTAGAAAAAGTCAT
255 TATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGT-C-TGC-TCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCTT
*
12185 TCATTGAGAGGAAAAGT-TCA
317 TCATTGAGAAGAAAAGTCT-A
12205 TTTATAGTCACC
1 TTTATAGTCACC
12217 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 135, Indels: 69
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 21 0.02
340 312 0.36
341 111 0.13
342 269 0.31
343 149 0.17
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
TTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
TAATTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
ACATAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
TCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGAGA
AGAAAAGTCTA
Found at i:13781 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13487--14005 Score: 574
Period size: 169 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
13477 NNNNNNNNNN
* * *
13487 TAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATATGTCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
1 TAAAAGCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * *
13552 CTCAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCCTGAGGCACGT-ATACAATTAT-GCTCTATTTTAAT
66 CTCAATGAAAGGTTTTTTCTATATGTTTCCTGAGGCACATCATTCAATTATAG-TCTATTTTAAT
*
13615 GAAAAATGTTAAAAATTCAACTTAAATAAATTATGAGATTA
130 GAAAAAT-TAAAAAATTCAACTTAAATAAATTATGAGATTA
* * * *
13656 TAAAATCAATTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGACGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
1 TAAAAGCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* **
13721 CTCAATGAAAGGTTTTTTCTAGACATTTCCTGAGGCA-ATCATTCAATTATAGTCTATTTTAATA
66 CTCAATGAAAGGTTTTTTCTATATGTTTCCTGAGGCACATCATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-
* * *
13785 GAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
130 G-AAAAATTAAAAAATTCAACTT-AAATAAATTATGAGATTA
* * * * *
13827 T-AAAGCCATTCAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGAATGAGG-GACTATAAATGAATTTTTC
1 TAAAAGCAATT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGAACTTTTC
* ** * * * *
13890 TTAC-GAATG-AATTTCTTTTTCTTTATGTTT-CTCGAGGTAGA-CAATCAATTATAGTCTA-TT
64 TT-CTCAATGAAAGGT-TTTTTCTATATGTTTCCT-GAGGCACATCATTCAATTATAGTCTATTT
*
13950 TAATGAAAAATATAGAAAAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTA
126 TAATGAAAAAT-TA-AAAAATTCAACTTAAATAAATTATGAGATTA
13996 TAAAA-CAATT
1 TAAAAGCAATT
14006 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 39, Indels: 28
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 134 0.45
170 47 0.16
171 104 0.35
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAAGCAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
CTCAATGAAAGGTTTTTTCTATATGTTTCCTGAGGCACATCATTCAATTATAGTCTATTTTAATG
AAAAATTAAAAAATTCAACTTAAATAAATTATGAGATTA
Done.